The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
EDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of C. crescentus SspB ortholog
rcsb |
| molecule keywords |
SspB Protein
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Caulobacter vibrioides
|
| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ C; 1ZSZ B; 2QAS A; 1YFN A; 1ZSZ A; 1TWB A; 1OX8 A; 1OX9 A; 2QAZ A; 1OU9 A; 1OUL A; 1OU8 A; 2NYS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YI2 Q; 4R55 A; 1PG5 B; 2RHZ A; 5LL6 S; 4JZ3 A; 1NM7 A; 1NBE B; 1QKW A; 2VKN A; 3OB9 A; 4PLI A; 2DO3 A; 1AWJ A; 2XU8 A; 4M75 E; 3PIP A; 2V8J A; 2OJ2 A; 3PMT A; 1QW1 A; 1UDL A; 3MEW A; 1YJN Q; 3M56 A; 1S72 Q; 3Q1J A; 4XTZ A; 2DPP B; 1K9M R; 2ENM A; 3OBW A; 4FU6 A; 1Q7Y U; 2GNC A; 3O8V A; 5CK9 A; 3JB9 G; 3OW2 S; 3PIO A; 1QWE A; 1T0J A; 1TU0 B; 1XNI A; 3VS1 A; 1N27 A; 4P5N A; 4QKU A; 4C8Q E; 2J6O A; 1VQP T; 2NUT B; 1MMN A; 2F5T X; 2L2P A; 3NGP A; 2G3R A; 2E41 A; 2J6K A; 1U8R A; 3AHU A; 3SWN B; 5IXF A; 4AFS C; 1AWW A; 4FL6 A; 3I56 Q; 1WNL A; 4KGX B; 3JCM c; 2RNA A; 5HY6 A; 4IUT A; 2A36 A; 4M75 B; 4JS4 A; 1BCO A; 3CBP A; 1UEC A; 2E4H A; 2KK4 A; 3EGU A; 1S72 T; 3MO8 A; 3TCJ A; 4C5G A; 1G3S A; 3PVL A; 3LYI A; 2IPO B; 4OB0 B; 4QQ6 A; 2VGN A; 2KI7 A; 2RQV A; 4JRK A; 3VS2 A; 1QCF A; 2K3B A; 1MMD A; 5GMK m; 2YXY A; 1SSH A; 1WX6 A; 4ZGD B; 1GRI A; 2RA2 A; 1P92 A; 2GQI A; 2FHD A; 2FZG B; 1JEG A; 1QP2 A; 1M1K C; 2RM4 A; 1Q81 C; 1NLP C; 2LP5 A; 8ATC B; 1NG2 A; 4J9I A; 5CQX A; 5GMK l; 2FZK B; 3CBM A; 4ORZ A; 3M54 A; 2F2X A; 2CSI A; 1K4U S; 2X3X D; 5FRN A; 1M8M A; 3WXM B; 2DD5 A; 2MAM A; 4JJN K; 1KD1 U; 4MML A; 4PJO G; 1TUD A; 2OX7 A; 1PHT A; 2KVQ G; 4JJC A; 4EMG A; 3SEM A; 4ZNX A; 5I21 A; 1F1B B; 3WVE B; 5GMK j; 2KRN A; 2DAQ A; 1VQN Q; 4M7D C; 3EGX A; 1SF9 A; 1M2V B; 3LWH A; 1VIE A; 4CRI A; 4B9W A; 2OTJ A; 1OX8 A; 5J39 A; 3QSU A; 1VQL T; 2DZ9 A; 5KYW A; 2LJ3 A; 3DB4 A; 3GP8 A; 2HQX A; 2JM9 A; 2DJZ A; 4MDX A; 3VS5 A; 2FO0 A; 1NEG A; 2HSP A; 5GAN 3; 2M02 A; 2QEX Q; 2JS0 A; 1KD1 C; 1NZ9 A; 1ARK A; 4JJB A; 3QWY A; 1VQ5 T; 5HCK A; 3UA6 A; 4DEY A; 4Z89 A; 4OGC A; 3CCV Q; 2MI6 A; 3E19 A; 1M2O A; 3QDR B; 3QHS A; 1UHF A; 2OTL A; 1OU8 A; 2DNU A; 4C92 G; 2XHC A; 1OZ3 A; 1GBR A; 1YIT Q; 3L2W A; 1Y0M A; 1YHQ T; 4FYY B; 2KGT A; 4J9H A; 3A5Z B; 3P8D A; 3VV0 A; 4N0A A; 5ECA A; 4C5E A; 3CCE Q; 3RBB B; 3L42 A; 2COZ A; 1FMV A; 3JCM d; 1Y71 A; 2BZX A; 4MZP A; 4IKF A; 1NEB A; 4PJN A; 3HRS A; 5KE2 A; 4OMO A; 1BU1 A; 4A4K A; 3VUB A; 1MNE A; 1U5S A; 2RF0 A; 3M55 A; 2GCX A; 5GAM h; 1Q7Y R; 3T9N A; 4E7J A; 2KYB A; 3EHR A; 2PUK B; 5GAM e; 1B7T A; 3M0P A; 2LQN A; 2K4Y A; 5GJV B; 2YRC A; 3U23 A; 3M0S A; 5CQY A; 4K11 A; 1M1K R; 2HNI A; 2KE9 A; 2MIO A; 3UDC A; 5GAM f; 3CCE T; 2DZC A; 1LPL A; 1GL5 A; 2LNH B; 1X27 A; 4BDZ A; 1BI1 A; 4QQG A; 5GMK i; 1PC0 A; 1WZO A; 1YBY A; 3J80 E; 2KT1 A; 1YP5 A; 4M78 A; 1MHN A; 3G71 A; 2ED1 A; 3H8Z A; 4HA8 A; 1BI3 A; 4PLL A; 2X4Y A; 4CC4 B; 3PTA A; 1R0C B; 1RAD B; 5IHI A; 1Q95 G; 3CQT A; 5GAO r; 2M0O A; 3A8O B; 5EC7 A; 3H9N A; 1JXO A; 4IUV A; 3SWN A; 4EMH A; 3GPL A; 3CCL Q; 1M30 A; 5KCH A; 3JCM J; 1C0M A; 2CRE A; 5CKH A; 3LH0 A; 2EJF A; 3OYN A; 4M75 A; 2D0Q B; 1FWZ A; 3I5R A; 1U1T A; 4M7A E; 5GAN 4; 1JB0 E; 1FXX A; 5DM7 R; 2E1H A; 2M51 A; 2YLB A; 5HK0 A; 5GAN h; 2ZPE B; 2E5K A; 1VYT A; 4F17 A; 4NL2 A; 3EFO A; 2MK5 A; 3ZEH A; 1WXT A; 3OSV A; 3CXC A; 1VQO T; 4L5G A; 1KD1 R; 4II1 A; 5KYY A; 2RO0 A; 4C8Q A; 1PNJ A; 4NS5 A; 2PUO B; 1JJ2 P; 9ATC B; 1UHC A; 3CME A; 1Q82 C; 1SPK A; 5KYU A; 4X9D A; 1WPY A; 1IHV A; 3H0I A; 3CCU A; 2FVU A; 1GFD A; 1UUE A; 3HRT A; 2PZ1 A; 4HVW A; 4XK8 E; 3TU4 K; 3L2Q A; 2EQM A; 1OQK A; 1D1C A; 3WVD B; 1R8O B; 1KJW A; 4C5H A; 3G6E T; 4OMM A; 4ME7 A; 2R5M A; 1YWP A; 2SRC A; 2C0T A; 1AD5 A; 4R0K A; 3S6W A; 1X43 A; 4JS5 A; 3HFO A; 3O5Z A; 1V1C A; 3CCQ Q; 2E64 A; 1X6G A; 1OZ2 A; 5LJ5 j; 4CC3 A; 1K8A U; 5DLO A; 4M7D G; 4DOV A; 2LQ8 A; 1JJ2 S; 2QYZ A; 5C6S A; 3M59 A; 3QZ9 B; 3SDZ A; 5J26 A; 5CCA A; 2Y90 A; 2RB6 A; 1LVK A; 4BY6 B; 5GAO q; 2NWM A; 3MHX A; 2QXF A; 1VQ4 A; 4KUD K; 4EPC A; 4L59 A; 1BKB A; 3SD4 A; 1U3O A; 3CC2 T; 1SHF A; 5FU6 B; 1UGQ B; 3QDF A; 2RHX A; 3EGD A; 1N6A A; 2CZ7 B; 3CCM A; 1X6B A; 3BFM A; 4PKC C; 2EVR A; 3OW2 A; 1M3B A; 2D0N A; 4RTZ A; 3BDU A; 2P0Q A; 4BI8 B; 1I1J A; 1QMC A; 5HK3 A; 2EYZ A; 3EFS A; 3FDR A; 1BI0 A; 2EGE A; 2DL3 A; 2ECZ A; 1YJW A; 3OYJ A; 3I55 A; 4FCY A; 1QCO A; 3OYH A; 3HSB A; 3S3O A; 3JCM X; 1W1F A; 4M77 B; 4PJO E; 4QVC A; 3M58 A; 2PNI A; 3KBG A; 3CD6 T; 2MWO A; 3F70 A; 1IRE B; 2H3J A; 3OMG A; 4XU3 A; 4Z88 A; 3OYG A; 2RHI A; 4OF1 A; 2LJ0 A; 1CKB A; 3CMA A; 3UF4 A; 3RIR A; 3MCA B; 1OX9 A; 2RQR A; 3OA6 A; 4V2S A; 2RJD A; 2XG8 D; 1JU5 C; 1W70 A; 4LDV A; 4EMK A; 1D3B A; 3FEO A; 4E7I A; 1LOJ A; 1NE8 A; 1ZHI A; 1PSF A; 2HSE B; 4HCB A; 1PD1 A; 1VQK T; 2YDL A; 3C94 A; 1KHI A; 5LJ5 g; 4C92 E; 2LVM A; 3DLL A; 4Q5W A; 3FIF A; 2RI3 A; 2JW4 A; 2HKQ B; 2E70 A; 2DRK A; 8AT1 B; 1IO6 A; 1V76 A; 3E2U A; 1IGQ A; 2OTJ Q; 2VUB A; 4M78 F; 2RK1 A; 4GLM A; 3URG A; 2HMA A; 5A0G A; 2EAY A; 4AFU C; 2LX7 A; 3KUF A; 3I5S A; 1RLQ C; 1AHJ B; 1ACM B; 3PFS A; 1NYG A; 4MDW A; 1ZSZ A; 4FYX B; 1M90 U; 4M75 F; 2EKH A; 4O5V A; 4AMC A; 5A0D A; 2JN0 A; 1RAE B; 3NTH A; 4OMN A; 3VRZ A; 4PK4 A; 2OTL Q; 2DL4 A; 1OPK A; 2A28 A; 2DYI A; 2DBK A; 4FSX A; 1H3H A; 3L1A A; 2HL5 C; 4XU1 A; 3VS0 A; 4E47 A; 2JTE A; 3EGX B; 3BW1 A; 2IVW A; 3VS3 A; 2J7I A; 4C8Q F; 1VQM A; 2ABL A; 1Z9Z A; 4HXJ A; 1K9A A; 1AWX A; 1SHG A; 1K8A R; 3NFC A; 1M90 C; 5KYW B; 3UA7 A; 1IRX A; 3H0H A; 3MPU B; 3TSW A; 3QYH B; 2CZ1 B; 3DLM A; 3CCJ Q; 1Y96 A; 2O01 E; 4RCB A; 1UGR B; 2Y4Y A; 2PVD B; 2F1L A; 3JRZ A; 5A0L A; 4M7A A; 4IIM A; 2JM8 A; 2YUN A; 3PVQ A; 2ZPB B; 3OSS C; 3RKY A; 2DVE A; 2OTL T; 1IGU A; 2K5L A; 1QLY A; 1H64 1; 1RLP C; 2EBP A; 5CAI A; 5CKD A; 3V8K A; 2KEA A; 1RAF B; 2BE7 D; 4EIK A; 3M53 A; 2L3S A; 2ROL A; 4MMK A; 2BIV A; 4IUQ A; 3OS5 A; 1TOV A; 2VV5 A; 4PL6 A; 1SRL A; 2K3X A; 2OAW A; 1W4S A; 3RKW A; 2CT3 A; 4B9X A; 1YJ9 A; 1GCQ C; 2FPD A; 1VQ8 A; 4LD9 K; 3ASK A; 5GAN 5; 1ZSG A; 2RJE A; 4J9D A; 1TG0 A; 2EYX A; 2EWN A; 3X26 B; 4J9B A; 5KYX B; 3CC7 A; 1J3T A; 2QGF B; 4M77 A; 2SEM A; 4JDS A; 2O9S A; 2OAU A; 3CD6 A; 2I2L A; 4HT9 A; 1JRI A; 1KQS P; 1D1B A; 1ZA1 B; 1M27 C; 3VS6 A; 4ZN3 A; 4Z8A A; 4M7D E; 3VS7 A; 3EG2 A; 3QO3 A; 5GAN 2; 1NPR A; 2ESW A; 1QVF A; 4OVA A; 3G71 T; 4JRP A; 1YNZ A; 4LDU A; 4RTV A; 4M78 B; 1UEB A; 2B8A A; 3JB9 I; 1HXD A; 4LUE A; 5LJ3 g; 1I81 A; 2CZ6 B; 4J9E A; 4FM4 B; 2OI3 A; 4J7I A; 1UTI A; 3V8J A; 2R57 A; 3R6N A; 4C0D B; 2DD4 A; 4LNP A; 3FJ5 A; 4E7K A; 4OB1 B; 4M78 D; 1WFW A; 4F14 A; 3DKM A; 2AK5 A; 2ZGW A; 1VQK A; 4PJO A; 1I8F A; 3RNJ A; 1KQS S; 5D6X A; 4Z02 A; 2AT1 B; 2RQW A; 1M90 R; 2A7Y A; 1M1F A; 2QG9 B; 1BK2 A; 2ZZD A; 1Q7Y C; 1M4Z A; 3NTK A; 1WHJ A; 6AT1 B; 4J7F A; 4J9F A; 5GMK h; 3OS1 A; 3EFO B; 1C1A A; 3LLR A; 4M75 D; 1H8K A; 2E3I A; 4DQ2 A; 1D0Z A; 3JAM E; 2GFA A; 3BE3 A; 1BYM A; 3E9G A; 2LMJ A; 2KYM A; 5KYY B; 3QJY A; 4C8Q B; 1VQL Q; 1UGS B; 2V8K A; 3NPF A; 4OMF B; 3OYC A; 1XOV A; 3CME T; 1SKU B; 3CCU T; 5KYU B; 2QAZ A; 2ED0 A; 3JB9 J; 1NJI U; 1D0Y A; 3HL8 A; 1X75 C; 2DA9 A; 4YTL A; 4E7L A; 4N4I A; 3TRE A; 4C8Q D; 1VQ5 Q; 2GTJ A; 2QQB A; 4KUL A; 3C0C A; 1AVZ C; 3ULR B; 3SWN C; 2XMF A; 1O75 A; 2V8I A; 4C92 A; 3MP1 A; 1RAH B; 4M75 C; 4PFP A; 2CKK A; 1SRM A; 1E6G A; 1YHQ Q; 4XTU A; 1YWO A; 2JMA A; 4D8K A; 1VOM A; 2LNV A; 3JCM W; 3OYK A; 3CPW P; 2FB7 A; 1N9S A; 1KQ2 A; 1K76 A; 1M5Q 1; 2BZY A; 1NJI C; 4RTT A; 2DL8 A; 3BY7 A; 1ABO A; 1W2B A; 4F7U E; 1VQ4 T; 3JCM h; 3FC3 A; 3TEE A; 2GTO A; 1GFC A; 3EFR A; 1NPP A; 2RMO A; 3LGF A; 3JCM b; 3M0T A; 3JCM e; 3CMA Q; 4M7A F; 1VQ7 A; 1N5Z A; 3IQL A; 3CCM T; 2A08 A; 3EGD B; 3HRU A; 4J6W A; 3JCM f; 2A37 A; 2JZ2 A; 2VAS A; 3CPW S; 2CDT A; 1YJW T; 2AHJ B; 2Y4X A; 2DVJ A; 2VB6 A; 3I55 T; 4LN2 A; 2VGM A; 2DJQ A; 4L6V 5; 3PMI A; 2EW3 A; 2R5A A; 1Z9Q A; 2WSF E; 1AT1 B; 2FPE A; 2KXD A; 3CCR A; 2K9G A; 1TWB A; 2RQU A; 2LJ1 A; 4BI4 A; 1N8R U; 4XTX A; 2AKL A; 4D6W A; 4XTY A; 2CS7 A; 2AZV A; 5I11 A; 1QVP A; 3AT1 B; 3EH2 A; 3M57 A; 1N9R A; 3GBQ A; 3CMA T; 4JJD A; 1R0B G; 1X2K A; 1TUG B; 2X4X A; 3ZL7 C; 4N4H A; 2EQU A; 5KYX A; 3OYM A; 1BI2 A; 1WGS A; 1BB9 A; 2K79 A; 2E6N A; 3UT1 A; 4OB2 B; 4M77 F; 4EMK B; 1D3B B; 1E6H A; 2HEQ A; 3MP6 A; 2MCN A; 3EG0 A; 3S3N A; 2DTI A; 2VWF A; 2CP6 A; 2DBM A; 2EQK A; 1MV0 B; 4BE1 A; 1H3Z A; 1VQO Q; 3OS2 A; 4JLG A; 3G4S T; 3EHQ A; 3QZ5 B; 1Y07 A; 4JZ4 A; 2E10 A; 1FMW A; 1VQ6 T; 3D7S B; 4IUU A; 1G5V A; 3RMS A; 1D1A A; 4FT4 A; 1BIB A; 3L2U A; 3CC4 T; 1WHK A; 1JXM A; 5GJW B; 1QVF P; 5I22 A; 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3JSC A; 1IZ6 A; 2KQW A; 1YJ9 T; 4C8Q G; 3LGL A; 2M1H A; 3JCM P; 4XU2 A; 4BUG A; 1VQ8 T; 1W2B P; 2M0Y A; 1H92 A; 1PRL C; 3REB B; 1YIJ A; 2LC4 A; 1K8A C; 5GAM g; 1AZG B; 1KHC A; 1TS9 A; 3OMC A; 4DBF A; 4HKE A; 5FWC A; 5DLQ E; 3CC7 T; 4ELY C; 1UG1 A; 3X28 B; 3P8B B; 1VQK Q; 2XK0 A; 4LD6 A; 2FRW A; 4M4Z A; 2CUB A; 3VUZ A; 4PFO A; 4GLK A; 4CC2 A; 3OYA A; 4OML A; 3HHT B; 4VUB A; 1EFN A; 4F7U A; 4MZM A; 5CVI A; 3ZFJ A; 4M77 D; 5I2S A; 4RG2 A; 2KXC A; 4ZN1 A; 1IB8 A; 2P4T A; 5AT1 B; 4BY6 C; 2GFU A; 4N4G A; 2DL7 A; 4J6Y A; 1M1G A; 2PTK A; 2QTX A; 2GQV A; 2W10 A; 5CKB A; 4HCC A; 1FYN A; 1KK7 A; 1UGP B; 3CEY A; 5FU6 C; 2D8H A; 2QEX A; 2H8H A; 1U1S A; 4KGZ B; 4AG2 C; 4QVD A; 3JCM V; 5AYF A; 1WHM A; 2DXB A; 2PQW A; 4DOW A; 1BBZ A; 1QP3 A; 4PJO B; 2DL5 A; 2FYK A; 2DK3 A; 3HP9 A; 2R58 A; 2HAX A; 2JMC A; 1YIT A; 1PD0 A; 3MEV A; 3CCS T; 2JTF A; 4C0Z A; 3G4S A; 4M77 C; 5GAN g; 1U06 A; 1S1N A; 1PM3 A; 4E2F B; 1K0S A; 1VQ6 A; 2KT8 A; 1RUW A; 2PVO B; 4PJO D; 3LW5 E; 3CC4 A; 2YSQ A; 4R56 A; 3OQ5 A; 2AIR B; 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