The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
DATFGMGDRVRKKSGAAWQGQIVGWYCTNLTPEGYAVESEAHPGSVQIYPVAALERIN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Novel crystallization conditions for tandem variant R67 DHFR yield a wild-type crystal structure.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase type 2
|
| total genus |
12
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2011-06-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RH2 A; 2VV5 A; 2GQV A; 2P4T A; 2OAU A; 2RK1 A; 3T9N A; 3SFM A; 3UDC A; 2RK2 A; 1VIE A; 1VIF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M78 B; 1PWT A; 1UEB A; 4ME7 A; 4QQ6 A; 1IHV A; 4ESR A; 2X4J A; 2HQH A; 1I0C A; 4XQ3 A; 4WCI A; 2D9T A; 4HCK A; 2GBQ A; 5CKF A; 5GAM f; 3CCM Q; 5I22 A; 1HYO A; 1WYX A; 3M9Q A; 1IXD A; 4RCB A; 5IHN A; 2PZ1 A; 1Y0M A; 4ORZ A; 2MIO A; 2HKQ B; 1G83 A; 2RHY A; 3MEV A; 4YTL A; 2CZ0 B; 3EAE A; 1OX8 A; 4ZN3 A; 1ZHI A; 3P8D A; 1BI1 A; 2QQR A; 5A0L A; 1WGS A; 2YDL A; 3L2Q A; 1KK7 A; 3JB9 D; 2AZV A; 2YUQ A; 4BI4 A; 4R0K A; 1NPP A; 2GFA A; 4JS5 A; 1TTH B; 1UE9 A; 2C06 A; 1YBY A; 3FLG A; 3CC4 A; 4KUD K; 2FVU A; 4M7D B; 1X2K A; 5CQY A; 4BE2 A; 2NUP B; 2L3Q A; 1KQS P; 1YIJ T; 1K8A C; 1QQJ A; 1TWB A; 1C0M A; 4OF1 A; 4PL6 A; 3QZ5 B; 1YIT Q; 1M3A A; 3VRZ A; 3I55 Q; 5GMK e; 1VQ9 A; 1YHQ Q; 2CP7 A; 1X69 A; 2JS0 A; 1Q82 U; 2ZCF B; 2KRO A; 3KBG A; 4ELZ C; 2J6O A; 2BE7 D; 3QDF A; 2DL5 A; 3S6W A; 2YLC A; 1Q95 G; 1YCY A; 1BIA A; 2P84 A; 3M55 A; 3V8J A; 4HVV A; 3HFO A; 2Y4Y A; 2DLP A; 4L6V 5; 2BZX A; 3V7S A; 4BE0 A; 2M9U A; 1EIF A; 3BDL A; 3OBY A; 4RCC A; 2OTJ T; 4EPC A; 1VQK T; 3OYB A; 3OS0 A; 1X43 A; 1KJW A; 2V26 A; 4MZP A; 4MZT A; 2DD5 A; 5GAN 8; 2CGH A; 3QSU A; 3CCM A; 2E3I A; 4C92 C; 2CUB A; 1VIE A; 2DZC A; 2FYK A; 3DB4 A; 2QA4 Q; 1C6V X; 2LVM A; 3CMA Q; 2CSI A; 2EQI A; 3ULR B; 5GAN 6; 4E7L A; 5J39 A; 1X6B A; 1XNI A; 1YJN T; 2COZ A; 1WFW A; 2KRM A; 1WHK A; 1X6G A; 2YSQ A; 4C8Q B; 3PIO A; 3VS2 A; 3OW2 A; 2OJ2 A; 2RHI A; 3JB9 I; 2EQU A; 2EYX A; 2KE9 A; 3VS4 A; 3EG3 A; 4C5G A; 4RTT A; 4OB3 B; 1WHJ A; 3PT9 A; 1M5Q 1; 3MET A; 4J6Y A; 4IKF A; 2ATC B; 3E2U A; 4F04 B; 5LJ3 d; 4D8K A; 2KVQ G; 5IHK A; 3CQT A; 3S3N A; 3OYG A; 4PJO C; 3JCM e; 3SD4 A; 5KE3 A; 1Z9Z A; 1WXB A; 4M7D D; 1K0S A; 2PNI A; 1Y07 A; 1X01 A; 3NGP A; 1UGP B; 3R6O A; 1K73 R; 1BYM A; 4JJN K; 3LH5 A; 3J7A F; 1MUZ A; 4C92 F; 1QP3 A; 1V1C A; 2FPD A; 4JZ4 A; 1VQL T; 3PTA A; 3EH2 A; 1ZA2 B; 2RQT A; 3MEW A; 2EJG A; 4HCC A; 3HHT B; 2CT3 A; 4JRI A; 2YXY A; 2DXC A; 3M4G A; 4OMO A; 3A98 A; 3THK A; 5HK3 A; 1U06 A; 4FCY A; 5J26 A; 1YIJ Q; 2RQV A; 1G3W A; 3GNF B; 3I5S A; 3REA B; 3CBO A; 4E7K A; 2RMO A; 3JCM Q; 1WPY A; 5CKE A; 5A2Q E; 1WNL A; 2MK5 A; 1VQ9 Q; 1WQ7 A; 1FX7 A; 2M0O A; 3RKX A; 4PLL A; 4IUU A; 5KH6 A; 3NMZ C; 2DVJ A; 2EFI A; 1UEC A; 1G2B A; 1UUE A; 3LWI A; 1RAF B; 2F5K A; 5KYU A; 2MAM A; 3V8L A; 2QDY B; 5FRO A; 1R8O B; 2EYY A; 4PJO G; 1R0C B; 1PM3 A; 4IUP A; 4D8D A; 2FZK B; 1PRL C; 3MHX A; 2XI9 A; 3CME T; 3WVE B; 4FT2 A; 1W2B A; 2DIQ A; 3LW5 E; 1Q86 C; 2OTL T; 3RUX A; 3ZBD A; 1O75 A; 2G6F X; 3N5B B; 2CP3 A; 2F69 A; 2LTO A; 1ZUU A; 3PVQ A; 3PMT A; 1VIF A; 2OTL A; 3I56 A; 4IIO A; 4FM4 B; 3J81 E; 1OEB A; 4F7U F; 2CP2 A; 3SEM A; 4BAC A; 3CD6 A; 4QQG A; 1VQM Q; 2RK1 A; 2LQK A; 3T9N A; 1YJ9 T; 4PJO B; 4Q5W A; 1B7T A; 1SPK A; 2CSQ A; 3CCQ Q; 1RAE B; 2JOY A; 2AKL A; 4RMO A; 3GIB A; 3JB9 G; 2EBP A; 3LGF A; 3A8H B; 5CVI A; 5ECA A; 4FL6 A; 1YI2 Q; 3JB9 H; 1WHH A; 3UT1 A; 2JTF A; 2X4Y A; 3CBP A; 3QJY A; 2FRW A; 2L8D A; 5DLO A; 2M16 A; 1GXI E; 4MML A; 4JZ3 A; 3OQ5 A; 3M57 A; 2YRC A; 2P0P A; 2EYQ A; 2NUP A; 3A8M B; 3NTK A; 1S1N A; 4J9G A; 1VQN A; 2O2O A; 4M78 E; 1N27 A; 4J9B A; 1VQ8 Q; 3WXM B; 4Z89 A; 1M1K U; 3NTI A; 3G6E Q; 1QKX A; 2D8J A; 4RTU A; 2E10 A; 5GAN h; 3VKI A; 2DYI A; 3NPF A; 2R5A A; 2FEI A; 2RD1 A; 3CCS Q; 1IB8 A; 2QYZ A; 1D3B A; 4M7A D; 2FL7 A; 1RAG B; 3GF5 A; 1W2B P; 1VUB A; 5GJV B; 5GAN 4; 3O8V A; 2K5L A; 1R0B G; 1QVG A; 3M0U A; 4M75 A; 3M59 A; 2PU9 B; 4MDW A; 3RKY A; 1I4K 1; 4C0D B; 2K3Y A; 4II1 A; 1FXX A; 1H92 A; 1PKS A; 4N0A C; 3IQL A; 2VKN A; 1K8A U; 3CMA T; 2ZPE B; 2DBM A; 3E19 A; 1KIK A; 4M78 A; 1K1Z A; 2LJ3 A; 1K4U S; 2F2X A; 1ZBX A; 3GLX A; 4M7D E; 4XTX A; 4DBQ A; 1Q86 R; 2QGG A; 3QJ6 A; 4FSS A; 2HSE B; 1SEM A; 4NS5 A; 2LMJ A; 1AHJ B; 2PTK A; 5CCA A; 2K5F A; 2CT4 A; 1QWE A; 4FYX B; 2QA4 T; 1KC8 C; 2MYS A; 4F16 A; 1W1F A; 2DTI A; 2HL5 C; 4Y28 E; 3M53 A; 1JBM A; 2FPF A; 2LT4 A; 5FWB A; 3NFC A; 2RN8 A; 1SKU B; 1VQ8 T; 3JCM f; 2CH4 W; 2RK2 A; 3MKD A; 3CMA A; 1QCF A; 1H64 1; 4LDU A; 1UJ0 A; 2CKK A; 1BCO A; 5IAY A; 3OS2 A; 1M8V A; 5FU7 C; 3INZ A; 2KXC A; 3DKM A; 1MV3 A; 3PNW C; 3ZEH A; 2I0N A; 2XIC A; 2A0F B; 1H8K A; 1WHM A; 1YWO A; 1RI0 A; 1NYF A; 3CCV A; 3RDV A; 1Q7Y R; 2DEU A; 3G4S T; 2H3J A; 3H0I A; 4CC7 A; 2DD4 A; 2D6F A; 1YJ9 A; 2HZY A; 4NL2 A; 1I8F A; 3SWN C; 2ABL A; 2AT1 B; 4LUD A; 1HSQ A; 2KRN A; 2K79 A; 5GAO q; 3L2V A; 1PKT A; 1GFC A; 3GPL A; 2QGF B; 1O9S A; 1FMK A; 2G3R A; 1ABQ A; 3JAM E; 1M2V B; 3X24 B; 1G8X A; 1PC0 A; 3FJP A; 2K6D A; 2J6K A; 3H6Z A; 5M9O A; 1UG1 A; 4PFZ A; 1V76 A; 3EG1 A; 3L1A A; 2VXE A; 2JJ9 A; 4IUV A; 1YJW T; 3OYA A; 3G71 A; 2JM9 A; 1N9R A; 2EW3 A; 2HBP A; 7AT1 B; 5C0M A; 2CZ1 B; 2E4H A; 5IXF A; 3M0P A; 3CPW P; 4Y92 A; 1LCK A; 1YJW Q; 2R57 A; 4N4I A; 3CPW S; 4EMK B; 4A63 B; 5GAO l; 1VQ4 A; 2ENM A; 3LLR A; 2YRV A; 3BFM A; 1N5Z A; 3HRT A; 2FRY A; 5A0D A; 2XDP A; 1UGQ B; 2DJQ A; 3M54 A; 2JS2 A; 3CCJ A; 1XOV A; 2K9G A; 3G4S Q; 2EGC A; 4Z8A A; 3GP8 A; 4J9E A; 3DB3 A; 1QVF P; 3JB9 J; 1Q81 R; 5IT9 E; 2PQW A; 2K5I A; 3VS0 A; 3OS1 A; 5DM7 R; 1WLP B; 4JDS A; 4MZM A; 1DJ7 B; 3PFS A; 2Y4X A; 2RB6 A; 4DQ2 A; 1D0Z A; 1ZUY A; 3R6N A; 1TS9 A; 2QAZ A; 2WSF E; 2M51 A; 1Z9Q A; 4PFO A; 1YI2 T; 3KUF A; 4JJD A; 2RHZ A; 1H3H A; 4FIB A; 2B8A A; 1VQ4 T; 2A7Y A; 2DL8 A; 1JXO A; 2X3W D; 2FB7 A; 2RJD A; 3EG0 A; 3L42 A; 1VQ9 T; 2AHJ B; 2DL7 A; 3A5Z B; 3QWX X; 1VOM A; 2YUP A; 4M75 G; 2J7I A; 3VRY A; 4M77 G; 3SFM A; 3MP8 A; 4E7J A; 3VU3 C; 2P0K A; 4A53 A; 2XU8 A; 4E7Z A; 3E9F A; 1TG0 A; 1OZ3 A; 2JMA A; 3C0C A; 2CZ7 B; 1NG2 A; 3PMI A; 1BU1 A; 4M75 B; 1VQ8 A; 2FG0 A; 2LCC A; 2QQB A; 3PGG A; 4PJN A; 5CIU A; 3JCM X; 1I1J A; 1XQH A; 1RAH B; 2GFU A; 1B3Q A; 4J8O A; 2PVG B; 3JCM P; 4MDX A; 1SG5 A; 1K76 A; 5FWC A; 4NL3 A; 2KXD A; 1SHG A; 2O4X A; 3BE3 A; 2ZPG B; 5GAN 7; 2R5M A; 3M58 A; 5FU6 C; 5KYW A; 1UDL A; 3TEE A; 3OYM A; 1MMD A; 4M78 C; 5IXB A; 2A28 A; 2LT1 A; 3JCM V; 1QCN A; 1AD5 A; 4PJO E; 3ZFJ A; 2QTX A; 4M7A G; 2C0T A; 1T0H A; 5D6Y A; 2X4X A; 2EJ9 A; 1M1K R; 1SHF A; 1VYT A; 2YRD A; 3I9Q A; 3S3M A; 3TSZ A; 4B9W A; 4HT8 A; 2EKH A; 2W10 A; 1YJ9 Q; 1WA7 A; 3JRZ A; 1BI2 A; 8ATC B; 3OSS C; 4C92 E; 1FMW A; 4JRQ A; 3EHR A; 4IUR A; 2KNB B; 4J9H A; 5GMK h; 3F70 A; 2HL3 A; 3M0Q A; 1LVK A; 3HL8 A; 3V7R A; 2ZPF B; 3MEU A; 2DRK A; 3TCJ A; 3H0H A; 2DFU A; 1RAA B; 4E7I A; 2M0Y A; 1RLP C; 2ROL A; 3VV0 A; 2QDL A; 3VUZ A; 1TUG B; 2BUD A; 2XK0 A; 2VYT A; 1W2B S; 5D7U A; 4HCZ A; 1P92 A; 1M1K C; 1YN8 A; 4DEY A; 1D1B A; 1YNZ A; 4BY6 B; 2O9V A; 4EDU A; 3H0F A; 4ZGD B; 1BI3 A; 2KMT A; 1N8R U; 1K9M C; 1M90 C; 2LCL A; 1YP5 A; 4KGZ B; 1ZSG A; 2HAX A; 3CCE Q; 3EFO A; 2AK5 A; 2QQA A; 3HTR A; 2JM8 A; 4GLK A; 5A0G A; 2V1Q A; 3JB9 F; 5GAM j; 2GNC A; 1W70 A; 3CCR A; 4R55 A; 4N4H A; 1HD3 A; 4GY5 A; 3JCM d; 1BK2 A; 4IUT A; 2DE0 X; 1GRI A; 4C92 B; 1M4Z A; 2VV5 A; 5GAM h; 3CCQ T; 1W4S A; 1G3T A; 2CZ6 B; 5J3B A; 2JZ2 A; 2GTO A; 4PJL A; 1T3S A; 3I35 A; 4M7D F; 4Z88 A; 4ZN1 A; 1BB9 A; 3J80 E; 1UJY A; 2YHT A; 4DBR A; 3RES A; 2KR3 A; 1U1S A; 4XAX B; 4LDX A; 4JLG A; 5LJ3 g; 1XJW B; 2FO0 A; 3VYH B; 2OI3 A; 1KHC A; 4EMH A; 2DF6 A; 5GAM d; 2CP6 A; 1QVF S; 1I81 A; 3LWH A; 4LDY A; 3L2W A; 2JUF A; 2X4W A; 2COW A; 4NOY A; 2DIG A; 2D8H A; 3JCM h; 1D0Y A; 4F14 A; 5KCO A; 2NWM A; 3KXT A; 3GNG A; 5GAN e; 1GCQ A; 4FYW B; 4B9X A; 4BD3 A; 2GF7 A; 5GAN d; 4M7A B; 5LL6 S; 3PIP A; 1TUD A; 2XMF A; 4EMK A; 3X28 B; 1M90 R; 3HRU A; 4E6R A; 5IH2 A; 4QKU A; 1VQ5 T; 4HXJ A; 1AOJ A; 3G1J A; 4LXC A; 5GAM e; 2MOX A; 2K3B A; 1JQQ A; 2PVD B; 3OYN A; 3X26 B; 1GL5 A; 4C92 G; 1Q82 R; 3RMS A; 4C8Q G; 2P4R A; 1QP2 A; 1QVP A; 2ZPH B; 2I2L A; 1NPR A; 2EKO A; 2O01 E; 4RTX A; 2MCN A; 1K9M R; 2XD0 A; 1F1B B; 5CKB A; 3P8B B; 4EIK A; 2JT4 A; 6AT1 B; 2DET A; 2DIL A; 1RAB B; 3X25 B; 1VQP A; 2E6Z A; 1ZSZ B; 1H3Z A; 1D1A A; 1RLQ C; 3UA7 A; 1RAI B; 4FT4 A; 1VQ7 T; 4DA4 A; 4UC4 A; 4BUG A; 3UF4 A; 1UB4 A; 4XU2 A; 5CQX A; 3L2Z A; 3DLM A; 2OTL Q; 1WHL A; 1VQ4 Q; 1XTD A; 1WZO A; 1D09 B; 3ER0 A; 4LNP A; 4RG2 A; 5L8R E; 3VS7 A; 4RTZ A; 2J6F A; 3OS5 A; 2RHU A; 2B86 A; 2L2P A; 4JRK A; 4L59 A; 3OB9 A; 4C0Z A; 3LH0 A; 4A4E A; 4FW2 A; 3QYG B; 1NYG A; 1E6G A; 2D0Q B; 2ZPI B; 2K7A A; 4ZTF A; 2C0O A; 3QII A; 1FWZ A; 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3C94 A; 4O5V A; 3A1P A; 3JCM J; 4C5E A; 4DEX A; 2VGN A; 2EQK A; 3QO3 A; 2NYS A; 3CCL T; 5GAN j; 1M90 U; 2O88 A; 3RR6 A; 4BI3 A; 1PSE A; 1OI1 A; 2GQV A; 5FRM A; 1NZ9 A; 3OYC A; 4J5Y A; 1WXT A; 2HMA A; 2YUO A; 1JEG A; 5KE2 A; 4M7A A; 1AZG B; 2P0Q A; 3QKJ A; 4FYY B; 2HKN A; 2EJF A; 4RUG A; 1VQ7 Q; 5GAN 3; 3CC2 Q; 2DBK A; 1YJN Q; 2XID A; 4X1V A; 1ACM B; 4XTU A; 2CS7 A; 4GLM A; 4F17 A; 3P8H A; 2AIR B; 2RA2 A; 1MND A; 1NE8 A; 2DO3 A; 1ZLM A; 3UA6 A; 3OYL A; 2E6N A; 1B07 A; 5GAN g; 1OUL A; 3OW2 P; 1PD1 A; 1AWO A; 3QZ9 B; 1RAC B; 3UPU A; 2JW4 A; 3FDR A; 3FIF A; 4ZGJ B; 5GAO r; 4CC2 A; 2JTM A; 3RMQ A; 1S72 Q; 5CKH A; 1VQP Q; 2DYB A; 3M0R A; 1BCM A; 1YI2 A; 3HFN A; 5LJ5 g; 1WJR A; 3ZL7 C; 1B34 A; 2Y90 A; 2YT6 A; 1NEB A; 2E5K A; 2IG0 A; 5GAN f; 1M27 C; 5HY6 A; 4R56 A; 3CC7 Q; 1S72 T; 3CCS T; 3QDR B; 4RTY A; 5KCH A; 5FRN A; 3CEY A; 1NLO C; 2H3E B; 2QK0 A; 2LQ8 A; 4C5I A; 5IN1 A; 2X51 A; 3HKS A; 4J6X A; 1VQ6 T; 4ATO A; 2V1R A; 1Q81 C; 4AG1 C; 2F2V A; 4CI0 C; 1VYU A; 2RM4 A; 1AZE A; 3VYG A; 1TXQ A; 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