The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
EDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Caulobacter vibrioides
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| publication title |
Structure of C. crescentus SspB ortholog
rcsb |
| molecule keywords |
SspB Protein
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUL A; 1OX8 A; 1OU8 A; 1OU9 A; 1ZSZ B; 2NYS A; 1ZSZ A; 1TWB A; 2QAS A; 1ZSZ C; 1YFN A; 1OX9 A; 2QAZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DBQ A; 4D6W A; 5KH6 A; 2CP2 A; 4BY6 B; 2DL7 A; 2AHJ B; 2LNV A; 5GMK j; 3LWH A; 2E5K A; 2EAY A; 4F7U G; 4HVV A; 4XU0 A; 3M0T A; 5GAN e; 1ZQ1 A; 3I56 T; 2VGN A; 3G4S T; 2O01 E; 4LDY A; 2MF2 A; 3INZ A; 2YT6 A; 1UGV A; 1MV3 A; 1OI1 A; 1W4S A; 2L3R A; 4BE0 A; 2QTV A; 1ACM B; 5L23 A; 1QVP A; 4E7Z A; 2VYT A; 3CCE T; 3MHX A; 2Y4X A; 3OS5 A; 4DBR A; 1JJ2 P; 4FU6 A; 4ZN1 A; 2COW A; 2VC8 A; 3I56 Q; 2CH4 W; 4AFQ C; 3G4S Q; 2XKO C; 2X9H A; 2EBP A; 1LPL A; 5DY9 A; 1W6X A; 1G5V A; 4M75 E; 2LJ0 A; 2Z0W A; 4KT0 E; 1Y96 B; 5AT1 B; 5GAO m; 5GAO r; 3EAE A; 2X51 A; 2JMC A; 1T0H A; 2HQE A; 1KHI A; 2E10 A; 3CPW S; 1IRE B; 1Q81 C; 3CCE Q; 1WYX A; 4AFS C; 2FO0 A; 2BZX A; 2CZ7 B; 5I2M A; 5FLX E; 3BDL A; 1W2B S; 1PRM C; 2AKL A; 3QBY A; 1OOT A; 4M77 D; 1ZLM A; 1KJW A; 2V8K A; 4M75 F; 3JB9 J; 5I11 A; 3WVE B; 1YCY A; 4N0A C; 5KYW A; 4HT9 A; 5HK3 A; 2DJQ A; 2JTM A; 1KQS A; 1UE9 A; 1SSF A; 2W10 A; 2V8J A; 2RM4 A; 3DLM A; 1N5Z A; 1D0X A; 1N9R A; 1ZA1 B; 4FYX B; 4EPC A; 2GFA A; 1QWE A; 5GAM e; 2PUK B; 4XTZ A; 1WGS A; 4C0G A; 4WF2 A; 2NYS A; 4LD9 K; 3VJP A; 1YWO A; 1PSE A; 1WNL A; 3MEU A; 3EGD B; 2LQW A; 2OI3 A; 3AHU A; 2C0T A; 5KYY A; 2LT4 A; 5FU6 C; 3URG A; 1S1N A; 3FRN A; 1OZ2 A; 5CKB A; 4J8O A; 2F69 A; 2QEX A; 5CO7 A; 9ATC B; 5GAO l; 1X27 A; 4RTU A; 3VUZ A; 2F5T X; 5FW9 A; 1Q7Y U; 5J26 A; 2RHZ A; 1UGQ B; 3DB3 A; 2DXU A; 3OY9 A; 3FJP A; 1OV3 A; 1YCS B; 3A8M B; 2XDD A; 3RNJ A; 4AFZ C; 5CKD A; 4J83 A; 4Q5W A; 1M1K U; 5KE3 A; 1C6V X; 4ZTJ A; 5FU6 B; 3O5Z A; 1VQM A; 3OYG A; 2CZ0 B; 2ROT A; 3TSZ A; 1WHK A; 4M77 E; 4M75 G; 4LDU A; 4PLL A; 3G6E T; 3TQ7 P; 2L8D A; 1WJS A; 3MET A; 1KC8 R; 3QUI A; 4FYV B; 4XTY A; 4B9X A; 1O75 A; 2KDS A; 3FLG A; 3ME9 A; 3KXT A; 1BB9 A; 1H92 A; 3QJY A; 1OU9 A; 3CXC A; 5GAN d; 1VQ5 T; 4QQD A; 3J7A F; 3N5B B; 1VQ5 A; 3CCM A; 2FYK A; 2ENM A; 2HZY A; 4M77 F; 4CRI A; 3CMA T; 3I5R A; 4E47 A; 3G6E Q; 3RMQ A; 4IUR A; 4EMK C; 4L6V 5; 4JJD A; 1F1B B; 2LRQ A; 1UHF A; 5GAN g; 3JCM b; 1YJ9 T; 1LNX A; 1XNI A; 2CP3 A; 2LQ8 A; 1Y96 A; 1VQ5 Q; 1RUW A; 2HDA A; 3A98 A; 2VAS A; 2CP0 A; 1U5S A; 4C8Q B; 1H64 1; 3CMA Q; 1RAC B; 4N4G A; 1VUB A; 1D0Y A; 4HCZ A; 1DJ7 B; 4ME7 A; 4ANJ A; 4CI0 C; 4JLG A; 1YJ9 Q; 4FM4 B; 5I22 A; 1TOV A; 4HT8 A; 4KH0 B; 1I81 A; 5FRO A; 2FHD A; 2Y4Y A; 1K9A A; 1PCX A; 5IHK A; 2CDT A; 1M2V B; 4NL3 A; 2EVR A; 4J9E A; 2FEI A; 3PFS A; 4M75 C; 2LQK A; 3EGX B; 4M7D B; 3A5Z B; 3WXM B; 4IUP A; 2I0N A; 1NE8 A; 2QA4 A; 1ZBJ A; 2PUO B; 1Y71 A; 4FYW B; 1WDX A; 1V1C A; 2RQW A; 1FYN A; 2JTE A; 3CCL T; 3P8H A; 4X9D A; 1ZHI A; 2QQ9 A; 2KAF A; 1G8X A; 1OX9 A; 2D0N A; 3WVD B; 3BDU A; 5GMK m; 1SPK A; 2CZ6 B; 3VS2 A; 1I07 A; 2CSQ A; 1K73 U; 3CC2 A; 3C4S A; 1BK2 A; 2E6N A; 2BE7 D; 2DXC A; 2KXC A; 2MMP A; 8ATC B; 1QKX A; 1VQO T; 3DB4 A; 5IHN A; 2HMA A; 2H8H A; 1TUC A; 3I35 A; 3NGP A; 2RJD A; 4J9B A; 2OJ2 A; 2YXY A; 3CCL Q; 4FT4 A; 1UUE A; 1K8A R; 1M90 U; 1VQ9 T; 4LXC A; 2QQR A; 3TU4 K; 1VQ9 A; 1KC8 C; 2K3Y A; 3MO8 A; 4OB0 B; 3JCM J; 2DMO A; 5I2S A; 1GFC A; 3L42 A; 1Q86 U; 1RL2 A; 4JPB W; 3SWN C; 1VQO Q; 1QVG A; 4MML A; 4QVZ A; 2HQX A; 3JCM c; 3CCQ A; 2DK3 A; 3EHQ A; 2J6O A; 2HD0 A; 1VQ9 Q; 3CC4 T; 5LJ3 j; 1YBY A; 2GBQ A; 1ARK A; 3RR6 A; 2F1L A; 3M59 A; 4JUV A; 2O88 A; 2E6Z A; 1V29 B; 1ZA2 B; 2XU8 A; 2RHU A; 1HK9 A; 1BCO A; 4QT7 A; 1WHH A; 4F14 A; 2O2O A; 1BU1 A; 1YJN A; 2L2P A; 1E6H A; 5CQX A; 3JB9 G; 1BYM A; 2NWM A; 2P4R A; 4J9I A; 2V1R A; 4KRT A; 3A8G B; 3OYB A; 4DOW A; 3CC4 Q; 3EG3 A; 4JJN K; 2EQU A; 2RHX A; 1JJ2 A; 3HRU A; 1QKW A; 2CKK A; 3HHT B; 5GJV B; 2GFU A; 2GF7 A; 8AT1 B; 4X9C A; 2QQA A; 1YJN Q; 1AEY A; 1BI0 A; 4C8Q A; 2KRS A; 2E1H A; 1VOM A; 1K1Z A; 4OML A; 1MMN A; 1BI3 A; 2PNI A; 4OB3 B; 4RMO A; 5LJ5 j; 4MMK A; 1GCQ A; 3PT9 A; 4E7L A; 1KFZ A; 1WQ7 A; 2ZZD A; 2MI6 A; 2EYY A; 4JLI A; 2CUD A; 1Y07 A; 3HRT A; 1M2V A; 2HAX A; 1QCF A; 3BY7 A; 2BZY A; 3EGX A; 3M0U A; 4M7D A; 1Q7Y R; 5GMK i; 2FL7 A; 2RF0 A; 3REA B; 1SHF A; 5GAN f; 3CC7 T; 1N9S A; 2QGF B; 1VYU A; 2K2M A; 2K5I A; 1M1K R; 3OYM A; 3JCM V; 1UGS B; 1AD5 A; 2GCX A; 3CCV T; 2DAQ A; 4R0K A; 1S72 A; 2PVD B; 2AK5 A; 3ZFJ A; 2V26 A; 3QKJ A; 4DA4 A; 3I5S A; 1AVZ C; 2DVJ A; 1N8R C; 3J81 E; 1ZUK A; 4PFZ A; 3UPU A; 1RAA B; 1PD0 A; 1YJW T; 3CC7 Q; 3QZ9 B; 5GAN 8; 2D1X A; 3JB9 I; 2DIQ A; 3OYK A; 4E7H A; 2XID A; 3V7C A; 4FCY A; 1KHC A; 3CCV Q; 1WX6 A; 3RBB B; 5CQY A; 4LDX A; 1M27 C; 4Z88 A; 1UB4 A; 2ROL A; 3QDF A; 2IVW A; 2CZ1 B; 2DTH A; 4F7U E; 1Y7X A; 2JT4 A; 4KGX B; 2L3Q A; 4OMQ A; 1YJW Q; 4CC4 B; 2XD0 A; 3GBQ A; 2R5M A; 2F2W A; 2CT3 A; 1PD1 A; 3QDR B; 1TG0 A; 3VS3 A; 2F2X A; 1U06 A; 1VQ4 A; 3EG1 A; 2K6D A; 2GTO A; 3PIO A; 2QG9 B; 1MUZ A; 1EIF A; 2A3L A; 4GY5 A; 5CVI A; 3EG9 B; 1VQ6 A; 3E9F A; 3A8L B; 5IN1 A; 3E19 A; 4M7A B; 3RKY A; 1SF9 A; 5KCH A; 4PJM A; 2WSC E; 2EGE A; 1D0Z A; 5LJ5 h; 3CCJ T; 3O8V A; 3ER0 A; 1OX8 A; 3THK A; 2GQV A; 4C92 B; 3LX7 A; 2DEU A; 4PFO A; 1BCM A; 1FX7 A; 1Q7Y C; 4C0F A; 2KBT A; 4FSX A; 1WJQ A; 1K73 R; 3M56 A; 1NLO C; 1HYO A; 1K4U S; 2A08 A; 2BZ8 A; 2PU9 B; 4BY6 C; 3L2U A; 3CME T; 1ABQ A; 3CCJ Q; 3TRE A; 2ZCF B; 4Z89 A; 1VQK A; 1MMA A; 2J6K A; 1UDL A; 4RCC A; 5CKF A; 1RAF B; 4LDV A; 5AYF A; 2RJC A; 2YUN A; 3H0F A; 4HVW A; 1NYF A; 3UDC A; 3M54 A; 2EQK A; 1PSF A; 2EWN A; 3JCM X; 1X6B A; 4IKF A; 3LYI A; 2DZC A; 3EG2 A; 3OYF A; 1Q86 R; 1E6G A; 2YUO A; 1B07 A; 2HBW A; 3CME Q; 2DA9 A; 1XOV A; 2C06 A; 1MV0 B; 2XIC A; 4AFU C; 2EFI A; 4X1V A; 3VS5 A; 1R0C B; 1D09 B; 1I8F A; 1QVF S; 5HKC A; 1U3O A; 1Q82 C; 2DFU A; 2JM8 A; 1UJY A; 1YI2 A; 1UFF A; 2F5K A; 1FMW A; 1M5Q 1; 3M58 A; 1Z9Z A; 3M4G A; 1QQJ A; 2IIM A; 1P92 A; 5D6Y A; 1TH7 A; 1QVF P; 2DNU A; 5HK0 A; 1VQP A; 4IIM A; 4PJO A; 4OF1 A; 2DLP A; 3GNG A; 1WHG A; 5GAM j; 1WLP B; 2X3W D; 3X28 B; 4E7K A; 3PGG A; 3MP6 A; 3OYN A; 2JNG A; 2MK5 A; 2OTJ A; 3OYL A; 1K8A U; 3VS0 A; 4M78 A; 4VUB A; 4IUQ A; 2QTX A; 3X25 B; 2RQR A; 3C95 A; 1WJR A; 1IGQ A; 2YLB A; 1AWJ A; 1X43 A; 2EYQ A; 2MOX A; 2LZ6 B; 2CRE A; 1UHC A; 2XHC A; 2DEQ A; 3S6W A; 2OTJ Q; 4LN2 A; 2K79 A; 2SEM A; 4XAX B; 3SB2 A; 1WZO A; 1R0B G; 3JB9 H; 4P5N A; 2JJ9 A; 2EW3 A; 1OYX A; 3VUB A; 1H3Z A; 2FRY A; 3JCM h; 3EG9 A; 2KT8 A; 2CT4 A; 3VV0 A; 2FZK B; 2EJF A; 5C6S A; 4M7A A; 3CPW P; 4Y91 A; 4F16 A; 2RB6 A; 4LE9 A; 1UEB A; 2EYZ A; 3LWI A; 1T3S A; 5IAY A; 3LH0 A; 1W2B P; 1QCN A; 2RJF A; 3CQT A; 2EYX A; 2QK0 A; 4KGV B; 2MWO A; 5D6W A; 5DLQ E; 1M90 C; 4C92 A; 5KE2 A; 3TCJ A; 2OTL A; 3GIB A; 2LJ1 A; 3PVL A; 2DM1 A; 2A7Y A; 4C8Q G; 4OMN A; 2YRC A; 4JJC A; 1Q86 C; 1PKT A; 5CCA A; 3SDZ A; 2W0Z A; 2KEA A; 1BBZ A; 3QG1 A; 2EKH A; 1K0S A; 1ZX6 A; 1RI0 A; 2ESW A; 1GFD A; 2VWF A; 2KK4 A; 5GMK h; 1AOJ A; 5KCO A; 1U1T A; 3RIR A; 1C1A A; 6AT1 B; 4LDW A; 4M7D G; 2QEX T; 4II1 A; 4ORZ A; 2L5Q A; 2V8I A; 3VYG A; 3OYC A; 2KQW A; 2BIV A; 3JB9 D; 5L8R E; 3VS7 A; 4QVC A; 3S3O A; 5A0D A; 7AT1 B; 4ZGD B; 1VQM T; 2KY9 A; 3SEM A; 1R8O B; 2QEX Q; 1O9S A; 2QAS A; 1B3Q A; 2GQI A; 2A0F B; 5FU7 C; 2NUT A; 1G3S A; 3T9N A; 3TVT A; 2VXF A; 2K5F A; 3VS4 A; 5HY6 A; 1T0J A; 2XI9 A; 2KI7 A; 2HBP A; 2ZPB B; 3CCM T; 3L2R A; 4C8Q C; 1VQM Q; 3HTR A; 1AZE A; 4OMO A; 4M7A D; 3GNF B; 1IB8 A; 3NTK A; 2DKG A; 3HKS A; 4J9D A; 5EG2 A; 2B86 A; 4RG2 A; 1GCQ C; 2JM9 A; 5CKH A; 4A63 B; 2VVK A; 1MND A; 4GLK A; 5FU7 B; 5GAN 4; 3L2W A; 4AG1 C; 2X4X A; 2KRO A; 2QYZ A; 1Z9Q A; 4M7D C; 3JSC A; 3CCM Q; 1WHL A; 2DL3 A; 1B7T A; 3JCM d; 2LNH B; 3OYJ A; 1QWF A; 4NOY A; 1NPR A; 2E3H A; 2MYS A; 1I4K 1; 2L3S A; 2PZ1 A; 5FRN A; 1WA7 A; 2P84 A; 1KQ2 A; 5GAO p; 2QAZ A; 4YTL A; 2F2V A; 4J9F A; 3MPU B; 2KR3 A; 4HCK A; 2QA4 T; 5GAN 3; 2CSI A; 1BKB A; 3H9N A; 2COZ A; 3OMG A; 4OMF B; 3L1A A; 3I9Q A; 1NJI U; 3QII A; 4DEY A; 2LX9 A; 4AT1 B; 2QI2 A; 3JB9 F; 1AWO A; 3CBM A; 1QW1 A; 3OYY A; 1OUL A; 2FB7 A; 1BI2 A; 2EJ9 A; 4FW1 A; 3EFO B; 3H8Z A; 2DRM A; 1LCK A; 3CC2 T; 4A4E A; 2LQN A; 2QA4 Q; 2EGA A; 3AT1 B; 3MEV A; 1D3B B; 1NG2 A; 4M7A E; 3HRS A; 3JCM Q; 1Q81 U; 3PMI A; 1X69 A; 1LOJ A; 2K4Y A; 2H3J A; 1AWW A; 4C5E A; 1X6O A; 1M3C A; 4J5Y A; 4OVA A; 3LW5 E; 4A54 A; 3NMZ C; 2K3X A; 2WAC A; 2FPE A; 4RTZ A; 2LCC A; 2AZS A; 2VXE A; 5DM7 R; 2K5L A; 1RAB B; 4RUG A; 2QQS A; 4K11 A; 1AZG B; 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1S72 T; 2ATC B; 3EFO A; 2O4X B; 4BI3 A; 3F70 A; 2LTO A; 4M78 C; 1VQ8 Q; 1D3B A; 3CBO A; 1UEC A; 4QKU A; 1EFN A; 3JCM W; 3PIP A; 4PJJ A; 2FRW A; 3LH5 A; 3ZEH A; 4PJO B; 4XK8 E; 2ZPI B; 1VQN A; 2GTJ A; 1RAD B; 3CXC S; 1UGR B; 1ZBX A; 5CAI A; 2RQV A; 3JCM f; 2DBK A; 1X2Q A; 3BW1 A; 2I2L A; 2LCS A; 1S72 Q; 3M0Q A; 1IZ6 A; 1RAI B; 2FPF A; 1IXD A; 2QQB A; 1B34 B; 5LJ3 h; 4M78 B; 1MMD A; 3M4Y A; 1OZ3 A; 2X4J A; 2CH4 A; 3NPF A; 4FIB A; 2L3P A; 5CKE A; 3V8L A; 2H3E B; 1PNJ A; 3R6O A; 4M7A C; 1TS9 A; 4FT2 A; 4ZTF A; 2QDY B; 2QXF A; 4IUV A; 1VQ4 T; 4ZGE B; 5CR2 A; 5GJW B; 3M0S A; 2LX7 A; 3DKM A; 4MDW A; 4C8Q D; 3L2Q A; 4UC4 A; 4ELY C; 5LJ5 e; 3G71 A; 1GCP A; 2D8J A; 3UWN A; 2HSP A; 4C92 C; 1VQ6 T; 1SKU B; 3UA6 A; 4WCI A; 4NS5 A; 2DE0 X; 2M0O A; 4O6J A; 1MMG A; 1X6G A; 4OGE A; 1NEG A; 1G3W A; 1UJ0 A; 2CUB A; 5GAN j; 2KSS A; 1VQ4 Q; 1EX4 A; 4HXJ A; 2CGH A; 4OGC A; 2E12 A; 4QQ6 A; 4M7D D; 3VRY A; 1FWZ A; 2M51 A; 1NJI R; 5HCK A; 1JB0 E; 1M8M A; 2LT1 A; 1MGQ A; 4MZT A; 1VQ6 Q; 2G6F X; 3J80 E; 4CC2 A; 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