The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
11
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| structure length |
82
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M7A B; 1LOJ A; 3JCM d; 3RES A; 4N0A A; 4M77 C; 4XTV A; 5GMK j; 5GAO r; 3SWN B; 3RER A; 4XTY A; 4XTU A; 5GAO q; 4NOY A; 5GAN h; 2EJG A; 3L1A A; 4NL3 A; 4HT8 A; 5LJ5 h; 5GAN 2; 1WNL A; 2DTI A; 4M7D A; 4PJO E; 4N0A C; 1YCY A; 4NL2 A; 4XTW A; 3JB9 I; 4WF2 A; 4RCC A; 5I21 A; 4M7D G; 4M75 D; 4HA8 A; 4M78 D; 1N9S A; 3V7R A; 4C92 D; 4F7U E; 1M5Q 1; 3JCM J; 3FJP A; 4M75 C; 4M78 C; 5GAO m; 3V8K A; 4C92 C; 5GMK l; 5GAM e; 4M7D C; 2RB6 A; 4J6W A; 3QUI A; 5GAN 7; 2DTO A; 1KQ1 A; 2K57 A; 5LJ3 e; 2DEQ A; 5GAO n; 3JCM Q; 5LJ3 d; 3JB9 H; 2VXF A; 1MGQ A; 3RKW A; 5GAN f; 3AHU A; 1D3B A; 4M7A F; 5LJ5 f; 2EJF A; 2FB7 A; 4F7U A; 2EWN A; 4MML A; 4XU1 A; 1N9R A; 4F7U G; 2DVE A; 5GMK h; 4PJO D; 4JLI A; 5GAM g; 3HFN A; 3JB9 F; 4PJO C; 1JBM A; 2VC8 A; 2YLB A; 3EFS A; 3RUX A; 3V8J A; 3BW1 A; 1KQ2 A; 4M7A D; 2RD1 A; 4M75 A; 4M78 A; 3JCM c; 4C92 A; 3BDU A; 1I81 A; 4RCB A; 4M75 G; 4C8Q B; 4M78 G; 1JRI A; 3JCM g; 4C92 G; 3RIR A; 2E64 A; 3JCM W; 3JCM V; 3JCM b; 4X9D A; 4DQ2 A; 4M77 B; 3RKY A; 4M7A E; 4OP0 A; 4QVD A; 3FB9 A; 2YHT A; 2CGH A; 2DKG A; 3V7S A; 3QSU A; 2DXU A; 1TH7 A; 1Y96 A; 2YLC A; 4EMK A; 5GAN 3; 5GAN 4; 4XTZ A; 4PJO A; 2RA2 A; 5GAM h; 5GAO p; 1WQ7 A; 2E1H A; 3QHS A; 4PJO G; 1HXD A; 5GAN e; 4XU3 A; 2EJ9 A; 1I4K 1; 5LJ3 h; 3L2Z A; 1U1T A; 2I2L A; 2E65 A; 2VXE A; 5GAN d; 5CAI A; 4M75 B; 3PGG A; 4M78 B; 5LJ5 d; 4JRI A; 4C92 B; 4Y91 A; 4EMK C; 4HT9 A; 4M7D B; 3JCM h; 5GAN j; 1HK9 A; 1WPY A; 4M7A G; 4V2S A; 4A53 A; 5LJ5 j; 3SWN A; 5LJ3 g; 1LJO A; 3VU3 C; 4JUV A; 4C8Q F; 1BIB A; 1I8F A; 1U1S A; 3M4G A; 3EFR A; 4M7A C; 3JCM X; 3INZ A; 2DZ9 A; 4M77 F; 5GAM f; 4A54 A; 5GMK m; 3SB2 A; 4XU2 A; 3JB9 D; 1Y96 B; 2DTH A; 3HFO A; 3SWN C; 1BIA A; 4EMG A; 4J6Y A; 4PJO B; 2HNI A; 3BY7 A; 4C8Q D; 3JCM P; 4XU0 A; 1D3B B; 3BFM A; 4F7U B; 1B34 A; 2Y90 A; 3JCM f; 4EMH A; 3V8L A; 4M77 D; 4X9C A; 2EAY A; 5GMK i; 5DY9 A; 4PNO A; 2E10 A; 5GAN 6; 4M75 F; 4M78 F; 5LJ5 e; 4C8Q E; 4C92 F; 1LNX A; 2DXT A; 4M7D F; 4M7A A; 2FYK A; 4JRK A; 5GAN 8; 4M77 E; 1WQW A; 2QTX A; 5GAN 5; 2DJZ A; 1I5L A; 2E41 A; 2RM4 A; 4MMK A; 3GIB A; 4XQ3 A; 2JN0 A; 4QVC A; 5GAN g; 3JB9 G; 1M8V A; 3RKX A; 5LJ5 g; 4C8Q A; 4M7D D; 4J6X A; 4PJO F; 1B34 B; 4C8Q G; 3JB9 J; 4EMK B; 4J5Y A; 2ZGW A; 5GAM d; 3HSB A; 4XTX A; 5LJ3 f; 4M77 A; 4F7U F; 5GAO l; 2DZC A; 4M75 E; 3FIF A; 1H64 1; 4M78 E; 4M77 G; 5GMK e; 4C92 E; 5GAM j; 4C8Q C; 4M7D E; 3QO3 A; 3JCM e; 3V7C A; 1X01 A; 5LJ3 j; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CH4 A; 2KQW A; 4KH0 B; 1QVF P; 3MHX A; 4N0A C; 2MK5 A; 2QXF A; 4HA8 A; 3MEW A; 1YIT T; 5CO7 A; 1N8R R; 3NMZ C; 5LJ5 f; 3X28 B; 1XOV A; 4XU1 A; 2YT6 A; 1QKX A; 1YI2 T; 2CH4 W; 4OMF B; 1D0Y A; 1MMN A; 1VQO T; 3EG3 A; 4IIM A; 4AFZ C; 2D0N A; 2ROL A; 4C92 G; 3OYN A; 3G4S T; 1ZUU A; 3ZEH A; 2X35 A; 1VQ9 T; 4RG8 A; 1UGQ B; 4OP0 A; 1Q81 C; 1I1J A; 3CC4 Q; 4RTV A; 2BIV A; 1UGR B; 2J7I A; 1YFN A; 2XDP A; 1VQK Q; 1K8A R; 2CUB A; 5FLX E; 3OW2 P; 1UUE A; 2K3B A; 2LDM A; 4BE1 A; 3OY9 A; 3CCR Q; 5GJV B; 5KYX A; 1H92 A; 3HFO A; 1M1K R; 4IUQ A; 5KCH A; 1BIA A; 2HKQ B; 2ZCF B; 1WHK A; 1KJW A; 2NUZ A; 1C0M A; 2LNV A; 2OX7 A; 4PNO A; 4A63 B; 4RG2 A; 1OZ3 A; 1OI1 A; 4C0G A; 1VQL A; 2DE0 X; 2O4X B; 3C94 A; 3OS1 A; 2EQK A; 3EG0 A; 3NTH A; 1D0Z A; 3EGU A; 1XQH A; 2DXC A; 4J9G A; 3RMQ A; 5ECA A; 3G7Z A; 1YCS B; 2CYZ B; 3HRS A; 1XJW B; 1MMA A; 5GJW B; 2PZ1 A; 1X6O A; 4XTU A; 1QKW A; 1N6A A; 2EJG A; 4ZGD B; 2J06 A; 4OML A; 4A4E A; 2MAM A; 1MV0 B; 1PNJ A; 2DVJ A; 3CCS T; 3JCM J; 1ZSZ A; 2V8J A; 5CKD A; 3J80 E; 4M7D C; 4IIO A; 2DTO A; 3AHU A; 4MML A; 2DEU A; 2EQU A; 1JBM A; 1NZ9 A; 2KYM A; 2P0Q A; 4Z89 A; 1RAI B; 2XKO C; 4E47 A; 5FU6 B; 1HYO A; 3JV3 A; 4RCB A; 1WIE A; 2JM9 A; 2E64 A; 4BD3 A; 4AFU C; 2ZPE B; 4FL6 A; 3FB9 A; 4RKU E; 5A2Q E; 4EMK A; 3CD6 T; 2LVM A; 3VS0 A; 2E4H A; 2R5A A; 2ROT A; 5GAN e; 1X6B A; 1Y7X A; 2R58 A; 1HK9 A; 1S1N A; 2ZPF B; 1RI9 A; 4J9C A; 3GNF B; 3SWN A; 4A4F A; 1UFF A; 3VS2 A; 2NLU A; 3HKS A; 1WXT A; 2X3X D; 3VS1 A; 1VQL Q; 1RAE B; 2F69 A; 1Q82 R; 3CCE T; 2P4T A; 1WHL A; 3EFO A; 2VYT A; 1M8M A; 4KRT A; 4M75 F; 1OZ2 A; 1Q7Y C; 1Z9Q A; 1IXD A; 2DXB A; 4QQD A; 3CCL T; 1NJI C; 2HL5 C; 1VQ8 Q; 2O9V A; 5GAN 5; 2LJ3 A; 1Q86 U; 3UDC A; 5KYU A; 1K73 R; 1W2B A; 4VUB A; 2RHU A; 3OYJ A; 2OTL T; 2RHX A; 3CPW S; 5HCK A; 4LNP A; 3OMC A; 1FWZ A; 2DBK A; 4KUD K; 2HCK A; 3QJ6 A; 2DYB A; 3D7S B; 2XHC A; 1QVG S; 3OMG A; 2CP2 A; 3CCU T; 1O9S A; 2GCX A; 4NL3 A; 3NPF A; 5FRN A; 6AT1 B; 3JB9 I; 1TS9 A; 5DLO A; 2KT1 A; 1R0C B; 4ESR A; 2RB6 A; 4J6W A; 3QZ9 B; 4B9X A; 5LJ3 e; 3OYY A; 3I35 A; 4BDY A; 1SHF A; 2AZS A; 2EJF A; 2HSP A; 2HMA A; 1LPL A; 1D0X A; 2EW3 A; 3SDZ A; 1OV3 A; 3BW1 A; 2DL4 A; 2QAZ A; 1PSF A; 4F14 A; 1H3H A; 3SD4 A; 4WCI A; 4DQ2 A; 1D1B A; 2DER A; 2CZ6 B; 1E6H A; 1TH7 A; 2J6K A; 5GAN 3; 2RA2 A; 1WQ7 A; 4MZM A; 2HD0 A; 2P0K A; 1I4K 1; 5DM7 R; 2E65 A; 4JJB A; 2KYB A; 4M75 B; 2VGM A; 2MI6 A; 2C0O A; 3I5R A; 3WVD B; 2H3E B; 2JTF A; 4RTY A; 1K9M R; 5KYW A; 1AVZ C; 2DO3 A; 5FU7 C; 2EGA A; 1PRM C; 1M3C A; 1OOT A; 2KXD A; 1QWE A; 4TVR A; 3UAT A; 1EIF A; 3OYA A; 2CS7 A; 4LUD A; 1G2B A; 3H9N A; 3OB9 A; 1R0B G; 2K4Y A; 2CUD A; 5KE2 A; 2X4X A; 2FRY A; 1YN8 A; 4PJJ A; 2WSC E; 3C0C A; 2QDL A; 1UDL A; 2MOX A; 2CKK A; 5M9O A; 3J81 E; 2FZK B; 3QO3 A; 3JCM e; 2FZG B; 1LOJ A; 4KBM B; 1ZUY A; 3QII A; 2XD0 A; 1JEG A; 1GBQ A; 5CR2 A; 5CKE A; 2KRO A; 2QQ9 A; 5IAY A; 4NL2 A; 3CCM T; 1BI2 A; 1PM3 A; 1TUG B; 4CRI A; 2ZZD A; 2DLP A; 3CXC A; 3G6E A; 1UHF A; 2OI3 A; 5I2M A; 1W2B P; 2FEI A; 1AHJ B; 1VQ5 T; 1UB4 A; 5GAN f; 2HQH A; 4F7U A; 2EQI A; 2E3I A; 2PVG B; 3OSS C; 1TG0 A; 1VQ6 Q; 4AMC A; 3HFN A; 3CC7 Q; 2CZ7 B; 4BDZ A; 2P84 A; 3N5B B; 4J9H A; 5KCO A; 3JCM c; 2HAX A; 3WXM B; 3JSC A; 2KY9 A; 4DA4 A; 4AG2 C; 3JCM b; 1G83 A; 1M2O A; 3A1P A; 5A0G A; 3M5A A; 1I0C A; 4R55 A; 4LDW A; 4E7I A; 4E7H A; 1K9A A; 2DA9 A; 1KQS S; 3REB B; 1VYT A; 1WYX A; 1W6X A; 2KNB B; 3O5Z A; 2L89 A; 4RTU A; 3VU3 C; 3H0H A; 1H3Z A; 3MP6 A; 3M4G A; 1ZSZ B; 2O4X A; 1RI0 A; 4KGV B; 3INZ A; 5CK9 A; 3MP8 A; 3NGP A; 3I5S A; 1WGS A; 2COW A; 5DY9 A; 5LJ5 e; 5KYY B; 4JS4 A; 4PK4 A; 2EYQ A; 2SEM A; 3QDF A; 3X20 B; 4AT1 B; 2ZPG B; 2LJ1 A; 3L2Q A; 1SRM A; 5LJ5 g; 2R57 A; 1M3A A; 1I07 A; 1YJN T; 2K2V A; 4EMK B; 1N8R C; 3CC4 T; 3AT1 B; 1T0J A; 5LJ3 f; 2NUP B; 1ZBX A; 2XMF A; 1WHG A; 4M75 E; 4JDS A; 2RI2 A; 2F5T X; 3G6E Q; 3MEU A; 2JMC A; 2O9S A; 4XTV A; 1VQK T; 3SWN B; 5FWC A; 4ANJ A; 3GOX A; 3PE0 A; 5GAN 2; 4QT7 A; 3PTA A; 2JVV A; 3OQ5 A; 4E7J A; 1Y71 A; 2CP5 A; 2IIM A; 2K5L A; 2L5Q A; 2EPD A; 3EFO B; 2K57 A; 1VQ4 T; 2XI9 A; 1N9R A; 4FSS A; 1K8A C; 3CCV T; 1KQ2 A; 2M02 A; 5KYU B; 1YJW A; 2QGG A; 4M7A D; 2PUK B; 4LDY A; 4FW2 A; 4R0K A; 4J9I A; 4E6R A; 3HTR A; 4QVD A; 2F2X A; 2YHT A; 4QQ6 A; 3CCJ A; 2LCC A; 1GRI A; 3KBG A; 3CXC P; 5HK0 A; 4JJC A; 4N4H A; 1X2Q A; 2KR3 A; 1K76 A; 2OAU A; 3UA7 A; 1KD1 R; 8AT1 B; 3P8B B; 4Y91 A; 2EIF A; 3MJX A; 3M9Q A; 1IHW A; 1TUC A; 4JUV A; 4AG1 C; 2WAC A; 3A8M B; 2VVK A; 1KHI A; 2JJ9 A; 2BTT A; 3GNG A; 2K7A A; 2KVQ G; 2M1H A; 1UE9 A; 2RK2 A; 2VGN A; 2MYS A; 1U8R A; 3JCM f; 4MDW A; 5GAN 6; 1QCF A; 1MMD A; 1C1A A; 1ZHI A; 5D6Y A; 2GNC A; 3CEY A; 2RNA A; 1VUB A; 1RAA B; 2E5Q A; 2PVD B; 2CZ1 B; 5C0M A; 2JS0 A; 2JMA A; 4QW2 A; 2E70 A; 4LD9 K; 2EGE A; 1VA7 A; 4F7U F; 5FU6 C; 3ZL7 C; 1YBY A; 3CPF A; 1X01 A; 3V7C A; 3HP9 A; 2QEX Q; 5KE3 A; 1T3S A; 2A28 A; 5GMK j; 2QG9 B; 3CCQ A; 2BZ8 A; 4C0Z A; 2A36 A; 4OMO A; 3IQL A; 2J6F A; 4HT8 A; 4DEY A; 3VYG A; 3JRZ A; 2DTI A; 2DD4 A; 1WX6 A; 1PRL C; 3QWX X; 2CRE A; 3FLG A; 4GBQ A; 1M5Q 1; 1N27 A; 5IHI A; 1P92 A; 1YP5 A; 5GAO m; 3LH5 A; 2L3R A; 1KC8 R; 1X75 C; 1B07 A; 1RAB B; 1UGP B; 4M7A F; 1AZE A; 2FB7 A; 2DYI A; 4F7U G; 4OMP A; 2X4Y A; 1AWX A; 1D1C A; 2LP5 A; 1GFC A; 1B7T A; 2CDT A; 3CCJ Q; 5DLQ E; 3SHW A; 1VQ8 T; 4GY5 A; 3VS4 A; 4M75 A; 3BDU A; 1HD3 A; 1I81 A; 1UHC A; 2GTJ A; 2C06 A; 3EG2 A; 2J6O A; 4PJN A; 1Q82 C; 4ORZ A; 4LDV A; 4J9F A; 1Q81 U; 2DKG A; 1VQM A; 1YIJ A; 3LYI A; 1OU9 A; 3S6W A; 2MPX C; 2RHY A; 5LJ3 h; 1UEC A; 3L2Z A; 4J9E A; 2L3P A; 4M7A G; 3FJ5 A; 3E9G A; 1K73 C; 5EG2 A; 1M90 R; 1U5S A; 3JCM X; 2AT1 B; 4HCK A; 1IO6 A; 2DZ9 A; 5GAM f; 4DBR A; 3HRU A; 1Y07 A; 2E3H A; 4RTZ A; 3OW2 S; 4J9D A; 3BFM A; 4F7U B; 1M3B A; 1M27 C; 3MKD A; 2EAY A; 1VQP Q; 5EC7 A; 5IXB A; 4F04 B; 2JT4 A; 3OYL A; 3L2R A; 5A0L A; 2OTJ A; 4PLI A; 4LDX A; 2B8A A; 3PMT A; 5I22 A; 4EPC A; 2VB6 A; 1ZLM A; 1H64 1; 1V76 A; 1VQ7 Q; 3THK A; 2A08 A; 4M7A B; 3TSZ A; 5GAO r; 1OU8 A; 1Y0M A; 2HBW A; 3GBQ A; 3C12 A; 1ZQ1 A; 4RCC A; 4M75 D; 2WSE E; 4II1 A; 2PVO B; 3HL8 A; 1SRL A; 2PQW A; 4M75 C; 3M54 A; 3EAE A; 1AWW A; 1AT1 B; 1HSQ A; 4KGX B; 2LQW A; 2DK3 A; 1NPP A; 1Q95 G; 1X43 A; 3OBW A; 2PNI A; 1OUL A; 1SSH A; 1GBR A; 5IHK A; 3RNJ A; 2LX9 A; 4GLM A; 1C6V X; 2NWM A; 2FRW A; 4DBQ A; 4CI0 C; 1VQM Q; 1RAD B; 4C5G A; 2YUQ A; 2FZC B; 5CCA A; 2M0O A; 1K9M C; 1M30 A; 3RMS A; 4E7K A; 3E19 A; 4J7I A; 2CGH A; 5GAN 4; 1KFZ A; 1BU1 A; 3E2U A; 4C0D B; 2VXE A; 3EG9 B; 2XDB A; 1YIT A; 3PGG A; 2A7Y A; 2K5F A; 3BDL A; 5I2S A; 2X9H A; 5KYY A; 1OX8 A; 1U1S A; 2EFI A; 4JJN K; 2E6Z A; 1GFD A; 1BBZ A; 2JZ2 A; 3FRN A; 1YI2 A; 2HNI A; 1IRX A; 3BY7 A; 1S72 A; 1VQO A; 2H8H A; 3O8V A; 3CMA A; 2AHJ B; 3SFM A; 2FG0 A; 2DIL A; 2BUD A; 2OTJ Q; 3TRE A; 2NUP A; 1WI7 A; 5FWB A; 3G4S A; 1VQ6 T; 1Q7Y U; 1VQ9 A; 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