The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
GSSGSSGMAQSKRHVYSRTPSGSRMSAEASARPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVFEDSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the CAP-Gly domain in human Dynactin 1
rcsb |
| molecule keywords |
Dynactin-1
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| total genus |
8
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CP0 A; 2E4H A; 3E2U A; 2COW A; 2E3I A; 2M02 A; 1TOV A; 1IXD A; 2HL5 C; 1WHJ A; 1WHM A; 2QK0 A; 2COY A; 2Z0W A; 2CP7 A; 1WHK A; 1WHL A; 2MPX C; 2COZ A; 1LPL A; 3TQ7 P; 2CP3 A; 2CP2 A; 2HL3 A; 2HQH A; 1WHG A; 2HKN A; 3RDV A; 2E3H A; 2HKQ B; 2CP6 A; 4B6M A; 1WHH A; 2CP5 A; 1TXQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 8AT1 B; 1VQL A; 1AZG B; 2L89 A; 4CC7 A; 1HXD A; 1U1T A; 2NWM A; 2EWN A; 4F7U E; 1JXO A; 1ZUY A; 3S3O A; 2PZ1 A; 1N8R U; 2L3Q A; 4IUT A; 1VQL T; 1G5V A; 1Q82 C; 2RPN A; 4JJN K; 2FZG B; 3JSC A; 1F1B B; 4JRQ A; 2KT1 A; 5AT1 B; 3EFO B; 2YSQ A; 2D0Q B; 3AHU A; 3A8G B; 3BDU A; 5IH2 A; 5KYX B; 1N27 A; 3HRU A; 1M9S A; 3I5S A; 1PKS A; 1YNZ A; 3L1A A; 1QCO A; 2JS0 A; 4HCB A; 2R5M A; 1VQL Q; 3X26 B; 4ANJ A; 4OMM A; 2J06 A; 4FCY A; 4DQ2 A; 3M59 A; 1O75 A; 2DVE A; 4IIO A; 5DLQ E; 5L8R E; 1LOJ A; 2V8K A; 4GLM A; 5C0M A; 3CC2 A; 2NUZ A; 4MZT A; 2WSF E; 3CCQ A; 3M0T A; 1OEB A; 2RI3 A; 3VS1 A; 3BFM A; 1AD5 A; 3FB9 A; 1ZHI A; 3CC4 A; 2LQK A; 3LH5 A; 1UHC A; 3CC2 T; 5KE2 A; 4QQD A; 4RG8 A; 4OVA A; 1NEB A; 1T3S A; 3CCQ T; 4D8D A; 3O8V A; 2FYK A; 2ROT A; 1RAA B; 2EIF A; 5D6W A; 1VQP Q; 2VXE A; 1H64 1; 2E5K A; 1YJW A; 3JCM P; 2KRS A; 3CC4 T; 1K9M R; 1Q7Y U; 2A7Y A; 4BDY A; 1MMG A; 3KXT A; 4OF1 A; 2EBP A; 3S3N A; 1JQQ A; 2QI2 A; 4A63 B; 1UG1 A; 2JVV A; 2DIL A; 4C0F A; 4YTL A; 4MMK A; 2NYS A; 4RCC A; 5GAM e; 1YJW T; 3CC2 Q; 4PL6 A; 1IGQ A; 4J9D A; 3FDR A; 4M7A F; 3I56 A; 1WGS A; 3CCQ Q; 2COY A; 1ZX6 A; 3JCM e; 4F04 B; 2GFA A; 2MPX C; 3M4Y A; 2DYB A; 1S1N A; 3CC4 Q; 5LL6 S; 2DRM A; 4ESR A; 1D1A A; 1NPP A; 1WPY A; 3I56 T; 3TVT A; 3L2Q A; 4FT4 A; 2QGF B; 1UGR B; 1KQ2 A; 2DEU A; 3VS5 A; 2MMP A; 4RTZ A; 1YJW Q; 2J6K A; 3KFV A; 2DIQ A; 1U5S A; 1M3B A; 3QO3 A; 1JB0 E; 4PJJ A; 1JRI A; 5IAY A; 2QQ9 A; 2K5L A; 4CRI A; 1Y07 A; 3I56 Q; 1XJW B; 4K11 A; 4OMN A; 3OYD A; 1UTI A; 2QEX A; 2L3S A; 2XK0 A; 2KBT A; 2EKH A; 5KYY B; 1OX9 A; 3CBP A; 4J7I A; 2VYT A; 2QEX T; 2XU8 A; 1WJS A; 3TSZ A; 4E7I A; 1VYV A; 5J3B A; 2HEQ A; 2YWW A; 3OYC A; 1S72 A; 1HD3 A; 3RER A; 4Z89 A; 2EJF A; 4M77 B; 2M1H A; 1V1C A; 1LVK A; 1WIE A; 2EQM A; 4EMH A; 4KUD K; 1G3W A; 3RMS A; 3T9N A; 3VYG A; 1S72 T; 3V7R A; 1YWP A; 3FIF A; 3H8Z A; 2QEX Q; 5KYU A; 2CSQ A; 3MEA A; 1SRL A; 2JN0 A; 3L2U A; 1BI0 A; 2KXD A; 4C92 B; 1EZZ B; 2CZ1 B; 3IQL A; 2B86 A; 2RJD A; 1KD1 R; 4IKF A; 4E7S A; 3QPH A; 2BZX A; 3V8L A; 3S6W A; 1MV0 B; 3TQ7 P; 1S72 Q; 3PFS A; 2FVU A; 5IHK A; 3SWN C; 2H3E B; 3LGF A; 2GQV A; 3HPW A; 3JAM E; 1MGQ A; 3MP8 A; 2DEQ A; 3VYH B; 1KC8 R; 1QKW A; 4BY6 C; 5I11 A; 4C8Q B; 2DL7 A; 1IGU A; 2GGR A; 3M53 A; 4M7D F; 5IHN A; 9ATC B; 1BCO A; 4MZM A; 1UGS B; 2K6D A; 2QA4 Q; 4Z8A A; 1PC0 A; 2CP6 A; 2HKQ B; 5CKF A; 1GBQ A; 4AFZ C; 4JS5 A; 1GBR A; 2EAY A; 1G3S A; 1C6V X; 1JBM A; 3OYA A; 5GMK h; 5GAN 5; 2D8J A; 3SD4 A; 2HQX A; 3SB2 A; 2ZPI B; 4J7F A; 5DM7 R; 2AIR B; 3FRN A; 1QCF A; 4ZGD B; 2J6O A; 2AT1 B; 4JJD A; 4FT2 A; 3QKJ A; 4RTY A; 3KUF A; 2JZ2 A; 1GCP A; 5GAO p; 2E65 A; 4F7U F; 1VQ9 A; 1X6G A; 2PVG B; 4OMQ A; 2EQK A; 1JJ2 A; 4LDW A; 4Z02 A; 5LJ5 j; 1RAD B; 1M1K R; 2EQI A; 3CCM A; 1BB9 A; 3QWX X; 1VQ9 T; 1NJI U; 4A4K A; 1M90 R; 2R57 A; 1AWX A; 2DTI A; 4L5G A; 4OMF B; 2KNB B; 3HHT B; 2D1X A; 4OGE A; 3J80 E; 3OSS C; 3CCM T; 3URG A; 1K9A A; 2CH4 W; 3MEW A; 3C95 A; 5GAO q; 3MEU A; 4OGC A; 3GLX A; 3M5A A; 2NUT B; 2DLP A; 2D9T A; 2P4R A; 3JCM b; 2IVW A; 4M78 B; 5D7U A; 4M77 D; 3CXC P; 1WX6 A; 1KQS A; 2OI3 A; 3OYJ A; 2KT8 A; 2P0Q A; 1FXX A; 4FU6 A; 1IHW A; 5LJ5 h; 1X2Q A; 2O88 A; 1ZSZ C; 5J39 A; 3NGP A; 1PSE A; 4IUV A; 2DO3 A; 3CCM Q; 3WVE B; 1UEC A; 1G3Y A; 5CKB A; 1KJW A; 4C92 D; 3OQ5 A; 3MPU B; 4DBR A; 4FYY B; 1B34 A; 2EYQ A; 3H9N A; 2OAU A; 1TWB A; 1JEG A; 1K0S A; 2A0F B; 4J9E A; 2ATC B; 2O31 A; 1B07 A; 2RK2 A; 4FM4 B; 3ZEH A; 5ECA A; 1QWF A; 2M0Y A; 1OV3 A; 5IN1 A; 1M5Q 1; 2HQE A; 1HK9 A; 4C8Q D; 4J5Y A; 3CCR Q; 4J83 A; 2XKO C; 3G71 A; 2MCN A; 2EYW A; 2HSP A; 1V29 B; 3LYI A; 3GIB A; 1RAC B; 1LNX A; 1MNE A; 5GAN 4; 1BIB A; 2DKG A; 3TU4 K; 4C0D B; 1PNJ A; 4PJM A; 2O4X B; 4ZNX A; 3RMQ A; 1FWZ A; 2A37 A; 5IT9 E; 4ZTF A; 3NPF A; 3G71 T; 1K8A R; 2MWP A; 2HDA A; 5GAN j; 2X4Y A; 4CC3 A; 1R77 A; 1Y7X A; 2YHT A; 5GAN 3; 3M0R A; 3RKW A; 1OOT A; 2JTE A; 1VA7 A; 1JXM A; 5GJV B; 1BI3 A; 3LWI A; 3PMI A; 1UHF A; 3P8D A; 4DBH A; 2PQW A; 2E6Z A; 2XDD A; 1X75 C; 4N4I A; 2LCC A; 3EFS A; 1RAI B; 2QQR A; 1ZUU A; 2OJ2 A; 2VV5 A; 5J26 A; 4AT1 B; 4FYW B; 5FU6 B; 3CCS A; 1NPR A; 4PLI A; 1YJ9 A; 2YRD A; 2YT6 A; 2JM8 A; 4M7A A; 3N5B B; 1Q81 U; 4R55 A; 2XMF A; 4PJO B; 1RAB B; 1BBZ A; 1OZ2 A; 2QAZ A; 1W2B A; 1YFN A; 3CME A; 3EHR A; 1R0B G; 1VQM Q; 2LJ0 A; 1G8X A; 1NLP C; 3CCS T; 2KYB A; 1YJ9 T; 2VAS A; 2GF7 A; 2DBK A; 1KIK A; 3OW2 S; 1K9M U; 4PFZ A; 4M78 D; 4JS4 A; 1TG0 A; 1NLO C; 2H8H A; 3CME T; 2QTV A; 4GY5 A; 2FB7 A; 5KYX A; 4J9G A; 1MND A; 4RTT A; 3LLR A; 3OB9 A; 4CC2 A; 3MEV A; 2QQB A; 3OMG A; 2F2V A; 1FX7 A; 1NE8 A; 2V26 A; 1PRL C; 2FHD A; 4JJC A; 1TH7 A; 3QHS A; 2D0N A; 1RI9 A; 3CCS Q; 4J9H A; 2KY9 A; 1YJ9 Q; 4QKU A; 3QJY A; 4MZP A; 3EG9 A; 1X01 A; 3QYH B; 5DLO A; 1Y96 A; 3QG1 A; 3I5R A; 4EDU A; 1WNL A; 2HNI A; 2AZS A; 2RH2 A; 3CME Q; 1QVP A; 1W1F A; 2E4H A; 3CCJ Q; 2ECZ A; 1AT1 B; 1H3Z A; 5IHI A; 4N0A A; 5GAM d; 3CQT A; 1Q82 R; 3EGX A; 2LCL A; 3JCM d; 4ZGE B; 2K57 A; 3CBM A; 8ATC B; 2QG9 B; 1BCM A; 4RCB A; 2DD5 A; 4XTW A; 3VS2 A; 4LUE A; 1GRI A; 1QLY A; 4Z88 A; 1QCN A; 2ZGW A; 3PGG A; 3QWY A; 4WF2 A; 3DKM A; 3V8J A; 4FIB A; 4X9D A; 2GBQ A; 4ZGJ B; 3A5Z B; 4A4E A; 4HCZ A; 3VS0 A; 2EJG A; 4BE1 A; 1NBE B; 4J6X A; 4EMK B; 2G3R A; 5CCA A; 4Q5W A; 2K5F A; 2P84 A; 1VOM A; 2QDY B; 3CXC S; 2CSI A; 4D8K A; 2HBP A; 2I2L A; 1ABO A; 2HSE B; 5KCH A; 4M75 D; 5CKE A; 2P4T A; 4F16 A; 4LXC A; 4ELZ C; 1H8K A; 2Y90 A; 1ACM B; 4M7D A; 3EGD A; 1VQ4 Q; 3M4G A; 2XID A; 2DL3 A; 4M77 G; 3JCM V; 4JPB W; 4PJO D; 1AHJ B; 1NEG A; 2DF6 A; 2M16 A; 1XOV A; 1KD1 U; 4J9C A; 5CO7 A; 3OA6 A; 3VRY A; 1D3B A; 3DLM A; 1GFC A; 2KK4 A; 2V1R A; 4QQ6 A; 4C92 E; 2CDT A; 1VQ8 A; 4E2F B; 1Z9Q A; 2EYZ A; 4J9B A; 2AHJ B; 2DZC A; 2GFU A; 2LQW A; 5KYY A; 3EAE A; 3REB B; 3OYG A; 4C5I A; 4C0G A; 4C92 G; 1KC8 U; 2RHU A; 4EMG A; 4Y92 A; 3M56 A; 1VQ8 T; 3EHQ A; 1RI0 A; 4F7U A; 3PTA A; 2CS7 A; 4LDX A; 1K73 C; 3OS2 A; 3X24 B; 1K1Z A; 3GF5 A; 2MWO A; 5LJ5 e; 1G83 A; 1UEB A; 4C8Q G; 1TOV A; 7AT1 B; 3RES A; 4RKU E; 3M55 A; 3UAT A; 4AFQ C; 2J7I A; 2RB6 A; 2A08 A; 2B8A A; 2K2V A; 4ZN3 A; 4LN2 A; 1X2K A; 3MO8 A; 3CMA A; 2W10 A; 1T0J A; 2RHX A; 3LH0 A; 5LJ3 d; 5GAN 2; 4QT7 A; 2BZ8 A; 1VQO A; 4PFO A; 3U23 A; 1O9S A; 3OS1 A; 3BE3 A; 3CPW P; 4RTV A; 4ZTJ A; 2COW A; 3OMC A; 3R6N A; 4HVW A; 4E7K A; 3CMA T; 1WHM A; 1C1A A; 3AT1 B; 4PFP A; 2YDL A; 2CP7 A; 2RO0 A; 3PE0 A; 1M90 U; 1HSQ A; 1VQO T; 1EX4 A; 2RQW A; 2PU9 B; 1QP2 A; 4GBQ A; 4XTY A; 1VQ5 A; 3CCL A; 3QSU A; 2P0K A; 3GBQ A; 2RI5 A; 5I2S A; 1YCY A; 2LCS A; 2X4W A; 3M0Q A; 2YUN A; 2MOX A; 3QBY A; 1QMC A; 1OQK A; 2JXB A; 5EC7 A; 2DYI A; 1VQO Q; 1TUG B; 2FRY A; 3JB9 F; 2RQR A; 2DZ9 A; 3CCL T; 4E6R A; 5KYN A; 4RUG A; 3FJ5 A; 4E7L A; 1M30 A; 2F69 A; 3RBB B; 4M78 E; 3JB9 H; 3JCM Q; 3HFO A; 4KBM B; 1Q81 C; 5GMK i; 3V7C A; 4XAX B; 4B9X A; 1BI2 A; 1U8R A; 2JNG A; 4M78 G; 2C06 A; 4DOV A; 4C5G A; 4M7A D; 2QAS A; 1TU0 B; 4E7Z A; 4C5H A; 1U06 A; 5FRN A; 2VWF A; 4OMO A; 1M8M A; 3OYL A; 4O6J A; 4JZ4 A; 1Q86 C; 4OMP A; 3L2Z A; 2QQS A; 5GAN e; 4BI4 A; 2AZV A; 2EFI A; 2ZPG B; 3BW1 A; 1AVZ C; 2RHZ A; 5HY6 A; 4X9C A; 1OUL A; 4XK8 E; 1X6O A; 1YHQ A; 2KEA A; 1M3A A; 4BI8 B; 4FW2 A; 4QVC A; 6AT1 B; 1WXU A; 2CUD A; 2CKK A; 2X35 A; 3DLL A; 3EGU A; 5GMK j; 5CQX A; 3NFC A; 2FPE A; 2M51 A; 3OW2 P; 2HZY A; 5AYF A; 1WHG A; 2MYS A; 4OP0 A; 2G6F X; 2RMO A; 3ME9 A; 1M1F A; 2BUD A; 3M0P A; 4HT8 A; 2DTH A; 4TVR A; 1ZBX A; 2DK3 A; 1D09 B; 1FMV A; 2FPD A; 2YLC A; 2ESW A; 5HK3 A; 2W0Z A; 2LP5 A; 5FU6 C; 2DET A; 4ATO A; 4HKE A; 2SRC A; 1RLP C; 5KYW A; 5FLX E; 4EIK A; 2PVO B; 3VUB A; 5GMK l; 1RUW A; 3A98 A; 3PIP A; 1Y71 A; 1SHG A; 1B7T A; 2X9H A; 4L6V 5; 1YJN A; 3C4S A; 2K3X A; 2VKN A; 4M75 G; 4OB1 B; 4E7H A; 4GLK A; 2J05 A; 3QZ9 B; 2MIO A; 1IO6 A; 1N8R C; 3LX7 A; 2A3L A; 2R5A A; 4MDW A; 3H0F A; 1GFD A; 4PLL A; 2OTJ A; 2RA2 A; 3C94 A; 2WSC E; 4PJO G; 1YJN T; 5KE3 A; 4JRK A; 4HVU A; 3CCE A; 3SWN A; 2XHC A; 1FMK A; 1IHV A; 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1YN8 A; 2XDP A; 3JCM h; 1D1B A; 2JS2 A; 1QQJ A; 2DNU A; 5GMK m; 4C5E A; 4FW1 A; 3C0C A; 1YIT Q; 1U3O A; 2RM4 A; 1TS9 A; 1ZUK A; 1D0X A; 1YI2 T; 1WYX A; 1ZSZ A; 1RAF B; 4JRP A; 1ZA2 B; 1Q95 G; 3HSB A; 1NZ9 A; 1OI1 A; 3NMZ C; 3E9G A; 3UDC A; 1YIJ Q; 2E5Q A; 1W4S A; 4J8O A; 4A54 A; 2MI6 A; 1BU1 A; 2X4X A; 4XU0 A; 1D1C A; 3JV3 A; 2K5I A; 2RQV A; 3G1J A; 4O5V A; 3VU3 C; 4M78 F; 2M0O A; 3SHW A; 3G71 Q; 1Y0M A; 1YI2 Q; 1AZE A; 3GNG A; 4M7A G; 4HCK A; 2QQA A; 4LD6 A; 3EG2 A; 5GJW B; 3G4S A; 1WQ7 A; 1UGV A; 3EFR A; 4M75 B; 2ZAE A; 2ED1 A; 3V8K A; 1KG1 A; 5LJ3 f; 2MF2 A; 3PVL A; 4NS5 A; 4BDZ A; 2CP5 A; 3CC7 A; 1H3H A; 4BY6 B; 3E19 A; 3G4S T; 5HKC A; 4XU2 A; 1M27 C; 4QW2 A; 3MJX A; 1PKT A; 2HL5 C; 2FL7 A; 2CUB A; 1W2B P; 5CAI A; 1WHL A; 2O9S A; 3CC7 T; 5LJ3 g; 1WJQ A; 1QVF P; 3DB4 A; 2CT4 A; 1N9R A; 2KRN A; 4PKC C; 3EFO A; 2K4Y A; 1D0Z A; 1QKX A; 2EKO A; 1WA7 A; 1M3C A; 1PHT A; 4UC4 A; 3G4S Q; 2L2P A; 3M54 A; 5D6Y A; 2EPD A; 3L42 A; 4AMC A; 2DBM A; 5LJ3 j; 1WHK A; 1QVG P; 2IG0 A; 3CC7 Q; 4FSX A; 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