1BCMA

Bacteriophage mu transposase core domain with 2 monomers per asymmetric unit
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
VEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transposase
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 77
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcmA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcmA01
3RMAA 3T19A 4DWIA 2GBZA 1A5WA 1NOZA 1S9EA 4CHNA 4KREA 2Z1JA 4DU3A 3AA5X 4KI4A 4CEDA 3NGYA 4CJLA 1DTQA 4PWDA 1VSMA 3OYDA 4B9SA 3G10A 4DSKA 4M3TA 4DTSA 1BISA 1VSLA 3K59A 4M3WA 2AJQA 3DI6A 1C1BA 2IAJA 3AO2A 4ID1A 2D0CA 3V4IA 3A2FA 1ZYQA 1BIZA 3ALYA 1SL1A 5CY4A 5KRTA 3KTQA 3AVNA 4DSIA 1JLAA 1GOBA 2LSNA 1VRUA 1XI1A 3VN5A 4FJNA 2FBYA 1NK4A 4FW1A 3PX0A 4RW6A 4CJVA 4CIFA 3OYFA 1CLQA 1RT3A 4E3SA 1X9SA 1EXQA 2ZD1A 1Z26A 3QETA 1FKOA 4QCLA 4AHUA 1BQNA 3IS9A 4NCAA 4EP4A 4B8AB 1YTAA 1B92A 2B6AA 4O0JA 4CJSA 3DLHA 5KGWA 2EX3A 3PUFA 3KLIA 3HO1A 1S1UA 2HNDA 4KV8A 1NJYA 1DTTA 4KFBA 1QQCA 1NJZA 3OYEA 3AVHA 1C0UA 3P1GA 3RMCA 2FC0A 4NYFA 1X9WA 4Z4FA 4DTRA 2WOMA 1Z25A 2RPIA 1C1AA 3KKRA 3LP0A 3AVMA 1VSDA 4E1MA 3VQ6A 3L2VA 3MEGA 5K14A 3ZT3A 3DLBA 4RW8A 5HLFA 4FK4A 3V9WA 4HUEA 1HYVA 3C6UA 4FJ5A 4OKEA 4B9NA 4CEOA 1U48A 1UAXA 4CJRA 4H4MA 4OKKA 2X74A 2G8WA 1NK8A 3ULDA 4CEBA 4PUOA 1RBSA 3SPYA 3OYJA 5J2PA 2DFEA 3F9KA 3L2RA 5CZ1A 3HVRA 4CF2A 3K5LA 1QTMA 2XY6A 3KJVA 4BDZA 4DSJA 1RBTA 2Q3SA 3ASMA 1TKZA 4FLWA 1QE1A 4HUGA 3V6DA 3SQ1A 2DY4A 1C1CA 1ASUA 2OZMA 2D0BA 2KTQA 4FM0A 3QIPA 4B8CA 4ELTA 4M3YA 3OYNA 4CF8A 4YNQA 3VQCA 3P83D 4FLUA 4DLEA 5CYQA 4DSLA 1X1PA 4Q0BA 4BE0A 4DTJA 2HVIA 5C24A 4CHYA 2HW3A 3VQPA 3O4QA 3V9ZA 4O0IA 5KI6A 2RN2A 3DLKA 3KKSA 4DFKA 1HQEA 1VSKA 3AO4A 2Z1IA 3FFIA 3AVBA 4CEEA 4HCBA 4CFBA 5SWMA 3AVIA 1RT2A 4O5BA 4DTNA 1NK0A 4J2DA 1MU2A 2OA8A 1RBUA 1EP4A 1BCOA 3RMDA 1NK7A 4IG3A 1X9MA 3AA3A 2HMIA 3LWLA 1BI4B 1YTUA 3ZSYA 4HTUA 5HROA 1XWLA 1BL3A 4Z4HA 3OYGA 4DLGA 3V1QA 2XY5A 1SV5A 3M8PA 3SPZA 2OZSA 2YHBA 3SUOA 2OYQA 1EKEA 2HHQA 2HHSA 2P1JA 3K5OA 1XHZA 1RDAA 1L5UA 2HHTA 1S1VA 1RBVA 1JL2A 1TKXA 3VQQA 2VWJA 3CFPA 1KSPA 4KPYA 2Z1GA 4I9QA 4IBNA 3AV9A 4W5OA 1HYSA 3SUPA 2F8SA 2EHGA 3M8RA 1D8YA 3QNOA 4CJKA 4R5PA 3VQ9A 3KLGA 2G8UA 3SQ4A 2D0AA 2IS3A 3ZSRA 4F8RA 4OGCA 4KTWA 3MAQA 3LZJA 3DRRA 3SYZA 4H4OA 1IKWA 5J2MA 3OYAA 1CZBA 4CGFA 4CHPA 1C0MA 3OS1A 4ZTFA 4IKFA 1TAUA 2IOCA 4B9LA 1HNVA 4CGGA 3OS0A 3ZSZA 2YV0X 3OVNA 1ITGA 3U3YA 5JS2A 3G0ZA 5C42A 2IC3A 4B9UA 3I0RA 4Z4CA 4Z4GA 1I39A 1JLGA 4BDYA 1LAVA 3QINA 3QESA 1WSFA 3OYLA 1U4BA 3NGIA 2P51A 3MEDA 4DF8A 3S3MA 3CYMA 3HM9A 3EZ5A 1SL0A 3NH2A 1IG9A 4LD0A 4M3UA 2E4LA 3I0SA 4FLVA 1XC9A 3MECA 4IG0A 5HRNA 3AA4A 4C8MA 4E7JA 3VQDA 1S6PA 1J53A 2YNHA 1VSHA 3DRPA 4KKOA 2X78A 3LDSA 1CXUA 1B9DA 3TAQA 4CGDA 1NK6A 2HB5A 4C8OA 4DSEA 4CJPA 2I5JA 1QHTA 4FK0A 3IG1A 1KCFA 1TV6A 4O44A 2FBTA 1KLNA 1QSSA 1BI4A 3C94A 3U3GA 4W5TA 3U6FA 3ZSOA 1L3VA 4K8ZA 1S9GA 4KHNA 4N47A 4QAGA 3AO3A 5SZTA 1FKPA 1U45A 4DS4A 3K57A 4HUFA 3ITHA 4M3XA 4KO0A 3O3FA 3QEXA 2BDPA 1IKVA 2Y1JA 4DF4A 4CJ4A 3V81A 2OPQA 1C6VA 5DMRA 4K8XA 1DLOA 2FBXA 1RILA 3I8DA 1R0AA 4DQQA 4B3OA 4JRPA 1CZ9A 3KIOA 3LAKA 5T7BA 3S3OA 1QSLA 3MEEA 5CZ2A 4AHTA 2NUBA 1LV5A 4OJRA 4I7FA 3VQ5A 4CFAA 3K58A 3S3NA 2IGIA 5E41A 4DQIA 4FXDA 1VK0A 1KFSA 1WAFA 4IFVA 4F2SA 3VQ7A 1KVAA 2F96A 4AHSA 4CESA 4CHQA 1LW2A 1RT6A 1ZBLA 2KFZA 4GMJB 3K5NA 3OYKA 3TAPA 5FDLA 5I42A 3RR8A 4CHZA 4E7LA 3F73A 1WSJA 4CHOA 4FCYA 2DFHA 3QEPA 3RMBA 4CIGA 1D9FA 4ELVA 4J2EA 3PX4A 3HVTA 1I3AA 4CGJA 3KK2A 5HBMA 4HVJA 1ZBUA 5HRPA 4KHUA 4AHCA 3RWUA 3O3GA 2BGGA 2HVHA 1BHLA 4RW4A 4DFPA 4I9LA 4ELUA 3D0PA 3HPHA 3NF8A 3VQEA 1Q9YA 3NCIA 4E7IA 4LSLA 2PYJA 1WLJA 3L2WA 3DRSA 5EU7A 3ZT2A 1TKDA 3VQBA 5FROA 4CJ5A 3B6PA 4CJ3A 3V9SA 3O4NA 4C8NA 4RG8A 3PO5A 1IH7A 1RBRA 3AO1A 1T05A 4PQUA 3NF9A 1UWBA 1VSIA 2OPPA 1TL1A 3OYBA 2BANA 4C8KA 4EZ9A 1QSYA 4M45A 4FJ7A 3HJFA 3NF7A 3HPOA 3SZ2A 4FLZA 3KK3A 3AVKA 3L3UA 5J1EA 4N5SA 4CF0A 3NAEA 5I3UA 2DTUA 3QNNA 4KB0A 4FJLA 1RTJA 3IRXA 4FZYA 2YNFA 3OYCA 3HK2A 2G8VA 1T03A 4FM2A 1IKXA 2HNZA 3QLHA 4N76A 1U49A 1NKEA 1S1WA 3TWHA 1JXBA 4KHQA 1RCHA 3AVAA 4N56A 2Z1HA 3VA0A 4Y1CA 3LZIA 3SQ2A 3SJJA 3IAYA 4E0DA 4KAZA 4C8LA 3HPGA 3OY9A 1UA1A 2D5RA 2HHUA 3SNNA 1WSGA 3AVGA 4H8KA 1WSHA 4OGEA 4DFMA 3TARA 1Q9XA 3ZSXA 1LW0A 3QEWA 3QIOA 1RNHA 3B6OA 3T1AA 3WNGA 2PZSA 3O3HA 4RW9A 3SV4A 4FJ9A 1G15A 4DG1A 3C6TA 4Q5VA 1NK9A 1SKRA 4CF9A 1JLQA 1S1XA 4JLHA 3NF6A 4I2PA 4UQGA 1J5OA 3DM2A 3LP2A 4GW6A 3AVCA 3TAFA 3LP1A 3QERA 1CXQA 3ZCMA 1L3SA 1WNSA 1KVBA 2RKIA 4E1NA 4B9MA 3HP6A 1NK5A 2P5OA 4FZXC 2GV9A 3QEIA 1EX4A 3ZT4A 3KLHA 1T8EA 3HT3A 4FJHA 1W9HA 1BQMA 3ZSQA 4OLAA 5C25A 1RT5A 4LH4A 3K2PA 4M3RA 3AO5A 2QKBA 5KTQA 1HRHA 3CFRA 4AHRA 1NOYA 4GVMA 3KLFA 3K5MA 1HPZA 1RT7A 3HYFA 4AILC 3TAGA 4B9VA 4FJIA 4CIEA 4J2AA 2G8IA 4WE1A 1L3UA 1NKBA 3DMJA 4NCBA 1BIUA 3LP3A 1JXEA 1NKCA 1B9FA 1JLEA 2Y1IA 4HCCA 3AA2A 3VQ8A 3CQ8A 2RF2A 3LAMA 4G1QA 4KTZA 4CK3A 4OLBA 3TR8A 3LPUA 2B4JA 1JLCA 3T3FA 4KHSA 3AVFA 3LPTA 4DTMA 3DLRA 1S5JA 1K6YA 4OVLA 3RTVA 4CJWA 3CG7A 5J2NA 1TK5A 1KTQA 1TK0A 4JS4A 4BWMA 3ZT1A 1S1TA 4M42A 4FLXA 2A1SA 2P5GA 1RDBA 3S9HA 4W5QA 2B5JA 3SI6A 4RW7A 5HP1A 1U47A 3HXMA 1RDCA 2VG6A 3OYMA 4DQSA 2KQ2A 4EZ6A 1RTHA 1RTIA 2YKMA 4LH5A 5D3GA 3H08A 1ASVA 3LWMA 4FYDA 3TANA 1L3TA 4FK2A 1ZBIA 3KLEA 1D9DA 1TKTA 4FLYA 1LWCA 1TGOA 2QKKA 3ZSVA 4CGHA 3PX6A 2IDOA 4PA1A 4E7HA 1D5AA 4DTUA 2X6SA 1VRTA 2YNIA 4DMNA 1Y97A 1GOCA 4CJFA 2YKNA 1LWFA 1S6QA 5HRSA 1WAJA 3BGRA 1A5VA 1HQUA 3V1OA 3VQ4A 2ITGA 3OJUA 4FZZA 1VSJA 2OPRA 1RDDA 2XHBA 1UOCA 4CK2A 3L2UA 3LANA 1EETA 4MQ3A 4EP5A 4E7KA 1N6QA 4KHWA 1SL2A 2A1RA 3TI0A 3V1RA 1WN7A 4FVMA 3CM6A 3NE6A 4BWJA 3TAEA 3EY1A 2XRIA 3HSTB 4L8RB 5FRMA 4O55A 4Z4EA 3NH0A 4B08A 4Z0UA 4XIUA 2PYLA 2O4GA 1O1WA 3KD1E 3MXIA 1LAWA 3BDPA 3PV8A 4FJXA 4CECA 3AVJA 1HJRA 1WSIA 4BDPA 4FJMA 3OYIA 2E6MA 4W5NA 1N5YA 4F2RA 2KFNA 4CF1A 3C95A 4AHVA 2XY8A 1KFDA 4I2QA 4O4GA 4DTXA 3HL8A 4OKJA 4CCHA 3ISNC 4ZTJA 2ZQBA 2OPSA 3V9UA 2X6NA 4IFYA 2ATQA 3RRGA 3OJSA 3DOKA 3P5JA 3WNFA 5JS1A 4FJGA 2G8KA 2G8FA 1KRPA 2HHXA 2YNGA 4ZHRA 4IDKA 4FLTA 4DU1A 3THVA 1UA0A 4DQPA 4CEAA 4FJKA 2KZZA 4KB1A 2HHWA 1JKHA 4DS5A 3JSMA 3L8BA 3NHGA 4YFUA 2JGUA 3HP9A 4LY7A 5DK5A 1U04A 3ZSWA 3KK1A 1J9AA 1JL1A 4DTOA 4CJTA 2KZMA 4CFDA 4CFCA 3OS2A 5J2QA 3DYAA 2QK9A 4CEQA 1HMVA 4TSXA 3OYHA 3SV3A 4OPJA 3VA3A 3PO4A 1NJWA 1LWEA 1REVA 4NCGA 1A5XA 4BE1A 4DU4A 2XY7A 4M3ZA 4FW2A 3AVLA 1BCMA 4QOZB 1TK8A 3WNEA 1KVCA 3CM5A 4CEFA 4KHYA 2G8HA 4KRFA 2JLEA 2PY5A 3SUQA 3PY8A 1JLFA 4N41A 1GOAA 4KTQA 4CE9A 1TAQA 4HHTA 3V9XA 1HNIA 3E01A 4CJQA 1ZBHA 3VQAA 4J2BA 3LALA 3CFOA 5CYMA 2ZE2A 3M8QA 1IKYA 4LSNA 4CK1A 4FJJA 1J54A 1Q8IA 2DFFA 4Z4IA 1RT1A 1VSEA 4ID5A 1SUQA 1QS4A 3NBPA 3QO9A 4DQRA 3QEVA 3RR7A 3UIQA 1C0TA 1ZBFA 3EYZA 4DTPA 1FK9A 3MXJA 3RRHA 1SKSA 4B9TA 4DFJA 2KW4A 4CERA 1KLMA 4F3TA 2XO7A 4KI6A 4M41A 3WNHA 3KD5E 1RTDA 4Y1DA 5FRNA 1FXXA 1YVUA 2QXFA 1JLBA 3L2QA 2HHVA 1W0HA 1NJXA 3NH1A 1T7PA 3JYTA 2WONA 4E89A 4FJ8A 3SUNA 4JS5A 4ICLA 1IO2A 4F4KA 4CJEA 2GUIA 1RT4A 1TL3A 2VG5A 4CJUA 2R7YA 2YHAA 1WSEA 1YT3A 3NGZA 3DLEA 3NFAA 3ZT0A 4CEZA 4BE2A 3SCXA 3MXMA 2F8TA 2FBVA 2ETJA 4AH9A 4JRQA 4BACA 4NYNA 3DOLA 2BE2A 1HYZA 3TAMA 4CGIA 1F21A 4DSFA 5HRRA 1ASWA 2O4IA 1VSFA 5KRSA 2W42A 4FM1A 4OPKA 2VG7A 1XHXA 4MFBA 3SQ0A 1TVRA 4PY5A 2HNYA 3D45A 2VWKA 4F3OA 2E6LA 3TABA 3DLGA 5KGXA 4W5RA 3NDKA 4E19A 3M8SA 3L3VA 1BGXT 1SKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T19A 4KREA 2DKGA 2NUPA 1WQ7A 2P9NA 3A5OC 2DO3A 4B1VA 2DPPB 2YUQA 4CEDA 4V19S 1Y0MA 1DTQA 2CZ0B 5MLCQ 2LQ8A 1HNZK 1EFNA 1JCEA 1NMDA 4M77F 2OTJN 1HD3A 4M3WA 2M51A 1BOTO 3RBBB 1K0XA 3TTCA 4RTXA 2IAJA 4FWMA 2D0CA 3A2FA 2KSSA 1RI0A 1BIZA 3MHXA 1NLVA 4LDWA 3ALYA 2KI7A 1SL1A 3KTQA 1G3YA 3AVNA 1YN8A 1W2BA 1VQ7A 1C0GA 4Z02A 1GOBA 2O8EA 4YY3K 1QVFP 2DTHA 3CCJQ 3VN5A 3VRZA 1IJJA 1X6BA 4MZTA 1T3VA 4CIFA 2EPDA 1RT3A 4K43A 1X9SA 2YHXA 3O9RA 3QETA 1FKOA 2LCCA 5GANd 2D6FA 4QCLA 2KYMA 5GAOm 2GCXA 4B8AB 1B92A 2B6AA 3DLHA 2K4YA 3THYA 5KGWA 4FO0A 3CMAQ 3CC2Q 5BR9A 2MMPA 2EKOA 3C0CA 3SFMA 3URGA 8ATCB 3G4SN 5HY6A 1VIEA 3CJBA 3P1GA 5AQOA 3CCLT 4DTRA 2WOMA 3N4QA 4B3TK 2RPIA 1C1AA 4RTVA 5LJ5h 3LP0A 1VSDA 4E1MA 1Y71A 4PHTX 2F4VK 2QK0A 3DLBA 4RW8A 5HLFA 2ZPHB 3G6EQ 3CCSA 2DVEA 4HUEA 3J7AP 4MLEA 4OMPA 2C06A 3G25A 4BRFA 3REAB 3JCMP 3M8RA 1MMDA 2ED0A 4YOVA 4OKKA 2RJFA 3VS3A 3ULDA 4CEBA 1PRMC 2CP2A 4QQDA 4ELZC 3L2RA 3EL2A 5AZJB 4CF2A 1QCOA 3KJVA 1YUWA 2Q3SA 4CD1A 3QDKA 2NZTA 1QE1A 4HUGA 1WIEA 4XTYA 4FWLA 1ASUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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