The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
78
|
structure length |
78
|
Chain Sequence |
b'RAQDKKRNELGLPKMEVFQEYYGIPPPPGAFGGFLRLNPGDIVELTKAEAEHNWWEGRNTATNEVGWFPCNRVHPYVH'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of N-terminal SH3 domain of Vav and the recognition site for Grb2 C-terminal SH3 domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
vav
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
6
|
| structure length |
78
|
| sequence length |
78
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-09-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NPF A; 1J3T A; 2KBT A; 1PNJ A; 4J9E A; 2FEI A; 1UJ0 A; 1Z9Q A; 2J6O A; 1AOJ A; 3KFV A; 4AFQ C; 2DIL A; 2H8H A; 4HXJ A; 1QWE A; 1QLY A; 2LJ1 A; 4K11 A; 4EIK A; 1JEG A; 3JV3 A; 1AD5 A; 2ED1 A; 3M0P A; 2I0N A; 2CH4 A; 2DYB A; 1WYX A; 1B07 A; 1H92 A; 4OML A; 2EGC A; 2CDT A; 2K9G A; 2KGT A; 1GCP A; 3LH5 A; 2JW4 A; 3M0U A; 2GTO A; 2EYZ A; 2F2V A; 4RTZ A; 1H8K A; 1GBQ A; 3VRZ A; 4J9C A; 1MV0 B; 2JS2 A; 1RI9 A; 2RQT A; 1JU5 C; 3TSZ A; 2OJ2 A; 2HCK A; 2LCS A; 1X43 A; 1I07 A; 1FMK A; 3I35 A; 1UG1 A; 2HDA A; 2J6K A; 1SEM A; 1U06 A; 1WXB A; 3QWX X; 2RPN A; 2SEM A; 4IIO A; 2BZX A; 2XMF A; 1KJW A; 2JM8 A; 5IHI A; 1YNZ A; 4GBQ A; 4M4Z A; 1AZG B; 1UUE A; 1BK2 A; 3VS1 A; 2DL7 A; 5IXF A; 4RTV A; 4AG1 C; 1QKX A; 2LQN A; 2KRO A; 1BBZ A; 3PVQ A; 4LUD A; 1YN8 A; 3M0S A; 4F14 A; 4HVW A; 2DBM A; 1GCQ A; 2L0A A; 3VS6 A; 2AKL A; 4J9B A; 1FYN A; 1PKT A; 3R6N A; 2JMA A; 1LCK A; 1TG0 A; 2FRY A; 4WCI A; 1OPL A; 2PNI A; 1JO8 A; 1Y0M A; 4LUE A; 1K9A A; 2ROL A; 1PHT A; 1QKW A; 1W6X A; 4A63 B; 2CH4 W; 1VA7 A; 2DL3 A; 2EKH A; 2RQW A; 2KEA A; 3I9Q A; 4RTT A; 1SSH A; 1OPK A; 1AWW A; 2KYM A; 4OMM A; 1G83 A; 2JTE A; 1ZLM A; 3VS2 A; 1ZUY A; 1CSK A; 4JZ4 A; 3CQT A; 1JXM A; 2O2O A; 2KE9 A; 1GFD A; 3I5S A; 2LQW A; 2RMO A; 5GJV B; 1I1J A; 2P4R A; 1JXO A; 1GCQ C; 1X69 A; 3A98 A; 4F16 A; 2DLP A; 2EPD A; 1WXT A; 4E6R A; 2PZ1 A; 2ROT A; 2LNH B; 3UA7 A; 4AG2 C; 3REB B; 3PE0 A; 1RLP C; 2KNB B; 2D0N A; 2FG0 A; 2KRS A; 1X6G A; 2HEQ A; 2L3Q A; 5FWB A; 3EG1 A; 2YUO A; 2GBQ A; 5IHK A; 2KRM A; 2DNU A; 1M27 C; 2KXD A; 1K76 A; 3EGU A; 3NMZ C; 2K3B A; 2DL5 A; 2AZS A; 1M3B A; 2L2P A; 2KXC A; 3SHW A; 1UE9 A; 1U3O A; 3FJ5 A; 2BZY A; 2D8J A; 2CUD A; 4HCK A; 4Z89 A; 1ABO A; 2DM1 A; 2YUN A; 1PWT A; 2RNA A; 1PRL C; 2GNC A; 4CC3 A; 1OV3 A; 1UHF A; 4D8K A; 2KRN A; 5I22 A; 2BTT A; 2HBW A; 2M51 A; 1MUZ A; 3IQL A; 1E6G A; 1N5Z A; 1PKS A; 2J06 A; 4JJC A; 2JMC A; 1OOT A; 1U5S A; 2A08 A; 1KFZ A; 4Z8A A; 2L3P A; 5EC7 A; 2DF6 A; 2EYW A; 4LE9 A; 3ZL7 C; 4OMN A; 4RTX A; 5IHN A; 4OMQ A; 1WX6 A; 2X3W D; 1PRM C; 2C0O A; 1QWF A; 5IH2 A; 1A0N B; 3QWY A; 2ENM A; 2AK5 A; 2CSI A; 2DL8 A; 2EGA A; 1SHF A; 2KT8 A; 2IIM A; 1AWX A; 3EG3 A; 2J6F A; 3VS7 A; 3VS0 A; 5IXB A; 3EHQ A; 2G6F X; 4OMP A; 1KIK A; 1NEG A; 2JS0 A; 4D8D A; 4F17 A; 2DRM A; 2D8H A; 1JQQ A; 4J9F A; 4ZNX A; 1WA7 A; 4FSS A; 1X2Q A; 1SHG A; 2BZ8 A; 1XOV A; 4CC4 B; 1K0X A; 2CT3 A; 1AWO A; 2J7I A; 3M0Q A; 1UHC A; 4DEX A; 3NHN A; 1M30 A; 1TUC A; 1M8M A; 2YDL A; 4CC7 A; 1UGV A; 1V1C A; 2AZV A; 2GGR A; 2EGE A; 3TVT A; 1NM7 A; 1VYT A; 1ZX6 A; 1YWO A; 2VWF A; 1E6H A; 2KT1 A; 2LZ6 B; 2YUP A; 3I5R A; 1QCF A; 3VS3 A; 3REA B; 4LN2 A; 4J9I A; 3UAT A; 2OAW A; 3H0H A; 4QT7 A; 3O5Z A; 3EG2 A; 1ZUK A; 2SRC A; 2QDL A; 1HJD A; 1GRI A; 4KRT A; 1EFN A; 1YP5 A; 2CSQ A; 4CC2 A; 4Y92 A; 3THK A; 2O9S A; 3TSW A; 3EG0 A; 2LP5 A; 2F2W A; 2ED0 A; 3M0R A; 5ECA A; 1MV3 A; 1UDL A; 4JPB W; 2K6D A; 1UJY A; 2ABL A; 2LX7 A; 4RTY A; 2ECZ A; 1B3Q A; 2FPD A; 2PTK A; 1NEB A; 4J9G A; 2RN8 A; 1GFC A; 2F2X A; 2FPF A; 2JM9 A; 2KR3 A; 1T3S A; 3GBQ A; 2E5K A; 1X2K A; 4LNP A; 3NGP A; 5GJW B; 2O31 A; 3UA6 A; 1WI7 A; 2FPE A; 2KYB A; 2DA9 A; 1W70 A; 2EYX A; 2V1Q A; 4R0K A; 1VYV A; 4J9H A; 4J9D A; 2K79 A; 1WIE A; 1KSW A; 2FRW A; 1M3A A; 2DX1 A; 1CKB A; 2CUB A; 2EW3 A; 4AFU C; 1T3L A; 1YWP A; 3M0T A; 1E7O A; 1TUD A; 1AEY A; 1K0S A; 2JXB A; 1M3C A; 2A37 A; 1OEB A; 2GTJ A; 2GQI A; 1NYF A; 1T0H A; 4HVU A; 2YT6 A; 2LMJ A; 2K7A A; 2DL4 A; 2X3X D; 3SEM A; 1WFW A; 1UEC A; 2L3S A; 1SPK A; 1ARK A; 2DVJ A; 3ULR B; 1ZBJ A; 2AKK A; 1SRM A; 2CT4 A; 2VVK A; 3RNJ A; 3VS5 A; 3RBB B; 1BB9 A; 1AZE A; 1IO6 A; 3H0I A; 3H0F A; 5I11 A; 4JJD A; 2EBP A; 1BU1 A; 2CRE A; 1AWJ A; 2RQV A; 2LJ3 A; 1ZUU A; 2OI3 A; 1GBR A; 1WXU A; 1GL5 A; 4ESR A; 1VYU A; 4GLM A; 1W1F A; 2ESW A; 1HSQ A; 2MCN A; 2VKN A; 2J05 A; 3EHR A; 4OMO A; 4JJB A; 1K1Z A; 2W10 A; 4X1V A; 2DJQ A; 4AFZ C; 3U23 A; 2RF0 A; 3C0C A; 3VRY A; 2V1R A; 1Z9Z A; 1T0J A; 1RLQ C; 2YSQ A; 2O88 A; 4IIM A; 1CKA A; 2EYY A; 2MIO A; 1YCS B; 2O9V A; 5HCK A; 2HSP A; 1SRL A; 4AFS C; 2NWM A; 2W0Z A; 1H3H A; 2MOX A; 4RTU A; 1ZSG A; 2EQI A; 4RTW A; 3H41 A; 1NLO C; 1WLP B; 1I0C A; 1Y57 A; 2DMO A; 2K2M A; 5FWC A; 1S1N A; 2B86 A; 4RUG A; 2DE0 X; 3PVL A; 1RUW A; 1X6B A; 1WDX A; 1NYG A; 3VS4 A; 2D1X A; 2C0T A; 2NUZ A; 2LJ0 A; 1AVZ C; 5FW9 A; 2YUQ A; 2FO0 A; 1K4U S; 1UTI A; 2M0Y A; 1ABQ A; 2RQR A; 2EVR A; 4ORZ A; 2A28 A; 1NLP C; 1HD3 A; 2DBK A; 4Z88 A; 1UFF A; 1X27 A; 2JT4 A; 4JZ3 A; 2DRK A; 4DEY A; 2A36 A; 2RQU A; 5L23 A; 1G2B A; 2C0I A; 4HVV A; 1NG2 A; 3UF4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IAY A; 1LNX A; 2I2L A; 3OSV A; 2KBT A; 2FEI A; 1VQL T; 1Z9Q A; 2J6O A; 4HKE A; 4HXJ A; 1QLY A; 2LJ1 A; 4C5E A; 2HL3 A; 3P8H A; 4C0F A; 4C8Q C; 3M0P A; 2DYB A; 1WYX A; 1B07 A; 2DIQ A; 1YI2 Q; 4N4I A; 1QMC A; 3LH5 A; 4XAX B; 1VQ4 Q; 2GTO A; 1VQO Q; 5DLQ E; 4XU1 A; 2M0O A; 3X28 B; 3FC3 A; 2IG0 A; 1RAH B; 5GAO p; 2JS2 A; 1PSE A; 2RQT A; 2JVV A; 4O5V A; 5KYY B; 2F5T X; 2HDA A; 2J6K A; 3PIP A; 1YIT T; 4MZM A; 4C92 A; 2DXC A; 5CO7 A; 4M7A B; 3OYK A; 3G6E A; 1WXB A; 2QQB A; 3QWX X; 3A8O B; 2SEM A; 4BDY A; 2HQH A; 3GNF B; 1JJ2 S; 5IHI A; 2ZPH B; 2M02 A; 1UUE A; 2XDB A; 1UGS B; 1KQS A; 3CPW A; 1ZQ1 A; 4DBH A; 4BI3 A; 4E7K A; 3GLX A; 2LQN A; 2ZZD A; 4M75 C; 4RG2 A; 2IPO B; 1VQM T; 1K73 U; 1VQ9 T; 1OQK A; 4EMK C; 2VGM A; 4PJO G; 1LCK A; 5GMK m; 2CKK A; 3CCQ T; 3L2Z A; 2AHJ B; 2FRY A; 3PMT A; 5LJ5 f; 1YIJ Q; 3PIO A; 3EGX B; 5CAI A; 4C5H A; 3CD6 A; 4M7D C; 5LJ5 d; 2EKH A; 3M55 A; 1ZSZ A; 3CC2 A; 1OPK A; 1AWW A; 4ATO A; 1UGQ B; 4FYV B; 3VS2 A; 4EMH A; 1CSK A; 4JZ4 A; 1BIA A; 1N8R U; 3G4S Q; 2DVE A; 3MPU B; 2KE9 A; 4E7L A; 2CZ1 B; 2COW A; 1KD1 R; 4QQD A; 1JXO A; 5GAM d; 1GCQ C; 1X69 A; 3ZFJ A; 3RDV A; 4J6W A; 3M54 A; 3DKM A; 1U1T A; 1QW1 A; 3CC7 Q; 2X4Y A; 3M58 A; 1WXT A; 5GAO r; 2PZ1 A; 2ROT A; 4M75 D; 2LNH B; 4AG2 C; 1V76 A; 5KH6 A; 1C6V X; 1Y71 A; 1RAA B; 5CR2 A; 2KNB B; 2D0N A; 2X9H A; 2KRS A; 3BDL A; 1P92 A; 2HEQ A; 4M77 F; 3G6E T; 4GY5 A; 4FW1 A; 1K76 A; 1M3B A; 1KHC A; 2KXC A; 3MCA B; 1VQ4 A; 3H9N A; 2BZY A; 3H6Z A; 1VQO A; 3NTH A; 3CMA T; 3A8L B; 1IB8 A; 4M7D D; 2L5Q A; 4RKU E; 3SDZ A; 4QVD A; 2KRN A; 3CCM A; 5I22 A; 3S3N A; 2BTT A; 4FYW B; 2M51 A; 2PUK B; 1D09 B; 2K4Y A; 2EJG A; 3BDU A; 4L6V 5; 3TRE A; 4HCC A; 1MUZ A; 4QQ6 A; 2NUT B; 2YLB A; 3IQL A; 5A0L A; 2E41 A; 4DA4 A; 1BKB A; 1PKS A; 2J06 A; 3ME9 A; 2EYQ A; 1U5S A; 5LJ5 g; 2L3P A; 4A4H A; 2DF6 A; 2EYW A; 4PNO A; 3JB9 H; 1I8F A; 4ME7 A; 4OMF B; 7AT1 B; 3CD6 T; 4OMQ A; 2X3W D; 2DIG A; 4BDZ A; 1A0N B; 3OBY A; 3VJP A; 3CXC P; 2HZY A; 3QG1 A; 3HSB A; 4AMC A; 1SHF A; 2J6F A; 3V7S A; 2DAQ A; 3LX7 A; 3WVE B; 2OTL Q; 2KQW A; 2VYT A; 4F17 A; 2QYZ A; 2CP6 A; 2DRM A; 4E7Z A; 2D8H A; 2KVQ G; 1YIJ A; 3EAE A; 1XOV A; 5CK9 A; 3EFS A; 1QP2 A; 2J7I A; 2LT1 A; 1UHC A; 3QXE B; 3M4G A; 4ZGE B; 4QVC A; 3QUI A; 4CC7 A; 5J3B A; 3OS1 A; 1Q81 R; 3I5R A; 1QCF A; 3REA B; 2AIR B; 3UAT A; 2OAW A; 1WHJ A; 4QT7 A; 3BW1 A; 3EG2 A; 1VQ4 T; 1ZUK A; 2XD0 A; 1VQO T; 1M90 R; 2QDL A; 1SF9 A; 1IGQ A; 3CC7 A; 5GAN f; 4CC2 A; 2CSQ A; 2CP2 A; 3DB4 A; 3CCM T; 4PJO B; 4NS5 A; 3TSW A; 2RI5 A; 3CXC S; 2MYS A; 4FCY A; 4C8Q G; 1UDL A; 3JCM Q; 5I2S A; 2KK4 A; 3GIB A; 1B3Q A; 3SWN C; 3MET A; 5GAN e; 1XNI A; 3JCM c; 4F7U E; 4LD9 K; 1GFC A; 4M7A A; 2DK3 A; 2RI3 A; 1KQ2 A; 2VGN A; 5FU6 C; 3GBQ A; 5FU7 B; 1K9M R; 5GJW B; 2WSE E; 1WI7 A; 4WTO B; 2ZAE A; 4J9H A; 1VQ7 Q; 1SSF A; 2FHD A; 5GAN 5; 2DX1 A; 4DBQ A; 4MZT A; 3WVD B; 5GAN 3; 2QEX Q; 2CUB A; 1U1S A; 2E70 A; 4ZTJ A; 2EJF A; 3MJX A; 1AEY A; 1JJ2 A; 1I5L A; 2LVM A; 1YIJ T; 1ZA1 B; 4XU3 A; 2GTJ A; 3OYF A; 3E2U A; 1HK9 A; 1D3B B; 3HFN A; 5D6Y A; 4E7S A; 2XIC A; 4M75 G; 4ZGD B; 1Q82 R; 2CP5 A; 2QQ9 A; 1UEC A; 5CKF A; 2L3S A; 1D0X A; 2LTO A; 3EGX A; 3HKS A; 1D1B A; 3VYG A; 4XQ3 A; 3RNJ A; 4MDW A; 1AZE A; 2RJF A; 3OA6 A; 2F69 A; 1Q7Y C; 2MF2 A; 2O4X A; 3CCE Q; 4NL3 A; 4C92 E; 2OTJ A; 4XTV A; 2EBP A; 3JRZ A; 1RAG B; 1C1A A; 2RQV A; 2OI3 A; 1GBR A; 4M78 D; 3CC7 T; 1GL5 A; 2BKD N; 4LD6 A; 4ESR A; 1VYU A; 4GLM A; 5GAN g; 4M7D G; 3CCJ Q; 2FYK A; 2VKN A; 1Q86 R; 3RKX A; 4AFZ C; 3GF5 A; 2HQX A; 2RF0 A; 3C0C A; 3CEY A; 2V26 A; 4E7J A; 2V1R A; 3RUX A; 1Z9Z A; 1T0J A; 1RLQ C; 1KC8 C; 2CP3 A; 2YSQ A; 2OX7 A; 4KH0 B; 1BI0 A; 2WAC A; 3VUB A; 4AFS C; 2K3Y A; 2D6F A; 2W0Z A; 1MND A; 1I81 A; 3OY9 A; 2QQR A; 2R5M A; 2DEQ A; 3MEW A; 2GQV A; 3AHU A; 5FRO A; 2K2M A; 1S1N A; 3SFM A; 4RG8 A; 4RUG A; 4IKF A; 1RUW A; 3TEE A; 1R77 A; 1AVZ C; 2CZ7 B; 4KGZ B; 2B8A A; 2MAM A; 2DPP B; 2DER A; 3A1P A; 4JRI A; 5D6X A; 4Z88 A; 3CPF A; 1X27 A; 5J26 A; 3KBG A; 2A36 A; 1QVG P; 1SPK A; 1YJW Q; 1VQ7 A; 1PNJ A; 1K8A R; 2H8H A; 2OTL T; 3A8H B; 5HK3 A; 1QVP A; 1QWE A; 2OTJ T; 2LCC A; 3JV3 A; 3FRN A; 3CC4 Q; 2LDM A; 5CQX A; 2ED1 A; 1H92 A; 2RHZ A; 4OML A; 5KYU A; 3PT9 A; 1WQ7 A; 3VKI A; 1Y96 B; 2DJZ A; 2KGT A; 3M0U A; 1AHJ B; 2P0P A; 5KYX B; 1IZ6 A; 3MKD A; 1TTH B; 1PG5 B; 1X6O A; 4M78 F; 1H8K A; 5GAN h; 4J9C A; 1N9S A; 1MV0 B; 2NYS A; 5FLX E; 1JU5 C; 2OJ2 A; 2HCK A; 1X43 A; 2ZPF B; 1FMK A; 3I35 A; 3GOX A; 3S6W A; 1NJI R; 3CCE A; 1MGQ A; 4OF1 A; 2BE7 D; 2RPN A; 2CZ0 B; 1RAB B; 3JCM f; 4OB1 B; 4FM4 B; 3GP8 A; 1KJW A; 4QQG A; 2JOY A; 4OGE A; 1BK2 A; 2ZPE B; 3VS1 A; 1S72 Q; 1QVG S; 3QZ5 B; 3P8B B; 1WPY A; 3ER0 A; 4AG1 C; 1QKX A; 2DTO A; 2KRO A; 4Z02 A; 1TU0 B; 4XTW A; 3V7R A; 3JCM e; 1YN8 A; 3HPW A; 4NOY A; 3C4S A; 4QW2 A; 4JRP A; 5J39 A; 3BE3 A; 4M75 B; 3X24 B; 4ELY C; 1D1C A; 4FW2 A; 3R6N A; 3OB9 A; 1M4Z A; 5GAN j; 5HKC A; 1VOM A; 3FDR A; 4UC4 A; 3FIF A; 2COY A; 3TQ7 P; 3QII A; 1GXI E; 3RER A; 3CXC A; 3LGL A; 4C92 C; 2C06 A; 4LUE A; 1VQ7 T; 1K9A A; 1KC8 U; 1PHT A; 1QKW A; 2DL3 A; 2KEA A; 5CVI A; 4M7D B; 1ZUY A; 4J6Y A; 1VQM A; 3CQT A; 3V8J A; 3L2Q A; 3I5S A; 2RMO A; 1RAD B; 5GJV B; 1AT1 B; 4OGC A; 1JBM A; 1VIE A; 3A98 A; 3HP9 A; 1JJ2 P; 2EPD A; 4E6R A; 2RA2 A; 5GAO l; 4PJO F; 3MEA A; 3UA7 A; 1YJW A; 2H3E B; 4KGV B; 4HT9 A; 4FYY B; 3CCS Q; 2FG0 A; 1M2V B; 1TXQ A; 3EG9 B; 3CCE T; 2L3Q A; 3EG1 A; 2YUO A; 4C0Z A; 2KXD A; 3I55 Q; 2K3B A; 3CC4 A; 3JCM g; 2F1L A; 1TUG B; 2MK5 A; 4M7A E; 3G71 Q; 1ZSZ C; 3CME Q; 4J83 A; 3FJ5 A; 4HCK A; 4F04 B; 4BE0 A; 1ABO A; 5D6W A; 1PRL C; 3OSS C; 3I56 Q; 1EIF A; 2GNC A; 4CC3 A; 4BI8 B; 3OMC A; 3VYH B; 4D8K A; 5LJ3 f; 2K5I A; 1VQ6 Q; 3QPH A; 5CKB A; 4R56 A; 4PKC C; 3HTR A; 1E6G A; 3EFO B; 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