The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Key interaction modes of dynamic +TIP networks.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
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| total genus |
14
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WHK A; 3E2U A; 1WHL A; 2HKQ B; 1WHM A; 2MPX C; 2E3I A; 2HKN A; 2HQH A; 2COZ A; 1LPL A; 2HL5 C; 4B6M A; 2Z0W A; 2CP5 A; 1IXD A; 2CP0 A; 2CP6 A; 2QK0 A; 3RDV A; 1TXQ A; 2CP7 A; 1WHJ A; 2M02 A; 3TQ7 P; 2CP3 A; 2CP2 A; 1TOV A; 1WHG A; 2E4H A; 2HL3 A; 2E3H A; 2COW A; 1WHH A; 2COY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RO0 A; 2LT4 A; 4KUL A; 4M7A F; 2F2X A; 2QEX T; 1C0M A; 1VQL Q; 1K9M C; 2V1R A; 4M7D C; 2BZX A; 4OGE A; 4EMH A; 1Q86 U; 4E7S A; 3CCS Q; 2FB7 A; 2RI3 A; 1M5Q 1; 3VJP A; 4C8Q E; 1AZE A; 4ME7 A; 1XJW B; 1PWT A; 4C0F A; 3OYK A; 1GL5 A; 4ZGE B; 1H8K A; 1QP3 A; 1YJW Q; 1OZ3 A; 3RKW A; 2DL8 A; 3OYL A; 1WFW A; 1JBM A; 1N8R R; 4KH1 B; 3I35 A; 4KGX B; 2MF2 A; 3CCJ T; 2RQV A; 1RUW A; 2HQX A; 1TH7 A; 5FRM A; 4AFU C; 4OB3 B; 4MZT A; 1BI3 A; 1VIF A; 2OTJ T; 1KC8 U; 4A54 A; 1VA7 A; 1V76 A; 2KMT A; 1VQ7 A; 4E7L A; 1NYF A; 1LPL A; 5LJ5 e; 3H8Z A; 2CP6 A; 3OYJ A; 1OZ2 A; 2OJ2 A; 2KQW A; 1TOV A; 1MMD A; 2KXC A; 2DL4 A; 1WI7 A; 5GAN 7; 1YJN Q; 4DA4 A; 1KQS P; 4X9D A; 4PJM A; 3FC3 A; 2L5Q A; 1Q7Y C; 2Y90 A; 4OVA A; 4CI0 C; 1WDX A; 1JXO A; 1YBY A; 4F7U G; 4OB2 B; 3JB9 F; 4C0G A; 2VGM A; 2VAS A; 4WF2 A; 1W1F A; 2AZV A; 2P0Q A; 1NYG A; 2QQA A; 3OYM A; 3SDZ A; 2J7I A; 5CKF A; 2FRY A; 1VQ5 Q; 2RQU A; 4Z89 A; 4C8Q G; 3WVD B; 2CZ1 B; 5CKB A; 1SKU B; 3ZEH A; 1Q81 U; 2EYX A; 1VQ8 A; 2P84 A; 1W70 A; 2FZC B; 1PCX A; 4BY6 B; 3HP9 A; 3JCM b; 1N9R A; 2DZ9 A; 4M75 C; 3TEE A; 3C4S A; 4LDV A; 2H8H A; 1HD3 A; 4QQ6 A; 1MMG A; 4IUQ A; 3GNG A; 1VYV A; 3O5Z A; 2XDD A; 2CZ7 B; 4ELZ C; 4EPC A; 3EGX A; 3WXM B; 1NJI U; 1J3T A; 1WPY A; 4M78 B; 5DLQ E; 3DKM A; 5IAY A; 3CCM A; 4JRQ A; 1CSK A; 3FDR A; 2RF0 A; 2HL3 A; 2P4R A; 4M75 F; 3R6O A; 1TUG B; 5IXF A; 3M58 A; 4MML A; 4QT7 A; 3G71 A; 2EQU A; 3PIP A; 3P8B B; 3HSB A; 3J80 E; 3EG9 B; 1JQQ A; 4FYX B; 4M7A E; 3CCQ A; 3LWI A; 4A4F A; 2IPO B; 3A5Z B; 5I21 A; 1I0C A; 1TS9 A; 2PZ1 A; 4PFZ A; 2GNC A; 1VQ8 T; 2E3H A; 4XU3 A; 4C0Z A; 1WNL A; 1VQ9 Q; 2PQW A; 4DQ2 A; 4RTX A; 4C92 F; 3X26 B; 2RK2 A; 3OYI A; 1F1B B; 2CT4 A; 1PKS A; 4X34 A; 3MP1 A; 4DEX A; 3G1J A; 2CP2 A; 4L59 A; 3HRU A; 2OTL Q; 2L3R A; 1K8A R; 4JJN K; 2K5F A; 1ZBX A; 2KBT A; 1VQ4 A; 1B34 B; 3CCM T; 1VQ6 A; 1M90 C; 3AT1 B; 4RCC A; 1QLY A; 3VKI A; 2ZPH B; 2EJG A; 2KNB B; 4BDY A; 3NHN A; 2HBW A; 3CCU Q; 2MK5 A; 2R5M A; 4Z88 A; 3HHT B; 2MYS A; 1ZUY A; 3CCQ T; 4C0D B; 1D09 B; 3G4S A; 2PUK B; 2JW4 A; 5GMK m; 1I81 A; 1VQO A; 1MMN A; 2BZ8 A; 3JB9 I; 3M0U A; 2DTH A; 2ZAE A; 1BIA A; 1XTD A; 3CC7 Q; 3G6E A; 4FL6 A; 3OYY A; 1KD1 R; 5CIU A; 3DLL A; 3OBY A; 3VYG A; 5HKC A; 4R56 A; 4M7A G; 2BZY A; 2HCK A; 4BB7 A; 3GNF B; 1ZLM A; 1NPP A; 2DET A; 2V8K A; 3CC2 Q; 4EMG A; 4ZGD B; 5HK0 A; 2JMA A; 5GMK h; 2BKD N; 1ZUU A; 5D7U A; 6AT1 B; 1MMA A; 1VQ4 T; 2LT1 A; 3OMC A; 1VQ6 T; 3QDR B; 3CCL Q; 2R57 A; 3OYE A; 1BI1 A; 1R0C B; 3QJY A; 1S72 Q; 1CKB A; 1WXU A; 3I55 Q; 1ABO A; 1M1F A; 3GIB A; 2MWP A; 2LQW A; 1OU9 A; 1Q82 C; 3HTR A; 3OSV A; 2RH2 A; 1X75 C; 3QBY A; 4Z8A A; 2LNH B; 1D0Z A; 1OEB A; 3G4S T; 1VQO T; 2VWF A; 2FEI A; 4XQ3 A; 1YHQ T; 1R77 A; 5GAO r; 3CD6 A; 3EGD B; 4M7A D; 1K76 A; 1EX4 A; 3DB4 A; 3MCA B; 1YIT A; 5LJ5 f; 3G6E T; 3OQ5 A; 2ZPI B; 1Q86 R; 5LJ3 d; 3PMT A; 5GAM f; 1W2B A; 2K3B A; 1PM3 A; 3M57 A; 2CP0 A; 2MI6 A; 4XU0 A; 1X6B A; 1VIE A; 3CMA Q; 1WIE A; 1D0Y A; 1TSF A; 3JSC A; 2J6K A; 3CBM A; 3DB3 A; 2ZCF B; 3EFO B; 3JAM E; 2X4Y A; 4M77 A; 4OF1 A; 4BY6 C; 3OYC A; 4M7D D; 1H3Z A; 3CPW P; 2DEQ A; 3LW5 E; 4HVW A; 3ZFJ A; 2JOY A; 5IH2 A; 1QKX A; 1C1A A; 3X28 B; 1UG1 A; 4QKU A; 5FRO A; 2A08 A; 1PG5 B; 3JB9 G; 5GAN f; 2D8H A; 2CGH A; 4C92 E; 4M77 C; 2JZ2 A; 3CME A; 2LJ1 A; 5GMK l; 4PJO A; 2EQJ A; 4OMP A; 2FO0 A; 4A4K A; 1KC8 R; 4MZP A; 2JM8 A; 2DEU A; 4CRI A; 3OYA A; 1PSF A; 1M27 C; 4J8O A; 4HKE A; 3CD6 T; 5I2M A; 4RMO A; 4A53 A; 1NLO C; 1LCK A; 3EG9 A; 1YIT T; 1PRL C; 4JPB W; 3VUB A; 2CZ6 B; 2KE9 A; 3AHU A; 2CP5 A; 4CC7 A; 1U1T A; 2QXF A; 2LCS A; 2K3Y A; 2DVE A; 4M78 F; 2DIL A; 2RJC A; 1UJY A; 1D1B A; 2HMA A; 2L3P A; 4XTU A; 3R6N A; 1YFN A; 5KYY A; 2QK0 A; 3HRT A; 1RAI B; 1SEM A; 2M16 A; 2RJE A; 4EIK A; 2O88 A; 4M75 G; 2GTJ A; 3QJ6 A; 2HEQ A; 1YN8 A; 3TSW A; 3EH2 A; 1FMK A; 1GFD A; 2BE7 D; 2DPP B; 2VXF A; 3CME T; 2XMF A; 2QYZ A; 4A63 B; 2NLU A; 2P0P A; 2QGG A; 1K73 U; 2XHC A; 4RG8 A; 2MMP A; 4XTW A; 4GLK A; 3CXC S; 5LJ5 d; 2W0Z A; 1RAB B; 4R0K A; 4GBQ A; 4HVV A; 2AHJ B; 1QW1 A; 1VQK A; 3JCM W; 2XIC A; 1QCO A; 2LC4 A; 2A0F B; 3I56 A; 5GAM d; 3JCM c; 4C92 G; 1YIJ A; 2KT1 A; 1XQH A; 3OSS C; 2K57 A; 2OAU A; 1GCQ A; 1JJ2 S; 1NJI R; 3SD4 A; 1QP2 A; 2JJ9 A; 1Y96 A; 3LH0 A; 3PMI A; 1NBE B; 4C0D C; 2CYZ B; 1HYO A; 5FWB A; 3EGU A; 3LWH A; 2DK3 A; 4M75 D; 3JCM J; 3JCM f; 1TU0 B; 2BTT A; 4AT1 B; 2V26 A; 2FHD A; 3TRE A; 4PJN A; 4C5G A; 5GAN d; 4JUV A; 5GMK j; 3VV0 A; 1VYU A; 1WHM A; 2QQR A; 1M8M A; 2RD1 A; 5J26 A; 1V1C A; 2JXB A; 3FLG A; 3O8V A; 2VV5 A; 5IHI A; 1M1G A; 1U06 A; 2A7Y A; 3I9Q A; 2K7A A; 4J7F A; 4FW2 A; 3QUI A; 3X20 B; 4L5G A; 3CEY A; 2LZ6 B; 4K11 A; 2K2M A; 2O9S A; 5CKE A; 2OTJ Q; 1WHJ A; 1UB4 A; 3JV3 A; 4X9C A; 4IUR A; 2QEX A; 2COW A; 2DF6 A; 1K0X A; 1UEC A; 2HZY A; 3OY9 A; 1VQK T; 1A0N B; 5LJ3 e; 1O9S A; 2P4T A; 1PD1 A; 2A36 A; 4KUD K; 5LJ5 h; 3I56 T; 1YIJ T; 2QDL A; 4PLL A; 1N8R C; 2FZG B; 3EGD A; 2YXY A; 1FMV A; 1RLP C; 1SSF A; 4RCB A; 3MEW A; 3L2R A; 3E19 A; 3PNW C; 5IN1 A; 2HKQ B; 2LJ0 A; 4CC2 A; 3DLM A; 2M0O A; 1SHF A; 4ORZ A; 4FSX A; 4II1 A; 4DOW A; 2LNV A; 1LJO A; 3M59 A; 1VQP T; 4A4E A; 2GQI A; 5FU7 C; 4E7Z A; 1G3S A; 2NUP A; 1RAF B; 2LDM A; 4E2F B; 2DXU A; 2PUO B; 4QW2 A; 2MOX A; 1KK7 A; 5GJW B; 1WXB A; 3BDU A; 4F7U E; 2YHT A; 2LX7 A; 1GCP A; 1VQ7 Q; 2LX9 A; 1TWB A; 2RK1 A; 1M90 U; 2Z0W A; 4M78 E; 4BI8 B; 3FIF A; 3LH5 A; 4O6J A; 2DBK A; 3PTA A; 1PC0 A; 2QGF B; 2D9T A; 2VUB A; 3EHQ A; 4FCY A; 1W4S A; 2ZGW A; 4JJD A; 2KRO A; 4LDY A; 3RIR A; 3JCM d; 3M0Q A; 1ABQ A; 2DRM A; 2OX7 A; 4M7D F; 4OML A; 2HL5 C; 5IHN A; 2DYI A; 5D6W A; 1OYX A; 3RDV A; 1OX9 A; 2VB6 A; 4ZTF A; 2K2V A; 4F16 A; 2O31 A; 1RAE B; 2X9H A; 1OPL A; 2DKG A; 5KYU B; 4XTY A; 3ASK A; 2X4X A; 4ZN1 A; 1SSH A; 2BIV A; 1Y7X A; 3X25 B; 2EJF A; 3L2W A; 2YUO A; 4XAX B; 3CCE Q; 3HKS A; 4JDS A; 2GGR A; 1IGQ A; 1FMW A; 4RTU A; 5CVI A; 4FU6 A; 2DL5 A; 5CAI A; 5GAM e; 3KXT A; 3BDL A; 3L2V A; 1X6G A; 3QZ5 B; 2FG0 A; 2C0I A; 1YI2 A; 1JRI A; 2SRC A; 4PK4 A; 4QQD A; 2A3L A; 1OX8 A; 1M3A A; 1VQL A; 1UHC A; 2ESW A; 5FRN A; 1ZUK A; 5CKD A; 2CUB A; 1MV0 B; 2ECZ A; 4A4G A; 3CCS A; 1E6H A; 2DD5 A; 4RTT A; 2JTF A; 3NTH A; 2M02 A; 1OQK A; 2RPN A; 4XU2 A; 4MDX A; 3CQT A; 4ELY C; 5GAO m; 1Z9Z A; 5LJ5 g; 1QWE A; 5GAN e; 4M78 G; 2XI9 A; 3KBG A; 2YUQ A; 3M9Q A; 5KE2 A; 1Y71 A; 3JCM h; 3LLR A; 4XTV A; 2DMO A; 3G71 Q; 1QWF A; 5GAM g; 2DYB A; 1PNJ A; 2E65 A; 3PT9 A; 2JTM A; 2EBP A; 4J6W A; 4WCI A; 4BI4 A; 1UGS B; 2F1L A; 4LD9 K; 1JXM A; 4AG2 C; 4D8D A; 4BE2 A; 5EG2 A; 4OMF B; 2RQT A; 2VYT A; 1K8A C; 2JMC A; 3RMS A; 4P5N A; 5KE3 A; 2JT4 A; 4M77 B; 2FVU A; 2ZPB B; 3PFS A; 1MGQ A; 4LN2 A; 2PVO B; 2M9U A; 4DOV A; 5GAN g; 3CPW A; 2HAX A; 3A8M B; 4J6X A; 1YI2 T; 1Y0M A; 1VQL T; 2J6O A; 1I1J A; 3CXC P; 3H0I A; 5FLX E; 4EMK A; 4M78 D; 1PD0 A; 4PJO B; 2EGC A; 2V1Q A; 2Y4Y A; 3J81 E; 3CCS T; 8AT1 B; 5LJ5 j; 5AT1 B; 1QVG A; 3PE0 A; 1AT1 B; 2X4J A; 2QDY B; 2DE0 X; 4FM4 B; 1GFC A; 1I07 A; 3S3M A; 2ENM A; 2GBQ A; 1X2Q A; 1KD1 C; 3PIO A; 2WAC A; 2KRN A; 1U8R A; 2FL7 A; 4OB0 B; 2DRK A; 4C8Q B; 3C12 A; 3VS5 A; 3OYN A; 1K73 R; 3HRS A; 1G3Y A; 3G4S Q; 1GXI E; 1VQ5 A; 2E5Q A; 2K4Y A; 2MPX C; 1UJ0 A; 2DZC A; 1R0B G; 2C0T A; 2RJD A; 1PSE A; 3GP8 A; 4PLI A; 4PKC C; 5HCK A; 2IG0 A; 5KYY B; 3G6E Q; 4Y91 A; 1ZHI A; 4C5E A; 3CBO A; 5LJ3 f; 4M7D E; 1ZQ1 A; 3D7S B; 3ER0 A; 2DJZ A; 3QO3 A; 3OB9 A; 2GCX A; 1KHI A; 2LVM A; 2JNG A; 3L42 A; 1H64 1; 5IHK A; 1JEG A; 3JCM e; 2HNI A; 5KYW A; 1E6G A; 4LD6 A; 2KRM A; 2EPD A; 4E7H A; 3C94 A; 2XID A; 1G83 A; 1IHV A; 3VS2 A; 5GAO l; 1QVF A; 2MAM A; 2WSC E; 1RAD B; 3V7C A; 2W10 A; 2DVJ A; 1SRL A; 3OW2 A; 2QAS A; 5A2Q E; 3EFS A; 1Q86 C; 1IRE B; 1UGR B; 2EAY A; 3MHX A; 4BDZ A; 1YHQ A; 4PJJ A; 2LJ3 A; 3FB9 A; 4YTL A; 1AD5 A; 1Y96 B; 1VQ5 T; 2A28 A; 1M1K R; 3JCM g; 2KK4 A; 1KHC A; 1RAH B; 2FRW A; 1UGP B; 5KYU A; 1YIT Q; 2YRD A; 7AT1 B; 1VQ9 A; 2LQN A; 4LNP A; 1WQW A; 4C5H A; 4J9F A; 4J5Y A; 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3I55 A; 3CCU T; 3I5S A; 3EH1 A; 2EKO A; 4N4H A; 2IIM A; 3E2U A; 4F7U A; 4IIO A; 1ZA2 B; 3PVQ A; 1LVK A; 3JCM V; 1NJI C; 3GF5 A; 4PJO C; 5GAN 5; 2DA9 A; 2GTO A; 5DY9 A; 3BFM A; 4M77 F; 4PNO A; 1O75 A; 2EFI A; 5IT9 E; 5L23 A; 1VQK Q; 4LUE A; 4ZTJ A; 4C8Q A; 4EDU A; 1YJ9 T; 3I56 Q; 5J3B A; 3CC7 T; 1YIJ Q; 2LQ8 A; 2CRE A; 2ED0 A; 4VUB A; 5LJ3 h; 1EZZ B; 2DER A; 2DTO A; 4PJO F; 1AWJ A; 4HT9 A; 1VQN Q; 1WX6 A; 3RUX A; 1I8F A; 4C8Q C; 2GFU A; 2QQ9 A; 3CC2 T; 2YT6 A; 3CCR A; 2YLB A; 2X51 A; 4Q5W A; 1YWP A; 2VVK A; 3QG1 A; 2D0N A; 2H3E B; 3MP6 A; 3H9N A; 2KGT A; 2DXT A; 2HD0 A; 2C0O A; 5KCH A; 4IUU A; 4DBQ A; 1Q81 R; 1SPK A; 3ZL7 C; 1PRM C; 2EYQ A; 1RI0 A; 4F17 A; 5KYX A; 3JB9 J; 5CO7 A; 1S72 T; 1D3B A; 4JJB A; 4C8Q F; 3I55 T; 1KQS A; 2FPD A; 3G7Z A; 5C0M A; 1Q7Y U; 2K9G A; 1RL2 A; 2CH4 W; 2HQE A; 1OPK A; 2QEX Q; 3QYG B; 1OV3 A; 2LRQ A; 1BCO A; 3V8L A; 2EW3 A; 2VC8 A; 1UFF A; 4JZ4 A; 2QTV A; 3UA7 A; 5I22 A; 2EGA A; 4FT4 A; 4M4Z A; 3M55 A; 1T0H A; 1X27 A; 1OU8 A; 4RUG A; 5I11 A; 4DEY A; 1UGQ B; 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