The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
b'PLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
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| molecule tags |
Splicing
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| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Structural Basis of Assembly Chaperone- Mediated snRNP Formation.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
15
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JB9 H; 1YCY A; 1N9S A; 2FYK A; 3V8L A; 3JB9 F; 5GMK m; 4M77 B; 5GAO m; 2VC8 A; 4C8Q E; 2ZGW A; 3SWN A; 3HFO A; 4JRI A; 5GAN g; 5LJ5 e; 5LJ5 h; 4M75 C; 4C92 B; 3RER A; 3V8K A; 4NL3 A; 2EWN A; 4XU1 A; 2CGH A; 4RCB A; 4M7D A; 2QTX A; 3RES A; 5GMK l; 5LJ3 j; 4M78 D; 3JCM P; 3L2Z A; 5CAI A; 4M7A F; 4M7A D; 4PJO C; 5GAN 2; 2I2L A; 1D3B A; 1WPY A; 5GAM f; 5GAN j; 2E65 A; 4DQ2 A; 4HA8 A; 4M77 G; 4JUV A; 3BFM A; 4F7U E; 2DEQ A; 2YLB A; 4F7U B; 5GAN e; 4M75 D; 3INZ A; 5GAN 5; 4OP0 A; 4A53 A; 3L1A A; 2E41 A; 1B34 A; 1N9R A; 1WQW A; 4C92 F; 5GAN 8; 3JCM g; 4F7U F; 2DZ9 A; 4C8Q G; 2HNI A; 4QVD A; 2VXF A; 2DXU A; 2E64 A; 4C8Q A; 2EJ9 A; 4RCC A; 4EMK A; 3V7R A; 2JN0 A; 3PGG A; 1U1T A; 4JLI A; 4M75 G; 4NOY A; 4EMG A; 5GAO n; 3RKX A; 3JCM e; 3JB9 D; 3BY7 A; 1LJO A; 2EJF A; 3V7S A; 3M4G A; 1HXD A; 1Y96 B; 4WF2 A; 5LJ3 h; 4PJO A; 2E10 A; 5GAM h; 4M7D C; 4XU3 A; 1MGQ A; 4J5Y A; 2DTO A; 4J6Y A; 5LJ5 j; 4M75 A; 2DVE A; 3QHS A; 1HK9 A; 5GMK j; 4M77 C; 3SB2 A; 3SWN C; 3JB9 J; 4MML A; 1JRI A; 4M78 G; 4J6X A; 4M77 A; 4M78 E; 5GAN 7; 3HSB A; 4M7A E; 2K57 A; 2DZC A; 4XQ3 A; 4XTZ A; 5GAN d; 3JB9 G; 1JBM A; 4M7D G; 4V2S A; 5LJ5 g; 2DTH A; 4XTY A; 3QUI A; 3VU3 C; 5GAO p; 4X9D A; 4C8Q D; 4M78 A; 3BW1 A; 4J6W A; 3HFN A; 4NL2 A; 4M7A B; 4QVC A; 1D3B B; 1X01 A; 3JCM b; 2RB6 A; 2RA2 A; 4JRK A; 4XTX A; 4Y91 A; 4M75 E; 3BDU A; 5GAM e; 3JCM d; 3JCM W; 3EFS A; 4C8Q C; 4EMK C; 5GMK i; 5LJ5 d; 4N0A C; 5GAN 4; 1WQ7 A; 3FB9 A; 4C92 G; 4F7U G; 4M77 F; 5GAO r; 3JCM h; 4M77 D; 5DY9 A; 4F7U A; 2DKG A; 5LJ3 f; 3V7C A; 4PJO G; 2VXE A; 2EJG A; 3RUX A; 5LJ3 g; 4PJO E; 4XTU A; 3SWN B; 1B34 B; 1WNL A; 2DXT A; 3QO3 A; 4M7A G; 4C92 A; 2E1H A; 3JB9 I; 5GAN 6; 5GMK h; 3AHU A; 4M7D B; 5LJ3 d; 3V8J A; 4M7D D; 5GAN f; 4C8Q F; 5I21 A; 5GAM j; 5GAN h; 5GAM g; 1KQ2 A; 3GIB A; 4XTV A; 4A54 A; 2Y90 A; 3JCM V; 3RIR A; 3EFR A; 2YHT A; 3RKW A; 3JCM c; 1LOJ A; 1Y96 A; 2YLC A; 1I8F A; 4PJO B; 1BIB A; 4XU0 A; 2RM4 A; 1TH7 A; 2DTI A; 4C92 C; 4M75 B; 3FJP A; 4C92 E; 3QSU A; 4XU2 A; 5LJ5 f; 4X9C A; 2FB7 A; 3JCM f; 4M7D E; 5GAO l; 5GAN 3; 1I4K 1; 1LNX A; 4M78 F; 4PNO A; 4C8Q B; 4EMK B; 3JCM X; 5GAO q; 5GAM d; 4N0A A; 3RKY A; 2DJZ A; 4M7D F; 1H64 1; 4M7A C; 1KQ1 A; 1BIA A; 3FIF A; 1I81 A; 4M78 B; 4XTW A; 4HT9 A; 4PJO D; 1M8V A; 1M5Q 1; 4M7A A; 4M77 E; 3JCM J; 2EAY A; 4HT8 A; 3JCM Q; 4MMK A; 4C92 D; 5LJ3 e; 5GMK e; 1U1S A; 2RD1 A; 4M78 C; 4PJO F; 4EMH A; 1I5L A; 4M75 F; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WSF E; 4QVZ A; 2NUZ A; 3X26 B; 4PJM A; 4CC3 A; 2E12 A; 3L2W A; 3L2R A; 3I56 A; 1SRM A; 3OMG A; 3H41 A; 3G71 Q; 1KSW A; 1BK2 A; 1LCK A; 2R58 A; 3RR6 A; 4PK4 A; 1YJW Q; 1Q82 R; 4HA8 A; 3CCR Q; 4F7U B; 2KGT A; 3A8G B; 3EHQ A; 4OMM A; 1AWJ A; 3D7S B; 1WJQ A; 4C8Q A; 2O9S A; 1G5V A; 1K8A U; 4E7S A; 2KRN A; 1M30 A; 3VS2 A; 1WX6 A; 1G83 A; 1UHC A; 1B3Q A; 4O5V A; 1VQP A; 5GAN 7; 2MAM A; 4M78 E; 1D1B A; 3VUZ A; 1VQL T; 1VQP Q; 4IUU A; 3QWX X; 3EGX A; 4GY5 A; 4NL2 A; 1PSE A; 2DRM A; 3JCM W; 4M75 E; 4C8Q C; 4B9W A; 1PC0 A; 4BE2 A; 1VOM A; 1VQ7 T; 4FYV B; 5LJ3 f; 3V7C A; 1TXQ A; 2JVV A; 1WJR A; 4HCB A; 3M4Y A; 1Y57 A; 5IT9 E; 2PVG B; 3NTI A; 1JJ2 P; 1OX9 A; 2FRY A; 5FRO A; 1VQK T; 3I55 T; 1VQ4 A; 3Q1J A; 3OW2 P; 2RJE A; 5FLX E; 3CCQ A; 5HK0 A; 2RN8 A; 1UFF A; 2EQU A; 1M90 U; 3O8V A; 2DXC A; 1YJN Q; 2AZS A; 3QZ9 B; 4OGC A; 3NHN A; 1M8V A; 3EGX B; 2LNH B; 5KYY A; 2DRK A; 4M78 C; 2RNA A; 1X69 A; 1QCO A; 4M75 F; 2LMJ A; 2K5F A; 1JQQ A; 1HYO A; 4Y92 A; 2DIG A; 1O9S A; 2KXD A; 4ZN1 A; 5CCA A; 1KC8 R; 1YIJ Q; 3I5R A; 1D3B A; 1WPY A; 2QTV A; 4AFQ C; 1Q86 C; 4DQ2 A; 1IXD A; 3MHX A; 1M27 C; 1KQS P; 1MND A; 2LVM A; 4CRI A; 2E41 A; 1B34 A; 1WFW A; 7AT1 B; 2OTJ A; 4QVD A; 2C0T A; 1B07 A; 4JRQ A; 3G4S A; 2AT1 B; 1OV3 A; 2CT4 A; 3RMS A; 5GAM h; 2HBW A; 1EIF A; 2J6O A; 4M77 C; 1NYF A; 3KXT A; 1SEM A; 1EZZ B; 2JS2 A; 4FYW B; 1JBM A; 4FW1 A; 3H6Z A; 3CCV A; 4B9X A; 1D3B B; 3CCU Q; 3CXC A; 3OBY A; 4EMK C; 4X34 A; 4OVA A; 2EYX A; 2ROL A; 1NBE B; 4KT0 E; 1IHV A; 3M55 A; 4CC4 B; 3OYJ A; 2BZX A; 1AWX A; 2EJG A; 2HQE A; 5LJ3 g; 1AZG B; 1VQO T; 1M3A A; 2J6F A; 1B34 B; 4C92 A; 3V8J A; 2OI3 A; 3CXC S; 3VKI A; 3CPW A; 2L8D A; 4HVV A; 4RTX A; 2QAS A; 3KBG A; 1GBR A; 1LOJ A; 4DBQ A; 2MPX C; 2O31 A; 3LGL A; 2CSI A; 3PVQ A; 4X9C A; 1N8R R; 2DET A; 2JTF A; 2RHI A; 4EMK B; 2KMT A; 3TEE A; 1WDX A; 2KYM A; 3E9G A; 1QWE A; 3VRZ A; 3GPL A; 4OF1 A; 3A1P A; 3DKM A; 3H0H A; 4ANJ A; 2JJ9 A; 4JRP A; 1UUE A; 4M77 B; 1VQ5 T; 3H0I A; 4C8Q E; 2DO3 A; 3VYG A; 4C92 B; 1ABO A; 4R55 A; 2KXC A; 2P4R A; 1ZLM A; 1N6A A; 3CCJ A; 3EG9 A; 5GAN j; 1TS9 A; 2ECZ A; 2X3X D; 1NJI C; 3GNF B; 4DBR A; 1QVF A; 5GAN e; 1I5O B; 4RG8 A; 3INZ A; 4OP0 A; 2ROT A; 5GAO n; 1XNI A; 5CO7 A; 4R0K A; 2LDM A; 5IXF A; 1C6V X; 3RKX A; 1BYM A; 1WIE A; 2X51 A; 4II1 A; 5CKD A; 1MMA A; 3CCJ Q; 2DTO A; 4J6Y A; 3CC7 Q; 1PSF A; 1M1K R; 1AZE A; 1RAA B; 2DZC A; 4N4G A; 2WSE E; 1OX8 A; 3VU3 C; 3CBM A; 3QDR B; 4PFO A; 4X9D A; 4C8Q D; 3OW2 A; 2LT4 A; 3HPW A; 1R0B G; 3CC4 T; 1K9M C; 5GMK i; 3CCR A; 2EQK A; 4RTT A; 2CSQ A; 2FG0 A; 4KGX B; 4M77 F; 2P0Q A; 4FSX A; 4FT4 A; 4PJO E; 1QP2 A; 1M2V A; 5CKE A; 3OYB A; 2PNI A; 2LJ0 A; 4C8Q F; 5GAM j; 3JV3 A; 4BD3 A; 1JXO A; 5GAM g; 4A54 A; 1XTD A; 2JS0 A; 2CP5 A; 5CKF A; 1VIF A; 1BIB A; 2ED1 A; 4J7F A; 4D8D A; 2CUB A; 4C92 C; 3FJP A; 4EPC A; 1Q95 G; 2I0N A; 2NWM A; 1I4K 1; 4C8Q B; 2FRW A; 2KQW A; 1Q81 R; 2RQT A; 2DJZ A; 1VQ9 Q; 4HT9 A; 2X3W D; 2F69 A; 1PRM C; 4A4F A; 3VS0 A; 1OQK A; 2CZ6 B; 3JB9 H; 2G3R A; 1UGR B; 1X43 A; 1SF9 A; 2AHJ B; 1QVF P; 1H92 A; 1M3B A; 1AD5 A; 2QTX A; 1PRL C; 1GL5 A; 5J26 A; 1VQ5 Q; 1KHI A; 2O88 A; 4Y28 E; 2C0I A; 2DL4 A; 3SFM A; 2KR3 A; 1WHL A; 4F7U F; 3WVD B; 4EIK A; 2GF7 A; 4KRT A; 2CH4 W; 3LW5 E; 3NPF A; 1U1T A; 4PLL A; 4NOY A; 4VUB A; 3JB9 D; 1CKA A; 2EJF A; 1UGS B; 3KFV A; 3WVE B; 1K73 C; 4DEY A; 1OI1 A; 4E47 A; 1BI0 A; 5CKH A; 4AFS C; 3CCV T; 3QII A; 1T3S A; 1MNE A; 2MWP A; 4V2S A; 2VUB A; 4ZTF A; 6AT1 B; 1Z9Q A; 5FWC A; 4M78 A; 1YWO A; 4QVC A; 3BDU A; 3CQT A; 1D09 B; 2QQB A; 3HTR A; 2E70 A; 1Q86 U; 2ZZD A; 4OMP A; 2YRC A; 1WNL A; 3JRZ A; 4QT7 A; 1PCX A; 4M7D D; 1WYX A; 1UE9 A; 3ZL7 C; 3I56 Q; 3OYG A; 4IUQ A; 2QDL A; 4XTV A; 2Y90 A; 4KUL A; 3I9Q A; 2DER A; 1VYT A; 1W70 A; 4PJO B; 5IN1 A; 2VWF A; 4XU0 A; 2DTI A; 1K8A C; 5CR2 A; 3L2U A; 2M0O A; 3MCA B; 2CT3 A; 4PFP A; 1Y0M A; 3MJX A; 1UDL A; 4J9H A; 1VA7 A; 1SHG A; 1OZ3 A; 2KBT A; 4B6M A; 1RAC B; 4M78 B; 1BB9 A; 2K4Y A; 4F17 A; 2EAY A; 3UDC A; 1AT1 B; 1NJI U; 2EGE A; 2AKL A; 2HBP A; 3RBB B; 3E19 A; 2C0O A; 3CPF A; 4XU1 A; 5LJ3 j; 4C0F A; 3SDZ A; 2I2L A; 3MP1 A; 2J05 A; 4C0D C; 3BE3 A; 2JTM A; 3MEW A; 4M77 G; 2YRD A; 2F1L A; 4BE0 A; 2BZY A; 2COZ A; 2QEX Q; 2XK0 A; 4ATO A; 2F5T X; 2JXB A; 1YIJ T; 3VS6 A; 2NUP A; 4K11 A; 2DK3 A; 5I2S A; 5IHK A; 5DLO A; 2IVW A; 2DF6 A; 3JCM e; 4JJN K; 1HXD A; 4WF2 A; 5FU6 B; 1BI2 A; 4OMN A; 2H3J A; 1VQN T; 2HL3 A; 2RMO A; 1N8R U; 4OB1 B; 4ZGJ B; 1W4S A; 2RH2 A; 2JW4 A; 1WJS A; 1JRI A; 2F2X A; 1GCP A; 1UGP B; 2DIQ A; 5GAN d; 3I5S A; 4E7J A; 5FU7 B; 4J83 A; 1PHT A; 4AMC A; 2OAU A; 4M7A B; 3JCM b; 4JRK A; 2MMP A; 2QQS A; 5LJ5 d; 2HSE B; 3QDF A; 3RNJ A; 3I55 Q; 1LPL A; 3RUX A; 4LN2 A; 2O01 E; 2DXT A; 2BUD A; 3QO3 A; 4J9I A; 5GMK h; 4ZGE B; 2F2W A; 3HL8 A; 2XID A; 5A2Q E; 3G7Z A; 1V1C A; 3EFR A; 1JB0 E; 2K2V A; 2YHT A; 3RIR A; 3RKW A; 1Y96 A; 1I8F A; 2QXF A; 2LQW A; 4DBF A; 5HCK A; 4BDZ A; 2EVR A; 4FCY A; 3ZEH A; 3M59 A; 5KH6 A; 3M0U A; 2L2P A; 2CZ1 B; 4OMO A; 2A7Y A; 1VQ6 Q; 2NUT B; 3VV0 A; 4DOW A; 2RK1 A; 4M7A A; 3JCM J; 4X1V A; 2EQJ A; 3OB9 A; 1BI3 A; 2GFU A; 2RD1 A; 1KJW A; 5GMK e; 1WGS A; 4ME7 A; 3IQL A; 3JB9 F; 2IPO B; 2D9T A; 3VS7 A; 1YJ9 T; 4IKF A; 2ZPE B; 2VYT A; 3A8H B; 4BI4 A; 4RCB A; 4M7D A; 3RES A; 3OA6 A; 1QVP A; 4M7A D; 3LLR A; 2E6Z A; 2PUO B; 1KC8 U; 5CK9 A; 4WCI A; 1A0N B; 1YHQ Q; 1MUZ A; 1I1J A; 4MZT A; 3JCM g; 4GLK A; 3F70 A; 2KSS A; 4QQD A; 1QVG A; 1VQL Q; 3M58 A; 2HKQ B; 4KBM B; 4M4Z A; 2KEA A; 2VGM A; 5A0L A; 4N4H A; 1UG1 A; 2RK2 A; 2PQW A; 5C0M A; 1UGQ B; 5C6S A; 2SEM A; 1B7T A; 2JNG A; 1V76 A; 4LE9 A; 1FYN A; 4XTZ A; 4MZM A; 1BU1 A; 2EYY A; 3PNW C; 1IRE B; 1NEB A; 3VS3 A; 2HL5 C; 2RA2 A; 3URG A; 1JO8 A; 3EFS A; 4J8O A; 5GAO r; 2L5Q A; 1MMG A; 2RQW A; 3OS5 A; 4E7Z A; 1ZA2 B; 1BCO A; 1YJW A; 2HQX A; 1RAF B; 2X4W A; 5LL6 S; 2CZ7 B; 1UGV A; 1D0X A; 5GAN f; 1X75 C; 2EPD A; 5GAN h; 3OYL A; 2P84 A; 4OB0 B; 3GIB A; 2OAW A; 1Q7Y R; 2EYQ A; 3M0R A; 5IH2 A; 4LUE A; 4E7I A; 5FU7 C; 4IUV A; 4Q5W A; 1YJN T; 2L3Q A; 2SRC A; 2Y4X A; 2HQH A; 1S72 A; 3CCE Q; 3QYG B; 3TVT A; 1SG5 A; 2HMA A; 5GAN 3; 2RHZ A; 1Q81 U; 4PNO A; 1ABQ A; 3UWN A; 4J9B A; 5GJV B; 1M1G A; 4JPB W; 1QKW A; 1U8R A; 4P5N A; 5AYF A; 3CCM T; 4MMK A; 1YNZ A; 5HKC A; 3M9Q A; 3EHR A; 3X20 B; 2CRE A; 1YIT A; 1J3T A; 5IHN A; 2EYW A; 4RG2 A; 5CQX A; 5I11 A; 4IIM A; 1M2O A; 4DEX A; 3CC7 A; 1Q82 U; 3A8M B; 1QVG P; 2MI6 A; 1JJ2 S; 2LRQ A; 4JUV A; 4FU6 A; 2YLB A; 3GBQ A; 5I2M A; 1FX7 A; 1K73 R; 5I22 A; 4BE1 A; 1OPL A; 5FRM A; 2CP3 A; 3G71 A; 3RDV A; 3V7R A; 2RI2 A; 1BBZ A; 3R6O A; 2VKN A; 3I56 T; 3M4G A; 2E10 A; 3OYY A; 2RQV A; 3M0S A; 3PE0 A; 2DD5 A; 1WHJ A; 2OJ2 A; 3HRU A; 2KY9 A; 1K4U S; 4J6X A; 1Q82 C; 3REB B; 3CPW P; 4LDW A; 1K9M U; 1RAE B; 4QQ6 A; 3OS2 A; 1VQ9 A; 2A3L A; 3GNG A; 2RB6 A; 3CCL Q; 2OTL Q; 5GAM e; 4EDU A; 1IO6 A; 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