The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
11
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| structure length |
82
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M78 F; 3SWN B; 2E64 A; 2FB7 A; 1BIB A; 3SWN A; 2DXT A; 5LJ3 d; 5GAO m; 5I21 A; 1JBM A; 1I4K 1; 5LJ3 h; 3RIR A; 3PGG A; 2EWN A; 5LJ5 h; 4PJO F; 5LJ5 d; 2YLB A; 4M75 C; 4M7A E; 4M75 B; 4F7U G; 3GIB A; 4C92 E; 1I5L A; 3V7C A; 4HA8 A; 3JB9 F; 5GAN j; 1LJO A; 2CGH A; 2DZC A; 5GAN 5; 4C92 G; 4EMG A; 4M75 D; 1KQ2 A; 1WQW A; 2DXU A; 4QVC A; 5LJ5 e; 1M5Q 1; 2DTI A; 2DKG A; 4M78 A; 3V8J A; 4M78 E; 3BW1 A; 4C8Q C; 4EMK B; 4V2S A; 4PJO B; 2DTO A; 3JCM P; 4EMK A; 5GAN 7; 4PJO A; 2K57 A; 4RCB A; 1U1T A; 4EMH A; 4M75 F; 3EFR A; 2DJZ A; 4NOY A; 3JCM d; 3RES A; 4C8Q D; 3RKX A; 3JCM h; 3HFO A; 4XU2 A; 5GMK i; 1H64 1; 1N9S A; 2EJF A; 3INZ A; 2DVE A; 2I2L A; 4M77 G; 5GAM d; 1HK9 A; 3JCM b; 2E41 A; 2EAY A; 5GAM h; 4N0A A; 5GAN 3; 3JB9 J; 5GAO n; 4M7D C; 4C8Q F; 2JN0 A; 4Y91 A; 1WNL A; 2Y90 A; 3JCM e; 3M4G A; 1WQ7 A; 4M75 A; 4XTW A; 5LJ5 g; 4M7A G; 4M75 E; 1Y96 B; 5GAN 4; 5GMK h; 1Y96 A; 4M77 C; 5GAN 6; 4M7D D; 4JLI A; 3JB9 I; 5LJ3 e; 1HXD A; 4X9D A; 1BIA A; 1I8F A; 3V7S A; 2VXF A; 2E65 A; 2YHT A; 3FB9 A; 4C8Q B; 3L2Z A; 2YLC A; 3RKY A; 5LJ5 j; 4C8Q A; 1D3B B; 3QO3 A; 4F7U B; 4MMK A; 2QTX A; 5GMK e; 4M7D F; 4M78 G; 4PJO E; 3JCM c; 2VXE A; 4X9C A; 1N9R A; 4XTV A; 3V8K A; 3V8L A; 4C92 C; 3AHU A; 1MGQ A; 4PJO G; 3RER A; 1YCY A; 1LNX A; 5GAO l; 4JRK A; 2RM4 A; 4PNO A; 4XTZ A; 3JCM V; 3JCM g; 3JCM X; 2DZ9 A; 3JCM W; 2RA2 A; 3JB9 G; 4M7A A; 2FYK A; 4RCC A; 4C92 D; 2RD1 A; 1B34 B; 5LJ3 f; 4M7D B; 3JCM Q; 5LJ5 f; 4NL2 A; 1B34 A; 4M78 C; 3SB2 A; 4F7U F; 5LJ3 g; 3HSB A; 4M7D A; 3JB9 H; 5CAI A; 5GAM e; 2EJ9 A; 3RKW A; 4M77 B; 3L1A A; 4C92 F; 4XTX A; 4A53 A; 1KQ1 A; 4M78 D; 5GAO q; 3EFS A; 4M75 G; 5GAO p; 4HT8 A; 4XU0 A; 5GAN d; 2DEQ A; 5GAN h; 5GMK l; 2E1H A; 5LJ3 j; 4M77 D; 3BFM A; 3QUI A; 4MML A; 4C8Q E; 3SWN C; 1D3B A; 2ZGW A; 4F7U A; 4QVD A; 2DTH A; 4M7A B; 4F7U E; 1WPY A; 1I81 A; 4M7A C; 4J6X A; 5GAO r; 4XTU A; 5GMK j; 3QSU A; 3JCM f; 3FJP A; 2VC8 A; 4C8Q G; 4C92 B; 4XQ3 A; 4XU3 A; 5GAN e; 1M8V A; 4M77 F; 3BDU A; 5DY9 A; 4XU1 A; 3VU3 C; 4C92 A; 5GAM f; 5GAN 8; 3RUX A; 4M7A D; 2EJG A; 4OP0 A; 5GAM g; 3V7R A; 1LOJ A; 1X01 A; 4J6W A; 4A54 A; 4M78 B; 4M7D E; 5GAN 2; 4M7A F; 4NL3 A; 4EMK C; 2HNI A; 4PJO C; 3QHS A; 4JUV A; 4XTY A; 1U1S A; 4M7D G; 4WF2 A; 5GMK m; 4M77 A; 5GAM j; 1TH7 A; 3FIF A; 4HT9 A; 4DQ2 A; 4M77 E; 3HFN A; 3JCM J; 4JRI A; 2RB6 A; 5GAN f; 4PJO D; 1JRI A; 4J5Y A; 2E10 A; 5GAN g; 4N0A C; 3BY7 A; 4J6Y A; 3JB9 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FB7 A; 1BIB A; 4PFP A; 2DXT A; 2V1Q A; 3QJY A; 5LJ5 h; 1EX4 A; 3G6E Q; 3UWN A; 3GIB A; 4JDS A; 3OBW A; 3EHR A; 4C0G A; 3LWI A; 1LJO A; 1Q86 C; 1ZA1 B; 1JEG A; 2AIR B; 3CD6 T; 1XTD A; 3CCQ A; 3JCM P; 1Y57 A; 2SRC A; 2OTJ T; 3TSZ A; 1GRI A; 2QA4 A; 4ZTJ A; 3QDR B; 5HK3 A; 1YP5 A; 3A8O B; 1Y0M A; 4E47 A; 2JN0 A; 2A0F B; 1G3W A; 4M7A G; 1VQ7 T; 1SSF A; 1WHG A; 5FRM A; 1OPL A; 1Q7Y R; 2ECZ A; 4LDX A; 2FRY A; 4ELY C; 5CQY A; 1VQM Q; 4C8Q A; 2KRM A; 2QG9 B; 1D3B B; 3NMZ C; 4PJM A; 4N4H A; 4QQD A; 4X1V A; 4FT4 A; 4LN2 A; 1AD5 A; 2HMA A; 4JRK A; 4AFS C; 2HL5 C; 4OB0 B; 4LXC A; 5FLX E; 4QVZ A; 2CUB A; 1RLQ C; 2CH4 W; 2XDB A; 2KQW A; 3M54 A; 4JS4 A; 2EYX A; 3C4S A; 3VKI A; 2LVM A; 1GFD A; 2JW4 A; 1N8R R; 5GAN h; 5LJ3 j; 3M0S A; 1PRM C; 1IO6 A; 1D0X A; 3RDV A; 1VQ9 A; 2VGN A; 1V29 B; 2L0A A; 4FYX B; 3CCU A; 1D1C A; 1VQM A; 3VU3 C; 3RUX A; 4OMM A; 3CD6 Q; 1QVP A; 3O5Z A; 2BZY A; 4C5E A; 3OYI A; 4OMF B; 2MOX A; 2OTJ Q; 4NL3 A; 1NPR A; 4J9G A; 2DBK A; 4LE9 A; 4WF2 A; 4M77 A; 2D8H A; 3O8V A; 2RMO A; 5IN1 A; 3VS6 A; 4JRI A; 1VQP T; 4Y92 A; 5DLO A; 2GFU A; 3CCE T; 3VV0 A; 3SEM A; 1T0J A; 1I4K 1; 1VQ7 Q; 3H6Z A; 2PZ1 A; 4JS5 A; 4F7U G; 1UE9 A; 2DO3 A; 3OSV A; 2QQS A; 1KD1 R; 5HY6 A; 5GAN 5; 2QK0 A; 4KT0 E; 4MDW A; 1YI2 A; 3LLR A; 4C8Q C; 3CD6 A; 4DBQ A; 3PT9 A; 1E7O A; 3FEO A; 2GNC A; 2KT8 A; 3QBY A; 5IAY A; 1EIF A; 1MV3 A; 3QZ5 B; 2OTJ A; 2L3R A; 2HSP A; 1N9S A; 2I2L A; 1Y71 A; 4F14 A; 5KYW B; 2LCS A; 3JB9 J; 3I5R A; 2RQV A; 1GCP A; 1UGV A; 2O2O A; 2K3X A; 3EFO A; 3OYE A; 2RK2 A; 3H0F A; 2V8J A; 2L3P A; 4PLL A; 2HBW A; 3OY9 A; 3TVT A; 3H41 A; 3AHU A; 2KAF A; 2JTF A; 5A0D A; 2ZPG B; 4JRQ A; 1MMD A; 2FHD A; 3VS4 A; 2DZ9 A; 1X69 A; 2CS7 A; 3JV3 A; 1VQ4 T; 4KH0 B; 1VQP Q; 4QKU A; 2CYZ B; 5EG2 A; 4XU0 A; 3CCE Q; 1FMK A; 3VS2 A; 3OYK A; 3EG9 B; 5C0M A; 3QUI A; 1PG5 B; 3CBP A; 3T9N A; 2RHZ A; 4JLG A; 2JS0 A; 1CSK A; 1VQL A; 1UJ0 A; 2NUT A; 5IT9 E; 1OV3 A; 4BDZ A; 2LJ3 A; 3H0I A; 3MP1 A; 2F2W A; 4PL6 A; 4E7I A; 4J9D A; 2CT3 A; 3A1P A; 2PU9 B; 4M78 F; 2A08 A; 4A4E A; 1M1F A; 2KK4 A; 2P0Q A; 2EWN A; 2O01 E; 1M90 U; 3PVQ A; 3OW2 P; 4HA8 A; 4FL6 A; 2KRS A; 1UJY A; 1M90 C; 3HRT A; 3UT1 A; 5CIU A; 5D6W A; 4CC3 A; 4ZGJ B; 4EIK A; 2GGR A; 5LL6 S; 1KFZ A; 3UF4 A; 2QYZ A; 2X4Y A; 3R6O A; 2Z0W A; 3P8D A; 2C0O A; 1X6O A; 1JXO A; 5FRO A; 1VQ4 Q; 3CC4 T; 3M4G A; 1KSW A; 2EQU A; 1AOJ A; 4BUG A; 2O4X B; 1UGR B; 4MZT A; 1K73 R; 4C8Q B; 3OW2 S; 1UTI A; 1KIK A; 1IB8 A; 1UHF A; 2RF0 A; 1YHQ T; 4XTV A; 1RAC B; 3E1S A; 4GY5 A; 4KH1 B; 1KHC A; 4IUR A; 3PIO A; 2VUB A; 2EYQ A; 2DL7 A; 4FT2 A; 2RA2 A; 2DIQ A; 2OAU A; 1B34 A; 2O9V A; 4FM4 B; 2LT1 A; 3S6W A; 2EKH A; 1VQ4 A; 3G4S T; 3LH0 A; 4XAX B; 1G3T A; 4II1 A; 2E1H A; 1QVF P; 2EKO A; 4QVD A; 3KUF A; 4XTU A; 1JXM A; 3LH5 A; 4C8Q G; 1VIE A; 3NPF A; 1YIT T; 2VB6 A; 3F70 A; 3BDU A; 4XU1 A; 5GAN 8; 3A8G B; 2EJG A; 2ENM A; 2K6D A; 4E7K A; 2LX9 A; 2KXD A; 3OS5 A; 1LOJ A; 1RAE B; 2EGC A; 3CCL A; 3X28 B; 5GAN 2; 1MMN A; 3MCA B; 2M9U A; 2RI3 A; 3BE3 A; 5FWC A; 4BY6 C; 2C0T A; 5GAM j; 1KC8 U; 4E7L A; 2D9T A; 3CC4 Q; 1RAA B; 2PUO B; 2IIM A; 3URG A; 3SHW A; 3OYM A; 3VYG A; 1JO8 A; 1QVF S; 4IIO A; 1UDL A; 3QII A; 2CKK A; 5FU6 C; 1I5O B; 4QVC A; 4AG2 C; 1YHQ Q; 4JJN K; 5AT1 B; 3QPH A; 3VS3 A; 2K5I A; 4AG1 C; 1OZ2 A; 2K5F A; 4DBR A; 4RKU E; 2CZ1 B; 1Q7Y C; 4M77 G; 1WJS A; 2JTE A; 1UGP B; 4F04 B; 4Y91 A; 3G4S Q; 3EFO B; 2K7A A; 3M5A A; 1HYO A; 4BI8 B; 1Y7X A; 1W6X A; 1I8F A; 1PM3 A; 1NLO C; 3L2Z A; 4ZNX A; 2JVV A; 1BI0 A; 5LJ5 j; 1YIT Q; 2VXE A; 3L2Q A; 1MGQ A; 1N8R C; 1VQO A; 4PFZ A; 5GAO l; 1AHJ B; 1LPL A; 3JCM V; 2EIF A; 2FYK A; 2D8J A; 1TG0 A; 1G5V A; 3HRS A; 5KCH A; 4O6J A; 4HCB A; 5LJ5 f; 2RJE A; 3WVE B; 2DBM A; 3S3M A; 2E4H A; 1HJD A; 4C8Q E; 1D3B A; 1M8V A; 4ZGD B; 1BI2 A; 1UFF A; 3L2W A; 4E2F B; 2AKL A; 2ROL A; 2NUT B; 2FPD A; 1GCQ C; 1AWO A; 3TEE A; 2VVK A; 1VOM A; 2HNI A; 1IZ6 A; 1KD1 C; 2W10 A; 1FX7 A; 3SDZ A; 1M9S A; 3M0P A; 2ZPH B; 2HL3 A; 1OQK A; 3OMG A; 2K4Y A; 3CC2 A; 2SEM A; 2RQT A; 5GAN j; 2E5K A; 1LCK A; 2GF7 A; 1T3S A; 2MAM A; 2WSF E; 3OYD A; 2B86 A; 3QYG B; 5GAN 7; 2EBP A; 4RMO A; 4BY6 B; 1YJW T; 1U1T A; 1VQ5 T; 4D8D A; 1BU1 A; 3PNW C; 1R0B G; 3CCM T; 3I55 T; 2J7I A; 1HK9 A; 2DF6 A; 2QAZ A; 2DRK A; 1YCS B; 3CC7 A; 2PQW A; 4OMO A; 3OYB A; 1M1G A; 1OI1 A; 2LCL A; 1S1N A; 2DL3 A; 1GXI E; 4E7H A; 5FU6 B; 1M2V A; 9ATC B; 1E6H A; 2A3L A; 2YHT A; 1M3C A; 2E65 A; 1TU0 B; 2LT4 A; 1X6B A; 2DEU A; 2DE0 X; 4J9B A; 2QTX A; 2P0K A; 3CBM A; 5A0G A; 2QI2 A; 3V8L A; 3G7Z A; 1M90 R; 3OS0 A; 2QAS A; 1RI0 A; 5KYW A; 1NYG A; 1B34 B; 4M78 C; 2YRC A; 3QKJ A; 4OMQ A; 5CK9 A; 3MEW A; 4ZN3 A; 3CMA A; 3ME9 A; 3BDL A; 1KQ1 A; 2D1X A; 4AFZ C; 4GBQ A; 1TS9 A; 3OBY A; 2KE9 A; 2DLP A; 1WFW A; 4PKC C; 3L2V A; 2A37 A; 4C92 A; 3NHN A; 2F2V A; 2CT4 A; 1UG1 A; 3VUZ A; 4Z02 A; 4Q5W A; 1YJW Q; 1QWE A; 1VQ5 Q; 4A4F A; 2H3E B; 3CME A; 2DNU A; 2J6O A; 4PJN A; 4BAC A; 4QT7 A; 3FIF A; 2KMT A; 3CCM Q; 3I55 Q; 3QXE B; 4FYY B; 3EG1 A; 1WHL A; 1M1K U; 1KG1 A; 2LX7 A; 2OTL A; 2E64 A; 1M1K C; 3DLM A; 3SWN A; 3TQ7 P; 3I56 T; 3N5B B; 4DOV A; 2CRE A; 1PD0 A; 4J9H A; 4A4K A; 2NUP A; 5KYN A; 1XQH A; 1Z9Z A; 3VS1 A; 2JXB A; 4ZGE B; 4ANJ A; 3M57 A; 3RR6 A; 1YJW A; 3QZ9 B; 1YNZ A; 4FIB A; 3OYC A; 1K73 C; 2AZS A; 2CP5 A; 3CCM A; 2RHY A; 4N0A A; 2DIL A; 4HVU A; 2LRQ A; 3CCR T; 1M3A A; 2MI6 A; 5HCK A; 2Y90 A; 3UA6 A; 2HZY A; 5CKF A; 2DPP B; 4D6W A; 2MCN A; 3QYH B; 1Q81 U; 2BE7 D; 2H8H A; 5D7U A; 4ZN1 A; 1HXD A; 4P5N A; 1BI1 A; 5GMK e; 2BE9 B; 4FSX A; 1KC8 R; 2DER A; 4QW2 A; 2IG0 A; 2KXC A; 4C92 C; 4JJB A; 5CVI A; 3RER A; 2LJ1 A; 2X4J A; 2DIG A; 1WI7 A; 5I2S A; 1XOV A; 4A4H A; 3EG3 A; 3JCM Q; 2ED1 A; 3HSB A; 1ZUU A; 5CAI A; 3G6E A; 3J80 E; 2NUZ A; 3QDF A; 1OZ3 A; 2DEQ A; 1PC0 A; 5D6X A; 2O4X A; 3ZFJ A; 2E12 A; 1MND A; 2XMF A; 5KH6 A; 3I56 Q; 2QTV A; 3SWN C; 1H92 A; 1ARK A; 5M9O A; 4JZ4 A; 5DLQ E; 2EGA A; 3DB4 A; 2FRW A; 3DLL A; 3MEV A; 4M78 B; 2QQB A; 3NTK A; 3CCV T; 3MPU B; 3H9N A; 3VRY A; 3E9F A; 3CCR Q; 4N0A C; 3KFV A; 1K9M U; 1IRX A; 5LJ3 d; 5KYY A; 2DL5 A; 2OAW A; 1VQN T; 2E70 A; 1K9M C; 3D7S B; 1AEY A; 3CPW A; 2V8I A; 3A8H B; 4M75 D; 1WQW A; 1WHK A; 3V8J A; 2BTT A; 4PJO A; 4M75 F; 2HSE B; 4KBM B; 4VUB A; 3RKX A; 1X6G A; 2JOY A; 3JCM J; 2DVE A; 4IKF A; 1BKB A; 2XDD A; 1WNL A; 1QP2 A; 5FU7 C; 5EC7 A; 2BIV A; 5GMK h; 1M2V B; 3E2U A; 1PD1 A; 3IQL A; 2GQI A; 1OX8 A; 4OMP A; 2X3W D; 3SFM A; 4FYV B; 4L5G A; 2Y4X A; 2XHC A; 3M4Y A; 4A63 B; 1PSF A; 1UB4 A; 1YJ9 T; 4A4G A; 4LD9 K; 2DM1 A; 1PWT A; 1AWX A; 1MMA A; 2J6F A; 2V8K A; 1FMW A; 2OI3 A; 2PVG B; 3MP6 A; 3EHQ A; 3CCV Q; 4M7D A; 8AT1 B; 1K76 A; 1VQ7 A; 4Y28 E; 4XTX A; 4FU6 A; 4LDW A; 3BFM A; 1VQN Q; 2A28 A; 3JAM E; 1I81 A; 1SHF A; 4C92 B; 2DYB A; 2YUO A; 2HCK A; 4M7A D; 2XDP A; 1YFN A; 1E6G A; 2BZ8 A; 2LDM A; 4FCY A; 3I5S A; 1D09 B; 3EAE A; 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