The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
11
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V7S A; 4XU2 A; 3JCM X; 1LOJ A; 3M4G A; 4A54 A; 5LJ5 d; 3GIB A; 2DXT A; 4F7U A; 4Y91 A; 4C92 F; 2RM4 A; 1JRI A; 4XTU A; 5GAN 6; 4C8Q D; 3JCM c; 5GMK m; 4M7D E; 4J5Y A; 1TH7 A; 5LJ3 d; 4M7A B; 3JCM J; 4PJO E; 4XU3 A; 1H64 1; 1N9R A; 4N0A C; 4M7D C; 4PJO F; 4M77 A; 3AHU A; 3JB9 H; 2I2L A; 3RUX A; 5LJ3 h; 4HT9 A; 2DTO A; 1I81 A; 4C92 B; 1BIB A; 2EAY A; 4PNO A; 1U1T A; 4M77 C; 4M77 B; 3RES A; 5LJ5 h; 4EMH A; 5GAM e; 4M78 B; 2DZ9 A; 2YLC A; 2EJF A; 3V7C A; 4C8Q C; 4QVC A; 4M75 C; 5LJ3 g; 5GAN d; 3L1A A; 3QHS A; 4PJO C; 2DTH A; 4M75 D; 5GAN h; 3HFN A; 3QSU A; 2EJG A; 1HK9 A; 4MMK A; 4X9C A; 3JCM V; 3JCM Q; 4XTY A; 3BDU A; 4M7A G; 4PJO A; 4M77 F; 5GMK h; 1B34 B; 1D3B A; 1LJO A; 2K57 A; 4J6Y A; 1I4K 1; 4JRK A; 4C8Q A; 4M75 F; 4C8Q G; 4C92 A; 5LJ5 e; 5GAN 2; 4EMG A; 2CGH A; 2EJ9 A; 2HNI A; 3BY7 A; 4HA8 A; 4M78 C; 2JN0 A; 1WQW A; 1KQ1 A; 4M78 A; 3JCM f; 4A53 A; 1Y96 B; 3JCM g; 3VU3 C; 2RD1 A; 3JCM W; 3FB9 A; 4C92 C; 5GAN e; 5GMK e; 4OP0 A; 3RKW A; 3QO3 A; 5LJ5 g; 4M7A F; 4M7D G; 4RCB A; 3V8J A; 2YHT A; 4XU0 A; 4EMK C; 4M77 D; 4X9D A; 2RA2 A; 1KQ2 A; 4C8Q F; 1BIA A; 4JUV A; 1M8V A; 3JCM P; 4NL2 A; 4C92 D; 3JB9 G; 3FIF A; 2DEQ A; 2VXF A; 3BFM A; 5DY9 A; 5LJ3 e; 3HSB A; 3BW1 A; 4M7A D; 5GAN 7; 4WF2 A; 1U1S A; 4C92 E; 5GAO n; 4C8Q B; 3JB9 D; 1WQ7 A; 5GAO r; 4NOY A; 2DJZ A; 5GAN 8; 2E65 A; 4EMK B; 5I21 A; 4M75 E; 4F7U B; 5LJ5 j; 4M75 B; 4XTW A; 3SWN B; 4F7U E; 1N9S A; 4MML A; 3JB9 F; 1D3B B; 4JRI A; 5CAI A; 3RER A; 4M7A E; 4M78 D; 2DZC A; 5GAO l; 4M7D A; 2DKG A; 4M77 G; 1I8F A; 1M5Q 1; 3PGG A; 2E41 A; 4F7U F; 3FJP A; 5GAN j; 1HXD A; 2VXE A; 4M78 E; 4EMK A; 3JCM d; 1B34 A; 5GAM j; 3SWN A; 4M78 F; 2DXU A; 3RKX A; 2E1H A; 5GAM f; 5GAN 4; 3JCM h; 1LNX A; 4C8Q E; 1YCY A; 1WPY A; 4PJO G; 4XTX A; 3JB9 I; 3V8K A; 5GMK i; 3RKY A; 4HT8 A; 4M7D F; 2FYK A; 4M7A A; 4XU1 A; 4F7U G; 2DVE A; 4XTZ A; 4RCC A; 5GAM d; 3JB9 J; 2VC8 A; 4XQ3 A; 3V7R A; 3JCM b; 2DTI A; 5GAO m; 2E64 A; 3L2Z A; 5GAN f; 5LJ5 f; 4PJO B; 3RIR A; 4DQ2 A; 5GAN g; 4NL3 A; 1X01 A; 5GMK j; 4M78 G; 3EFR A; 4M7D B; 4JLI A; 5GMK l; 5GAN 3; 3JCM e; 2FB7 A; 4M75 A; 2YLB A; 4M77 E; 3V8L A; 4C92 G; 4J6W A; 4XTV A; 4M75 G; 5GAO q; 1I5L A; 3HFO A; 5LJ3 f; 3INZ A; 3SWN C; 5GAM h; 2E10 A; 1WNL A; 1JBM A; 2RB6 A; 2Y90 A; 1Y96 A; 2ZGW A; 4J6X A; 5GAN 5; 4M7D D; 4V2S A; 4QVD A; 3EFS A; 4M7A C; 4PJO D; 2QTX A; 1MGQ A; 2EWN A; 4N0A A; 3QUI A; 5GAM g; 5GAO p; 3SB2 A; 5LJ3 j; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QYG B; 1QWE A; 5FU6 B; 3EGX A; 2XG8 D; 4QQ6 A; 5KH6 A; 3JCM J; 1JB0 E; 4LN2 A; 4HT9 A; 4ZTJ A; 3OA6 A; 2BKD N; 2LTO A; 3OYG A; 2R5A A; 2OTJ T; 2YUQ A; 1VQ8 Q; 1ABO A; 4FYW B; 3HFN A; 2O4X B; 1S72 Q; 3G71 Q; 1LJO A; 1VQO A; 2QI2 A; 3CCE A; 3EG3 A; 4M78 A; 3TCJ A; 1UG1 A; 4C0Z A; 2VV5 A; 2KYM A; 1WXB A; 2P0Q A; 3OS0 A; 2MIO A; 1V29 B; 3QG1 A; 4X9D A; 1M8V A; 1XQH A; 4C92 D; 1BCM A; 2L3P A; 4HCZ A; 2ESW A; 5L8R E; 1YJ9 T; 3PTA A; 1YJN A; 2QGF B; 4M7A D; 4C92 E; 3H9N A; 1KQS P; 5FU7 C; 1QKW A; 4F7U B; 1N9S A; 4RTV A; 3S3O A; 2PTK A; 2QA4 Q; 2MYS A; 1WHH A; 5CR2 A; 5HY6 A; 3CCR A; 3OBW A; 2HCK A; 2DL5 A; 3JCM h; 1D1B A; 2ZPE B; 2MAM A; 2CDT A; 1E6G A; 4JJC A; 1YP5 A; 1PNJ A; 1YN8 A; 1WHK A; 4AFZ C; 2NUT B; 1F1B B; 4IUR A; 1YIJ Q; 1X01 A; 3EFR A; 1WJR A; 2FB7 A; 5A0L A; 1IXD A; 4J6W A; 1NPR A; 3LH5 A; 4EPC A; 5FWC A; 1MMA A; 2YXY A; 5DLQ E; 1M1K R; 1X2Q A; 1MMN A; 3I5R A; 1AWJ A; 1KD1 C; 5CQY A; 1VQN T; 3M0T A; 2CKK A; 2EQU A; 2OX7 A; 3CCJ T; 3R6N A; 2AT1 B; 1NJI R; 2FPD A; 2HAX A; 4HKE A; 4EMH A; 3GPL A; 3VUZ A; 3M58 A; 1WXU A; 2DIL A; 3C94 A; 1D3B A; 4C92 A; 1QCN A; 2W0Z A; 2ZPB B; 3G71 T; 1QVF S; 2EJ9 A; 3BY7 A; 1WGS A; 1O75 A; 1OOT A; 1M3C A; 3O8V A; 2XIC A; 2DER A; 4EMK C; 1OI1 A; 3UA7 A; 1KK7 A; 3LH0 A; 1UJY A; 3I56 A; 3ZEH A; 2VGM A; 1N8R U; 1X69 A; 2L0A A; 3HSB A; 4GY5 A; 2SRC A; 1T3L A; 1VQP Q; 1UHC A; 1SKU B; 1D0Z A; 5D6W A; 5J3B A; 2RMO A; 1LPL A; 1X75 C; 4NOY A; 4LE9 A; 5I11 A; 2J6F A; 1K9M C; 3G6E Q; 1I8F A; 3PGG A; 4LUD A; 3CCJ A; 2JNG A; 2M1H A; 1BKB A; 4X34 A; 4BE2 A; 5KYX B; 3QBY A; 3E9F A; 1IO6 A; 4M7D F; 5GMK i; 5IH2 A; 4CC3 A; 2D9T A; 2X35 A; 2QEX Q; 3QII A; 2MMP A; 4XQ3 A; 3NTI A; 1M3A A; 4FYY B; 3WXM B; 5GMK j; 3PIO A; 3LW5 E; 1KD1 R; 1IRE B; 1TUD A; 2CT4 A; 1OZ3 A; 1M1K C; 1BI2 A; 2Y90 A; 5GAN 5; 2RB6 A; 2P0K A; 4PJO D; 1Y07 A; 1WDX A; 1YIT A; 2EQJ A; 2HBW A; 4FYX B; 3UPU A; 3RR6 A; 3MP8 A; 4M7D C; 3AHU A; 3RUX A; 5IHK A; 2DE0 X; 1I81 A; 2JM8 A; 2RJD A; 4QW2 A; 2NUP A; 3OYK A; 2WSC E; 4DBR A; 4JPB W; 3OYC A; 1Z9Q A; 4K11 A; 4OMO A; 2EJG A; 3JCM V; 1UGR B; 4M77 F; 1M8M A; 1B34 B; 3QWX X; 4KUI A; 1R0B G; 5LJ5 e; 4EMG A; 1EX4 A; 2HNI A; 2ZPH B; 4M78 C; 3H41 A; 2X3X D; 3QO3 A; 4KT0 E; 4OB3 B; 1Y71 A; 1GXI E; 3CBP A; 2RA2 A; 1BIA A; 1EIF A; 2CUB A; 4DBQ A; 3VS4 A; 2VXF A; 3PE0 A; 2FG0 A; 4C8Q B; 2FHD A; 4JJD A; 4J9E A; 1WJQ A; 2K79 A; 3CPF A; 2Y4X A; 4J9B A; 1SHG A; 2ED0 A; 3QZ5 B; 5CIU A; 1KQS A; 1KG1 A; 2X4Y A; 2ROT A; 4XK8 E; 5IN1 A; 2EQM A; 2OTL A; 2VXE A; 2QAS A; 3CC2 Q; 3EFO B; 1VQL A; 1M4Z A; 2M0Y A; 1Q7Y U; 4E47 A; 1Q7Y R; 1X43 A; 5D7U A; 4EDU A; 2CSI A; 1G2B A; 3CCS Q; 3CCV Q; 2F1L A; 2JUF A; 4N4G A; 3CPW S; 3G4S Q; 2JXB A; 3EGX B; 3M53 A; 2JZ2 A; 1OQK A; 3X24 B; 5AT1 B; 5KYU B; 2R58 A; 2F5T X; 2QQR A; 2E10 A; 2ZGW A; 1C0M A; 3HRU A; 4E7S A; 2QTX A; 3IQL A; 3JCM X; 1NLO C; 4RUG A; 4CC4 B; 2AHJ B; 1SRL A; 2L3Q A; 3NHN A; 4HXJ A; 2LP5 A; 1W70 A; 3E9G A; 1H3Z A; 3CME T; 1H92 A; 2KGT A; 3DLM A; 1K73 R; 2P4T A; 2COZ A; 1BU1 A; 1Q81 U; 2CUD A; 4RG2 A; 3SD4 A; 3CCQ T; 2CGH A; 4FT4 A; 2LMJ A; 4JRQ A; 2CP2 A; 5HCK A; 3X25 B; 4BDY A; 5I2M A; 4M7A F; 3OS2 A; 2O9V A; 4LDY A; 2GCX A; 1W4S A; 1PHT A; 1PSE A; 1K8A U; 2RN8 A; 2DEQ A; 5HK0 A; 4WF2 A; 1GFD A; 2YWW A; 2RHX A; 4JLG A; 2BUD A; 3VJP A; 1RAA B; 2EPD A; 2O31 A; 3VS6 A; 4KUL A; 1Q82 U; 4JRI A; 3RER A; 1GCP A; 2GTO A; 2V26 A; 2YT6 A; 5KCH A; 3OQ5 A; 1YFN A; 1YHQ T; 3H8Z A; 3MO8 A; 3L2V A; 1D1A A; 5GAN 4; 3CD6 A; 1K0S A; 2DO3 A; 3MHX A; 5FRN A; 4ANJ A; 4M7A A; 5FW9 A; 1D0Y A; 4RCC A; 5HKC A; 3OYY A; 4II1 A; 4PJO B; 4IUP A; 5CCA A; 2M9U A; 2V8I A; 5HK3 A; 2RO0 A; 3N5B B; 4JZ4 A; 2EQI A; 2BZ8 A; 1Z9Z A; 1YJW A; 1M27 C; 1T3S A; 1I5L A; 5LJ3 f; 3CXC P; 1CKA A; 1AZE A; 3MEA A; 3OSV A; 2RHY A; 1FMK A; 1VQK Q; 3V7S A; 5KCO A; 2KAF A; 2R57 A; 1VQM Q; 5CO7 A; 5FU6 C; 1VQK A; 4C0F A; 2L3S A; 2HQX A; 3JCM c; 1Q86 U; 4BI4 A; 3A5Z B; 1ZX6 A; 2JMA A; 1KC8 C; 3EG9 A; 3CME Q; 1PG5 B; 4M77 B; 2AZS A; 1VQM A; 2AKL A; 4IKF A; 1U06 A; 1FMV A; 4J7F A; 3L1A A; 4GBQ A; 1FWZ A; 4PJO C; 1IHV A; 2E6Z A; 3CC7 Q; 1NJI U; 2LCC A; 3O5Z A; 1G3S A; 3VS5 A; 1RAH B; 1PSF A; 2EYW A; 4C8Q G; 3OYL A; 5L23 A; 1W2B S; 1SSF A; 4JJN K; 2K6D A; 1BBZ A; 1DJ7 B; 2NWM A; 1IGU A; 3D7S B; 3SDZ A; 3I56 T; 1W1F A; 1MMD A; 1VQ4 A; 3M5A A; 2KXD A; 5CKF A; 1KQ2 A; 2RQR A; 1VQ9 Q; 4C5E A; 4QQD A; 2PUO B; 4HCC A; 1UTI A; 3CCM Q; 1OX8 A; 2DJZ A; 1VQP A; 2E65 A; 1I5O B; 2HL3 A; 1QLY A; 4BY6 C; 1QP2 A; 2FL7 A; 2FZK B; 5IT9 E; 3MET A; 2QGG A; 3QJY A; 1VOM A; 2CS7 A; 3L2W A; 2GF7 A; 1PRM C; 1RI9 A; 4EMK A; 1KSW A; 1Q86 C; 2P0P A; 1Q81 R; 3EGD B; 5CKB A; 2QEX A; 4JS5 A; 3V8K A; 3EGU A; 4OML A; 3R6O A; 2M02 A; 3L2Z A; 3CCQ Q; 1N8R C; 1QWF A; 1VQ7 Q; 1UEC A; 3TRE A; 3CXC A; 1MND A; 2JS2 A; 3V8L A; 1M90 C; 1CSK A; 4C5I A; 1S72 T; 2HEQ A; 4J9D A; 4ZN3 A; 4OMF B; 2K3Y A; 2ZCF B; 5J39 A; 2CZ0 B; 2RF0 A; 1MHN A; 2C0I A; 2F2W A; 4LNP A; 4C0D B; 2KRO A; 3KBG A; 4J9I A; 4FW2 A; 2DMO A; 3I55 A; 1YHQ A; 1S1N A; 1N9R A; 3PMT A; 1YIJ T; 1RLQ C; 4A63 B; 3JB9 H; 3I55 Q; 2BZX A; 2XHC A; 2K2V A; 4PNO A; 5J26 A; 4AT1 B; 3J80 E; 2K3X A; 5GAM e; 1TU0 B; 3GLX A; 2NUT A; 4BY6 B; 4FIB A; 2RK2 A; 3LGF A; 1JU5 C; 3P8B B; 3QSU A; 3OW2 P; 4FSX A; 2XDD A; 4OMP A; 1KD1 U; 1MV0 B; 1S72 A; 2J6K A; 4FU6 A; 3OYI A; 3LWI A; 2JTF A; 2K2M A; 3JCM f; 2RJE A; 1VQ5 Q; 2QQ9 A; 3U23 A; 8AT1 B; 5GMK e; 1AD5 A; 4E7I A; 2VUB A; 1VQ5 A; 2D6F A; 2PQW A; 4KGX B; 2YRC A; 2CT3 A; 1VQP T; 2DD4 A; 3TEE A; 3M9Q A; 1R0C B; 4OGC A; 1ZBX A; 2FRW A; 1WYX A; 2IVW A; 1TWB A; 3REA B; 3LX7 A; 3NMZ C; 1JEG A; 2BTT A; 3I35 A; 2FZG B; 1M5Q 1; 2V8J A; 2ZAE A; 3PNW C; 1M2V B; 2RJC A; 4BAC A; 1BI1 A; 4O6J A; 3MKD A; 1VQO T; 1YIJ A; 2Z0W A; 1NYF A; 2IIM A; 4JJB A; 2OTL T; 1FMW A; 3GBQ A; 4PKC C; 1PKS A; 4BI8 B; 1FXX A; 3H0H A; 1ABQ A; 3GP8 A; 2MF2 A; 1ZUY A; 2AIR B; 2E3I A; 3MEV A; 1BB9 A; 3HTR A; 4M4Z A; 4A4H A; 1TUG B; 2LT1 A; 3TQ7 P; 4OMN A; 2M0O A; 5GAM h; 1WNL A; 5D6Y A; 1VA7 A; 1VQ8 T; 1PKT A; 3M0R A; 3SB2 A; 2QQA A; 2OTJ A; 4ZGE B; 3MP1 A; 2CYZ B; 2E12 A; 4Y91 A; 2LJ0 A; 1FX7 A; 3MEW A; 3KXT A; 5GMK m; 4M7D E; 3CC4 T; 3SFM A; 2EGA A; 4Z02 A; 2XMF A; 3RNJ A; 1GCQ C; 2RPN A; 3LLR A; 3ULR B; 2A08 A; 1K9A A; 1RLP C; 2HSE B; 2DL4 A; 1YJN T; 1VQ6 T; 1WQW A; 1T0J A; 1KIK A; 3VU3 C; 1SEM A; 1ZA1 B; 3DLL A; 1WX6 A; 4ZNX A; 4RCB A; 2M51 A; 5IXF A; 3G1J A; 1UFF A; 2ECZ A; 4NL2 A; 1NBE B; 3BFM A; 4PK4 A; 4Z89 A; 5GAN 7; 5I2S A; 1U1S A; 1VYV A; 1QVG P; 1WI7 A; 2L2P A; 1U3O A; 3CCV T; 1YI2 A; 3JAM E; 3L2R A; 1UB4 A; 1ZSZ C; 5GAO l; 2DKG A; 4J9F A; 2EIF A; 4FCY A; 2I0N A; 3VUB A; 2QG9 B; 3M0U A; 4YTL A; 1SPK A; 2QQB A; 4DEY A; 2D1X A; 3EGD A; 4XU1 A; 3C4S A; 3L2U A; 2LNH B; 4ZGD B; 2GGR A; 2KK4 A; 2XKO C; 5GAN f; 1N6A A; 2F5K A; 3CCL T; 3RIR A; 1UGP B; 1K8A R; 4M7D B; 4M78 G; 4ESR A; 4ELZ C; 2LZ6 B; 3CQT A; 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