The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
PLDQPSCKALYDFEPENDGELGFREGDLITLTNQIDENWYEGMLHGQSGFFPLSYVQVLVPLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the SH3 domain of rat endophilin A2
rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Endocytosis
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| molecule keywords |
Endophilin-A2
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| total genus |
11
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HCK A; 4OML A; 2YUP A; 1PWT A; 2O88 A; 1WI7 A; 2YDL A; 2PNI A; 4GBQ A; 2FPF A; 1UDL A; 1I07 A; 2M0Y A; 1FMK A; 2RF0 A; 1UEC A; 4FSS A; 1SEM A; 3REB B; 2I0N A; 3CQT A; 1VYU A; 2O31 A; 1JU5 C; 1BU1 A; 5FWB A; 2JM8 A; 2FPE A; 2KT1 A; 3PVL A; 2EGE A; 1JQQ A; 1SHG A; 2RQR A; 1MV3 A; 5EC7 A; 3VRZ A; 4AG1 C; 1ZLM A; 1QWF A; 3JV3 A; 2CSI A; 1PRM C; 1ABQ A; 2CUB A; 2LJ1 A; 1MUZ A; 1I1J A; 4LE9 A; 2EYX A; 2GGR A; 1FYN A; 2LJ0 A; 3I35 A; 3M0P A; 2F2V A; 2L2P A; 4R0K A; 2HBW A; 1ZUY A; 1YWO A; 2JMA A; 2RMO A; 4HVU A; 2NWM A; 4OMP A; 2LZ6 B; 1M30 A; 4E6R A; 1JEG A; 2EVR A; 2DA9 A; 2OAW A; 2KEA A; 2JW4 A; 1K0S A; 2RQW A; 1ZX6 A; 2CRE A; 2HSP A; 3H0F A; 2KRN A; 3TSZ A; 1M3B A; 3FJ5 A; 2DLP A; 4J9H A; 2EQI A; 4GLM A; 1M3C A; 1T3S A; 1ZUU A; 2LJ3 A; 1K9A A; 2ECZ A; 1WXU A; 1UFF A; 1U3O A; 2K6D A; 1AD5 A; 2KE9 A; 3NMZ C; 1G2B A; 4J9I A; 2KRM A; 3RBB B; 1X27 A; 2LNH B; 1AWO A; 1RLP C; 1KFZ A; 1G83 A; 2DYB A; 1KIK A; 1RI9 A; 5IHN A; 2EBP A; 1NLO C; 1U5S A; 2DL4 A; 2OI3 A; 2YSQ A; 2YT6 A; 5GJW B; 2DE0 X; 3M0T A; 2YUQ A; 1NEG A; 2V1Q A; 2GBQ A; 3VS3 A; 2DRK A; 4HXJ A; 4RUG A; 1EFN A; 2FPD A; 4OMO A; 3SHW A; 2FRY A; 4Z89 A; 4F14 A; 1WFW A; 1NYF A; 2VKN A; 4AG2 C; 4RTW A; 1ZUK A; 2C0I A; 3VS7 A; 1A0N B; 1YP5 A; 2AZV A; 1GBQ A; 5IXB A; 1X6G A; 1K4U S; 1OPK A; 1WXT A; 2CDT A; 4F17 A; 2SRC A; 2DX1 A; 1RLQ C; 1S1N A; 5IHI A; 4KRT A; 3ZL7 C; 3VS0 A; 2O9V A; 4RTU A; 1BB9 A; 2JXB A; 1UJY A; 2KBT A; 3UA6 A; 3THK A; 1XOV A; 3UA7 A; 1YCS B; 5HCK A; 1X6B A; 1HD3 A; 2L3P A; 2DL3 A; 2RQT A; 3REA B; 1K1Z A; 2FO0 A; 2BZX A; 4DEX A; 1JO8 A; 1AZG B; 3GBQ A; 4JJD A; 2J05 A; 4X1V A; 1AOJ A; 3NGP A; 4A63 B; 1GFC A; 2KYM A; 3QWX X; 3M0S A; 2RQV A; 1AWJ A; 1GCQ C; 2DL7 A; 2O9S A; 2EYW A; 1UE9 A; 2X3W D; 1CKB A; 3EGU A; 1UHC A; 2DBK A; 1HSQ A; 2G6F X; 2LQW A; 3H0I A; 3R6N A; 2YUN A; 1UUE A; 2JMC A; 1V1C A; 2V1R A; 1E6G A; 4QT7 A; 3EHR A; 4LUE A; 3EHQ A; 1TUD A; 3I5S A; 3TVT A; 1H8K A; 2CH4 A; 2C0T A; 2KR3 A; 2KNB B; 1NG2 A; 2LCS A; 3LH5 A; 3ULR B; 2A36 A; 2ABL A; 1NM7 A; 4ZNX A; 2DRM A; 1SSH A; 2ED1 A; 3UAT A; 1T0J A; 4J9C A; 2H8H A; 5I22 A; 1QCF A; 1TUC A; 1WXB A; 2DNU A; 1ARK A; 1GFD A; 4OMM A; 1K0X A; 1ZBJ A; 2DF6 A; 2K9G A; 2O2O A; 4OMN A; 3UF4 A; 3NPF A; 1VYV A; 2KXD A; 1E7O A; 2D8J A; 1HJD A; 1GL5 A; 1IO6 A; 1N5Z A; 2HEQ A; 2HCK A; 2J06 A; 2JM9 A; 1CKA A; 2YUO A; 1Z9Z A; 4IIO A; 3C0C A; 3M0R A; 4AFZ C; 1YWP A; 1BK2 A; 4ORZ A; 1T3L A; 2DBM A; 2K2M A; 5IHK A; 2VVK A; 1GRI A; 4Z8A A; 2W0Z A; 4Z88 A; 5FWC A; 2KYB A; 3M0U A; 2SEM A; 2ESW A; 2AK5 A; 4HVV A; 4LNP A; 1SRL A; 2J7I A; 3A98 A; 1NLP C; 3VS2 A; 2DIL A; 1UHF A; 4AFQ C; 2NUZ A; 2PTK A; 4EIK A; 1YN8 A; 4AFU C; 2KXC A; 2L3Q A; 1AZE A; 1PKS A; 2LMJ A; 1W6X A; 2A37 A; 5I11 A; 1AWW A; 1UTI A; 2LQN A; 1WYX A; 2DMO A; 3VS4 A; 2L3S A; 4DEY A; 2ROT A; 4LN2 A; 1JXO A; 1I0C A; 3RNJ A; 2CT3 A; 1X2K A; 4JJC A; 4D8K A; 4AFS C; 5L23 A; 2KGT A; 1X2Q A; 2CSQ A; 2C0O A; 2ROL A; 4K11 A; 3U23 A; 1OV3 A; 1WA7 A; 4JPB W; 2BZ8 A; 2LX7 A; 2XMF A; 3PVQ A; 2F2W A; 4CC7 A; 1NYG A; 1OEB A; 2J6K A; 2EGA A; 2FEI A; 2VWF A; 2EPD A; 4J9E A; 3VS5 A; 1GBR A; 2CH4 W; 1ABO A; 1SRM A; 2JTE A; 4LUD A; 4F16 A; 3NHN A; 4CC3 A; 4RTT A; 2IIM A; 2LP5 A; 3EG3 A; 2L0A A; 1LCK A; 1CSK A; 3KFV A; 2KRO A; 1GCQ A; 4IIM A; 2JT4 A; 2DL5 A; 1M8M A; 2AKL A; 3EG0 A; 4J9G A; 1SHF A; 1WX6 A; 1Z9Q A; 5IH2 A; 2EW3 A; 1W1F A; 2KT8 A; 2PZ1 A; 1JXM A; 2HDA A; 4M4Z A; 3IQL A; 2EKH A; 2E5K A; 1QKX A; 2KRS A; 1K76 A; 4D8D A; 1GCP A; 1UJ0 A; 3QWY A; 2K7A A; 2AKK A; 1QWE A; 1AVZ C; 3I9Q A; 4J9B A; 4J9D A; 3VS1 A; 2DM1 A; 2AZS A; 1PHT A; 1UG1 A; 4RTZ A; 4ESR A; 3H0H A; 4RTY A; 2JS0 A; 2W10 A; 4WCI A; 2A08 A; 2CUD A; 1PKT A; 1BBZ A; 3M0Q A; 2EYY A; 1AEY A; 1B07 A; 1U06 A; 2RQU A; 4RTV A; 1T0H A; 2DL8 A; 2J6O A; 2D1X A; 3PE0 A; 1YNZ A; 2M51 A; 2ENM A; 4HVW A; 1OPL A; 2FG0 A; 1KSW A; 1QKW A; 2RPN A; 2ED0 A; 1W70 A; 4J9F A; 4CC4 B; 4JZ3 A; 3VS6 A; 2OJ2 A; 2EGC A; 2EYZ A; 1M27 C; 1WLP B; 4Y92 A; 1SPK A; 2X3X D; 2BTT A; 2QDL A; 2A28 A; 1WIE A; 3EG1 A; 2D0N A; 2D8H A; 2K79 A; 2RNA A; 5FW9 A; 4RTX A; 2GTJ A; 1Y0M A; 4JZ4 A; 3TSW A; 1VYT A; 2F2X A; 2B86 A; 4CC2 A; 5IXF A; 5ECA A; 1ZSG A; 2DVJ A; 1KJW A; 2J6F A; 2JS2 A; 1M3A A; 1WDX A; 1X69 A; 1B3Q A; 2RN8 A; 2GQI A; 2CT4 A; 1NEB A; 1MV0 B; 3EG2 A; 3O5Z A; 3H41 A; 2BZY A; 1OOT A; 1PRL C; 1X43 A; 1TG0 A; 2DJQ A; 1RUW A; 1QLY A; 1H92 A; 2FRW A; 5GJV B; 2K3B A; 2MOX A; 1UGV A; 1PNJ A; 1VA7 A; 2MIO A; 4JJB A; 1H3H A; 1J3T A; 1E6H A; 2GNC A; 2GTO A; 3SEM A; 1Y57 A; 2P4R A; 3VRY A; 3I5R A; 2MCN A; 1AWX A; 4OMQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HK3 A; 1X01 A; 5LL6 S; 3M56 A; 2PNI A; 3EAE A; 1VQL A; 1UDL A; 1I07 A; 2M0Y A; 1TTH B; 1FMK A; 2QTX A; 4M77 C; 1YHQ A; 2EJ9 A; 1UEC A; 1Q82 C; 1SEM A; 1G3Y A; 4J7I A; 3REB B; 2MWO A; 5I2S A; 1KQS A; 4EMH A; 3VYH B; 1NPP A; 3D7S B; 1P92 A; 1JU5 C; 5KYX B; 2KT1 A; 3MP1 A; 2RHU A; 1JQQ A; 1MV3 A; 2P84 A; 1AHJ B; 4JRQ A; 1Q86 C; 1VQP T; 3LYI A; 1YCY A; 8ATC B; 3JV3 A; 1I4K 1; 3MPU B; 4DBF A; 4PJO A; 1VQP Q; 1PRM C; 4ELY C; 9ATC B; 1DJ7 B; 2ZPH B; 2LJ1 A; 2O01 E; 5CKF A; 3CCQ T; 1I1J A; 4PKC C; 2EYX A; 2GGR A; 3EGD A; 4F7U F; 1FYN A; 5CAI A; 1I5O B; 2F2V A; 4B9W A; 4PJJ A; 3CC4 Q; 1ZUY A; 1YWO A; 2C06 A; 1H64 1; 3HP9 A; 4HVU A; 1XQH A; 2LZ6 B; 2DIQ A; 1VQ4 T; 2E3I A; 3OYM A; 5LJ5 f; 2KEA A; 1K0S A; 3L42 A; 3S3N A; 2I2L A; 4M7D D; 3CCV A; 2KRN A; 5GAM h; 4BAC A; 1M3B A; 3SD4 A; 4C8Q A; 1WGS A; 4J9H A; 1UGQ B; 3CXC S; 3G1J A; 2HQE A; 2LJ3 A; 3SWN A; 1ZHI A; 2XI9 A; 4QVC A; 1WXU A; 3PIP A; 5FU6 B; 3OW2 P; 3CD6 T; 3X25 B; 3NMZ C; 4J9I A; 1G2B A; 1VQK A; 2KRM A; 5LJ5 h; 3UWN A; 2KSS A; 3V7S A; 4ME7 A; 2DYB A; 2XK0 A; 3CCJ A; 4XU1 A; 4M75 D; 5C0M A; 1SKU B; 2ZCF B; 2DL4 A; 2K3X A; 2YT6 A; 5GJW B; 4L5G A; 3CCM Q; 3QKJ A; 4II1 A; 1YHQ T; 2OTJ T; 2E5Q A; 5GAN 2; 4RUG A; 2CZ0 B; 1QVP A; 2FPD A; 4F04 B; 2COW A; 4OMO A; 4ATO A; 4M78 C; 1TS9 A; 3QG1 A; 2V26 A; 3HFN A; 1Y96 B; 5D7U A; 8AT1 B; 2VKN A; 3LW5 E; 4AG2 C; 4JS5 A; 1ZUK A; 5GMK l; 3LGL A; 3EGD B; 2FZC B; 1X6G A; 1OPK A; 4A4K A; 4XTZ A; 1EZZ B; 2E41 A; 3CCR T; 3QDR B; 2DX1 A; 3QYG B; 3I56 Q; 1OX8 A; 3H6Z A; 4KRT A; 2O9V A; 3QZ9 B; 1QVG P; 1S72 Q; 1BB9 A; 2JXB A; 1UJY A; 1XOV A; 4LXC A; 2QEX T; 2HL3 A; 2DL3 A; 2L3P A; 3REA B; 1D3B B; 1YJW T; 2FO0 A; 3GBQ A; 4X1V A; 1AOJ A; 3NGP A; 4A63 B; 5GMK e; 1AT1 B; 4J7F A; 2VGN A; 5LJ3 g; 2HKN A; 3OBY A; 1D0Z A; 1FX7 A; 2RQV A; 2PVO B; 3JCM Q; 1GCQ C; 4QQ6 A; 2VB6 A; 3E19 A; 2EYW A; 2ZPE B; 4NOY A; 4RG2 A; 1CKB A; 2WAC A; 2HSE B; 1M2V A; 2RO0 A; 4PFP A; 3QPH A; 1LPL A; 4E7L A; 3VU3 C; 4M7A B; 2O4X A; 1M9S A; 3ASK A; 1UUE A; 2JMC A; 5C6S A; 1VQL Q; 3DLL A; 3EHR A; 3CCJ T; 3EHQ A; 1KG1 A; 2CH4 A; 2KR3 A; 1OI1 A; 4C5H A; 3CC2 A; 3RR6 A; 2LCS A; 2A36 A; 2ABL A; 1NM7 A; 1SSH A; 1MGQ A; 2ED1 A; 3UAT A; 1YJN A; 5I22 A; 4OMM A; 1U1S A; 3HRS A; 2K9G A; 5DLQ E; 1H3Z A; 4OMN A; 3UF4 A; 2EQM A; 2KXD A; 3HTR A; 1X75 C; 2HEQ A; 3CCE A; 3CCS T; 2DXT A; 5HKC A; 2P0P A; 2EWN A; 1Q7Y R; 4J83 A; 3M57 A; 2M02 A; 1WHK A; 1T3L A; 2K2M A; 2YHT A; 4Z8A A; 5D6Y A; 1JJ2 P; 3GNG A; 4M7A D; 2V8I A; 4TVR A; 4V2S A; 5IT9 E; 5FWC A; 3OW2 A; 3G7Z A; 1U1T A; 4HVV A; 5DM7 R; 4A54 A; 3A98 A; 3L2V A; 2QQR A; 1NLP C; 2DIL A; 2QTV A; 2NUZ A; 2KVQ G; 2LC4 A; 5GAN 8; 4AFU C; 4E7J A; 2L3Q A; 1D3B A; 1AWW A; 2DMO A; 3TQ7 P; 4FW1 A; 4FL6 A; 2L3S A; 4DEY A; 4PFZ A; 4A4E A; 1VQ9 T; 1BI3 A; 2ROT A; 4BUG A; 1YIJ T; 2MAM A; 3GNF B; 4M77 D; 1JXO A; 2CT3 A; 3FC3 A; 5KH6 A; 5GAO m; 4D8K A; 3LX7 A; 5L23 A; 1QVF S; 4ANJ A; 1QVG S; 2ROL A; 1WJS A; 3CME Q; 1R0B G; 1KQ1 A; 3U23 A; 1KD1 U; 1OV3 A; 3CPW S; 2EQK A; 2LX7 A; 2MYS A; 2M0O A; 3OSV A; 2QA4 T; 4CC7 A; 4BI3 A; 3INZ A; 2FEI A; 1NBE B; 2EPD A; 2LVM A; 2QK0 A; 1XJW B; 2WSE E; 4J9E A; 3VS5 A; 4EMK C; 4F16 A; 1VQ7 Q; 1KQ2 A; 3EG3 A; 4M7A G; 2L0A A; 5CIU A; 1QVF P; 2KRO A; 4ZN1 A; 3AHU A; 3I56 T; 3CBO A; 2FZG B; 4NS5 A; 1M1K U; 4XU3 A; 3HHT B; 2VGM A; 4JUV A; 2EW3 A; 2KT8 A; 2PZ1 A; 4E7Z A; 1JXM A; 3JCM X; 3EFO B; 2FHD A; 1YIT Q; 1QKX A; 3V8K A; 3WVD B; 3VJP A; 1YJN T; 2WSC E; 5J26 A; 2FZK B; 2O4X B; 2MMP A; 4QVZ A; 3VS1 A; 1RAE B; 5D6W A; 2K5F A; 1PHT A; 3HPW A; 3QII A; 2XIC A; 3X20 B; 2M1H A; 1JB0 E; 2W10 A; 4Z02 A; 1PG5 B; 2AHJ B; 1Q82 R; 1U06 A; 3F70 A; 1N8R C; 4IUQ A; 5KYY B; 2DL8 A; 4MMK A; 2QQB A; 1VQP A; 3PE0 A; 3LWI A; 3QBY A; 3ZEH A; 3V8L A; 3H9N A; 1VQM Q; 2E6Z A; 3I55 T; 2RH2 A; 1YFN A; 5A2Q E; 1W2B A; 2H3E B; 2VUB A; 2CP7 A; 4J9F A; 4JZ3 A; 1LNX A; 5CQX A; 1QMC A; 2EYZ A; 2LRQ A; 1WLP B; 1YJW Q; 1SPK A; 3P8D A; 3RMS A; 1MMD A; 5GMK m; 1Q7Y C; 5KYW A; 1VUB A; 3FDR A; 3EG1 A; 2K79 A; 2RNA A; 4XK8 E; 4BE2 A; 4BY6 C; 4E7S A; 3QJ6 A; 3OYN A; 2F5K A; 3L2Z A; 3OYI A; 4PJL A; 1B3Q A; 2GQI A; 3A1P A; 5GAM e; 2CT4 A; 1NEB A; 4FW2 A; 2DVE A; 2RJC A; 3X24 B; 1M1K C; 4BE0 A; 2BZY A; 5CQY A; 3CC7 A; 2RA2 A; 4E2F B; 4ELZ C; 6AT1 B; 4FU6 A; 1YIT A; 3TEE A; 1Q81 C; 2KAF A; 1QLY A; 3UDC A; 2VXF A; 1EIF A; 3FIF A; 3JB9 I; 3UPU A; 2MIO A; 1KHI A; 2XDB A; 5IN1 A; 1NPR A; 3RIR A; 4X9C A; 1VQ5 A; 2HL5 C; 5I21 A; 4XQ3 A; 1SF9 A; 4OML A; 2YUP A; 4HA8 A; 2ZZD A; 4DA4 A; 1BCM A; 4GLK A; 4M78 G; 1O9S A; 4C8Q B; 1N9S A; 3G6E A; 2KI7 A; 5FU7 C; 4QW2 A; 4QQD A; 2RI2 A; 2QDY B; 2YRC A; 4BB7 A; 3MET A; 2I0N A; 3CQT A; 1BU1 A; 2JM8 A; 3G4S T; 1WQ7 A; 1OX9 A; 4PLL A; 3G71 A; 5EC7 A; 3FJP A; 3N5B B; 4LDV A; 1ZLM A; 4RKU E; 1YJ9 A; 4KH0 B; 1ABQ A; 2JTM A; 2OAU A; 3VKI A; 1W2B S; 5GAO r; 4LE9 A; 5CO7 A; 1KC8 C; 4J8O A; 4KH1 B; 3HSB A; 4C8Q G; 3EH2 A; 4R0K A; 1PSF A; 3OQ5 A; 3OYA A; 1OQK A; 1BI2 A; 2RMO A; 4OMP A; 3TCJ A; 3MHX A; 2L8D A; 1OZ3 A; 3JCM g; 2JW4 A; 4M7D G; 2E10 A; 2E6N A; 5J3B A; 2RQW A; 1ZX6 A; 2CRE A; 1WPY A; 3FJ5 A; 3OA6 A; 3CME A; 4M7D F; 4YTL A; 2VAS A; 1T3S A; 5LJ3 j; 5CCA A; 3QDF A; 3VUZ A; 3V7C A; 1TWB A; 2LCC A; 2LX9 A; 3RBB B; 1X27 A; 3WVE B; 4M75 C; 3DKM A; 1RLP C; 1VQK T; 4DOW A; 1KK7 A; 3RER A; 5GAO l; 2QAZ A; 4M78 D; 3FB9 A; 3X28 B; 2MPX C; 3HKS A; 2DEQ A; 5GAO n; 4OVA A; 4BI8 B; 2COZ A; 1NEG A; 1D09 B; 4QVD A; 1RI0 A; 5EG2 A; 2V1Q A; 4E7H A; 3NTH A; 1KC8 U; 2GQV A; 4HXJ A; 4PJO G; 4N0A C; 3M4G A; 4MML A; 4BDY A; 2DFU A; 4O5V A; 2MWP A; 1R8O B; 1K73 U; 1Y96 A; 2QAS A; 4D6W A; 4QKU A; 3JB9 F; 2IG0 A; 4J6X A; 1U8R A; 4KGZ B; 4AT1 B; 4BDZ A; 1YP5 A; 1GBQ A; 1K4U S; 2GFU A; 1RL2 A; 4OMF B; 1WXT A; 1Q7Y U; 4XTW A; 1G3T A; 2SRC A; 5IHI A; 1N27 A; 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