The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKITVNGKTYERQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure and dynamics of the chimeric SH3 domains, SHH- and SHA-"Bergeracs".
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
9
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YUP A; 4LN2 A; 3PE0 A; 1ARK A; 3CQT A; 2HCK A; 1AVZ C; 2RQV A; 3FJ5 A; 2KT8 A; 1Z9Q A; 2D1X A; 4QT7 A; 4OML A; 4RTV A; 5IHN A; 1UGV A; 5L23 A; 2C0T A; 2OAW A; 4R0K A; 3KFV A; 4LUE A; 2AKL A; 3H0H A; 1RLP C; 1B07 A; 4HVW A; 2CDT A; 2EW3 A; 1UFF A; 2BZY A; 2FG0 A; 4JPB W; 1CKA A; 2X3X D; 2LNH B; 4D8K A; 2L3S A; 4J9G A; 1RI9 A; 1HD3 A; 1WDX A; 1WI7 A; 4GBQ A; 3R6N A; 3I5R A; 5ECA A; 1BBZ A; 5I22 A; 2KEA A; 3NPF A; 4LNP A; 2A36 A; 2L2P A; 1UDL A; 3O5Z A; 1AZE A; 1Z9Z A; 1AD5 A; 1PKT A; 1GBR A; 1ZX6 A; 1A0N B; 2D8H A; 2V1Q A; 1G83 A; 4CC3 A; 1VYT A; 1X2Q A; 4IIM A; 1NG2 A; 3M0T A; 2J6F A; 2A37 A; 3I9Q A; 3ULR B; 1H3H A; 1VYV A; 3EHQ A; 3EHR A; 4EIK A; 2EYW A; 4RUG A; 1YWO A; 1E7O A; 3VS4 A; 1ZUK A; 2QDL A; 3M0R A; 2LX7 A; 1NYG A; 2F2W A; 3VS3 A; 1QWE A; 3ZL7 C; 4JJC A; 2W10 A; 2DX1 A; 1UJ0 A; 1V1C A; 5IXB A; 2FRW A; 1QLY A; 4J9E A; 2CSQ A; 4J9B A; 1SSH A; 2EGA A; 2AK5 A; 1SHG A; 4J9F A; 1K1Z A; 4F16 A; 3EG1 A; 2DNU A; 4AG2 C; 2DF6 A; 1X2K A; 4CC7 A; 1PWT A; 4ORZ A; 1NYF A; 2RQU A; 3QWX X; 4FSS A; 3H0F A; 3VRY A; 4Z89 A; 1OPL A; 2K6D A; 1AEY A; 5I11 A; 2BZ8 A; 2EQI A; 1JXO A; 2CT4 A; 3THK A; 2MIO A; 1SRL A; 4AG1 C; 2O2O A; 3SEM A; 1I07 A; 1UE9 A; 3EG3 A; 1BK2 A; 1U06 A; 4J9H A; 2MCN A; 2GQI A; 2O9S A; 2HEQ A; 1UUE A; 2EPD A; 1CSK A; 1AWX A; 1T0J A; 2EGE A; 1PRL C; 2EYZ A; 2CRE A; 3NMZ C; 4K11 A; 2LMJ A; 2KE9 A; 1YP5 A; 4OMN A; 1XOV A; 1G2B A; 2H8H A; 1TG0 A; 2PTK A; 3QWY A; 2L3Q A; 3NGP A; 3TSW A; 2I0N A; 1ZBJ A; 2W0Z A; 2FO0 A; 4X1V A; 1JU5 C; 1M3B A; 1AWO A; 2ED0 A; 3M0S A; 1M30 A; 4OMO A; 1JQQ A; 2KGT A; 2JS0 A; 1GCQ C; 4RTX A; 2OJ2 A; 4E6R A; 1BB9 A; 1JO8 A; 2HBW A; 1QWF A; 1IO6 A; 1AWJ A; 2B86 A; 1WXU A; 2JXB A; 1T3L A; 1PKS A; 2JMC A; 1Y57 A; 4CC2 A; 2M51 A; 3UAT A; 1M3C A; 2YUQ A; 5IXF A; 2J06 A; 2FPE A; 2A28 A; 1LCK A; 2HSP A; 2V1R A; 1I0C A; 2JM9 A; 1GCP A; 2P4R A; 1X27 A; 3I5S A; 2KR3 A; 2DA9 A; 2DVJ A; 4JJD A; 3IQL A; 1MV3 A; 4KRT A; 3GBQ A; 2RF0 A; 1PRM C; 5FWB A; 3EG0 A; 4CC4 B; 2BTT A; 1VYU A; 1SPK A; 2FPD A; 2J05 A; 2ROL A; 1QKX A; 2ROT A; 2L0A A; 3TVT A; 4HVV A; 3JV3 A; 2DL8 A; 1MV0 B; 2RQT A; 3RNJ A; 2KRN A; 4J9I A; 1QKW A; 2JW4 A; 2GNC A; 4GLM A; 2ED1 A; 3M0U A; 4HCK A; 1M27 C; 3U23 A; 4Z8A A; 2DYB A; 4A63 B; 1YNZ A; 1I1J A; 3C0C A; 4LE9 A; 1ABQ A; 1NLO C; 2G6F X; 4HVU A; 4Y92 A; 2DL4 A; 2C0O A; 3I35 A; 2ENM A; 2PZ1 A; 3VS0 A; 1ABO A; 4RTU A; 2RPN A; 4OMP A; 1RUW A; 1NEG A; 2A08 A; 2J6O A; 2K79 A; 1GFD A; 1BU1 A; 1K4U S; 2DM1 A; 2RN8 A; 2EYX A; 1GCQ A; 4J9C A; 2D8J A; 2RNA A; 2YSQ A; 1W6X A; 2DE0 X; 1WIE A; 1U5S A; 2DMO A; 5IHI A; 2VKN A; 2NWM A; 3H0I A; 3UF4 A; 2GTO A; 2CSI A; 1GRI A; 1U3O A; 4Z88 A; 1CKB A; 3VS1 A; 2C0I A; 2LQN A; 1ZUU A; 1N5Z A; 1K9A A; 2DIL A; 2DBM A; 5GJV B; 2EGC A; 2JTE A; 2O88 A; 3EG2 A; 3M0Q A; 4AFU C; 2DL5 A; 2IIM A; 1UHF A; 2GGR A; 2JM8 A; 2YUO A; 4RTW A; 2OI3 A; 1AZG B; 1WYX A; 1AOJ A; 2LZ6 B; 1Y0M A; 2JT4 A; 4DEX A; 1AWW A; 1OEB A; 4IIO A; 3PVQ A; 1UG1 A; 1K76 A; 1TUD A; 2J6K A; 2K3B A; 1M8M A; 1UEC A; 1SHF A; 1T0H A; 1X6B A; 1X69 A; 3SHW A; 1KFZ A; 2DL7 A; 2NUZ A; 1OV3 A; 2RQW A; 2DRK A; 4ZNX A; 2AZV A; 2LJ0 A; 1ZSG A; 2KBT A; 2KRO A; 2KXD A; 2F2X A; 2D0N A; 2DRM A; 2E5K A; 2KRM A; 1WX6 A; 3H41 A; 5IH2 A; 2L3P A; 1YN8 A; 2LCS A; 1K0S A; 4HXJ A; 1J3T A; 2X3W D; 1ZLM A; 1YWP A; 1T3S A; 5GJW B; 2EBP A; 2FPF A; 5EC7 A; 5FWC A; 1UJY A; 4WCI A; 1W1F A; 2ECZ A; 2YUN A; 5FW9 A; 2LJ3 A; 3RBB B; 1FYN A; 2DL3 A; 4JJB A; 4AFQ C; 2ABL A; 1UHC A; 1ZUY A; 2KNB B; 3NHN A; 2GTJ A; 2AZS A; 4F14 A; 1WLP B; 1SEM A; 1W70 A; 1K0X A; 3REB B; 2DJQ A; 2KYB A; 4RTT A; 3REA B; 1E6H A; 4JZ3 A; 2LQW A; 2PNI A; 4RTY A; 1JXM A; 1S1N A; 2F2V A; 1HJD A; 1MUZ A; 2VVK A; 1WXB A; 1UTI A; 2YDL A; 3VS6 A; 2RQR A; 3A98 A; 1B3Q A; 4LUD A; 2FEI A; 2CUB A; 4JZ4 A; 3M0P A; 4J9D A; 3VS5 A; 2KRS A; 1TUC A; 2J7I A; 2KT1 A; 2SEM A; 2EYY A; 1HSQ A; 4OMM A; 3UA6 A; 1PHT A; 5HCK A; 2LP5 A; 2HDA A; 1H8K A; 1NEB A; 1YCS B; 2BZX A; 1WA7 A; 1WXT A; 2KYM A; 2LJ1 A; 2JS2 A; 1QCF A; 1GBQ A; 1X6G A; 1VA7 A; 2KXC A; 2O9V A; 2XMF A; 4F17 A; 1EFN A; 2DBK A; 2VWF A; 1X43 A; 4DEY A; 2K2M A; 1NLP C; 2FRY A; 2EVR A; 1KJW A; 3VRZ A; 2CUD A; 3EGU A; 4AFZ C; 1WFW A; 2K9G A; 2M0Y A; 1JEG A; 3TSZ A; 3PVL A; 1M3A A; 1PNJ A; 4D8D A; 1KIK A; 4AFS C; 2AKK A; 1GL5 A; 2JMA A; 1SRM A; 4M4Z A; 2DLP A; 2MOX A; 1KSW A; 1RLQ C; 2EKH A; 2K7A A; 5IHK A; 1FMK A; 1NM7 A; 3VS7 A; 1H92 A; 3UA7 A; 2ESW A; 4OMQ A; 4ESR A; 2CT3 A; 3LH5 A; 3VS2 A; 1OOT A; 2RMO A; 1E6G A; 1OPK A; 2CH4 A; 2O31 A; 2SRC A; 2CH4 W; 4RTZ A; 1GFC A; 2GBQ A; 2YT6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MYS A; 2YUP A; 1RAF B; 3F70 A; 2HCK A; 5GAN g; 4LDU A; 2MWO A; 2KT8 A; 5GMK m; 1PSF A; 4QT7 A; 5D6W A; 4KGV B; 5GMK i; 3GP8 A; 1M90 U; 4J7I A; 3BDL A; 3KFV A; 2AKL A; 3H0H A; 5DY9 A; 3CCS Q; 9ATC B; 1RLP C; 2RM4 A; 5IN1 A; 4FU6 A; 2KVQ G; 1BCM A; 2CDT A; 4PNO A; 2EW3 A; 3GIB A; 3GLX A; 3UWN A; 2BZY A; 4QVZ A; 5GAN 6; 4E7L A; 2FG0 A; 2NUP A; 2LNV A; 2NUP B; 1VQM Q; 5GAN h; 2VUB A; 3R6N A; 3VJP A; 2CGH A; 5KE3 A; 3GNF B; 3SDZ A; 2JOY A; 1RAC B; 2A36 A; 2L2P A; 3LGF A; 3O5Z A; 1G5V A; 3OYC A; 4KGZ B; 3VYH B; 3SB2 A; 3RMS A; 1PD0 A; 5KYU A; 1GBR A; 4OF1 A; 1QVF S; 1HYO A; 5KYU B; 1KQS P; 2EYQ A; 1VQP T; 4IIM A; 2LQ8 A; 3CCM A; 1V29 B; 3HSB A; 3OYY A; 5C0M A; 1VYV A; 3EHQ A; 3EHR A; 3JCM W; 1MMN A; 1Q82 C; 4EIK A; 3CCV Q; 3N5B B; 4M77 E; 1E7O A; 5CCA A; 1ZUK A; 3CCR T; 3CCL Q; 2NUT A; 2RK2 A; 2NUT B; 4TVR A; 1IRX A; 2KSS A; 4L6V 5; 2DX1 A; 1V1C A; 3LGL A; 3CCJ A; 2FRW A; 4RKU E; 2QEX T; 2LT4 A; 2CSQ A; 1SSH A; 4XU2 A; 4LDX A; 4J9F A; 2P4T A; 3H9N A; 1VOM A; 2DNU A; 1ZA2 B; 2DF6 A; 4CC7 A; 5CK9 A; 2GFU A; 2HKN A; 5I11 A; 3BDU A; 1JXO A; 1U1T A; 4AG1 C; 1KC8 C; 1OX9 A; 4BI4 A; 2O9S A; 1Q7Y U; 1AWX A; 1CSK A; 2EGE A; 4PJM A; 5GAN 3; 1UGQ B; 2EYZ A; 2CRE A; 3FDR A; 3NMZ C; 2KE9 A; 5FLX E; 4M7A F; 1XOV A; 4E7H A; 3HHT B; 3JRZ A; 2PTK A; 2KK4 A; 1ZBJ A; 2W0Z A; 4ZGE B; 1BI1 A; 2F1L A; 3OS5 A; 3P8H A; 1JU5 C; 1M3B A; 2ED0 A; 1QVF P; 1Q81 R; 3MET A; 3M0S A; 3G1J A; 1VQ5 T; 4N0A A; 3FB9 A; 3G6E Q; 2RD1 A; 2EWN A; 4M75 A; 2FZK B; 1IO6 A; 2B86 A; 2DIQ A; 1T3L A; 4M75 B; 2VGM A; 3TEE A; 2HKQ B; 2FPE A; 4FYX B; 1LCK A; 5GAN 5; 4ELZ C; 1VQO T; 1VIF A; 1GCP A; 1VQN Q; 4ELY C; 2DO3 A; 3NTI A; 3NTK A; 1N8R C; 3IQL A; 1MV3 A; 4KRT A; 4FCY A; 2RF0 A; 1YJN A; 1XTD A; 1PC0 A; 1D09 B; 1D0Z A; 1OU9 A; 3EFO A; 3TVT A; 3EFO B; 2Y4Y A; 2M0O A; 4PJO D; 4KBM B; 3RNJ A; 1TTH B; 1BCO A; 2RJF A; 3JAM E; 3CME A; 2GNC A; 2E10 A; 3CCQ T; 3M0U A; 2A0F B; 4Z8A A; 1IZ6 A; 4LE9 A; 3C0C A; 3EGD A; 1FMV A; 3EGD B; 1JB0 E; 2PZ1 A; 3CC7 T; 4RTU A; 4ZTF A; 4OMP A; 2JTM A; 1WQ7 A; 5HKC A; 3A8H B; 2WSE E; 2K79 A; 1MND A; 1GFD A; 2QQA A; 4M7D G; 4LD9 K; 2DM1 A; 5AT1 B; 2WSF E; 3OW2 A; 2EYX A; 4J9C A; 4BI3 A; 2D8J A; 3A8M B; 1YJW T; 1PSE A; 2K5F A; 2RI3 A; 3CMA T; 2GTO A; 2CSI A; 1U3O A; 3VS1 A; 3OYG A; 3UPU A; 2DTO A; 4PJO C; 2LQN A; 4BE1 A; 1ZUU A; 3M55 A; 1ZHI A; 2EGC A; 2JTE A; 3EFR A; 3M0Q A; 4AFU C; 2QK0 A; 1MNE A; 1IHV A; 2OTL Q; 3V8K A; 5GAN d; 1Y07 A; 3JCM Q; 2E5Q A; 2LZ6 B; 1VQK A; 2LCC A; 4Y91 A; 1AWW A; 2YRD A; 4BD3 A; 2XID A; 2ZGW A; 4HT8 A; 1Y71 A; 2K3B A; 2YXY A; 1UGS B; 2M02 A; 1X69 A; 3I56 A; 4LDY A; 3SHW A; 2DL7 A; 2NUZ A; 2CP6 A; 3MEV A; 2RQW A; 1ZQ1 A; 2DRK A; 2HD0 A; 2D0N A; 3JCM J; 1KQ2 A; 2L3P A; 1YN8 A; 1J3T A; 2X3W D; 4LXC A; 1NJI C; 4WF2 A; 4C5I A; 1SSF A; 1XNI A; 4WCI A; 3WVD B; 2EKO A; 2QI2 A; 2YUN A; 5FW9 A; 3CCU A; 1ZUY A; 1VQ6 A; 2B8A A; 2P0K A; 1VQP Q; 4ZTJ A; 4EMK C; 3BY7 A; 1KD1 U; 3EFS A; 2KYB A; 4RTT A; 3REA B; 1E6H A; 2GF7 A; 3OW2 S; 1RAA B; 4PJL A; 2QGG A; 2F2V A; 3S3O A; 2DYI A; 2X35 A; 2OAU A; 2VVK A; 4E47 A; 3JCM e; 1WXB A; 2RHU A; 4XTV A; 2YDL A; 2K5L A; 3CCR Q; 3A98 A; 4JDS A; 3QXE B; 4BE0 A; 4P5N A; 4ZGJ B; 1R8O B; 2CZ1 B; 2OTJ T; 3V8L A; 4J9D A; 2XD0 A; 1TUC A; 2QEX Q; 3MKD A; 4DOW A; 4PK4 A; 2SEM A; 1HSQ A; 4J6X A; 2X9H A; 1MGQ A; 4XU3 A; 4A4G A; 2HDA A; 1H8K A; 1WXT A; 2E41 A; 5FRN A; 2LJ1 A; 2JS2 A; 1QCF A; 1EIF A; 4A53 A; 5KH6 A; 2XKO C; 2KXC A; 2IG0 A; 3CCE T; 4XTZ A; 4JRQ A; 4FL6 A; 3G4S A; 2DAQ A; 4GLK A; 2EQU A; 4M7A G; 1WHH A; 1K8A C; 4AFZ C; 1YIT A; 5GMK l; 5LJ5 e; 3J81 E; 1D1A A; 3OYL A; 4AFS C; 1N8R U; 3QDF A; 2OX7 A; 4X34 A; 4PJO F; 1VQ5 Q; 2CS7 A; 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2WSC E; 3ZL7 C; 4OMF B; 1TSF A; 4BI8 B; 5IXB A; 2QTX A; 1PM3 A; 4HKE A; 3M4G A; 2EGA A; 1SHG A; 3OYI A; 2LX9 A; 4FYY B; 5J3B A; 5GMK j; 1PWT A; 1NYF A; 1C0M A; 4XU0 A; 2EJG A; 2K3Y A; 4FSS A; 1JRI A; 3KBG A; 3S3N A; 5J26 A; 4R56 A; 2CT4 A; 4J6W A; 3THK A; 2MIO A; 2O2O A; 3SEM A; 1M2O A; 2HBP A; 3EG3 A; 1BK2 A; 2F5T X; 1D1C A; 1VQ9 T; 4J9H A; 4ME7 A; 1T0J A; 3LW5 E; 2RI2 A; 4DBH A; 4K11 A; 2LMJ A; 4AMC A; 2BIV A; 3A8G B; 5CKH A; 1TG0 A; 1K73 C; 1OU8 A; 2P0P A; 2XK0 A; 4RCB A; 2HMA A; 2L3Q A; 3RES A; 3CXC A; 1XQH A; 2I0N A; 1X75 C; 4FW2 A; 2AIR B; 5GAN 8; 4ZN3 A; 2MPX C; 1M30 A; 2KGT A; 2JS0 A; 4A4E A; 1GCQ C; 4M75 E; 1TH7 A; 1BB9 A; 1VQ4 A; 1JO8 A; 3TU4 K; 4BE2 A; 1QWF A; 2QQB A; 1D0Y A; 2JMC A; 3OYJ A; 3CD6 T; 4CC2 A; 2M51 A; 3UAT A; 5IXF A; 1ZSZ C; 1WHG A; 1MMD A; 5A2Q E; 1YHQ A; 2CP2 A; 2FYK A; 4M78 D; 5HK0 A; 2XI9 A; 4OGC A; 2P4R A; 1X27 A; 5GMK e; 1Q82 R; 2MK5 A; 2DA9 A; 2DVJ A; 4JJD A; 2OTJ Q; 3GBQ A; 5D7U A; 1K9M C; 1PRM C; 5FWB A; 3V7R A; 4E7S A; 3D7S B; 4KUD K; 2BTT A; 2QDY B; 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