The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
AEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
|
| total genus |
5
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CKA A; 3TVT A; 5ECA A; 3UF4 A; 2CSQ A; 1AWW A; 1K1Z A; 1GBQ A; 2DJQ A; 2YUN A; 3VS4 A; 4GBQ A; 2BZX A; 2HBW A; 2HEQ A; 4JZ4 A; 1FYN A; 1NEG A; 1SSH A; 2JM8 A; 1K76 A; 3M0R A; 4R0K A; 2MIO A; 2BZY A; 2LQW A; 2VWF A; 4JPB W; 1QWE A; 1U3O A; 1QLY A; 1K0S A; 1UHF A; 1JXO A; 1FMK A; 2RNA A; 2LX7 A; 1E6G A; 2NUZ A; 3EG0 A; 1GFC A; 2DL3 A; 2LCS A; 1YN8 A; 2YUQ A; 1CSK A; 1T0J A; 3QWX X; 2M0Y A; 2DE0 X; 2GQI A; 3EG2 A; 3M0P A; 2CT4 A; 1E6H A; 2DM1 A; 1IO6 A; 1RI9 A; 1GL5 A; 2DF6 A; 2E5K A; 2KYM A; 1I0C A; 2ECZ A; 1GCQ A; 1KJW A; 2C0I A; 2LMJ A; 1GCQ C; 2LJ1 A; 2CH4 W; 1AWO A; 4LN2 A; 4ORZ A; 5HCK A; 2RPN A; 4ZNX A; 2DL7 A; 2J6K A; 1X27 A; 3FJ5 A; 1J3T A; 5IHN A; 2KEA A; 3IQL A; 1H8K A; 2HDA A; 2B86 A; 2GGR A; 1BK2 A; 1JQQ A; 4CC7 A; 1SHF A; 4AFU C; 1ARK A; 5FWC A; 2VVK A; 3REB B; 1ABQ A; 4OMQ A; 4J9D A; 2DMO A; 1MV3 A; 1UG1 A; 3M0T A; 1B07 A; 1WIE A; 4E6R A; 1UJ0 A; 4J9E A; 2CRE A; 2VKN A; 2EW3 A; 1X6G A; 3RNJ A; 2EYZ A; 4OMO A; 1SPK A; 3CQT A; 4QT7 A; 2KE9 A; 2RQV A; 4Z88 A; 1K0X A; 2C0T A; 5EC7 A; 2KGT A; 3TSW A; 2L0A A; 2AK5 A; 1WXB A; 1VYU A; 3VS0 A; 5GJV B; 3ULR B; 2PNI A; 3EG3 A; 1T0H A; 2EBP A; 2A28 A; 2JW4 A; 1E7O A; 1ZSG A; 2KRO A; 1WYX A; 1M3B A; 2DRM A; 1OEB A; 2YT6 A; 2DBK A; 2DX1 A; 2K3B A; 3SEM A; 1AWX A; 2JTE A; 4F17 A; 2D0N A; 2ROL A; 1M27 C; 1YWP A; 3VS5 A; 2KRN A; 2NWM A; 4J9I A; 2EGA A; 1NLO C; 3EHQ A; 2FRY A; 4J9B A; 3VS2 A; 2W0Z A; 3RBB B; 5IHI A; 1QKX A; 3H0I A; 2RQR A; 1PHT A; 1AOJ A; 4F16 A; 2ABL A; 2RQU A; 1UTI A; 1HJD A; 2KRM A; 1KSW A; 4IIO A; 4M4Z A; 2P4R A; 3I5R A; 4OMP A; 2FO0 A; 1Y57 A; 1AZE A; 5FW9 A; 2EKH A; 1H3H A; 4Y92 A; 3SHW A; 2KNB B; 2D8J A; 2J7I A; 2X3X D; 3ZL7 C; 1X2Q A; 1G2B A; 3NMZ C; 2A37 A; 1NM7 A; 1BB9 A; 4JJC A; 4LUE A; 2RF0 A; 2HCK A; 1JXM A; 1WX6 A; 2L3S A; 3NHN A; 1Z9Z A; 4HVU A; 1RLQ C; 4AG2 C; 3GBQ A; 3VRY A; 4D8D A; 2F2W A; 2EPD A; 1QCF A; 2DL8 A; 2AKK A; 2D8H A; 2ED0 A; 1X43 A; 3JV3 A; 4HCK A; 5IH2 A; 1CKB A; 4F14 A; 2GTJ A; 2V1Q A; 1ZUY A; 1WDX A; 3REA B; 3PVL A; 1T3L A; 3NGP A; 1KIK A; 1A0N B; 4JJB A; 1SEM A; 3EGU A; 2CSI A; 1X69 A; 3M0U A; 4JZ3 A; 1TUC A; 2OJ2 A; 4FSS A; 1VYT A; 1YP5 A; 2YSQ A; 2XMF A; 4RTW A; 4LUD A; 2LNH B; 3VRZ A; 2YDL A; 1T3S A; 2A08 A; 2KXC A; 2DLP A; 2FPE A; 1QKW A; 4Z89 A; 1TUD A; 4CC2 A; 3LH5 A; 2L3Q A; 4LE9 A; 1ZUU A; 2SEM A; 3KFV A; 2OI3 A; 1WLP B; 2EYW A; 1YNZ A; 4OML A; 4RTX A; 3C0C A; 1XOV A; 1ZLM A; 2KBT A; 2PTK A; 1GFD A; 3NPF A; 2JT4 A; 2RQW A; 1ZBJ A; 2CT3 A; 2GTO A; 2OAW A; 2EQI A; 4J9G A; 2CUB A; 1UJY A; 2LQN A; 4OMM A; 2LJ0 A; 2C0O A; 4D8K A; 1PNJ A; 1OV3 A; 1TG0 A; 1X2K A; 2JM9 A; 2LP5 A; 2KR3 A; 1UUE A; 1SRL A; 4AFQ C; 1PRM C; 2F2X A; 1WA7 A; 2J05 A; 2ENM A; 4HVV A; 1S1N A; 2O31 A; 4RTZ A; 2W10 A; 3M0Q A; 1VA7 A; 2K79 A; 2J6F A; 2KYB A; 1M8M A; 3H0F A; 1NLP C; 2K2M A; 1V1C A; 4RTY A; 2KT1 A; 4LNP A; 1B3Q A; 3O5Z A; 4AG1 C; 1YCS B; 2JS2 A; 4K11 A; 2O9S A; 2K6D A; 1H92 A; 1KFZ A; 4RTU A; 2GBQ A; 4WCI A; 3UA6 A; 2MCN A; 1VYV A; 1JO8 A; 2CH4 A; 2M51 A; 3EHR A; 2PZ1 A; 1PRL C; 3PE0 A; 1NYG A; 2V1R A; 2RQT A; 2EYY A; 4DEX A; 2I0N A; 3U23 A; 2L2P A; 2BTT A; 2LZ6 B; 1AVZ C; 2YUP A; 4AFS C; 2ESW A; 2J6O A; 2ROT A; 1WI7 A; 3PVQ A; 1HD3 A; 3VS7 A; 4A63 B; 2AZV A; 1NEB A; 2KXD A; 4X1V A; 3R6N A; 1HSQ A; 5IXF A; 2FG0 A; 2EGC A; 4RUG A; 1W70 A; 3VS6 A; 4KRT A; 2AKL A; 1U06 A; 1JU5 C; 1OPK A; 1NYF A; 4ESR A; 1M3A A; 1BU1 A; 1ABO A; 2JS0 A; 5IXB A; 1X6B A; 2A36 A; 2HSP A; 3VS3 A; 1AD5 A; 3I5S A; 2RMO A; 1UFF A; 1MUZ A; 4HVW A; 2BZ8 A; 4RTT A; 1SRM A; 2G6F X; 4EIK A; 2CUD A; 3EG1 A; 4OMN A; 1ZUK A; 1QWF A; 2EGE A; 1PWT A; 5L23 A; 3VS1 A; 1LCK A; 1Y0M A; 1UHC A; 2JMC A; 2DL4 A; 4J9C A; 1BBZ A; 1AEY A; 1Z9Q A; 2GNC A; 5FWB A; 1AWJ A; 1PKS A; 4CC4 B; 2L3P A; 2LJ3 A; 1UDL A; 2EYX A; 4J9F A; 1W6X A; 1PKT A; 5I11 A; 2FPD A; 2JMA A; 1I1J A; 1G83 A; 1NG2 A; 1GRI A; 2DRK A; 2D1X A; 2J06 A; 1W1F A; 3A98 A; 2KRS A; 1K9A A; 2X3W D; 1WXT A; 3H0H A; 2YUO A; 2O9V A; 1M3C A; 2DYB A; 4GLM A; 1GCP A; 2DVJ A; 2AZS A; 2IIM A; 2EVR A; 4RTV A; 2O88 A; 1AZG B; 2K7A A; 2SRC A; 1RUW A; 3QWY A; 1UGV A; 2JXB A; 3M0S A; 1RLP C; 1UE9 A; 4Z8A A; 2F2V A; 5GJW B; 2ED1 A; 2DA9 A; 2H8H A; 1I07 A; 3THK A; 1WXU A; 2DL5 A; 1GBR A; 1SHG A; 2FPF A; 2DNU A; 2RN8 A; 2FRW A; 1M30 A; 1OPL A; 1ZX6 A; 2DBM A; 2K9G A; 4DEY A; 1U5S A; 3H41 A; 1K4U S; 4IIM A; 1N5Z A; 5IHK A; 1WFW A; 2CDT A; 4HXJ A; 1YWO A; 3I9Q A; 1UEC A; 2MOX A; 2FEI A; 2DIL A; 3UAT A; 5I22 A; 2KT8 A; 4JJD A; 4J9H A; 1JEG A; 1MV0 B; 3UA7 A; 3I35 A; 2O2O A; 1OOT A; 3TSZ A; 4CC3 A; 1EFN A; 4AFZ C; 2QDL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GPL A; 1D3B B; 2RK1 A; 2YWW A; 1ZSZ B; 4F7U E; 3OQ5 A; 2DJQ A; 2RHY A; 9ATC B; 2BZX A; 2HEQ A; 3CBM A; 2JM8 A; 3M0R A; 2BZY A; 3ME9 A; 1Q82 U; 2HKN A; 1U3O A; 4XTW A; 4F7U A; 1FMK A; 1E6G A; 3S3N A; 3VJP A; 2FYK A; 4A54 A; 2X51 A; 2M0Y A; 3QWX X; 1YJN A; 2GQI A; 3EG2 A; 2CT4 A; 2DM1 A; 4M75 B; 3EFO A; 2VGN A; 2KYM A; 3S3O A; 3L2U A; 1KJW A; 3TEE A; 2E10 A; 2XDB A; 1GCQ C; 3HRU A; 2CH4 W; 4N0A C; 4LN2 A; 1OQK A; 2DL7 A; 2J6K A; 1D1C A; 1XQH A; 3FJ5 A; 2RO0 A; 5IHN A; 5GAM f; 3OYB A; 3CCQ Q; 2LTO A; 3VUB A; 1H8K A; 2HDA A; 1VQ5 T; 1VQL Q; 4C0F A; 1QVG A; 4KUL A; 5D6W A; 1ARK A; 1VQ4 Q; 2PUK B; 1ABQ A; 5FRN A; 4OMQ A; 4PFZ A; 2XU8 A; 2DMO A; 4D6W A; 1R0B G; 3M0T A; 3CC7 T; 1WHL A; 1WIE A; 2CZ1 B; 2OAU A; 1NE8 A; 2DXB A; 2YLB A; 1KQS S; 4OB1 B; 3M57 A; 5HK3 A; 5KYY B; 2CRE A; 1I4K 1; 3LX7 A; 4DBQ A; 1X6G A; 3PGG A; 3RNJ A; 4OMO A; 1SPK A; 3CQT A; 2KE9 A; 2JN0 A; 2RHX A; 2RQV A; 4LDV A; 3CCR A; 2C0T A; 5FU6 B; 1WXB A; 2ATC B; 1LOJ A; 2MI6 A; 2A28 A; 2JW4 A; 1D0Y A; 2KRO A; 1UGR B; 2DRM A; 1VIF A; 3HSB A; 5LL6 S; 4BE2 A; 2DZ9 A; 5KYX B; 5GAO n; 1ACM B; 4J83 A; 2JTF A; 2JTM A; 2P0Q A; 2NWM A; 4J9I A; 2DVE A; 3URG A; 2W0Z A; 5IHI A; 1QKX A; 2X4X A; 1WHM A; 1PD1 A; 1AOJ A; 1IXD A; 4BDZ A; 4F16 A; 3CD6 A; 3OYI A; 2RQU A; 1KQ1 A; 1WHJ A; 4N4G A; 4M77 C; 1Q7Y U; 2QGF B; 2P4R A; 3JB9 F; 4OMP A; 2YRV A; 2FO0 A; 2DJZ A; 4E7L A; 3QZ9 B; 5J26 A; 2QA4 Q; 1KD1 U; 2EKH A; 3MP1 A; 2V8K A; 3G4S T; 3CCQ T; 2XDP A; 3OYG A; 2G3R A; 4HT9 A; 2X3X D; 3H9N A; 1G2B A; 1ZBX A; 3JB9 D; 2VYT A; 3MEV A; 3EFR A; 4LDU A; 1DJ7 B; 1Q81 U; 1BB9 A; 1C0M A; 1M4Z A; 2K2V A; 4LUE A; 4M77 A; 4MML A; 4A4G A; 3GNF B; 1TS9 A; 1YIT Q; 1TUG B; 1P92 A; 1RAD B; 1Z9Z A; 3JB9 I; 3MEW A; 2QAS A; 3VRY A; 3P8B B; 3MJX A; 4OVA A; 5LJ3 d; 2ED0 A; 1UEB A; 3QSU A; 3A8O B; 3J81 E; 3NTH A; 3CBO A; 1X69 A; 1PCX A; 3M0U A; 4JZ3 A; 3V7S A; 4Y28 E; 3HRT A; 4FSS A; 1VYT A; 3PTA A; 3OS5 A; 2YDL A; 2FPE A; 5GAO l; 4Z89 A; 1TUD A; 5J39 A; 4CI0 C; 1ZUU A; 1BI2 A; 4PLI A; 4BB7 A; 1VQ4 A; 1WLP B; 4LDY A; 1B7T A; 1WHG A; 1IGQ A; 1R0C B; 4FL6 A; 2HNI A; 1Q86 R; 2QAZ A; 4BUG A; 3OYM A; 1GFD A; 2BKD N; 2RQW A; 2GTO A; 4J9G A; 4M78 E; 3QKJ A; 1Y96 A; 1RL2 A; 1KC8 R; 3I55 A; 2CZ7 B; 2LJ0 A; 2C0O A; 1VQO T; 4BE0 A; 4IUQ A; 1X2K A; 2HMA A; 4J6W A; 2LP5 A; 2LX9 A; 2E4H A; 1OU9 A; 1G3Y A; 3FLG A; 1SRL A; 4C8Q G; 3PMT A; 5GAN h; 1MMA A; 2J05 A; 2NUP A; 2JJ9 A; 3CME T; 2W10 A; 3QO3 A; 5KYX A; 1VA7 A; 1V29 B; 4N0A A; 2QEX T; 2KYB A; 1M8M A; 3H0F A; 2XD0 A; 4A53 A; 1NJI R; 4M75 D; 4RTY A; 1Q86 U; 1KC8 U; 1NPR A; 1OU8 A; 2E12 A; 3O5Z A; 3CCE Q; 3FC3 A; 1YCS B; 2ZPE B; 3ER0 A; 2DTI A; 2F5T X; 1KFZ A; 3M59 A; 1D0X A; 4ZTJ A; 3PE0 A; 1NYG A; 3HP9 A; 2RQT A; 2QA4 A; 2L2P A; 2ZGW A; 4ZGD B; 4EMG A; 4QQG A; 2JOY A; 3PVQ A; 3G4S A; 4C0D B; 2AZV A; 1NEB A; 1WJS A; 4M7D C; 2KXD A; 4X1V A; 3R6N A; 1PD0 A; 5GAM d; 2KAF A; 3MP8 A; 4EDU A; 3NTK A; 4KRT A; 1U06 A; 1ZQ1 A; 1OPK A; 1WQ7 A; 3MP6 A; 1NYF A; 2P4T A; 2H3E B; 3PIO A; 2DKG A; 2JS0 A; 5AYF A; 3CC4 T; 1X6B A; 2CZ6 B; 1AD5 A; 2ZPH B; 3M4Y A; 2JVV A; 1VQ9 T; 3V8L A; 2CP2 A; 3SDZ A; 5KE3 A; 1M1K U; 4JLG A; 2NLU A; 2GFU A; 2K4Y A; 4XAX B; 1G5V A; 4M78 C; 1PWT A; 3OSS C; 2O4X B; 3VS1 A; 2LNV A; 3CCE A; 1YJ9 T; 3CCJ T; 1AEY A; 4KUD K; 2GNC A; 5FWB A; 4X34 A; 3C12 A; 2P0K A; 4CC4 B; 1I8F A; 2L3P A; 1K73 C; 1FX7 A; 3CCQ A; 1VQ5 A; 2XDD A; 3JCM f; 2F69 A; 3V8K A; 1VQL A; 3JB9 G; 1BI1 A; 3FEO A; 5CCA A; 2RB6 A; 2FPD A; 3V7R A; 2JMA A; 1K9M C; 2DRK A; 2CS7 A; 2D1X A; 1W1F A; 5A0G A; 4C8Q C; 1TH7 A; 3HFN A; 1MND A; 3UT1 A; 2I2L A; 1YI2 A; 1M2V B; 4XTU A; 4GY5 A; 5KCO A; 3CME A; 4FYX B; 1VQM Q; 4RCB A; 2HQH A; 2X4W A; 3Q1J A; 1X75 C; 4J6Y A; 4RTV A; 2FHD A; 1UGV A; 2E6Z A; 3WVE B; 1VQ6 Q; 4JRP A; 4Z8A A; 1RLP C; 1UE9 A; 3BDU A; 5GJW B; 3WXM B; 2DA9 A; 5KYW A; 2H8H A; 2GCX A; 5LJ3 g; 1GBR A; 1SHG A; 2QEX A; 2COY A; 7AT1 B; 2HQX A; 2K9G A; 3GLX A; 1M1G A; 3VYH B; 1TTH B; 4P5N A; 1QW1 A; 1M2O A; 1YI2 T; 2EJ9 A; 3QPH A; 1QVG S; 2IPO B; 4C92 E; 3UAT A; 5I22 A; 2KT8 A; 3H6Z A; 2LVM A; 3CCM A; 1OOT A; 1W2B P; 3G71 T; 1EFN A; 4AFZ C; 1CKA A; 4ATO A; 1N9R A; 3DLM A; 2BUD A; 5A0L A; 4QVC A; 1VQ8 Q; 3I55 T; 1G3W A; 1QP3 A; 4E7H A; 1GBQ A; 2DIG A; 2YUN A; 1K9M U; 4JZ4 A; 4DBR A; 1NEG A; 1SSH A; 4J7I A; 3M54 A; 2ZPI B; 3A8L B; 1S72 Q; 2VWF A; 4FCY A; 4JPB W; 1JXO A; 3CCR Q; 4C0G A; 2JZ2 A; 2RNA A; 3CCV A; 1OI1 A; 1G3S A; 1YN8 A; 4E7S A; 1CSK A; 4FM4 B; 5LJ5 d; 2DE0 X; 3CCL A; 1YHQ T; 3M0P A; 1ZSZ A; 1E6H A; 1IO6 A; 5I2M A; 2OTL A; 2DF6 A; 2EYQ A; 2LDM A; 1K9M R; 4KGZ B; 1U8R A; 3CEY A; 4JRQ A; 2YRC A; 1AWO A; 4C8Q E; 1WZO A; 5HCK A; 2EQM A; 2RPN A; 4ZNX A; 5DY9 A; 1K73 R; 1X27 A; 1LNX A; 1EX4 A; 1J3T A; 1OUL A; 2KEA A; 2RHU A; 5J3B A; 5LJ3 j; 5L8R E; 2GGR A; 3MKD A; 1JQQ A; 3RUX A; 3VKI A; 2A3L A; 2F1L A; 4FW1 A; 4M75 A; 2VVK A; 3REB B; 3SWN B; 3BY7 A; 3OSV A; 4IUP A; 3NTI A; 3OS2 A; 1VQN T; 3S6W A; 4J9E A; 2VKN A; 2EW3 A; 4XTX A; 4X9C A; 4ZGJ B; 4QT7 A; 4KGX B; 2HQE A; 4QQD A; 2M0O A; 4M77 B; 4Z88 A; 1M90 U; 4M7A D; 1H64 1; 1K0X A; 1VQ6 A; 3JCM c; 5EC7 A; 3TQ7 P; 2WSE E; 1VYU A; 3VS0 A; 4HCB A; 2CZ0 B; 5GJV B; 2QTX A; 3EG3 A; 2VC8 A; 2EBP A; 3MEA A; 1ZSG A; 4E7J A; 2CYZ B; 3CPW A; 2YT6 A; 2VXF A; 4X9D A; 4O5V A; 2L8D A; 4L59 A; 5M9O A; 2OTJ T; 2KRN A; 2PVD B; 4J9B A; 3VS2 A; 2FRY A; 1JRI A; 3RBB B; 3CCU Q; 2KY9 A; 3H0I A; 2RQR A; 3JCM h; 2D6F A; 4XK8 E; 2QQB A; 2DIQ A; 1EZZ B; 4PJN A; 4C8Q F; 1HJD A; 2OTJ A; 4J8O A; 1KQS P; 1VQ8 A; 1I81 A; 3OY9 A; 3QDR B; 2QA4 T; 2X9H A; 5FW9 A; 3RER A; 4MDX A; 1D1A A; 1W2B S; 1JJ2 A; 4ZGE B; 3QJ6 A; 3SHW A; 2D8J A; 2XI9 A; 3D7S B; 1JJ2 P; 2J7I A; 3ZL7 C; 1X2Q A; 3CC4 Q; 1QQJ A; 1WGS A; 4II1 A; 2R57 A; 3G1J A; 2YXY A; 2RF0 A; 4RKU E; 2HCK A; 1Q81 R; 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