The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
11
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F7U B; 5GMK m; 5GAM d; 1I8F A; 1D3B B; 1HXD A; 3V7R A; 3JB9 J; 2E64 A; 2VXF A; 4M75 D; 4X9C A; 4C92 D; 4F7U G; 4QVC A; 5I21 A; 2RD1 A; 4XTY A; 5GAN 7; 5GAN 5; 5LJ3 e; 5GAO l; 2EJF A; 4NOY A; 5GAN 3; 3RUX A; 3RKX A; 4EMH A; 2RA2 A; 3V8K A; 3JCM X; 3JCM Q; 4C8Q A; 4M7A F; 4M7A A; 4PJO C; 4PJO D; 3JCM d; 2EWN A; 4XQ3 A; 3VU3 C; 1M5Q 1; 2CGH A; 3JB9 F; 4XU1 A; 4EMK B; 4M78 F; 4XTZ A; 1H64 1; 4M77 E; 5GAO r; 3L2Z A; 1HK9 A; 2DZ9 A; 4C92 F; 2FYK A; 5LJ3 g; 4M75 A; 5GAN d; 5GAO p; 4M7D D; 5GAN 2; 2RM4 A; 4M7D C; 3BW1 A; 4M78 E; 4C92 G; 4M7D G; 4M7D E; 4PJO F; 4QVD A; 4EMG A; 5LJ3 f; 3L1A A; 3BDU A; 2EJ9 A; 4C92 B; 4M77 A; 1Y96 B; 5LJ3 d; 4NL2 A; 1BIB A; 2E65 A; 5LJ5 g; 5GAO q; 1Y96 A; 4RCC A; 3AHU A; 3QO3 A; 1TH7 A; 2DZC A; 4J6W A; 3FB9 A; 1WPY A; 5GAN f; 5GAN h; 4JUV A; 4RCB A; 1I81 A; 5GMK e; 3JB9 H; 1U1S A; 5LJ5 f; 4A53 A; 3JCM g; 3JCM f; 3HSB A; 3FJP A; 2Y90 A; 1U1T A; 3QUI A; 5GAM h; 4M77 D; 2JN0 A; 5GAM g; 2VC8 A; 3RIR A; 3SWN A; 4XTW A; 1N9S A; 5LJ3 h; 3RES A; 3V7S A; 5GAN g; 3INZ A; 4X9D A; 1I5L A; 4Y91 A; 3JCM J; 4M7A E; 2DJZ A; 3JCM W; 1N9R A; 2E1H A; 4J5Y A; 1M8V A; 4MMK A; 2DXT A; 5GMK i; 5GAM f; 4M77 C; 1B34 A; 4M78 D; 4N0A C; 4J6Y A; 4PNO A; 3SWN C; 1X01 A; 1WQ7 A; 1I4K 1; 5GMK l; 5GAM e; 5LJ5 d; 5GAN 6; 5GAO n; 3QSU A; 5GMK j; 4M7A B; 1BIA A; 4NL3 A; 1JRI A; 4M77 G; 4DQ2 A; 3PGG A; 4F7U A; 4MML A; 4JRK A; 4C8Q C; 5GAN 8; 4M77 B; 2DEQ A; 4XTV A; 3EFR A; 4C8Q F; 2DVE A; 3HFN A; 4HT9 A; 3RER A; 2DKG A; 2RB6 A; 3M4G A; 5LJ5 e; 4V2S A; 2K57 A; 4M78 C; 2YHT A; 1B34 B; 1YCY A; 4M75 C; 3EFS A; 5LJ5 h; 4XTX A; 5GAO m; 2YLC A; 4XU2 A; 1KQ1 A; 4M78 B; 3SB2 A; 3JB9 D; 4M75 F; 5LJ5 j; 4M75 G; 4HA8 A; 4EMK A; 2FB7 A; 4A54 A; 4EMK C; 3JCM e; 1LJO A; 3JCM b; 4M7A D; 4PJO A; 4N0A A; 1WNL A; 1WQW A; 5GAN j; 3QHS A; 5DY9 A; 3V8J A; 3JCM h; 3V7C A; 1MGQ A; 4C8Q B; 5GAN e; 3JCM P; 1KQ2 A; 4PJO G; 4C8Q E; 2EJG A; 2VXE A; 2DTI A; 3RKW A; 4XTU A; 4C8Q G; 4M7D F; 4PJO E; 2YLB A; 5GAM j; 2I2L A; 2DTH A; 4C92 C; 1D3B A; 5GAN 4; 3SWN B; 2EAY A; 2HNI A; 2ZGW A; 4M78 G; 2QTX A; 1LOJ A; 4M77 F; 3JCM c; 4C92 E; 2E41 A; 3JB9 G; 4M75 B; 4M7D B; 4XU3 A; 3RKY A; 1JBM A; 4M75 E; 4F7U E; 5CAI A; 3GIB A; 4M7A G; 3HFO A; 2DXU A; 4JLI A; 4M78 A; 4OP0 A; 4HT8 A; 4M7D A; 4C92 A; 4J6X A; 3BY7 A; 4PJO B; 3JCM V; 3FIF A; 3JB9 I; 4C8Q D; 5GMK h; 1LNX A; 2E10 A; 4F7U F; 4M7A C; 2DTO A; 4XU0 A; 4WF2 A; 4JRI A; 5LJ3 j; 3BFM A; 3V8L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BU1 A; 1S1N A; 2HZY A; 1ABO A; 1KQS P; 4M7D D; 2MPX C; 2EW3 A; 5I21 A; 4XTY A; 3UWN A; 1S72 A; 2E4H A; 4F14 A; 3P8H A; 2DER A; 5I2M A; 3CCE A; 2LQN A; 1VQN T; 1W1F A; 2QK0 A; 1X6B A; 4EMK B; 4F17 A; 2KGT A; 2EKO A; 5A0L A; 3I5R A; 3EHQ A; 4M78 E; 2DEU A; 3CCR A; 1FMV A; 3VUZ A; 1ZUU A; 5ECA A; 4NL2 A; 2E3I A; 5AYF A; 3QKJ A; 1PRL C; 2SEM A; 4PJJ A; 2DJQ A; 4BAC A; 3MHX A; 1ZBX A; 2FRW A; 1WLP B; 3AT1 B; 1YHQ A; 2JZ2 A; 1PD1 A; 2VV5 A; 4FYV B; 3V7S A; 4PLL A; 2BZ8 A; 2L3R A; 1BCO A; 4ZGE B; 4M77 G; 3CCM T; 4MML A; 4R0K A; 3OYA A; 4IUR A; 1Q86 R; 1NPP A; 4E47 A; 1M2V A; 3FC3 A; 2F1L A; 2RHU A; 4M75 F; 3CCS Q; 2LCL A; 2DL3 A; 4BB7 A; 4OMP A; 1HYO A; 1KQ2 A; 2MWP A; 1WHJ A; 2OTL Q; 3X26 B; 3QWX X; 1PKT A; 3UPU A; 3R6O A; 2QGF B; 4LDW A; 3JB9 G; 3FRN A; 4JZ3 A; 5KE3 A; 1BBZ A; 2LQW A; 1M1K R; 3CC4 Q; 3QBY A; 4E7Z A; 2DIG A; 3BY7 A; 2IVW A; 4DA4 A; 3QDF A; 5A0D A; 3VV0 A; 4Z88 A; 2VWF A; 1M1G A; 4BI4 A; 3OBW A; 4PJM A; 3ASK A; 1AT1 B; 1N8R U; 2BZX A; 2DO3 A; 2RK1 A; 4KRT A; 2O31 A; 4C5G A; 3MCA B; 2CGH A; 2MAM A; 1H64 1; 4JLG A; 3JAM E; 1K9M R; 3EGU A; 2NWM A; 3CCL T; 2K3B A; 2GBQ A; 4PJO F; 4EMG A; 4A4K A; 2KT1 A; 3PNW C; 3L42 A; 1Y96 B; 2LQ8 A; 2L5Q A; 5GAO q; 2ESW A; 5GAN f; 2V8I A; 4BE1 A; 4A53 A; 4J9B A; 1YWO A; 5GAM h; 1XTD A; 2VC8 A; 1HD3 A; 1MUZ A; 3INZ A; 5FU6 C; 2VUB A; 1AWX A; 2LX9 A; 3L2R A; 1D1C A; 1WHH A; 2LT1 A; 3SHW A; 2K6D A; 1V76 A; 1GFC A; 4CRI A; 5GAO n; 1UGS B; 3I56 A; 2QXF A; 3CCV T; 1Y07 A; 3NHN A; 5KCH A; 3OBY A; 1VQM Q; 3HFN A; 3CCQ A; 3M54 A; 5IXF A; 2JUF A; 2FZK B; 2K57 A; 3URG A; 2EYW A; 5LJ5 h; 3OYB A; 2YLC A; 1AWJ A; 1WJQ A; 2FZG B; 2RJC A; 3D7S B; 5FW9 A; 1Q7Y U; 4LUD A; 3HL8 A; 1K8A R; 3PFS A; 4PJO A; 2KBT A; 3P8B B; 1OZ3 A; 2OAU A; 3VYG A; 2OTJ A; 3A8G B; 2HDA A; 1ZA2 B; 1WZO A; 2KMT A; 4Q5W A; 4M7D F; 1VQK A; 3G4S T; 1VQP Q; 2A7Y A; 4F7U E; 1KFZ A; 2D9T A; 3M57 A; 1OEB A; 4L6V 5; 4JDS A; 3A8H B; 2O4X A; 3JB9 I; 2NLU A; 3GOX A; 2FPD A; 1SHF A; 1YHQ T; 3RKX A; 3OYH A; 1TS9 A; 3DLM A; 2BKD N; 2KEA A; 1OX8 A; 3CBM A; 4XQ3 A; 3VU3 C; 1C1A A; 2VKN A; 1GL5 A; 4OVA A; 1HK9 A; 1RAG B; 2L89 A; 3LH5 A; 2KE9 A; 4E2F B; 4E7H A; 4ZTJ A; 4GBQ A; 4HCC A; 2V8J A; 3PVL A; 3QJ6 A; 4BE0 A; 3PMT A; 1AD5 A; 2EYQ A; 1E6G A; 4X34 A; 4J6W A; 2CP0 A; 1WPY A; 2HSP A; 1MMA A; 3JB9 H; 3QPH A; 3OYD A; 2LVM A; 2YRD A; 1G8X A; 4R55 A; 1NG2 A; 2BIV A; 1ZUK A; 1X43 A; 2B86 A; 4X9D A; 2CUB A; 2XI9 A; 1N9R A; 2DXT A; 3MO8 A; 2H8H A; 3NFC A; 4LUE A; 3X20 B; 3SWN C; 2RNA A; 1X01 A; 2CP2 A; 2JOY A; 2RQR A; 3EGD A; 4RG8 A; 3NTK A; 1RLP C; 2F2V A; 1VQL T; 4NL3 A; 2XMF A; 1Q81 C; 1VUB A; 1WHG A; 3UAT A; 2CKK A; 3MEW A; 2RQT A; 1R0C B; 3HPW A; 2RH2 A; 1D1B A; 5FRN A; 1VQ8 A; 2MWO A; 2JMA A; 2KNB B; 3JSC A; 2CT3 A; 5IHN A; 1W2B A; 2HMA A; 4XK8 E; 1N8R R; 2DK3 A; 2FB7 A; 1K4U S; 2K7A A; 3OYE A; 3CCS T; 4OMF B; 1G3S A; 5KYW A; 1YIJ T; 3JCM h; 5GAN e; 4E7S A; 1QCO A; 2F2W A; 4CI0 C; 2COZ A; 1K0S A; 1RAC B; 5KYU B; 1UG1 A; 4PL6 A; 1JB0 E; 1YJW A; 1G3Y A; 5HY6 A; 4FIB A; 1HJD A; 1GBQ A; 2JVV A; 1M90 U; 2XKO C; 3VRY A; 1Y0M A; 1YI2 Q; 3LGL A; 3QZ5 B; 3CPW S; 2FPE A; 4E7I A; 1HXD A; 1KSW A; 2VXF A; 5LL6 S; 2COW A; 1PWT A; 4D8D A; 1I07 A; 1FWZ A; 2EQJ A; 3VS3 A; 2FHD A; 3REA B; 3S3M A; 4PJO C; 3GLX A; 2OTJ T; 1NPR A; 1RLQ C; 1K76 A; 1F1B B; 3MJX A; 3H0H A; 5LJ3 g; 2DZ9 A; 2WSE E; 1M90 C; 3EG9 B; 1VQN Q; 4J9F A; 5CKB A; 3G4S A; 4M7D G; 2K5F A; 4UC4 A; 1YIT A; 1B07 A; 1X69 A; 1BIB A; 4FM4 B; 3TU4 K; 1Y96 A; 3A8O B; 4RCC A; 2DZC A; 1PD0 A; 1I81 A; 4KGX B; 1VQP A; 2JNG A; 3JCM g; 2XID A; 1MMG A; 3CCE T; 2QAZ A; 2XU8 A; 4HVU A; 3OA6 A; 1W70 A; 1D1A A; 4HXJ A; 2J06 A; 4XAX B; 2M0O A; 4LD9 K; 5J39 A; 5GMK j; 4M7A B; 3FDR A; 2R57 A; 3CPW A; 2QQA A; 4PJN A; 4BDY A; 4OB3 B; 3RER A; 3ZFJ A; 2EQM A; 2ZPE B; 3OY9 A; 4XU2 A; 2KSS A; 3A98 A; 2DYB A; 3JB9 D; 1IRX A; 1BKB A; 2ENM A; 4EMK A; 2RQU A; 4M7A D; 4J83 A; 2HQH A; 3QHS A; 2CDT A; 2EVR A; 4PJO G; 4C8Q E; 1N6A A; 1KC8 U; 2F69 A; 2X3X D; 4JJN K; 4C92 E; 3QXE B; 1B7T A; 3NTI A; 3JCM c; 2OJ2 A; 2E70 A; 4IUQ A; 3H9N A; 1IGU A; 2HBW A; 4MDX A; 3MP6 A; 2W0Z A; 3VUB A; 3ULR B; 1VQO Q; 2G3R A; 3EGX A; 4RTY A; 3I55 A; 3SEM A; 2D6F A; 3PVQ A; 3BFM A; 1TUC A; 5D7U A; 3JRZ A; 3MEA A; 3HTR A; 5M9O A; 1PG5 B; 4WCI A; 1X75 C; 3JCM Q; 2PUK B; 2QQR A; 4QVZ A; 2RHY A; 4JJC A; 1CKA A; 2CP6 A; 1SHG A; 3JB9 F; 1AOJ A; 4QQ6 A; 1B3Q A; 3WXM B; 2ZPH B; 5GAO r; 5GAO p; 1VQL A; 1EFN A; 1OYX A; 2FPF A; 5LJ3 f; 5KYX A; 3G6E T; 1NJI U; 4ORZ A; 3HKS A; 1GFD A; 2KYB A; 3H6Z A; 2RPN A; 2HAX A; 5GAN h; 3FB9 A; 1YIJ Q; 2OTJ Q; 3JCM f; 2GQI A; 2F5T X; 1IZ6 A; 5GAM g; 2L3S A; 2IIM A; 2V8K A; 1NEB A; 2YXY A; 1NJI C; 2C0T A; 5KYU A; 2MCN A; 2WSC E; 3I56 T; 5IT9 E; 2KRO A; 5L8R E; 4JJB A; 1RAH B; 1BIA A; 2KK4 A; 2D0N A; 2P0K A; 4J9D A; 3OS0 A; 2HEQ A; 1GXI E; 3LH0 A; 1U06 A; 1ZLM A; 2ROL A; 5C0M A; 4PFZ A; 2LJ3 A; 4RUG A; 1T0H A; 4GLM A; 3M9Q A; 1ZSZ B; 2CZ0 B; 5LJ5 e; 2NUP B; 4MDW A; 2DE0 X; 1WYX A; 4B9X A; 2X4W A; 9ATC B; 3THK A; 2KI7 A; 2ZPB B; 4J9E A; 3UA7 A; 1WNL A; 3CCV Q; 3M0Q A; 2DL5 A; 2K9G A; 3CC2 T; 4C8Q G; 4PJO E; 3OB9 A; 3CME Q; 4KT0 E; 2LNH B; 4QW2 A; 4M75 E; 1YJ9 A; 2KAF A; 4JLI A; 4KUI A; 2QQB A; 4OP0 A; 1YCS B; 1TG0 A; 1UGQ B; 2HQE A; 2RI2 A; 4IKF A; 2R58 A; 1PM3 A; 4EPC A; 3ER0 A; 4OGE A; 1MND A; 2CH4 A; 2OAW A; 1VQP T; 5GAM d; 5CVI A; 4OB0 B; 3N5B B; 2HL5 C; 4F7U G; 1YI2 T; 3IQL A; 2PTK A; 3LLR A; 1OX9 A; 3CCU Q; 2EWN A; 2XG8 D; 1G3W A; 1W2B P; 5J26 A; 1M2O A; 1WXU A; 3M0U A; 3FEO A; 3EG3 A; 2NYS A; 4C92 B; 4MZT A; 3E9F A; 4AFS C; 4FCY A; 2B8A A; 1MV3 A; 4IIM A; 4B6M A; 2GTO A; 1QKW A; 2KDS A; 3VKI A; 2JN0 A; 4ZGD B; 4BI3 A; 2HCK A; 2MF2 A; 4O5V A; 2PUO B; 3CPF A; 2E1H A; 3CCJ A; 2AKL A; 3DLL A; 2ZZD A; 3GPL A; 3M58 A; 4KGZ B; 3CC7 T; 1QVG S; 5HCK A; 4PNO A; 1WQ7 A; 2JTE A; 1RL2 A; 3QSU A; 3H0I A; 2M9U A; 1Q86 C; 4JPB W; 5GAN 8; 1WHL A; 4CC4 B; 1PNJ A; 1UJ0 A; 2K2M A; 2D1X A; 2YHT A; 2BE7 D; 2L2P A; 3G6E Q; 4C0D B; 2IG0 A; 1YJN T; 1WXT A; 2VAS A; 1W2B S; 1VIF A; 5FWC A; 4LE9 A; 4RG2 A; 2EPD A; 3EFO B; 2DTI A; 4AFQ C; 2RQV A; 2YLB A; 1FXX A; 1I0C A; 2EKH A; 4ZN3 A; 3SWN B; 4M78 G; 2YSQ A; 1NBE B; 1LOJ A; 1LVK A; 2QTV A; 2E41 A; 1UB4 A; 2RI3 A; 1VQ7 A; 1WA7 A; 3RKY A; 2EGC A; 2LX7 A; 3OS2 A; 1Q82 C; 1W6X A; 1MMN A; 2E10 A; 2JS0 A; 1AZG B; 1Q81 U; 2M1H A; 2DF6 A; 2DYI A; 4HVW A; 3Q1J A; 3VJP A; 4RTV A; 1TOV A; 1AHJ B; 3M5A A; 3CME T; 2CRE A; 2DXB A; 4K11 A; 1N27 A; 1ZA1 B; 1FX7 A; 2RA2 A; 3VS2 A; 4ATO A; 4EIK A; 1KHC A; 3JCM d; 4PLI A; 2X4J A; 2LCC A; 3VYH B; 1GCP A; 1JXM A; 4C92 G; 1NLP C; 4M7D E; 1ZQ1 A; 1K73 C; 2CP7 A; 3BDU A; 3OYG A; 3MKD A; 3RDV A; 1K1Z A; 3CCS A; 3WVD B; 2ATC B; 1Y7X A; 3PMI A; 3C12 A; 2M16 A; 3TSZ A; 2EGE A; 1ZBJ A; 1RAE B; 1KIK A; 2A36 A; 1VQ9 Q; 1M4Z A; 4AMC A; 1PC0 A; 4C0Z A; 2PZ1 A; 5GAN g; 2P4T A; 3JV3 A; 5IH2 A; 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