The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
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| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YI2 Q; 3CC2 Q; 3OW2 P; 1K73 R; 1QVF P; 1YHQ Q; 1N8R R; 3CME Q; 1K8A R; 3CCM Q; 1JJ2 P; 3CCS Q; 3CCV Q; 1VQ7 Q; 1YIJ Q; 3CXC P; 1M90 R; 3CCE Q; 1YJ9 Q; 3CCR Q; 3I55 Q; 3I56 Q; 1NJI R; 3CC7 Q; 3G6E Q; 3CCJ Q; 3CCL Q; 1YJW Q; 1M1K R; 1K9M R; 3CD6 Q; 2OTL Q; 1VQ5 Q; 1KQS P; 1VQ9 Q; 1W2B P; 1Q86 R; 3CC4 Q; 3CCU Q; 1VQ4 Q; 1VQL Q; 3CPW P; 3G4S Q; 1VQM Q; 2OTJ Q; 1VQP Q; 3G71 Q; 1YIT Q; 1Q81 R; 1KC8 R; 1Q82 R; 2QEX Q; 1KD1 R; 2QA4 Q; 1VQO Q; 1VQN Q; 3CCQ Q; 1VQ6 Q; 1YJN Q; 1S72 Q; 1VQK Q; 1QVG P; 1Q7Y R; 3CMA Q; 1VQ8 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BK2 A; 1NPP A; 3WXM B; 4OP0 A; 1I4K 1; 2CUD A; 3EFR A; 1M3B A; 2LJ1 A; 2RJC A; 1GCQ C; 1K8A C; 1GXI E; 1W2B A; 2ECZ A; 4HVW A; 2QEX T; 1W2B P; 3HRS A; 3NPF A; 3OS1 A; 1RAF B; 2K2V A; 3I5R A; 4DOV A; 2CZ0 B; 4J9E A; 1B34 A; 3DLM A; 1VQP A; 3FC3 A; 4LD9 K; 2BZX A; 3MEW A; 3MJX A; 4NOY A; 4QT7 A; 2L3Q A; 2NUT A; 2HQE A; 4FSX A; 1HJD A; 2QQ9 A; 4FYY B; 4RKU E; 2ZZD A; 1K9M U; 3J80 E; 1GBR A; 2YT6 A; 3KFV A; 1KC8 R; 1TG0 A; 2DXT A; 4B9W A; 3VU3 C; 3JCM d; 3JCM Q; 1M8V A; 2NUT B; 5KCO A; 1UEB A; 2FRW A; 1XOV A; 2PZ1 A; 2VXF A; 5GMK h; 2XMF A; 5FU6 B; 1VQK A; 2E65 A; 1VQP T; 1WFW A; 3TSW A; 4M78 D; 4J9D A; 4RMO A; 2AKL A; 2GCX A; 4BUG A; 2DET A; 1K9M C; 2L89 A; 4CI0 C; 3HTR A; 3JCM V; 2VGM A; 2GNC A; 2IG0 A; 4MZM A; 2KQW A; 2HSP A; 1M3A A; 4DBQ A; 2P0K A; 4FU6 A; 4M78 G; 3RKX A; 2KEA A; 3CCS Q; 2AZV A; 3HP9 A; 2OAW A; 4M4Z A; 4J6X A; 4R56 A; 4LDW A; 2F1L A; 2LCS A; 3JB9 F; 2HSE B; 5GAN j; 1VQK T; 1V1C A; 1MHN A; 1OZ3 A; 2JUF A; 3I5S A; 3L2U A; 3MKD A; 1CSK A; 1VQ6 Q; 4FSS A; 2YLB A; 3M54 A; 3LWH A; 4C92 C; 1M3C A; 1WHH A; 4OB1 B; 5LJ5 j; 2EVR A; 3MEV A; 1AWO A; 3NTK A; 1X27 A; 3P8H A; 3ZBD A; 3CXC P; 2DD4 A; 1T0H A; 2MI6 A; 1TU0 B; 1PSE A; 3CC4 Q; 4OMO A; 4DOW A; 1NG2 A; 5CK9 A; 4JS5 A; 4C8Q C; 2X4X A; 4JJN K; 2MMP A; 1OU9 A; 3M0P A; 1OV3 A; 4E7H A; 4IUT A; 1HK9 A; 2GFU A; 4N4H A; 1YNZ A; 1C1A A; 3FRN A; 3A5Z B; 1R8O B; 2MK5 A; 2GTO A; 1BKB A; 3MEU A; 4M77 D; 4NL3 A; 3OYM A; 1WHG A; 1SF9 A; 2LNH B; 2RPN A; 3NFC A; 5D7U A; 3VS3 A; 1X2Q A; 4L59 A; 4X34 A; 4C0F A; 3GLX A; 1XTD A; 1ZSG A; 4RTW A; 3D7S B; 4A4F A; 2OAU A; 3CD6 T; 4PJM A; 1H64 1; 5IT9 E; 4QW2 A; 3OBW A; 1MMD A; 4M77 G; 1VQM T; 4RTX A; 2J06 A; 3CCR Q; 2HAX A; 2LQ8 A; 1MGQ A; 1OOT A; 1M1K R; 2OTL Q; 3CCU Q; 5GAN h; 2QQA A; 3DB4 A; 1OI1 A; 1SRM A; 1BB9 A; 3O5Z A; 4E2F B; 5DLQ E; 1NLO C; 3V7C A; 1Q7Y R; 4J6Y A; 5IHI A; 4BY6 C; 4QQ6 A; 3ASK A; 2BE7 D; 2KXD A; 5LJ5 h; 1NM7 A; 1QVP A; 1OPK A; 1K8A R; 2HEQ A; 1PD1 A; 3EG0 A; 1X2K A; 2FL7 A; 3PVQ A; 3JCM P; 3CCE Q; 2GGR A; 1VQ5 Q; 4Y91 A; 1WXU A; 3OA6 A; 4C5H A; 4FIB A; 2EQM A; 2P84 A; 2X3W D; 4WTO B; 4F7U E; 2E70 A; 4BI3 A; 1KJW A; 4M7A D; 2WSC E; 1ACM B; 2K4Y A; 2DER A; 5FWB A; 2LMJ A; 4RUG A; 3GBQ A; 4PJO D; 1PSF A; 2EKH A; 3CCS A; 3I35 A; 2DL3 A; 2PU9 B; 2H3E B; 4HCB A; 2A36 A; 2VAS A; 4M7A G; 4XTX A; 2CSI A; 3M0R A; 1PWT A; 2CRE A; 1RAI B; 5I2M A; 3MCA B; 1VQ6 A; 2KGT A; 3E19 A; 1G3T A; 1YCY A; 1UJ0 A; 2DRK A; 3MPU B; 1K9M R; 3LH0 A; 3JB9 I; 5CVI A; 1WXT A; 2QQS A; 2DEU A; 1R0B G; 1WNL A; 2FZC B; 2LQW A; 2DLP A; 3A8O B; 4PL6 A; 3CCS T; 2X4Y A; 3CC4 A; 4OMF B; 4KGX B; 5A2Q E; 4M78 A; 2OI3 A; 2DJQ A; 2V26 A; 4BB7 A; 1BI0 A; 1I5L A; 1VQ6 T; 1X6G A; 4RTU A; 3LH5 A; 4M78 B; 3CXC S; 3X24 B; 1KIK A; 1TTH B; 2DFU A; 2SRC A; 4PJO F; 3ME9 A; 3P8D A; 3ER0 A; 2YRC A; 1N6A A; 4EMK A; 5AT1 B; 3CC4 T; 1IGU A; 4BE0 A; 3HRT A; 1KHI A; 4Y28 E; 2V8J A; 1SEM A; 3SWN C; 2J6K A; 1VIF A; 5CAI A; 3TCJ A; 3C12 A; 2V1Q A; 4F14 A; 3J81 E; 3CCR A; 1VA7 A; 4XTV A; 2ZPF B; 3CCU A; 2FZG B; 4PJJ A; 2F2V A; 1IRE B; 1QCO A; 4OVA A; 5IN1 A; 3MO8 A; 3VS2 A; 3OYF A; 4FYX B; 4UC4 A; 4ZN1 A; 1ZSZ A; 4FT2 A; 3J7A F; 2EQJ A; 5FU6 C; 5GAN 5; 4OMN A; 2H8H A; 1P92 A; 3EH2 A; 4ZTJ A; 4JDS A; 3CCE A; 3OBY A; 2HQX A; 4O6J A; 1YJN Q; 1ZSZ B; 3WVD B; 1Q82 U; 3OW2 A; 1D1A A; 1RL2 A; 3ULR B; 4QKU A; 4C5G A; 3CCR T; 3OW2 P; 5GAN g; 2O2O A; 1WJQ A; 2P4R A; 2OTL T; 1Y71 A; 4M77 A; 3CCU T; 2K9G A; 4PFZ A; 1VIE A; 1M27 C; 2EBP A; 1O75 A; 3V8J A; 5LJ5 g; 2X4W A; 2FO0 A; 2XK0 A; 3QBY A; 3OYE A; 4M77 B; 5C6S A; 3M0U A; 2D6F A; 2GFA A; 1C0M A; 4CC4 B; 4HT9 A; 2L3P A; 4PFP A; 2M1H A; 1Q82 C; 3CCE T; 2PNI A; 4IUV A; 3HPW A; 1BIA A; 1VQ5 T; 1QCF A; 2ROT A; 4JRP A; 5GMK l; 2X9H A; 5HK3 A; 3EFO A; 1SPK A; 1VQ9 Q; 1JU5 C; 5I21 A; 1VQL Q; 2RD1 A; 3F70 A; 3G1J A; 1MND A; 1JB0 E; 1AVZ C; 1Q81 U; 4OB2 B; 1KSW A; 5GAN 7; 3HSB A; 1Y07 A; 3EFO B; 1QLY A; 1BIB A; 2E10 A; 3OYH A; 4BDZ A; 3CCV Q; 4MDX A; 2KNB B; 2VXE A; 2DRM A; 1RI9 A; 3ZL7 C; 1WJR A; 2A28 A; 1MV0 B; 3LW5 E; 4GY5 A; 2QA4 T; 3U23 A; 1RAE B; 4M7A A; 4A4K A; 3MP8 A; 3QUI A; 2EFI A; 2PUK B; 1Q81 C; 4OB0 B; 4JZ4 A; 3A8G B; 1KQ2 A; 5KE2 A; 4PJO A; 4HVV A; 4EIK A; 2JXB A; 1WYX A; 2CDT A; 5GMK m; 4M7A B; 4D8D A; 1VYT A; 4KBM B; 3H41 A; 5LJ3 f; 4J6W A; 3QYG B; 4MML A; 4KH0 B; 4E47 A; 5L8R E; 4QQG A; 3OS2 A; 4PJO B; 1VQN Q; 4V2S A; 2DAQ A; 3EAE A; 2FEI A; 2NWM A; 4OMP A; 1RAC B; 4N4I A; 2KRM A; 1M9S A; 3HKS A; 4ZTF A; 3KUF A; 2CP5 A; 1WPY A; 1ZLM A; 2CS7 A; 3NTH A; 4FW1 A; 3QXE B; 3CCQ Q; 4XAX B; 1YIT A; 3DKM A; 3OMG A; 2RHY A; 1YJN A; 4JRQ A; 3H0I A; 1TS9 A; 2E4H A; 2KMT A; 2X3X D; 1HSQ A; 1V29 B; 4QVC A; 3E9G A; 4BAC A; 1D3B A; 1BI2 A; 2BUD A; 3GNG A; 4XU3 A; 3BDU A; 2DXB A; 5KYU A; 4HCZ A; 2COY A; 2XKO C; 5CKH A; 5KYN A; 5HK0 A; 1QW1 A; 2DL4 A; 2RB6 A; 1D3B B; 3L2R A; 5J3B A; 3KXT A; 1WZO A; 2DYB A; 2L2P A; 2QTX A; 1M1K U; 4BE1 A; 1YJN T; 5KYU B; 1Q86 U; 3VV0 A; 1VYV A; 1UJY A; 3MHX A; 4F7U F; 1W1F A; 5GAO r; 1KQ1 A; 4BE2 A; 2CKK A; 3WVE B; 1VQL A; 1WI7 A; 2OTJ Q; 3SDZ A; 2Y90 A; 1WHL A; 3EGU A; 4F17 A; 2RK2 A; 1OPL A; 3JCM e; 4RTT A; 3LGF A; 3RMQ A; 3CC7 Q; 2RQW A; 3EG9 A; 1LJO A; 4OMQ A; 4EDU A; 1ZUY A; 5KYY A; 1IZ6 A; 2DVJ A; 1M1K C; 5GAM j; 2DBK A; 3OS5 A; 4M78 C; 1VQO Q; 3QSU A; 1YN8 A; 3EGX A; 4KT0 E; 9ATC B; 2P0P A; 3VS0 A; 3EG9 B; 2PTK A; 4LUE A; 1VQ9 T; 1Q7Y C; 5FU7 C; 5KYY B; 1VQL T; 2EQU A; 3OY9 A; 3L2Q A; 2Y4Y A; 2KDS A; 2GTJ A; 1C6V X; 2K57 A; 3EGX B; 2LJ3 A; 2CT4 A; 3TU4 K; 1QWE A; 4AG1 C; 4XU2 A; 4J8O A; 4EMK C; 1JXO A; 2QDL A; 2RI3 A; 3CCV T; 1YJW Q; 4C0D B; 5CKD A; 2KSS A; 2HZY A; 3QII A; 4XQ3 A; 3JB9 D; 1PM3 A; 1BI1 A; 3EGD B; 3CME Q; 1VQN A; 2QDY B; 2K7A A; 4C5E A; 4D6W A; 1WGS A; 1K9A A; 4L5G A; 1MMG A; 3MP1 A; 4RCB A; 4IUU A; 2ROL A; 3THK A; 4OGC A; 3OYD A; 2RK1 A; 5A0L A; 1Q81 R; 1M2V A; 3HFN A; 3JB9 G; 4M7D F; 2Y4X A; 2R57 A; 1ZSZ C; 3V8L A; 2LQN A; 3X28 B; 4HKE A; 2QK0 A; 2YUN A; 2LRQ A; 3CCQ A; 1WJS A; 1M2V B; 2CUB A; 1BCO A; 3GPL A; 1VQN T; 4RTZ A; 1HXD A; 2KYB A; 2QGF B; 4JLI A; 5GAM h; 3HFO A; 2CT3 A; 2DVE A; 4KUI A; 1U3O A; 3MET A; 3V8K A; 4M77 C; 3PNW C; 3JCM W; 1R77 A; 2ENM A; 2KI7 A; 3OS0 A; 1TUC A; 3JCM b; 2DF6 A; 1M2O A; 1WXB A; 3RES A; 3M59 A; 4D8K A; 1W70 A; 1OZ2 A; 2FHD A; 1X6O A; 4AG2 C; 1YCS B; 4O5V A; 1D1C A; 3CCQ T; 2E3H A; 2D0N A; 2LVM A; 2VWF A; 2G6F X; 4MMK A; 5GAN d; 1Y96 A; 3QZ9 B; 1PRL C; 4RTV A; 2AHJ B; 2J6F A; 4JRK A; 2LP5 A; 3DB3 A; 1PKT A; 1GCP A; 1K0X A; 4A4H A; 2J05 A; 3CXC A; 2DTI A; 2OTJ A; 3G6E Q; 3UPU A; 4ESR A; 5LJ5 d; 2AIR B; 1Y96 B; 3QHS A; 4C5I A; 4F7U B; 2BIV A; 2DD5 A; 4KGV B; 1FYN A; 3CC7 A; 3VYH B; 1CKB A; 4LDV A; 2XU8 A; 2DIG A; 1Q95 G; 1MV3 A; 4IIM A; 1VQO A; 2C0I A; 2RH2 A; 3Q1J A; 3V7R A; 2EW3 A; 2Z0W A; 2CP6 A; 5C0M A; 4M7A C; 1ZUK A; 2ZAE A; 3EG3 A; 4X9D A; 3RKW A; 3SB2 A; 1TSF A; 2DKG A; 3EHR A; 2VV5 A; 1M4Z A; 2KRO A; 4PJO C; 4LXC A; 3LGL A; 3PGG A; 2MF2 A; 2BE9 B; 2COW A; 3CC7 T; 1WA7 A; 3PVL A; 4PK4 A; 2EQK A; 4Z88 A; 2JNG A; 1S72 A; 2K79 A; 1YJW A; 3A8L B; 1NJI R; 1JEG A; 1OU8 A; 1EZZ B; 1VQO T; 1Q86 R; 1PKS A; 3CME A; 3H6Z A; 2DX1 A; 5ECA A; 2DZC A; 2LCC A; 4PNO A; 2A37 A; 2YRV A; 2HD0 A; 2QAZ A; 3M58 A; 4E7I A; 1UFF A; 3GF5 A; 3TQ7 P; 3OSV A; 5A0G A; 1PG5 B; 5CQX A; 1YIJ Q; 4RTY A; 2MYS A; 3I56 Q; 4LDY A; 1G5V A; 2CP3 A; 3PT9 A; 3GIB A; 2EJG A; 2L5Q A; 1YJW T; 3HHT B; 3RDV A; 4HVU A; 2EJ9 A; 1IXD A; 3CME T; 4GLK A; 2JN0 A; 2HDA A; 2VYT A; 1QKW A; 2CH4 A; 2FPF A; 2I0N A; 2LTO A; 1JJ2 S; 1G8X A; 2W10 A; 4AT1 B; 2KRS A; 5J26 A; 3E2U A; 1X01 A; 2DM1 A; 2LT4 A; 3TEE A; 2AT1 B; 1RAA B; 2RN8 A; 3VKI A; 1VQ8 Q; 1I0C A; 1ZA2 B; 5GAM g; 3JCM c; 4PJO G; 3JCM J; 2RO0 A; 3RMS A; 5CKB A; 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1KD1 C; 3I56 T; 3UA7 A; 1BYM A; 4Y92 A; 2X4J A; 4EMH A; 3RUX A; 2RQR A; 3OYK A; 1VQ8 A; 2LNV A; 1UE9 A; 2K3Y A; 1LOJ A; 2YXY A; 4K11 A; 3SEM A; 3OMC A; 3FDR A; 3SHW A; 5FRM A; 2RJF A; 5GAO n; 3CPW S; 3OSS C; 4PKC C; 4J7I A; 1SHG A; 2OJ2 A; 3CEY A; 2CP7 A; 1QQJ A; 3JAM E; 2MCN A; 3OQ5 A; 2ATC B; 2H3J A; 5KYW B; 4ANJ A; 1H3Z A; 4FCY A; 4E7J A; 1X6B A; 2RJE A; 3M4G A; 3VS1 A; 1VQ8 T; 4J7F A; 4ATO A; 1G2B A; 3M53 A; 1K1Z A; 4GLM A; 3PE0 A; 1VQ4 A; 4PLL A; 2DXC A; 4II1 A; 1VQ7 Q; 3PMT A; 4LDX A; 2EKO A; 1LNX A; 3VJP A; 1GFD A; 2F69 A; 1CKA A; 2KBT A; 1G3W A; 1SRL A; 1AWX A; 1KQS P; 1AWW A; 4J5Y A; 3E1S A; 2XG8 D; 1NYF A; 3CCM A; 1M30 A; 4DQ2 A; 4KH1 B; 1TUG B; 2JZ2 A; 2QG9 B; 2COZ A; 2IVW A; 2PVO B; 2QI2 A; 3R6O A; 2HKQ B; 1N8R U; 2B8A A; 2V8K A; 3DLL A; 2EJF A; 1QVF P; 4DEY A; 3L2V A; 1OQK A; 1M1G A; 1VQ4 T; 2B86 A; 7AT1 B; 2A08 A; 3PIP A; 4KGZ B; 2I2L A; 2EGA A; 2XID A; 2ZGW A; 3MEA A; 2J7I A; 4LE9 A; 3VS4 A; 4JJD A; 4C0Z A; 5GMK e; 3CCM T; 2XDD A; 2CSQ A; 2FZK B; 2HCK A; 2EQI A; 3REB B; 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