The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RRNA
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00467 | KOW | KOW motif |
| U | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P8B B; 3CC7 T; 1VQN T; 2DO3 A; 1VQ6 T; 3CCV T; 1KD1 C; 3CPF A; 3G71 A; 1M1K C; 5HY6 A; 3LGF A; 3G4S A; 3KBG A; 1KC8 C; 2G3R A; 2QEX A; 3CC4 A; 3CCQ A; 1Q86 C; 3CCS T; 3OYY A; 3G71 T; 1NPR A; 1K9M U; 2KVQ G; 5IT9 E; 3G4S T; 1VQ9 A; 2QEX T; 3CME A; 2E70 A; 3CC4 T; 3CCQ T; 3CCV A; 1KQS A; 2IG0 A; 5IAY A; 3CPW S; 3J80 E; 1JJ2 S; 1EIF A; 3CME T; 1VQM T; 4TVR A; 5LL6 S; 2OTJ A; 2QA4 A; 3CCS A; 3CCE A; 1YJN A; 1W2B S; 1YHQ T; 5A2Q E; 3DB3 A; 1K8A U; 1Q82 U; 1K9M C; 2LQ8 A; 1RL2 A; 1YIJ A; 1M90 U; 2MI6 A; 3CXC S; 1IZ6 A; 4X34 A; 5J26 A; 2OTJ T; 2QA4 T; 1VQK A; 1YBY A; 1Q81 U; 3CCE T; 3LH0 A; 1X6O A; 1YJN T; 5DLQ E; 4ZN3 A; 1VQL A; 4ZN1 A; 3J81 E; 1YIJ T; 2OTL A; 3PIO A; 4YTL A; 1YI2 A; 1VQM A; 1N8R U; 3CPW A; 1JJ2 A; 1VQK T; 2EIF A; 3CCM A; 1XTD A; 3I55 A; 1YHQ A; 3CCL A; 1YJ9 A; 1BKB A; 1VQL T; 1K8A C; 1Q82 C; 1M90 C; 1NPP A; 2OTL T; 3I56 A; 1VQO A; 1YI2 T; 1VQ8 A; 2XHC A; 3DLL A; 1NZ9 A; 1W2B A; 1K73 U; 3JAM E; 3PIP A; 3CCM T; 1Q81 C; 3I55 T; 3CCL T; 3G6E A; 2JVV A; 3DB4 A; 1YJ9 T; 3CD6 A; 3CMA A; 3A5Z B; 2JNG A; 3CXC A; 1VQP A; 3I56 T; 1VQO T; 1VQ8 T; 1SSF A; 1N8R C; 2KDS A; 2MWO A; 1YIT A; 3OW2 S; 1VQ4 A; 2JOY A; 1Q86 U; 2LCL A; 3G6E T; 3CD6 T; 3HKS A; 3CMA T; 1VQP T; 5FLX E; 1NJI U; 2CKK A; 2JUF A; 3CCU A; 1YIT T; 1QVG S; 1QVF S; 2L3R A; 1VQ7 A; 1VQ4 T; 3CC2 A; 1K73 C; 1M1G A; 4RG2 A; 1S72 A; 3CCJ A; 1Q7Y U; 3CCU T; 2MWP A; 1VQ7 T; 3CC2 T; 1YJW A; 1UEB A; 1S72 T; 2LVM A; 5DM7 R; 1KD1 U; 3CCR A; 4QQD A; 1XNI A; 3J7A F; 3CCJ T; 1M1K U; 1NJI C; 3OW2 A; 1VQ5 A; 4CRI A; 2E6Z A; 3ER0 A; 1KC8 U; 3CC7 A; 1VQN A; 1YJW T; 1VQ6 A; 3CCR T; 1KHI A; 3LGL A; 1KQS S; 5J3B A; 1QVG A; 3TRE A; 1QVF A; 1Q7Y C; 1VQ5 T; 1VQ9 T; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K3X A; 2F2W A; 3OS5 A; 3GNF B; 4MMK A; 2DL5 A; 4QVZ A; 2QAS A; 4J9C A; 1M1K C; 2EYZ A; 3RMS A; 1WHH A; 2CP3 A; 2DTI A; 2QEX A; 3RNJ A; 4HA8 A; 1Y0M A; 4BE2 A; 2JTF A; 3RIR A; 4PLL A; 2OX7 A; 2KBT A; 4A53 A; 4C92 D; 1VIF A; 5HK3 A; 2OI3 A; 3I55 Q; 3CCL Q; 2DKG A; 4FU6 A; 2QGF B; 1AWW A; 2DMO A; 1EIF A; 4J7I A; 1W70 A; 1VQO Q; 1OZ3 A; 5KE3 A; 1W6X A; 2FO0 A; 5CIU A; 1YJN Q; 1YJN A; 2CH4 W; 2L3P A; 2L8D A; 1YWO A; 2CP0 A; 2F1L A; 3SD4 A; 3HL8 A; 2JMC A; 1M2V B; 3A8O B; 1VQ4 Q; 4ZGD B; 2DL7 A; 3KXT A; 3A98 A; 1AWJ A; 2DET A; 3ZL7 C; 2ED1 A; 1M3B A; 3URG A; 2DER A; 1K0X A; 2OTL T; 2ENM A; 2RB6 A; 2CS7 A; 1Q81 C; 1HXD A; 3THK A; 3A5Z B; 2LJ1 A; 1YIT A; 5C0M A; 5CQX A; 4C92 E; 3S3M A; 3MP8 A; 2KK4 A; 3M9Q A; 3Q1J A; 3OYF A; 1SEM A; 2ED0 A; 3JCM e; 2LMJ A; 2ZCF B; 4C0G A; 3CCU A; 1K0S A; 1QMC A; 4RTW A; 1H92 A; 7AT1 B; 3HRU A; 4M7A F; 1TG0 A; 2LNV A; 4HVU A; 4MZP A; 3GNG A; 2KNB B; 1YJW A; 1S72 T; 2LVM A; 2O31 A; 3LX7 A; 1UJ0 A; 3MCA B; 5GMK j; 2MAM A; 4CRI A; 4M77 F; 2RN8 A; 4J5Y A; 2HQH A; 3KFV A; 2COW A; 1NLO C; 2GFA A; 3CC7 T; 5FWC A; 2XIC A; 3VRZ A; 4EDU A; 1WHK A; 5HY6 A; 5GAN 6; 1YIJ Q; 2LX9 A; 1H8K A; 1SHG A; 3UA7 A; 4BY6 C; 2FHD A; 4KGV B; 4FT4 A; 4FSX A; 5D6Y A; 2V8I A; 4KH0 B; 2JM9 A; 1WHM A; 1WNL A; 2KXC A; 1WI7 A; 3CCM Q; 2HBP A; 4J9D A; 2D6F A; 1N9R A; 1QCO A; 4L5G A; 4HVW A; 2DVJ A; 4LDY A; 2DK3 A; 3VS1 A; 5J39 A; 4FYV B; 2O88 A; 1HJD A; 4MZT A; 4FYW B; 5A2Q E; 3EFS A; 3CD6 Q; 2VXF A; 1U06 A; 4KBM B; 3INZ A; 4IKF A; 5CQY A; 4L59 A; 4FYX B; 1X6O A; 2OTL Q; 3NPF A; 2OTL A; 4M7D D; 4C8Q C; 2COZ A; 3WVD B; 2WAC A; 4AFS C; 3L2V A; 4MDW A; 1YHQ A; 1BKB A; 3FC3 A; 2LT4 A; 1AWX A; 3UDC A; 3OS0 A; 2HSE B; 2R57 A; 4F7U G; 2J05 A; 3EFR A; 1Y96 B; 3MEA A; 2RPN A; 4J9E A; 2CRE A; 1VQ5 Q; 2K5L A; 2P84 A; 4E2F B; 2J6K A; 3HPW A; 3FDR A; 4J83 A; 1QVG S; 1WPY A; 2CGH A; 1BYM A; 1S72 A; 1TWB A; 1GXI E; 5GAN d; 4CC7 A; 6AT1 B; 2FPF A; 2P0P A; 5GAN g; 4LDX A; 4M75 D; 2RA2 A; 4C92 F; 1O75 A; 1HD3 A; 4BE1 A; 1QWF A; 1LVK A; 1TUD A; 3BE3 A; 4RUG A; 4JPB W; 3EH1 A; 3CC7 A; 3CC7 Q; 2PVG B; 1CKB A; 4M7D E; 1X6B A; 3LGL A; 1UTI A; 2EJF A; 4Y92 A; 1QVG A; 2QTX A; 4KGX B; 5GAM g; 3KBG A; 3EG1 A; 5GAN 8; 2QQ9 A; 4BI8 B; 4AT1 B; 5KYU B; 5KYX B; 1N9S A; 5I2M A; 4A4H A; 1IXD A; 1OUL A; 2VGN A; 5GMK i; 1T3S A; 3X25 B; 1ACM B; 1QVG P; 2C06 A; 3M0T A; 4J6Y A; 3OYA A; 3QO3 A; 4FL6 A; 2RHI A; 1JBM A; 4M75 E; 3SB2 A; 4JJD A; 2F2X A; 1M90 U; 4L6V 5; 3CXC S; 2Y4X A; 3GLX A; 4M78 D; 5LJ5 j; 2LNH B; 3OS2 A; 2IPO B; 2PUK B; 2QAZ A; 1XTD A; 3QUI A; 2DL8 A; 4XTY A; 2VC8 A; 3JCM d; 5CR2 A; 2E12 A; 2DTH A; 2NUT B; 4PK4 A; 3UAT A; 3OYJ A; 1YFN A; 3CXC A; 1MMN A; 1N27 A; 4EMK C; 3OYB A; 3SWN C; 2XDD A; 5GAN f; 4J9F A; 1ABQ A; 1KQ1 A; 2JS0 A; 2YT6 A; 2K2M A; 4HCB A; 2CDT A; 3L2Q A; 1GCQ C; 3C94 A; 3PMT A; 2CYZ B; 3QG1 A; 2ZZD A; 3ASK A; 2MWP A; 4J6X A; 2PU9 B; 3CCJ T; 1M1K U; 2JXB A; 4R55 A; 5GAM f; 3CXC P; 1UEC A; 2DTO A; 2A3L A; 4LNP A; 3EG9 B; 1P92 A; 2CZ1 B; 3VU3 C; 4XTW A; 4B9W A; 1UUE A; 4ZGJ B; 2YRC A; 3L42 A; 3HFO A; 3CPF A; 4XQ3 A; 2SRC A; 1NLP C; 2KR3 A; 4PJM A; 3CCS T; 3PFS A; 2DXU A; 4M7D F; 2DFU A; 4BUG A; 2KYB A; 1LOJ A; 4PJO B; 2DL3 A; 4RCB A; 4F7U B; 3M58 A; 2QQA A; 3I5S A; 5KYU A; 4RTX A; 5KYX A; 3M59 A; 2E64 A; 3RES A; 4OMP A; 2LZ6 B; 1PNJ A; 2VKN A; 1BI2 A; 2HMA A; 2NYS A; 3JCM J; 4IUT A; 2YHT A; 8ATC B; 2K4Y A; 2OTJ T; 2C0T A; 1Q81 U; 1RLP C; 4XK8 E; 2WSC E; 4XAX B; 2F69 A; 1Q82 R; 4X9C A; 2WSF E; 4M75 F; 1UHC A; 4HT8 A; 1ZHI A; 2Y90 A; 1IRX A; 1X75 C; 2DIG A; 1RAC B; 4C0D B; 1EFN A; 1OPL A; 3OYG A; 4ZGE B; 1U5S A; 2NUT A; 2LTO A; 3QKJ A; 5FU6 B; 2EQU A; 2FZK B; 1BI1 A; 1NYF A; 1UGP B; 2DD4 A; 3CCJ A; 2YLB A; 3CCJ Q; 4E47 A; 4GBQ A; 1PSE A; 4ZTJ A; 4FT2 A; 1PM3 A; 1YN8 A; 2IVW A; 1IGQ A; 1G3S A; 3SDZ A; 1MUZ A; 4C92 C; 2LX7 A; 1MGQ A; 1BIB A; 1YCY A; 1VQN T; 2L3S A; 1QP3 A; 2QA4 Q; 1WYX A; 3CCS Q; 1PD0 A; 2YSQ A; 3X20 B; 2RK2 A; 2KMT A; 4M78 F; 3M0P A; 5GMK e; 2JN0 A; 3OA6 A; 1TXQ A; 1VQ9 A; 2QQB A; 2EJ9 A; 3CC4 T; 2BZX A; 2E70 A; 2LJ0 A; 5IAY A; 1TUC A; 2JZ2 A; 1U1T A; 4K11 A; 5EC7 A; 2RQT A; 1VQM T; 5LL6 S; 2OTJ A; 4AG2 C; 4DBF A; 1V29 B; 3DB3 A; 4PJO A; 1PRM C; 3JCM W; 1I81 A; 5IHI A; 5GAO q; 3REB B; 2MYS A; 4E7H A; 3P8D A; 1I8F A; 4IUP A; 3PIO A; 1ARK A; 1IRE B; 1I07 A; 1JRI A; 4M77 D; 2PTK A; 3A8L B; 1Q82 C; 4F16 A; 3SHW A; 4PJO E; 3RER A; 3PIP A; 3I55 T; 3CCL T; 3CCR Q; 2LQW A; 1H64 1; 5GAN h; 2JNG A; 3UWN A; 1DJ7 B; 2ZAE A; 3FJP A; 1VQO T; 1G8X A; 2KAF A; 3CPW P; 3OW2 S; 3LWH A; 1ABO A; 4EPC A; 3HKS A; 1VYT A; 2X4J A; 5C6S A; 3QYG B; 2BE7 D; 3QXE B; 2FPD A; 1VQ4 T; 3JSC A; 1TOV A; 1E6H A; 3G4S Q; 3CQT A; 2EGA A; 3I5R A; 1WXT A; 2DZ9 A; 2NLU A; 4JUV A; 2M1H A; 5I11 A; 4QQD A; 2M0Y A; 2XDP A; 4IIO A; 2L0A A; 2E5K A; 3OW2 A; 1QWE A; 3H8Z A; 2V1R A; 1M4Z A; 1VQN A; 1X01 A; 4DBQ A; 3R6O A; 3NGP A; 2NUP A; 1G5V A; 5HKC A; 1KD1 R; 2BE9 B; 4A4E A; 2ZGW A; 5CKF A; 3UA6 A; 1ZUY A; 2EW3 A; 2VGM A; 3H0F A; 3FRN A; 4A4G A; 2L5Q A; 3UF4 A; 3CC4 Q; 3CC4 A; 3JV3 A; 4Z88 A; 1T0H A; 1ZSZ A; 3S3N A; 2KVQ G; 3N5B B; 4FIB A; 1VQM Q; 1F1B B; 1B3Q A; 3H0H A; 2F5T X; 2X4W A; 4WTO B; 3EGD B; 1U3O A; 4D8K A; 2YLC A; 4M7D C; 3VRY A; 4A4K A; 2VYT A; 4M78 G; 5LJ3 d; 1MMG A; 2LDM A; 5KYN A; 5LJ3 g; 2DM1 A; 3JCM h; 4KUL A; 1IZ6 A; 5AYF A; 1BCO A; 1JQQ A; 3EAE A; 1HSQ A; 1YIJ T; 4OML A; 2PZ1 A; 1ZQ1 A; 3CBM A; 1ZUK A; 3OSV A; 3NTH A; 2MIO A; 2JJ9 A; 3I55 A; 3CCL A; 3EG0 A; 1VQO A; 3VUB A; 3UPU A; 3CCM T; 5GJW B; 2AT1 B; 1SSF A; 2QK0 A; 4GLK A; 4M75 C; 5GAN 2; 1VQ4 A; 1YCS B; 3G7Z A; 4F17 A; 1LNX A; 4PJL A; 5LJ5 e; 4RG8 A; 4C5G A; 3CD6 T; 3JRZ A; 2CKK A; 4EIK A; 5FRM A; 1QVF S; 2L3R A; 2RMO A; 3GF5 A; 4QKU A; 4A54 A; 3RKX A; 2B8A A; 4C8Q G; 2JTM A; 3EFO A; 4JS4 A; 5IN1 A; 4EMH A; 1IGU A; 4BI3 A; 3A8H B; 2YUN A; 1Q7Y R; 1QVF A; 1VQ5 T; 4PLI A; 1KD1 C; 1V76 A; 5EG2 A; 2KRN A; 4N0A A; 1OYX A; 2RI2 A; 5ECA A; 1OV3 A; 2DXC A; 1T3L A; 4JLI A; 2DXB A; 1HYO A; 2E3H A; 5LJ3 f; 2ROL A; 2DJZ A; 4OMF B; 2IG0 A; 4E7L A; 4CC3 A; 1JO8 A; 2H8H A; 4M78 C; 1X6G A; 1B34 A; 1QVF P; 2CH4 A; 1I5L A; 2MCN A; 1SHF A; 2DLP A; 4BB7 A; 2G6F X; 4UC4 A; 3G6E Q; 2LQ8 A; 1RL2 A; 1YIJ A; 2P4R A; 4X34 A; 1WHG A; 3EG3 A; 3EGD A; 4ATO A; 2RJC A; 5CVI A; 2X3X D; 4MZM A; 4X1V A; 2K6D A; 2M02 A; 1ZBX A; 1RAI B; 1NG2 A; 2P0K A; 3CCM A; 3M56 A; 4A4F A; 3MKD A; 5FWB A; 2D9T A; 1NYG A; 3GP8 A; 2VVK A; 3R6N A; 3T9N A; 3C12 A; 2QDY B; 5CK9 A; 4C5I A; 3CD6 A; 4HVV A; 3PE0 A; 3PVQ A; 1N8R R; 1G83 A; 1Y7X A; 1AOJ A; 2JOY A; 3JB9 H; 4DEY A; 2DAQ A; 3TEE A; 4Z89 A; 4Y28 E; 1UGR B; 3QYH B; 3O5Z A; 2EJG A; 2V1Q A; 3QPH A; 2R5A A; 2KYM A; 1FMW A; 1M2V A; 3ULR B; 3MET A; 3RBB B; 4F04 B; 1D09 B; 2J7I A; 3FIF A; 2EBP A; 1GFC A; 1BI3 A; 1WX6 A; 2AK5 A; 2RHU A; 5GMK l; 4JJN K; 1VQ5 A; 4JRP A; 4BD3 A; 2QG9 B; 3HSB A; 2VUB A; 1SRL A; 1GBQ A; 1IHV A; 1KIK A; 2EYX A; 2J6F A; 1Q7Y C; 3M0U A; 4Q5W A; 4M78 B; 3A1P A; 3CCV T; 3JB9 F; 2LQN A; 4HKE A; 1G2B A; 4DQ2 A; 1UDL A; 3OYH A; 2JW4 A; 3OYK A; 2LC4 A; 1VQL Q; 4BY6 B; 4OP0 A; 2RK1 A; 2DF6 A; 5A0L A; 3VYH B; 4OMQ A; 4M7A G; 4NS5 A; 3PGG A; 1SF9 A; 3BDL A; 2LJ3 A; 3I56 Q; 3RMQ A; 4ANJ A; 4TVR A; 1MND A; 3FJ5 A; 1M2O A; 4QVD A; 1Q82 U; 1VQP Q; 1BB9 A; 2EKH A; 5IH2 A; 4M77 G; 1D0X A; 2DRM A; 2GTO A; 1M27 C; 3BW1 A; 3JB9 I; 5GAN j; 2B86 A; 9ATC B; 4E7K A; 5LJ5 d; 3EGU A; 4C8Q B; 4X9D A; 3MP6 A; 5D6W A; 2ZPH B; 1N8R C; 5I21 A; 5GAM j; 2DPP B; 3NTI A; 3MHX A; 1D3B B; 2E1H A; 2JUF A; 2VB6 A; 4NOY A; 3PMI A; 2EAY A; 1M3A A; 3G71 Q; 3OBW A; 1RAG B; 4OB2 B; 1M8V A; 1VQ7 T; 3E1S A; 2YUP A; 3JCM g; 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