The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
71
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structure length |
71
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Chain Sequence |
LRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Three-Dimensional Structure of CAP-Gly Domain of Mammalian Dynactin Determined by Magic Angle Spinning NMR Spectroscopy: Conformational Plasticity and Interactions with End-Binding Protein EB1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dynactin subunit 1
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| molecule tags |
Motor protein
|
| source organism |
Rattus norvegicus
|
| total genus |
6
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| structure length |
71
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| sequence length |
71
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M02 A; 2E3H A; 1LPL A; 2HKQ B; 2HL5 C; 2CP3 A; 2CP6 A; 2E3I A; 3RDV A; 2COW A; 2CP7 A; 2CP2 A; 1WHG A; 2CP5 A; 2HQH A; 2COY A; 2MPX C; 2Z0W A; 1WHM A; 1TXQ A; 1TOV A; 2COZ A; 2CP0 A; 2QK0 A; 1WHL A; 4B6M A; 1WHJ A; 3TQ7 P; 1IXD A; 1WHK A; 2HKN A; 1WHH A; 2HL3 A; 2E4H A; 3E2U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UHC A; 3M0Q A; 2VC8 A; 3JRZ A; 2CUB A; 5CKH A; 4FIB A; 2COY A; 3DB3 A; 2XID A; 2YSQ A; 2P0K A; 2K79 A; 4IKF A; 3LYI A; 5GMK m; 5FRO A; 3OYN A; 2EFI A; 1WHJ A; 1IRX A; 1K9M U; 5CQX A; 3VU3 C; 1ABQ A; 3QWX X; 1UFF A; 3RBB B; 5CKD A; 3MET A; 4AFS C; 3V8J A; 1GBR A; 4TVR A; 2MCN A; 4F7U B; 3E9G A; 1K9M C; 1PCX A; 2DEU A; 5GJV B; 2E6N A; 1K8A R; 2WSC E; 5DLO A; 3LX7 A; 1WA7 A; 4PJO F; 3CME Q; 1E6H A; 2QI2 A; 1LCK A; 1NJI U; 5LJ3 e; 2L5Q A; 1MHN A; 3OBW A; 2JTM A; 3CCJ T; 2F5K A; 1RUW A; 3PTA A; 2JXB A; 1SG5 A; 2ZPG B; 2DZ9 A; 3UA7 A; 3OA6 A; 3NPF A; 1MMN A; 3M59 A; 1YIJ Q; 5FU6 C; 2FVU A; 1HXD A; 4M7A G; 3E1S A; 4IUV A; 1K73 C; 3PIP A; 4C8Q E; 2LJ1 A; 2P0P A; 1UDL A; 1TWB A; 4M7A A; 3REB B; 1YIJ A; 4F7U F; 1YI2 T; 3EGD B; 5IXB A; 2ECZ A; 2CP3 A; 4A4K A; 3HSB A; 4WTO B; 3J80 E; 1YCS B; 2F2X A; 1KK7 A; 5A0D A; 2LCL A; 2DL8 A; 2LJ0 A; 1TUC A; 3QWY A; 2ZPH B; 1VIE A; 1P92 A; 1JRI A; 2LC4 A; 3NGP A; 2R5A A; 2NUT B; 1Q81 U; 5GAN e; 4FW1 A; 1M1F A; 4LD6 A; 3BFM A; 2EGA A; 1KFZ A; 4BUG A; 2HDA A; 1K1Z A; 1JB0 E; 1M3B A; 3CCQ T; 2EQI A; 2DRM A; 1KSW A; 4KUL A; 4KH1 B; 4OMP A; 4PKC C; 3M0R A; 2E5Q A; 1QP3 A; 2CZ6 B; 2RQR A; 4M7D B; 2KXC A; 2CZ0 B; 4ELY C; 4XTU A; 1VQ9 T; 1SPK A; 4C92 E; 1K73 R; 2DXU A; 4DBH A; 3OSV A; 2A0F B; 4PL6 A; 3HRS A; 2O4X A; 4J83 A; 2V8K A; 1BK2 A; 1IO6 A; 1IZ6 A; 3EFR A; 4PJL A; 2YRC A; 2LCS A; 4BDZ A; 3L2W A; 4BDY A; 4A4F A; 3RNJ A; 5GAM g; 1T0J A; 5IHK A; 3BE3 A; 3CEY A; 3A5Z B; 4C0F A; 3QDR B; 3KUF A; 1M3A A; 3QUI A; 1RAB B; 4FSS A; 3M5A A; 4RTW A; 1LPL A; 3EGU A; 1RAA B; 5CIU A; 1TUD A; 3I55 T; 2DL4 A; 2YLC A; 1YWO A; 5LJ3 d; 3OW2 S; 2XI9 A; 2CH4 A; 4MZT A; 1VQ5 Q; 5GAN f; 4XTW A; 5LJ5 j; 4B9W A; 2LQW A; 2QEX T; 1AWX A; 2D0N A; 5FRM A; 1Z9Z A; 3G4S Q; 3RER A; 1LJO A; 2E4H A; 3OYY A; 3HPW A; 3PE0 A; 1VQ5 A; 3HKS A; 1HYO A; 2FEI A; 2J05 A; 3CMA T; 2LT1 A; 3G4S A; 1VQ8 Q; 3VJP A; 2EYY A; 1K9A A; 1FYN A; 4E7L A; 4N4H A; 1WJS A; 5FU6 B; 4J9D A; 1ZUY A; 4L5G A; 1BIB A; 1VQ8 A; 2JUF A; 2EBP A; 4EPC A; 1GCQ A; 2PTK A; 4OB3 B; 2YWW A; 5FRN A; 1YBY A; 4XQ3 A; 3MP8 A; 4CC3 A; 1I07 A; 2RMO A; 3U23 A; 3LWI A; 3FEO A; 5GMK e; 1Q86 R; 1TXQ A; 5GAO r; 4Z8A A; 2XK0 A; 3VS0 A; 2DMO A; 1NM7 A; 2VGN A; 5GAN d; 1Y96 B; 1Y71 A; 1GXI E; 2FZC B; 2HAX A; 1D09 B; 1TG0 A; 3CME T; 2OTJ Q; 1UG1 A; 2LDM A; 5C6S A; 2RHZ A; 1Q7Y U; 3VYH B; 2WSF E; 4XU3 A; 4OB1 B; 1R0B G; 4J9G A; 4AFZ C; 2QQA A; 4NOY A; 3R6O A; 4QT7 A; 2ATC B; 4EMK A; 2OTJ A; 4X9C A; 2DZC A; 2R58 A; 2KSS A; 3OYA A; 2DA9 A; 1Q82 U; 1TH7 A; 4M7D E; 1YN8 A; 2E41 A; 1A0N B; 1Q7Y C; 1M8V A; 3JCM g; 1TTH B; 3KBG A; 2OAU A; 1M27 C; 1OX9 A; 2E3H A; 4JS4 A; 2MYS A; 3M9Q A; 1TS9 A; 2AK5 A; 2VB6 A; 5FU7 C; 5CAI A; 1OU9 A; 2CSQ A; 4LN2 A; 3TCJ A; 4IUP A; 2RJF A; 1IRE B; 4X1V A; 3EHQ A; 5FWC A; 2BZ8 A; 3L42 A; 3JB9 D; 1SRL A; 3EFS A; 4EIK A; 3OYB A; 5I22 A; 4HCZ A; 4M7A C; 2M02 A; 2OI3 A; 1JU5 C; 2QAZ A; 2LCC A; 4BB7 A; 2RHY A; 1M3C A; 2JJ9 A; 4DQ2 A; 2CP7 A; 5GAM e; 1SRM A; 1VYV A; 2QQS A; 1KQS S; 2DFU A; 2BE9 B; 2SEM A; 2ESW A; 2ZPI B; 3TRE A; 1V29 B; 1AEY A; 2YDL A; 2QA4 T; 3C12 A; 4M77 F; 1WXB A; 4OVA A; 4BE1 A; 4PJJ A; 2MWO A; 1V1C A; 1BI0 A; 2JS0 A; 3OS5 A; 4C0G A; 3CCL Q; 2K6D A; 1MUZ A; 3CC7 Q; 2QQ9 A; 4YTL A; 4OMO A; 5CKB A; 3A1P A; 2YUQ A; 1W6X A; 3URG A; 1QVG S; 2GCX A; 4J7I A; 5KYY A; 3CCL A; 3WVE B; 1OPL A; 3TVT A; 3GP8 A; 1D1B A; 3CC7 A; 1NE8 A; 2K9G A; 2CKK A; 4NL2 A; 5GAN 4; 2PUO B; 2DYB A; 3VRZ A; 2A36 A; 2JS2 A; 3Q1J A; 3SWN C; 3L2U A; 4D6W A; 4PJO D; 4R55 A; 5GAN 2; 1X69 A; 2JNG A; 1BIA A; 1KJW A; 1UGS B; 5A2Q E; 3QO3 A; 3FRN A; 3MHX A; 2LTO A; 5CVI A; 5GAM f; 1M2V A; 5LJ3 h; 2JM9 A; 4EMH A; 2NWM A; 4OMM A; 1VQL T; 3RMS A; 4O5V A; 2FPD A; 2KT8 A; 1AT1 B; 1NBE B; 2EJF A; 3E19 A; 1EX4 A; 3M4Y A; 1BCO A; 1WJR A; 4ZN3 A; 2VV5 A; 2KR3 A; 2EGE A; 4QW2 A; 3OYM A; 1VQ6 T; 2DD5 A; 2WSE E; 3PVL A; 5KYU A; 3JB9 H; 2BE7 D; 4NL3 A; 4N4I A; 3QXE B; 1K4U S; 2KAF A; 3VS7 A; 2MOX A; 3I56 T; 3QG1 A; 4PJO C; 3LGL A; 2HBP A; 5FU7 B; 2YUN A; 4CC2 A; 3JCM e; 1W70 A; 1W4S A; 1UGP B; 3CCJ Q; 2MIO A; 2LNV A; 2LJ3 A; 1G3S A; 5GAM d; 2HSE B; 2BIV A; 2K57 A; 1HD3 A; 2G3R A; 2LT4 A; 1D3B A; 1X6B A; 5GAN h; 1KQ2 A; 1XNI A; 4J7F A; 1YJN T; 3CCJ A; 3QBY A; 1GCQ C; 5KYX B; 4M7A B; 3FDR A; 2F2V A; 4ESR A; 2ZCF B; 1M90 U; 3VS3 A; 4JDS A; 2Y4Y A; 4LDW A; 1XJW B; 1YI2 Q; 3BDL A; 3CQT A; 1IGQ A; 1C1A A; 1JO8 A; 1EIF A; 3AHU A; 3HRT A; 4B9X A; 2RJD A; 3EH1 A; 2C0O A; 2BKD N; 1ZUK A; 2HCK A; 4MDX A; 2E65 A; 4FT4 A; 1YI2 A; 4HT9 A; 1ZX6 A; 2RQT A; 2BTT A; 4QVC A; 3E9F A; 1AVZ C; 3PT9 A; 3LLR A; 4M75 G; 5HK0 A; 4RG8 A; 1N27 A; 3UT1 A; 3X28 B; 4DBF A; 4KRT A; 3HFN A; 4IUT A; 4M78 G; 4M75 A; 1F1B B; 5CK9 A; 1WDX A; 3H41 A; 3MEU A; 4M7A F; 2D8H A; 3JCM f; 3BW1 A; 1UGQ B; 4ZNX A; 4M78 A; 3CCQ Q; 1QQJ A; 2CP5 A; 4RTY A; 3M56 A; 1NZ9 A; 1E6G A; 3SWN B; 3OYL A; 1N9R A; 2EJG A; 3M57 A; 1JJ2 S; 1RAC B; 1VQ9 Q; 2O4X B; 4CC4 B; 2I2L A; 1RLP C; 1V76 A; 3M0U A; 5GAN 7; 2ZPE B; 3CCQ A; 3UDC A; 1IHW A; 2DRK A; 2EJ9 A; 4OMQ A; 3CXC P; 3OMG A; 2KEA A; 2CP6 A; 1VQ9 A; 1VQ4 T; 1ZSZ A; 4DOW A; 4N0A C; 1HSQ A; 1QLY A; 2DXT A; 4LNP A; 1WHL A; 2MMP A; 4A4E A; 2LQN A; 1RLQ C; 4XAX B; 3QJ6 A; 2NUZ A; 1ZQ1 A; 3G1J A; 3I55 Q; 2DL3 A; 3BDU A; 4Y91 A; 4KT0 E; 1QKW A; 3JCM d; 2YRD A; 2M1H A; 4XU2 A; 2ED1 A; 2NLU A; 3OYH A; 4J9B A; 1VQ7 T; 1U3O A; 1YWP A; 2QEX Q; 4HCC A; 5GMK h; 3I55 A; 4JRK A; 2P0Q A; 3LWH A; 3O5Z A; 1B34 B; 2FPE A; 2EKO A; 4PJO B; 4PFZ A; 3CMA Q; 4C5I A; 7AT1 B; 2QEX A; 4ME7 A; 3CCM T; 1S1N A; 1VQK T; 5A0G A; 1NYG A; 2CRE A; 1WHG A; 5CR2 A; 3CPW P; 5IT9 E; 3KFV A; 1WPY A; 2A7Y A; 3CMA A; 3HFO A; 2DBK A; 5IHN A; 4ATO A; 1N9S A; 2DO3 A; 2V1Q A; 4GBQ A; 2DD4 A; 3E2U A; 2QDL A; 1MMA A; 2KT1 A; 4F16 A; 1VQO T; 2O31 A; 3VS5 A; 3L2V A; 1SHF A; 3D7S B; 5KYN A; 2DJZ A; 4HVW A; 2O88 A; 3PNW C; 4MMK A; 3OSS C; 4RTU A; 1S72 T; 1NPR A; 3C0C A; 1T3S A; 5D6X A; 3REA B; 3EGX A; 2DTO A; 2GQI A; 1OEB A; 2QQB A; 2PU9 B; 5LJ3 j; 3P8B B; 2ZGW A; 4DEY A; 1QWF A; 3RR6 A; 3GOX A; 3CME A; 2DET A; 1H64 1; 4M77 D; 3GF5 A; 3CCU T; 1GL5 A; 5GAM h; 1NJI C; 3CXC A; 2PVD B; 1YIT T; 3G6E T; 2EQJ A; 1I4K 1; 2COZ A; 2KNB B; 2JOY A; 2XU8 A; 3A98 A; 2RM4 A; 2F69 A; 3MCA B; 1KD1 U; 2CYZ B; 3M0P A; 4BY6 C; 2CSI A; 3ME9 A; 1N5Z A; 1SKU B; 1ZSG A; 3A8L B; 3VUB A; 3UWN A; 4AT1 B; 4AG1 C; 4JJB A; 1KD1 C; 2KRO A; 1JQQ A; 3LW5 E; 4IUR A; 4E6R A; 1YNZ A; 3GPL A; 2GTO A; 4AFU C; 2JTE A; 1KC8 U; 1K9M R; 1IXD A; 4WF2 A; 3GIB A; 3QYG B; 2HMA A; 4GLK A; 4QQ6 A; 4II1 A; 4JJC A; 4D8D A; 2KYM A; 5GAN j; 1RI9 A; 2QA4 Q; 3MPU B; 4RKU E; 1O9S A; 3A8M B; 3OYG A; 4M77 C; 4FSX A; 1EFN A; 1G83 A; 1UJY A; 3V7S A; 1Q81 C; 2AZV A; 2NUP A; 1NJI R; 1AWJ A; 2CS7 A; 3CPW A; 1WHK A; 5HCK A; 3PVQ A; 4PJO E; 3OW2 P; 1FX7 A; 3H9N A; 3PMI A; 4A4H A; 2QA4 A; 2RD1 A; 3L1A A; 5KYY B; 2ZAE A; 2E1H A; 4M75 C; 1PRM C; 2VWF A; 1N8R U; 2X3X D; 1WGS A; 4E7J A; 2DTI A; 4C8Q G; 2RQW A; 5KE3 A; 3CBP A; 4A4G A; 3EG9 A; 2BUD A; 3QPH A; 3SDZ A; 1JEG A; 3RKX A; 1N8R C; 2MK5 A; 2RQU A; 4C8Q A; 4XTY A; 2G6F X; 3A8O B; 8ATC B; 1UUE A; 2PVG B; 1PNJ A; 4OB2 B; 4F7U E; 4ELZ C; 2KRM A; 1UB4 A; 1FMW A; 2RQV A; 4E7H A; 4KGX B; 1YJ9 T; 5HY6 A; 2HEQ A; 3CD6 T; 2K5L A; 3V8K A; 1I0C A; 2LQ8 A; 1MNE A; 1RAI B; 2EAY A; 1X2K A; 3JCM h; 4OF1 A; 2IG0 A; 3RKW A; 5IHI A; 1VQL Q; 2AZS A; 2GGR A; 2XIC A; 4ZGJ B; 1Q81 R; 1Y07 A; 3AT1 B; 2M9U A; 3MEA A; 1UE9 A; 4HCK A; 3HRU A; 1YFN A; 1M1K U; 2RH2 A; 4ZGD B; 4KUI A; 4FYW B; 3OBY A; 1VQL A; 3EG2 A; 2ZPB B; 3OB9 A; 4JRP A; 1PKT A; 2OX7 A; 1YP5 A; 5KYU B; 1G3W A; 3M54 A; 4MDW A; 1ACM B; 2VKN A; 1VQ6 Q; 1PWT A; 1U06 A; 1M1K C; 4C92 G; 2D9T A; 4J9C A; 1H92 A; 1OZ2 A; 1WJQ A; 2E6Z A; 3VS4 A; 4A54 A; 2KRN A; 3I56 Q; 1VQM T; 4C92 A; 2RO0 A; 2CP2 A; 1VQ6 A; 2XD0 A; 4BY6 B; 3V7C A; 3I9Q A; 5GMK j; 2YLB A; 2RPN A; 2HQX A; 1HJD A; 1U1T A; 4M7A D; 3I56 A; 1Y57 A; 4BI3 A; 4J9E A; 4MZP A; 2CT4 A; 2KK4 A; 1FMK A; 1YJN Q; 3C4S A; 4X9D A; 1KIK A; 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