The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
GSSGSSGLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 2nd CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| total genus |
8
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QK0 A; 2E4H A; 2CP3 A; 1WHL A; 2HKQ B; 2M02 A; 2CP6 A; 1TOV A; 4B6M A; 1WHM A; 2CP7 A; 2MPX C; 1IXD A; 2COY A; 2HL3 A; 3RDV A; 2HKN A; 1WHG A; 2E3H A; 2HQH A; 2COZ A; 2CP5 A; 1WHH A; 2HL5 C; 1WHJ A; 1TXQ A; 3E2U A; 1WHK A; 3TQ7 P; 2COW A; 2CP2 A; 2CP0 A; 2E3I A; 2Z0W A; 1LPL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OGE A; 3A8O B; 3JCM c; 2JNG A; 4X9C A; 2GTJ A; 2K79 A; 2JW4 A; 5C6S A; 4N0A C; 2DNU A; 2QQB A; 2QA4 A; 2L0A A; 2LJ3 A; 1V76 A; 1Y0M A; 2MOX A; 3JB9 H; 1T0J A; 2FPE A; 2K3B A; 1QCN A; 3VRY A; 1JU5 C; 1VQ4 A; 2GQV A; 5GAN f; 2CP3 A; 2J6O A; 2HZY A; 2PNI A; 4OB1 B; 2OX7 A; 3M9Q A; 4X9D A; 1QP2 A; 4M7A B; 3CCU Q; 1YJW Q; 2RO0 A; 1TUC A; 4RTT A; 2A7Y A; 2IIM A; 3EGX B; 3ME9 A; 2CH4 W; 4C0D C; 3CCS Q; 3A8H B; 3CCM T; 1T3S A; 2X35 A; 3EH2 A; 2AK5 A; 1VQP Q; 2X4Y A; 3KBG A; 4MZM A; 3CXC A; 3PT9 A; 4A4G A; 1SHG A; 1VQL T; 1WHK A; 4FYW B; 2OAU A; 5GAM h; 1BU1 A; 1Y7X A; 2DVE A; 2RHI A; 1Q7Y U; 4M7D A; 4JJD A; 3CCV T; 1AZG B; 1KJW A; 3OSS C; 3OYC A; 3RNJ A; 1QVF P; 4RTY A; 2FHD A; 3MO8 A; 1SSH A; 2PQW A; 3G6E A; 3EHR A; 3OBW A; 3MKD A; 1U8R A; 1KG1 A; 1OEB A; 3UT1 A; 3KXT A; 1H8K A; 1TG0 A; 2M9U A; 4M7D F; 2DXC A; 1K8A U; 1YP5 A; 4PJO E; 1M90 R; 4E7Z A; 4OB0 B; 4ZNX A; 3LX7 A; 3VU3 C; 1UGV A; 1D0Y A; 3PMI A; 2KXD A; 3QBY A; 1SPK A; 2AZV A; 5EG2 A; 4M7A G; 4X34 A; 2XMF A; 1X2Q A; 4QT7 A; 1UG1 A; 5GAN 6; 3TSW A; 3X25 B; 3JB9 F; 1VQ6 A; 2QA4 T; 3GP8 A; 3LWI A; 1ARK A; 4HKE A; 1SHF A; 4RG2 A; 2JS2 A; 1I5O B; 5LJ5 f; 4RMO A; 1GXI E; 4OMO A; 4LD9 K; 4J9E A; 3A1P A; 1RAF B; 2YSQ A; 2BE9 B; 1VQO A; 3CCR Q; 2KT1 A; 3F70 A; 2KK4 A; 2QK0 A; 4CC2 A; 1NEB A; 3JCM W; 1PD0 A; 4XK8 E; 1ABQ A; 4DOV A; 2V1Q A; 3MJX A; 2O4X A; 1VIE A; 4HXJ A; 4LDW A; 2CGH A; 4AG2 C; 2ZPH B; 1T3L A; 3CC4 A; 4PJO B; 1RLQ C; 1N9R A; 5GAN g; 2RK2 A; 4EMK B; 2K9G A; 1M8M A; 1WGS A; 3G4S A; 4FYV B; 2OAW A; 4RCB A; 4KGZ B; 2RMO A; 5GAN 8; 2JJ9 A; 4TVR A; 2QAS A; 3NPF A; 2DEU A; 2COZ A; 3CC7 A; 3HTR A; 2HSE B; 5HY6 A; 1I4K 1; 1OZ2 A; 4E6R A; 4RUG A; 2EWN A; 5A0D A; 2YT6 A; 3HFN A; 4M78 D; 1GCQ A; 2CKK A; 3AT1 B; 3FIF A; 3G6E T; 3V7S A; 4QQ6 A; 4R0K A; 4A4H A; 2YHT A; 1JJ2 S; 2BZY A; 4FT4 A; 2DMO A; 3WVD B; 1MND A; 1WQW A; 2RJE A; 2GGR A; 1PRL C; 2ROL A; 4HCZ A; 1M1K C; 3CCE A; 2C06 A; 2J7I A; 3JB9 I; 3CPW P; 3CCJ A; 3G71 A; 3JCM P; 3VRZ A; 4CC7 A; 4M7D E; 3S6W A; 5J26 A; 3JCM b; 1YN8 A; 1FWZ A; 1VQ6 T; 4PJO G; 5HK0 A; 2XD0 A; 1AWJ A; 1Q86 C; 3HHT B; 3L2V A; 1VQK A; 1X6B A; 4AFZ C; 5DY9 A; 4FSX A; 2ZCF B; 3Q1J A; 3LWH A; 1Z9Z A; 3KUF A; 2EBP A; 5GMK j; 4D6W A; 5J39 A; 2F1L A; 2XIC A; 2MMP A; 5KYY A; 5CK9 A; 4NS5 A; 3G7Z A; 3R6O A; 2J05 A; 2JN0 A; 3CD6 A; 5A0G A; 4IIO A; 1ZSZ C; 2BE7 D; 5LJ5 g; 2DTH A; 4JJN K; 2SEM A; 1M8V A; 1D09 B; 1H3Z A; 4DEX A; 3FC3 A; 2DA9 A; 4ZGJ B; 1RUW A; 2D0Q B; 4JZ3 A; 4BE0 A; 5FU6 C; 3G4S T; 2RB6 A; 2LTO A; 4L6V 5; 2DD5 A; 5FW9 A; 1M9S A; 1O75 A; 2EYW A; 3MP8 A; 3LW5 E; 1MNE A; 4XU2 A; 2O9V A; 1WA7 A; 1W2B S; 2JMC A; 3CC7 T; 2CP0 A; 2RHX A; 3M4G A; 4C8Q A; 2KBT A; 2DL3 A; 1FXX A; 1S72 A; 3G1J A; 1D1A A; 5AYF A; 2ZAE A; 3OYA A; 1Q81 U; 4Z02 A; 2LQW A; 2RD1 A; 4C8Q F; 3IQL A; 1A0N B; 1KD1 U; 2KRS A; 5KE2 A; 4PJJ A; 2OTL A; 1SF9 A; 1LCK A; 3QUI A; 2EJG A; 3CCE T; 4ME7 A; 1PM3 A; 1UGR B; 4LDV A; 1NG2 A; 1I5L A; 3SFM A; 3CCJ T; 3G71 T; 2F5K A; 2XDD A; 1X75 C; 1QLY A; 2DE0 X; 2DXB A; 1SKU B; 1C6V X; 2FPF A; 1JEG A; 1UE9 A; 1ABO A; 4J9C A; 1YI2 Q; 2HQH A; 3OYN A; 4F17 A; 1T0H A; 3C0C A; 3I55 A; 2LMJ A; 2GFA A; 1VQK T; 1KC8 U; 1PC0 A; 4BY6 B; 2M1H A; 5IHI A; 1BYM A; 4FW2 A; 1WXB A; 2JUF A; 1F1B B; 3URG A; 1VOM A; 3JCM Q; 4KGV B; 1EZZ B; 1YIJ A; 2P4T A; 1YJN A; 1CSK A; 1NYF A; 3RBB B; 4XU0 A; 5CO7 A; 1VQM A; 2LNV A; 4JPB W; 4XTW A; 2JMA A; 3CD6 T; 3CCL A; 1WHH A; 4IUQ A; 2E65 A; 3JB9 G; 3QII A; 2HEQ A; 3JCM V; 4HCB A; 1QKX A; 1KK7 A; 3DLL A; 2OTJ A; 2DLP A; 5CKF A; 1RAD B; 3SDZ A; 3OYJ A; 4JRK A; 1M2V B; 2DX1 A; 3HRT A; 3EAE A; 4Y28 E; 4KGX B; 4ZTJ A; 3PFS A; 3N5B B; 3OYB A; 1WHG A; 3L42 A; 3QYH B; 2Y90 A; 4ANJ A; 2X4X A; 2DIG A; 1PWT A; 2R57 A; 4DBF A; 5D6X A; 2V8J A; 1S72 T; 1KSW A; 1MMN A; 1E7O A; 5J3B A; 4HVW A; 4M7A A; 1G83 A; 1W6X A; 1Y96 B; 5CKB A; 1E6H A; 1UJY A; 3QDR B; 2E6N A; 1X6O A; 2MAM A; 1M90 C; 2OTL T; 4M7A F; 2W0Z A; 2Z0W A; 1FYN A; 4JJC A; 1HJD A; 5GAN 4; 5IHN A; 2ZPF B; 1VQ8 T; 2DZC A; 1WLP B; 1YWP A; 2CP6 A; 4F7U B; 5KCO A; 3FEO A; 1UB4 A; 3OYM A; 2KGT A; 4FL6 A; 4C8Q E; 4F14 A; 3H0I A; 3CME Q; 4PFP A; 1K9M R; 3CCQ Q; 2DL8 A; 2CZ6 B; 2HD0 A; 1BB9 A; 3VS1 A; 1HSQ A; 5HKC A; 3I55 T; 4J9G A; 1ZBJ A; 4J5Y A; 2RM4 A; 4HVU A; 1VIF A; 4M75 D; 2KSS A; 2E5Q A; 1V1C A; 1N8R U; 1X2K A; 1QQJ A; 2AKL A; 5GJW B; 2LCL A; 1YIJ T; 2ZPI B; 4KUD K; 1JRI A; 2HSP A; 3VUZ A; 1YJN T; 5LJ3 d; 1VQM T; 2M0Y A; 2DIQ A; 1PRM C; 2JTM A; 4KUL A; 2V8I A; 3CCL T; 1WHJ A; 4XTX A; 3S3M A; 1AEY A; 4J6Y A; 1K73 R; 1RLP C; 4JRP A; 4M78 B; 4R56 A; 4E7I A; 3X26 B; 2E4H A; 2OTJ T; 1PCX A; 1VQ7 A; 2XDB A; 1O9S A; 2H8H A; 1JJ2 P; 1Q82 R; 1I1J A; 2GTO A; 1NJI U; 2LT1 A; 3L2W A; 9ATC B; 4CI0 C; 2G6F X; 1QP3 A; 1KQS A; 5FWC A; 1U06 A; 3QZ5 B; 1OU9 A; 2FEI A; 1UGQ B; 4F7U G; 1OQK A; 2YWW A; 4EPC A; 1OX9 A; 2FZG B; 3VS3 A; 2VC8 A; 4PJO C; 1YJ9 Q; 4A63 B; 2K5F A; 2RQU A; 5GAN 3; 1GBQ A; 2EVR A; 4C92 D; 5GAM g; 1SRL A; 2JM9 A; 5D6Y A; 3VS2 A; 4PJO A; 1JBM A; 2CP5 A; 2R5A A; 1WJQ A; 5GMK h; 4QQG A; 4EMK A; 2VWF A; 2QQ9 A; 1VYU A; 2O9S A; 4AT1 B; 1IB8 A; 1FMW A; 4BI4 A; 2DJQ A; 1BI0 A; 2XKO C; 1W4S A; 4HA8 A; 5IHK A; 4PJO F; 4QVD A; 3VS5 A; 1KQ2 A; 5KE3 A; 3CBP A; 3C95 A; 4XTY A; 4M7A E; 1NZ9 A; 2PZ1 A; 4M78 G; 3MHX A; 2RJF A; 1M3B A; 3O5Z A; 3V8L A; 4KT0 E; 2QA4 Q; 1UGP B; 1YHQ Q; 3JV3 A; 3LGF A; 5CQX A; 1ZSG A; 1W2B P; 2QQR A; 4C0G A; 4JUV A; 4JJB A; 1VQ4 Q; 2KQW A; 2XHC A; 4DBR A; 4AFS C; 3VS4 A; 3EG9 B; 1VQN A; 2RQW A; 1LNX A; 2HBP A; 3D7S B; 4Z88 A; 2XK0 A; 3I56 A; 1IGU A; 2PVO B; 2G3R A; 1QVG A; 3X24 B; 1VQ5 A; 2DTI A; 3QZ9 B; 2E12 A; 2FRY A; 2D6F A; 2BZ8 A; 1VQ7 T; 4BI8 B; 5GAN j; 2ZPB B; 3RES A; 3M57 A; 2RI3 A; 1BIA A; 2QYZ A; 5KYN A; 2QDY B; 3V8J A; 1VYT A; 3M0U A; 3U23 A; 2BZX A; 3L2R A; 2FRW A; 2M0O A; 3PTA A; 2C0T A; 3GLX A; 1R0C B; 3PMT A; 3RKX A; 3BDU A; 2CP7 A; 5FRM A; 2NUZ A; 2RH2 A; 3DLM A; 4J7F A; 4M7D C; 4NL3 A; 2F2W A; 2YUN A; 1ZA1 B; 4E7K A; 4M77 D; 2VYT A; 3E2U A; 2LX9 A; 4FIB A; 4RKU E; 4IUU A; 4J9I A; 3G6E Q; 3OS5 A; 4FT2 A; 3RMQ A; 2MWP A; 6AT1 B; 2VGM A; 1B7T A; 3CCU A; 4J8O A; 1ZUY A; 3HRU A; 5CKH A; 3OYI A; 2DXT A; 1AWX A; 2EGE A; 3CCS A; 3VJP A; 1B34 B; 2DYI A; 2DTO A; 3RDV A; 1WYX A; 3CC2 T; 2FVU A; 4KH0 B; 2QAZ A; 2K2M A; 4PJN A; 1TXQ A; 1VQP A; 4MZT A; 2JTE A; 3GF5 A; 4J83 A; 3MEU A; 5I22 A; 4FYX B; 1RAA B; 1P92 A; 4IIM A; 2YRV A; 4KUI A; 3NHN A; 2L89 A; 3S3O A; 2DEQ A; 2HDA A; 3HKS A; 5LL6 S; 5GMK e; 1D0X A; 3LYI A; 1ZQ1 A; 1VQO Q; 2KNB B; 2RA2 A; 2IG0 A; 1KIK A; 1WJR A; 4J9F A; 1BCM A; 3M59 A; 2XU8 A; 1VQN T; 2O01 E; 1G8X A; 4OB2 B; 1YBY A; 4A53 A; 3I56 T; 2R58 A; 2YUQ A; 2X3W D; 4PJL A; 2GCX A; 4BY6 C; 2DXU A; 4EMH A; 2KDS A; 5L8R E; 4ZN1 A; 1VQ5 T; 4PNO A; 3DB4 A; 3RKY A; 3M56 A; 3HSB A; 3VYH B; 1LJO A; 2DZ9 A; 2EIF A; 2MCN A; 4K11 A; 3CC4 Q; 3HPW A; 2XG8 D; 4J7I A; 2FB7 A; 2X4W A; 2B8A A; 2A3L A; 2GBQ A; 3AHU A; 2BTT A; 2VKN A; 1GL5 A; 3A5Z B; 4LN2 A; 2M16 A; 2NWM A; 4BD3 A; 5IH2 A; 1CKB A; 3OS0 A; 3OYK A; 3CCR A; 1IXD A; 1H92 A; 1OPL A; 2JVV A; 2FO0 A; 1M1K U; 1BBZ A; 1WZO A; 1PNJ A; 4PFO A; 1GCQ C; 4KBM B; 3OSV A; 1M2V A; 2KRM A; 4J6W A; 1WX6 A; 1KHC A; 3CCU T; 1HD3 A; 2DKG A; 1Q86 U; 2QEX Q; 4C5G A; 4GLK A; 3I5R A; 4QQD A; 2WSC E; 3CCS T; 3C12 A; 3MEV A; 3JCM d; 2HKN A; 2VV5 A; 4OF1 A; 3CXC S; 4ZGD B; 4N4I A; 2E70 A; 2LQN A; 1VQP T; 2CZ0 B; 1Y96 A; 2ECZ A; 1ZA2 B; 1XQH A; 3FLG A; 1K0S A; 2FPD A; 4XTU A; 2K3Y A; 2EGC A; 4DA4 A; 2HL3 A; 4LNP A; 2DVJ A; 1MV0 B; 2EKO A; 2LZ6 B; 2RF0 A; 2HL5 C; 1AWW A; 4F7U A; 1M27 C; 2FZK B; 1K73 C; 5GAO q; 3EGD B; 2WSE E; 5GJV B; 1XOV A; 4C92 B; 3CD6 Q; 4F04 B; 1PG5 B; 8ATC B; 3UA6 A; 1Q82 C; 1JXM A; 1MMD A; 3H8Z A; 3LLR A; 4M75 G; 4BAC A; 3ZFJ A; 4F7U F; 2RK1 A; 2PVD B; 3RER A; 3TVT A; 1UEC A; 5FU7 B; 3GBQ A; 2JS0 A; 4CC3 A; 1QVF A; 1RAC B; 2K4Y A; 2DIL A; 1PD1 A; 2YUP A; 2IVW A; 2XID A; 1M30 A; 2QQA A; 1IRX A; 5LJ3 h; 1BI2 A; 4WCI A; 4O5V A; 3CCR T; 3BY7 A; 3PGG A; 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3CMA A; 5DLO A; 2JM8 A; 3OS1 A; 1OOT A; 3ULR B; 1VQ9 T; 2M51 A; 2LNH B; 1EIF A; 5GMK m; 1XNI A; 2AT1 B; 4IUR A; 4Z8A A; 1K8A R; 3M54 A; 1BI3 A; 5GAO m; 1K9A A; 1OV3 A; 4RTX A; 4LUE A; 2B86 A; 1UTI A; 2CT4 A; 5LJ3 e; 1IRE B; 1M3A A; 4M78 E; 2QGF B; 5I11 A; 2RI2 A; 3HFO A; 4M77 G; 2X3X D; 2HCK A; 3PIO A; 2L5Q A; 5EC7 A; 2Y4Y A; 1U1T A; 1FMK A; 3J81 E; 3EFO B; 1NPR A; 2MWO A; 4E7L A; 3NTI A; 1AVZ C; 4CC4 B; 2ZGW A; 5AT1 B; 3MEW A; 3EG0 A; 1B34 A; 4MMK A; 3GNG A; 2H3J A; 4PJO D; 1TS9 A; 1WDX A; 2EW3 A; 3VS0 A; 2COY A; 3P8H A; 2J6K A; 4DQ2 A; 3A8L B; 2DO3 A; 5I2M A; 3ASK A; 1VQ7 Q; 2ZZD A; 3CME A; 3PIP A; 2OJ2 A; 2KYM A; 3CCQ A; 2LJ0 A; 1QKW A; 2ABL A; 1MV3 A; 2CRE A; 4QVC A; 2DD4 A; 2KY9 A; 4OML A; 1TU0 B; 2M02 A; 2D9T A; 5GMK l; 2CSQ A; 2K57 A; 4A4E A; 3CXC P; 4ELY C; 2DFU A; 1XJW B; 4B9X A; 5GAO l; 4RG8 A; 2DET A; 1CKA A; 3CCM Q; 1VYV A; 2EFI A; 1YIT T; 3CMA T; 2K2V A; 5GAN d; 3OY9 A; 2ROT A; 2A0F B; 2L3S A; 5FU6 B; 3I9Q A; 3QXE B; 4EMK C; 2RQT A; 2EYX A; 1VQL Q; 4WF2 A; 4A4K A; 4X1V A; 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