The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
54
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structure length |
54
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Chain Sequence |
KKAIVQVEHDERPARLILNRRPPAEGYAWLKYEDDGQEFEANLADVKLVALIEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An Src homology 3-like domain is responsible for dimerization of the repressor protein KorB encoded by the promiscuous IncP plasmid RP4.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Transcriptional repressor protein KorB
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| total genus |
9
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| structure length |
54
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| sequence length |
54
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06613 | KorB_C | KorB C-terminal beta-barrel domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | KorB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IGU A; 1IGQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YLC A; 1E7O A; 2FRW A; 1VQ9 Q; 3QDR B; 3OSS C; 5CKD A; 1H3Z A; 4TVR A; 4HCB A; 4RTT A; 2LMJ A; 2X4Y A; 3KFV A; 4JZ4 A; 2VYT A; 3JSC A; 3EAE A; 3SEM A; 1KC8 R; 3BY7 A; 2LT4 A; 2YRD A; 2VB6 A; 1ZX6 A; 3EFO B; 1M2V B; 1Y7X A; 2JZ2 A; 3CCJ T; 1VQ7 T; 4NL2 A; 2PNI A; 2O01 E; 5J26 A; 3LYI A; 3OS0 A; 4JJC A; 4A4H A; 1JU5 C; 3RER A; 2F2W A; 4X1V A; 2OJ2 A; 1KG1 A; 3OBY A; 4C8Q B; 5GAO n; 1W4S A; 2G6F X; 1TS9 A; 5CQX A; 2QQA A; 1OI1 A; 1D0Y A; 1VQK Q; 2RNA A; 2EWN A; 1TUD A; 1B07 A; 2LC4 A; 1RAE B; 4KGX B; 4AMC A; 2O88 A; 4M7A D; 2DA9 A; 3M56 A; 3M4G A; 4HVV A; 4A4F A; 3M53 A; 1BYM A; 3CMA T; 4WTO B; 2ROT A; 1YWP A; 2DER A; 5CR2 A; 1KQS S; 1N27 A; 1X27 A; 4HVU A; 1KD1 R; 1WQ7 A; 3TSZ A; 2KDS A; 2BTT A; 1N5Z A; 1YI2 A; 1U8R A; 5D6W A; 3TCJ A; 1GBQ A; 4Y91 A; 2FZK B; 2IPO B; 2HEQ A; 1XJW B; 2FO0 A; 2O4X B; 2VXF A; 1K9A A; 4XU1 A; 2L3P A; 1VQM Q; 1Y57 A; 2JT4 A; 4BI3 A; 3RDV A; 2RN8 A; 4JJN K; 1EZZ B; 3MHX A; 1E6H A; 1PG5 B; 2RJF A; 2SRC A; 1VQ5 T; 2XMF A; 1R0B G; 3QYG B; 3QWY A; 3HPW A; 1YIJ Q; 2HMA A; 2MWO A; 2NUZ A; 3QBY A; 4EMK A; 1I5O B; 3UAT A; 2K3B A; 4HXJ A; 5A0D A; 2QGG A; 2JOY A; 1NEG A; 1QKW A; 4PJN A; 2QEX T; 5FWB A; 2E5Q A; 4LD9 K; 5LJ3 g; 2JS0 A; 5I2S A; 1R8O B; 1YN8 A; 1AOJ A; 2GTJ A; 1G2B A; 2DEQ A; 1VYV A; 3EGX A; 4F04 B; 5GAO q; 1OZ2 A; 4BE2 A; 1G8X A; 2NLU A; 2MYS A; 4RCC A; 2K3X A; 4KUI A; 1I5L A; 1MGQ A; 1KQ1 A; 1WFW A; 4PJO C; 1M30 A; 5AYF A; 2J7I A; 2R5A A; 3HL8 A; 3PNW C; 2K5F A; 3OYG A; 1AZE A; 2FHD A; 1K8A C; 4QT7 A; 2QEX Q; 4R55 A; 4MZP A; 1PRM C; 4J9G A; 2Y4Y A; 4PFO A; 3JB9 F; 3EFO A; 2MAM A; 4C5I A; 4JS5 A; 3JB9 H; 2WSC E; 2RHX A; 1X43 A; 2ED1 A; 3TRE A; 2E41 A; 2JVV A; 5A0L A; 2QK0 A; 3H0I A; 4M7D C; 3EG0 A; 5GAN 8; 2QAZ A; 4IKF A; 2JM9 A; 3MJX A; 5AT1 B; 4M7A F; 2GNC A; 4M7A B; 1ZBJ A; 1I07 A; 2EJF A; 2F2V A; 3SWN B; 4J7F A; 2YUQ A; 1UB4 A; 3QG1 A; 4XU3 A; 2QDY B; 2E65 A; 4KUL A; 4XTZ A; 3CPW S; 2EAY A; 2P0Q A; 2ZCF B; 1N9S A; 1TU0 B; 4QQD A; 2XU8 A; 3CCS A; 4KRT A; 2LX7 A; 3VS2 A; 3DB4 A; 3S3N A; 1ZBX A; 1S72 T; 2OTL T; 5LJ3 e; 1VQM A; 1Q82 R; 1WGS A; 2KRO A; 3CC7 A; 1ZUY A; 2LJ1 A; 2PTK A; 2DD4 A; 3P8H A; 2XI9 A; 3OA6 A; 4ZN1 A; 2KGT A; 1V29 B; 2KVQ G; 1Z9Q A; 2CUB A; 1RAD B; 4ZGD B; 2HZY A; 1I4K 1; 4YTL A; 4IUQ A; 4K11 A; 1KQS P; 5KYW B; 3PE0 A; 3OYY A; 4JRI A; 2ZPF B; 1SG5 A; 2X9H A; 1YJ9 T; 3VS6 A; 3VS7 A; 3A5Z B; 4JRP A; 1YHQ T; 1SPK A; 2JXB A; 3TVT A; 2QA4 T; 2DO3 A; 1WHL A; 1NJI R; 1ACM B; 3MET A; 1RL2 A; 4PKC C; 1OYX A; 4RCB A; 1IHV A; 2LDM A; 2OTJ A; 1RAA B; 5GAM e; 1JJ2 P; 4JLI A; 4RKU E; 4J9H A; 4XK8 E; 5EG2 A; 1AWO A; 5D7U A; 5FRM A; 2LT1 A; 2KNB B; 1GFC A; 1X6B A; 4C5E A; 2D1X A; 3A98 A; 2YT6 A; 4M7D F; 2EQK A; 4M78 B; 3CME Q; 3CC2 Q; 4AG1 C; 3DLM A; 1CKA A; 3WVE B; 2RHZ A; 5LJ3 h; 3EG3 A; 3M0R A; 2RQW A; 2O2O A; 3EGX B; 4ZTF A; 3OYC A; 3G4S T; 5GMK l; 1LJO A; 3L2Q A; 3REB B; 3QZ5 B; 3QPH A; 4N0A A; 4OB0 B; 4M78 D; 2GFA A; 2L3Q A; 3CCU A; 4J9F A; 4MML A; 2K6D A; 1K9M R; 1K8A R; 2KRM A; 4EDU A; 1UEB A; 3L42 A; 1Q81 U; 3WXM B; 3I56 T; 5I11 A; 1WQW A; 1PC0 A; 4DBF A; 1Q82 C; 2RQR A; 3C12 A; 2E5K A; 1ZSZ A; 1NE8 A; 2EGE A; 3P8B B; 3CXC A; 2XHC A; 3A8G B; 3VS1 A; 4J6Y A; 1AHJ B; 3G7Z A; 4M77 E; 2RK1 A; 1Q7Y R; 1NJI U; 5IXB A; 2AHJ B; 4J83 A; 2XDP A; 2LCL A; 4M77 B; 3BDL A; 3NPF A; 5I2M A; 1EFN A; 3RMS A; 5KYX A; 2PU9 B; 5DLO A; 3EFR A; 2R58 A; 1NLO C; 1TSF A; 3FC3 A; 3JCM h; 2X3W D; 2G3R A; 2F2X A; 5KE2 A; 3ASK A; 2BZY A; 1PD0 A; 1YFN A; 2IVW A; 2QQS A; 1G3Y A; 2COZ A; 2E3H A; 3UPU A; 3CCR T; 1NJI C; 3I5R A; 4NS5 A; 2W10 A; 3J7A F; 2JUF A; 4Y28 E; 4M75 F; 1RAG B; 1O9S A; 2CP5 A; 5L23 A; 5LJ5 e; 4M77 A; 3VKI A; 4PJO D; 4V2S A; 1HJD A; 3CC7 Q; 2VGM A; 1NYF A; 3JCM e; 5KYW A; 3VU3 C; 2E64 A; 1GBR A; 2QAS A; 3KUF A; 4LDU A; 2WSF E; 3C95 A; 5CKB A; 4FU6 A; 3VV0 A; 1T0J A; 4DA4 A; 2E4H A; 1JJ2 A; 3TU4 K; 3CC2 A; 4JPB W; 5FWC A; 3H9N A; 2CZ6 B; 5GMK j; 3JCM J; 4LXC A; 1VQN Q; 4R56 A; 1B34 A; 2QQ9 A; 1XTD A; 2A7Y A; 2P0P A; 3M0Q A; 3ULR B; 1MMD A; 2KI7 A; 3CBO A; 2ATC B; 2DZC A; 2EQJ A; 1G3S A; 1KFZ A; 1VQP A; 4E7S A; 5CKE A; 1VIF A; 1D1A A; 4J6W A; 3CCE A; 1AZG B; 1ZHI A; 2K5I A; 3MCA B; 2D0Q B; 1Q86 C; 3L2Z A; 1QVG S; 4DOV A; 1BK2 A; 2NUT B; 4ANJ A; 4XAX B; 2ED0 A; 3LH0 A; 2JMA A; 1UJY A; 1QVP A; 1K0S A; 2DTO A; 2KSS A; 2LQW A; 2CUD A; 1LVK A; 4X34 A; 2MPX C; 4GLM A; 2LP5 A; 2RB6 A; 2CRE A; 2H8H A; 1VIE A; 4M75 G; 1SKU B; 1U1S A; 5HK3 A; 1OEB A; 1ZQ1 A; 2E70 A; 1WHM A; 1WXT A; 1KD1 C; 2A36 A; 1VQN T; 4C92 A; 3M59 A; 4N4I A; 1NEB A; 2QEX A; 3H41 A; 4M7A G; 1FMW A; 2KQW A; 3QYH B; 4HCZ A; 1YIJ T; 1OUL A; 5GAN h; 3QSU A; 2DL4 A; 1OQK A; 2AKK A; 3HRT A; 2BUD A; 3FIF A; 1J3T A; 3L2U A; 2K2M A; 2E6N A; 4Z02 A; 4LDX A; 4B6M A; 3UT1 A; 3NHN A; 5FRO A; 2DXC A; 1G3T A; 4AFU C; 1TXQ A; 1FXX A; 3JAM E; 2DYI A; 2I0N A; 3MP1 A; 1UGP B; 1QCO A; 1YCS B; 3PIP A; 3LX7 A; 1UE9 A; 5KYU A; 4D6W A; 1M8V A; 2X4W A; 3QKJ A; 3JRZ A; 4PJL A; 4IIO A; 4IUP A; 3BE3 A; 5KH6 A; 2DVE A; 1V1C A; 4MDX A; 2L8D A; 2VWF A; 4C92 C; 3OB9 A; 1VQ8 Q; 2HBW A; 2E3I A; 3CCM Q; 1NPR A; 1PD1 A; 2DIL A; 4L6V 5; 4RG2 A; 1OZ3 A; 3H8Z A; 5A2Q E; 3CQT A; 2KEA A; 3E9G A; 2E6Z A; 2GGR A; 4B9X A; 3CD6 Q; 1W6X A; 1OPL A; 4PL6 A; 4M77 F; 2KT1 A; 1IB8 A; 1E6G A; 2YDL A; 4FL6 A; 3MP8 A; 3I55 T; 3RBB B; 3CCM A; 2FPE A; 2DPP B; 2D8J A; 2K5L A; 1QMC A; 3GBQ A; 3SFM A; 1Y07 A; 1Z9Z A; 3ZFJ A; 2DFU A; 1H3H A; 2DYB A; 5GAO r; 1FMK A; 1WZO A; 2VUB A; 1JXO A; 5GAN e; 4FCY A; 4EMG A; 3VRZ A; 4E6R A; 1PSE A; 5IH2 A; 1VQL A; 5CK9 A; 5IHI A; 4JJD A; 2OTJ T; 1VQP T; 1IXD A; 2LJ3 A; 1SHF A; 4HT8 A; 2NUT A; 1TOV A; 5IHK A; 5ECA A; 4MZT A; 4D8K A; 2VXE A; 3E1S A; 4DQ2 A; 1S1N A; 3R6N A; 4A54 A; 2EQU A; 3SB2 A; 2R57 A; 3VS4 A; 3QUI A; 4DBH A; 4IIM A; 3I55 A; 1M3A A; 2J6K A; 1JJ2 S; 2X35 A; 4E47 A; 2K9G A; 4C0D C; 3CCV A; 2J6O A; 2E1H A; 3CMA Q; 4M7D E; 2K3Y A; 1A0N B; 4C92 B; 2F5T X; 4BE0 A; 2HKQ B; 2NWM A; 3X24 B; 1I1J A; 2YRC A; 1Q7Y U; 2GF7 A; 3PFS A; 1VQM T; 4C8Q A; 3SWN C; 2ZGW A; 4C92 E; 4JRK A; 5GAN 7; 3OS5 A; 1D09 B; 4FYX B; 3SHW A; 2L89 A; 1M3B A; 1MMN A; 2QI2 A; 3G1J A; 4X9C A; 2AZS A; 4C8Q D; 4ELY C; 2SEM A; 5GMK m; 2QQR A; 4UC4 A; 3LW5 E; 1T3L A; 5CO7 A; 1MUZ A; 1HXD A; 1YI2 Q; 1IZ6 A; 4WCI A; 4OMO A; 1YNZ A; 2HQX A; 2QG9 B; 5KYU B; 3HSB A; 1RLP C; 2HCK A; 2ECZ A; 3OYI A; 4E7I A; 2DMO A; 3JCM g; 2AZV A; 2EBP A; 5LJ5 f; 3HFO A; 5DY9 A; 1TWB A; 2RQV A; 4FT2 A; 4CC2 A; 2CZ7 B; 1YIJ A; 1QLY A; 4M77 D; 2E10 A; 2K79 A; 2P4T A; 2W0Z A; 4ZGE B; 3CCU Q; 2LQN A; 3JCM X; 4KGZ B; 3I35 A; 2OAW A; 2RQT A; 3AT1 B; 4B9W A; 2EKO A; 1YJ9 Q; 4FW2 A; 1LNX A; 2BE9 B; 2QTX A; 1UGV A; 2D0N A; 2RI5 A; 3CCV T; 5GAM f; 4A4K A; 2VVK A; 1WJQ A; 4MZM A; 4LDW A; 2PQW A; 1ZA2 B; 3OQ5 A; 4M4Z A; 3CCE Q; 4A63 B; 1C6V X; 3M0U A; 1VQ6 Q; 4M75 A; 2HKN A; 2X51 A; 3FJP A; 3SD4 A; 2KYM A; 4KT0 E; 3DB3 A; 1IGU A; 3G4S A; 3CC4 T; 2CYZ B; 2XG8 D; 3FB9 A; 3HP9 A; 4IUV A; 5GJV B; 4D8D A; 4F16 A; 5M9O A; 1HSQ A; 1YWO A; 5GAN f; 2DEU A; 1C1A A; 2HL5 C; 1WA7 A; 2KT8 A; 5GMK i; 3QDF A; 4IUU A; 1VQL T; 2XKO C; 1YIT Q; 3EH1 A; 3CCV Q; 1K73 C; 3F70 A; 1ZUK A; 3H0H A; 3FRN A; 2X4J A; 3C0C A; 2FEI A; 3M57 A; 2GCX A; 1VQO Q; 1AT1 B; 2HQH A; 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1WHK A; 1G83 A; 2HAX A; 1VQ8 T; 4PLL A; 3M0T A; 1JO8 A; 3S3O A; 4C8Q F; 2RJD A; 3NGP A; 1AWJ A; 4RTW A; 3M58 A; 3OS1 A; 4M77 C; 1LPL A; 3GPL A; 4M78 C; 4II1 A; 4KH1 B; 2JN0 A; 2VAS A; 1IRX A; 3A8M B; 4QKU A; 3VS5 A; 4BD3 A; 4M78 A; 2V26 A; 2CT3 A; 4N0A C; 1VQO A; 2O4X A; 1TG0 A; 1M1F A; 5GMK e; 1VYU A; 3UA6 A; 3RKX A; 4KGV B; 1AVZ C; 1VQ9 T; 4BDY A; 1YBY A; 2K4Y A; 2A0F B; 1TUC A; 2L0A A; 3GF5 A; 4M7D G; 1LCK A; 3V7S A; 2L3R A; 3QZ9 B; 2PUO B; 3H0F A; 1CSK A; 3BW1 A; 2XD0 A; 1JQQ A; 1K8A U; 1QCF A; 2QDL A; 2C0T A; 1VQL Q; 2H3E B; 1WHJ A; 3JCM b; 1WNL A; 2MI6 A; 4OML A; 3GP8 A; 1K0X A; 1QP2 A; 2QA4 A; 1PRL C; 2PVO B; 2CDT A; 2YUN A; 1JEG A; 1V76 A; 5KYY A; 2WAC A; 1UDL A; 2FPF A; 4HVW A; 1KHI A; 2YWW A; 1Q95 G; 3NTK A; 1ABQ A; 2RH2 A; 1QW1 A; 1D0X A; 4AG2 C; 1GCP A; 4GY5 A; 2MMP A; 1UTI A; 2DVJ A; 1DJ7 B; 4LD6 A; 1QQJ A; 2JM8 A; 3I5S A; 4A53 A; 2B8A A; 1SRM A; 4LDV A; 4QW2 A; 4MMK A; 1NLP C; 4J8O A; 4P5N A; 4PJO B; 3P8D A; 2V1Q A; 2XIC A; 4ZN3 A; 2M16 A; 4FSS A; 4VUB A; 2L2P A; 1UUE A; 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