The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
72
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structure length |
72
|
Chain Sequence |
PLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
|
| publication title |
Key interaction modes of dynamic +TIP networks.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| total genus |
14
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HL3 A; 2CP2 A; 2HQH A; 2HKN A; 2CP5 A; 1WHK A; 2E4H A; 2E3I A; 3RDV A; 1IXD A; 2COZ A; 2CP0 A; 2CP6 A; 1TOV A; 1WHG A; 2COW A; 1LPL A; 1TXQ A; 2MPX C; 3E2U A; 1WHL A; 2QK0 A; 4B6M A; 2COY A; 2Z0W A; 3TQ7 P; 2E3H A; 2M02 A; 1WHJ A; 1WHM A; 2CP7 A; 1WHH A; 2CP3 A; 2HKQ B; 2HL5 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K0S A; 1Y96 B; 3PNW C; 3REA B; 5CKD A; 3OYL A; 1RUW A; 3CBM A; 1M2V B; 1PCX A; 1TSF A; 2YWW A; 4E7Z A; 4BE0 A; 4ME7 A; 1H8K A; 3CCR T; 1AWW A; 4E2F B; 4AFZ C; 3HRS A; 5FU7 B; 4AFU C; 4M77 B; 1KG1 A; 2QG9 B; 2QTX A; 3CCJ A; 2YT6 A; 1M1K U; 3H8Z A; 1HD3 A; 5KH6 A; 1BIA A; 3EG2 A; 5A0L A; 3G6E Q; 2GFA A; 2MWP A; 2Y4X A; 1TWB A; 9ATC B; 5HCK A; 4HT8 A; 3EH2 A; 1K1Z A; 5EC7 A; 4J9H A; 3LW5 E; 3EG9 B; 2QAS A; 3QXE B; 1WX6 A; 2E10 A; 4X9D A; 3RBB B; 5GAO r; 4F7U B; 3C94 A; 3KXT A; 2E1H A; 4NL3 A; 5IHK A; 3CME T; 4HCZ A; 3CCR Q; 1ZLM A; 3QSU A; 5D6Y A; 2LCC A; 2DEQ A; 4MZM A; 1NE8 A; 3OYN A; 1H92 A; 5KYX B; 7AT1 B; 1ZUK A; 3URG A; 2OJ2 A; 1NYG A; 2MCN A; 4N4H A; 4II1 A; 3CC2 A; 2LMJ A; 1OU9 A; 4DBH A; 2LQK A; 2X4Y A; 1WQ7 A; 2HD0 A; 2VUB A; 2LT1 A; 2BZ8 A; 4PFO A; 3RUX A; 3SWN A; 2LZ6 B; 1LNX A; 2EIF A; 2O88 A; 1M3B A; 4LDU A; 2EAY A; 2R58 A; 1OOT A; 3GNF B; 2HNI A; 1FMW A; 1NEG A; 2YUN A; 3M55 A; 2EJ9 A; 1VQ6 T; 3RIR A; 2LCS A; 2EKO A; 1VQO Q; 2HL5 C; 3VJP A; 1Z9Q A; 4PJL A; 1EFN A; 2NUP A; 4ZGD B; 2ZAE A; 4OMQ A; 1I0C A; 3LYI A; 1M1G A; 3OYG A; 3HKS A; 2BE7 D; 2FZC B; 1Q82 U; 4PJO D; 1VQK A; 3CCV A; 3RER A; 1NM7 A; 1ZHI A; 2AKK A; 1X6B A; 3H0H A; 4HA8 A; 1T3L A; 2RN8 A; 4CC3 A; 5CKE A; 4B9W A; 1VQN T; 1KQ1 A; 1QLY A; 1UEB A; 2V26 A; 1JO8 A; 2A36 A; 4MZT A; 5GMK m; 3Q1J A; 1BYM A; 2MI6 A; 2J6F A; 1LVK A; 3CPW P; 1XTD A; 1GBR A; 5CVI A; 2HBW A; 3LWI A; 2P4R A; 1KQS S; 4QQG A; 3A98 A; 2DRK A; 3QUI A; 2JJ9 A; 1NBE B; 2KNB B; 4ZN1 A; 1N8R U; 2JUF A; 3M4G A; 2YRD A; 3WVD B; 2F5K A; 2CS7 A; 3VS7 A; 1KFZ A; 4JZ4 A; 4J8O A; 2K2V A; 1VQN Q; 2ZPH B; 3MKD A; 5CIU A; 5GAN h; 4PJJ A; 5KCO A; 3RMQ A; 1EIF A; 3OA6 A; 1U8R A; 1VYV A; 5GAM j; 1RAC B; 2EQI A; 2XMF A; 4HVU A; 4LXC A; 4ZGE B; 1YJN A; 1Y0M A; 3HHT B; 2EQJ A; 1V29 B; 1K8A R; 2VVK A; 1ZSZ B; 1H3H A; 1X6O A; 2M9U A; 1M8V A; 1KQS P; 1KIK A; 3JSC A; 4VUB A; 2QQB A; 2RHU A; 2JS2 A; 5FWB A; 2EWN A; 2K5F A; 1LPL A; 1PD0 A; 4RMO A; 3SB2 A; 3H0I A; 1G3W A; 1SSH A; 2JXB A; 2LJ1 A; 1VQ7 T; 4JPB W; 2BUD A; 2JMC A; 3EG3 A; 2ROL A; 2QDL A; 3E9G A; 3CQT A; 4QT7 A; 1R0B G; 3EAE A; 2ENM A; 2EGC A; 2K57 A; 2DZC A; 2XHC A; 2OX7 A; 2RJC A; 3HPW A; 1PNJ A; 3G71 T; 4PJO E; 2EPD A; 1JJ2 P; 1YWO A; 1U5S A; 2ABL A; 4M78 B; 2NYS A; 3MEU A; 3G6E A; 2RPN A; 4FCY A; 2QQS A; 2E3H A; 3ER0 A; 4PFZ A; 2PVG B; 1U1T A; 2VGM A; 1K73 U; 2RI3 A; 2FRY A; 3GF5 A; 5GJV B; 1VQ4 T; 1AT1 B; 1LJO A; 3UWN A; 4MDW A; 2DZ9 A; 1HK9 A; 2V8J A; 4C5G A; 4EMH A; 1BCO A; 4M75 D; 1RI9 A; 1H3Z A; 3QHS A; 4PJM A; 3BFM A; 4RCC A; 4O6J A; 3E9F A; 1UGS B; 2DKG A; 4XU1 A; 5GAN j; 2L5Q A; 4C5H A; 2K3Y A; 2KRN A; 1IXD A; 5DLQ E; 2VV5 A; 4BY6 B; 4C8Q G; 1I5L A; 3V7S A; 1YBY A; 2L3P A; 4E7K A; 3JCM e; 2X4J A; 2OTJ Q; 2E5Q A; 3EHR A; 3HFO A; 3CMA T; 3VUZ A; 4DOV A; 4N0A C; 3OS1 A; 2GTO A; 1BI2 A; 2ESW A; 1BI3 A; 2OAU A; 2F2W A; 1JQQ A; 1RAG B; 2MIO A; 1VQO A; 2AZS A; 2O01 E; 2FVU A; 1MMA A; 4J7F A; 1K0X A; 1W2B A; 5I22 A; 1ZBJ A; 4JRI A; 5KYU B; 3OYH A; 3UA7 A; 4BI8 B; 4JZ3 A; 1SEM A; 5LJ3 h; 1N6A A; 4IUT A; 3H6Z A; 3VS6 A; 2LP5 A; 5CK9 A; 3OMC A; 1WNL A; 1BKB A; 1NPR A; 3DKM A; 4XTU A; 1G83 A; 3CCU T; 5GMK i; 2QA4 T; 2V8I A; 3HTR A; 2V8K A; 4C8Q C; 2KT8 A; 2L2P A; 2DL4 A; 1KD1 C; 2EGA A; 2EYY A; 1X69 A; 2HQE A; 4JRP A; 1IGQ A; 2RO0 A; 3NTK A; 3SD4 A; 2HCK A; 3CCJ T; 2HEQ A; 1TH7 A; 2DF6 A; 2ED1 A; 1VQN A; 3PVL A; 3FRN A; 2GFU A; 3J7A F; 1OQK A; 1S72 Q; 1HJD A; 4M75 E; 5LJ3 d; 4HVV A; 2DTO A; 4EPC A; 3CCU Q; 5LJ3 g; 1PD1 A; 3EGD A; 2QA4 Q; 3VYG A; 3JCM P; 1C1A A; 2K5I A; 3E1S A; 2RK2 A; 3V8L A; 3AHU A; 3A5Z B; 1T0H A; 4A4K A; 5LJ5 h; 1D1A A; 3CC2 T; 5J3B A; 3SEM A; 1M1K R; 3CCJ Q; 4ZGJ B; 1M4Z A; 1JU5 C; 1OX9 A; 4OB1 B; 4C8Q E; 4KH0 B; 2PVO B; 2RHI A; 3A8L B; 2DVJ A; 2E70 A; 2RHZ A; 5KE3 A; 1AWJ A; 1MV0 B; 1BI0 A; 4PKC C; 4OF1 A; 3MET A; 5I2M A; 2K79 A; 5A0G A; 1Q81 C; 1PRL C; 2DEU A; 3A1P A; 3NHN A; 2ZPI B; 1SHG A; 4JJN K; 1KSW A; 2KVQ G; 4HKE A; 4FT2 A; 1S1N A; 4BDY A; 2LVM A; 3CC2 Q; 3U23 A; 3CBO A; 4N0A A; 1G2B A; 2JTE A; 4JS5 A; 2YUO A; 3M0S A; 1PHT A; 1QVG P; 3CCV T; 3N5B B; 3VS2 A; 4M7D B; 1AZG B; 4QQD A; 1NLO C; 3QWY A; 1UFF A; 5HKC A; 3SFM A; 1V1C A; 4RTV A; 4NS5 A; 1D09 B; 1TS9 A; 3PMT A; 4OMN A; 2KRS A; 2VKN A; 3M57 A; 3VKI A; 2GF7 A; 1D3B A; 1IRX A; 1ZBX A; 3VU3 C; 3M0Q A; 2KT1 A; 4C92 E; 1NJI C; 2EYZ A; 1QVF P; 2RQW A; 2DET A; 2OTJ A; 2E5K A; 2YRC A; 2J06 A; 4M77 G; 3L2Q A; 1YHQ Q; 3OB9 A; 2KSS A; 2F2V A; 2JNG A; 3VRY A; 1D0Z A; 2GCX A; 4C8Q A; 4C8Q F; 2X3X D; 5LJ5 j; 1Q81 R; 3JB9 J; 2FHD A; 4KUD K; 3BY7 A; 4Z89 A; 4KGZ B; 1WHH A; 3CPW A; 2DYB A; 3X24 B; 1YJN T; 3L1A A; 1W2B P; 3M56 A; 4M7A E; 2DIL A; 4F7U G; 2DO3 A; 3M59 A; 2D0Q B; 1G3T A; 1XOV A; 1TOV A; 2CUD A; 5GMK h; 1KK7 A; 1EZZ B; 1WXU A; 3CXC P; 3JV3 A; 4HT9 A; 2Z0W A; 2XI9 A; 1Q7Y C; 1MMD A; 4QQ6 A; 3VS1 A; 1X2K A; 3OYM A; 2MK5 A; 3SHW A; 2EW3 A; 2KMT A; 3CCM T; 1CKA A; 4AFS C; 1TUC A; 2QQR A; 2KRM A; 1B7T A; 1MNE A; 4LE9 A; 5GAO l; 4A54 A; 3GLX A; 4A63 B; 1ABQ A; 2I0N A; 2YLB A; 5GAN 4; 5FU7 C; 3NGP A; 3TSZ A; 3JCM Q; 1Y71 A; 4M77 C; 4AT1 B; 4QVC A; 2D8H A; 4OMF B; 2G6F X; 1QKX A; 5D7U A; 1YCY A; 3KBG A; 3G6E T; 4FYY B; 2FZG B; 5GAN 5; 1SF9 A; 1ZA1 B; 4C5I A; 3QPH A; 2YHT A; 4C92 A; 1WGS A; 5L8R E; 4C92 F; 1S72 A; 1E7O A; 2PNI A; 2VAS A; 5CAI A; 2HSE B; 3FJP A; 3AT1 B; 4YTL A; 2AK5 A; 3CCU A; 4B9X A; 3CCM Q; 2GBQ A; 2BZY A; 2QA4 A; 3MJX A; 4ZTF A; 1ACM B; 4BB7 A; 2VB6 A; 1YIT Q; 3QO3 A; 1D0Y A; 3OYE A; 2LNH B; 4IUR A; 2HDA A; 3MCA B; 4BD3 A; 2OTL T; 3EG1 A; 2J6O A; 2RQT A; 3CCS Q; 1UHC A; 1JJ2 A; 2FG0 A; 4DBF A; 4R55 A; 3JCM f; 3I56 Q; 1K9M C; 3RKX A; 4CC2 A; 3EGU A; 4M7A A; 2CP6 A; 2XU8 A; 4XU3 A; 4M7A F; 2LJ0 A; 1NEB A; 1XNI A; 3OQ5 A; 1Q7Y R; 4ZNX A; 1UJY A; 1BK2 A; 4A4G A; 2VWF A; 1WHM A; 2FRW A; 1K73 R; 1X43 A; 2E6Z A; 4PFP A; 3CCE T; 4Q5W A; 2HQH A; 1KC8 U; 2DIQ A; 1XJW B; 2H3J A; 2RQU A; 1YFN A; 1GL5 A; 2CUB A; 2C0O A; 5GMK j; 1VQO T; 2M16 A; 5FRO A; 1UUE A; 2L8D A; 6AT1 B; 2OTL Q; 2K9G A; 1N5Z A; 1PWT A; 4KGX B; 4XU2 A; 1SHF A; 3HP9 A; 4J5Y A; 1CSK A; 5KYY B; 2EQM A; 3T9N A; 5KYW A; 5CCA A; 1VYU A; 2CT4 A; 2D6F A; 1AWO A; 2COZ A; 2PU9 B; 5A0D A; 3CCE Q; 2YRV A; 4IIM A; 3NFC A; 3CPW S; 2CH4 A; 4EIK A; 2AT1 B; 4JJB A; 2KI7 A; 1WZO A; 2DJZ A; 2ZPG B; 1X75 C; 1YJ9 T; 1O75 A; 2J05 A; 4CI0 C; 1K8A C; 1K9M R; 4PLI A; 2EJG A; 1UEC A; 5LJ3 e; 1AHJ B; 1OU8 A; 1OYX A; 4F16 A; 4J7I A; 1ZSG A; 1YJW T; 2CP0 A; 1Q95 G; 5FW9 A; 4OB3 B; 1Y96 A; 4IUP A; 1YHQ A; 2XDD A; 2AHJ B; 1M2V A; 1K9A A; 2BIV A; 2M02 A; 4M78 G; 1Q86 C; 2F2X A; 2RH2 A; 3D7S B; 3M0T A; 3KFV A; 4XTZ A; 3L2R A; 2HMA A; 2ECZ A; 4M77 A; 4M77 F; 4DOW A; 2E4H A; 2OAW A; 1UHF A; 1VQ5 T; 1YJ9 Q; 1ZSZ C; 2JTM A; 2DRM A; 1CKB A; 1YJW Q; 4HCK A; 1NLP C; 2LDM A; 2RD1 A; 4AMC A; 8AT1 B; 4ZTJ A; 3NPF A; 1FMK A; 2RQV A; 2DJQ A; 3THK A; 1MMN A; 5LL6 S; 2K5L A; 5A2Q E; 3H9N A; 3ASK A; 2CRE A; 5GAM f; 5FWC A; 1X2Q A; 3J81 E; 1UG1 A; 3A8M B; 4AG1 C; 3A8O B; 5KYX A; 4O5V A; 3MHX A; 2DER A; 5LJ5 e; 2AZV A; 3G7Z A; 2LT4 A; 1JJ2 S; 4PNO A; 3G4S A; 4JRQ A; 4CRI A; 3DB3 A; 1VQ5 Q; 4CC7 A; 2NUT A; 5GAN 3; 3QJ6 A; 2YLC A; 4M78 C; 1JRI A; 2QQ9 A; 2P0Q A; 2V1Q A; 4EMK B; 4C0D B; 5ECA A; 1PG5 B; 3RR6 A; 1JB0 E; 1VQL Q; 3OS0 A; 2D0N A; 1WI7 A; 4GBQ A; 4KUI A; 2H8H A; 3CCM A; 1Q86 R; 4E7J A; 5IT9 E; 1NJI U; 1W4S A; 2V1R A; 2K6D A; 1YIT A; 4M4Z A; 4WF2 A; 4RUG A; 2F1L A; 1Y57 A; 2X9H A; 2E3I A; 1F1B B; 3CCS A; 4PJO B; 3I56 A; 1N9R A; 3RNJ A; 3LLR A; 2HSP A; 4XAX B; 4BE1 A; 3CD6 Q; 1WPY A; 2NUZ A; 4BDZ A; 2LX7 A; 3VRZ A; 1WJR A; 1WJQ A; 1VIF A; 3LGF A; 4J9C A; 3ME9 A; 2O9S A; 1VYT A; 4BY6 C; 3DLM A; 4XTX A; 4Z88 A; 2OTJ T; 2QQA A; 2BZX A; 2L3S A; 2YSQ A; 5FU6 C; 3CCQ Q; 2M51 A; 5IN1 A; 1QVG A; 2B86 A; 1I5O B; 2DIG A; 2RQR A; 1YNZ A; 2HBP A; 3DB4 A; 5CKH A; 1N27 A; 3CEY A; 1IGU A; 1WHL A; 2O31 A; 1WXB A; 1MV3 A; 1HXD A; 1WHJ A; 3I9Q A; 2OTL A; 2CGH A; 2HZY A; 5GAN f; 2RI2 A; 3I35 A; 2QXF A; 1G3S A; 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2G3R A; 1VQ5 A; 1GXI E; 3L2Z A; 1NYF A; 1PKS A; 1RAB B; 5CQX A; 2YUP A; 3OYF A; 1X27 A; 2CKK A; 2PVD B; 3VS4 A; 1C6V X; 3F70 A; 5I2S A; 4F14 A; 1VQL A; 2ZPB B; 2Y4Y A; 3PGG A; 4LD9 K; 1ZUY A; 1QVG S; 4PK4 A; 4IKF A; 4M7A D; 3UF4 A; 1ABO A; 3S6W A; 3EFO A; 3E19 A; 4M7D C; 3V8K A; 1DJ7 B; 1X01 A; 3OSS C; 5GAO m; 1QQJ A; 4KBM B; 1VQP Q; 2QGF B; 1KC8 R; 1U1S A; 2O4X A; 3EFS A; 2XIC A; 2KRO A; 2CZ0 B; 3HRU A; 2RHX A; 3CD6 A; 1VOM A; 4MMK A; 1WLP B; 4RG8 A; 5LJ3 j; 5J26 A; 2KXD A; 5KYU A; 2DTI A; 2FPE A; 4OB0 B; 1QVF S; 1PM3 A; 1ZX6 A; 1M2O A; 1GBQ A; 1WHG A; 1B3Q A; 4P5N A; 3CCQ A; 3P8D A; 1G3Y A; 1N8R C; 4J9F A; 2E65 A; 1YHQ T; 4E7L A; 3O8V A; 4LNP A; 3FLG A; 4XTV A; 4R0K A; 3UA6 A; 1I1J A; 4JLI A; 3DLL A; 4RTX A; 1M27 C; 2DNU A; 1W2B S; 3WXM B; 5AT1 B; 1I4K 1; 4XK8 E; 3VS0 A; 3A8G B; 4QVD A; 3JCM W; 4C92 B; 3UT1 A; 1ARK A; 2FYK A; 4ELZ C; 3CXC S; 1OV3 A; 2GTJ A; 1Q82 R; 2Y90 A; 4X9C A; 1UTI A; 2QEX A; 1YCS B; 2MMP A; 1M9S A; 5LJ5 f; 3JCM V; 2R5M A; 4QKU A; 2DLP A; 3INZ A; 1JBM A; 1OEB A; 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