The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Key interaction modes of dynamic +TIP networks.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
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| total genus |
14
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WHL A; 2MPX C; 2HL3 A; 2M02 A; 4B6M A; 2HQH A; 2HKQ B; 3E2U A; 1WHM A; 3TQ7 P; 1WHJ A; 2CP6 A; 2CP3 A; 2COY A; 2COZ A; 1WHH A; 1WHG A; 2CP0 A; 2HL5 C; 2HKN A; 2CP5 A; 1IXD A; 2E3I A; 2E4H A; 1LPL A; 1TXQ A; 2COW A; 2CP7 A; 2CP2 A; 2QK0 A; 1WHK A; 1TOV A; 2Z0W A; 3RDV A; 2E3H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PQW A; 1N6A A; 4PFO A; 3P8D A; 2LCL A; 2M0Y A; 1Q81 C; 3RKW A; 2B86 A; 2RHY A; 1WHG A; 2X4Y A; 3HPW A; 3CC7 A; 2CZ6 B; 2ZPE B; 3JCM c; 3G4S Q; 4J7I A; 5GJW B; 2EPD A; 3CME Q; 2CSQ A; 2I2L A; 4OP0 A; 1K8A R; 3VS0 A; 1HK9 A; 4ZTJ A; 2WSC E; 3OYA A; 4ZN1 A; 5KYW A; 1D1C A; 3G71 T; 1JJ2 S; 1OYX A; 4PFZ A; 1VQM Q; 1VQ5 Q; 2CGH A; 4OMP A; 4M7A G; 2AIR B; 5EG2 A; 5GMK j; 3GIB A; 4BY6 C; 2WAC A; 1WHH A; 3EG0 A; 4HVV A; 1X2Q A; 2O31 A; 2DLP A; 4RCB A; 3CPF A; 2KVQ G; 4RTX A; 1E6G A; 1X75 C; 2QGF B; 1LCK A; 2YUN A; 2DFU A; 2FZK B; 2DD5 A; 5C0M A; 3JCM g; 3M4Y A; 2AKK A; 2A3L A; 3J81 E; 4RTT A; 2GF7 A; 1NE8 A; 3EG9 B; 3EGU A; 4C8Q F; 5FRN A; 2KBT A; 4IUT A; 1YIJ A; 3V8K A; 1VQ5 T; 4M75 D; 1AOJ A; 1JB0 E; 3SB2 A; 2R5A A; 3OW2 P; 2X35 A; 2QAZ A; 3A8G B; 1PNJ A; 3HKS A; 4XAX B; 1WX6 A; 3L2V A; 2RH2 A; 3EG2 A; 3FLG A; 3JB9 I; 4KUL A; 4NOY A; 2F2W A; 2DEU A; 4IIM A; 4DBR A; 4M78 A; 4OVA A; 4IUU A; 3VKI A; 3VRZ A; 3OYL A; 3L2U A; 3CXC A; 1W2B P; 2KSS A; 4LDW A; 2PVD B; 2XMF A; 2HSP A; 1WA7 A; 5AYF A; 1JU5 C; 3A8M B; 1UHC A; 3L1A A; 4Q5W A; 4BE2 A; 1N27 A; 2VKN A; 3QG1 A; 4C8Q D; 1M1F A; 2GFU A; 3QYH B; 5GAM g; 2LC4 A; 1EIF A; 3JCM e; 3VUZ A; 2O4X A; 5DLO A; 5GAN g; 4HCZ A; 4IKF A; 3BFM A; 1B34 B; 1OQK A; 3FJP A; 1UFF A; 2B8A A; 3HRU A; 1UE9 A; 2RHU A; 3OW2 A; 3M0S A; 1Q7Y R; 1VQL Q; 2O01 E; 5I21 A; 2A37 A; 4KT0 E; 4FW1 A; 2JM9 A; 2F2V A; 1PCX A; 4C5H A; 4HXJ A; 2YDL A; 4FYW B; 4QQD A; 3URG A; 3A1P A; 1VQP T; 1QKW A; 4M77 F; 4D6W A; 1KK7 A; 1IRX A; 2L3R A; 5GAO p; 2O9S A; 1W1F A; 2H8H A; 2KYM A; 1BI2 A; 2PVO B; 2EWN A; 2D0Q B; 1X43 A; 3QJY A; 1BB9 A; 2COZ A; 2LQN A; 2QTX A; 1BU1 A; 5GJV B; 1NLP C; 1PSE A; 2M9U A; 3L2W A; 3CCE A; 4XU3 A; 4GLK A; 5J26 A; 3MP8 A; 1VQ9 T; 4M75 F; 2LT1 A; 5LJ5 g; 4RG2 A; 2EQM A; 4C8Q E; 2K9G A; 4PFP A; 3G4S A; 4M7A C; 2FG0 A; 1PG5 B; 1YJW Q; 4A63 B; 2JS0 A; 1PRM C; 2BUD A; 2ZAE A; 2LJ3 A; 2HEQ A; 1VQ6 A; 3VS2 A; 3MCA B; 2V8J A; 1RAA B; 5KYX B; 1ZLM A; 3JCM b; 1WGS A; 1VQ6 T; 2PTK A; 1R0B G; 4J9G A; 5KCH A; 4RTU A; 2EKH A; 1R0C B; 1WHJ A; 2J6O A; 3JCM d; 4A4F A; 1IXD A; 1SKU B; 2YUO A; 1XNI A; 5D6W A; 1K8A C; 4C92 F; 1Y71 A; 1VQ9 A; 1I81 A; 4C92 D; 4AG2 C; 1M90 U; 4C8Q A; 5CQX A; 5LJ5 j; 1X27 A; 2JNG A; 1SHF A; 3G7Z A; 3CCR T; 4N0A C; 1NLO C; 5GAN e; 4FYX B; 2EQK A; 1WDX A; 3UWN A; 1OU8 A; 1UJ0 A; 3CD6 T; 4LXC A; 1UG1 A; 4M75 B; 2KDS A; 2HBW A; 4J9H A; 1X6G A; 1KFZ A; 2PU9 B; 3S3M A; 1TOV A; 2HSE B; 1XQH A; 4PJO D; 2DYB A; 4ZNX A; 2RI3 A; 1FMW A; 1B07 A; 2K5I A; 1SG5 A; 2P0Q A; 3H9N A; 4MDW A; 1AVZ C; 5A0D A; 3OYE A; 1YI2 T; 2DA9 A; 2YT6 A; 2PNI A; 4DOV A; 4C8Q C; 4XTY A; 3EFO B; 2E41 A; 2P4R A; 2QXF A; 5LJ5 f; 1U5S A; 3CCE Q; 3C12 A; 3PMT A; 1YIJ Q; 3L2Z A; 2OTL Q; 1RI0 A; 1VQM A; 1KQS P; 3FDR A; 3QZ5 B; 5GAO r; 1VQ8 A; 1BCM A; 2JN0 A; 1VYT A; 1GRI A; 1TTH B; 4O6J A; 4E47 A; 3QXE B; 3M0P A; 1BI1 A; 4AFQ C; 5GAN d; 1Q7Y U; 5GAN 4; 2QQA A; 3EFS A; 4X34 A; 3L42 A; 1YI2 Q; 3LGF A; 4JZ4 A; 2M0O A; 1PD1 A; 2K2M A; 2VWF A; 3VS3 A; 3VS7 A; 1LJO A; 2CUB A; 3QBY A; 1PKS A; 4HA8 A; 3EGD B; 4M7A A; 2CS7 A; 4KH1 B; 4C0D C; 1Q7Y C; 1YIJ T; 4A4E A; 4M7A B; 1D1B A; 3EGD A; 2OTL T; 2LCS A; 2CP6 A; 4R0K A; 1VQK A; 1I07 A; 2JTE A; 2QYZ A; 4JLI A; 3CEY A; 3GP8 A; 4BD3 A; 1S1N A; 4AFS C; 5HK3 A; 5IN1 A; 2RK1 A; 2DBM A; 2EGC A; 1QCF A; 5GAN 6; 2QQB A; 4ZGJ B; 1W6X A; 4C92 A; 4M4Z A; 2PZ1 A; 1SRL A; 2D0N A; 1Q81 R; 3OMC A; 5GAO q; 4OGE A; 2DZ9 A; 4BB7 A; 4JJB A; 3QJ6 A; 4TVR A; 4LNP A; 4J6Y A; 3JCM h; 3NPF A; 2D9T A; 4L5G A; 2A0F B; 3QZ9 B; 3QWY A; 1XOV A; 2IIM A; 2A28 A; 1WJQ A; 1IZ6 A; 3CCQ A; 1QCN A; 4F7U G; 5FRM A; 2JTF A; 2E5K A; 2QQR A; 1SSF A; 2GCX A; 2BIV A; 4O5V A; 4F04 B; 5GAO n; 2BZY A; 3MEV A; 4OGC A; 2G3R A; 2YUP A; 3KUF A; 1JQQ A; 5GAN 5; 5CKH A; 1VQ4 Q; 4OMQ A; 2HQE A; 2RB6 A; 1VQ4 A; 2PVG B; 3RES A; 3CCS T; 4LDX A; 5I11 A; 1ZSG A; 2LVM A; 3M0R A; 1S72 T; 3S3N A; 4LDV A; 2IVW A; 4EMK A; 1KD1 R; 2PUK B; 1QCO A; 2O88 A; 1OEB A; 3DLM A; 1EX4 A; 3RNJ A; 2BTT A; 1ACM B; 2HAX A; 2QEX T; 2DL5 A; 4M78 C; 2JS2 A; 1I4K 1; 2K3Y A; 4PJL A; 2JOY A; 1RLP C; 5KYN A; 5M9O A; 3OMG A; 1YHQ Q; 2H3E B; 1NM7 A; 2LQK A; 2NLU A; 3MEU A; 2KY9 A; 1T3S A; 2HQH A; 1YIT Q; 1ZUK A; 2K5L A; 3M4G A; 3CCS Q; 4X1V A; 2C0T A; 3ULR B; 2KMT A; 2E6Z A; 1N8R R; 1UGV A; 2CP2 A; 3MEW A; 1YJN T; 2LX7 A; 2VXF A; 2E10 A; 3PGG A; 3REA B; 4JS5 A; 4BE1 A; 2RN8 A; 4J9C A; 2K5F A; 1GCP A; 1JJ2 A; 5GAN 7; 1VQ7 A; 2X4X A; 2LJ1 A; 1K0S A; 1YP5 A; 4JRQ A; 2DM1 A; 3VJP A; 1YHQ T; 3EGX A; 4QQ6 A; 2GGR A; 4ELY C; 1MHN A; 3H8Z A; 1Q95 G; 1G3S A; 1VQ7 T; 4M7D A; 4E7L A; 4ESR A; 3SWN B; 1LNX A; 1NPR A; 2K6D A; 2JM8 A; 3KFV A; 2JMC A; 1YJW A; 5CKF A; 1Y7X A; 1BYM A; 3MP1 A; 4FYV B; 4QW2 A; 3L2Q A; 3EHR A; 4RCC A; 5DM7 R; 1I5O B; 3E2U A; 5GAN h; 3VS4 A; 3UA7 A; 2CP3 A; 1E7O A; 7AT1 B; 3WVD B; 1ZUY A; 1AZE A; 5CR2 A; 4M75 E; 1UHF A; 1AT1 B; 1FYN A; 1PKT A; 5FU6 B; 3X26 B; 2V8K A; 2X4W A; 4A54 A; 4M7D D; 3QWX X; 3CME A; 2A7Y A; 1B34 A; 4M77 G; 1UGP B; 1S72 A; 3I56 T; 2O4X B; 1MNE A; 4RTW A; 3GOX A; 2RHZ A; 2DAQ A; 3GNG A; 1NJI U; 1K0X A; 4MDX A; 2Z0W A; 1GBR A; 5C6S A; 2QDL A; 1MMA A; 4XTW A; 3OYM A; 1KD1 U; 1H64 1; 2HDA A; 3CCM T; 3QPH A; 3VS1 A; 1VQP Q; 3RBB B; 1LOJ A; 3I55 T; 1QVG S; 3MET A; 3CCS A; 1IGQ A; 2KEA A; 1UUE A; 2HL5 C; 2YLB A; 3QHS A; 4PJM A; 4M75 C; 3CPW P; 1V29 B; 2ATC B; 3KBG A; 4J9B A; 2H3J A; 1PSF A; 3M54 A; 4XK8 E; 5LJ3 f; 4DBF A; 2HL3 A; 4IIO A; 4BY6 B; 4J8O A; 5I2S A; 2KNB B; 1SF9 A; 3LWH A; 1OZ3 A; 1CKB A; 2L89 A; 3OS2 A; 5KYY A; 2MCN A; 3THK A; 3VYH B; 4OB2 B; 5AT1 B; 2CP0 A; 1GCQ A; 4C92 G; 4KGX B; 1G2B A; 1QVG A; 3RMS A; 5CIU A; 1C1A A; 1T3L A; 1YIT A; 5LJ5 d; 4GBQ A; 4DEY A; 1GFC A; 1VQK T; 3NTH A; 4FT2 A; 2ENM A; 2BE7 D; 1JXM A; 1WFW A; 1OI1 A; 3CC4 T; 4LD9 K; 3QII A; 2GQV A; 3UA6 A; 3O8V A; 3WVE B; 1RI9 A; 1Q82 R; 5HY6 A; 1D09 B; 2KE9 A; 4Y92 A; 1U1T A; 1M27 C; 4PKC C; 4F7U A; 1OU9 A; 3A8H B; 1BI3 A; 5CQY A; 2X3X D; 2E3H A; 5DY9 A; 4CI0 C; 3GPL A; 4HT8 A; 4N4H A; 5GMK l; 4EIK A; 4XTX A; 3OYY A; 3MP6 A; 5HCK A; 5CK9 A; 2JUF A; 3CBP A; 2FPD A; 2XHC A; 4M75 G; 4OF1 A; 2O2O A; 1G5V A; 1VQM T; 2EJ9 A; 3V7S A; 2BKD N; 2OI3 A; 1K73 U; 5L8R E; 2KYB A; 1KSW A; 4ATO A; 3R6N A; 2RQT A; 4E7J A; 3CCV Q; 1BIA A; 5GAM d; 1K9M U; 5GAM j; 1WXT A; 4PLI A; 1VQ8 T; 1H92 A; 2QA4 Q; 3CBM A; 1XJW B; 2GNC A; 5I2M A; 2AHJ B; 2MWO A; 1ZBJ A; 4XTV A; 2HMA A; 2DPP B; 3LYI A; 1B3Q A; 3CCU Q; 5GAM e; 2IG0 A; 1F1B B; 3EG3 A; 3EGX B; 4J7F A; 2RJD A; 5HKC A; 5GMK e; 2DMO A; 3JCM J; 2D8J A; 4M7D B; 2V1Q A; 1WHM A; 3TRE A; 3I35 A; 2KAF A; 2KXC A; 3VRY A; 3QDR B; 5FWC A; 2LP5 A; 1M2O A; 2VUB A; 4YTL A; 4IUP A; 2F69 A; 4PL6 A; 1W4S A; 1M2V B; 3OY9 A; 2JT4 A; 5GAN f; 1KIK A; 3JV3 A; 4OML A; 4LD6 A; 4ANJ A; 4RTY A; 3CME T; 1R77 A; 3MPU B; 3A98 A; 3LW5 E; 1Q82 U; 1C6V X; 3IQL A; 3G71 Q; 1WNL A; 3TVT A; 2DKG A; 3REB B; 2K79 A; 4PJO C; 3CXC S; 2EGA A; 2DO3 A; 2LQ8 A; 2VVK A; 4LUE A; 2CT3 A; 1SPK A; 5DLQ E; 1M1K R; 2DZC A; 2JTM A; 5CO7 A; 1MMD A; 1WQ7 A; 1YCS B; 3M53 A; 2OTJ Q; 4MZP A; 1DJ7 B; 2HD0 A; 4C8Q G; 2R5M A; 1WQW A; 2J6F A; 3X24 B; 5LJ3 e; 4M77 E; 1RAF B; 1G3W A; 3RIR A; 1OX9 A; 3E9G A; 4ZGE B; 4RTZ A; 2HBP A; 1MV3 A; 3I9Q A; 4LDY A; 4DEX A; 2ZPB B; 3VS5 A; 3EFR A; 1HD3 A; 3VS6 A; 3I5S A; 3CC2 Q; 3CMA T; 4M7A D; 4OMM A; 5LJ3 h; 1Y57 A; 1TWB A; 3LGL A; 1NJI C; 1BIB A; 2CT4 A; 2KRM A; 2F5K A; 1A0N B; 2PUO B; 3ER0 A; 2ROL A; 1OX8 A; 1M2V A; 4PJN A; 3DB3 A; 1BBZ A; 2GTJ A; 1PD0 A; 2GQI A; 1IRE B; 1KQ1 A; 5KE3 A; 1Q82 C; 5CKB A; 1VQ9 Q; 3NGP A; 2DL3 A; 3AT1 B; 1GBQ A; 1S72 Q; 4BI8 B; 8ATC B; 2EQU A; 4FU6 A; 4A4G A; 4F17 A; 4DQ2 A; 2FPE A; 3M0T A; 5IXF A; 3OYN A; 1G8X A; 2D1X A; 2DL4 A; 2LNV A; 4XU0 A; 4L6V 5; 2DNU A; 5CVI A; 1OZ2 A; 3JCM V; 3CC2 T; 4N4G A; 4Y91 A; 4DBH A; 3DB4 A; 3BDU A; 4CC7 A; 1D3B B; 4EMH A; 5KCO A; 1JRI A; 1RAI B; 1K4U S; 1M3B A; 3CCR A; 3MO8 A; 3CC7 Q; 3FEO A; 1D3B A; 2DK3 A; 5FLX E; 2M16 A; 2QK0 A; 1X01 A; 4MZM A; 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3ZL7 C; 3OYJ A; 3VUB A; 5IHI A; 4LDU A; 2E3I A; 2RD1 A; 3CCR Q; 2ZPF B; 1UGR B; 3CCL A; 4MMK A; 2LT4 A; 3MJX A; 3ZEH A; 4RUG A; 3PIO A; 4HVU A; 2DIL A; 3JB9 G; 4C92 B; 2KK4 A; 2Y4Y A; 2RQV A; 4J83 A; 4B9W A; 4UC4 A; 4LUD A; 3L2R A; 3WXM B; 1NBE B; 1ZA2 B; 1VQO Q; 4AT1 B; 2A36 A; 3SFM A; 3V8L A; 1NEG A; 2BZ8 A; 2EW3 A; 4M7D C; 1HXD A; 3HSB A; 4XU1 A; 1NZ9 A; 1Q81 U; 3X20 B; 1VQK Q; 1FMV A; 2EGE A; 3CCQ T; 2DL7 A; 3GF5 A; 4R56 A; 3CC4 Q; 2XG8 D; 5GAN 3; 3CCJ Q; 3OYK A; 1VQ5 A; 2ZCF B; 2A08 A; 2MPX C; 2ZZD A; 5A2Q E; 3A8O B; 2F2X A; 2NUP A; 5GAN 2; 1VYU A; 2DXT A; 1C0M A; 2DYI A; 2JMA A; 2YRD A; 1M9S A; 3JCM X; 1QP2 A; 2CYZ B; 2ED0 A; 1HJD A; 3M0Q A; 4A4K A; 4AFU C; 2EYZ A; 4Z8A A; 3S6W A; 3QUI A; 2ZPI B; 1K73 C; 5GMK m; 1Y0M A; 1KQ2 A; 2VB6 A; 4J9E A; 2Y4X A; 1B7T A; 3OYD A; 4ELZ C; 1VQN T; 3G6E A; 4GLM A; 2FZG B; 1SEM A; 1QMC A; 1JJ2 P; 2WSF E; 3CCQ Q; 4E2F B; 4NS5 A; 2C0O A; 4F16 A; 1UB4 A; 1CSK A; 4PJO E; 4J9F A; 2HQX A; 3PFS A; 3G71 A; 3SDZ A; 2RQU A; 5FU7 C; 1D0Y A; 3SHW A; 4M7A E; 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