The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
GSSGSSGLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 2nd CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E3I A; 1WHG A; 2E3H A; 1TXQ A; 3RDV A; 2CP6 A; 1WHJ A; 2HQH A; 2E4H A; 2Z0W A; 2CP2 A; 1TOV A; 2QK0 A; 3E2U A; 2COZ A; 2CP3 A; 1WHM A; 1WHK A; 2CP0 A; 1LPL A; 2MPX C; 2HKN A; 2COY A; 2M02 A; 1IXD A; 1WHH A; 2HL3 A; 2COW A; 2HKQ B; 1WHL A; 4B6M A; 2CP7 A; 2CP5 A; 2HL5 C; 3TQ7 P; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KC8 R; 1X01 A; 1AT1 B; 2O9V A; 1RAF B; 2GQV A; 3CC7 T; 2LCS A; 1QKX A; 2EKO A; 4E7S A; 1PHT A; 1VYT A; 1IGQ A; 3I5S A; 1G3S A; 3EG0 A; 3V7S A; 3MJX A; 4ZTF A; 2P84 A; 5A2Q E; 2OTL Q; 2B86 A; 3CME Q; 1UEC A; 1BU1 A; 2EYZ A; 2MOX A; 4VUB A; 1RAD B; 2CP6 A; 2DM1 A; 4BUG A; 2CP2 A; 5GAO m; 2PVD B; 1G5V A; 4PJN A; 2QGG A; 3NTH A; 1M1K R; 3CCJ A; 1NE8 A; 4Q5W A; 5IHK A; 5FU7 C; 2DIG A; 3BY7 A; 1UGV A; 3DB3 A; 1N5Z A; 3CCS T; 4Z88 A; 3X28 B; 1NG2 A; 2YRC A; 3QJY A; 2QQ9 A; 1VQO T; 1AVZ C; 3MEA A; 3RKY A; 2PUO B; 5GAN e; 5CKH A; 1M2V B; 3G71 Q; 1IO6 A; 2AZS A; 5GAN 7; 2R57 A; 5IHN A; 1PC0 A; 3CC7 A; 3MO8 A; 1SHF A; 4J6W A; 4ME7 A; 3RNJ A; 2EBP A; 3CBO A; 2G3R A; 4GLK A; 3CMA Q; 3L2U A; 1W4S A; 5KE3 A; 1G3T A; 2K79 A; 3OBW A; 1QCF A; 2EQM A; 2W0Z A; 2K5L A; 3G7Z A; 2RA2 A; 1UDL A; 2BUD A; 1RAG B; 4M77 E; 1YP5 A; 3CCM Q; 3E9G A; 2KXD A; 3JRZ A; 4OB3 B; 3OYL A; 2X9H A; 4E7J A; 3PGG A; 2DMO A; 5M9O A; 2MMP A; 4F7U E; 4GLM A; 3V8L A; 5KYW B; 1JJ2 P; 4RCB A; 3BE3 A; 4Y92 A; 2QG9 B; 3CCS A; 4IUQ A; 1VQ6 T; 4P5N A; 3PTA A; 1K73 C; 4C0D B; 4PLL A; 1VQO A; 2K5I A; 1RL2 A; 4XTV A; 5KYY B; 4C8Q E; 1RAA B; 1ZHI A; 1OEB A; 2YXY A; 3ZFJ A; 1PWT A; 3SWN B; 4BB7 A; 5GAM j; 2ESW A; 1ZSZ B; 1AZG B; 3EG3 A; 4B9W A; 3CC4 T; 4M75 B; 2Z0W A; 4NOY A; 4BY6 B; 1M3C A; 4RKU E; 3M53 A; 3MPU B; 1KG1 A; 4IUP A; 1JQQ A; 2RM4 A; 2COY A; 2CSI A; 2F69 A; 4KT0 E; 3OYC A; 2HD0 A; 3QJ6 A; 1UEB A; 1OOT A; 5GAN 2; 1VYU A; 2ABL A; 1BK2 A; 4FSS A; 3CC7 Q; 4QKU A; 4KGZ B; 4BI4 A; 5GAO r; 3M4Y A; 5ECA A; 5J3B A; 2ZAE A; 5GMK h; 3P8B B; 3OYD A; 2O4X A; 1JU5 C; 3KUF A; 5CR2 A; 1Y07 A; 5LJ5 g; 2EIF A; 2ZPI B; 1VQ6 A; 3JAM E; 5GAN 3; 3RER A; 1K76 A; 2DKG A; 3FJP A; 2K4Y A; 2QXF A; 2VKN A; 3LW5 E; 1PKT A; 3VS6 A; 4JS5 A; 3ASK A; 2MIO A; 2PU9 B; 3HP9 A; 4L5G A; 2QDL A; 2ZZD A; 1W1F A; 4DBH A; 3CEY A; 2CH4 W; 3PE0 A; 1UE9 A; 2P0Q A; 3CC4 A; 4ZN1 A; 2BZY A; 2ATC B; 1YJN T; 4OGC A; 3RES A; 3UT1 A; 1IGU A; 3LGL A; 3CCS Q; 1Y71 A; 4HCB A; 3VUB A; 2JW4 A; 2E65 A; 3OW2 P; 1VQO Q; 4OMM A; 1MMN A; 3JB9 D; 3LWI A; 1PD1 A; 4N0A A; 3M0Q A; 2FZK B; 1KK7 A; 3H0H A; 4ZGE B; 1FXX A; 4A4K A; 2AKK A; 2ZPE B; 2DL8 A; 1WA7 A; 4XTY A; 2YDL A; 1SPK A; 3PT9 A; 2EFI A; 4M7D G; 1KHC A; 1XNI A; 1HK9 A; 3MCA B; 4BAC A; 3H8Z A; 2DZC A; 4FYY B; 2AT1 B; 2M51 A; 1BI0 A; 1U1S A; 1Y7X A; 2EJF A; 4E7H A; 5LJ3 f; 3VS0 A; 3LX7 A; 1MMG A; 2E1H A; 4KUI A; 3MEV A; 5D6Y A; 3CPW P; 1VQ8 T; 4D6W A; 1R0C B; 4EMK B; 1FMK A; 1AOJ A; 5FU6 B; 2ROT A; 5GAO q; 1QVF A; 3DKM A; 2X4J A; 1YJN A; 1YJ9 T; 4LDW A; 3R6O A; 1RLQ C; 5I2S A; 3NTI A; 1VQ6 Q; 2AZV A; 2EWN A; 1CSK A; 3LLR A; 4A4G A; 3FRN A; 2Y90 A; 2VAS A; 5CIU A; 1ACM B; 2J05 A; 2JJ9 A; 1U06 A; 4J6Y A; 4PFO A; 4O6J A; 4J9D A; 5KE2 A; 2QQA A; 4J7I A; 1CKA A; 1QVG P; 4RTT A; 1GXI E; 3JB9 I; 1ZSG A; 1ZA2 B; 4FL6 A; 4IUR A; 2RI5 A; 4OP0 A; 2QEX T; 3CC4 Q; 5DLQ E; 2HSP A; 4J9E A; 3JCM d; 1QVG A; 2YRD A; 3M9Q A; 3ULR B; 1FYN A; 1QCN A; 3VS7 A; 1OU9 A; 5FWB A; 4RTZ A; 4HVW A; 2CUD A; 2M9U A; 1YHQ T; 1VQ8 A; 1NLO C; 2LX9 A; 2SRC A; 1B07 A; 4XQ3 A; 5FRM A; 4OMF B; 1HJD A; 3EGX A; 2ZPG B; 2DXU A; 4ZN3 A; 1WHL A; 1JJ2 S; 4QW2 A; 3NTK A; 2AKL A; 4HA8 A; 4KUL A; 1MUZ A; 4OB2 B; 1YJ9 A; 1OZ2 A; 2XMF A; 3N5B B; 4ZGD B; 3A8L B; 3E2U A; 2R5M A; 4XTU A; 1M1K U; 4F7U B; 1KFZ A; 4FT2 A; 4HVV A; 2HCK A; 2CZ7 B; 3L2W A; 2M1H A; 3HRT A; 3GIB A; 1OV3 A; 1WFW A; 2DJZ A; 3QUI A; 1ABO A; 1YJN Q; 1M30 A; 4BE2 A; 3CQT A; 3M0T A; 4X1V A; 1ZSZ A; 4C8Q B; 2NLU A; 1FWZ A; 4HCC A; 1SSH A; 3TSZ A; 1T3S A; 1YI2 Q; 3CCL A; 1RLP C; 3JB9 J; 2Y4Y A; 2K9G A; 1YHQ A; 4R55 A; 1VIF A; 8AT1 B; 3HRS A; 3EFR A; 2XDP A; 5CKB A; 2C0O A; 4NL3 A; 4FT4 A; 1MHN A; 4MML A; 4NL2 A; 5HY6 A; 2KYB A; 1YWO A; 2MI6 A; 5IH2 A; 1TWB A; 4BI8 B; 3JCM J; 3MET A; 1RAB B; 1HYO A; 5CQY A; 5FU7 B; 2ED1 A; 4CC7 A; 2K3Y A; 4OMO A; 3BW1 A; 3UWN A; 3NHN A; 5I21 A; 4FIB A; 4E47 A; 1VQ8 Q; 4MMK A; 2LQN A; 2XDD A; 1Q7Y C; 2PVO B; 1C0M A; 1EFN A; 4IIM A; 4UC4 A; 1UTI A; 1M8V A; 1H3H A; 2DL4 A; 4M78 B; 3GNG A; 2FRY A; 3L2R A; 4RTU A; 1VYV A; 1KQ2 A; 4C8Q D; 4HCK A; 4RUG A; 1R0B G; 2JM8 A; 1YJ9 Q; 2XD0 A; 3ER0 A; 1OI1 A; 4FSX A; 4MZT A; 5HK3 A; 3VYG A; 1BYM A; 3A5Z B; 3OW2 S; 2EQU A; 3GOX A; 1LJO A; 5GAM g; 2H3E B; 2V26 A; 1TUC A; 3CCR Q; 3O8V A; 3DLL A; 2DF6 A; 1AWO A; 3JCM h; 1T0H A; 2EYW A; 2R58 A; 3RDV A; 4GY5 A; 2LDM A; 3OYG A; 4XU3 A; 3L2V A; 2QEX Q; 1MGQ A; 3OYE A; 4PJO E; 5LJ3 j; 1AWX A; 2EYY A; 5HCK A; 1PD0 A; 1VQ9 T; 1BCM A; 2ENM A; 1U1T A; 4J9I A; 4HT9 A; 3S3M A; 1E6H A; 3CPW S; 3SD4 A; 1WYX A; 1TUD A; 1YHQ Q; 1JRI A; 4QQ6 A; 2X51 A; 4M78 D; 1WQ7 A; 2KVQ G; 4RTW A; 1ZUK A; 4M75 E; 3REB B; 4A54 A; 2MK5 A; 1BI1 A; 4EMK A; 3VKI A; 3HL8 A; 4CI0 C; 4RG2 A; 4B6M A; 5I22 A; 5D7U A; 1I81 A; 1QVP A; 2EYX A; 3NMZ C; 3BFM A; 1M1K C; 3X25 B; 4EMG A; 2JT4 A; 2RQV A; 1K0S A; 1X6B A; 1VQ7 Q; 1SKU B; 3I55 T; 5CQX A; 2DD4 A; 2D8J A; 3QZ5 B; 2O01 E; 3ZEH A; 1ZA1 B; 1VQ9 A; 1YCY A; 3UAT A; 4C92 E; 1C6V X; 4RMO A; 3QHS A; 1R8O B; 1LOJ A; 1U5S A; 1Q7Y R; 4LDX A; 1NYG A; 3SDZ A; 4FW2 A; 3PFS A; 2M0O A; 3MKD A; 3CC2 T; 1KQS S; 4BI3 A; 2RMO A; 4J8O A; 1S72 T; 1UHF A; 3HPW A; 3OYK A; 5EG2 A; 2XK0 A; 1UJY A; 1WIE A; 2CP5 A; 3KFV A; 1X75 C; 3S3N A; 3KXT A; 4ESR A; 2K7A A; 2CSQ A; 1T3L A; 2DXT A; 4M77 A; 3VS2 A; 5IT9 E; 2MYS A; 3CCE T; 5CAI A; 1WJR A; 3UPU A; 3P8D A; 5FWC A; 1YBY A; 3I35 A; 2OTJ T; 4ZGJ B; 5A0D A; 2K6D A; 4MDW A; 3H0I A; 2NUT A; 4LUE A; 2CUB A; 4F7U A; 1G83 A; 2WSE E; 2GTO A; 3QYG B; 4M4Z A; 3I55 A; 3HKS A; 2RK1 A; 3MEW A; 5C0M A; 2RHZ A; 5AT1 B; 2E41 A; 1LVK A; 1UB4 A; 3INZ A; 4M77 C; 4KH1 B; 3TEE A; 2DTO A; 5IHI A; 3R6N A; 1PCX A; 2MCN A; 1SEM A; 1OUL A; 3CC2 A; 2QAS A; 1WPY A; 4J9C A; 4L6V 5; 2FG0 A; 3HSB A; 3SHW A; 3M0P A; 2LT1 A; 4XTW A; 5GAN g; 1S72 A; 3AT1 B; 3RMS A; 4RTX A; 2GBQ A; 2OAW A; 3EFO B; 3QSU A; 4O5V A; 3JCM X; 1OX9 A; 2VGN A; 4C5G A; 1NJI R; 2DTH A; 4M7D B; 2DYB A; 3HFN A; 3CCE A; 2CYZ B; 3EHR A; 1W70 A; 2DIL A; 2OTJ A; 2DNU A; 2E5K A; 2ED0 A; 1X27 A; 4DQ2 A; 3CD6 Q; 4B9X A; 3TQ7 P; 2KAF A; 1RAH B; 4JRP A; 3ME9 A; 3RKX A; 2JMC A; 5KH6 A; 1I8F A; 2C06 A; 3M5A A; 1G8X A; 2GNC A; 3OYH A; 4GBQ A; 3M0S A; 2A0F B; 4C5H A; 3QDR B; 2DBK A; 5DY9 A; 2EJG A; 2JTF A; 2RI2 A; 2RI3 A; 1RI0 A; 2M16 A; 1GL5 A; 1B34 A; 2D0N A; 4AFQ C; 1Y57 A; 2DL3 A; 1X6G A; 3EFS A; 1BI2 A; 4M77 F; 4NS5 A; 2EKH A; 1WXT A; 1N9S A; 1UUE A; 4L59 A; 1OYX A; 2HNI A; 3VUZ A; 5GAN f; 4PJL A; 3VU3 C; 4HCZ A; 2CT4 A; 4M7D D; 2DD5 A; 1UFF A; 2NUP A; 4BDZ A; 2HBW A; 3VS3 A; 4F7U F; 4J6X A; 2SEM A; 1RAE B; 1I0C A; 3CC2 Q; 2CRE A; 2KT1 A; 3EGD A; 5CO7 A; 3A8H B; 3ZL7 C; 4PJO B; 4Y28 E; 1NYF A; 1O9S A; 1S72 Q; 2RQT A; 4BD3 A; 2YLB A; 1FMV A; 1JXM A; 4ZNX A; 3C12 A; 2RQR A; 2WAC A; 3EG2 A; 4ORZ A; 4M7A G; 4BE1 A; 2DL7 A; 8ATC B; 3CCJ Q; 1M27 C; 4E6R A; 3EG9 B; 1ZUY A; 2LCC A; 4KUD K; 3CXC P; 2OTJ Q; 4M7A A; 1M2O A; 3JB9 H; 2YUQ A; 2I2L A; 2DVE A; 1XOV A; 3NPF A; 2X3W D; 3PIO A; 3RIR A; 4V2S A; 2AIR B; 3CXC A; 2LCL A; 1YIT T; 3X24 B; 2HL3 A; 2HKQ B; 3M55 A; 1Y96 B; 2LNV A; 1N8R U; 2EYQ A; 2E10 A; 1NPR A; 3JSC A; 4M7A C; 1BB9 A; 4E2F B; 5A0L A; 4PJO D; 4KH0 B; 5GMK j; 1NEG A; 4JJD A; 5LJ3 g; 3U23 A; 1PNJ A; 4Z89 A; 1BI3 A; 3OMG A; 1BIB A; 4J9F A; 2QGF B; 1RAC B; 4M78 E; 4K11 A; 4JJC A; 4EPC A; 4CRI A; 1WLP B; 4C92 B; 2YUP A; 1J3T A; 5IAY A; 5KYX A; 5CKD A; 2RB6 A; 3QKJ A; 3QXE B; 3FEO A; 4F17 A; 4M75 D; 1Q81 U; 2NWM A; 3JCM e; 4LUD A; 2E6N A; 2DJQ A; 4OML A; 3E9F A; 4DOW A; 2LVM A; 5J39 A; 1SHG A; 1TU0 B; 2EQJ A; 1TH7 A; 4F16 A; 3RR6 A; 1YIT A; 1IRE B; 2L3P A; 2DRM A; 3M0U A; 4XU0 A; 4A53 A; 3C94 A; 2XDB A; 2JUF A; 2LRQ A; 1VQ4 T; 1LNX A; 1I4K 1; 4KGV B; 2DRK A; 4A4F A; 2MPX C; 4WTO B; 2EGE A; 1KJW A; 5CVI A; 1QQJ A; 5LJ5 e; 2FZG B; 3V7C A; 4E7Z A; 4C92 D; 1JXO A; 1OZ3 A; 4OMQ A; 1VA7 A; 1K8A C; 4JRI A; 4N0A C; 3VRZ A; 1QVF P; 4JRK A; 2LQW A; 4DOV A; 4F14 A; 1Q7Y U; 4M7A F; 1I5O B; 2RHI A; 2ZGW A; 1WZO A; 3QZ9 B; 1WI7 A; 2MWO A; 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1HXD A; 4MZP A; 4M7D E; 3OYM A; 2DK3 A; 3FJ5 A; 3CCQ T; 2H8H A; 3SWN C; 3E19 A; 4JJB A; 2CKK A; 1ZSZ C; 1BKB A; 2ECZ A; 2LJ0 A; 1W2B A; 2BZ8 A; 2EAY A; 1K9M R; 5D6W A; 2D9T A; 2P4R A; 2CS7 A; 3JCM P; 4BY6 C; 2YUN A; 4PLI A; 4PNO A; 1QCO A; 1WXB A; 4JUV A; 3THK A; 2XI9 A; 1X2Q A; 3V8J A; 2AK5 A; 1OU8 A; 4AT1 B; 5L23 A; 2JNG A; 4C92 A; 4DEX A; 1PSF A; 3CBM A; 3ZBD A; 2E5Q A; 2RJE A; 3M54 A; 2FZC B; 3C95 A; 2YHT A; 1Q86 U; 3I56 A; 3CCU T; 3RMQ A; 3TVT A; 4XK8 E; 1PG5 B; 2LC4 A; 2QDY B; 3HTR A; 2L3S A; 1N8R R; 2HL5 C; 4LXC A; 3A8G B; 5L8R E; 2CH4 A; 2ZPH B; 3A1P A; 3CCQ A; 3QDF A; 1D1B A; 2FYK A; 2QYZ A; 2P4T A; 2DER A; 1AWJ A; 2O9S A; 5I11 A; 3REA B; 1OPL A; 3OYF A; 1AD5 A; 1QVF S; 4LN2 A; 3OSV A; 3SEM A; 2KK4 A; 1GFC A; 2KT8 A; 1ZUU A; 2ZCF B; 3CCL Q; 3OA6 A; 4OMN A; 4HT8 A; 3J7A F; 2ROL A; 3MP1 A; 2LT4 A; 1Q81 R; 1SRL A; 2FVU A; 4M75 F; 3RBB B; 2OAU A; 5LJ5 h; 3EGU A; 2HEQ A; 2RJF A; 1VQM T; 2CDT A; 2KYM A; 1V76 A; 5GAM e; 3CCU A; 1SG5 A; 3S3O A; 4N4G A; 2V1R A; 3M0R A; 5GAN 5; 1JO8 A; 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