The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| publication title |
Structural and biochemical studies on ATP binding and hydrolysis by the Escherichia coli RNA chaperone Hfq
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| total genus |
13
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| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-02-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N9R A; 4OP0 A; 4M7D E; 1BIA A; 4XTY A; 1B34 B; 4PJO D; 4M7A C; 3V7R A; 5GMK j; 3HFO A; 3JCM Q; 5GAN e; 1WPY A; 3BY7 A; 3GIB A; 4N0A C; 3RES A; 3EFR A; 3VU3 C; 4PJO A; 3INZ A; 3JCM P; 3BW1 A; 2EJG A; 4C8Q A; 3BDU A; 4PJO G; 3RKW A; 5I21 A; 1HK9 A; 1M5Q 1; 4J6Y A; 3RIR A; 4QVD A; 2FB7 A; 1M8V A; 4C8Q G; 4MML A; 5GAO q; 4M77 D; 1Y96 B; 4M75 F; 5GAN 4; 4C92 D; 4M78 F; 5LJ5 h; 4M77 A; 5GAN 5; 3V7C A; 4XTU A; 5LJ5 g; 4M75 C; 1U1S A; 4M7A F; 2DTI A; 4M77 G; 4M75 E; 5GMK l; 5GAN 8; 1H64 1; 4MMK A; 3EFS A; 2FYK A; 3SWN A; 3JCM V; 4C92 G; 4HT8 A; 4M78 E; 4XU2 A; 4A54 A; 5LJ3 h; 3FIF A; 4RCC A; 2DTO A; 1BIB A; 2EWN A; 3L1A A; 4RCB A; 3JB9 D; 3M4G A; 5LJ3 g; 4M7A E; 1JBM A; 5LJ3 f; 1LNX A; 4M7D D; 3JCM h; 3JCM X; 5GAN h; 5GMK i; 4NOY A; 2K57 A; 4PNO A; 4PJO B; 4C8Q F; 1I4K 1; 3JCM g; 3V8J A; 5GAN g; 4X9D A; 4C8Q B; 3JCM J; 4XU3 A; 3JCM f; 3JB9 G; 2I2L A; 3L2Z A; 1X01 A; 4PJO C; 2YLB A; 2E10 A; 5DY9 A; 5GAM h; 1KQ2 A; 4C8Q C; 4EMH A; 2DVE A; 2YLC A; 5GAM g; 3V8L A; 1WQ7 A; 3FB9 A; 1I8F A; 4C8Q E; 5LJ5 d; 4DQ2 A; 3BFM A; 4M77 B; 4C92 A; 1U1T A; 2DXT A; 3RKX A; 4C92 B; 4HT9 A; 5LJ5 f; 2RM4 A; 5GMK h; 3PGG A; 4XU0 A; 2DZC A; 4M77 C; 1WNL A; 2E65 A; 2VC8 A; 4WF2 A; 4XQ3 A; 2Y90 A; 2HNI A; 3RKY A; 3RUX A; 4C92 C; 5LJ3 d; 4F7U B; 2VXE A; 4F7U A; 5GAO m; 4XTV A; 4J6X A; 4M75 D; 3V7S A; 4V2S A; 4F7U G; 3SWN C; 1HXD A; 5GAO r; 4PJO F; 4M78 D; 4J6W A; 4Y91 A; 4EMK A; 3JCM d; 5GAN d; 1MGQ A; 3JCM c; 2YHT A; 4JUV A; 4NL3 A; 3SWN B; 2RD1 A; 4M7D A; 4M7A D; 5GAN f; 2JN0 A; 4M78 A; 4M75 G; 4M7D B; 2RA2 A; 2DJZ A; 1LOJ A; 2EAY A; 5GAM d; 5GAO n; 4XTW A; 3QO3 A; 4M7D G; 4PJO E; 4M78 G; 3QUI A; 4M7A A; 4JRI A; 1N9S A; 5LJ3 e; 5GAM f; 2DXU A; 4M77 F; 4XTX A; 4N0A A; 3HFN A; 4EMG A; 5LJ5 j; 4C92 F; 4M7A G; 5GAN 7; 1B34 A; 2DTH A; 2E41 A; 4JLI A; 3JCM b; 1TH7 A; 3FJP A; 1WQW A; 4XTZ A; 3SB2 A; 3JCM e; 4C8Q D; 2DEQ A; 3JB9 H; 4HA8 A; 1I5L A; 4F7U F; 2DKG A; 3JB9 I; 2QTX A; 3RER A; 4M77 E; 5LJ3 j; 2E64 A; 4C92 E; 4NL2 A; 2EJ9 A; 4J5Y A; 5GAM e; 2DZ9 A; 3QHS A; 3JB9 F; 1Y96 A; 5GAN j; 4EMK B; 2CGH A; 4M75 A; 3V8K A; 4F7U E; 5GMK m; 1JRI A; 4M75 B; 1I81 A; 1LJO A; 1YCY A; 5LJ5 e; 5GAN 6; 5GAO p; 5GAO l; 3JB9 J; 4M7D F; 4M78 B; 1D3B A; 4EMK C; 4QVC A; 5GMK e; 3AHU A; 5GAM j; 1D3B B; 5CAI A; 2E1H A; 4X9C A; 2VXF A; 3QSU A; 5GAN 2; 3HSB A; 1KQ1 A; 3JCM W; 4JRK A; 4M7D C; 4M7A B; 2EJF A; 4A53 A; 4M78 C; 5GAN 3; 4XU1 A; 2RB6 A; 2ZGW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EC7 A; 3GNF B; 2NUP A; 3NPF A; 3EFR A; 2F2X A; 3D7S B; 3M0Q A; 2E3H A; 3EAE A; 2CRE A; 3TRE A; 1UHC A; 4CRI A; 1ZA2 B; 4C5H A; 1UGV A; 1H3Z A; 2HBP A; 3QWY A; 4AFZ C; 3M0P A; 3EG2 A; 1TXQ A; 5KYY A; 3QWX X; 4JZ3 A; 4UC4 A; 5GAN 8; 3SWN A; 2E6N A; 3R6O A; 1OX8 A; 4M78 E; 1YIJ T; 2NUP B; 4F04 B; 5LJ3 g; 1D1C A; 2RQT A; 2ATC B; 2VGN A; 2K9G A; 2NUT A; 1YP5 A; 1ACM B; 3I56 T; 1T3S A; 3L2Z A; 4FYY B; 1FXX A; 5KYW B; 2FVU A; 1KD1 U; 3BDL A; 3GP8 A; 2YUQ A; 1VOM A; 2LCC A; 4GLM A; 1VQN T; 2OTL A; 5KYY B; 4PFP A; 4BE0 A; 3SWN B; 4WF2 A; 2RK1 A; 4MZT A; 1K73 R; 3CD6 A; 5L8R E; 4J9I A; 1YJ9 T; 4XTV A; 1D09 B; 5CKB A; 4L6V 5; 5CKE A; 3LWH A; 2NUT B; 4RG2 A; 2GBQ A; 2DMO A; 1YWP A; 2LZ6 B; 3QUI A; 2OTL Q; 2CH4 W; 1HYO A; 1QVG P; 3CD6 Q; 4J9D A; 1I5L A; 2M9U A; 3OS1 A; 1WJQ A; 5GAM e; 5IXB A; 1WHH A; 1FX7 A; 1N8R U; 3VS1 A; 3OS2 A; 4E7Z A; 1NPP A; 2DET A; 2E12 A; 4FM4 B; 3G71 T; 2E5K A; 3P8D A; 2F2V A; 2O2O A; 1KK7 A; 4OP0 A; 2RNA A; 2HAX A; 2H8H A; 2DX1 A; 1VQP A; 3G6E T; 1QWF A; 3BDU A; 4PJO G; 5GAO q; 2KYM A; 2DER A; 1W2B P; 3QKJ A; 2EYW A; 1B3Q A; 4J83 A; 4AG1 C; 1VQP Q; 3FIF A; 3M0R A; 4DA4 A; 1K73 C; 1K1Z A; 4PL6 A; 2YRD A; 3SHW A; 2CH4 A; 2CSI A; 3JCM h; 1AVZ C; 1TOV A; 5L23 A; 1B7T A; 4JRP A; 4XK8 E; 4ZTF A; 2RI3 A; 3C4S A; 5IHN A; 1YIJ A; 1S72 A; 2H3J A; 2F5T X; 4C0D C; 5LJ5 f; 3C95 A; 4F14 A; 1VQO T; 4AMC A; 3CBM A; 1EFN A; 3MHX A; 1VYU A; 4FU6 A; 1X2K A; 2LT4 A; 2EBP A; 1WI7 A; 5DM7 R; 4KH0 B; 4F7U G; 2OAW A; 2A08 A; 3LYI A; 4Y91 A; 1JXM A; 2DL4 A; 4HVU A; 3FC3 A; 4C5E A; 1IRE B; 2KXD A; 2D6F A; 4M7D B; 2RHI A; 2DBM A; 1YIJ Q; 1O75 A; 2DJZ A; 1LOJ A; 1VQN A; 5I2M A; 2E4H A; 2FPD A; 4C92 F; 4N4I A; 1OZ3 A; 4BAC A; 1TH7 A; 2JS2 A; 2KRS A; 3I56 Q; 3NTH A; 2RN8 A; 4DEY A; 1KC8 U; 4A4F A; 4FSS A; 1M90 R; 2QDY B; 3RR6 A; 2CGH A; 3V8K A; 1VQN Q; 1KFZ A; 2XKO C; 2AT1 B; 3VRY A; 2E1H A; 1AWO A; 1D0Y A; 2D0Q B; 4M7D E; 3X20 B; 1OOT A; 2E6Z A; 2XDB A; 4DBR A; 2DO3 A; 2QGF B; 3G71 A; 2COY A; 1WGS A; 1VQ7 T; 4LXC A; 1Y07 A; 4M78 F; 4J9E A; 2CUB A; 4M77 G; 3OYF A; 1U3O A; 2OTJ T; 5KCO A; 2VVK A; 3J81 E; 3G6E A; 5LJ3 h; 1AHJ B; 3OW2 P; 1YJN T; 4FL6 A; 1MV3 A; 2V1R A; 4JJD A; 3G71 Q; 3OYB A; 2V8K A; 3M0U A; 5GMK i; 1K73 U; 3V8J A; 3S6W A; 3EH1 A; 4PJO C; 1RAH B; 2YT6 A; 4PK4 A; 3FB9 A; 4DQ2 A; 1VYT A; 1UFF A; 5FRO A; 3G6E Q; 4D6W A; 5GMK h; 4E7I A; 2K3Y A; 4PLL A; 4XQ3 A; 4QQG A; 1M1K R; 5GAO m; 2PUK B; 2D8H A; 2C0T A; 2JOY A; 1XOV A; 4ZGD B; 1RAE B; 5GAN d; 1M90 C; 1GCQ A; 3HKS A; 2RD1 A; 1RLQ C; 1YIT T; 1G2B A; 1IRX A; 3QG1 A; 1YWO A; 2L89 A; 5GAM d; 2L3Q A; 2HEQ A; 1VQO A; 4EMG A; 2XK0 A; 4PKC C; 3VS5 A; 4JLI A; 3JCM e; 1LCK A; 2WSC E; 2MF2 A; 1FMV A; 2AIR B; 4LDU A; 2O01 E; 4ZN3 A; 4O6J A; 2DZ9 A; 1MMN A; 3JB9 F; 3MEU A; 3VS4 A; 1VQO Q; 2E70 A; 2PZ1 A; 4FIB A; 3MCA B; 3OQ5 A; 4JRK A; 2LQK A; 3OBY A; 3M57 A; 1TG0 A; 4ZNX A; 3V7R A; 1VQL T; 3RNJ A; 3CCQ A; 4DEX A; 1QCN A; 2HBW A; 2EJG A; 3RKW A; 2O4X A; 4J7I A; 4C8Q G; 2QG9 B; 2KE9 A; 5C0M A; 5KH6 A; 4RMO A; 2HKQ B; 5D6Y A; 1UEC A; 1V1C A; 2GFA A; 2PVD B; 2HQH A; 3CBO A; 3AT1 B; 3CMA T; 2EGA A; 3CCQ Q; 3CCE T; 2LX9 A; 2QDL A; 1M1K C; 1UE9 A; 2CP0 A; 2HQX A; 4BY6 B; 4NS5 A; 5CKH A; 1I4K 1; 3E9G A; 2BTT A; 3OYD A; 2CDT A; 1I1J A; 2DRK A; 4OB1 B; 2HSP A; 1U06 A; 1RL2 A; 2OTJ A; 3OYJ A; 1BCO A; 2A36 A; 6AT1 B; 3PE0 A; 1NEG A; 2BUD A; 3NFC A; 2EQJ A; 4M77 C; 1VQ7 Q; 3EGX A; 2Y90 A; 2YRV A; 3X25 B; 3FJ5 A; 4E47 A; 3NTI A; 1ZA1 B; 4DOW A; 4JJC A; 1AWX A; 1TUD A; 4M7A D; 2DLP A; 2OTJ Q; 1M90 U; 2GQV A; 1M2O A; 3OYA A; 1YJN Q; 2D0N A; 5IH2 A; 5LJ3 e; 1MMA A; 1SF9 A; 2HD0 A; 3UT1 A; 1X2Q A; 3WVD B; 3JAM E; 4EIK A; 1WYX A; 2FZC B; 4C8Q D; 1VQK A; 1X43 A; 1EX4 A; 1WFW A; 3L42 A; 2DL7 A; 5GAN j; 1NM7 A; 1QQJ A; 4M7D F; 1C0M A; 2RF0 A; 3H0H A; 5GMK e; 2LTO A; 5GAM j; 1WLP B; 2BZ8 A; 2J06 A; 1N5Z A; 2VXF A; 4J9H A; 2EJF A; 2NLU A; 2X4Y A; 1VQK Q; 1O9S A; 2ZGW A; 1FMW A; 5I2S A; 2BKD N; 2ABL A; 4J9G A; 2QEX A; 1KG1 A; 1NPR A; 1YIT Q; 3BE3 A; 2DNU A; 4E7J A; 3GPL A; 3VV0 A; 4XTU A; 1VQL A; 5GMK l; 4BUG A; 1IZ6 A; 1BB9 A; 4FCY A; 2JS0 A; 1YNZ A; 2DA9 A; 2DTO A; 1WZO A; 4FW2 A; 1LVK A; 4FYX B; 2GF7 A; 5M9O A; 2XG8 D; 1M1K U; 2CYZ B; 3JCM f; 1NZ9 A; 4A4G A; 3OYG A; 3CQT A; 4C8Q C; 3UF4 A; 1UG1 A; 4OB2 B; 1VQL Q; 3A98 A; 1QCO A; 4FT4 A; 1K0S A; 1IHV A; 1AT1 B; 3CCE A; 4OMF B; 4C92 A; 1AWJ A; 1K76 A; 1U1T A; 1ZSZ C; 4LD6 A; 1G5V A; 2M0O A; 1SSH A; 2ED1 A; 3E1S A; 2EYQ A; 4PFZ A; 3WXM B; 1WNL A; 3O5Z A; 3PT9 A; 4M75 D; 2Y4Y A; 2DFU A; 4KUL A; 3JCM d; 2PU9 B; 2DK3 A; 3EG1 A; 1M2V A; 2EQI A; 1OPK A; 2ZCF B; 2EAY A; 3CCE Q; 2PUO B; 2PQW A; 4Y28 E; 1MNE A; 1ZX6 A; 3HFN A; 3MEA A; 2HCK A; 1U5S A; 3TQ7 P; 2IVW A; 2KRM A; 2RQU A; 1PD0 A; 4C5I A; 1OYX A; 2CP3 A; 3M59 A; 2NYS A; 3QHS A; 1Y7X A; 1QVF S; 3CCS T; 3CC7 T; 1M2V B; 3QJY A; 1D3B B; 1VQ6 T; 2EKH A; 2NUZ A; 1KHC A; 1Q81 C; 2M16 A; 3M55 A; 4LDV A; 3OMG A; 4B9X A; 2QTV A; 1WPY A; 3GIB A; 1SRM A; 4N0A C; 3URG A; 2QQR A; 3BW1 A; 5KYX A; 5GAN 4; 2VKN A; 3H0F A; 4OMP A; 4R55 A; 3CCM A; 1RAC B; 2G3R A; 4A4K A; 4M75 C; 3KFV A; 3KUF A; 3J7A F; 1PWT A; 1CKB A; 4A4H A; 4C92 G; 2KNB B; 2RK2 A; 1KC8 R; 1MMG A; 2AZV A; 3CPW A; 2MAM A; 5LJ3 f; 2FPF A; 4KH1 B; 3CCM Q; 5KYW A; 1X01 A; 4IIM A; 5KYX B; 1CSK A; 5FWC A; 1I8F A; 2VYT A; 5A0G A; 2C0O A; 2LC4 A; 7AT1 B; 4C0G A; 4OB3 B; 3CME T; 3M0S A; 3PGG A; 1GXI E; 3OYH A; 1PSE A; 1S72 T; 5LJ3 d; 4JZ4 A; 1NJI R; 1UTI A; 4J9B A; 2DIQ A; 3SDZ A; 3CCU A; 1M4Z A; 2KVQ G; 3L2Q A; 5GAO r; 4EMK A; 4TVR A; 1KSW A; 4RTZ A; 4IUP A; 4NL3 A; 1WXT A; 2JVV A; 4PJN A; 1RI9 A; 1PKS A; 3TEE A; 4XTW A; 3QO3 A; 4PJJ A; 4M78 G; 3PFS A; 1M3A A; 3FRN A; 4L59 A; 2R58 A; 2K5I A; 3CC4 A; 1ZQ1 A; 4J9C A; 3A8M B; 2DPP B; 5GJV B; 4ZN1 A; 1C1A A; 3CCU Q; 1TTH B; 3CCJ A; 2X4W A; 3QJ6 A; 4A63 B; 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1FWZ A; 2AKK A; 2K5L A; 3OYN A; 4JLG A; 3J80 E; 4F7U E; 5GMK m; 1MUZ A; 1SSF A; 3CME Q; 3RBB B; 1K9M R; 2K4Y A; 1S72 Q; 2CT3 A; 2ZAE A; 1PKT A; 2P84 A; 4M78 C; 4C0F A; 3UA7 A; 1BIA A; 4XTY A; 1B34 B; 1VYV A; 2M02 A; 4PJO D; 5GMK j; 1AZE A; 3JCM P; 2ZZD A; 4QW2 A; 1K8A R; 2KYB A; 2RI5 A; 2FB7 A; 3CCQ T; 4FYW B; 2E5Q A; 3KXT A; 3FDR A; 5CR2 A; 5IT9 E; 2LRQ A; 2JZ2 A; 4JPB W; 4OMO A; 5LJ5 g; 2GCX A; 2P4R A; 4E7K A; 4QVZ A; 4RTY A; 1UJY A; 3JRZ A; 1K9A A; 2DIL A; 4KUI A; 1IXD A; 3QPH A; 4RCB A; 1CKA A; 4MDX A; 3LH0 A; 1BKB A; 1NJI U; 3R6N A; 1B07 A; 4J9F A; 3CCR A; 2HDA A; 3M0T A; 2E10 A; 1JJ2 S; 3VRZ A; 2X51 A; 3G7Z A; 1QVG A; 2JM9 A; 4ELZ C; 1D0Z A; 4N4G A; 5A0D A; 2DZC A; 1ZLM A; 1MND A; 3RKY A; 1JEG A; 1OEB A; 2NWM A; 2OX7 A; 4J6X A; 1WHK A; 5FU7 B; 3SWN C; 3CCL T; 3CCR Q; 2JT4 A; 4HCB A; 5GAN f; 1ZUK A; 3VJP A; 2LJ3 A; 1K9M C; 2KRN A; 4M7A A; 4PJM A; 4FSX A; 4YTL A; 5GAM f; 3REB B; 5ECA A; 1E6H A; 2RQR A; 2PVG B; 1Q7Y R; 2CZ6 B; 4OMN A; 3THK A; 4E2F B; 1N27 A; 2DKG A; 3OS5 A; 2M1H A; 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