The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
QGDIVVALYPYDGIHPDDLSFKKGEKMKVLEEHGEWWKAKSLLTKKEGFIPSNYVAKLNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Sh3-domain
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Structural Characterization of Lyn-SH3 Domain in Complex with a Herpesviral Protein Reveals an Extended Recognition Motif that Enhances Binding Affinity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYROSINE-PROTEIN KINASE LYN
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| total genus |
8
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2004-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E7O A; 4ORZ A; 2M51 A; 2GBQ A; 4D8D A; 2LX7 A; 2O88 A; 5EC7 A; 2GGR A; 2LNH B; 1AWO A; 2DL5 A; 2D8H A; 1B07 A; 4LUE A; 3UA7 A; 2VVK A; 1W6X A; 1UEC A; 5I11 A; 4LUD A; 2EBP A; 2BTT A; 1JEG A; 1AWX A; 2DNU A; 3H0F A; 2NUZ A; 2DRK A; 2L0A A; 2CSI A; 2LJ0 A; 1BBZ A; 1VYV A; 2KRN A; 3I5R A; 2KE9 A; 4CC4 B; 2EVR A; 4J9I A; 2MOX A; 2BZY A; 4JZ4 A; 2PNI A; 1T3S A; 1V1C A; 1FYN A; 2FO0 A; 4CC7 A; 1ZLM A; 2DL4 A; 4OMO A; 1RUW A; 1QCF A; 4LNP A; 2ABL A; 2OJ2 A; 2D0N A; 4ESR A; 1HJD A; 3UF4 A; 1GL5 A; 4D8K A; 3NMZ C; 1GCQ A; 1GBQ A; 1GFC A; 4LN2 A; 2FPE A; 2ESW A; 3EHR A; 2W10 A; 2GNC A; 4RTT A; 1JQQ A; 3UAT A; 1U06 A; 3PVQ A; 2KXC A; 3SHW A; 2V1R A; 1W1F A; 4J9C A; 1QWE A; 5IH2 A; 1AEY A; 1OPL A; 2K79 A; 2DL8 A; 2EYZ A; 4RTX A; 1OPK A; 1QKX A; 2CUD A; 1NM7 A; 2DBK A; 2MIO A; 2A28 A; 1JXO A; 4OMN A; 4KRT A; 2PTK A; 4HVU A; 3ZL7 C; 3U23 A; 4QT7 A; 3VRY A; 2QDL A; 1WXB A; 1WX6 A; 1AD5 A; 1RLP C; 1CSK A; 2SEM A; 5IHI A; 1JU5 C; 1J3T A; 1SEM A; 5IHN A; 1AVZ C; 1VA7 A; 3RNJ A; 4GBQ A; 4OML A; 2K3B A; 1KIK A; 3NGP A; 2ED1 A; 2FPF A; 2J06 A; 2KRO A; 2EYY A; 1K76 A; 1UHF A; 3VS2 A; 2KGT A; 1M27 C; 1YN8 A; 4RTZ A; 2KXD A; 1JO8 A; 5FWC A; 1YCS B; 1ABO A; 2DA9 A; 4JJD A; 2RQW A; 3R6N A; 1S1N A; 5GJV B; 4Z88 A; 1WLP B; 2KRM A; 2LZ6 B; 2VKN A; 3H0H A; 3M0S A; 4R0K A; 1KSW A; 3EG1 A; 2FRY A; 1K1Z A; 2VWF A; 2AZV A; 2DL7 A; 1T0J A; 2B86 A; 2KEA A; 2K6D A; 1OV3 A; 4AFQ C; 4AFS C; 1E6H A; 1N5Z A; 4F14 A; 2LMJ A; 4OMQ A; 2FG0 A; 1UUE A; 1TUC A; 2K9G A; 1U5S A; 2J6K A; 4DEX A; 1PWT A; 2YSQ A; 2J6O A; 4ZNX A; 3I35 A; 2HCK A; 2LQW A; 4GLM A; 4AG1 C; 4JZ3 A; 1MV0 B; 2I0N A; 1M3A A; 2DLP A; 2EKH A; 2IIM A; 4RTV A; 1M30 A; 1SPK A; 1M8M A; 2L3P A; 2YUQ A; 1WYX A; 4AFU C; 2O9V A; 2HBW A; 2EGA A; 5GJW B; 2GQI A; 2AZS A; 2JTE A; 3VS3 A; 3M0Q A; 2O2O A; 3KFV A; 5HCK A; 4J9B A; 2A37 A; 2DYB A; 2RQU A; 3I5S A; 1GFD A; 2RQR A; 5I22 A; 2KT8 A; 2A36 A; 4RTY A; 3THK A; 1HD3 A; 1CKA A; 2F2W A; 3LH5 A; 2EW3 A; 3PVL A; 4IIM A; 2DVJ A; 4CC2 A; 2LCS A; 1E6G A; 5IHK A; 2W0Z A; 2J6F A; 2KNB B; 2LJ3 A; 2OAW A; 1I07 A; 2AKK A; 1FMK A; 3ULR B; 3VS7 A; 4X1V A; 1VYT A; 2ECZ A; 2P4R A; 3VS5 A; 2ROT A; 2JM9 A; 1UE9 A; 4LE9 A; 1UDL A; 3GBQ A; 2A08 A; 3M0R A; 3O5Z A; 1CKB A; 2JXB A; 1Y0M A; 4J9E A; 3M0T A; 1OOT A; 1TG0 A; 2LJ1 A; 1PHT A; 1GBR A; 2RQT A; 1I0C A; 4F16 A; 2YUP A; 2DBM A; 2OI3 A; 2RF0 A; 5FW9 A; 3UA6 A; 2DJQ A; 1G2B A; 1WDX A; 1NEG A; 2JS2 A; 3QWY A; 1HSQ A; 1ZX6 A; 2DMO A; 1GRI A; 3REA B; 3EG2 A; 1YWP A; 2DM1 A; 3TSZ A; 1Z9Z A; 2CSQ A; 4RTW A; 1IO6 A; 5ECA A; 1ZUY A; 2X3W D; 1ZUK A; 1TUD A; 1WI7 A; 2ED0 A; 3NHN A; 4E6R A; 1SHF A; 2CRE A; 1AZE A; 1LCK A; 1MV3 A; 2DL3 A; 1SRL A; 2RMO A; 1ZBJ A; 1UHC A; 1BK2 A; 3H0I A; 1WIE A; 4J9H A; 1KJW A; 2HEQ A; 2MCN A; 2KBT A; 1X69 A; 3REB B; 2NWM A; 2H8H A; 2BZX A; 2PZ1 A; 2JMC A; 4JJC A; 4DEY A; 4J9D A; 1WXU A; 1U3O A; 2RN8 A; 3VS0 A; 4AG2 C; 5L23 A; 2EGC A; 1JXM A; 2F2V A; 4OMM A; 1I1J A; 3JV3 A; 1AZG B; 3VS1 A; 1X2K A; 2L2P A; 2C0T A; 2D8J A; 2KYM A; 1K4U S; 1WA7 A; 3CQT A; 1RLQ C; 4HCK A; 1ZSG A; 4EIK A; 1T3L A; 1EFN A; 1UG1 A; 2L3S A; 4OMP A; 2RNA A; 2RPN A; 3IQL A; 2FPD A; 2O9S A; 4RUG A; 3EG0 A; 1GCQ C; 1UGV A; 4AFZ C; 1UJ0 A; 1QWF A; 3EGU A; 2YUN A; 4Z89 A; 1ZUU A; 2DIL A; 1H8K A; 1BU1 A; 1NYF A; 1PNJ A; 4J9F A; 1ARK A; 2K7A A; 4Y92 A; 1PKT A; 2EYW A; 1T0H A; 4FSS A; 1NLO C; 2BZ8 A; 2D1X A; 1K0X A; 2EGE A; 2KRS A; 2ROL A; 3A98 A; 2HSP A; 4CC3 A; 1NYG A; 2DX1 A; 2GTO A; 3RBB B; 2LQN A; 2C0I A; 4RTU A; 3PE0 A; 3C0C A; 2G6F X; 1WFW A; 1YNZ A; 2KT1 A; 1SHG A; 2GTJ A; 1NG2 A; 1KFZ A; 1NLP C; 1X43 A; 4IIO A; 1BB9 A; 2XMF A; 4HVV A; 5FWB A; 3QWX X; 4JJB A; 2ENM A; 1NEB A; 2SRC A; 2E5K A; 2YT6 A; 1MUZ A; 1AWJ A; 4HXJ A; 2O31 A; 1K0S A; 1SSH A; 2HDA A; 1UFF A; 1Z9Q A; 1Y57 A; 2DF6 A; 4A63 B; 2YUO A; 2CT3 A; 2F2X A; 2DE0 X; 3NPF A; 1AOJ A; 3EG3 A; 1A0N B; 3H41 A; 1VYU A; 3M0P A; 1ABQ A; 4HVW A; 4JPB W; 2C0O A; 2KR3 A; 2J05 A; 2JM8 A; 1WXT A; 4WCI A; 1X2Q A; 3TVT A; 1YWO A; 2EQI A; 1K9A A; 1YP5 A; 3SEM A; 1RI9 A; 2AKL A; 3VS6 A; 1UJY A; 1UTI A; 2CUB A; 1PRM C; 2J7I A; 4K11 A; 4M4Z A; 2EPD A; 3VRZ A; 3FJ5 A; 4F17 A; 2DRM A; 2LP5 A; 2FRW A; 4Z8A A; 1OEB A; 2CT4 A; 2CH4 W; 5IXF A; 2EYX A; 2YDL A; 1PRL C; 1M3B A; 2FEI A; 3I9Q A; 2CH4 A; 1X27 A; 2V1Q A; 3M0U A; 1PKS A; 1QLY A; 1W70 A; 4J9G A; 2X3X D; 3EHQ A; 1M3C A; 2JT4 A; 1X6B A; 1G83 A; 2L3Q A; 3VS4 A; 1AWW A; 2JS0 A; 1H92 A; 2JMA A; 2M0Y A; 5IXB A; 2KYB A; 1B3Q A; 1GCP A; 1QKW A; 2K2M A; 3TSW A; 2RQV A; 1X6G A; 2JW4 A; 2CDT A; 1H3H A; 2AK5 A; 1XOV A; 1SRM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1U1T A; 1DJ7 B; 2M51 A; 2DFU A; 5EC7 A; 2DL5 A; 3CCE A; 1Q7Y C; 4PJN A; 2P0K A; 2RHU A; 2HQX A; 2HKN A; 1IGQ A; 2BTT A; 4M7D A; 1AWX A; 2EJG A; 4Y91 A; 2LT4 A; 1VQK Q; 1FX7 A; 1VQN Q; 2NUZ A; 2DRK A; 2L0A A; 2HMA A; 3ME9 A; 2CSI A; 2LJ0 A; 1VYV A; 1BIA A; 4CC4 B; 1RAB B; 4X9C A; 4J9I A; 4ZN1 A; 1WNL A; 4M78 A; 2PNI A; 3OA6 A; 1T3S A; 1V1C A; 2FO0 A; 4J6X A; 1QCF A; 4RCB A; 2ABL A; 2CP2 A; 4XK8 E; 2PUO B; 1GL5 A; 1NPP A; 4O5V A; 4RCC A; 1KQS A; 2XK0 A; 3CCQ T; 4FSX A; 2FPE A; 3EHR A; 3EAE A; 2GNC A; 5D6X A; 1FMV A; 4RTT A; 1U06 A; 2PVD B; 3RER A; 2V1R A; 2E6N A; 1W1F A; 1IZ6 A; 5IH2 A; 2DL8 A; 1AHJ B; 1XTD A; 1NM7 A; 4IUP A; 2E41 A; 1Q86 R; 4JRK A; 5LL6 S; 1UGR B; 2E3I A; 2I2L A; 2HQH A; 3FJP A; 2V8J A; 4RKU E; 1M2O A; 2QDL A; 4JLG A; 1AD5 A; 1CSK A; 3CCV A; 2SEM A; 3CCS A; 5IHI A; 2ZAE A; 4JRQ A; 2LNV A; 3OS1 A; 2L8D A; 2D9T A; 2JOY A; 3S6W A; 4C92 E; 3M53 A; 2R57 A; 1YJN Q; 1IHV A; 3I55 T; 2FPF A; 2J06 A; 1K76 A; 1UHF A; 4N4G A; 5LJ5 j; 5GAN 4; 7AT1 B; 2KGT A; 3RMS A; 1W2B A; 3CPW A; 4ZGJ B; 2CKK A; 1M1K R; 2COZ A; 1ABO A; 3CMA Q; 2M1H A; 2RQW A; 1WZO A; 4C8Q F; 2OTL A; 1S1N A; 1XQH A; 2MPX C; 5IT9 E; 3M0S A; 3CME Q; 5FLX E; 3C12 A; 3OYK A; 5KYW B; 4PJO C; 3L2V A; 2LCL A; 2DL7 A; 3OYA A; 2V8K A; 2K3X A; 4M78 F; 4OMQ A; 4XTY A; 1UGP B; 4FYW B; 4FT2 A; 2K9G A; 1U5S A; 2LQ8 A; 2RI2 A; 2J6O A; 4MDW A; 2HCK A; 5FRO A; 2LQW A; 4QVZ A; 4AG1 C; 3HTR A; 1MV0 B; 2DLP A; 5CKE A; 1SPK A; 1M8M A; 2YUQ A; 2OTL Q; 1VQ6 Q; 4AFU C; 2EGA A; 5GJW B; 3M9Q A; 2RB6 A; 2O2O A; 2DER A; 4BDY A; 1K73 U; 2DYB A; 1PSE A; 2CS7 A; 3JCM W; 1B34 A; 2EQJ A; 2FZG B; 3D7S B; 2P4T A; 2RQU A; 2RQR A; 1YJ9 A; 1KQS P; 4RTY A; 5GAN g; 2FZC B; 3QKJ A; 1CKA A; 1VQ8 Q; 4OMF B; 3LH5 A; 2CYZ B; 4M75 C; 4IIM A; 3CCR Q; 1RAF B; 2J6F A; 2OAW A; 2ATC B; 1I5O B; 2H3J A; 1YHQ A; 5D7U A; 2QAS A; 3JAM E; 1G5V A; 2E5Q A; 3MJX A; 5GAO p; 3VS5 A; 2VXF A; 3H6Z A; 2QEX Q; 1WHM A; 2PQW A; 2NUP B; 4OVA A; 1UDL A; 3GBQ A; 4M75 E; 4M77 C; 4L59 A; 3OYB A; 2EWN A; 5GAO q; 4O6J A; 4M7A G; 3CCQ A; 1D3B B; 2EIF A; 4C8Q B; 1PHT A; 5I21 A; 2RQT A; 2LRQ A; 3X20 B; 5GAM h; 3H9N A; 1RL2 A; 3MET A; 2DPP B; 4FW2 A; 2JS2 A; 1TOV A; 2E3H A; 1ZX6 A; 2DMO A; 3Q1J A; 5AT1 B; 5KCH A; 3EG2 A; 5GAN h; 3QXE B; 4B9W A; 2CSQ A; 1W2B P; 3CPW P; 4RTW A; 1ZUK A; 4C0D C; 1NJI C; 3JB9 I; 2XID A; 4LDW A; 1EX4 A; 2E1H A; 1M5Q 1; 5GAO r; 4PFO A; 4XU1 A; 5CKH A; 2XD0 A; 4MMK A; 2CRE A; 1AZE A; 2DL3 A; 4QQ6 A; 4J6W A; 1SRL A; 3CC7 Q; 1UHC A; 4LDU A; 2BUD A; 3H0I A; 2WSE E; 1WIE A; 5CKF A; 1KJW A; 2XKO C; 3I55 A; 1R0B G; 2DTO A; 2ZPI B; 2LQK A; 5LJ3 j; 2P0P A; 3OYH A; 2FB7 A; 3DKM A; 3G1J A; 4IUU A; 4XU3 A; 3VS0 A; 3A1P A; 1JXM A; 1I1J A; 3JV3 A; 2JJ9 A; 3J81 E; 1Y07 A; 1LVK A; 4KUI A; 3TCJ A; 4FYY B; 4PJO A; 2KYM A; 1K4U S; 3EH1 A; 1FWZ A; 3FRN A; 3CCU T; 1ZSG A; 4EIK A; 1T3L A; 1EFN A; 4ANJ A; 1VQM Q; 2ZCF B; 4RG8 A; 2D6F A; 2L3S A; 3RES A; 2RPN A; 1GXI E; 4J6Y A; 4E7S A; 3PTA A; 3G71 Q; 1N6A A; 3GIB A; 1ZUU A; 4MML A; 1PNJ A; 2B8A A; 2GQV A; 1ARK A; 1MMA A; 3JCM V; 2QGG A; 3N5B B; 4M7A E; 1T0H A; 4FSS A; 4JJN K; 3P8H A; 4MZM A; 2EGE A; 3KBG A; 4II1 A; 2V26 A; 2RM4 A; 3MCA B; 3M59 A; 2HSE B; 4RTU A; 1QQJ A; 2YRV A; 3JB9 J; 4MZP A; 1H64 1; 4FYX B; 1KG1 A; 2KT1 A; 4QQG A; 1NG2 A; 4EDU A; 2DVE A; 4UC4 A; 4M7D G; 4CI0 C; 4IIO A; 1BB9 A; 3QWX X; 4PJL A; 2ENM A; 1TUG B; 1VQ9 Q; 4LD6 A; 2YT6 A; 1G3Y A; 4PLL A; 1QP2 A; 1SSH A; 4C0G A; 1Z9Q A; 1UEB A; 1M90 R; 4OP0 A; 4A63 B; 2DE0 X; 3F70 A; 1AOJ A; 3EG3 A; 1K8A U; 1Q95 G; 1QVP A; 2OTJ Q; 5KYN A; 1VQK T; 3QG1 A; 1VQN T; 2HBP A; 4ZTJ A; 3RKW A; 3FB9 A; 2KR3 A; 4J5Y A; 1WXT A; 3OS5 A; 5FRM A; 2AIR B; 3TVT A; 1YWO A; 1LPL A; 3HRT A; 1YP5 A; 3SEM A; 4NS5 A; 1Q7Y R; 3CBP A; 1UJY A; 1RAI B; 2J7I A; 3VRZ A; 3FJ5 A; 1PM3 A; 2DD5 A; 1M9S A; 3LYI A; 4PJO F; 2QGF B; 1KD1 U; 1VQP Q; 2CT4 A; 2EYX A; 1MHN A; 1WJQ A; 3P8D A; 1M3B A; 5A2Q E; 1X27 A; 4BI3 A; 5GMK m; 2K4Y A; 2X3X D; 1K9M U; 4ATO A; 3CPF A; 4OB2 B; 2DO3 A; 2L3Q A; 1UGQ B; 2JS0 A; 1H92 A; 2JMA A; 4BUG A; 1QKW A; 4C5E A; 4XTX A; 2JW4 A; 1HYO A; 2M16 A; 1XOV A; 4J9E A; 1QVG A; 1AT1 B; 1X01 A; 3ZEH A; 3L2R A; 4ORZ A; 2OX7 A; 3EGD B; 3R6O A; 4OB1 B; 3CC2 Q; 2R5M A; 1B07 A; 1KHI A; 5IN1 A; 2K5L A; 2QQA A; 2RJF A; 4R55 A; 2XG8 D; 5I11 A; 2RI3 A; 4LUD A; 3DB4 A; 1JEG A; 3QJY A; 1YJW Q; 3H0F A; 5KE2 A; 1VIE A; 2ZPE B; 3JCM b; 1YJN T; 4C92 B; 2HZY A; 1Q81 C; 3E19 A; 3PMT A; 3I5R A; 2KRN A; 2EVR A; 3EFS A; 4OF1 A; 2BZY A; 1BCM A; 4JZ4 A; 2DTH A; 4M75 F; 1PC0 A; 1ZSZ B; 3CMA T; 1RUW A; 3L2U A; 2L89 A; 4LNP A; 3KUF A; 2OJ2 A; 2D0N A; 4HKE A; 3UF4 A; 1K8A C; 2YWW A; 3CME T; 2HL5 C; 1GFC A; 3CCV T; 4LN2 A; 2F69 A; 5KYW A; 5GMK j; 2F5K A; 2X51 A; 4M77 F; 3EH2 A; 2VC8 A; 2K79 A; 4C8Q D; 3DB3 A; 1QKX A; 3INZ A; 1MMN A; 3LH0 A; 2DBK A; 2MIO A; 3MEA A; 5KYY B; 4KRT A; 2LT1 A; 3HKS A; 2PTK A; 4NOY A; 3U23 A; 5GAN 8; 1TU0 B; 1JJ2 S; 4QW2 A; 3M56 A; 5GAM j; 2ZPH B; 2K57 A; 3J80 E; 3OYI A; 2OTL T; 5DLO A; 4D6W A; 1VQ6 T; 4M78 D; 4EPC A; 1J3T A; 1SEM A; 1IGU A; 1AVZ C; 1VA7 A; 2QA4 Q; 1K9M C; 3NTH A; 5CIU A; 4OGC A; 3SWN C; 2FZK B; 5GAN j; 3VV0 A; 2K3B A; 2ED1 A; 2PVO B; 4ME7 A; 1M4Z A; 3VS2 A; 2M02 A; 2RJC A; 4BE2 A; 5A0D A; 4XTZ A; 3VYH B; 3UWN A; 1YN8 A; 2KQW A; 1YCS B; 3CCJ Q; 1VQK A; 2DA9 A; 1PG5 B; 1VQN A; 2BKD N; 2VV5 A; 4HCZ A; 1ACM B; 2GFU A; 2MAM A; 4Z88 A; 1VIF A; 1WLP B; 2DZC A; 2VKN A; 3QJ6 A; 1KSW A; 3V8J A; 2QEX T; 5D6W A; 2DXT A; 2DTI A; 1T0J A; 2MWO A; 2NUP A; 5GAN f; 5GAN 2; 4AFS C; 4F14 A; 4MZT A; 3MEV A; 4M75 B; 3SDZ A; 4KBM B; 2FG0 A; 4ZGE B; 4DEX A; 1PWT A; 1D3B A; 1WHG A; 1YJ9 T; 2RK1 A; 4C8Q A; 3I35 A; 4BD3 A; 2DEU A; 3NTI A; 1RAC B; 3HRS A; 3MKD A; 3LWH A; 5GMK i; 1WYX A; 4M77 B; 1YHQ T; 2JTE A; 4JRP A; 1QVF S; 3HHT B; 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