The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CC7 Q; 3CPW P; 1Q82 R; 3I55 Q; 1Q86 R; 1W2B P; 1YJW Q; 1KC8 R; 1N8R R; 3CMA Q; 1QVG P; 3CCL Q; 1YJN Q; 3CCR Q; 1VQ6 Q; 1K73 R; 1NJI R; 3I56 Q; 1M1K R; 1VQ8 Q; 2OTL Q; 1VQL Q; 1VQN Q; 3CME Q; 1VQM Q; 1YJ9 Q; 1QVF P; 3OW2 P; 2QA4 Q; 1Q7Y R; 3CD6 Q; 1VQK Q; 3G4S Q; 3CCU Q; 3CC4 Q; 1YI2 Q; 2QEX Q; 1K8A R; 1M90 R; 1JJ2 P; 1VQ7 Q; 1VQ9 Q; 1K9M R; 1YHQ Q; 1VQP Q; 3CCE Q; 3CCV Q; 3CCQ Q; 3CCM Q; 1YIJ Q; 2OTJ Q; 3CCJ Q; 1VQO Q; 3CXC P; 1VQ4 Q; 3G71 Q; 1VQ5 Q; 3CCS Q; 1YIT Q; 3CC2 Q; 1Q81 R; 1KQS P; 3G6E Q; 1KD1 R; 1S72 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UGP B; 4Y91 A; 1VQ9 A; 3CC4 A; 2K6D A; 4M77 D; 2O9S A; 3I35 A; 3A8L B; 4E47 A; 2GTJ A; 4M75 G; 1XQH A; 5GAN 8; 2DEQ A; 1JJ2 P; 4ESR A; 2IIM A; 4J6Y A; 4LDY A; 4LD9 K; 4A4E A; 4RMO A; 2DF6 A; 1U8R A; 4ZN3 A; 2FB7 A; 3RKX A; 3X26 B; 2KE9 A; 3JCM X; 1VQN A; 1P92 A; 4M7A A; 3OSS C; 2RJF A; 3V8K A; 1N8R U; 5J39 A; 1G83 A; 2I2L A; 5DLQ E; 1K9M C; 1RAB B; 5KH6 A; 1UUE A; 3CCJ T; 2DMO A; 3EAE A; 1Y7X A; 4KGX B; 2M16 A; 4OB3 B; 1ZA2 B; 5GAN f; 1Q7Y C; 4IUT A; 1O75 A; 4M7A C; 1VQ5 Q; 1FMV A; 2F69 A; 2O9V A; 4Y28 E; 4J8O A; 5KCO A; 2XDB A; 2Y4X A; 4PFO A; 1LVK A; 1NJI R; 3CBP A; 5GAN j; 4M7A F; 1I0C A; 1VQL Q; 2GQI A; 2JVV A; 2CP3 A; 3KXT A; 5GAO m; 2A3L A; 4FYV B; 2XKO C; 4QVC A; 3UWN A; 1QWE A; 2B86 A; 4FYY B; 2J05 A; 1UDL A; 4M7D G; 3CCL A; 1Z9Q A; 1OEB A; 1WYX A; 2YSQ A; 1UGQ B; 5I2M A; 1U5S A; 2E5K A; 1G3S A; 1Q81 U; 1LNX A; 2QA4 T; 2AIR B; 2WSC E; 1H92 A; 3RMQ A; 3FC3 A; 1X43 A; 2G3R A; 2KGT A; 2KDS A; 2LTO A; 1MMN A; 1WFW A; 2RB6 A; 3A5Z B; 3M0P A; 2KRN A; 2DKG A; 4NL3 A; 1VQ8 Q; 1WQ7 A; 1ZUY A; 2X51 A; 2JJ9 A; 3NTK A; 5DY9 A; 5CKF A; 2FZK B; 4XAX B; 2CZ1 B; 1X6B A; 2YUQ A; 3V7R A; 5GAN 6; 3S6W A; 1M9S A; 2ZPF B; 3E2U A; 2RJD A; 3QXE B; 2HQX A; 2CP7 A; 1Q86 U; 1UE9 A; 2QTV A; 3RKY A; 3TSW A; 1OX9 A; 4J9B A; 4C0D B; 2RH2 A; 1VA7 A; 2E5Q A; 2C06 A; 1EIF A; 3WVE B; 1RI0 A; 1NJI U; 1TS9 A; 3UAT A; 1X6O A; 5LJ3 e; 2L3S A; 2MOX A; 2ZPE B; 5LJ3 d; 1TSF A; 1IHV A; 1YJW A; 4OVA A; 5KYY A; 1WHH A; 1SKU B; 3MEW A; 3C95 A; 4JZ4 A; 1WJS A; 5J26 A; 3G4S T; 1W2B P; 2J6F A; 1QCF A; 2DL3 A; 1D1A A; 1SF9 A; 1YN8 A; 5FWB A; 4DA4 A; 3OYA A; 2YRD A; 5GAN 3; 2FZG B; 2X3W D; 3CCM Q; 3UDC A; 2DRM A; 5CKE A; 4RTW A; 5GAN 7; 3CC2 Q; 4FSX A; 1Q82 U; 2IVW A; 3PE0 A; 1VQP T; 3H8Z A; 4C8Q E; 3CCQ T; 4C92 A; 3HFN A; 3R6N A; 2DTI A; 1PKT A; 2RQU A; 3OS2 A; 1BI3 A; 4RTT A; 1Q81 C; 2O4X A; 2KXC A; 2EQU A; 4DBR A; 5CK9 A; 2YUP A; 1NLO C; 4MDX A; 3CXC A; 5GMK h; 2E6Z A; 4C92 C; 2EYW A; 4DBF A; 2P0P A; 4C8Q B; 4EDU A; 5CKH A; 4OB0 B; 3L2Q A; 4XU0 A; 1EX4 A; 4OMO A; 4F14 A; 2O01 E; 4DEY A; 5GMK m; 3V8L A; 3CXC S; 3RBB B; 4OMN A; 2K9G A; 4IUV A; 1JRI A; 3SEM A; 4QQD A; 4XTW A; 3PNW C; 3CCJ Q; 1YFN A; 2COW A; 4M78 F; 2LX7 A; 1ZSZ A; 5J3B A; 2L2P A; 3QKJ A; 1AHJ B; 3CCE A; 1R8O B; 1BCM A; 2ROL A; 4BE0 A; 4BI4 A; 1M2O A; 2QGF B; 3EFO A; 2J7I A; 2DXB A; 5I11 A; 1ZSZ C; 4F7U E; 3NFC A; 4ME7 A; 2COZ A; 1SRM A; 2R5A A; 3REB B; 4L6V 5; 4F7U G; 3RUX A; 4X1V A; 3DB3 A; 4XTZ A; 4XU1 A; 2QI2 A; 3THK A; 4N4I A; 3VRZ A; 2QA4 Q; 4A4H A; 4PJO A; 1O9S A; 8AT1 B; 4F7U B; 5GAM j; 1Q82 C; 3MEV A; 2K5F A; 3OS1 A; 4IUQ A; 2H3E B; 2CKK A; 3QUI A; 3DLM A; 3BDU A; 4JS5 A; 3JCM W; 1X2Q A; 3EFR A; 3CPW A; 2F5T X; 2LCS A; 1M5Q 1; 2RA2 A; 5M9O A; 2DTH A; 5GAO l; 3QDF A; 2E41 A; 4PJO C; 4M75 C; 1K73 R; 4QKU A; 3QWY A; 1PD0 A; 4OGE A; 5IH2 A; 4JRQ A; 3CPW S; 4TVR A; 2RM4 A; 3MHX A; 5GAN 5; 2L3P A; 2LDM A; 2RHZ A; 3FDR A; 3M0Q A; 2JW4 A; 2DZC A; 2KMT A; 5D6W A; 1M1K U; 1HD3 A; 3CBO A; 1QP2 A; 4M78 D; 1JJ2 A; 4IKF A; 3G4S Q; 2RJE A; 4D8K A; 1GBR A; 1GL5 A; 2XMF A; 4X9D A; 3OYY A; 1IRX A; 2EKH A; 4PJM A; 2IPO B; 2ZZD A; 1B7T A; 4LE9 A; 1T3L A; 4AG2 C; 4Y92 A; 3J7A F; 1C0M A; 1VQ7 A; 1YHQ T; 3FRN A; 2HMA A; 5GAN e; 3DB4 A; 3HRT A; 5GAN d; 5D7U A; 2KXD A; 4Z8A A; 3HPW A; 3LH0 A; 1OQK A; 1K8A R; 3CCQ Q; 5FRN A; 3M4Y A; 3J80 E; 1GFD A; 2X4X A; 5IHN A; 4M7A G; 3OYB A; 2RPN A; 3GIB A; 1M4Z A; 3OY9 A; 2H8H A; 1PNJ A; 2BE7 D; 2L5Q A; 1KQ1 A; 4Z88 A; 3CCS T; 4PKC C; 2CP0 A; 5D6X A; 4IUU A; 2GFA A; 1RAH B; 2CP6 A; 1ZLM A; 4KBM B; 4O5V A; 2PVD B; 5HCK A; 2DVE A; 2C0I A; 2LQK A; 2E1H A; 2JXB A; 3OW2 S; 1M1G A; 4KGV B; 4RKU E; 2YT6 A; 2PNI A; 3OYJ A; 4EMG A; 3JAM E; 3JB9 J; 4LNP A; 3HFO A; 1UG1 A; 2HL5 C; 1MND A; 3NGP A; 2K5I A; 1E6H A; 2RI5 A; 3H0H A; 3JB9 F; 2K3X A; 3CD6 T; 3VS5 A; 5GMK l; 5FU6 B; 4FU6 A; 4NS5 A; 2M51 A; 2CUD A; 4YTL A; 1YJ9 A; 4FM4 B; 3CCV T; 3MJX A; 5I2S A; 3BE3 A; 2XG8 D; 3ASK A; 1W1F A; 5KYU A; 2X9H A; 2RD1 A; 1WLP B; 1UEC A; 3L2R A; 2F1L A; 1HJD A; 2CH4 W; 5LJ5 f; 2LQ8 A; 3CPF A; 4AFZ C; 3EGX B; 1VQL A; 1KD1 R; 2QEX T; 2HSE B; 2MF2 A; 5IN1 A; 4M77 A; 4RCB A; 3LX7 A; 5LJ5 j; 1G3T A; 2BTT A; 1K9M R; 1AEY A; 1AWJ A; 2FRY A; 4L59 A; 2NUP B; 3CXC P; 1NYF A; 4FT4 A; 2QDY B; 4M77 C; 4ZN1 A; 5KYX B; 1Q7Y R; 2X4Y A; 1RL2 A; 3PMT A; 3VS6 A; 4DBQ A; 5KYY B; 1MMA A; 1ABQ A; 4J9C A; 1KIK A; 1JBM A; 4OMP A; 1VYU A; 1ACM B; 1VQ4 A; 1M1F A; 2NLU A; 4RTV A; 1N5Z A; 4FCY A; 2WSE E; 1W70 A; 2NUT A; 2HD0 A; 1GXI E; 5CQX A; 4C92 E; 3RNJ A; 3EG2 A; 4B9W A; 2R57 A; 2QXF A; 2FPF A; 2JUF A; 1AVZ C; 2CT4 A; 4C92 G; 5FU7 C; 1Q95 G; 4XTY A; 2MAM A; 2FG0 A; 2OTL Q; 2EGE A; 1GFC A; 2LNV A; 4ANJ A; 1OOT A; 1KHC A; 1SPK A; 2IG0 A; 1Y07 A; 2VV5 A; 1YHQ Q; 1RAG B; 1R77 A; 4C92 B; 3CMA T; 2ZCF B; 4K11 A; 2E3H A; 5IHI A; 1JXO A; 2EWN A; 1VQM T; 1MMD A; 4QT7 A; 2EYZ A; 1X75 C; 1QVF S; 2O4X B; 3BFM A; 2YHT A; 4J9I A; 2GFU A; 1QWF A; 3CCM A; 2BZ8 A; 2DE0 X; 4J9G A; 1PC0 A; 3M0S A; 3CC2 A; 1VOM A; 3TCJ A; 3CC7 T; 5GAM e; 5GAM d; 3MP1 A; 3G6E A; 3OYH A; 3CBM A; 2DXU A; 1OZ3 A; 3CCS Q; 3MP6 A; 2HSP A; 2KRO A; 3CPW P; 1ZX6 A; 2JTF A; 1AZG B; 1N8R R; 5KYW A; 2GTO A; 4OMM A; 2LP5 A; 3I5R A; 3MEA A; 4HCZ A; 3VKI A; 3JCM f; 2JM8 A; 1ZSZ B; 1TTH B; 1YWO A; 2QQR A; 3JV3 A; 4J83 A; 1M2V B; 2FYK A; 2DYI A; 1PD1 A; 2VB6 A; 2M1H A; 3E9G A; 3EFO B; 1Y96 A; 1IGQ A; 2HBW A; 3M53 A; 4PJO E; 4M75 E; 2DAQ A; 2O31 A; 2JN0 A; 4OMQ A; 3MKD A; 3CCJ A; 2DK3 A; 4C8Q D; 2LVM A; 1UGR B; 2KY9 A; 2PU9 B; 1D1C A; 4PJO G; 5HK3 A; 1D09 B; 3I55 T; 4OB1 B; 3VS0 A; 3CCV Q; 4ZGE B; 1WDX A; 1WX6 A; 2KI7 A; 3JCM Q; 1YJN T; 1VQ6 T; 1QVG S; 3EHR A; 3I5S A; 3VRY A; 3TQ7 P; 1H3Z A; 3G71 Q; 1Q81 R; 1BIA A; 1BI1 A; 4PJO B; 4M75 B; 1RAC B; 3AT1 B; 4F04 B; 1RAE B; 1PCX A; 1OX8 A; 3EG9 A; 4X34 A; 4DBH A; 3AHU A; 1K4U S; 4N4G A; 4NL2 A; 4RTZ A; 2VGM A; 1VUB A; 2KSS A; 4JJN K; 4LDW A; 1E6G A; 4GY5 A; 4CI0 C; 1ZSG A; 2ENM A; 4BDY A; 5LL6 S; 3CC4 T; 2V1Q A; 1Q86 R; 1T0J A; 1JO8 A; 1X6G A; 1YI2 A; 4FSS A; 5CCA A; 2K7A A; 3OYF A; 4PL6 A; 4OB2 B; 4J9H A; 4PLI A; 1CSK A; 2ZPI B; 4M7D E; 3OW2 P; 2AZS A; 2EBP A; 2M02 A; 5FLX E; 3CCU Q; 3SFM A; 2LQW A; 2C0T A; 2XK0 A; 2F2X A; 4UC4 A; 2QYZ A; 2K79 A; 1LPL A; 2D8H A; 2RK1 A; 1EZZ B; 4E7I A; 2EAY A; 4R55 A; 1VYV A; 5AT1 B; 2J6O A; 2VAS A; 4JLI A; 4J7F A; 4HT9 A; 4BY6 C; 3M54 A; 1HXD A; 2EYY A; 2DER A; 4M7D B; 2DXC A; 4BDZ A; 4J6X A; 5D6Y A; 3T9N A; 1W6X A; 1V76 A; 4MDW A; 2JS0 A; 3KBG A; 1TXQ A; 1BIB A; 4FIB A; 4GLK A; 5FWC A; 1MV0 B; 2RN8 A; 2RK2 A; 1X01 A; 2L8D A; 1NYG A; 4MZM A; 4L5G A; 3UF4 A; 1Q82 R; 2RHY A; 2DD5 A; 3OBW A; 3X24 B; 4QVD A; 3CMA Q; 1BU1 A; 5GAN 2; 5AYF A; 3TVT A; 1VQM Q; 2COY A; 2A28 A; 1V29 B; 3JB9 G; 2NUZ A; 1GBQ A; 2RJC A; 1MUZ A; 3H0F A; 4LDU A; 1TWB A; 1U1S A; 5C0M A; 2OAU A; 2DD4 A; 3MET A; 4XTU A; 3G7Z A; 2KBT A; 4EIK A; 1KQ2 A; 3CCQ A; 2EW3 A; 1BK2 A; 2DLP A; 4RG8 A; 2LT1 A; 1I07 A; 3C12 A; 5LJ5 e; 5LJ5 d; 3FEO A; 5CKB A; 4C0G A; 4DQ2 A; 2E70 A; 2P4T A; 1R0B G; 2DL7 A; 1UHF A; 3MP8 A; 2D6F A; 1KQS P; 3M4G A; 4RTU A; 4ZNX A; 1PRM C; 4QW2 A; 3PGG A; 3X20 B; 1XTD A; 1N9R A; 2LNH B; 2O88 A; 4X9C A; 3QYG B; 1OU9 A; 1WNL A; 2A0F B; 1VQ6 Q; 4JLG A; 2L89 A; 2VC8 A; 4R0K A; 3QZ9 B; 4M78 A; 2DNU A; 1WHK A; 2V8I A; 3HKS A; 4WF2 A; 2ROT A; 4M77 E; 2X3X D; 3LWI A; 1M3A A; 1PM3 A; 4HCK A; 2ED1 A; 3I55 Q; 3SWN B; 1PSF A; 1KSW A; 2AZV A; 2MPX C; 5LJ3 h; 4M77 G; 1YJN Q; 4QVZ A; 1ZBX A; 2HNI A; 4MML A; 3RER A; 4M78 C; 1BI0 A; 1M3C A; 1QVF P; 2YUN A; 3EGU A; 2LCL A; 3GLX A; 2P0K A; 4XTX A; 1M90 U; 4P5N A; 3O8V A; 6AT1 B; 2ATC B; 4E7Z A; 1OZ2 A; 2KEA A; 4JRK A; 2JTM A; 4M77 B; 4E7S A; 2DET A; 2B8A A; 3QYH B; 1I8F A; 3A8O B; 3A1P A; 2MYS A; 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3OYM A; 3LW5 E; 2EIF A; 1DJ7 B; 1RAF B; 3PVQ A; 4N0A A; 1C6V X; 4AT1 B; 3OW2 A; 2VXE A; 2H3J A; 3M59 A; 3EGD A; 4M7A B; 4J5Y A; 2HQH A; 3EG9 B; 2FVU A; 2JS2 A; 3NTH A; 1VQ7 T; 1VQK T; 4N0A C; 1ZA1 B; 2J6K A; 1KK7 A; 4DOV A; 3DKM A; 3NPF A; 3JB9 H; 3J81 E; 2FZC B; 3G71 A; 1AD5 A; 3D7S B; 3JCM b; 4RG2 A; 3OS5 A; 5GAN h; 3VS2 A; 4A63 B; 1B07 A; 1SEM A; 2HEQ A; 2M0O A; 4BY6 B; 1RAD B; 2L3R A; 2W0Z A; 1UEB A; 2A36 A; 3WXM B; 3JCM J; 3GBQ A; 2K2M A; 4PJO D; 4M75 D; 2CSQ A; 1U1T A; 2QTX A; 1VQ5 A; 2OJ2 A; 3L2W A; 4C0Z A; 3TU4 K; 1MHN A; 3OB9 A; 1AWW A; 2RMO A; 4JUV A; 3RES A; 4HVU A; 3SDZ A; 2AKL A; 2DL5 A; 3V8J A; 1B34 A; 3CCU A; 2DO3 A; 2E65 A; 2RQR A; 4KH0 B; 3EH1 A; 5GMK j; 2ECZ A; 1X2K A; 5CKD A; 2E4H A; 2EQM A; 2F2V A; 4AFU C; 1LJO A; 3VS4 A; 2FRW A; 4QQG A; 2AKK A; 2MWO A; 4Z02 A; 1KQS A; 3CME T; 1WHG A; 2QQB A; 1YJ9 T; 1VQ8 A; 4BUG A; 4OGC A; 4C5I A; 3LGF A; 1KC8 U; 4ZTJ A; 1FMW A; 1G5V A; 2CP2 A; 1AT1 B; 5L23 A; 2MIO A; 5HY6 A; 1YIT T; 2E64 A; 1IB8 A; 2FL7 A; 3UT1 A; 1KQS S; 4M7D D; 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