The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GSSGSSGEPVLCSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Solution structure of the zf-Sec23_Sec24 from human Sec23A
rcsb |
| molecule keywords |
Protein transport protein Sec23A
|
| total genus |
5
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04810 | zf-Sec23_Sec24 | Sec23/Sec24 zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Zn-finger domain of Sec23/24 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M2O A; 3EH1 A; 1M2V A; 3EG9 A; 5KYY A; 5KYU B; 3EGX B; 5KYN A; 5KYW A; 2NUP A; 3EFO A; 3EGD A; 2NUT B; 2QTV A; 1M2V B; 3EG9 B; 2YRC A; 5KYY B; 5KYW B; 5KYX A; 1PD0 A; 3EFO B; 1PCX A; 2NUP B; 3EGD B; 3EH2 A; 5KYU A; 3EGX A; 2YRD A; 1PD1 A; 2NUT A; 5KYX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5J26 A; 2JTF A; 4A63 B; 5EG2 A; 1UDL A; 3OYF A; 4KGV B; 4MZM A; 4XTX A; 3C4S A; 2YXY A; 5DLO A; 1X6G A; 2RQT A; 5HK3 A; 4R56 A; 2K2M A; 4CC2 A; 4N4I A; 2LJ1 A; 1XOV A; 2MF2 A; 1BI3 A; 1QQJ A; 4XK8 E; 4BDZ A; 4C0D C; 4OB2 B; 1VQP T; 2KT1 A; 1OUL A; 1ZHI A; 3CPF A; 3I5S A; 4C5E A; 2ENM A; 4JLI A; 1FX7 A; 2YRC A; 2HCK A; 2CH4 A; 2DRM A; 4M4Z A; 2OTL Q; 1GL5 A; 1QVG S; 3VRY A; 1MV3 A; 4DA4 A; 2OAU A; 1WXT A; 3FLG A; 1SF9 A; 2KI7 A; 1K76 A; 2NUP A; 4QKU A; 5LJ5 h; 3OMC A; 4M7A B; 2DM1 A; 4KRT A; 3TEE A; 1G2B A; 2O31 A; 1WX6 A; 2KEA A; 3RKW A; 3OY9 A; 4ZTF A; 4NL3 A; 3M59 A; 4M7D G; 2WSC E; 2FB7 A; 5EC7 A; 1D09 B; 4BI4 A; 1CKB A; 4M78 B; 2YLC A; 1KG1 A; 3N5B B; 2K5F A; 2XIC A; 3LWI A; 3JCM V; 1T3L A; 3A98 A; 4M7D D; 2PVD B; 3H0H A; 1M8V A; 2MWO A; 2DBK A; 3CCM A; 2XD0 A; 1P92 A; 1NYF A; 1AWX A; 1SRM A; 3DLM A; 3G6E A; 1IHV A; 2ED1 A; 2CUB A; 4RMO A; 2DL5 A; 1TXQ A; 2RJE A; 3P8B B; 2E70 A; 1VQ8 A; 1ZUY A; 1JO8 A; 5FW9 A; 3HKS A; 5KYW A; 1VQ7 Q; 3G71 Q; 2WSE E; 3M55 A; 4C8Q A; 3O5Z A; 2RHZ A; 4M75 F; 5CAI A; 1JU5 C; 2CSI A; 2DZC A; 3CCV A; 1R0C B; 1M30 A; 3VUZ A; 1NJI U; 1PD1 A; 4E2F B; 3OA6 A; 3QZ5 B; 3CPW A; 5IHI A; 1G5V A; 1C1A A; 3G7Z A; 4FYW B; 2X4X A; 2FPE A; 2QEX A; 2XDB A; 3OBY A; 4A4E A; 2KRN A; 2QQS A; 3HFO A; 4CI0 C; 2M9U A; 4M77 D; 4QQG A; 4C0Z A; 1MMD A; 2JVV A; 1HXD A; 2MK5 A; 2EBP A; 1Q82 U; 1SPK A; 3H6Z A; 3JCM J; 2RM4 A; 2YSQ A; 3ZL7 C; 3PE0 A; 1TWB A; 1IO6 A; 3I55 A; 3A8O B; 5GAO n; 3CCL Q; 1TOV A; 1BYM A; 1W2B A; 2DZ9 A; 2X4J A; 2M02 A; 1F1B B; 1PHT A; 1ACM B; 4E7Z A; 1YIJ A; 2Z0W A; 2MIO A; 4JJN K; 4EDU A; 1A0N B; 1QP2 A; 3PMT A; 1CKA A; 2GFU A; 1UFF A; 1WA7 A; 4NL2 A; 1K0S A; 3T9N A; 1C0M A; 2GF7 A; 2EJF A; 2RI2 A; 1ZBJ A; 4B9W A; 5AT1 B; 4ESR A; 4PJO F; 2EGA A; 1TUD A; 1IZ6 A; 3CC4 A; 1G8X A; 2PZ1 A; 5IAY A; 5ECA A; 2E1H A; 1C6V X; 2PVO B; 8ATC B; 1Q81 U; 2ZPB B; 1QCF A; 3OYH A; 4C92 A; 2X9H A; 2E65 A; 2DA9 A; 2QQ9 A; 3RIR A; 2E5K A; 4GY5 A; 1QMC A; 4M7A G; 3CC7 Q; 1ZX6 A; 2XID A; 1VQN Q; 3QJY A; 2KGT A; 4DEY A; 4JS4 A; 1LNX A; 4YTL A; 2E3H A; 4HCK A; 3M5A A; 1ZLM A; 1UHC A; 2BKD N; 2KYM A; 4FW1 A; 3DB3 A; 1YCY A; 3OQ5 A; 5D6Y A; 4M78 G; 2F2W A; 1YHQ Q; 4A4K A; 2CYZ B; 2KT8 A; 4MDW A; 2RNA A; 1J3T A; 1FMK A; 1R77 A; 3EG3 A; 5LJ5 g; 2F5T X; 1VYT A; 2D6F A; 1B7T A; 4M78 D; 4PK4 A; 3RNJ A; 1VQ6 A; 1MHN A; 4J9I A; 2L89 A; 4LXC A; 3GP8 A; 1NJI C; 1PRL C; 1UB4 A; 2EAY A; 2V8K A; 3UAT A; 3OW2 P; 3FRN A; 3VYH B; 2B86 A; 4M75 C; 1I07 A; 2EIF A; 1NJI R; 5A0L A; 3PT9 A; 3QDR B; 2B8A A; 5GAN h; 1JJ2 A; 2RHX A; 1RI0 A; 1Q82 C; 4LDW A; 2XG8 D; 1D0Y A; 1T0J A; 2L3P A; 1AWJ A; 5CKD A; 1Q82 R; 1KSW A; 2COW A; 5FRM A; 2DD5 A; 2FVU A; 2OAW A; 3M54 A; 2LT4 A; 3UA7 A; 4RTZ A; 2KE9 A; 2M1H A; 1NPP A; 4J8O A; 1OOT A; 3I56 A; 4F04 B; 5KCO A; 4DOV A; 1K9A A; 1VQ4 A; 1BBZ A; 5IXB A; 1X69 A; 2RMO A; 1SG5 A; 4ELZ C; 5LJ3 d; 1GBQ A; 2YUQ A; 3QPH A; 1M3C A; 1VQ8 T; 4C0G A; 4F16 A; 1KQS S; 3E2U A; 2K6D A; 3RKY A; 1PKT A; 1LOJ A; 4JRK A; 4EMK B; 1Q81 C; 3G1J A; 3JB9 G; 3JCM h; 2F5K A; 4C8Q F; 3CD6 T; 4BE0 A; 2A28 A; 2JM8 A; 2FZK B; 3CCV T; 2HAX A; 3MKD A; 1Q81 R; 3GLX A; 3HL8 A; 3CCE A; 4ANJ A; 3PVQ A; 1FWZ A; 3CCS A; 4NOY A; 1B07 A; 2QEX T; 1Y07 A; 2CP3 A; 1H8K A; 3CCR T; 4RCB A; 3J81 E; 2K57 A; 2A37 A; 1PC0 A; 4HVW A; 1X2Q A; 3BFM A; 1RAA B; 2KRM A; 3Q1J A; 4RG8 A; 3MJX A; 3CMA T; 1VQO A; 4XQ3 A; 3E9F A; 2GNC A; 3I55 T; 3A5Z B; 3FJP A; 5FU6 B; 1V29 B; 5CQY A; 2EFI A; 1VQM A; 5HKC A; 5LJ5 e; 1PCX A; 1V76 A; 1G3S A; 1PM3 A; 2OJ2 A; 5KCH A; 2LMJ A; 2WAC A; 1YIJ T; 2KSS A; 3L1A A; 1K73 U; 5GJV B; 3M56 A; 1WHK A; 3CCU Q; 2IPO B; 2I0N A; 4RTY A; 1JQQ A; 2QG9 B; 1H64 1; 2DYI A; 2QI2 A; 5KYY B; 1X75 C; 3GBQ A; 3LGL A; 3X25 B; 2PU9 B; 3ER0 A; 4KGZ B; 5AYF A; 3JB9 H; 1YJ9 T; 4N0A C; 2L2P A; 1NG2 A; 5CIU A; 3ULR B; 4OB3 B; 1PG5 B; 2ROT A; 3QWY A; 1BI1 A; 4IIM A; 3EGD A; 3JRZ A; 4C92 F; 4RUG A; 1RLP C; 2LJ3 A; 1I81 A; 2OTL A; 2VKN A; 2LC4 A; 3I9Q A; 1FXX A; 4J9F A; 3FJ5 A; 4J9B A; 3TRE A; 2A7Y A; 3JCM P; 2C0I A; 2VXF A; 5I21 A; 1TS9 A; 1BIB A; 1YI2 A; 4LN2 A; 5GAN g; 3UPU A; 2QTV A; 4CRI A; 2D8H A; 3UWN A; 3UA6 A; 4M7D E; 3HSB A; 3CXC A; 2JM9 A; 3M57 A; 1VQ6 T; 1SHG A; 2E6N A; 4JPB W; 2DK3 A; 2QGF B; 1M1F A; 4M7D C; 1MMA A; 2RA2 A; 1MMN A; 4LDY A; 4KUL A; 2BE9 B; 3NTH A; 5KH6 A; 1N6A A; 2PNI A; 2V26 A; 3LLR A; 4C8Q C; 1B34 B; 5DM7 R; 3R6O A; 2O4X A; 4IIO A; 2OTJ Q; 2HMA A; 3LGF A; 3MO8 A; 4J9C A; 4FYV B; 2XKO C; 2JS0 A; 1CSK A; 2DL7 A; 5I22 A; 2CRE A; 3G71 A; 4X9D A; 3VS1 A; 2LX7 A; 4PJL A; 4BI8 B; 1NPR A; 3OW2 A; 2YT6 A; 1YJN Q; 2HL3 A; 3M58 A; 1BCM A; 4LD6 A; 1QVG A; 2RB6 A; 4FCY A; 3RDV A; 1K8A C; 2KNB B; 3HFN A; 2X4W A; 3WVD B; 4BI3 A; 5FWC A; 1QWF A; 3I56 T; 4ZGJ B; 3OSV A; 1EZZ B; 3QWX X; 3JCM g; 1VQ4 T; 3PFS A; 4M77 C; 1O9S A; 2F2X A; 1QVF S; 3A8L B; 3WXM B; 3G4S Q; 4ELY C; 2LQ8 A; 4J6Y A; 2EYX A; 3L2Q A; 2QAS A; 1GRI A; 1WYX A; 2FL7 A; 5GMK l; 2DXU A; 4KBM B; 2X3W D; 3CBM A; 3NTI A; 4AFS C; 4UC4 A; 1AD5 A; 5M9O A; 1BIA A; 3E1S A; 2O2O A; 3VS3 A; 4OMP A; 1LJO A; 3SWN B; 1X6B A; 1K9M U; 3CCL A; 3UDC A; 1Z9Q A; 2YHT A; 3MEW A; 5GAM h; 1HD3 A; 2HDA A; 3CCE T; 1U5S A; 4HT9 A; 3OB9 A; 5CVI A; 2ABL A; 5KYX B; 3MP6 A; 3CCS T; 4BE1 A; 3OBW A; 2V8J A; 1PSE A; 2DVJ A; 3MP8 A; 5LJ5 f; 2DL8 A; 1MMG A; 4XTY A; 2P84 A; 1NM7 A; 5GAO l; 5GMK e; 4OMF B; 5GMK j; 2DJQ A; 5D6X A; 4BAC A; 1ZSZ B; 1KHC A; 1RL2 A; 3NTK A; 5D7U A; 4V2S A; 1VQO T; 3EG2 A; 2RQU A; 1SKU B; 1LVK A; 3PMI A; 1YJW Q; 1UUE A; 4F7U A; 1Y71 A; 2FRY A; 1MGQ A; 5GAN e; 1M1G A; 1VQM T; 2CSQ A; 4PFZ A; 1BCO A; 1E6G A; 3V7R A; 1AHJ B; 1WHM A; 3EFO A; 4J6W A; 2O9S A; 3INZ A; 1ARK A; 2YUN A; 2CP5 A; 3CC7 A; 1VIE A; 4E7L A; 4M7A E; 1VQN A; 3M4Y A; 4PLL A; 4OMO A; 2HL5 C; 1VQK Q; 2RPN A; 2FPF A; 2XU8 A; 3H41 A; 3H0I A; 1QKW A; 2DFU A; 1N9R A; 4M78 E; 3X20 B; 1YHQ A; 1NLP C; 3JB9 I; 1JJ2 P; 4IUP A; 4VUB A; 2LDM A; 3VKI A; 2DIQ A; 1RAE B; 2QGG A; 3LH0 A; 4M78 C; 4JS5 A; 1UGR B; 3JCM b; 3REA B; 4E7S A; 1AWO A; 2K3Y A; 4DBR A; 3EAE A; 1VQP Q; 2JZ2 A; 2PVG B; 3DB4 A; 4E7K A; 4N0A A; 1WGS A; 3QUI A; 5I2M A; 1BI0 A; 4ME7 A; 4XU1 A; 4C92 B; 3CCJ Q; 2OTL T; 4GLM A; 4IUU A; 1QVP A; 2BZX A; 1RAC B; 2G3R A; 2D0N A; 3H8Z A; 2GQI A; 2NUT B; 1PKS A; 4J5Y A; 2E64 A; 2M16 A; 2JJ9 A; 4ORZ A; 1OYX A; 4N4H A; 1VQ5 Q; 2Y90 A; 4DBF A; 1YI2 T; 2LVM A; 9ATC B; 3FC3 A; 4MML A; 2EKO A; 1MNE A; 2GFA A; 4F17 A; 1QP3 A; 2VVK A; 2H3J A; 2D0Q B; 2VUB A; 4XTW A; 4C0D B; 2YUO A; 1M8M A; 1M90 U; 2DTH A; 5CK9 A; 2D1X A; 2ZPH B; 5LL6 S; 1OEB A; 1W1F A; 4ZGD B; 1JEG A; 3J80 E; 4JZ3 A; 1UE9 A; 3MCA B; 2BE7 D; 2EGE A; 4MMK A; 4BDY A; 4M7D A; 4FT4 A; 3ASK A; 1W70 A; 1I8F A; 1VA7 A; 2JTM A; 1KC8 U; 2DRK A; 2A36 A; 2DLP A; 1OZ2 A; 3JSC A; 4PLI A; 2AT1 B; 3OYN A; 1D1B A; 4A4F A; 1KFZ A; 3NMZ C; 4MZP A; 2P0P A; 2LZ6 B; 1PSF A; 3VRZ A; 1AEY A; 1I5O B; 2ZGW A; 2LJ0 A; 1KJW A; 5J3B A; 1X43 A; 1WHJ A; 2FHD A; 2LQN A; 2ZCF B; 2BTT A; 3SFM A; 2AKL A; 2KXD A; 1BKB A; 3E9G A; 3EG9 A; 1M1K U; 2DEU A; 4OF1 A; 2R58 A; 5GMK m; 3VS2 A; 5GAM g; 4BB7 A; 2EQI A; 2K7A A; 5L8R E; 4XU3 A; 1YCS B; 5LJ3 h; 2ZPF B; 3MP1 A; 1TSF A; 2MYS A; 1YN8 A; 4M77 A; 3SHW A; 2EJG A; 2HBW A; 1YP5 A; 1WFW A; 1RAG B; 4J9D A; 3NGP A; 3CCL T; 1RAF B; 3SB2 A; 4LUE A; 2HSE B; 2O88 A; 2DBM A; 1W4S A; 1VQL Q; 4RKU E; 4IUQ A; 1BB9 A; 3RBB B; 4DBH A; 2LRQ A; 1TTH B; 3S3O A; 3CBO A; 1MND A; 5GAN f; 4L6V 5; 2KVQ G; 2CP7 A; 3CCU A; 4Z88 A; 1YIT Q; 2GTO A; 1KQS A; 1JRI A; 1KHI A; 1WNL A; 2XDD A; 3OYM A; 2KXC A; 1RAH B; 3C0C A; 5A0D A; 1S1N A; 2KR3 A; 3M0Q A; 4K11 A; 4C92 G; 2C0T A; 3MPU B; 2P0Q A; 2ZPE B; 4JRP A; 2DAQ A; 2K2V A; 1D3B B; 2XDP A; 2VAS A; 2QA4 Q; 3TCJ A; 2EWN A; 4A4H A; 2V1Q A; 1EX4 A; 5FU7 C; 4F7U F; 1Q7Y U; 4J9E A; 4GLK A; 5FLX E; 5GAO p; 3CXC P; 1BK2 A; 1M90 C; 3KXT A; 1GCQ C; 1AOJ A; 3CC7 T; 1VQN T; 5CKE A; 3ZEH A; 3JCM X; 1M90 R; 2CKK A; 2KRO A; 1PRM C; 2CZ6 B; 2IIM A; 2JUF A; 4M7A D; 1KC8 C; 3HHT B; 5HY6 A; 2YUP A; 1YHQ T; 2PTK A; 1KC8 R; 3IQL A; 5LJ5 d; 3JCM f; 3THK A; 3E19 A; 1D1A A; 1OU9 A; 3CBP A; 1WHG A; 3A8H B; 2KMT A; 2RH2 A; 1N8R U; 1QVG P; 4M78 A; 4HKE A; 1BU1 A; 1UGS B; 2HKQ B; 3HRT A; 4FSX A; 4Z02 A; 2J6K A; 3H0F A; 1D0Z A; 3KUF A; 4FIB A; 5GAM e; 3OYK A; 2DYB A; 1HSQ A; 1WIE A; 3DKM A; 1VQ9 Q; 4F14 A; 2G6F X; 3S6W A; 1LCK A; 3RMS A; 2FZC B; 1M2V B; 2I2L A; 3URG A; 2KY9 A; 1FMW A; 3C95 A; 4DEX A; 1V1C A; 3CPW S; 5D6W A; 1YWO A; 3CME Q; 2RI3 A; 1YJN A; 5GAN 2; 2P0K A; 1UHF A; 4E6R A; 4E47 A; 3TQ7 P; 4IUT A; 3SDZ A; 4JJB A; 4BY6 B; 2ZPI B; 2FPD A; 3LX7 A; 2HEQ A; 3CCM T; 2LCL A; 3EGU A; 1AZE A; 1S72 Q; 3VS7 A; 2DTI A; 3G6E T; 3EFR A; 3CEY A; 5KE2 A; 4KH0 B; 3G4S A; 1Y7X A; 4E7H A; 4M7D F; 2O4X B; 2LQK A; 4ZN1 A; 2DTO A; 2RJC A; 1W2B S; 3VYG A; 2OI3 A; 2J6F A; 4M75 B; 3EFS A; 1Q7Y C; 3BE3 A; 3CCQ A; 5LJ3 g; 1VOM A; 3X26 B; 4ZTJ A; 4PJJ A; 3RR6 A; 2DEQ A; 2GGR A; 2RJF A; 3QXE B; 1Q7Y R; 2GBQ A; 2O01 E; 3JB9 D; 2EQM A; 1TUG B; 3U23 A; 2QAZ A; 1H92 A; 2ATC B; 2QK0 A; 3CD6 Q; 3CC2 Q; 3QJ6 A; 2FG0 A; 4EMG A; 4NS5 A; 4BE2 A; 3X28 B; 3EGX B; 1U06 A; 4J6X A; 3GNG A; 3RER A; 1N9S A; 2M51 A; 2OX7 A; 4HVV A; 4J9G A; 1R0B G; 4M77 F; 4XAX B; 3CCR Q; 1YJW A; 2DKG A; 2W10 A; 1EFN A; 1HJD A; 1K4U S; 3EH2 A; 4WCI A; 5LJ5 j; 4JJD A; 2LT1 A; 1GXI E; 4D6W A; 4PNO A; 1QVF A; 2V1R A; 1WXB A; 3CMA Q; 5KYU B; 2ROL A; 1RI9 A; 1R8O B; 3V7C A; 4FT2 A; 4C5I A; 3CCU T; 4AG2 C; 2X4Y A; 2DE0 X; 2LTO A; 2D9T A; 1VQK A; 4XU2 A; 1X2K A; 4PJO B; 3OS5 A; 1JXO A; 3CC4 T; 5CKH A; 2QQA A; 2RI5 A; 1QCN A; 2K3X A; 2VB6 A; 4WTO B; 4ZN3 A; 3OYB A; 4D8D A; 1U1S A; 2JNG A; 3ZFJ A; 4ZNX A; 4RTW A; 4F7U B; 4LUD A; 4PJN A; 3M0P A; 4L59 A; 1YJ9 Q; 3QSU A; 3M9Q A; 1SRL A; 5GAO r; 3CCJ A; 3EFO B; 3OYC A; 4IUR A; 3C94 A; 2HQH A; 1QLY A; 3BDU A; 5CR2 A; 2EYQ A; 2CP6 A; 3HPW A; 2R5A A; 2CDT A; 3PIO A; 4RTU A; 2RK2 A; 1GCQ A; 2K3B A; 2JW4 A; 3A8G B; 3TU4 K; 1WQW A; 5GAN d; 1VQ5 A; 2YWW A; 4DQ2 A; 1FMV A; 2PQW A; 3S3N A; 5GAM f; 2HKN A; 3LW5 E; 4X1V A; 3QKJ A; 2X51 A; 5GAN 7; 2SRC A; 2SEM A; 1M2O A; 3UF4 A; 1T3S A; 4M78 F; 2L3R A; 3D7S B; 4FU6 A; 3OYA A; 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