The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
122
|
structure length |
122
|
Chain Sequence |
MEYKSSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYDELNIEPDTEQPT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a delivery protein for an AAA+ protease in complex with a peptide degradation tag
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| total genus |
25
|
| structure length |
122
|
| sequence length |
122
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ B; 1OUL A; 1OU9 A; 1TWB A; 1OU8 A; 2QAZ A; 1OX8 A; 1YFN A; 2NYS A; 1OX9 A; 2QAS A; 1ZSZ A; 1ZSZ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HSQ A; 2KI7 A; 1C0M A; 4FL6 A; 1NYF A; 2OI3 A; 4AFU C; 3GOX A; 4XTY A; 3H41 A; 4ZTJ A; 5GAM e; 2EKH A; 3OYI A; 1VQK A; 1V1C A; 3F70 A; 2V8K A; 2NUT A; 2NWM A; 4F7U F; 3HL8 A; 2P0K A; 3EFR A; 3QXE B; 3PFS A; 3OSV A; 1S72 Q; 3CPF A; 2ZPF B; 4XAX B; 1M3C A; 1UHC A; 5IHN A; 1WX6 A; 2RM4 A; 3E9G A; 4KH0 B; 1D0Y A; 3TSZ A; 2DK3 A; 3OYM A; 4KUD K; 1CKB A; 4IIO A; 1W6X A; 1Q7Y C; 2GFA A; 5FU7 C; 1NJI C; 5LJ5 j; 3AHU A; 1Q95 G; 4M77 G; 1XTD A; 2V8J A; 3HFO A; 3LH0 A; 1GBR A; 1MMN A; 3OBY A; 2PUO B; 4M7A C; 1GCP A; 2GFU A; 3GPL A; 2NLU A; 1RUW A; 4DOW A; 2EJG A; 4AT1 B; 3H9N A; 3KBG A; 1N9S A; 1SKU B; 3ASK A; 2HQH A; 3QWY A; 1QVG P; 2LC4 A; 3V8J A; 4ELY C; 4YTL A; 2K2M A; 3E9F A; 3M58 A; 5EG2 A; 2XDD A; 2DF6 A; 2E10 A; 1KC8 C; 2EVR A; 2C0T A; 2EYQ A; 2QEX Q; 5KYN A; 3WVE B; 3EFO B; 2P0P A; 1ZLM A; 1WHK A; 1G3W A; 3UAT A; 3V7R A; 2L2P A; 1UUE A; 1NLO C; 3DKM A; 1K73 R; 3CME Q; 4KGZ B; 2X51 A; 4M77 A; 1K1Z A; 2RI5 A; 4C92 D; 4FW1 A; 2E3H A; 3DLM A; 2KBT A; 4M7D F; 1D0Z A; 1WXT A; 1YCY A; 1K9M C; 4D8D A; 2HQX A; 1PNJ A; 4L5G A; 4OB3 B; 3CCV Q; 2OTJ A; 2Y90 A; 4FYV B; 3VRZ A; 4JJC A; 1MND A; 1ZSG A; 2LQ8 A; 3RUX A; 4OVA A; 3JV3 A; 2J6F A; 5CKF A; 3REB B; 1TS9 A; 5IHK A; 1NJI U; 2DTH A; 2KYM A; 3GNF B; 2QTV A; 4DQ2 A; 1KD1 C; 2CP7 A; 5D6Y A; 4N0A C; 3VV0 A; 2HSE B; 4KH1 B; 4Q5W A; 1BI1 A; 3RNJ A; 4EPC A; 3KFV A; 4LD6 A; 1VUB A; 3A98 A; 2EFI A; 2CUD A; 2NUZ A; 1EIF A; 1YBY A; 3L2U A; 2LVM A; 2DET A; 1B34 B; 1G3T A; 1QQJ A; 2GGR A; 2AZV A; 1MNE A; 2PUK B; 4IUP A; 2B86 A; 3OQ5 A; 4HXJ A; 3EH1 A; 7AT1 B; 1OYX A; 3M56 A; 5GMK j; 3FIF A; 1MHN A; 1RAI B; 5A0G A; 3CC7 Q; 4C92 E; 1TG0 A; 1VQ5 T; 5KH6 A; 3G4S A; 1VQL T; 2KSS A; 3LWH A; 3SHW A; 3JB9 G; 4XTZ A; 1FXX A; 4J9F A; 5AYF A; 2DEQ A; 3FJP A; 2OTL A; 1YN8 A; 3OYB A; 1YIT Q; 1B07 A; 2G3R A; 3OW2 A; 1BIB A; 3CD6 A; 3OYJ A; 1RAC B; 1TU0 B; 3CMA A; 5M9O A; 3QDR B; 2EKO A; 2AKK A; 4A4K A; 4LNP A; 2E3I A; 5I21 A; 1BBZ A; 1QP3 A; 4RTV A; 2E1H A; 1ZSZ A; 2RJF A; 1MMD A; 1Z9Q A; 2LQW A; 4HA8 A; 1PKS A; 1K73 U; 5KYX B; 2KGT A; 2QAZ A; 2DD5 A; 1WI7 A; 2HAX A; 2EGE A; 3PVQ A; 3QJ6 A; 4M78 C; 1AOJ A; 4PJO G; 1HXD A; 3RMQ A; 3G7Z A; 1VQ6 T; 1OUL A; 3BDU A; 2CP5 A; 5FU7 B; 3PVL A; 4OMM A; 3J81 E; 2DM1 A; 4LN2 A; 1NPP A; 2FHD A; 2YSQ A; 1HD3 A; 4M77 C; 1YIJ Q; 1NLP C; 2DIG A; 2RHY A; 4F14 A; 5GMK i; 1LPL A; 3CQT A; 3S3O A; 2BZY A; 3M0R A; 5LJ5 e; 1LCK A; 3RKX A; 2VC8 A; 2O31 A; 1AEY A; 4LDY A; 1TUG B; 4Y91 A; 4PJJ A; 1IHV A; 1N8R R; 4C8Q B; 2RHX A; 4C0F A; 1RAD B; 4II1 A; 2QA4 A; 2XD0 A; 3I9Q A; 1JXO A; 2CH4 A; 2RMO A; 1NYG A; 4RCC A; 3CCU T; 2B8A A; 4OB0 B; 4M4Z A; 1M2V B; 2YUP A; 4RTZ A; 3CCE A; 2M1H A; 3C94 A; 2J7I A; 1OPK A; 4K11 A; 1KQS S; 1W2B P; 4A4E A; 1IZ6 A; 4PFP A; 4X1V A; 1PD0 A; 2K5F A; 1Y57 A; 2SEM A; 1IB8 A; 3EFO A; 4ZN3 A; 1YNZ A; 3SD4 A; 2M0Y A; 1AWO A; 1S72 T; 3L2Q A; 1G8X A; 2ZPG B; 1M9S A; 2F1L A; 3OS0 A; 3CCS T; 2PNI A; 1QVF S; 2PVG B; 2YXY A; 2GF7 A; 2DZ9 A; 2MI6 A; 3EAE A; 5GAM h; 3CCR T; 2PQW A; 4GBQ A; 3M4G A; 4C92 F; 4F16 A; 3ZFJ A; 1UGQ B; 1RAG B; 3V7S A; 2E70 A; 2MMP A; 4QVD A; 3UWN A; 1QCF A; 2HCK A; 1OOT A; 5IN1 A; 3JCM X; 1ZA1 B; 1QVG A; 4J9B A; 4RUG A; 2YLC A; 4JJD A; 2A08 A; 1BKB A; 2ZPI B; 4JLG A; 5CVI A; 4RKU E; 4C8Q E; 2H3E B; 2E5K A; 3CBM A; 2XDB A; 4E7L A; 1M1F A; 4F7U B; 1VQ8 A; 1JEG A; 4WTO B; 2JVV A; 3EGU A; 1W70 A; 2BTT A; 4BDZ A; 4LDX A; 2QEX T; 1M1K C; 1ZSZ C; 1KHI A; 1B34 A; 2Z0W A; 2ZPE B; 1WZO A; 2VGM A; 3L1A A; 4LDV A; 1NBE B; 5HK3 A; 2L3P A; 3CME T; 3CPW A; 5GAO m; 2LCS A; 1E7O A; 2ZCF B; 4FCY A; 4KGV B; 1MMG A; 3KUF A; 2YT6 A; 3CCQ A; 1VQM T; 3PIP A; 4AFQ C; 5LL6 S; 5GMK e; 2RNA A; 5CAI A; 2EQM A; 3MET A; 1QKX A; 4NL2 A; 3UF4 A; 1VQO A; 1N8R U; 2DVJ A; 2YLB A; 2I2L A; 4ESR A; 5J39 A; 2RQT A; 2KT1 A; 3HKS A; 4DEY A; 1RLQ C; 1JBM A; 2R57 A; 4EDU A; 2IG0 A; 5GAN 8; 2BUD A; 2EPD A; 1VQ9 A; 5CK9 A; 5LJ3 f; 2EJF A; 1IRX A; 1PCX A; 4E2F B; 3VS4 A; 1WYX A; 1WQW A; 4E7J A; 3QII A; 3G4S Q; 3RR6 A; 4R0K A; 3GF5 A; 1YJN A; 2YUN A; 2EWN A; 3A8L B; 2ROL A; 4M78 B; 5A0L A; 2K2V A; 3LH5 A; 3G71 A; 3JCM Q; 2BIV A; 1AD5 A; 1QCN A; 3VYG A; 2J6K A; 1WNL A; 3QJY A; 3PGG A; 2OTL Q; 4C8Q G; 4M7D B; 2DMO A; 1YJW A; 2FEI A; 5FU6 C; 5KYX A; 1Y7X A; 2LCC A; 1EX4 A; 2D0N A; 2ZZD A; 3CD6 Q; 1KJW A; 3UA6 A; 3CMA Q; 2LP5 A; 3M55 A; 2HBW A; 1HK9 A; 1YHQ T; 3MHX A; 4UC4 A; 2CUB A; 5FRO A; 3BDL A; 3CCL T; 4KRT A; 1PD1 A; 1GFD A; 4C92 C; 3CCM A; 4MZM A; 2FO0 A; 4JUV A; 1I4K 1; 1ZHI A; 2XMF A; 3H6Z A; 4BI4 A; 1BI3 A; 3M0S A; 2JJ9 A; 1OPL A; 5GAN 3; 2LRQ A; 1OI1 A; 1PHT A; 4XU0 A; 2KXD A; 1G5V A; 5GJV B; 1V76 A; 2AZS A; 5IXB A; 2LDM A; 1QW1 A; 2E6N A; 3MP8 A; 4Y28 E; 4C8Q A; 2HDA A; 2R5A A; 2W0Z A; 4AG1 C; 1YJ9 T; 4Z88 A; 2CYZ B; 2J6O A; 3JRZ A; 3LX7 A; 2OAW A; 2FL7 A; 3MO8 A; 1VQ7 A; 3TCJ A; 4N4H A; 1KQ1 A; 1M2V A; 5GAO l; 1PC0 A; 4EMH A; 4J5Y A; 3L2W A; 2YRD A; 3OYE A; 3VUB A; 2QA4 Q; 1DJ7 B; 2FPD A; 3WVD B; 4M7D E; 2M51 A; 4GLK A; 1AT1 B; 3INZ A; 4F7U G; 1U1T A; 5KE3 A; 3NTI A; 3G6E T; 5GMK m; 4GLM A; 4DBQ A; 3CCE Q; 3VS6 A; 4J83 A; 1QVF A; 3CXC P; 5FWB A; 4A53 A; 4RTU A; 4R56 A; 4XTU A; 4J6X A; 2YRV A; 2X4W A; 4NL3 A; 2HZY A; 3I55 A; 2MF2 A; 4N0A A; 2QG9 B; 1PKT A; 1YI2 T; 3H0H A; 5CO7 A; 3VS3 A; 2DRM A; 3PMT A; 1SEM A; 3FEO A; 5FW9 A; 2MYS A; 1FYN A; 2D0Q B; 2X9H A; 3CC2 A; 2COZ A; 4E7K A; 1WHH A; 4LUD A; 4F7U A; 1B3Q A; 4FYY B; 5D6W A; 3ER0 A; 2ZPB B; 1BK2 A; 3JB9 H; 2KE9 A; 5HCK A; 2D8H A; 3LWI A; 1VQP T; 4M78 G; 3OBW A; 1KIK A; 1QWE A; 1TWB A; 2HBP A; 3N5B B; 4ZGE B; 2QXF A; 1VQ8 Q; 3JCM g; 2DJZ A; 2JN0 A; 2GTJ A; 1Q81 R; 4M7D G; 1AWJ A; 4QQD A; 3OYF A; 2GBQ A; 4LD9 K; 5GAO p; 5I22 A; 2F69 A; 5I2M A; 4DBR A; 2O9V A; 3EHQ A; 1LOJ A; 3VS2 A; 1GL5 A; 3U23 A; 3E1S A; 2DE0 X; 3J80 E; 3CCQ Q; 4C5H A; 3L2R A; 4RG8 A; 2DA9 A; 4C8Q C; 1VQO Q; 2D8J A; 5FU6 B; 2KNB B; 1RAB B; 1QKW A; 3SWN C; 4ME7 A; 4M78 A; 1T3S A; 2LJ1 A; 2Y4Y A; 2GCX A; 3HSB A; 2HMA A; 5CKH A; 3S3N A; 4PJO D; 2KY9 A; 2VAS A; 1M1G A; 4QQG A; 4GY5 A; 4C92 B; 2QQB A; 4ZGD B; 4M7D A; 4JRQ A; 1K8A R; 2DXB A; 2SRC A; 2FG0 A; 3R6O A; 1R0B G; 1YJN Q; 3S3M A; 1I07 A; 3QG1 A; 4E7I A; 4BI8 B; 1PRL C; 3MP1 A; 9ATC B; 3G71 Q; 5HKC A; 3M57 A; 4DA4 A; 3VYH B; 1FX7 A; 1O9S A; 4QKU A; 4N4G A; 1H64 1; 1WJR A; 2KXC A; 2F5K A; 2K3B A; 1YJW Q; 2KRO A; 3NGP A; 2DXT A; 2O9S A; 3M54 A; 2HKN A; 2A36 A; 1QVG S; 4ELZ C; 5J26 A; 1SF9 A; 1TUD A; 2LTO A; 1BB9 A; 5GMK h; 2A0F B; 1JQQ A; 1K73 C; 1KQ2 A; 3L2Z A; 1VQN T; 1RI9 A; 3JCM d; 1MUZ A; 3ZL7 C; 1SHF A; 2J05 A; 4MZT A; 3CCM Q; 2DBK A; 1X69 A; 2RHI A; 4MML A; 5FRN A; 1RAA B; 4O6J A; 3JCM h; 3CPW S; 2QGF B; 2ED1 A; 1VYU A; 1I8F A; 2FZG B; 3CD6 T; 1CSK A; 5IAY A; 2X3X D; 1Q81 U; 3CCJ T; 2E6Z A; 4IIM A; 1KSW A; 1N5Z A; 1G3S A; 5HK0 A; 2E4H A; 1ZBX A; 4CC4 B; 2PVO B; 5D6X A; 1RI0 A; 3GIB A; 4BE0 A; 4EMK C; 2YUO A; 1VQ7 Q; 4C0D C; 3KXT A; 2K3Y A; 2KRN A; 4J9D A; 1HJD A; 4X9C A; 3JAM E; 2CS7 A; 4JPB W; 2OAU A; 3QSU A; 3NTK A; 1M8V A; 5I11 A; 2XIC A; 2E12 A; 3OYL A; 5FLX E; 4MDX A; 4EMG A; 2PVD B; 2FYK A; 2CZ1 B; 3QUI A; 4FYX B; 1WXB A; 1SHG A; 2RJE A; 3JCM b; 2YWW A; 1GFC A; 4OMP A; 2KEA A; 1FMV A; 1K8A U; 5LJ3 g; 3I55 Q; 3GP8 A; 1E6G A; 1TXQ A; 3HTR A; 4PLL A; 3NMZ C; 2HL5 C; 4J8O A; 2LQN A; 1VQL A; 1M90 R; 1QMC A; 1PSE A; 2K4Y A; 4M7D C; 3J7A F; 3A8O B; 3CC4 Q; 2L3S A; 4BDY A; 2CP2 A; 2RF0 A; 2DZC A; 1VQ4 T; 3FJ5 A; 3CC2 Q; 3FDR A; 3CXC A; 4HT9 A; 4QVC A; 3MP6 A; 2PU9 B; 4OMO A; 4E6R A; 2RN8 A; 1JJ2 A; 2BZX A; 1VQK Q; 4C92 G; 3SEM A; 3I56 A; 3X20 B; 2FPE A; 2NYS A; 4M7A D; 3QDF A; 4PJN A; 3SWN B; 2IPO B; 5DLO A; 2RB6 A; 2DL3 A; 2O4X B; 4IUU A; 2KQW A; 4FSS A; 2QQA A; 4Z02 A; 4WF2 A; 2COY A; 2AKL A; 2DO3 A; 1XJW B; 2XI9 A; 6AT1 B; 3QYH B; 3M0Q A; 2JNG A; 3X28 B; 1VQ6 A; 2MOX A; 3PT9 A; 1W1F A; 2CZ0 B; 1Q82 R; 2RK2 A; 1TOV A; 2RQV A; 5KYY B; 1N8R C; 2HSP A; 4B9X A; 2CT3 A; 2FRW A; 2ROT A; 4RCB A; 3OS2 A; 2JS0 A; 2BZ8 A; 4PJO F; 4C92 A; 1X6G A; 3UPU A; 1QWF A; 4QQ6 A; 5EC7 A; 4E7Z A; 4NOY A; 3OS5 A; 4BUG A; 5CQY A; 4RTX A; 2EYY A; 4FYW B; 3PTA A; 2J06 A; 4JDS A; 1BU1 A; 4XU3 A; 1TH7 A; 4ZNX A; 1BI2 A; 4M75 D; 2JS2 A; 2K5I A; 2ATC B; 1C6V X; 2QAS A; 1BCO A; 4OB2 B; 2CP6 A; 3JSC A; 5GAN g; 3QYG B; 1X75 C; 3CCU A; 1JU5 C; 1H92 A; 1X27 A; 2ECZ A; 2JTM A; 1U8R A; 2RD1 A; 2OTJ Q; 2E64 A; 1B7T A; 1W2B S; 4R55 A; 4A54 A; 1N6A A; 2RI2 A; 3JCM V; 2DNU A; 3M0U A; 2YRC A; 2CP0 A; 1U3O A; 1WFW A; 1M90 U; 4D8K A; 1IXD A; 2DRK A; 4TVR A; 3OYK A; 1IO6 A; 2H8H A; 3CCS A; 4EMK B; 2VV5 A; 2VXE A; 1A0N B; 1JRI A; 3BY7 A; 4C0D B; 3CCR A; 4IUV A; 3OYA A; 3OYD A; 5I2S A; 2MWP A; 3O8V A; 1WLP B; 3VU3 C; 1RL2 A; 3CEY A; 2MWO A; 1O75 A; 2QDY B; 4E7H A; 4HCC A; 2JW4 A; 4JS4 A; 2H3J A; 3CCV T; 3ZEH A; 2D9T A; 1M2O A; 3X26 B; 3RMS A; 2DER A; 3VJP A; 4FU6 A; 2RO0 A; 5CQX A; 2HQE A; 4RG2 A; 2RI3 A; 4XK8 E; 3MJX A; 2KAF A; 4C0G A; 3L2V A; 1X2K A; 1SSH A; 5AT1 B; 1QP2 A; 5GAM f; 4M75 E; 2BE9 B; 3EG1 A; 2XK0 A; 2W10 A; 1CKA A; 2A28 A; 4BI3 A; 1ZQ1 A; 3TRE A; 1PWT A; 3JCM e; 3M4Y A; 1KG1 A; 3OSS C; 4FM4 B; 2A3L A; 2DYB A; 1ZA2 B; 3LGL A; 2K79 A; 5C0M A; 1Q82 U; 3PMI A; 2O2O A; 1TSF A; 3VS0 A; 1D1B A; 1WHL A; 4JS5 A; 3E19 A; 3CME A; 4XTX A; 5GAN d; 4J9G A; 2LJ0 A; 2EYW A; 1WJS A; 2EGA A; 3VKI A; 5L8R E; 1VQM A; 2HL3 A; 5DLQ E; 2XID A; 2OJ2 A; 3R6N A; 4M78 D; 1UGV A; 4OMF B; 1RAE B; 1M4Z A; 2FZC B; 3CC7 T; 1ARK A; 3I5S A; 3EGD B; 2CZ7 B; 1J3T A; 5GAN h; 2LJ3 A; 4OB1 B; 1UG1 A; 3D7S B; 3V8L A; 4FT2 A; 3LGF A; 4C5I A; 4M77 D; 2K6D A; 2RJD A; 1ZUU A; 2KT8 A; 3EG3 A; 2HNI A; 2JT4 A; 3MEU A; 1F1B B; 1VA7 A; 3BW1 A; 4DOV A; 1VQL Q; 2CDT A; 1YIT T; 1UJ0 A; 2NUP B; 1VOM A; 4J7F A; 4LUE A; 3RBB B; 1ZUY A; 1PSF A; 2DL5 A; 2F2X A; 4IKF A; 5A2Q E; 1E6H A; 2LX9 A; 2DTO A; 3BFM A; 2QQ9 A; 2DD4 A; 3A1P A; 1GCQ C; 3JCM P; 4M7A F; 1YCS B; 4LDW A; 3SWN A; 2A37 A; 2QK0 A; 2O4X A; 8ATC B; 1R0C B; 3UDC A; 2P4R A; 1H3H A; 2DIL A; 2X4X A; 3DLL A; 2K5L A; 1I1J A; 1UE9 A; 5GAN j; 1X6B A; 3I56 Q; 1LVK A; 2L8D A; 4KUL A; 3OW2 P; 1OEB A; 1UGP B; 2AT1 B; 3OYG A; 5GAO r; 1YHQ A; 1WQ7 A; 3OYC A; 2LQK A; 3CCL A; 1NEG A; 2XG8 D; 2KK4 A; 5KYY A; 2D6F A; 3CC4 T; 2DL4 A; 1YIJ T; 3SFM A; 2R58 A; 3C12 A; 1VIE A; 2C0O A; 3SDZ A; 1VQ6 Q; 1Q86 R; 1KFZ A; 1BIA A; 2FPF A; 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