The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
11
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| structure length |
82
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F7U B; 4M75 G; 5LJ3 d; 3HFO A; 4M7D C; 5GAM e; 1WQW A; 2E10 A; 3SWN B; 4J6W A; 5GAN 4; 4PJO A; 5GAN e; 5GMK l; 2DTI A; 2YLC A; 2QTX A; 4M7A F; 4M7D F; 5GMK h; 3V7C A; 4NOY A; 2YLB A; 3JB9 I; 3FIF A; 4M75 A; 3JCM h; 5GAN g; 4C92 B; 1U1S A; 4HT8 A; 4EMK A; 1B34 A; 2RD1 A; 4M7A D; 2JN0 A; 2DTO A; 4XU0 A; 5GAM j; 4M77 D; 2DJZ A; 3JCM P; 2RM4 A; 4PJO C; 2CGH A; 3JCM d; 4M78 D; 2DXT A; 4MMK A; 4XQ3 A; 3JCM V; 4XU2 A; 4M7D B; 4F7U F; 4M75 C; 3AHU A; 4C8Q D; 3HFN A; 4EMK C; 3L1A A; 4X9D A; 4JUV A; 2DZ9 A; 4RCC A; 1H64 1; 5LJ3 h; 1D3B B; 1N9S A; 4M77 F; 3EFR A; 3JCM X; 3QSU A; 1M5Q 1; 3JB9 D; 5LJ5 d; 4M78 F; 1X01 A; 3BDU A; 3RKX A; 2FYK A; 4C8Q F; 5GAO m; 4HT9 A; 2DEQ A; 5GAN 8; 4PNO A; 5GAM g; 4F7U G; 2ZGW A; 1U1T A; 4M77 B; 3RKY A; 4A54 A; 1KQ2 A; 3JCM b; 4M78 B; 5LJ3 e; 4XU1 A; 3JB9 F; 5GAN f; 2Y90 A; 4C8Q B; 4WF2 A; 4PJO D; 4C92 G; 4JRI A; 3RUX A; 3EFS A; 5GAN d; 5GAN 3; 4M7A E; 4M7D E; 3SWN A; 1JRI A; 1MGQ A; 4X9C A; 3M4G A; 4JRK A; 4M75 D; 4RCB A; 2EWN A; 5LJ3 j; 2VC8 A; 4XTW A; 5GAO r; 4M7A C; 5GAO n; 5LJ5 h; 4V2S A; 3JCM c; 5GMK e; 3VU3 C; 3BY7 A; 4OP0 A; 4M7A G; 2EJF A; 3JCM e; 4M7D G; 5GMK m; 1Y96 A; 3PGG A; 1WQ7 A; 3BW1 A; 3FB9 A; 3SB2 A; 3SWN C; 4F7U E; 4J6Y A; 2VXF A; 4PJO F; 5GAN 6; 4MML A; 3JCM W; 3QUI A; 3RER A; 4M7A A; 4M75 F; 4EMG A; 4M7D A; 1LJO A; 5GMK j; 4C92 C; 5GAO l; 2E65 A; 2E64 A; 5GAN 7; 2RA2 A; 1HXD A; 4HA8 A; 2EJ9 A; 4J6X A; 4M77 E; 4C92 E; 3JB9 J; 5LJ5 e; 5GAM f; 5GAN h; 4M78 E; 4PJO B; 3BFM A; 3V8K A; 5CAI A; 1JBM A; 1TH7 A; 3RKW A; 2I2L A; 4JLI A; 4XTY A; 5DY9 A; 3RES A; 1YCY A; 2DVE A; 4C8Q E; 5LJ3 g; 2E1H A; 4M75 B; 4M77 G; 4F7U A; 5GAN 5; 5GAO p; 1I5L A; 3HSB A; 4EMK B; 1B34 B; 2DTH A; 4XTU A; 4M7D D; 4M78 G; 4DQ2 A; 5LJ3 f; 5LJ5 j; 2DZC A; 1I4K 1; 4C8Q G; 4XU3 A; 1WPY A; 1M8V A; 2E41 A; 4NL2 A; 1I8F A; 4M77 A; 3V7R A; 1WNL A; 4C92 A; 3RIR A; 5GMK i; 3JCM Q; 3QHS A; 5GAN 2; 4M78 A; 1KQ1 A; 4QVC A; 2EJG A; 5GAM d; 2FB7 A; 3FJP A; 3JCM g; 3L2Z A; 4C8Q A; 4N0A A; 4XTZ A; 3JB9 G; 3JCM J; 5I21 A; 4EMH A; 3V8L A; 4Y91 A; 2HNI A; 1Y96 B; 4M77 C; 3QO3 A; 3JCM f; 4QVD A; 4NL3 A; 3V7S A; 4M78 C; 3INZ A; 4C92 D; 5GAM h; 2VXE A; 5GAN j; 2K57 A; 2DXU A; 4J5Y A; 4C8Q C; 3JB9 H; 1D3B A; 4N0A C; 2YHT A; 4M7A B; 3V8J A; 1LOJ A; 3GIB A; 4PJO E; 2RB6 A; 5LJ5 g; 5GAO q; 4XTX A; 4A53 A; 1LNX A; 4M75 E; 1BIB A; 2DKG A; 1N9R A; 2EAY A; 4PJO G; 5LJ5 f; 1I81 A; 4C92 F; 1HK9 A; 1BIA A; 4XTV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DA4 A; 2F2W A; 1W2B A; 1M90 U; 2MYS A; 3JB9 I; 3A8H B; 2PQW A; 8AT1 B; 1KC8 R; 2KRO A; 5HK0 A; 2AKL A; 2AZS A; 4PJO C; 1MMD A; 1RAF B; 4KGZ B; 3CXC S; 2O31 A; 4IUT A; 2DZ9 A; 4E7Z A; 1N9S A; 3VYG A; 2XIC A; 2P0Q A; 3ZL7 C; 2FYK A; 4E47 A; 3MP1 A; 1SRM A; 2K3X A; 1UHC A; 4HXJ A; 3CCU A; 2DO3 A; 1WDX A; 1GBQ A; 3CCJ T; 3E19 A; 4K11 A; 1AWX A; 1H3H A; 2KRS A; 5FWB A; 2FPE A; 2NUT A; 4C92 G; 1PCX A; 5GAN 3; 2ZPI B; 1KQS A; 2QXF A; 2QYZ A; 2EGC A; 3WXM B; 1K8A R; 2VGM A; 2BE9 B; 3QYG B; 2EW3 A; 5FRN A; 4OP0 A; 1X43 A; 2FL7 A; 2QK0 A; 4HCB A; 2VXF A; 1HD3 A; 1Q82 C; 3MKD A; 4FYY B; 2SRC A; 4M7A A; 2E65 A; 2LX9 A; 4QQG A; 1K73 U; 4MZP A; 4BDZ A; 3H9N A; 4OB0 B; 3C95 A; 2QGG A; 2XD0 A; 1M1K C; 1M8V A; 3CCU Q; 1YIT A; 3LX7 A; 3LYI A; 3LGF A; 1Q95 G; 1TXQ A; 3OW2 S; 2RJD A; 2RPN A; 2FHD A; 3TCJ A; 3S3N A; 4CRI A; 4EMH A; 1Y96 B; 2VB6 A; 3OYF A; 1PD0 A; 3CBP A; 4D8K A; 2HL5 C; 2YHT A; 1PSF A; 3FEO A; 3GLX A; 3SHW A; 1M90 R; 1TU0 B; 4JJC A; 4C5I A; 4N4I A; 2DRK A; 1S72 T; 3CPW A; 1VQP T; 2D0Q B; 3MJX A; 3JCM P; 2VV5 A; 1X6B A; 2DXT A; 4MMK A; 3JCM V; 4DBH A; 5IT9 E; 3AHU A; 1RAA B; 4OF1 A; 1YIT Q; 1M2O A; 9ATC B; 3QSU A; 1M5Q 1; 1GXI E; 4JJD A; 2MI6 A; 2FG0 A; 2ZGW A; 1SSH A; 2VKN A; 4XU1 A; 3KXT A; 4AG2 C; 2EYX A; 3T9N A; 2W10 A; 1QVF S; 1NE8 A; 3HRT A; 4DOV A; 1K9M U; 4AT1 B; 4RCB A; 2EWN A; 3OBY A; 5LJ3 j; 3EH2 A; 1CSK A; 3NTK A; 4RG8 A; 3CC2 T; 1Y96 A; 1K73 R; 1XQH A; 3TEE A; 3FLG A; 5GAN 6; 3A8G B; 4OMP A; 4J9E A; 4M7D A; 4M75 F; 2Y4X A; 3M59 A; 3L2U A; 3CCE T; 1EFN A; 4HA8 A; 5I11 A; 4ME7 A; 2DJQ A; 5CAI A; 1JBM A; 4JLI A; 1W2B S; 5GAN 5; 1HSQ A; 4AFQ C; 2WSE E; 2HL3 A; 2OJ2 A; 1JU5 C; 2CRE A; 4X34 A; 5LJ3 f; 1ARK A; 3VV0 A; 3HRU A; 4PLI A; 3JCM Q; 1WNL A; 1QVG P; 5GAN 2; 4RG2 A; 4JRQ A; 3C12 A; 5I21 A; 2YSQ A; 3MEV A; 1UEB A; 4HVU A; 4RTW A; 2K2M A; 2K57 A; 3V8J A; 1TSF A; 1PRM C; 2GBQ A; 4GLK A; 4CC7 A; 4M75 E; 5A2Q E; 1WFW A; 1I81 A; 2X9H A; 4ZTF A; 5LJ3 d; 2BUD A; 3PVQ A; 4L6V 5; 3CCM T; 1YCS B; 1AZG B; 1UB4 A; 1YJW T; 3MP6 A; 1OOT A; 1RAD B; 3CCQ T; 3REA B; 1YHQ A; 2W0Z A; 3EG2 A; 3MP8 A; 4X9D A; 2RI3 A; 5CIU A; 2R5A A; 5HK3 A; 1GFC A; 1YJN A; 4M77 F; 3JCM X; 3E9F A; 4J7I A; 1UGS B; 2DX1 A; 3EGD A; 1OYX A; 1K9M R; 2YXY A; 1M8M A; 4BI4 A; 1MMG A; 3UA7 A; 3A1P A; 1NG2 A; 3O5Z A; 1UHF A; 5C0M A; 1OZ2 A; 5GAO n; 3VU3 C; 2K4Y A; 3UDC A; 3NTH A; 1H8K A; 3ULR B; 3X20 B; 2KNB B; 1QCF A; 3VUZ A; 2LJ0 A; 2D8J A; 1Q81 U; 4Y92 A; 3FDR A; 2A3L A; 2LZ6 B; 4M77 E; 1QCN A; 1YHQ Q; 2R5M A; 3BFM A; 4ORZ A; 1UFF A; 1YJN Q; 4BI8 B; 5HKC A; 5KYY B; 2AT1 B; 2DK3 A; 4C0G A; 1RAC B; 5I22 A; 2P0K A; 4XU3 A; 3CCR T; 3ER0 A; 4FIB A; 3MEW A; 2QQB A; 1VQ5 T; 2X3W D; 1YN8 A; 3JCM f; 1JXO A; 1X6O A; 2RQT A; 4J9D A; 8ATC B; 4GBQ A; 1TUC A; 2VYT A; 3H0I A; 4J6Y A; 5KYU B; 4XTV A; 4FCY A; 2ZPE B; 4XK8 E; 4E2F B; 4J6W A; 2A36 A; 5IHN A; 2QTX A; 1M3C A; 4M7A F; 5HCK A; 3V7C A; 2K5L A; 1Q7Y U; 3JCM h; 2QG9 B; 3G4S A; 1YI2 A; 2DTO A; 2ROL A; 3BE3 A; 3JCM d; 2FZG B; 4WCI A; 4C8Q D; 2F2V A; 2RF0 A; 2DVJ A; 2LNV A; 4A4F A; 3CCV T; 4JUV A; 3CBO A; 3VS7 A; 3M0U A; 4MDX A; 3EFR A; 2DER A; 1OX8 A; 2SEM A; 3MPU B; 2V8J A; 1H92 A; 3I5S A; 2PNI A; 2KDS A; 1X2K A; 3VYH B; 3JB9 F; 1JQQ A; 2ZPB B; 3HRS A; 1K1Z A; 4ZNX A; 4X1V A; 4M7A E; 3MEA A; 4FYX B; 5LJ5 h; 2F5T X; 2JS2 A; 3EH1 A; 1Q81 R; 3G4S Q; 4J9C A; 1YI2 Q; 4JDS A; 2X51 A; 2RHU A; 3RER A; 1ZSZ B; 1Y0M A; 1QVG S; 1NJI U; 2YRD A; 3EG3 A; 1G83 A; 2NUP B; 3TVT A; 1C0M A; 5IH2 A; 3RKW A; 2HQH A; 3RES A; 4M75 B; 4OMM A; 4XTU A; 1VQL A; 1G3W A; 4E7L A; 2EFI A; 4FM4 B; 3TU4 K; 1LPL A; 4D8D A; 1WHK A; 4OMQ A; 1PHT A; 2RO0 A; 1UDL A; 5AT1 B; 3E1S A; 4IIM A; 2O01 E; 4MZM A; 2L89 A; 1PC0 A; 3QWY A; 2WSF E; 4N4H A; 2A0F B; 1ZA2 B; 1Y07 A; 3R6N A; 1VQM A; 5D6Y A; 4PJL A; 2C06 A; 1WXB A; 1Q7Y R; 3M54 A; 2L2P A; 1HK9 A; 4F7U B; 3FC3 A; 5IHK A; 5DLO A; 1E6H A; 1IO6 A; 3ZEH A; 4M7D F; 1AWO A; 1BCO A; 2O4X B; 2QAZ A; 3CC7 A; 1VQL Q; 4M78 D; 3H8Z A; 4OML A; 4M75 C; 1YJ9 A; 3J81 E; 1UTI A; 3JV3 A; 3SD4 A; 4JS5 A; 2KMT A; 1O75 A; 4JS4 A; 1ZSZ A; 3SFM A; 1RLQ C; 4PJN A; 3M0P A; 2NUP A; 5DM7 R; 1FYN A; 3BDU A; 5I2M A; 4GLM A; 2B86 A; 4JPB W; 5L8R E; 2PVO B; 1O9S A; 4M77 B; 3QBY A; 2IVW A; 3OYY A; 4A54 A; 2CP0 A; 3EGU A; 1VQM Q; 2RMO A; 3S3O A; 2Y90 A; 1RAH B; 1BK2 A; 3L2R A; 1S1N A; 3EFS A; 1N5Z A; 4M7D E; 3OW2 A; 1WA7 A; 2J05 A; 3OYM A; 1PWT A; 1VQK A; 1NJI R; 3OYK A; 2L8D A; 1R77 A; 2YUO A; 3SB2 A; 3CC7 Q; 2JTE A; 1YJ9 Q; 1JB0 E; 2L3R A; 2LT4 A; 1QWE A; 5GAM f; 4DEY A; 5CQX A; 2MK5 A; 2Y4Y A; 3RMS A; 2CZ7 B; 2CZ1 B; 2YUQ A; 2QA4 A; 2BZY A; 2RN8 A; 1VQ7 T; 4F7U A; 3G7Z A; 2DTH A; 2H8H A; 4DQ2 A; 2DBM A; 1SKU B; 1X27 A; 2YDL A; 1RLP C; 3RMQ A; 4C8Q G; 1UUE A; 3EG1 A; 4LDU A; 4RMO A; 4LUE A; 1D1A A; 2OTJ A; 3CEY A; 1EIF A; 2JJ9 A; 4OMO A; 4J7F A; 3ASK A; 4M77 C; 3X24 B; 5GAM h; 2NLU A; 2DXU A; 3EAE A; 1VQK Q; 1G3T A; 3OYI A; 4J5Y A; 3UAT A; 3E2U A; 1WXU A; 3UT1 A; 4WTO B; 3QZ5 B; 1UEC A; 3C4S A; 1N27 A; 5J39 A; 3I56 T; 2XID A; 1BYM A; 1RI0 A; 4RTT A; 1M4Z A; 4J9H A; 4BY6 B; 1N6A A; 1V29 B; 1Q86 U; 1QVF A; 2QTV A; 5GAN g; 2QA4 Q; 1U1S A; 4EMK A; 2RD1 A; 1H3Z A; 1BI3 A; 4J8O A; 2ED1 A; 4ZN1 A; 2RQV A; 2HKN A; 3QDR B; 1I5O B; 2OTJ Q; 2OTL A; 2KT1 A; 1W1F A; 1H64 1; 1MUZ A; 3I55 A; 3QKJ A; 2GTO A; 2F1L A; 3OB9 A; 2M0Y A; 1TOV A; 2D8H A; 3LWH A; 3EFO B; 5GAN 8; 1VQ6 A; 1PG5 B; 3VS2 A; 2KSS A; 2LJ3 A; 1GFD A; 3JCM b; 4KUL A; 2LJ1 A; 1YIJ T; 3I5R A; 4AFS C; 5CKF A; 2L0A A; 2KI7 A; 4ESR A; 3BY7 A; 2RHZ A; 4O6J A; 1VQO T; 4BY6 C; 3VKI A; 5D6X A; 2DE0 X; 3QUI A; 2GQI A; 3GNG A; 3QJ6 A; 1BBZ A; 5J26 A; 3OY9 A; 2RA2 A; 4FYV B; 4KUI A; 2DXB A; 2OTL Q; 3I55 Q; 2IPO B; 2DL7 A; 4M7A C; 2E1H A; 3O8V A; 1GCP A; 5A0G A; 4M78 G; 1B07 A; 1U5S A; 2HSP A; 3G71 A; 1MNE A; 1FX7 A; 1I8F A; 1VQ6 Q; 3V7R A; 3G4S T; 1YI2 T; 5FLX E; 1NM7 A; 1KQ1 A; 1AEY A; 4F17 A; 4N0A A; 2X4J A; 3S6W A; 1AWJ A; 1MHN A; 1AVZ C; 4PFZ A; 1Q82 U; 2E12 A; 3CQT A; 4R56 A; 5CKH A; 1YP5 A; 1WJS A; 1X75 C; 1Q86 R; 2HSE B; 2JS0 A; 2R57 A; 3EFO A; 5KE3 A; 1RAE B; 2MAM A; 4C92 F; 1UG1 A; 1UGQ B; 1M1K U; 2PTK A; 2D9T A; 3QDF A; 4HT8 A; 2COW A; 2JUF A; 4L59 A; 2DJZ A; 2EKH A; 2QEX A; 3G71 Q; 1QCO A; 4M7D B; 3L2V A; 2GTJ A; 3L1A A; 5KYW B; 1WLP B; 1VQ4 A; 1UGP B; 4LDV A; 3RNJ A; 3G1J A; 1TUG B; 5D7U A; 1AD5 A; 1G5V A; 1OX9 A; 1SHG A; 4LD9 K; 1KQ2 A; 1RUW A; 1QP2 A; 4RTX A; 3OMC A; 4GY5 A; 4HCC A; 1KJW A; 3CC4 T; 4PJO D; 3SWN A; 3CMA A; 4IUR A; 2JW4 A; 2MWO A; 1ZA1 B; 3VRY A; 1WQ7 A; 1A0N B; 2E6N A; 1VQ8 A; 2GQV A; 5CK9 A; 2QEX Q; 1TG0 A; 4FT4 A; 2KAF A; 1BU1 A; 2JMC A; 3IQL A; 1HXD A; 1VQM T; 2V1R A; 3JSC A; 3VS6 A; 4C5E A; 2O2O A; 2HCK A; 1VQ4 Q; 4M7D C; 2VUB A; 1YCY A; 4KT0 E; 4E7J A; 4M7A D; 5EG2 A; 2PUO B; 1GRI A; 3MET A; 1WIE A; 4PJJ A; 1BCM A; 2X4Y A; 1Q82 R; 4DOW A; 2FRW A; 1M2V A; 2DA9 A; 2DRM A; 2FB7 A; 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