The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
NSQLVVRAKFNFQQTNEDELSFSKGDVIHVTRVEEGGWWEGTHNGRTGWFPSNYVREIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
|
| publication title |
Cbl promotes clustering of endocytic adaptor proteins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
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| total genus |
11
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-08-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QKW A; 2A37 A; 2KXD A; 1GCP A; 3SEM A; 2AZS A; 2LZ6 B; 3VS2 A; 2OI3 A; 1PHT A; 3PVQ A; 4OMM A; 2C0O A; 1T3S A; 2O9S A; 4HVU A; 2W0Z A; 1ZLM A; 4OMO A; 2J7I A; 2QDL A; 4E6R A; 2JTE A; 5EC7 A; 1UJY A; 1UGV A; 1VYT A; 1ZUK A; 1GFD A; 2FG0 A; 2ED1 A; 2RQR A; 2X3W D; 1SHG A; 4LN2 A; 1LCK A; 1PNJ A; 2JXB A; 2ROL A; 1UJ0 A; 2C0I A; 5IXB A; 1M27 C; 5I11 A; 4AFU C; 1X2Q A; 2DBK A; 2A36 A; 2OAW A; 4WCI A; 2DL8 A; 3C0C A; 3VS6 A; 2DBM A; 2YSQ A; 2PZ1 A; 2RQV A; 1QWF A; 4Z88 A; 2DL4 A; 2F2V A; 2KT1 A; 1QKX A; 4J9G A; 1EFN A; 4HVW A; 2J6K A; 2JMC A; 2RMO A; 4JPB W; 1UHC A; 2JS2 A; 2GTJ A; 2KRO A; 2EBP A; 3EHQ A; 1W1F A; 2YUO A; 4IIO A; 3EGU A; 1PWT A; 4RTZ A; 2DL3 A; 3TVT A; 2LP5 A; 1GBR A; 1NYG A; 2EGC A; 2J06 A; 3I5S A; 1U06 A; 2XMF A; 3EG0 A; 5FW9 A; 2DRM A; 1RLP C; 1B07 A; 3VS7 A; 1PKS A; 4M4Z A; 1T3L A; 2IIM A; 2F2W A; 3TSW A; 1WI7 A; 4LUE A; 2CSQ A; 1NLO C; 2JMA A; 1IO6 A; 2PTK A; 4FSS A; 2EW3 A; 2DX1 A; 4F17 A; 1UE9 A; 2AKK A; 3UF4 A; 3O5Z A; 2JM9 A; 1RI9 A; 3A98 A; 1KFZ A; 2LNH B; 2DIL A; 4LNP A; 1ARK A; 1NLP C; 4AFZ C; 2DL7 A; 2EGA A; 1GRI A; 2HBW A; 3CQT A; 2DRK A; 2MOX A; 3NMZ C; 3REA B; 2CUD A; 1AVZ C; 1WXB A; 3VS0 A; 2HDA A; 2LJ1 A; 2E5K A; 2KRS A; 1RLQ C; 1N5Z A; 1KJW A; 1M8M A; 2CSI A; 1UG1 A; 2DVJ A; 4OMQ A; 2CH4 A; 1CKB A; 1ZUY A; 2FPD A; 3NPF A; 4JZ4 A; 2FO0 A; 1X69 A; 2CT4 A; 1YWP A; 3I9Q A; 1E6G A; 1BBZ A; 2EVR A; 1M3C A; 2H8H A; 2YDL A; 4Y92 A; 4OMP A; 1BK2 A; 2MIO A; 3LH5 A; 1WX6 A; 2KRM A; 2P4R A; 3EG2 A; 4ZNX A; 1RUW A; 1WLP B; 1T0J A; 2G6F X; 4J9I A; 1X27 A; 2HCK A; 2VVK A; 4JJB A; 2LX7 A; 2GBQ A; 4Z8A A; 4ESR A; 3VS4 A; 4F14 A; 1AWJ A; 3QWX X; 1VYV A; 3H0F A; 3H41 A; 4ORZ A; 3PE0 A; 4RTX A; 2DL5 A; 2BTT A; 2CT3 A; 2FEI A; 1X6B A; 2LQN A; 2KT8 A; 4RTW A; 2D1X A; 2KNB B; 3VS3 A; 1WYX A; 2K9G A; 1TG0 A; 2HSP A; 1WXT A; 4AG2 C; 2L3Q A; 4J9E A; 4CC2 A; 1HSQ A; 1NEG A; 2LJ3 A; 1BB9 A; 4LUD A; 2AKL A; 4AFS C; 1YN8 A; 1CKA A; 1PRM C; 1I0C A; 2A28 A; 2ECZ A; 1JU5 C; 2EYY A; 1WFW A; 2OJ2 A; 1ZBJ A; 5HCK A; 1MUZ A; 2DE0 X; 2DA9 A; 1VA7 A; 1H92 A; 1AZE A; 3TSZ A; 1Y0M A; 3UA6 A; 1M3A A; 3VRZ A; 1M3B A; 2CUB A; 1K76 A; 2DNU A; 1T0H A; 1BU1 A; 1SPK A; 2JS0 A; 4RTY A; 4D8K A; 2ROT A; 2I0N A; 2NUZ A; 4OML A; 1SSH A; 4RTT A; 1E6H A; 1E7O A; 3UA7 A; 3THK A; 3ULR B; 1V1C A; 2DF6 A; 1ABO A; 1TUD A; 2ESW A; 2EYX A; 1I07 A; 3M0T A; 4RTV A; 3ZL7 C; 3IQL A; 2CRE A; 2RQW A; 2D8H A; 5IXF A; 2EYW A; 2CH4 W; 4IIM A; 4OMN A; 4JJC A; 2L2P A; 1GCQ C; 2K79 A; 2M51 A; 3NGP A; 3NHN A; 3FJ5 A; 2M0Y A; 4AG1 C; 2DLP A; 4JZ3 A; 2DM1 A; 4HCK A; 4KRT A; 2VWF A; 2FPF A; 1OV3 A; 1WIE A; 2K2M A; 5I22 A; 4J9H A; 4QT7 A; 2KEA A; 2AZV A; 1JXO A; 2CDT A; 2YT6 A; 2DMO A; 1YNZ A; 2W10 A; 2RNA A; 1U3O A; 2YUP A; 2VKN A; 1NG2 A; 2L0A A; 4JJD A; 2J6O A; 1H8K A; 3SHW A; 2RPN A; 1G2B A; 4GBQ A; 4CC4 B; 4HVV A; 1UEC A; 2LJ0 A; 4R0K A; 1Z9Z A; 4D8D A; 1Z9Q A; 1GFC A; 5IHN A; 1AWW A; 4J9B A; 1AEY A; 1WDX A; 1X43 A; 1OOT A; 4CC3 A; 2AK5 A; 2EPD A; 2LQW A; 3QWY A; 1ABQ A; 1AOJ A; 2K7A A; 1K0X A; 4Z89 A; 2RQU A; 2BZY A; 5ECA A; 2V1Q A; 3VRY A; 5FWC A; 2ED0 A; 1G83 A; 3M0Q A; 2EYZ A; 1X2K A; 2V1R A; 3R6N A; 1J3T A; 2O2O A; 1QLY A; 2X3X D; 2MCN A; 1UUE A; 1ZX6 A; 3UAT A; 1AWX A; 2SRC A; 2GTO A; 2L3P A; 1MV0 B; 4J9D A; 3U23 A; 1GCQ A; 1U5S A; 3VS5 A; 2DJQ A; 2GNC A; 3EHR A; 3I35 A; 3REB B; 1A0N B; 2O88 A; 2KR3 A; 2KBT A; 1KSW A; 2HEQ A; 2YUQ A; 1UFF A; 1CSK A; 5FWB A; 1YP5 A; 1OPL A; 5GJV B; 1K1Z A; 3M0U A; 1SHF A; 1WA7 A; 1ZUU A; 2RN8 A; 4J9F A; 4A63 B; 2YUN A; 1XOV A; 1VYU A; 3JV3 A; 2L3S A; 1MV3 A; 1JEG A; 1JQQ A; 1QCF A; 1SRM A; 2A08 A; 2KGT A; 4LE9 A; 4RUG A; 2K6D A; 2O31 A; 2DYB A; 3GBQ A; 2K3B A; 1SRL A; 3M0S A; 1PKT A; 2KE9 A; 1HD3 A; 3M0P A; 4RTU A; 3H0H A; 3M0R A; 2SEM A; 1YCS B; 1PRL C; 2EKH A; 2J05 A; 4GLM A; 1QWE A; 5IHI A; 1WXU A; 1K0S A; 1K9A A; 1HJD A; 2FPE A; 4DEX A; 4EIK A; 1AD5 A; 4AFQ C; 1OPK A; 3I5R A; 2FRY A; 2J6F A; 1YWO A; 5GJW B; 3EG1 A; 1K4U S; 2D8J A; 2KYB A; 4J9C A; 2LCS A; 4K11 A; 4HXJ A; 1FYN A; 1TUC A; 2GGR A; 3RNJ A; 2FRW A; 1SEM A; 2LMJ A; 1JXM A; 1S1N A; 1W70 A; 1FMK A; 2JT4 A; 5IHK A; 1M30 A; 1Y57 A; 2BZ8 A; 1W6X A; 1UTI A; 3H0I A; 4X1V A; 1GBQ A; 5L23 A; 1ZSG A; 2B86 A; 2GQI A; 2JW4 A; 4F16 A; 3EG3 A; 2RQT A; 1H3H A; 3VS1 A; 1B3Q A; 1AZG B; 3KFV A; 2KXC A; 2EGE A; 1NM7 A; 2D0N A; 1JO8 A; 1KIK A; 4DEY A; 3RBB B; 2BZX A; 1UDL A; 2JM8 A; 5IH2 A; 1GL5 A; 4CC7 A; 1I1J A; 2F2X A; 2RF0 A; 3PVL A; 2PNI A; 1X6G A; 1NYF A; 1OEB A; 2EQI A; 2KYM A; 1AWO A; 1NEB A; 2O9V A; 1UHF A; 2KRN A; 2ABL A; 2NWM A; 2C0T A; 2ENM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KXD A; 1NPR A; 1MMG A; 3QJY A; 2LZ6 B; 5CKH A; 3VS2 A; 2LQK A; 3HHT B; 1MHN A; 2O9S A; 4HVU A; 4HCZ A; 5GAN 5; 1ZLM A; 4C5G A; 3CC7 A; 2J7I A; 1Y07 A; 2QDL A; 3SD4 A; 3BE3 A; 4JUV A; 4XU1 A; 2ED1 A; 2RQR A; 3NFC A; 2OAU A; 2YRD A; 4ZN1 A; 1YIT Q; 2M1H A; 2JXB A; 2RI2 A; 5GMK j; 2MWP A; 5CQY A; 4DOV A; 2YSQ A; 2PZ1 A; 4E7L A; 2XDB A; 3RES A; 3RMS A; 3DB4 A; 2KT1 A; 3SWN C; 1QVG S; 4LD6 A; 2JVV A; 4JPB W; 1UHC A; 2JS2 A; 3JB9 F; 2GTJ A; 2KRO A; 2QI2 A; 3M4G A; 3GNG A; 3JCM c; 2RJF A; 1W1F A; 1VQ4 A; 4IIO A; 5FU6 C; 5HY6 A; 2DXT A; 1PWT A; 2VUB A; 1R0B G; 3J81 E; 3CBO A; 1NYG A; 3I5S A; 2CP0 A; 1B07 A; 4OGE A; 2R5A A; 1WJR A; 1K73 C; 2F2W A; 3TSW A; 4PFP A; 2OTJ A; 2EW3 A; 2F5K A; 2DX1 A; 2FVU A; 2HL5 C; 2LT4 A; 1YHQ Q; 2LNH B; 4LNP A; 3G4S T; 4RCC A; 1ARK A; 3CD6 T; 4QQD A; 2XHC A; 2DL7 A; 1ZSZ C; 1M1K C; 1GRI A; 2DRK A; 3ASK A; 3NMZ C; 1UEB A; 1D3B A; 2CGH A; 2CUD A; 1XTD A; 1B34 A; 2HDA A; 1RL2 A; 4JRQ A; 3LWI A; 2DVJ A; 4OMQ A; 1OX9 A; 3C4S A; 1VQK T; 2IPO B; 4QVC A; 1ZUY A; 2FPD A; 4FYV B; 4JZ4 A; 3CMA T; 1PD1 A; 2X4W A; 1W2B S; 4XTW A; 2M02 A; 1Q81 U; 4J6X A; 5GAN 7; 5CCA A; 1WZO A; 4OMP A; 3CCS T; 1BK2 A; 3LH5 A; 1K73 U; 2DD4 A; 1PG5 B; 2DVE A; 2RJD A; 1S72 T; 1WLP B; 1T0J A; 1ZBX A; 3A5Z B; 2C06 A; 4J9I A; 1X27 A; 2VVK A; 1YJN T; 4JJB A; 4C92 D; 4Z8A A; 1KQS S; 4QQ6 A; 2X9H A; 1VQM Q; 4ANJ A; 3JB9 D; 2Y4X A; 1BCO A; 1W4S A; 2EQU A; 4RTX A; 4HCB A; 2V8K A; 3CCE A; 3M59 A; 2FEI A; 1VQ5 A; 1X6B A; 4PJO F; 5M9O A; 2CZ1 B; 2HL3 A; 4C5I A; 5A0L A; 1WYX A; 3FC3 A; 4AG2 C; 2LJ3 A; 5LJ5 j; 4EMH A; 4XU2 A; 2DZC A; 1WHK A; 2PQW A; 2DJZ A; 3C94 A; 3NTK A; 3M9Q A; 3WXM B; 4PK4 A; 1JU5 C; 2QDY B; 3JCM W; 2O4X B; 3CC2 A; 3ZBD A; 4JRI A; 3RIR A; 1C0M A; 5D7U A; 4M7A G; 3CCJ A; 1YI2 T; 4J7I A; 3QDF A; 4IUV A; 4M7D F; 1M3A A; 3VRZ A; 3OSS C; 3M57 A; 4FYW B; 3OYJ A; 3I55 A; 3JB9 J; 1NE8 A; 2NUZ A; 4OML A; 5KYW B; 3X26 B; 1E6H A; 2DF6 A; 1ABO A; 3ZL7 C; 3IQL A; 3A8H B; 4NL3 A; 3EG9 B; 5CO7 A; 2KVQ G; 2IG0 A; 1WHL A; 2PUO B; 2M51 A; 2QYZ A; 4MMK A; 1WHG A; 2MK5 A; 2M0Y A; 1VQN A; 3G7Z A; 4JZ3 A; 4C8Q C; 4HCK A; 4KRT A; 2QA4 T; 2FPF A; 1ZA2 B; 3G71 Q; 2EFI A; 5I22 A; 2MI6 A; 4OVA A; 1YJ9 A; 1X75 C; 4N0A A; 5CKD A; 1YNZ A; 5KCH A; 5CKF A; 3G4S Q; 1U3O A; 5DY9 A; 2D6F A; 3CD6 Q; 3CXC P; 5AT1 B; 1NPP A; 4GBQ A; 1NJI U; 4M7A C; 1UEC A; 3CME A; 5CKE A; 1Z9Z A; 4D8D A; 5IHN A; 1AWW A; 4KH0 B; 3FEO A; 1WDX A; 4OB2 B; 3OYK A; 2F69 A; 4PLL A; 4M78 B; 2EPD A; 4OB3 B; 5KYX B; 3QWY A; 3MET A; 4C92 A; 1N9R A; 4IUT A; 1NZ9 A; 4Z89 A; 2RQU A; 1Y7X A; 2BZY A; 5GAN 2; 1VQP A; 1YFN A; 5C0M A; 3CCS Q; 3CCU A; 2QK0 A; 4VUB A; 2HQE A; 5J3B A; 1V76 A; 2V1R A; 2E12 A; 4E7S A; 4IUQ A; 2GF7 A; 1D1C A; 3U23 A; 4M7D D; 1GCQ A; 2RHY A; 1QP3 A; 1N27 A; 5DLQ E; 5GAN e; 1KHC A; 3EHR A; 3FJP A; 2JNG A; 1PSE A; 2RHU A; 2YUQ A; 2LCC A; 2KQW A; 1CSK A; 1MNE A; 2ZAE A; 3DLL A; 1OPL A; 2P4T A; 5GAM j; 1LNX A; 3M0U A; 1ZUU A; 1KD1 U; 3VYG A; 2WAC A; 2RN8 A; 2ZCF B; 2P84 A; 4A63 B; 2QTV A; 5CIU A; 1VIE A; 1VYU A; 1UGS B; 4KGX B; 4MZP A; 1IZ6 A; 5CVI A; 2KGT A; 4J7F A; 1YI2 Q; 3M0S A; 1XJW B; 2KE9 A; 3M0P A; 4C5H A; 1RI0 A; 4BI8 B; 3S3M A; 3M0R A; 4LDW A; 3D7S B; 1OU8 A; 1K0S A; 4PLI A; 4F7U G; 2P0K A; 2I2L A; 2OTJ T; 4DEX A; 4OF1 A; 4EIK A; 2MAM A; 1QVG A; 1Y96 B; 2JTF A; 2KSS A; 1OX8 A; 4UC4 A; 4E7I A; 1XNI A; 4EMK B; 3DKM A; 3H6Z A; 3RNJ A; 1M90 R; 3V8K A; 1KC8 C; 4MZT A; 4C8Q E; 1W70 A; 5IHK A; 1OZ3 A; 3VUB A; 2CZ7 B; 4HT9 A; 3QJ6 A; 1VQ8 Q; 2EJF A; 1TSF A; 2BZ8 A; 3R6O A; 2HNI A; 3G6E Q; 8AT1 B; 3WVE B; 3JAM E; 4X1V A; 2QEX A; 3S3N A; 1K8A U; 2GQI A; 2JW4 A; 2RQT A; 4M7A E; 1H3H A; 3MKD A; 4EMG A; 2PVD B; 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2AHJ B; 3CCV A; 2O4X A; 1I5L A; 1NLO C; 3JCM X; 3OW2 S; 4FSS A; 2G3R A; 2B8A A; 4F17 A; 1UE9 A; 2AKK A; 5GAN h; 2QA4 A; 2JM9 A; 3L2W A; 2DIL A; 2DK3 A; 5GMK i; 5GAN g; 4HKE A; 1NLP C; 3BY7 A; 3EGX B; 5KYW A; 5CKB A; 3HP9 A; 3QUI A; 2MOX A; 1AVZ C; 2K3X A; 3A8M B; 3ZFJ A; 2LJ1 A; 4BI3 A; 2E5K A; 3EG9 A; 5GAN f; 1OU9 A; 3N5B B; 3QO3 A; 2WSF E; 4QKU A; 5IT9 E; 4P5N A; 3JSC A; 1M3C A; 1G8X A; 2FZG B; 2MIO A; 2P4R A; 4F7U E; 4MZM A; 5CR2 A; 3JB9 G; 1QCO A; 2HCK A; 4LD9 K; 1UGP B; 5GMK e; 1IGU A; 4ESR A; 1VQ7 T; 3CCE Q; 4F14 A; 1VQ5 Q; 5GAO m; 4M78 A; 5FRM A; 5KYX A; 3PE0 A; 2DL5 A; 3X24 B; 2ZPH B; 5EG2 A; 4XTV A; 2LQN A; 3GNF B; 4N0A C; 3RR6 A; 4RG8 A; 2K2V A; 2KNB B; 3VS3 A; 2K9G A; 3HRT A; 1TG0 A; 5GAN 3; 2VXE A; 1HSQ A; 3BW1 A; 4A53 A; 3J7A F; 3M5A A; 1BB9 A; 4LUD A; 4QQG A; 2AKL A; 3CC2 Q; 1KQ1 A; 1PRM C; 4DQ2 A; 1I0C A; 5HKC A; 3CCJ Q; 1AT1 B; 4WTO B; 4C92 C; 1MND A; 2ECZ A; 2PVG B; 2EYY A; 1Q82 R; 2OJ2 A; 4F7U A; 4PJO B; 3CEY A; 5HCK A; 3I55 Q; 2DE0 X; 1HXD A; 1NBE B; 3NTH A; 1IHW A; 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