The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
b'MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
11
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| structure length |
82
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FB7 A; 4PJO B; 5GAN e; 2YHT A; 3INZ A; 4J5Y A; 5GMK m; 3JCM J; 3EFS A; 1I4K 1; 3L2Z A; 3SWN B; 3V7C A; 5GAN h; 4M78 G; 3BDU A; 5LJ3 g; 4M78 A; 3JB9 H; 4EMK A; 4M7D E; 1TH7 A; 2RB6 A; 4OP0 A; 4N0A C; 4XTX A; 2YLC A; 4XQ3 A; 3RES A; 3JB9 D; 1D3B A; 3JB9 F; 3BY7 A; 5LJ5 f; 5LJ5 d; 1X01 A; 2E1H A; 3HFO A; 3JB9 J; 4XU3 A; 4M7A B; 5GMK h; 4M77 B; 3JCM g; 3JCM c; 4QVC A; 4RCB A; 3JCM e; 2YLB A; 5LJ5 j; 4M78 E; 2DTH A; 4PNO A; 4M77 A; 3GIB A; 4HT8 A; 2DZC A; 2E65 A; 2DXT A; 4X9C A; 2I2L A; 2JN0 A; 3RER A; 5GAM f; 4M7D F; 5GAM d; 5GAO q; 4JRK A; 4M7D A; 4C8Q G; 4J6X A; 3V7S A; 3VU3 C; 4C8Q A; 4M75 B; 4XU2 A; 2DEQ A; 5GAM j; 3JCM b; 1N9S A; 3FIF A; 4F7U A; 4C92 G; 5GAN 5; 4HT9 A; 5GAN g; 5GAN 3; 4M78 F; 3V7R A; 4C92 A; 4JUV A; 1JBM A; 4PJO G; 3JCM P; 3QSU A; 3RKX A; 5LJ3 j; 3FJP A; 4M7D C; 4PJO A; 4C8Q E; 2VXF A; 4MMK A; 1H64 1; 3SWN A; 3JCM X; 2DKG A; 4NL2 A; 4C92 E; 3JB9 I; 5GMK e; 4PJO E; 4EMK C; 1BIB A; 2DTO A; 1WPY A; 1HK9 A; 1WNL A; 3RIR A; 4M7A G; 3L1A A; 2FYK A; 4M77 G; 3QUI A; 3BW1 A; 5GAM h; 5GAN 2; 5LJ5 h; 4M7A A; 5GAN 7; 4XTY A; 4EMH A; 1MGQ A; 2DJZ A; 3V8J A; 3JCM Q; 3HFN A; 4M7D D; 4WF2 A; 1HXD A; 4DQ2 A; 4C92 F; 4J6W A; 3QHS A; 4RCC A; 2DTI A; 4X9D A; 3EFR A; 4M75 G; 4M77 E; 4PJO F; 2DXU A; 4F7U G; 3BFM A; 4N0A A; 4M75 A; 2E64 A; 4XU0 A; 5LJ3 f; 5LJ3 d; 5GAN 8; 4M78 D; 4JLI A; 2VXE A; 4JRI A; 3RKW A; 4NOY A; 2EJF A; 4M75 E; 4F7U E; 3V8K A; 3JCM d; 5GAO n; 4PJO C; 2RA2 A; 1I81 A; 4M7A F; 4XTW A; 4M77 F; 1Y96 B; 1I5L A; 4XU1 A; 2E41 A; 4M78 C; 2DVE A; 5LJ5 g; 5LJ5 e; 3FB9 A; 2K57 A; 1LOJ A; 2QTX A; 1M5Q 1; 1U1S A; 4Y91 A; 5I21 A; 1BIA A; 1WQW A; 2DZ9 A; 1B34 B; 4C8Q F; 4C8Q D; 4M7D B; 4XTZ A; 1M8V A; 3QO3 A; 1B34 A; 4NL3 A; 4M75 F; 4A53 A; 4F7U F; 5GAM g; 5GAN f; 4M7A C; 4M77 C; 5GAM e; 3PGG A; 5GAN d; 2RD1 A; 2EJG A; 4C92 D; 5GAO r; 2EAY A; 3V8L A; 5GAN 6; 2HNI A; 2Y90 A; 3JCM W; 3HSB A; 4PJO D; 4M7A E; 4V2S A; 4M78 B; 3JCM V; 4EMK B; 4J6Y A; 3SB2 A; 1KQ2 A; 5GAO l; 4C8Q C; 1JRI A; 4HA8 A; 5LJ3 e; 1D3B B; 3RKY A; 1U1T A; 5GMK i; 1YCY A; 4M75 C; 1LNX A; 1KQ1 A; 1LJO A; 4XTU A; 2EJ9 A; 2RM4 A; 5LJ3 h; 2CGH A; 5GAO m; 2EWN A; 2E10 A; 4C92 C; 5GMK j; 3JCM f; 4EMG A; 4QVD A; 4MML A; 3JB9 G; 1I8F A; 4M7A D; 4M77 D; 3AHU A; 1WQ7 A; 3SWN C; 3JCM h; 1Y96 A; 2VC8 A; 4C8Q B; 5GAN j; 2ZGW A; 4F7U B; 1N9R A; 5GMK l; 5DY9 A; 3M4G A; 5GAN 4; 5GAO p; 4A54 A; 4M7D G; 3RUX A; 4C92 B; 4M75 D; 4XTV A; 5CAI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DKM A; 3V7C A; 3CC4 Q; 1ZLM A; 1YBY A; 4II1 A; 1WHH A; 3KFV A; 3JB9 F; 2E1H A; 1NYF A; 1LVK A; 3HRU A; 2EYQ A; 3FC3 A; 2M16 A; 2QGG A; 2JN0 A; 2PU9 B; 1KHI A; 1S1N A; 4J6X A; 1M1K U; 1D1A A; 2QQ9 A; 1VA7 A; 1ZSG A; 4M7D C; 2RJF A; 2YXY A; 2O31 A; 1NYG A; 3EGX B; 3SWN A; 1WHG A; 1HJD A; 1GCQ C; 4LDY A; 2CH4 W; 4OB3 B; 3I55 T; 2DJQ A; 2RQW A; 5LJ5 h; 3CPW A; 2M1H A; 2K3B A; 2PUK B; 4MZT A; 4OGE A; 3LGL A; 2VV5 A; 1M3C A; 4PL6 A; 1ABQ A; 3CQT A; 2GTJ A; 3OBW A; 3PIO A; 1DJ7 B; 5CO7 A; 3QYG B; 2QEX T; 4DOV A; 2XI9 A; 4ZTJ A; 3CBO A; 4FYV B; 2A36 A; 2E41 A; 3S3O A; 2A37 A; 3CMA Q; 2J6O A; 2XU8 A; 3VRZ A; 7AT1 B; 2HSE B; 3MJX A; 1QVG A; 2ROT A; 1AVZ C; 2ESW A; 3VS6 A; 4CC7 A; 1JJ2 P; 5GAN f; 1ZHI A; 4ANJ A; 1QVF P; 1WJQ A; 4RTV A; 1TWB A; 3JRZ A; 3PFS A; 1K0X A; 3O5Z A; 1YIJ A; 2FRW A; 3HHT B; 1GBQ A; 2KMT A; 3CCE A; 4JRP A; 3EG0 A; 4GBQ A; 2JTM A; 4C8Q B; 5CKF A; 2XDP A; 1ZA2 B; 2K6D A; 1M27 C; 5HK0 A; 1VQO A; 5CAI A; 2DL4 A; 4EPC A; 2HQX A; 3E1S A; 2YWW A; 4OB1 B; 2A0F B; 1WA7 A; 1MUZ A; 4PNO A; 3THK A; 4X9C A; 5CCA A; 1GXI E; 2EYX A; 3VKI A; 3FJ5 A; 3JCM P; 2OI3 A; 4IUQ A; 2VXF A; 2GFA A; 3UWN A; 3CC7 Q; 2F69 A; 2HMA A; 4BUG A; 1WZO A; 1WJR A; 2X3W D; 4PJM A; 1HK9 A; 3VUZ A; 2FYK A; 5GAN 2; 4CI0 C; 1GRI A; 3DLL A; 4Z8A A; 2PQW A; 5D6Y A; 2AK5 A; 2QTV A; 3G1J A; 2QA4 Q; 3LX7 A; 1KFZ A; 3BFM A; 1E7O A; 2DET A; 3QG1 A; 3EG3 A; 3EGD B; 4FYY B; 4MDW A; 1KK7 A; 5LL6 S; 2DRK A; 1VIF A; 1I81 A; 4KUD K; 4XU1 A; 2QDY B; 2RN8 A; 4C5E A; 5M9O A; 1B34 B; 2QAS A; 2J6F A; 3RNJ A; 2M9U A; 4A53 A; 3VYH B; 3CCM A; 1Y07 A; 3L2W A; 3HSB A; 2ZPH B; 1XQH A; 4QT7 A; 2CZ6 B; 4AG1 C; 2GQI A; 2MCN A; 3L2R A; 3I5R A; 1S72 Q; 8ATC B; 1WLP B; 4E7S A; 1PM3 A; 3AHU A; 1VQP T; 4E7J A; 3OQ5 A; 2X51 A; 1OZ2 A; 5A2Q E; 1OX9 A; 1V29 B; 3HRT A; 2LCC A; 2LX7 A; 5GMK m; 2V8J A; 1Q82 R; 4HCB A; 2O88 A; 1JB0 E; 1RL2 A; 2BIV A; 4EMK A; 3EG1 A; 4ELY C; 3BY7 A; 3E9G A; 2H8H A; 3HFO A; 4M77 B; 1M1K R; 1W6X A; 3EFO A; 1RLP C; 5GAO q; 2E4H A; 1MMA A; 1JJ2 A; 2MI6 A; 2FZG B; 5FU7 C; 4PJO G; 4J7F A; 1RAC B; 4MMK A; 2HD0 A; 3BDL A; 4XAX B; 1IGU A; 1NEG A; 2RHZ A; 4E7K A; 2O4X B; 4L59 A; 4PJO E; 2DA9 A; 1AHJ B; 1E6G A; 3RIR A; 2JW4 A; 3QUI A; 1YI2 A; 4E7Z A; 1D0X A; 1MND A; 2M0O A; 4ZGE B; 3TU4 K; 4FSX A; 1GCP A; 1ZBJ A; 4A4F A; 2LX9 A; 2V1R A; 3X25 B; 1Q7Y U; 1M90 C; 4A4G A; 1VQ8 A; 4OML A; 2V8I A; 4BI8 B; 4JJN K; 2EJF A; 1SF9 A; 2VKN A; 3PIP A; 2KNB B; 2L3P A; 2B8A A; 4M77 F; 1GFC A; 4WCI A; 4RMO A; 2BZX A; 1G5V A; 3OMC A; 2OTL Q; 1V1C A; 2FZK B; 4ZGJ B; 4HXJ A; 2EJG A; 1KJW A; 2SRC A; 1YIJ Q; 3OMG A; 1LCK A; 2JNG A; 4V2S A; 3OYK A; 4C5H A; 3REA B; 3SB2 A; 3CPW S; 3EAE A; 3CD6 Q; 3CEY A; 1QMC A; 1Y57 A; 4A4E A; 5I2S A; 2K9G A; 1FMW A; 4Z88 A; 1PRL C; 1TS9 A; 2ED1 A; 2ZGW A; 3MEA A; 3M4G A; 3SFM A; 5FRO A; 1N5Z A; 1RAF B; 5AYF A; 1NPR A; 2IIM A; 2EKH A; 1QCO A; 1QVG S; 1BK2 A; 1X27 A; 2RB6 A; 1PRM C; 5AT1 B; 4FIB A; 3JB9 D; 2KVQ G; 2CRE A; 1YWO A; 1G3S A; 1M3A A; 4JLG A; 1NJI C; 3E9F A; 3GIB A; 3FLG A; 5L8R E; 3G4S Q; 1YWP A; 3G71 T; 4LDX A; 4BY6 B; 1C6V X; 3MEU A; 4HKE A; 2AIR B; 3OS5 A; 3FIF A; 3I5S A; 1PG5 B; 5GAN 3; 4KH0 B; 1KC8 C; 2KT1 A; 2CSQ A; 1H64 1; 1VQP Q; 2W10 A; 4ZGD B; 1VQL T; 2DL7 A; 3C95 A; 1ZUK A; 2HZY A; 2XMF A; 2JMC A; 3PVL A; 5KYX B; 2HKN A; 3M5A A; 1WPY A; 1K73 C; 2ZPF B; 2K3Y A; 4PJL A; 1UEC A; 1B3Q A; 2F5K A; 4Y28 E; 4E47 A; 2EW3 A; 2PUO B; 2NUT A; 4CC2 A; 4RCC A; 3EFR A; 1HSQ A; 2K5L A; 3KXT A; 2CP3 A; 3TVT A; 4PFP A; 1VQ5 T; 1VQ7 T; 1OPL A; 3A8G B; 1EZZ B; 3VS2 A; 4PLL A; 1UE9 A; 2RJC A; 3REB B; 3CCM Q; 1X43 A; 3QWY A; 2E3I A; 2WSF E; 1YJ9 Q; 4M77 C; 2RHX A; 2LNH B; 1GCQ A; 2LC4 A; 2LJ1 A; 3L2Q A; 5GAO m; 5IHI A; 3I9Q A; 5GJV B; 3I56 A; 2VC8 A; 1K8A U; 1AWW A; 5GAN 4; 4M7D G; 1TUG B; 4XTV A; 2MPX C; 1B07 A; 4DEY A; 4AFU C; 1I4K 1; 4J9C A; 4RG8 A; 5FRM A; 2MWP A; 2LQN A; 2F2W A; 4M7D E; 3M0T A; 1JQQ A; 2EQM A; 4HVW A; 1U06 A; 3C4S A; 2MWO A; 3LWH A; 3URG A; 3JB9 J; 4M7A B; 1KD1 U; 1OZ3 A; 2FEI A; 4RCB A; 1V76 A; 1H92 A; 2L3S A; 4KH1 B; 3CPW P; 1K9M U; 3G6E Q; 1XTD A; 4M75 B; 2DIQ A; 3MPU B; 1N9S A; 1X69 A; 4BE2 A; 4CRI A; 1VQ9 Q; 1X75 C; 3FJP A; 3MEV A; 2F1L A; 1PD0 A; 2G3R A; 4N4H A; 4ZN1 A; 3JCM X; 3GOX A; 1YI2 Q; 1VQN T; 1UJY A; 2KY9 A; 4ME7 A; 1NE8 A; 1M2V B; 1WNL A; 2LTO A; 3ZL7 C; 4EMH A; 1QVG P; 2SEM A; 4IUP A; 4WF2 A; 1YJN Q; 1VQ8 Q; 1YJW Q; 5D6X A; 3QHS A; 4K11 A; 4JS4 A; 2DTI A; 3CCR A; 3ER0 A; 1VQK A; 3JV3 A; 2YSQ A; 3PTA A; 3CCQ T; 2KGT A; 1FX7 A; 1VQ6 T; 1VQ4 T; 4MDX A; 2HSP A; 4M7A F; 2X4Y A; 3A5Z B; 1OPK A; 1I5L A; 2K57 A; 3OS0 A; 3SD4 A; 4IIO A; 4M75 F; 3CC2 T; 2OJ2 A; 4BE1 A; 4J8O A; 5GAM e; 2CDT A; 2MAM A; 3LGF A; 2HNI A; 5A0G A; 1C0M A; 4M78 B; 4CC4 B; 4BY6 C; 1PSE A; 1RLQ C; 1C1A A; 4PJJ A; 1LNX A; 4RTU A; 3C0C A; 3ZFJ A; 2CGH A; 2E10 A; 1UDL A; 2DIG A; 3JB9 G; 3LWI A; 1M3B A; 1GFD A; 3NTI A; 1XOV A; 5HY6 A; 5CKB A; 2PNI A; 2LP5 A; 5DY9 A; 3HRS A; 2M02 A; 2QYZ A; 4C92 B; 1BI0 A; 5EC7 A; 4WTO B; 1R0B G; 2KXD A; 1VQ7 Q; 3CCS T; 2HAX A; 3EFS A; 3PVQ A; 2RPN A; 2DYB A; 5GAN h; 1NLO C; 3BDU A; 2AT1 B; 2KYB A; 1H3Z A; 1VUB A; 1OUL A; 3M53 A; 2ATC B; 3MO8 A; 4IUR A; 1IZ6 A; 4XU3 A; 1T3L A; 3JCM e; 5KYY A; 1UEB A; 2DL5 A; 2LRQ A; 1G2B A; 1QWF A; 1I1J A; 2VWF A; 4JZ4 A; 2PTK A; 2DX1 A; 2M0Y A; 2CP7 A; 2EYZ A; 3OSV A; 2DMO A; 4M78 F; 4OB2 B; 3OYI A; 1UTI A; 2RMO A; 5FU6 C; 3GP8 A; 3QXE B; 1Q82 U; 3HP9 A; 3GLX A; 2COZ A; 2BZ8 A; 3H6Z A; 1IHW A; 2GNC A; 1RAG B; 1UG1 A; 3WVE B; 4C92 F; 2VAS A; 3ULR B; 4EDU A; 2XKO C; 2WSE E; 4RTZ A; 1YHQ T; 2QQR A; 2RA2 A; 1NBE B; 2OTJ T; 1D1C A; 2K5I A; 2RI3 A; 4A4K A; 1VQM T; 2QQA A; 2DFU A; 1YN8 A; 3EG9 A; 4F7U F; 4FYW B; 2RQU A; 4BDZ A; 4M7A C; 2FHD A; 2QDL A; 2EAY A; 3JCM W; 2LCL A; 4OMN A; 4HVU A; 4PJO D; 4QW2 A; 4RTW A; 3X26 B; 2LCS A; 1JRI A; 3P8D A; 1QW1 A; 4FW2 A; 2F2V A; 4M75 C; 1NZ9 A; 4C5G A; 2IPO B; 3I56 Q; 4B9W A; 1K8A R; 4OB0 B; 5GMK j; 2LQW A; 1K76 A; 2E70 A; 3A8L B; 3NGP A; 5GMK l; 2EGA A; 4GLK A; 1M4Z A; 4HT8 A; 3QYH B; 3EHQ A; 2OTL A; 3L2Z A; 3SWN B; 1KD1 R; 1WXB A; 4J9G A; 3HTR A; 1Q95 G; 1RUW A; 1PWT A; 1K9M R; 1MMD A; 3HL8 A; 3CC2 Q; 4PKC C; 3JCM c; 3EH1 A; 1ZUU A; 1PSF A; 2DLP A; 2HQE A; 3CD6 A; 1YFN A; 1RAE B; 4C8Q G; 2GGR A; 1NM7 A; 2DEQ A; 2P0K A; 3PNW C; 5GAN 5; 2NWM A; 1Q81 C; 2D0N A; 3HKS A; 3SHW A; 2E5K A; 1Y71 A; 4C8Q E; 3OYG A; 3OYA A; 2ED0 A; 3TSZ A; 1EIF A; 1FMV A; 3CCR Q; 3M4Y A; 4RUG A; 1VQK Q; 2J05 A; 1AT1 B; 2G6F X; 2ZPI B; 3G4S A; 3LW5 E; 3QII A; 1MV0 B; 2BTT A; 1YIT T; 3VUB A; 2FVU A; 4IUU A; 1TU0 B; 3QWX X; 2XK0 A; 1KG1 A; 2IG0 A; 1VQP A; 1LOJ A; 5I21 A; 3H9N A; 1WQW A; 3ME9 A; 4C8Q F; 5A0L A; 1B34 A; 4ZN3 A; 4NL3 A; 2FPD A; 1K1Z A; 3V8L A; 2EPD A; 4B6M A; 2R5M A; 1TXQ A; 1D1B A; 1SEM A; 4J9D A; 3CCE T; 1N8R R; 1Y7X A; 2YUN A; 4PJN A; 4BDY A; 1TUC A; 2K2V A; 2D9T A; 2YT6 A; 1WHK A; 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