The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
68
|
structure length |
68
|
Chain Sequence |
GSSGSSGEAHRVLFGFVPETKEELQVMPGNIVFVLKKGNDNWATVMFNGQKGLVPCNYLEPVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 1st SH3 domain from human Neutrophil cytosol factor 2 (NCF-2)
rcsb |
| molecule keywords |
Neutrophil cytosol factor 2
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
6
|
| structure length |
68
|
| sequence length |
68
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LCS A; 4AG2 C; 3EHQ A; 2ECZ A; 3KFV A; 3VS6 A; 1GL5 A; 2D1X A; 2OJ2 A; 2LJ3 A; 1M30 A; 2J6F A; 1WFW A; 4RTZ A; 2IIM A; 4LNP A; 3UA7 A; 1NEG A; 2KRM A; 3C0C A; 1K4U S; 1X2Q A; 1XOV A; 2RPN A; 3R6N A; 3PVL A; 2EGC A; 1NG2 A; 3M0S A; 2HEQ A; 1YCS B; 1RLP C; 2RNA A; 2GNC A; 2DRM A; 2EPD A; 1NYF A; 2HSP A; 2DBM A; 4RTW A; 3UAT A; 1NYG A; 2AK5 A; 4JZ4 A; 2D8H A; 2PTK A; 1ZBJ A; 1TUC A; 4LUD A; 2KT1 A; 2FEI A; 2YSQ A; 1QLY A; 3NGP A; 1E6G A; 3VS3 A; 1K76 A; 4AFZ C; 2MCN A; 1AWX A; 3VS0 A; 5IXF A; 2YUN A; 1YNZ A; 1QWE A; 2O9S A; 1JXM A; 3VS1 A; 3EG2 A; 3O5Z A; 3ULR B; 2FRY A; 1B3Q A; 2RMO A; 4DEX A; 2RQR A; 1UFF A; 5IH2 A; 1LCK A; 4FSS A; 1KFZ A; 2CUB A; 2JM8 A; 4CC4 B; 2L3S A; 2X3X D; 1M27 C; 2KXC A; 2DLP A; 2HCK A; 4A63 B; 1AZE A; 1NLO C; 1WA7 A; 1MV0 B; 4F14 A; 1ZSG A; 1S1N A; 2ENM A; 1BU1 A; 2VWF A; 3PVQ A; 1JXO A; 3I5S A; 1SRL A; 1GCP A; 3EG1 A; 3SHW A; 2PNI A; 1AWJ A; 1CSK A; 2BTT A; 2NUZ A; 1EFN A; 1GBR A; 2E5K A; 3H0I A; 3H41 A; 1SEM A; 2K9G A; 4OML A; 1HJD A; 2MOX A; 1JEG A; 1H3H A; 4RTX A; 1I07 A; 1PNJ A; 3M0R A; 4HVW A; 3SEM A; 2KNB B; 2MIO A; 2LQW A; 5I11 A; 1WIE A; 4J9B A; 1T0J A; 2EGE A; 3RNJ A; 4F16 A; 4HVV A; 4E6R A; 2K7A A; 4CC7 A; 1AD5 A; 4RTV A; 2J7I A; 1OPK A; 2F2V A; 1SHF A; 1G2B A; 1UDL A; 4QT7 A; 2KGT A; 2EW3 A; 2FPF A; 1NLP C; 4J9G A; 1MV3 A; 3UF4 A; 4JZ3 A; 1X69 A; 2ESW A; 3I9Q A; 3LH5 A; 5FW9 A; 4OMO A; 1HSQ A; 2XMF A; 1SHG A; 1YWO A; 4D8K A; 5GJW B; 1WX6 A; 2OI3 A; 4JJD A; 2PZ1 A; 4CC2 A; 1M3B A; 4J9D A; 2W10 A; 1SRM A; 2M0Y A; 4LN2 A; 1M8M A; 2DA9 A; 1A0N B; 4ORZ A; 4OMP A; 2EYY A; 2JMC A; 1RLQ C; 1Z9Q A; 2BZ8 A; 2CRE A; 4OMN A; 2KRS A; 2J05 A; 2P4R A; 3REB B; 2FPD A; 4D8D A; 1TG0 A; 1UJ0 A; 2D8J A; 2ABL A; 2KE9 A; 2BZX A; 3GBQ A; 3EGU A; 3NMZ C; 4EIK A; 1VA7 A; 2EBP A; 2AKK A; 4K11 A; 1ZUY A; 1Y57 A; 1AWO A; 1U06 A; 1UE9 A; 2AZV A; 3REA B; 2CT4 A; 1BBZ A; 4LE9 A; 4CC3 A; 4LUE A; 5ECA A; 1PKT A; 2C0O A; 1I1J A; 2DJQ A; 1JQQ A; 1WLP B; 2J6K A; 2KRO A; 1UEC A; 1AVZ C; 2A08 A; 1E6H A; 1X6G A; 1X27 A; 1GCQ A; 1PRM C; 2AZS A; 2DYB A; 2AKL A; 2A36 A; 2DIL A; 3EG3 A; 1E7O A; 1N5Z A; 2F2W A; 2NWM A; 2RQV A; 1OOT A; 1X43 A; 2DBK A; 1YN8 A; 3H0F A; 1JU5 C; 2LJ1 A; 3NPF A; 2HDA A; 2G6F X; 2SEM A; 2YUQ A; 2L3P A; 4AFU C; 1K1Z A; 2YT6 A; 3VS5 A; 4JJC A; 2EYW A; 4R0K A; 5L23 A; 4DEY A; 1U3O A; 1K0S A; 2KT8 A; 4IIO A; 2CH4 W; 2M51 A; 2LMJ A; 1B07 A; 2K6D A; 1K0X A; 1T0H A; 4F17 A; 1ZUK A; 1QCF A; 3TSZ A; 2LQN A; 2FPE A; 1VYV A; 2JMA A; 2J06 A; 2ROT A; 2JS2 A; 5IHK A; 2EGA A; 1GFD A; 1MUZ A; 2F2X A; 3EG0 A; 3RBB B; 5IXB A; 1WYX A; 1W6X A; 3FJ5 A; 4HCK A; 4KRT A; 2JS0 A; 2YDL A; 3EHR A; 2B86 A; 1CKA A; 2CDT A; 1ZLM A; 1QWF A; 1FMK A; 3VS7 A; 1KSW A; 1Y0M A; 1ARK A; 3A98 A; 1YWP A; 1NM7 A; 5GJV B; 3VS2 A; 3ZL7 C; 1WXB A; 1PHT A; 2EVR A; 1GFC A; 2SRC A; 3QWY A; 1TUD A; 2GTO A; 1CKB A; 2JXB A; 1ABO A; 3M0T A; 1VYT A; 2L3Q A; 1AWW A; 2O9V A; 4J9F A; 1I0C A; 5IHI A; 4Z88 A; 3I5R A; 4RUG A; 1W1F A; 2YUP A; 2CUD A; 2DRK A; 1AEY A; 2GQI A; 4AG1 C; 3JV3 A; 2YUO A; 2A28 A; 2V1R A; 4OMM A; 4J9E A; 1NEB A; 2O2O A; 1KIK A; 1ZX6 A; 2DVJ A; 4J9H A; 1M3C A; 1QKX A; 1YP5 A; 2ED1 A; 2LX7 A; 1OEB A; 2FRW A; 2DNU A; 4J9I A; 3M0P A; 1SSH A; 1FYN A; 2KBT A; 2DL8 A; 1UG1 A; 2CSQ A; 4HVU A; 2FO0 A; 5FWC A; 2BZY A; 2RQW A; 2K79 A; 2DL5 A; 1X2K A; 2KXD A; 1VYU A; 1RI9 A; 2O88 A; 2JW4 A; 1PRL C; 4Y92 A; 2LZ6 B; 4ESR A; 1ABQ A; 2LNH B; 3TVT A; 1IO6 A; 3THK A; 2W0Z A; 1U5S A; 2KYM A; 2V1Q A; 4HXJ A; 2DX1 A; 1T3S A; 1G83 A; 2EKH A; 2K2M A; 2EYX A; 2KEA A; 1UHF A; 2KR3 A; 2GTJ A; 2FG0 A; 2DE0 X; 2DM1 A; 2C0I A; 1T3L A; 4GBQ A; 5IHN A; 2RQT A; 2QDL A; 4OMQ A; 4J9C A; 3U23 A; 3IQL A; 2C0T A; 1GBQ A; 3UA6 A; 3VS4 A; 1AOJ A; 2X3W D; 1WXU A; 1WI7 A; 2L0A A; 3H0H A; 4GLM A; 3M0Q A; 2LP5 A; 4AFS C; 1HD3 A; 1RUW A; 4RTU A; 1PKS A; 2JTE A; 4WCI A; 3I35 A; 4Z89 A; 1J3T A; 3NHN A; 2CH4 A; 2A37 A; 2KRN A; 1WDX A; 1W70 A; 2ROL A; 1OV3 A; 3M0U A; 1BK2 A; 2I0N A; 1ZUU A; 2HBW A; 2CT3 A; 3VRZ A; 2DF6 A; 3VRY A; 1KJW A; 2J6O A; 1BB9 A; 2O31 A; 2RN8 A; 1QKW A; 2KYB A; 5EC7 A; 1AZG B; 4AFQ C; 1V1C A; 2DL7 A; 1GCQ C; 4Z8A A; 2D0N A; 3CQT A; 5I22 A; 2GBQ A; 4JPB W; 2CSI A; 2DL3 A; 2H8H A; 2GGR A; 4ZNX A; 1WXT A; 1H92 A; 2VKN A; 2L2P A; 1UUE A; 1UHC A; 4RTT A; 3TSW A; 3PE0 A; 1M3A A; 1GRI A; 4X1V A; 1H8K A; 4IIM A; 2RQU A; 2VVK A; 1K9A A; 1OPL A; 2DMO A; 2DL4 A; 1SPK A; 4M4Z A; 2ED0 A; 2OAW A; 2JT4 A; 2LJ0 A; 4JJB A; 2JM9 A; 1X6B A; 2EYZ A; 2RF0 A; 3QWX X; 5FWB A; 4RTY A; 1PWT A; 2K3B A; 1UTI A; 1UGV A; 1UJY A; 5HCK A; 2EQI A; 1Z9Z A; 1JO8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K8A C; 3EHQ A; 1GL5 A; 2A3L A; 4ME7 A; 1M30 A; 2IIM A; 4C92 F; 1X2Q A; 2RPN A; 1K73 R; 1N6A A; 3PVL A; 5FU7 B; 1TH7 A; 4QVC A; 4BI8 B; 2RNA A; 5GMK h; 2COW A; 2GNC A; 2EPD A; 3FJP A; 1NYG A; 3MJX A; 2PTK A; 1QCO A; 1D1B A; 2AT1 B; 2KT1 A; 2NUP B; 4DQ2 A; 2MAM A; 1HYO A; 3CCQ Q; 2DXT A; 5KYN A; 1KK7 A; 4AFZ C; 1G3W A; 4M7A C; 3OYH A; 5IXF A; 1AWX A; 5GAM f; 2HL5 C; 4V2S A; 3HTR A; 9ATC B; 3EG2 A; 3ULR B; 3G6E Q; 3OYD A; 1B3Q A; 3CCJ A; 5IH2 A; 2MWO A; 3OYF A; 4BDZ A; 3QDF A; 1FMW A; 2JM8 A; 2X3X D; 1M27 C; 2LVM A; 2DLP A; 1RAA B; 3H9N A; 3DLM A; 3RER A; 5GAM j; 3ZBD A; 5D7U A; 2X4J A; 1ZSG A; 2YWW A; 3PVQ A; 2FZC B; 3OQ5 A; 3L2R A; 3CCV A; 1VQK Q; 1OX8 A; 2B8A A; 2PNI A; 2QQR A; 2E5K A; 3H41 A; 1KQ2 A; 1HJD A; 4C92 E; 3C94 A; 4DBQ A; 2DVE A; 4HVW A; 2MIO A; 2LQW A; 1VQM T; 4J9B A; 1YFN A; 4L5G A; 3FEO A; 4HVV A; 3VYG A; 5KYU B; 3MP6 A; 3KUF A; 3OS5 A; 2QQ9 A; 3WVE B; 1YIT Q; 1C1A A; 4ZTJ A; 2F2V A; 1SHF A; 1UDL A; 4QT7 A; 3GNF B; 3EG9 A; 4PK4 A; 1LPL A; 2EW3 A; 2CP2 A; 1VQ8 Q; 3I9Q A; 4LD6 A; 3DB3 A; 5LJ5 g; 1SHG A; 1H3Z A; 1M2O A; 2YLC A; 2VGM A; 1YIJ A; 1QVG S; 1WX6 A; 2OAU A; 4CC2 A; 1KQS P; 3V7S A; 4J9D A; 4MZM A; 2RHU A; 5CQY A; 1M8M A; 2EQM A; 5IN1 A; 2RJE A; 1WNL A; 2CZ7 B; 3QPH A; 1JJ2 A; 1IHW A; 2BZ8 A; 1WJS A; 4OMN A; 1VQ9 A; 1F1B B; 2P4R A; 2JNG A; 2CKK A; 1AHJ B; 4KUI A; 2YRD A; 5AT1 B; 1HK9 A; 2IG0 A; 2KE9 A; 2BZX A; 2V8K A; 1VA7 A; 3INZ A; 4RCC A; 3L2W A; 5KYY B; 4XTU A; 1NPR A; 2NUP A; 3JCM g; 1U06 A; 5M9O A; 1PKT A; 4ATO A; 4OGC A; 1AVZ C; 4MMK A; 2AZS A; 1PRM C; 4QVD A; 1DJ7 B; 1YJ9 Q; 3LW5 E; 2VXF A; 5KYX B; 4BB7 A; 4LDU A; 4F7U E; 1VQN Q; 2HDA A; 1VQ5 A; 2G6F X; 2YUQ A; 3I56 Q; 4JJC A; 4QKU A; 2DIQ A; 2RHX A; 3EGX B; 4DEY A; 3G71 Q; 2KT8 A; 2F5K A; 4BI4 A; 3CPW P; 1K0X A; 4F17 A; 1BCO A; 4BY6 C; 2LQN A; 2EKO A; 2JMA A; 3LWI A; 3NTK A; 4JS5 A; 5IHK A; 1M1K C; 2EGA A; 1K8A R; 3EG0 A; 1QVG A; 2JS0 A; 2QTX A; 1CKA A; 3OYY A; 2QEX Q; 4O6J A; 3VS7 A; 2K57 A; 5LJ5 h; 1NM7 A; 1BYM A; 5GMK i; 5GAO l; 3DLL A; 3VS2 A; 3MEA A; 1WXB A; 3R6O A; 5A0L A; 1GFC A; 3CD6 A; 1TUD A; 3CCL Q; 4FCY A; 2JXB A; 2JUF A; 3GPL A; 2DFU A; 4XTX A; 2DO3 A; 1RAG B; 4Z88 A; 2RH2 A; 3I5R A; 2LTO A; 1AEY A; 3CC2 T; 2YUO A; 4ZN1 A; 1RI0 A; 2O2O A; 5GAN 5; 1ZX6 A; 4N0A C; 2DVJ A; 1YP5 A; 3CCR T; 1OEB A; 2FRW A; 3X20 B; 4HT9 A; 3JCM d; 4AMC A; 4C0F A; 3M4Y A; 4M7A G; 2KBT A; 4RG2 A; 1OYX A; 1I5L A; 1ZSZ B; 2DL8 A; 4M7A A; 5FWC A; 3X24 B; 2FVU A; 2K79 A; 3OS0 A; 1MMD A; 4C0G A; 2KXD A; 3OS2 A; 4M77 G; 2JW4 A; 4HKE A; 2LZ6 B; 4M77 A; 1SKU B; 1WPY A; 5KE2 A; 3TVT A; 1YJW T; 1IO6 A; 4EMG A; 4C5H A; 3VV0 A; 2W0Z A; 5GMK e; 2YRC A; 5KYY A; 1T3S A; 2FZK B; 3FC3 A; 3DKM A; 1UHF A; 2F69 A; 2KR3 A; 2FG0 A; 3SB2 A; 1QP2 A; 4M7A F; 1YI2 Q; 2XID A; 3S6W A; 5GAN g; 3G4S Q; 4PJN A; 2C0T A; 3OYJ A; 4FL6 A; 2E70 A; 5CO7 A; 4M77 F; 5KYX A; 1WI7 A; 2L0A A; 3H0H A; 4XU1 A; 4M78 C; 4AFS C; 2YLB A; 4RTU A; 4MZT A; 4FU6 A; 1PKS A; 3JCM X; 2JTE A; 4WCI A; 2RHZ A; 7AT1 B; 3PIO A; 2AIR B; 3CBO A; 2A37 A; 2KRN A; 1YHQ Q; 1RAI B; 2BE7 D; 1P92 A; 4E7S A; 3CCS Q; 3GP8 A; 3G6E A; 3M0U A; 3JCM P; 3N5B B; 4IUU A; 2I0N A; 2XK0 A; 3BE3 A; 2JOY A; 2DF6 A; 3VRY A; 1KJW A; 2J6O A; 3MHX A; 5FU6 C; 2KYB A; 4ZN3 A; 4L6V 5; 2MI6 A; 4AFQ C; 4OP0 A; 1Y71 A; 3L1A A; 1GCQ C; 4M75 C; 4Z8A A; 2ZPI B; 2HL3 A; 2GF7 A; 5D6W A; 2DL3 A; 2LQK A; 3CC4 T; 2H8H A; 1H64 1; 2GGR A; 4ZNX A; 3LX7 A; 5DY9 A; 4E2F B; 1TWB A; 3QZ9 B; 1VQK A; 3QYG B; 1UHC A; 1VQ7 Q; 5GAN 7; 1QVP A; 3BY7 A; 3PE0 A; 1H8K A; 2P0K A; 4IIM A; 2CS7 A; 4E7Z A; 2KQW A; 1WJQ A; 4KUD K; 1VQ6 Q; 1U8R A; 1K9A A; 1OPL A; 2DMO A; 3E9F A; 4E7H A; 2DJZ A; 4DBF A; 3JB9 I; 2LJ0 A; 2HKQ B; 1C6V X; 2ZCF B; 1JJ2 P; 4M7A E; 2RF0 A; 3SWN B; 1PC0 A; 5FWB A; 1YIT A; 2D6F A; 1UJY A; 1Z9Z A; 1WHJ A; 2RHY A; 2EFI A; 2LCS A; 1VQ8 A; 3M9Q A; 4FW2 A; 2OJ2 A; 5GMK l; 4RTZ A; 2QA4 Q; 4JLI A; 3QJ6 A; 4DA4 A; 1XOV A; 3R6N A; 4BAC A; 5GAN h; 2Z0W A; 2E4H A; 2CP6 A; 2KI7 A; 4PJJ A; 4CI0 C; 1ZHI A; 3CME Q; 1WQ7 A; 2HKN A; 3EFS A; 2R58 A; 4C8Q B; 5LJ3 f; 4FM4 B; 2HSP A; 2DBM A; 3NTI A; 3UAT A; 4C8Q D; 4JZ4 A; 2OTJ Q; 1ZBJ A; 4BD3 A; 1M1K R; 4LUD A; 3RKX A; 1QLY A; 1E6G A; 1Y7X A; 2HSE B; 1PG5 B; 4DBR A; 2LRQ A; 1QCN A; 2MCN A; 4B9X A; 8AT1 B; 2YUN A; 1QWE A; 1HXD A; 2X4W A; 2O9S A; 1JXM A; 3MO8 A; 5FU7 C; 3VS1 A; 4XU0 A; 3O5Z A; 2WSC E; 2XHC A; 1KFZ A; 3MP1 A; 3OBY A; 1QVG P; 3CCE Q; 3A8O B; 3CC7 Q; 1YJ9 A; 3MKD A; 1QQJ A; 1KC8 U; 2ZPB B; 1Q81 R; 1NLO C; 3GF5 A; 1VQN A; 4F14 A; 1I8F A; 3I56 A; 3M54 A; 4X9D A; 2ENM A; 1BU1 A; 3OA6 A; 3EH2 A; 3JRZ A; 1JXO A; 3V7R A; 4N0A A; 2M9U A; 1OU8 A; 3EG1 A; 3OSV A; 1I81 A; 4B9W A; 3UWN A; 4EMH A; 2QI2 A; 2BTT A; 1VOM A; 2OTL T; 5GAO p; 5LJ5 e; 2K9G A; 4OML A; 1H3H A; 5DM7 R; 1B34 A; 4FT2 A; 1PSF A; 5I11 A; 1WIE A; 1Y96 B; 3JB9 J; 3VYH B; 2DAQ A; 3OYL A; 1Q81 U; 4F16 A; 4E6R A; 2K7A A; 3HL8 A; 2QEX A; 1YJN Q; 1BIB A; 2LCL A; 4ELZ C; 4C0D B; 2KGT A; 3CCL A; 4OF1 A; 2FPF A; 3UF4 A; 4J9G A; 3RUX A; 1X69 A; 4PFZ A; 5FW9 A; 3RKY A; 3SWN A; 4QQG A; 2QGG A; 2L8D A; 2HBP A; 5GAM g; 5GJW B; 2OI3 A; 2RD1 A; 1UGS B; 1W2B S; 2RHI A; 2QQB A; 1M2V A; 1RL2 A; 5KCH A; 1S72 Q; 3JCM e; 4LXC A; 4EMK B; 1SRM A; 1B7T A; 4LN2 A; 2DA9 A; 5HK0 A; 4EDU A; 4A54 A; 3UPU A; 5CVI A; 4LDW A; 2JMC A; 5C6S A; 4M78 G; 2KRS A; 4M78 A; 2MK5 A; 4N4H A; 4D8D A; 4ZGD B; 4C8Q G; 5J26 A; 2D8J A; 2E1H A; 3I55 T; 4C8Q A; 1VQ4 T; 3NMZ C; 5CK9 A; 3HSB A; 5CIU A; 1VQO Q; 5IT9 E; 1ZUY A; 3VU3 C; 2COY A; 2NUT B; 4Y28 E; 4CC3 A; 2DJQ A; 1I1J A; 4E7L A; 2M0O A; 4M75 G; 2KRO A; 1TUG B; 1E6H A; 1GCQ A; 4CRI A; 4M75 A; 2PVO B; 2AKL A; 3X26 B; 2ZGW A; 3EG3 A; 4M77 C; 4O5V A; 2F2W A; 2RQV A; 1X43 A; 2DBK A; 4C5E A; 3JAM E; 4M78 F; 4M7D E; 2O4X B; 2EYQ A; 1YI2 A; 4DOW A; 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