The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
18
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQL Q; 2OTJ Q; 3OW2 P; 1S72 Q; 3CME Q; 1M1K R; 1VQ9 Q; 1VQ6 Q; 1VQM Q; 1YIJ Q; 1VQ4 Q; 3CC2 Q; 3CCR Q; 3CMA Q; 1JJ2 P; 1QVF P; 3CCV Q; 3CCJ Q; 3CCM Q; 1KD1 R; 3CD6 Q; 1Q82 R; 1VQ5 Q; 1YJN Q; 1Q7Y R; 1YI2 Q; 1NJI R; 3G71 Q; 1VQN Q; 1YHQ Q; 1KC8 R; 1Q86 R; 1N8R R; 3G4S Q; 2OTL Q; 3CCE Q; 3CC7 Q; 2QA4 Q; 3CC4 Q; 1M90 R; 1VQP Q; 3CCS Q; 1QVG P; 1KQS P; 3CCQ Q; 3I56 Q; 1YIT Q; 1W2B P; 1Q81 R; 1YJW Q; 2QEX Q; 1K9M R; 1VQ7 Q; 3I55 Q; 3CCL Q; 1K73 R; 1VQK Q; 1K8A R; 3CXC P; 3CPW P; 1VQ8 Q; 1YJ9 Q; 1VQO Q; 3CCU Q; 3G6E Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YDL A; 1IGQ A; 4FT4 A; 2R5M A; 5IT9 E; 3CCM T; 4DEX A; 3GNG A; 1U06 A; 3JCM c; 2CP2 A; 3QO3 A; 4HVW A; 2MWO A; 2VGN A; 1UE9 A; 2VGM A; 3BY7 A; 3OB9 A; 1Q7Y C; 2SRC A; 4PJO B; 3M5A A; 3QKJ A; 3CCU Q; 1WNL A; 1RI9 A; 5LJ5 h; 3UPU A; 3VS1 A; 4KT0 E; 2A36 A; 2EFI A; 4KH0 B; 6AT1 B; 4X9C A; 2H8H A; 4M75 A; 2RF0 A; 3EGD A; 1YIJ Q; 1PD1 A; 5GAM h; 3U23 A; 3I35 A; 1VQN Q; 4LD9 K; 1C1A A; 4JRP A; 3GPL A; 1UEB A; 1X6B A; 3BDL A; 4BDZ A; 3EFO A; 3FC3 A; 1UJY A; 5D7U A; 4E7S A; 1AWX A; 2GFA A; 2LVM A; 1WX6 A; 1UGS B; 1LVK A; 2DL5 A; 4J9H A; 2SEM A; 3NMZ C; 1X6O A; 3JCM e; 4N4I A; 1GBQ A; 5FU7 C; 1GCQ A; 3CBO A; 2DBK A; 3MEU A; 2G3R A; 4FT2 A; 3VYH B; 5GMK h; 5D6X A; 2JTE A; 5IXF A; 3M0T A; 2CP6 A; 1UFF A; 2XK0 A; 3CCL Q; 2QQA A; 4F14 A; 3TSZ A; 1KC8 U; 2JN0 A; 2DEQ A; 3E9G A; 4DQ2 A; 2A7Y A; 4KGX B; 2D0N A; 2DL3 A; 3FDR A; 4HCB A; 2QA4 A; 4J9C A; 1I5O B; 1D0Y A; 2HQH A; 2QEX A; 2LNV A; 4OML A; 2FRY A; 1AD5 A; 2DET A; 1Q86 U; 2DIQ A; 1QVF P; 4Y28 E; 4AG2 C; 1GFC A; 5GAN e; 4J6Y A; 3JCM Q; 4Y92 A; 4M75 C; 4F7U G; 2R57 A; 3UAT A; 3E9F A; 2P0Q A; 4F04 B; 2Y90 A; 5KYX A; 1Q81 R; 1R77 A; 5CK9 A; 1Q82 U; 3RDV A; 4M7A F; 2LCS A; 2JVV A; 1CSK A; 2CSI A; 3CME A; 1M90 C; 2DTH A; 2RQV A; 3I5R A; 1PKT A; 3CBM A; 1OZ3 A; 5GAO l; 2HD0 A; 1T3S A; 3EHR A; 3HRS A; 1M1K C; 2EAY A; 3VS4 A; 2RJF A; 3OYY A; 1NYF A; 1KD1 C; 3I9Q A; 1GCQ C; 2M0Y A; 1Q95 G; 2KGT A; 2PVO B; 2LX9 A; 3HL8 A; 1YI2 Q; 3CCM A; 4C8Q A; 1I5L A; 1M3B A; 1VQP Q; 1X43 A; 4V2S A; 4OMQ A; 2K3X A; 2LCL A; 5KYN A; 4ZGJ B; 2E5K A; 1VQ8 Q; 2KT8 A; 1JEG A; 1YJ9 Q; 3MPU B; 1BYM A; 4OF1 A; 2JZ2 A; 4KGV B; 4Y91 A; 4D8K A; 4DBH A; 4XU2 A; 1VQM T; 5EC7 A; 5GMK l; 5LJ3 j; 1IXD A; 3CD6 Q; 1WXT A; 3Q1J A; 3X24 B; 4XU3 A; 1YBY A; 3G71 T; 1M9S A; 3KXT A; 4A4E A; 1KSW A; 2CZ0 B; 1IHV A; 4KUD K; 2DXU A; 2XKO C; 1WFW A; 4ZN1 A; 4A63 B; 4XK8 E; 4LDY A; 2COW A; 4L5G A; 4J5Y A; 2FZC B; 1X75 C; 1WIE A; 1ZBJ A; 4JS4 A; 3OYD A; 1GFD A; 4MMK A; 1CKB A; 3M0U A; 3QXE B; 2L3S A; 4ANJ A; 1IHW A; 3TQ7 P; 2F2W A; 2JTM A; 2KI7 A; 2L89 A; 3VS7 A; 1VQO A; 4M7D D; 3CC7 A; 1VQ9 T; 2C06 A; 5LJ3 d; 3PMT A; 1Y7X A; 4D6W A; 1FMK A; 1K8A C; 1M30 A; 2O88 A; 1ZSZ B; 5A0L A; 1UGR B; 1UGP B; 1SEM A; 3C95 A; 1G8X A; 1K9M R; 1Z9Z A; 2L8D A; 1G3Y A; 2ZZD A; 3E2U A; 5FWB A; 4C8Q C; 2LDM A; 2QDL A; 2PVD B; 3HP9 A; 3ZBD A; 4NL3 A; 1MUZ A; 5GJW B; 4BB7 A; 4AMC A; 3GBQ A; 1K4U S; 2HAX A; 1WJQ A; 3P8D A; 4A4F A; 1VQ5 T; 2D9T A; 4M7A E; 3CCS Q; 3DB4 A; 2COZ A; 4BAC A; 1YJW Q; 2K6D A; 2KYM A; 4Z8A A; 5LJ5 j; 4C92 G; 2LP5 A; 1SKU B; 1AOJ A; 4PJO G; 2KDS A; 3N5B B; 3MO8 A; 4IUP A; 5GAM j; 4EMH A; 2ATC B; 3CCR Q; 1W1F A; 1BBZ A; 2FZG B; 2KRM A; 1N5Z A; 1G3S A; 2MI6 A; 1M2O A; 3JCM J; 2V8I A; 1X2Q A; 4E7I A; 4PJN A; 4M7A A; 2O01 E; 4A54 A; 5GAN 2; 1WLP B; 2L2P A; 2X4J A; 3NTI A; 1W2B P; 1YIT T; 2M51 A; 4J7F A; 2A08 A; 2RHU A; 2KBT A; 2LX7 A; 4NL2 A; 2EYX A; 3EGU A; 4XTW A; 3CCJ Q; 2CKK A; 1QKX A; 1AT1 B; 3NFC A; 3VKI A; 5GMK j; 1H92 A; 4AFU C; 4HVV A; 3MP1 A; 3OYI A; 3CCE Q; 4EMK A; 3HRU A; 1XOV A; 5LJ5 d; 5CAI A; 3E1S A; 5L23 A; 4R0K A; 2NUT B; 4LDW A; 3S3N A; 4PLL A; 5GAM d; 2JS2 A; 4C0D B; 1VQ6 T; 3VYG A; 4C5E A; 4EMG A; 2CH4 W; 3OA6 A; 3CCV A; 1R0C B; 1SHF A; 4J9E A; 2EJ9 A; 3OYB A; 4ZTJ A; 1G3T A; 5GAO r; 1M90 R; 1NLP C; 2DTO A; 3JCM g; 4BI8 B; 4JZ3 A; 2FPE A; 4FU6 A; 1GXI E; 3VRY A; 3V7S A; 1JJ2 A; 1M1K R; 1IRE B; 4QVZ A; 4OB1 B; 3M0P A; 1ZUY A; 1VQ4 T; 5GJV B; 1KD1 R; 4AFS C; 2KXC A; 3FB9 A; 5KYY B; 1BIB A; 1NYG A; 2DL4 A; 2EQU A; 2HEQ A; 4MML A; 1D3B A; 5GMK i; 3QPH A; 3HFN A; 4OVA A; 2DLP A; 1SF9 A; 4Z88 A; 2BIV A; 3OW2 A; 5IAY A; 4M75 D; 2PQW A; 2EQK A; 4N4H A; 3UF4 A; 4M7A C; 2LJ1 A; 1VQ9 A; 2EYW A; 2W0Z A; 2J6O A; 3H41 A; 2KT1 A; 2A0F B; 2DA9 A; 1IGU A; 1UGQ B; 1ABQ A; 4OMP A; 4F7U B; 1X27 A; 3PMI A; 1E6G A; 1YWO A; 3RUX A; 2KMT A; 2EIF A; 1NE8 A; 2BZX A; 5GAN g; 3RKW A; 2KE9 A; 3OBW A; 3GNF B; 1KC8 C; 4F7U F; 4EMK C; 4FSS A; 3RER A; 1H3H A; 1K0X A; 4LD6 A; 2PZ1 A; 1ZA1 B; 4EPC A; 4AG1 C; 1VQ5 A; 2LT4 A; 3VUZ A; 2K5F A; 1RAI B; 4X34 A; 2C0I A; 1ZSZ A; 2EWN A; 1X69 A; 1UHF A; 1PCX A; 3M4G A; 2X35 A; 5AYF A; 3CCU A; 2F2V A; 2KR3 A; 1Q86 C; 1JJ2 S; 3PNW C; 2RPN A; 3L2W A; 4J7I A; 2LQK A; 1YIJ A; 3UDC A; 1BI3 A; 2PUO B; 1YHQ Q; 1X6G A; 3M53 A; 1VQN A; 1TU0 B; 4JLI A; 1UTI A; 2M02 A; 1K8A R; 3OW2 S; 2B8A A; 3QJ6 A; 1H3Z A; 3OSV A; 1ARK A; 3C0C A; 3S3O A; 4OMO A; 1U1S A; 3TSW A; 1PHT A; 3QII A; 5IHN A; 4HKE A; 3OY9 A; 1RAH B; 2EGA A; 2K7A A; 2QA4 T; 1WXU A; 2RJD A; 2P0K A; 1VQK Q; 3CCL A; 2AIR B; 3JCM f; 2AKK A; 3KUF A; 3H9N A; 3LGL A; 1QCF A; 3A1P A; 3HFO A; 4O6J A; 4FW2 A; 8AT1 B; 2FL7 A; 1JO8 A; 2XMF A; 1RLP C; 3HHT B; 3REB B; 3G4S Q; 3QZ5 B; 4QQD A; 2V8J A; 4NOY A; 3EAE A; 3HPW A; 4M77 G; 3I5S A; 2YHT A; 1N27 A; 3L2R A; 2NUT A; 2RHY A; 3CME T; 3CPF A; 1ZSZ C; 1PNJ A; 2RB6 A; 4C8Q D; 1XNI A; 2VYT A; 4J9B A; 1OYX A; 5IH2 A; 3TEE A; 1KIK A; 2DMO A; 2CUD A; 2DVE A; 2QG9 B; 2DXC A; 1TUC A; 4Q5W A; 1IO6 A; 1YJW T; 2HQX A; 3J80 E; 3NPF A; 2OJ2 A; 1MV3 A; 2DD5 A; 2DJQ A; 2E10 A; 1D1B A; 1D1C A; 5GAN f; 4M75 E; 2E64 A; 1BI1 A; 4O5V A; 2X3X D; 1JRI A; 1PRL C; 2F5K A; 1WHJ A; 2FYK A; 5KCO A; 3OYE A; 3NHN A; 2OTL Q; 3CC4 Q; 4II1 A; 3L2Z A; 2BUD A; 4GBQ A; 1KQS P; 5I22 A; 2BZ8 A; 4E7K A; 3ER0 A; 4C92 B; 3ME9 A; 5DLO A; 2X3W D; 5GAO q; 1N8R U; 4C92 F; 2NYS A; 2K4Y A; 4PJO F; 3BW1 A; 2DJZ A; 1WQW A; 1YI2 A; 1D09 B; 1WHK A; 2E3I A; 1M8M A; 3CCE T; 3SFM A; 3KFV A; 4CI0 C; 2Y4Y A; 1Y96 A; 3AT1 B; 4FYW B; 3UA6 A; 1VQP A; 4A4K A; 4QQG A; 3EG3 A; 1BKB A; 1H64 1; 1HYO A; 2QTX A; 4M78 G; 2OAW A; 3G6E Q; 1YJ9 A; 5FU6 C; 2FRW A; 4RTW A; 1NPR A; 2QQS A; 3WVE B; 2LRQ A; 3CD6 A; 1YJN Q; 2O4X A; 2JJ9 A; 1G83 A; 4MZP A; 2DM1 A; 3GLX A; 3TRE A; 1VQ7 T; 1PSE A; 4HXJ A; 4OMM A; 1VQO T; 3OS2 A; 2RH2 A; 3CC7 T; 1KJW A; 1JU5 C; 4D8D A; 1VYT A; 2JM8 A; 2ZPE B; 2CSQ A; 3VV0 A; 1WYX A; 4JS5 A; 2FEI A; 1NM7 A; 1T3L A; 2BKD N; 3RBB B; 3OYA A; 1W70 A; 1HK9 A; 2C0T A; 4IUQ A; 4QVD A; 1KC8 R; 4XQ3 A; 3OYL A; 2DRM A; 2DYB A; 4K11 A; 3I55 Q; 1U5S A; 1WQ7 A; 2OTJ Q; 2FB7 A; 4HT8 A; 2VUB A; 2JTF A; 1I4K 1; 1MNE A; 2NUP B; 2P4R A; 5GAO m; 5IN1 A; 4M7A D; 4BY6 C; 5CO7 A; 1R8O B; 2R58 A; 2MCN A; 3OYC A; 2YRC A; 1Q86 R; 5IXB A; 3LLR A; 5KYW A; 4KBM B; 1GRI A; 3O5Z A; 2EKH A; 4DOW A; 5CR2 A; 3LWH A; 1B34 B; 1W4S A; 3QHS A; 2RMO A; 2D6F A; 2RI2 A; 3MET A; 1VQL T; 4JRQ A; 4FIB A; 4PJL A; 1OV3 A; 3OYG A; 2QAS A; 4XU1 A; 1LJO A; 2PUK B; 1Q82 R; 2I0N A; 1QP2 A; 3JB9 D; 1V76 A; 4C8Q E; 3ZFJ A; 2YXY A; 1FMV A; 4P5N A; 4LDU A; 3FJ5 A; 1AZG B; 1PKS A; 4QT7 A; 3CCS A; 1SHG A; 2H3E B; 1YJW A; 2WSE E; 3LWI A; 1WGS A; 3HTR A; 1OU8 A; 5GMK m; 3CMA Q; 3CCR A; 1XTD A; 1KK7 A; 1M1G A; 1O75 A; 1QVG S; 2EPD A; 9ATC B; 1YWP A; 3L1A A; 4UC4 A; 2K79 A; 1YFN A; 4LUE A; 3I56 Q; 2BTT A; 2V8K A; 5CQY A; 4WCI A; 3UWN A; 2QYZ A; 1SPK A; 4PJO E; 1WHG A; 1PD0 A; 1Y57 A; 2RJE A; 2KK4 A; 3FRN A; 1BI0 A; 3CCV T; 4C0G A; 2G6F X; 4A4H A; 3CCJ A; 3DLL A; 3EG0 A; 5IHI A; 3SWN B; 4PJM A; 3L2V A; 1B3Q A; 3CCE A; 3M4Y A; 2NUZ A; 1M2V B; 2RQR A; 2LNH B; 1TWB A; 5KH6 A; 2QXF A; 2HL5 C; 2DYI A; 2RO0 A; 2XDP A; 1OU9 A; 4PJO A; 1HD3 A; 1B07 A; 2YRV A; 2CZ1 B; 1K73 U; 2K57 A; 1XQH A; 1ZBX A; 3LH5 A; 1MND A; 3G4S T; 5GAO n; 2X4X A; 3QSU A; 2FZK B; 1SRL A; 1VQ7 A; 2E12 A; 2GBQ A; 4RG2 A; 3T9N A; 3DB3 A; 4ZGD B; 3DLM A; 2JNG A; 5LJ3 e; 2M1H A; 4M4Z A; 1YP5 A; 5CCA A; 3QDR B; 1Q7Y R; 4OP0 A; 4JJC A; 1UEC A; 1I0C A; 2DF6 A; 1AVZ C; 2YUN A; 2DL8 A; 5GAN 5; 3EFR A; 2QEX Q; 4Z89 A; 4M77 B; 4E7J A; 4HVU A; 1PG5 B; 3ULR B; 3CQT A; 1QCO A; 4M7D B; 1LPL A; 1Z9Q A; 1K9M U; 4M77 F; 3BE3 A; 2O2O A; 2E65 A; 3PGG A; 4RTV A; 1ZX6 A; 2FHD A; 3TCJ A; 4ZGE B; 1M3A A; 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1K76 A; 4ESR A; 2DFU A; 3PT9 A; 2EJG A; 2KSS A; 3J7A F; 1TXQ A; 4L59 A; 2CZ6 B; 3OBY A; 4XTU A; 2DVJ A; 2HSP A; 4JUV A; 3H0I A; 4C5G A; 3EGD B; 2HL3 A; 4ELY C; 1QVF S; 4E7H A; 1HXD A; 1CKA A; 3CMA T; 2YWW A; 1VIF A; 3ZEH A; 2EGC A; 2CYZ B; 2BE9 B; 1S1N A; 2EGE A; 2JMC A; 1YI2 T; 3JB9 G; 5HY6 A; 3SD4 A; 1VQP T; 3EFO B; 3CC4 A; 3FIF A; 3INZ A; 4JJN K; 2RI3 A; 2VC8 A; 3OYF A; 1VQ8 T; 4M77 A; 1C0M A; 4QQ6 A; 1YJ9 T; 4IUT A; 2E6Z A; 2QI2 A; 1M4Z A; 5L8R E; 2YUP A; 1BCO A; 1YCS B; 2KEA A; 5EG2 A; 2HKN A; 4OGE A; 1XJW B; 2ROL A; 1WXB A; 3CD6 T; 2GQV A; 2XHC A; 1TOV A; 2AZS A; 4ME7 A; 1U1T A; 2VWF A; 1KG1 A; 1IZ6 A; 2VXF A; 2KXD A; 4CC4 B; 3HRT A; 3FLG A; 2LCC A; 2XID A; 4J8O A; 2LZ6 B; 3FJP A; 3CPW A; 1NPP A; 1U8R A; 2VAS A; 2IG0 A; 4FL6 A; 2V1R A; 2HSE B; 4PNO A; 2LQW A; 2K9G A; 1M3C A; 2AT1 B; 2ZCF B; 2M16 A; 4RG8 A; 2KY9 A; 1YJN A; 1RAD B; 3RKY A; 4XTV A; 3A98 A; 2RK2 A; 4AFQ C; 2R5A A; 3SHW A; 1I07 A; 4QKU A; 4IIM A; 4HT9 A; 1VQM Q; 1PWT A; 1QWE A; 1K0S A; 2D8J A; 2L3R A; 3EGX B; 1RUW A; 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