The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
108
|
structure length |
108
|
Chain Sequence |
SQLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
21
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| structure length |
108
|
| sequence length |
108
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QAZ A; 1OU9 A; 1OUL A; 1ZSZ A; 1TWB A; 1OX9 A; 2NYS A; 1OX8 A; 1ZSZ B; 1ZSZ C; 1OU8 A; 1YFN A; 2QAS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HT9 A; 1ACM B; 2NWM A; 1QCF A; 4BB7 A; 5GAN 8; 3TVT A; 1ZSZ B; 5GAN 4; 1VIF A; 4LD6 A; 3QO3 A; 1RAH B; 2EQI A; 2JM8 A; 5GAN 3; 4X34 A; 4XU3 A; 1K4U S; 4X1V A; 1X6B A; 1G3W A; 1QMC A; 3OYE A; 2HQE A; 2XG8 D; 2E65 A; 3NGP A; 4Z8A A; 1WJQ A; 2M0Y A; 2P4R A; 3R6N A; 4BDZ A; 3CME A; 1WQ7 A; 2E41 A; 5GAM e; 4PFP A; 1MMN A; 2ECZ A; 3NHN A; 2AKL A; 4AT1 B; 3OA6 A; 2CS7 A; 5KYW B; 3WVE B; 4FSS A; 1PSF A; 5GAO m; 2LNV A; 1Y57 A; 1MHN A; 2VGN A; 2YT6 A; 3GP8 A; 4BE0 A; 1J3T A; 3G71 Q; 1OX8 A; 1KHI A; 1XNI A; 1RLP C; 2FVU A; 1O9S A; 2DD4 A; 3QYH B; 1G2B A; 4NOY A; 5GMK e; 2X4W A; 2ED0 A; 3L42 A; 3E9F A; 5L8R E; 3RMS A; 4FM4 B; 4XU0 A; 3MP1 A; 4JRI A; 2EFI A; 3MET A; 1E6H A; 4EMK A; 4JRP A; 1K73 C; 1R0C B; 4JLI A; 3CQT A; 2DD5 A; 1VQN Q; 2DZ9 A; 2XDB A; 2QTX A; 2C0I A; 1GXI E; 2HSP A; 4ATO A; 2BIV A; 4HXJ A; 5HK3 A; 1H8K A; 3J80 E; 5CK9 A; 2V8K A; 1TSF A; 4F7U F; 2DRK A; 4M7A B; 1QP2 A; 5GJW B; 2FO0 A; 2A36 A; 1YHQ A; 4F7U E; 1WXU A; 5GAN g; 4CC7 A; 3SWN A; 2LC4 A; 5GAO l; 1RAG B; 4V2S A; 1YIT A; 1JEG A; 4J8O A; 1RAC B; 2DIG A; 2KE9 A; 1K76 A; 1M2O A; 3VYG A; 2GQV A; 2MCN A; 2KBT A; 1M1F A; 3CCQ T; 3VS2 A; 4F16 A; 3FLG A; 2EKO A; 4DA4 A; 4LD9 K; 1SPK A; 1UGR B; 1NZ9 A; 5C0M A; 4XK8 E; 1N9R A; 4PJO E; 2LQN A; 4RKU E; 3VRZ A; 5LJ3 h; 1VQP Q; 3L2V A; 2E6N A; 2GBQ A; 3VJP A; 1MMG A; 3H0H A; 1WHM A; 2V1Q A; 1BIA A; 1KHC A; 2O9S A; 1VQL A; 1U1S A; 1T3S A; 1WHL A; 3OYA A; 2BZY A; 4HCC A; 1Y71 A; 2COZ A; 2AZS A; 1VA7 A; 4A4E A; 2DTH A; 3RER A; 1D0Z A; 1FMV A; 2DTO A; 2E5Q A; 5CCA A; 2M0O A; 1X27 A; 2CH4 W; 1M4Z A; 1QVF S; 2YUP A; 4C8Q D; 5LJ3 j; 2FRW A; 4OGC A; 2RJD A; 4BI8 B; 4FT2 A; 1M27 C; 1RL2 A; 2KMT A; 2X35 A; 1NJI C; 3VS0 A; 2DL8 A; 1VQO A; 2JMA A; 2MWP A; 3JB9 H; 4E7S A; 2CZ7 B; 1KK7 A; 1NYF A; 2HKN A; 2O4X B; 2RQR A; 1RAD B; 2EW3 A; 2W10 A; 2PUK B; 5KH6 A; 4JRK A; 2FPF A; 1BKB A; 5D6Y A; 2HBP A; 1YJW T; 2D6F A; 1T0H A; 2QQR A; 3HRU A; 5IHI A; 4LDV A; 1BU1 A; 4PFO A; 4CC4 B; 2DTI A; 4EMK C; 3JCM h; 1SEM A; 2VC8 A; 3C95 A; 3CD6 A; 1OUL A; 3L2R A; 1NPR A; 5LJ3 f; 1BB9 A; 4N4G A; 2CRE A; 1D1C A; 3E1S A; 1FMW A; 3G4S T; 3OYB A; 2VUB A; 2LCL A; 5GAN 6; 4C8Q G; 3PMT A; 4XAX B; 2RI2 A; 3SWN C; 1QWE A; 4DBF A; 2EWN A; 3JB9 I; 2H8H A; 3V8J A; 2O01 E; 3RKY A; 2OTL T; 3MCA B; 1R77 A; 4JUV A; 1YIJ A; 2HEQ A; 4NS5 A; 2YLB A; 4BY6 B; 1JJ2 A; 1OV3 A; 2RHY A; 1BI1 A; 4OMO A; 1QLY A; 4FYV B; 1Q7Y R; 1C6V X; 2FPD A; 3I55 A; 2DYI A; 4R0K A; 3A5Z B; 1WHK A; 3NMZ C; 1W2B A; 3A8G B; 2EJ9 A; 1A0N B; 2AIR B; 2E3H A; 3EFO B; 2DM1 A; 4ZN1 A; 2Y4Y A; 4QQ6 A; 1IHV A; 3CPW S; 1NEG A; 3UPU A; 1QVG P; 2LP5 A; 3GIB A; 1ZBX A; 3REB B; 2E4H A; 3SB2 A; 1VQ4 A; 1YJ9 T; 5GAM h; 1WYX A; 4E7H A; 1TWB A; 3CCQ Q; 4J9H A; 3OS5 A; 2O88 A; 2YLC A; 3J81 E; 3KBG A; 2BUD A; 1B34 A; 3D7S B; 4XU1 A; 5I11 A; 3HFO A; 4ZTF A; 3CCU Q; 2LCS A; 1TU0 B; 5DLO A; 4OB2 B; 2JS0 A; 5KCH A; 3JCM f; 4F7U A; 2QQS A; 3TQ7 P; 1Y7X A; 4DBR A; 3HHT B; 3EH1 A; 3CC2 A; 2ZPH B; 2ZAE A; 5GMK h; 2Z0W A; 1WQW A; 1G83 A; 4M7D F; 2RQW A; 4PK4 A; 4E6R A; 2QEX A; 3MJX A; 3NFC A; 5GAM j; 4BE2 A; 4M77 B; 1MV0 B; 5LJ5 d; 3L2U A; 4M7D E; 2A08 A; 4Y91 A; 4PJO A; 3OS2 A; 5IAY A; 5D6X A; 1S72 A; 2VXE A; 1KC8 U; 3CCJ T; 4J83 A; 1YJN A; 3M0P A; 4A4F A; 4E7L A; 3QZ5 B; 2EQU A; 3I56 A; 1SG5 A; 5GMK j; 3EFS A; 2KRN A; 1K73 R; 2DXB A; 5FU7 B; 4LDY A; 4QT7 A; 3GLX A; 2K3Y A; 3LWI A; 2QQB A; 3PIO A; 2DE0 X; 1ZLM A; 4IUU A; 3SWN B; 4XTZ A; 1YJW Q; 4BI3 A; 2KY9 A; 2ZPG B; 3UAT A; 5GMK m; 3G7Z A; 3JRZ A; 2PVO B; 5GAM f; 4E7I A; 1QP3 A; 2F69 A; 5CKD A; 2DXC A; 3TU4 K; 2YUN A; 2CP2 A; 2GFA A; 3A1P A; 3HKS A; 5ECA A; 3QHS A; 4KGV B; 3CME T; 5KE2 A; 1QCN A; 5A0G A; 1ZA2 B; 2XID A; 3VS3 A; 4D8K A; 3IQL A; 1JO8 A; 1WLP B; 2CP5 A; 4IUR A; 4IIO A; 4FW1 A; 3QXE B; 3QYG B; 2M51 A; 2OTL Q; 2RH2 A; 3L2W A; 2VWF A; 3OYC A; 1B3Q A; 1U1T A; 2RQT A; 4RTU A; 1IGU A; 2BE9 B; 2PVG B; 1VQM A; 3UF4 A; 2K3B A; 2XKO C; 3DKM A; 1JBM A; 4KGX B; 3X26 B; 1WIE A; 2CZ6 B; 3OYM A; 3OYF A; 5GMK l; 3PT9 A; 1PWT A; 2DIQ A; 3E19 A; 4WTO B; 5HCK A; 2L0A A; 2CUD A; 1AD5 A; 2FB7 A; 3EGU A; 1BI3 A; 4ZN3 A; 2EVR A; 2CYZ B; 4M75 D; 5GAN 5; 1HJD A; 3RKX A; 1IHW A; 3MP6 A; 1YJ9 Q; 2RQU A; 2KXC A; 4NL3 A; 1PRM C; 2Y90 A; 4JJD A; 4E7J A; 4PJO C; 2ROT A; 1YHQ T; 2J6O A; 4C5E A; 5IH2 A; 4RG2 A; 3PGG A; 2R57 A; 2EYQ A; 2LRQ A; 5IHN A; 1YIT T; 1VQ6 Q; 3J7A F; 8AT1 B; 1QVP A; 5FRM A; 4II1 A; 4KRT A; 4BAC A; 2KNB B; 2MIO A; 2OX7 A; 1PNJ A; 2CT3 A; 3HSB A; 4J6Y A; 3QDF A; 1C0M A; 3MEW A; 1H64 1; 2MAM A; 3CC7 A; 2A3L A; 4QQG A; 1N27 A; 3OSS C; 2RHI A; 4LDX A; 1TXQ A; 2W0Z A; 1VQL T; 2LMJ A; 2YHT A; 2NLU A; 4D6W A; 1FWZ A; 1X2Q A; 2QYZ A; 4RTY A; 4M75 G; 2EJF A; 1KQS S; 3EG9 A; 5M9O A; 2X51 A; 2EYY A; 5EG2 A; 4IIM A; 2DEU A; 2RJF A; 1EZZ B; 1XQH A; 4KH0 B; 4ZGE B; 3VS4 A; 5GAN e; 4OMQ A; 2LQW A; 1WHG A; 4M7D A; 3CXC P; 2CT4 A; 2RJE A; 3UT1 A; 2KDS A; 4FW2 A; 3HL8 A; 3JCM V; 2RB6 A; 3QBY A; 4ORZ A; 1MMD A; 2H3E B; 3OW2 P; 3RKW A; 1VQO T; 2X4J A; 2V8I A; 5CKE A; 4PJJ A; 3VU3 C; 2BZ8 A; 2E1H A; 2XD0 A; 4K11 A; 1G5V A; 2A0F B; 2X3X D; 1Q7Y C; 4HCZ A; 5KYY A; 3CCE A; 3L1A A; 3N5B B; 4F7U B; 3JB9 J; 4DEX A; 1Q86 U; 1N8R U; 2B8A A; 2P0K A; 3EGD B; 3PNW C; 2DXU A; 3OW2 S; 1KD1 R; 3JCM X; 1M1K U; 1M3B A; 5LJ5 g; 3CD6 T; 2AK5 A; 2DET A; 1AWX A; 2E70 A; 3KXT A; 2LQ8 A; 4LXC A; 2V26 A; 3QSU A; 3A8L B; 4FT4 A; 4Z88 A; 2KT8 A; 3NTK A; 3CMA A; 1IZ6 A; 1WFW A; 4C92 D; 3VYH B; 1VYU A; 2FG0 A; 3V7R A; 4X9C A; 4HCK A; 3RDV A; 2D9T A; 3MEA A; 4TVR A; 2RO0 A; 2XK0 A; 1YIJ T; 4AFQ C; 4PJM A; 1X2K A; 4RG8 A; 4BDY A; 4XTV A; 3ER0 A; 3V8L A; 1HXD A; 2OTJ A; 3H9N A; 1I4K 1; 2RQV A; 1VQ7 A; 3I55 T; 1K8A U; 3VUB A; 3A8M B; 4HVU A; 2FPE A; 1QQJ A; 4CRI A; 1RLQ C; 5CKB A; 2X4Y A; 3X24 B; 4ZTJ A; 4EMG A; 1ZQ1 A; 2VKN A; 2QA4 A; 1YHQ Q; 4JS5 A; 1NLO C; 1AWJ A; 4C8Q E; 2AKK A; 5LJ3 g; 1Q81 U; 5GAO p; 9ATC B; 3OSV A; 1H3Z A; 1M9S A; 4C0F A; 1WGS A; 3CCS A; 2J7I A; 3OBY A; 1N5Z A; 3G6E A; 1VQ4 T; 4J6W A; 1TH7 A; 2EGC A; 3QDR B; 2KAF A; 4RTW A; 1E6G A; 3SD4 A; 2XMF A; 2HNI A; 2KEA A; 3PMI A; 1VQ5 A; 2LVM A; 4M7D C; 3OS1 A; 2QDL A; 2BTT A; 4C92 G; 2MMP A; 3URG A; 3GNG A; 5GJV B; 3CC2 T; 1H92 A; 2RI5 A; 4MML A; 2J6F A; 2QQ9 A; 3MP8 A; 4XTY A; 1NYG A; 2ROL A; 2QEX T; 3EG1 A; 4FCY A; 1I07 A; 1UDL A; 1Y0M A; 1O75 A; 4QKU A; 5CAI A; 3G71 A; 2JTM A; 4PJO F; 1S72 T; 1TUG B; 1WJS A; 4WF2 A; 1WX6 A; 1YJN T; 5KYX A; 4E2F B; 1W6X A; 1N9S A; 3I35 A; 1UGV A; 2CGH A; 2D0Q B; 1VQO Q; 3I56 T; 3TEE A; 4MDX A; 1QVF P; 5FU6 C; 3GF5 A; 3JAM E; 2BZX A; 3HTR A; 3PFS A; 3SDZ A; 2QG9 B; 3E9G A; 4A4H A; 3O8V A; 3EGX B; 2JM9 A; 1Q82 R; 1M90 R; 2L89 A; 3RIR A; 5FLX E; 5KYU A; 3SEM A; 2DVE A; 1NM7 A; 1YNZ A; 1MV3 A; 4PL6 A; 1UHC A; 3CBP A; 1QVG A; 2K5F A; 2VB6 A; 4AG1 C; 4EDU A; 3DB3 A; 1PHT A; 1ZBJ A; 2HAX A; 2YUO A; 3BFM A; 3HRS A; 3CD6 Q; 1JQQ A; 3CPF A; 3EHR A; 4R55 A; 3M5A A; 4CC3 A; 1AWW A; 4A53 A; 3OYY A; 4OVA A; 4RUG A; 3FC3 A; 2MF2 A; 1WHH A; 2KVQ G; 2NUT A; 5CKF A; 4XU2 A; 2EPD A; 4CC2 A; 3M58 A; 1AEY A; 2COY A; 1LVK A; 4XQ3 A; 1I5O B; 1VQK A; 2RK2 A; 5GAN h; 2J6K A; 2E64 A; 4QQD A; 1D09 B; 1W1F A; 4M78 D; 1X43 A; 5AT1 B; 4J9D A; 1VQM T; 2FL7 A; 4M7D B; 4HA8 A; 1VYT A; 3UWN A; 5GAM g; 3I55 Q; 2IVW A; 4DBH A; 5KYN A; 3JB9 F; 2KK4 A; 5GAO r; 3OYG A; 2DL7 A; 2HQX A; 1X6G A; 2DYB A; 4LNP A; 4QW2 A; 3V8K A; 5FW9 A; 4FIB A; 1NPP A; 1EIF A; 1YI2 A; 2HL3 A; 3HFN A; 2PQW A; 1FYN A; 2D8H A; 2DBM A; 3CCM A; 4C0G A; 2K2M A; 3CCL A; 1VQ4 Q; 5GAN j; 2K79 A; 5KYY B; 2OAU A; 2X3W D; 5CR2 A; 1FXX A; 3ME9 A; 1D1A A; 5GAN 7; 1M8M A; 3QG1 A; 2RJC A; 2JUF A; 1G3Y A; 3CPW P; 1B07 A; 2KRM A; 2VV5 A; 3M59 A; 3OYN A; 2DIL A; 4C8Q A; 1ZX6 A; 1PG5 B; 1XTD A; 2EJG A; 1SKU B; 3QKJ A; 4LUE A; 2FYK A; 1D3B A; 2JJ9 A; 1OZ2 A; 2NUP A; 3PVL A; 4M78 G; 4AFU C; 4QVC A; 2YRD A; 4JRQ A; 5D6W A; 1FMK A; 1VQ9 A; 2GNC A; 2LT1 A; 4C0Z A; 1NJI U; 5CVI A; 3SFM A; 3M0T A; 2EYX A; 5AYF A; 1UE9 A; 3QZ9 B; 3CC7 T; 1AZG B; 2BKD N; 2E6Z A; 2M16 A; 2R5A A; 1SRM A; 2VGM A; 3MHX A; 3DB4 A; 1S72 Q; 2YWW A; 5GAN f; 4OB3 B; 1VQ8 A; 1GCP A; 4M78 A; 1KD1 C; 1UJY A; 2BE7 D; 2RNA A; 2CH4 A; 2KT1 A; 1HD3 A; 4RTX A; 2FZG B; 4PJN A; 5CKH A; 1WJR A; 1UUE A; 4EMH A; 5DY9 A; 1G3T A; 2G6F X; 2JMC A; 2L8D A; 2C0T A; 1OYX A; 1YCY A; 3H6Z A; 1ZHI A; 1VYV A; 2GFU A; 5GAO q; 1I5L A; 4LN2 A; 4FYY B; 4M75 F; 1JXO A; 3M54 A; 1RI9 A; 1SRL A; 3EHQ A; 1AHJ B; 1F1B B; 1KSW A; 2ZPF B; 4E7K A; 4J5Y A; 5CIU A; 2O9V A; 2E10 A; 1BCO A; 1Q95 G; 4EMK B; 3ASK A; 4M75 E; 1GL5 A; 2I0N A; 3CCE T; 1ZSZ A; 4BUG A; 2ZCF B; 4OB0 B; 1WA7 A; 3GOX A; 4M7A D; 1QW1 A; 1NBE B; 1X75 C; 1KIK A; 2DL5 A; 3ULR B; 2KQW A; 4ESR A; 2RM4 A; 1WI7 A; 3INZ A; 2GQI A; 2QK0 A; 1K1Z A; 2V8J A; 5CQY A; 3SHW A; 3NPF A; 4J6X A; 2YUQ A; 3CCU A; 5IN1 A; 4A4G A; 1AZE A; 2WSF E; 5IHK A; 4A54 A; 1YP5 A; 2OI3 A; 3FJP A; 2LQK A; 1VQM Q; 1UEB A; 3CMA T; 5KYW A; 1HK9 A; 4B9W A; 1M8V A; 5KYX B; 5LJ3 d; 2FEI A; 4C8Q C; 3EFR A; 4HVW A; 2QI2 A; 3UA7 A; 3OYH A; 1SHF A; 2I2L A; 1IRE B; 1CSK A; 2ZPB B; 4GLK A; 3G4S Q; 2OTJ T; 3MKD A; 3OMC A; 2K9G A; 4N4H A; 1ABO A; 2HD0 A; 2NUZ A; 3H8Z A; 1VQ7 T; 1XJW B; 3CXC A; 2DBK A; 2DJQ A; 2K57 A; 1X69 A; 4M7A G; 2CSQ A; 3VKI A; 1RAA B; 2QA4 T; 3OW2 A; 1ZA1 B; 1RAE B; 3X25 B; 4C5H A; 4FL6 A; 2K6D A; 3VS6 A; 5IXF A; 5LJ5 e; 1JJ2 S; 1UG1 A; 4M78 C; 4AFS C; 3CBO A; 2CP3 A; 3CCS T; 3G6E T; 4JZ3 A; 3KUF A; 1PCX A; 1V29 B; 4FYX B; 2HSE B; 3ZBD A; 2R58 A; 4M7A A; 1W2B S; 4IUT A; 2MI6 A; 4F14 A; 1VQ5 T; 2K5I A; 2YRC A; 3PIP A; 2HQH A; 4RCB A; 2NUT B; 3GPL A; 4XTU A; 1Q82 C; 1VIE A; 1M90 C; 3M0S A; 3CC7 Q; 2F5K A; 4RMO A; 1PD1 A; 4OMP A; 2LTO A; 3QII A; 4B9X A; 2DK3 A; 2JOY A; 4BD3 A; 4OMF B; 3JCM d; 1QKW A; 3FEO A; 4YTL A; 2KRO A; 1E7O A; 1ZSZ C; 3QUI A; 2PZ1 A; 1MNE A; 2GCX A; 4D8D A; 2HKQ B; 2DEQ A; 4KUD K; 3X28 B; 2KSS A; 4AMC A; 3G71 T; 5HK0 A; 1K9M U; 1N8R C; 4M4Z A; 3ZL7 C; 1KQS P; 4C92 E; 1Y96 A; 3CC4 A; 4A63 B; 3S3N A; 2IIM A; 4Y28 E; 3NTH A; 1M2V A; 1AT1 B; 1JU5 C; 4JPB W; 3BY7 A; 3PE0 A; 2E12 A; 2VAS A; 4HVV A; 2CKK A; 1GFC A; 1T0J A; 4PNO A; 2JT4 A; 2KI7 A; 3CCJ Q; 1IO6 A; 2QAZ A; 2F2W A; 4QVZ A; 1MGQ A; 2COW A; 2OJ2 A; 3LH5 A; 3CCE Q; 3I5R A; 4X9D A; 3THK A; 2DVJ A; 2MYS A; 3T9N A; 1FX7 A; 4C5G A; 3OYK A; 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