The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
VTLFVALYDYEARPNRPLDLSFHKGEKFQILNWWHVRGDWWEARSLTTGETGYIPSNYVAPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
BETA-SECRETASE 2
|
| publication title |
Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
11
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2SRC A; 4Z88 A; 1PRL C; 4EIK A; 2QDL A; 4J9B A; 1T3L A; 3U23 A; 3PE0 A; 1SPK A; 2IIM A; 2H8H A; 2F2W A; 1X6G A; 2KXD A; 1T0H A; 3VS5 A; 1U5S A; 5ECA A; 4CC2 A; 1KIK A; 2E5K A; 2LNH B; 2V1Q A; 3I9Q A; 2O31 A; 4LE9 A; 3VS3 A; 3VS6 A; 2DLP A; 2BZ8 A; 2O2O A; 4JZ3 A; 3UA6 A; 1W6X A; 1OOT A; 3H41 A; 4HVV A; 1S1N A; 2CDT A; 2ROL A; 2JXB A; 4J9G A; 3TSW A; 1A0N B; 3ULR B; 2CT4 A; 4JJC A; 2RPN A; 2P4R A; 4OML A; 2J6O A; 1AWJ A; 2EGC A; 3NPF A; 2FPF A; 2W0Z A; 2DRK A; 2VKN A; 4J9E A; 2JS2 A; 2RQR A; 2A28 A; 2K3B A; 2LJ0 A; 4F14 A; 1X6B A; 2CUB A; 5L23 A; 1FYN A; 2SEM A; 3EG2 A; 4JZ4 A; 2JW4 A; 2G6F X; 1GCQ A; 1MV0 B; 2LJ3 A; 2FRY A; 2YDL A; 1RLQ C; 2DL7 A; 2BTT A; 2DYB A; 2GGR A; 4RTT A; 3M0S A; 2DF6 A; 5I11 A; 2LP5 A; 1WIE A; 3I5S A; 1PRM C; 2C0T A; 2DJQ A; 2KT8 A; 1YWO A; 2RMO A; 1MV3 A; 1WXT A; 1K4U S; 2RQU A; 4LUE A; 1AZE A; 1UTI A; 2B86 A; 3H0F A; 2A37 A; 2EYZ A; 5IHN A; 4ORZ A; 3C0C A; 1TUC A; 2ESW A; 4ZNX A; 1UGV A; 2DL5 A; 1VYT A; 4Z89 A; 2KRM A; 4DEX A; 4AG2 C; 1AEY A; 1EFN A; 3IQL A; 2MOX A; 1H8K A; 4LN2 A; 1X2K A; 3REA B; 4CC7 A; 4KRT A; 1W1F A; 2DE0 X; 4D8D A; 1X2Q A; 1NEG A; 1H92 A; 1M30 A; 1WFW A; 2X3X D; 2HBW A; 1SHF A; 2DBK A; 3ZL7 C; 1GFC A; 2JMC A; 4QT7 A; 4J9H A; 3THK A; 1UG1 A; 1HJD A; 1IO6 A; 1NYF A; 1PNJ A; 1YP5 A; 2F2V A; 2RNA A; 3EG3 A; 4LNP A; 4X1V A; 1ABO A; 1WLP B; 1RI9 A; 1YWP A; 3KFV A; 1K9A A; 1OEB A; 1JXO A; 2MCN A; 1WXB A; 2DIL A; 2KR3 A; 1BU1 A; 2KGT A; 5EC7 A; 1BK2 A; 1ZBJ A; 4GLM A; 1GBQ A; 2CSQ A; 3M0R A; 1WDX A; 1WXU A; 2LMJ A; 1QKW A; 1LCK A; 2KE9 A; 3PVL A; 3M0P A; 1WX6 A; 2CSI A; 2CH4 A; 1SEM A; 2JM9 A; 1NYG A; 4RTZ A; 2AZV A; 1AVZ C; 2DVJ A; 4IIO A; 1CKB A; 2ABL A; 2J7I A; 4JJD A; 2GBQ A; 2GNC A; 2M0Y A; 1K1Z A; 1K76 A; 1M3A A; 2YUP A; 2HSP A; 1NG2 A; 4J9F A; 3TSZ A; 3QWY A; 4AFS C; 1WI7 A; 2J05 A; 3I5R A; 4RTX A; 4CC4 B; 1WA7 A; 2M51 A; 1VA7 A; 1UDL A; 2YUQ A; 2DA9 A; 1GCQ C; 4R0K A; 1WYX A; 1U3O A; 1B3Q A; 1OPL A; 3NGP A; 2JMA A; 4Z8A A; 3A98 A; 2DRM A; 5FWC A; 1I1J A; 1ZUK A; 1T0J A; 1V1C A; 2KEA A; 2DL4 A; 2LX7 A; 2L0A A; 4OMO A; 1QCF A; 2PZ1 A; 3EG0 A; 2KNB B; 2D8J A; 3NHN A; 3VRY A; 3FJ5 A; 1Z9Q A; 4D8K A; 3H0H A; 4J9C A; 1QKX A; 2KRO A; 2JM8 A; 2O9S A; 4CC3 A; 1UJ0 A; 1AWW A; 3JV3 A; 2DL3 A; 2FRW A; 2DMO A; 1N5Z A; 2LZ6 B; 1JEG A; 2BZX A; 2F2X A; 4F16 A; 3EG1 A; 2AKK A; 1HD3 A; 1I0C A; 4RUG A; 1QWF A; 1SHG A; 1JU5 C; 4JPB W; 4A63 B; 3QWX X; 2K79 A; 2BZY A; 5I22 A; 2LQW A; 5GJV B; 2GQI A; 3UAT A; 5IHI A; 2YUO A; 4AG1 C; 2O88 A; 1AZG B; 1UHF A; 1ZX6 A; 1PHT A; 3LH5 A; 1G2B A; 1YNZ A; 3NMZ C; 2EQI A; 2CT3 A; 2LCS A; 2ROT A; 4AFU C; 2EBP A; 2KXC A; 4RTV A; 2RF0 A; 1VYU A; 2KBT A; 2V1R A; 2A36 A; 3VS2 A; 2DNU A; 1TG0 A; 2GTJ A; 3SHW A; 1GBR A; 2J6F A; 1AWX A; 3EHQ A; 1UHC A; 1M3B A; 1UUE A; 2EYX A; 2LJ1 A; 5FW9 A; 3EHR A; 2XMF A; 2EVR A; 2NUZ A; 1RLP C; 1NLO C; 1X27 A; 2AKL A; 2EYY A; 1UJY A; 2A08 A; 2J06 A; 1GRI A; 3RBB B; 2DX1 A; 2AZS A; 1KSW A; 3VRZ A; 2EGA A; 2RN8 A; 4OMQ A; 1ZLM A; 3VS4 A; 1PKS A; 4OMN A; 1GL5 A; 1Z9Z A; 2PTK A; 5IH2 A; 4HVU A; 5IXF A; 2K9G A; 2NWM A; 4HVW A; 2ED0 A; 1JXM A; 1OPK A; 2OI3 A; 2FG0 A; 2VWF A; 2ENM A; 2L2P A; 2YSQ A; 4RTW A; 1M8M A; 2JTE A; 1AOJ A; 2EW3 A; 1FMK A; 4IIM A; 1X69 A; 2ECZ A; 2CH4 W; 1X43 A; 1MUZ A; 1SSH A; 2O9V A; 3CQT A; 1ARK A; 2EYW A; 1JO8 A; 1HSQ A; 3VS0 A; 2W10 A; 2FO0 A; 3SEM A; 2JT4 A; 4E6R A; 1NM7 A; 2VVK A; 1OV3 A; 2RQT A; 4FSS A; 2ED1 A; 1J3T A; 2CRE A; 1KJW A; 3REB B; 2KYM A; 4JJB A; 4AFZ C; 1E7O A; 3I35 A; 1YN8 A; 2EPD A; 2YT6 A; 2X3W D; 1GCP A; 3UA7 A; 5IHK A; 4Y92 A; 1BB9 A; 1ZUU A; 2KYB A; 3PVQ A; 3M0T A; 2RQV A; 2LQN A; 2KRS A; 3VS1 A; 2MIO A; 2D8H A; 4DEY A; 1E6H A; 1BBZ A; 1T3S A; 1U06 A; 1PWT A; 4OMM A; 1W70 A; 1RUW A; 3H0I A; 4ESR A; 2DL8 A; 2HDA A; 4AFQ C; 2L3P A; 1KFZ A; 2DBM A; 4WCI A; 1JQQ A; 1G83 A; 1I07 A; 3VS7 A; 2RQW A; 3M0Q A; 4J9D A; 4K11 A; 2HCK A; 2KRN A; 1UFF A; 2PNI A; 2FPE A; 1K0S A; 1VYV A; 2JS0 A; 1TUD A; 5FWB A; 5IXB A; 1QWE A; 1AWO A; 1UEC A; 3UF4 A; 2J6K A; 4GBQ A; 4M4Z A; 1CKA A; 1YCS B; 1Y57 A; 2C0O A; 2C0I A; 1AD5 A; 2K6D A; 2OAW A; 2K7A A; 1H3H A; 1UE9 A; 4LUD A; 5GJW B; 1GFD A; 1E6G A; 3M0U A; 1NEB A; 1K0X A; 2DM1 A; 3TVT A; 3EGU A; 1ABQ A; 2GTO A; 1CSK A; 2L3S A; 2AK5 A; 1PKT A; 2K2M A; 3GBQ A; 2KT1 A; 1NLP C; 1XOV A; 3O5Z A; 1SRL A; 2D1X A; 2FPD A; 4OMP A; 2D0N A; 2CUD A; 1M3C A; 2OJ2 A; 1SRM A; 2FEI A; 1QLY A; 4RTY A; 3RNJ A; 4F17 A; 2HEQ A; 4J9I A; 1ZUY A; 5HCK A; 2EKH A; 2YUN A; 1B07 A; 2EGE A; 2L3Q A; 4HXJ A; 1Y0M A; 1ZSG A; 1M27 C; 4HCK A; 4RTU A; 2I0N A; 3R6N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CS7 A; 2SRC A; 4JJN K; 2E3H A; 4VUB A; 4RCC A; 1MNE A; 4LDY A; 3PE0 A; 3JSC A; 2VAS A; 4PJO A; 2F2W A; 1T0H A; 5A0G A; 1U5S A; 3G71 Q; 1ZA1 B; 1BCM A; 5KYU B; 3DLL A; 5HK3 A; 2V1Q A; 1W6X A; 3CPW A; 4FYX B; 3TSW A; 2CT4 A; 2RPN A; 4OML A; 2X35 A; 3M57 A; 2W0Z A; 2DRK A; 1I5O B; 2RB6 A; 3CCL Q; 2RQR A; 1VQL T; 2CP7 A; 3QDR B; 2LJ0 A; 2M16 A; 3CCE T; 3JCM W; 2SEM A; 4J8O A; 4QKU A; 1VQM Q; 1GCQ A; 3CCR T; 1VQ6 A; 4IUV A; 2LJ3 A; 2X9H A; 1IGU A; 2FZC B; 3URG A; 3S6W A; 4MMK A; 2CP2 A; 1BIB A; 2GGR A; 2QA4 Q; 2XKO C; 4RTT A; 1V76 A; 3RMS A; 3INZ A; 4Q5W A; 5LJ5 d; 1WJS A; 4JRP A; 1M90 C; 3GP8 A; 3MCA B; 3HPW A; 2ZAE A; 4M78 G; 3CCU T; 1YHQ Q; 1KK7 A; 3S3O A; 4ORZ A; 4ZNX A; 3JCM P; 3RDV A; 2ZPF B; 3MKD A; 3JB9 D; 1AEY A; 1M1G A; 2YRD A; 2FZK B; 5D7U A; 1VQ4 A; 3VU3 C; 1H8K A; 4FSX A; 4Z02 A; 1IRE B; 4XTW A; 4B6M A; 4M75 G; 4KRT A; 2GQV A; 1N8R U; 1H92 A; 1WFW A; 2X3X D; 2DO3 A; 1SHF A; 1YIJ Q; 2DBK A; 4DOV A; 4C0D C; 1UG1 A; 1HJD A; 1NYF A; 2RNA A; 1N8R R; 3EG3 A; 5KCO A; 3E2U A; 2RHI A; 4C92 F; 1R0C B; 4J5Y A; 1NE8 A; 1WLP B; 3M56 A; 4Y28 E; 1VQP T; 4BD3 A; 1BI3 A; 4BB7 A; 1OEB A; 4EMK A; 3CC4 T; 4XTZ A; 1PM3 A; 1M9S A; 1WXB A; 2DIL A; 4C92 A; 1M8V A; 1BU1 A; 3M58 A; 3ME9 A; 4PJO C; 4P5N A; 1Q95 G; 4NS5 A; 3M0R A; 4BY6 C; 4JS4 A; 1QMC A; 1WXU A; 2LMJ A; 5LJ5 f; 1LCK A; 3X20 B; 5DM7 R; 2HQH A; 5CKE A; 5I2M A; 1TXQ A; 4OGE A; 1WX6 A; 1RAE B; 2JM9 A; 2Z0W A; 1NYG A; 2M02 A; 4IIO A; 2RJD A; 4E7K A; 2J7I A; 4E7L A; 1WHM A; 5KCH A; 4XU3 A; 1BIA A; 3EH1 A; 2X51 A; 3WXM B; 1K1Z A; 1W2B P; 3CC2 T; 1M3A A; 2YUP A; 2CZ7 B; 1KD1 U; 4MDW A; 2IPO B; 3TSZ A; 1VQN Q; 1HXD A; 3CME A; 5FLX E; 3TU4 K; 3VYH B; 1GCQ C; 2HZY A; 1B3Q A; 3M55 A; 3OYH A; 2ZPG B; 3MHX A; 1Q86 U; 3UWN A; 1NZ9 A; 2DFU A; 2E6N A; 1T0J A; 2DK3 A; 2DL4 A; 4E7I A; 4C92 B; 2OTJ A; 1QCF A; 2RA2 A; 8ATC B; 1IHV A; 2VGN A; 3A8O B; 4EMG A; 3E1S A; 3OYA A; 2EAY A; 1I81 A; 2QEX Q; 5GAN 4; 1QKX A; 2JM8 A; 1OZ2 A; 2O9S A; 2V8I A; 5GMK m; 1VQ9 T; 4CC3 A; 2DEU A; 3NTI A; 4JDS A; 2DMO A; 4NL2 A; 1I8F A; 3EAE A; 2F2X A; 1EX4 A; 4ME7 A; 3OMC A; 1HD3 A; 1M4Z A; 4E2F B; 1QWF A; 4A63 B; 1WPY A; 2MI6 A; 2AHJ B; 3MJX A; 1W2B S; 2K79 A; 2BZY A; 1KC8 U; 3BFM A; 5I22 A; 4JLG A; 2XDB A; 2IVW A; 4C92 E; 4HCZ A; 4AG1 C; 3HRU A; 1RAG B; 4M7A D; 1UHF A; 4BAC A; 1PHT A; 2Y90 A; 1O9S A; 2M9U A; 3CCJ T; 4PJJ A; 2QK0 A; 1WQW A; 4EMK C; 3SFM A; 1N8R C; 3HSB A; 5DY9 A; 2EBP A; 2BUD A; 4C92 C; 3JB9 G; 1W2B A; 3CMA Q; 3CC7 A; 1JBM A; 3OMG A; 2KBT A; 3RUX A; 2L5Q A; 3RES A; 2QTX A; 2GTJ A; 2DXB A; 1UHC A; 4XK8 E; 2QGF B; 4C5I A; 5C0M A; 4FYW B; 3GPL A; 3S3N A; 2LC4 A; 2YRC A; 3EG9 A; 2LJ1 A; 1K73 U; 3EHR A; 5LJ5 e; 5GAM d; 3CD6 A; 1X27 A; 1GRI A; 2DX1 A; 2AZS A; 4C0F A; 2RM4 A; 4CI0 C; 1ZLM A; 1GL5 A; 4OMN A; 1PSE A; 3I55 T; 1U8R A; 3BDU A; 2VUB A; 1WJR A; 1ACM B; 1N9S A; 2V26 A; 2NWM A; 3CCS T; 4HVW A; 2NUP B; 3OYK A; 4AMC A; 4J7F A; 1YJ9 Q; 2OI3 A; 1NJI R; 3DB4 A; 2ENM A; 2DET A; 2QAS A; 1N6A A; 3CCE Q; 2XD0 A; 1JB0 E; 1AOJ A; 2L3R A; 2EW3 A; 2LCL A; 1BKB A; 1X69 A; 1RAC B; 2CH4 W; 3CCR Q; 1SSH A; 3CQT A; 2M1H A; 1U1S A; 1JO8 A; 2W10 A; 2H3E B; 2RHY A; 5GMK i; 1YJW T; 5CR2 A; 1YIT A; 2HKQ B; 5GAN 5; 1KJW A; 3OYM A; 2ZPH B; 4JJB A; 1E7O A; 4AFZ C; 2HAX A; 1YN8 A; 3ER0 A; 1GCP A; 1TUG B; 4JRK A; 5IHK A; 3OSS C; 2KYB A; 3KXT A; 2LNV A; 3CCU Q; 3EG9 B; 4HCB A; 3DB3 A; 2PUK B; 2DZC A; 1OU8 A; 1HYO A; 3FB9 A; 4OMM A; 4OVA A; 1VQO A; 2DTH A; 5GAM f; 1VQM T; 1JQQ A; 2KMT A; 3CCM A; 4K11 A; 9ATC B; 2HCK A; 4XTY A; 5A0L A; 1WHK A; 3G6E A; 1PCX A; 4JRQ A; 1JJ2 P; 2X4X A; 3OS1 A; 1K0S A; 1VYV A; 2JS0 A; 1FMV A; 2KAF A; 2PUO B; 1GXI E; 4XU1 A; 1UEC A; 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5D6X A; 5I11 A; 5LJ3 d; 3LH0 A; 1WIE A; 1PRM C; 2D6F A; 1MV3 A; 2RQU A; 1AZE A; 3L1A A; 5GAO l; 1UTI A; 2A37 A; 1BI1 A; 3WVE B; 5IHN A; 3JCM J; 2JVV A; 3CCJ Q; 1WQ7 A; 1OZ3 A; 4YTL A; 2F5K A; 3CCQ A; 2NYS A; 1Q7Y C; 4Z89 A; 5DLQ E; 4AG2 C; 4KT0 E; 2H3J A; 2CZ0 B; 3CPF A; 2XHC A; 3REA B; 2LTO A; 2LDM A; 4CC7 A; 5GAN d; 3CBP A; 2LCC A; 2VYT A; 3I56 T; 3EFO B; 1M30 A; 2HBW A; 2P84 A; 1GFC A; 4QT7 A; 3THK A; 4J9H A; 3V8K A; 3OY9 A; 4MDX A; 2DZ9 A; 5GMK e; 3OYY A; 1PNJ A; 4LNP A; 3I55 Q; 1ABO A; 4FYY B; 3G4S T; 4II1 A; 4C0G A; 2K5F A; 3CCS Q; 2KGT A; 5EC7 A; 5CK9 A; 1BK2 A; 5LJ3 j; 4NOY A; 4LDV A; 2OTL A; 1ZBJ A; 4GLM A; 2E5Q A; 4B9X A; 2JOY A; 1KQ1 A; 5LJ3 f; 3OYE A; 5KYW A; 5IT9 E; 1QP3 A; 1QVF P; 3GF5 A; 1SEM A; 2PVD B; 4ZGJ B; 1YJW Q; 4RTZ A; 3G71 A; 1CKB A; 2G3R A; 1EIF A; 4A4E A; 2CP0 A; 5GAN 8; 4FCY A; 4EPC A; 1B7T A; 3M5A A; 3SB2 A; 2JN0 A; 5GAN j; 3JB9 I; 2ZCF B; 2EJ9 A; 4J9F A; 3VUB A; 1YJ9 T; 2J05 A; 4RTX A; 4UC4 A; 1WA7 A; 3A8L B; 1VA7 A; 1UDL A; 4DBR A; 5GAN f; 4N0A C; 2RK1 A; 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