The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
DDDKVKLYKTNKYGTLYKSESASFTANTDIITRLTGPFRSMPQSGVLRKGLTIKYDEVMKQDGHVWVGYNTNSGKRVYLPVRTWNESTGELGPLWGTIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Staphylococcus capitis
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| publication title |
Cell Wall-targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase Distinguishes among Peptidoglycan Cross-bridges.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cell Wall Targeting Domain of Glycylglycine Endopeptidase AL
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| total genus |
21
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| structure length |
99
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| sequence length |
99
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.75: Lysostaphin. |
| pdb deposition date | 2003-10-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08460 | SH3_5 | Bacterial SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Cell wall targeting domain of glycylglycine endopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MK5 A; 1R77 A; 4LXC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GTJ A; 5KYU A; 2CGH A; 1DJ7 B; 3P8H A; 1N8R R; 2MWO A; 1RAD B; 2J6O A; 2O9V A; 1YJ9 A; 3A1P A; 5FW9 A; 1IGU A; 1ZBX A; 2RHI A; 1OZ3 A; 3CXC S; 3G71 Q; 4F17 A; 3CC7 T; 2HL3 A; 3OA6 A; 2CT3 A; 5IXB A; 1QCF A; 2EJF A; 2NUP A; 1HJD A; 2XU8 A; 1YIT T; 1B3Q A; 2GGR A; 2DTO A; 4J9C A; 5CIU A; 2RQW A; 1MNE A; 5GAM h; 1WXU A; 5GAN 7; 3JCM X; 3M0P A; 5KYW A; 1M1K U; 2MYS A; 1T0H A; 3EAE A; 3L2U A; 2VXF A; 2VV5 A; 2KI7 A; 2CZ7 B; 3TQ7 P; 1BI3 A; 2EBP A; 3SB2 A; 2K79 A; 4FW2 A; 3QWX X; 1B07 A; 4EMK A; 4BAC A; 4ZGD B; 4ELY C; 1BBZ A; 4UC4 A; 1RAA B; 4CI0 C; 2HZY A; 2PVO B; 5GAM f; 4J83 A; 4OMP A; 1BYM A; 1M8M A; 4J6Y A; 1VQM A; 2KQW A; 3TCJ A; 4J9F A; 5LJ5 e; 1FXX A; 2VGM A; 3A8L B; 1VQ5 A; 3VS2 A; 1VQO T; 5GAN e; 2RK2 A; 2DE0 X; 2DL4 A; 3FEO A; 2CYZ B; 4OMM A; 1K73 C; 3CCJ A; 3TSW A; 1NM7 A; 3PIP A; 4C92 A; 3LWI A; 2M02 A; 5KH6 A; 4PL6 A; 4CRI A; 1WHM A; 1ABO A; 5LL6 S; 3M4Y A; 2D1X A; 2RJE A; 1WDX A; 1WZO A; 4JRK A; 3VS7 A; 2RQU A; 3OBW A; 3OYI A; 2CZ6 B; 4JS4 A; 1R0B G; 4JDS A; 1F1B B; 2RH2 A; 2EWN A; 1ZX6 A; 5GAM d; 1OX8 A; 2X51 A; 4IUT A; 2R5A A; 1K1Z A; 1M3C A; 5GAM g; 2EQM A; 2CZ0 B; 2K57 A; 3ZL7 C; 5KYY B; 3UPU A; 4XTV A; 1PD0 A; 2JM9 A; 8ATC B; 2EFI A; 1M3A A; 3CEY A; 1VIE A; 1SHG A; 1PWT A; 2AIR B; 2L3Q A; 3A8M B; 2MAM A; 1I1J A; 5GMK m; 2JVV A; 5EC7 A; 4KGX B; 3TVT A; 4OP0 A; 3CCS Q; 5GAN j; 2XI9 A; 4FT4 A; 2QGF B; 4LDV A; 2ATC B; 4D8K A; 2RI2 A; 5HK3 A; 4BD3 A; 2CP0 A; 1VQ8 T; 2EGA A; 4EPC A; 2QAZ A; 4JS5 A; 4O6J A; 5CKB A; 1Q7Y C; 1NEB A; 1OU8 A; 2DD4 A; 1MUZ A; 1X2K A; 1UE9 A; 4E7L A; 3CC7 Q; 1GCP A; 5LJ3 j; 3NPF A; 5D6W A; 2L2P A; 3NGP A; 4MMK A; 1K73 R; 1VYT A; 2JJ9 A; 1AWJ A; 2HQE A; 3LLR A; 3T9N A; 3C4S A; 4C92 C; 1YIT Q; 1WYX A; 1I81 A; 5AYF A; 4LE9 A; 2F5K A; 3M0S A; 4N0A C; 1AOJ A; 1BCM A; 3CMA A; 4OB3 B; 1IGQ A; 3S3N A; 2ZPI B; 2DO3 A; 2BKD N; 2QDY B; 1ZLM A; 3CC2 T; 4DBH A; 1AT1 B; 2X4Y A; 2DZ9 A; 3CC4 A; 2CUB A; 5I22 A; 2IIM A; 2HCK A; 3M58 A; 3JB9 F; 4HT8 A; 3G7Z A; 4C92 E; 3EGX B; 1D3B B; 4QQD A; 2YUO A; 4OMN A; 3JCM V; 3ER0 A; 1YHQ A; 1E6H A; 2ZCF B; 4M77 F; 2O01 E; 1Q86 C; 2ED1 A; 2X4X A; 2YWW A; 1KQS A; 4C5G A; 4XTW A; 1QVF P; 2XHC A; 1N9R A; 4M78 F; 1VQP A; 3CCV T; 3HHT B; 1Y57 A; 1G2B A; 2VYT A; 3L1A A; 4AFQ C; 1ACM B; 1X6G A; 4E6R A; 3TRE A; 2RI3 A; 5A2Q E; 2HKN A; 1M1K R; 2KAF A; 2OTJ T; 4HVV A; 3GF5 A; 7AT1 B; 1NG2 A; 4C5E A; 2DRK A; 2QA4 A; 5KYY A; 2XD0 A; 1QLY A; 3CCE Q; 4JRP A; 1OEB A; 4XU2 A; 3E2U A; 1Q81 C; 3X25 B; 1X75 C; 2OI3 A; 2OTL A; 1SSH A; 1GBR A; 3I9Q A; 4KRT A; 2HMA A; 3JV3 A; 4Z02 A; 2FYK A; 2ZPG B; 3HSB A; 1SG5 A; 2HSE B; 1AWX A; 2DTI A; 3LYI A; 2XMF A; 3JCM Q; 2SEM A; 3V7R A; 5GAO r; 4VUB A; 5IT9 E; 3EHR A; 1QCN A; 1KSW A; 2GQV A; 1RAH B; 3HL8 A; 4JZ3 A; 1W6X A; 1KQS S; 2E4H A; 1ZUU A; 4EDU A; 2LX9 A; 4DEY A; 1ZUK A; 3OYJ A; 2K9G A; 2C0I A; 2PVG B; 2YUN A; 5LJ5 h; 2WSC E; 1VQ7 T; 1MND A; 3OYF A; 3OS1 A; 2LQW A; 1VA7 A; 2RA2 A; 1S72 A; 2F2X A; 2QQB A; 5GAN h; 2EJG A; 1QKX A; 4M7A F; 3M9Q A; 2LQN A; 3A5Z B; 2X3X D; 1HD3 A; 3RIR A; 3CCU T; 2FRY A; 2EQI A; 4LUE A; 3SDZ A; 1JEG A; 2K2V A; 3CCQ T; 5CKD A; 4LD6 A; 2GF7 A; 5LJ5 f; 2A08 A; 1OI1 A; 1QVG A; 4CC3 A; 1VQK A; 3EGX A; 5GAN f; 3OYE A; 5CO7 A; 2DX1 A; 4B9X A; 4PJO A; 2JM8 A; 4LXC A; 4QVD A; 1VQN A; 3EG9 A; 1AHJ B; 2XID A; 2LZ6 B; 2F1L A; 2FG0 A; 3CBP A; 1N8R U; 2PVD B; 3CBO A; 1YJN A; 4C5H A; 3CCR Q; 2EYX A; 2JT4 A; 4AFU C; 2ZZD A; 2K7A A; 5D7U A; 1D09 B; 5CK9 A; 1PNJ A; 2NWM A; 4JPB W; 1OPL A; 1ZSZ A; 2JW4 A; 4F7U B; 2HEQ A; 2AKL A; 2LMJ A; 1YNZ A; 4F7U G; 3OYH A; 1SSF A; 2V8J A; 1IHV A; 1BI2 A; 1P92 A; 1FX7 A; 1I07 A; 2KDS A; 3NFC A; 1W2B S; 2FVU A; 1X01 A; 4M7D D; 2E70 A; 2K2M A; 1VQ4 T; 1TXQ A; 5I11 A; 3HP9 A; 4C8Q B; 1XTD A; 4C8Q G; 4E7Z A; 3VV0 A; 1IB8 A; 4F04 B; 5LJ5 g; 4HCK A; 1VQL A; 2FB7 A; 2DFU A; 5GAN g; 1PKT A; 1O75 A; 4PNO A; 1Q82 R; 5GAO p; 1QVG S; 1JJ2 S; 1M90 C; 3CCL A; 2DK3 A; 2P4R A; 5LJ3 d; 1RL2 A; 2PNI A; 2RPN A; 4OF1 A; 3QYG B; 1KQ2 A; 3QYH B; 2KRO A; 3FC3 A; 4X1V A; 4BE0 A; 2SRC A; 3X20 B; 2OX7 A; 1OYX A; 2D8H A; 3JB9 D; 5J39 A; 1UHC A; 2HBW A; 2IVW A; 3V8J A; 3GNG A; 1I5L A; 4M77 D; 1BI1 A; 4FSX A; 3CME T; 3OS2 A; 4CC7 A; 1K76 A; 2WAC A; 1PKS A; 1TS9 A; 3G71 A; 1AZE A; 2VGN A; 2GTO A; 1MHN A; 4KUD K; 5EG2 A; 3VJP A; 2CSQ A; 1PSF A; 4IUV A; 1S1N A; 2DVE A; 1QKW A; 3VRY A; 3M0U A; 2J6F A; 1NBE B; 3JSC A; 1PG5 B; 3QO3 A; 3OS0 A; 3P8B B; 2PUK B; 3CCM T; 1MV0 B; 2P84 A; 1H92 A; 2AZV A; 2ENM A; 2NUZ A; 3QDF A; 5FRM A; 3UA7 A; 3I35 A; 3JRZ A; 2NUT B; 1FMV A; 5HKC A; 3C95 A; 3QII A; 3PVL A; 2ZAE A; 2QI2 A; 1X69 A; 2ZPF B; 1YFN A; 2B8A A; 2C0O A; 8AT1 B; 4RTT A; 3UDC A; 3URG A; 1VQ9 T; 4F7U A; 2DKG A; 4J5Y A; 3H6Z A; 1H64 1; 2JS2 A; 3EFR A; 3OYL A; 2L3P A; 3JCM e; 1RUW A; 3M0Q A; 3M59 A; 4FCY A; 5J26 A; 2X9H A; 1YWO A; 5FWC A; 2CT4 A; 2RK1 A; 4OB2 B; 4JLI A; 1KIK A; 4AT1 B; 4J6W A; 5I21 A; 1WLP B; 2RI5 A; 3FIF A; 3GIB A; 3RKY A; 3QSU A; 4R56 A; 2DJQ A; 1TUD A; 2HNI A; 4F14 A; 1JXO A; 2JZ2 A; 1TG0 A; 3G6E T; 4XU3 A; 2DXB A; 1V29 B; 1RLP C; 1ZQ1 A; 1E6G A; 2V1R A; 1I0C A; 2V1Q A; 4HCC A; 1MMN A; 1OOT A; 1K73 U; 4E7S A; 1YJ9 T; 4M75 B; 5FRN A; 1JU5 C; 3DLL A; 2EQK A; 2K6D A; 4M75 G; 2D0Q B; 1QWE A; 3LH0 A; 3OMG A; 2L89 A; 4J9H A; 1G8X A; 1PRM C; 2LVM A; 3CD6 Q; 1D0Z A; 1QWF A; 1LCK A; 4IUP A; 3C12 A; 3OQ5 A; 5M9O A; 1T0J A; 1C1A A; 1EX4 A; 1FMK A; 4MZM A; 3L2Q A; 4BI8 B; 3V7S A; 3TU4 K; 4Y92 A; 4D6W A; 4RMO A; 6AT1 B; 2VB6 A; 3CPW A; 4A63 B; 5FU6 B; 3H0F A; 3RKX A; 2A37 A; 3S3M A; 2XG8 D; 4AG1 C; 2RHY A; 4ZNX A; 3VS1 A; 2ZPB B; 2KEA A; 3RR6 A; 1J3T A; 1U06 A; 3QHS A; 1OQK A; 2EYZ A; 3EHQ A; 3VUB A; 2DEQ A; 1W70 A; 3X26 B; 2H3J A; 2F69 A; 2VAS A; 1AZG B; 1GCQ C; 3JCM J; 1IXD A; 1Z9Z A; 3QG1 A; 3CCS A; 4DBR A; 3INZ A; 1N9S A; 4DOW A; 1UEC A; 2XK0 A; 1YP5 A; 2MMP A; 4M7A C; 4IIO A; 1QW1 A; 1SPK A; 3EGD B; 4F16 A; 1U1T A; 3M53 A; 2HQH A; 4L5G A; 2CDT A; 4C8Q C; 4Y28 E; 2F2W A; 3CME Q; 5GAN 2; 1VQM T; 4PLL A; 4RKU E; 4F7U E; 1VYU A; 1M1G A; 1TUC A; 3QJ6 A; 3CC7 A; 1VQ5 T; 1WNL A; 3L2R A; 2CP6 A; 4P5N A; 2KMT A; 4BB7 A; 3ULR B; 4FYY B; 2L3R A; 3NMZ C; 3I56 Q; 4RTY A; 2FPE A; 3MJX A; 1YIT A; 3CCJ T; 5CKH A; 1X43 A; 3C94 A; 1G83 A; 1WXB A; 1N6A A; 2FRW A; 3CCM Q; 4NL3 A; 3CPW S; 3ASK A; 3RNJ A; 2RJC A; 2YLB A; 2QEX Q; 3PMI A; 5C0M A; 2L0A A; 4C8Q E; 1Y96 B; 4J8O A; 4ZN1 A; 4ZTF A; 2OAW A; 1QMC A; 1YI2 T; 1M30 A; 1K9A A; 1Z9Q A; 1K8A C; 1NPP A; 3QXE B; 4PKC C; 4PJJ A; 2KR3 A; 5GAN 6; 2R5M A; 1FWZ A; 1CKB A; 3C0C A; 2DJZ A; 4M75 A; 3VS4 A; 4N0A A; 1YJW Q; 3RKW A; 5LJ3 e; 2DET A; 2QGG A; 4OB0 B; 4QQ6 A; 1OZ2 A; 1B7T A; 4Z8A A; 3G4S Q; 3MEV A; 2DYI A; 2Y90 A; 5DY9 A; 1VQ6 T; 4XTX A; 3G6E Q; 3H0H A; 3ZFJ A; 4C0D C; 1K9M C; 1UGS B; 5CAI A; 3CXC P; 4KBM B; 1ZHI A; 1KK7 A; 5CQY A; 2RJF A; 2DRM A; 3EH1 A; 1PRL C; 1QVP A; 4II1 A; 3V8K A; 2PTK A; 4KH0 B; 4C92 D; 3L2W A; 3CCE A; 3UWN A; 5GMK e; 4MDW A; 4AFS C; 4HCZ A; 2P4T A; 2KK4 A; 2C06 A; 3SD4 A; 1WFW A; 2KYM A; 1VOM A; 4JZ4 A; 4HVW A; 4M7D F; 2LJ0 A; 1BIA A; 3EGD A; 2KE9 A; 3CMA T; 1K8A R; 5GMK i; 2DXT A; 3JCM h; 2K5L A; 2K5F A; 2MCN A; 1RAB B; 4A54 A; 4PJO F; 1IRX A; 4RTV A; 3GP8 A; 4EMH A; 3OYC A; 1WIE A; 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1RI9 A; 3MP1 A; 1NJI C; 3EG3 A; 3SWN B; 4CC4 B; 4M77 B; 1N5Z A; 1GRI A; 5CKE A; 3OW2 A; 5A0G A; 4M77 G; 2X3W D; 9ATC B; 5DM7 R; 1QP3 A; 3HRU A; 5GAN 4; 2M9U A; 1LJO A; 1WHG A; 4M78 B; 1WJR A; 1H3Z A; 4M78 G; 1Q86 R; 4RUG A; 1VQ8 Q; 2P0P A; 2QQR A; 1VQK T; 1ZBJ A; 1RAC B; 1JO8 A; 4ORZ A; 1ZSG A; 2HBP A; 2JS0 A; 1VQN T; 1MMG A; 4ELZ C; 2KT1 A; 1PD1 A; 1UHF A; 3PGG A; 1BB9 A; 1MGQ A; 1YJN T; 2A7Y A; 4L6V 5; 2KBT A; 4RCC A; 5LJ3 h; 2MF2 A; 3PMT A; 1JB0 E; 2ABL A; 3HTR A; 1D3B A; 4N4G A; 1YIJ T; 1RLQ C; 3MCA B; 4RTX A; 1UUE A; 3FLG A; 3A8O B; 1KC8 R; 2QG9 B; 5FLX E; 1HK9 A; 4BE1 A; 1CKA A; 2RJD A; 2LNV A; 1Q81 R; 1NE8 A; 4A4H A; 2L3S A; 3PT9 A; 4ZN3 A; 3M56 A; 1WHH A; 2G3R A; 3L2Z A; 4A53 A; 3CC2 Q; 2E64 A; 3IQL A; 4DBF A; 2C0T A; 1M2V A; 3HKS A; 3JCM b; 3OW2 S; 5LJ3 f; 5L23 A; 3KFV A; 2EAY A; 2COY A; 2CS7 A; 1W4S A; 2E12 A; 2DVJ A; 5IXF A; 4NS5 A; 2H3E B; 1WJS A; 2ROL A; 1UG1 A; 2RHU A; 1VQL T; 2X4W A; 2Y4Y A; 4RTZ A; 4PK4 A; 3WVD B; 5GMK h; 2GQI A; 1ZA2 B; 4FSS A; 4XTU A; 4M7A B; 1NPR A; 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