The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
121
|
structure length |
121
|
Chain Sequence |
MEYKSSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYDELNIEPDTEQP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a delivery protein for an AAA+ protease in complex with a peptide degradation tag
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
26
|
| structure length |
121
|
| sequence length |
121
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OU8 A; 1TWB A; 1ZSZ B; 1ZSZ A; 2QAS A; 1OX8 A; 1ZSZ C; 2NYS A; 1OX9 A; 2QAZ A; 1OUL A; 1YFN A; 1OU9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A7Y A; 3BY7 A; 4RTU A; 1UFF A; 4C8Q C; 2DZ9 A; 1WLP B; 4OMN A; 3SWN C; 2M9U A; 4LDX A; 3VUZ A; 1X6B A; 4JJD A; 3QXE B; 4NL2 A; 2ZCF B; 4Y28 E; 2LQ8 A; 3LGF A; 3G6E T; 1M90 R; 3CC7 A; 2K57 A; 2A28 A; 2V8J A; 4PJO F; 4A4K A; 2RQU A; 2NWM A; 4B9W A; 2VUB A; 3FJP A; 2X4J A; 3G71 Q; 2EJ9 A; 4IIO A; 5KYX A; 5GAN 8; 3CCE T; 1K9M R; 2RQW A; 4ZN3 A; 1I81 A; 1QVG S; 3H0I A; 2XIC A; 4C0G A; 2FHD A; 1VQN A; 1QVP A; 1U06 A; 1H8K A; 2FVU A; 3FDR A; 2LRQ A; 4E7L A; 3FC3 A; 4KGX B; 3CCJ T; 5L8R E; 1Y71 A; 3GNF B; 1H92 A; 3QJ6 A; 3INZ A; 2K3Y A; 1WA7 A; 1LCK A; 3OA6 A; 4KH0 B; 3OYN A; 5GAN 4; 3TSW A; 2JVV A; 4JLI A; 1K73 R; 4E47 A; 4B6M A; 4J9F A; 1OX8 A; 3RKY A; 3PE0 A; 1UEC A; 3TEE A; 1V1C A; 2AZV A; 4LE9 A; 4A4G A; 1VQO T; 1N9S A; 3CCR T; 4PFP A; 1VQ7 Q; 1Q7Y R; 2QAS A; 4CC7 A; 3U23 A; 3CCS Q; 1PD0 A; 1VQM Q; 1VQ6 A; 3EGU A; 4D8K A; 1ABO A; 1VQP T; 1Q86 U; 3CCV A; 4OP0 A; 3PGG A; 4M7D A; 1W2B A; 3WVE B; 2KRN A; 2QEX T; 2KNB B; 5M9O A; 2MK5 A; 2DO3 A; 2KYM A; 2J6K A; 1XTD A; 2QXF A; 4DOV A; 2IVW A; 4PJO E; 1U8R A; 2VXE A; 1BIB A; 2QGG A; 2HNI A; 1M4Z A; 2LQW A; 1KC8 U; 5C0M A; 2EGA A; 4X1V A; 2E70 A; 3QBY A; 4DEY A; 3LW5 E; 3VKI A; 5GAN 6; 4AG2 C; 4OMM A; 1T3S A; 3SDZ A; 5GAN 3; 2FYK A; 1VYV A; 2BUD A; 3CCL Q; 1N8R C; 3ZEH A; 4YTL A; 2CGH A; 3M56 A; 4LDV A; 2KMT A; 2EYW A; 3L42 A; 2MYS A; 5D6X A; 4II1 A; 3H41 A; 2DL8 A; 1JO8 A; 3M53 A; 1Y96 A; 2BTT A; 4MML A; 1VQ5 Q; 3C95 A; 1WIE A; 3KFV A; 1Z9Q A; 2D8H A; 5HK0 A; 5GAO n; 1G3T A; 5KYX B; 2J06 A; 4BE2 A; 4PJN A; 5I22 A; 2A3L A; 3QPH A; 2RI2 A; 2DJQ A; 1YI2 Q; 4DBF A; 3DB4 A; 3H0H A; 2WSF E; 3L2U A; 2GCX A; 1NM7 A; 2M16 A; 2OAW A; 2CH4 W; 2J7I A; 3RMQ A; 3ZL7 C; 3VU3 C; 2K9G A; 1JBM A; 3CCV Q; 2LVM A; 4ZGE B; 1YJW T; 3EGD B; 2EJF A; 1W2B S; 1IZ6 A; 4LXC A; 1VQ8 A; 1E6H A; 5C6S A; 5GAN j; 2DMO A; 5GMK j; 3MP8 A; 3OYI A; 3EGX A; 2DD4 A; 1TU0 B; 3M59 A; 1FMK A; 4C92 G; 1WYX A; 4HCZ A; 4LN2 A; 5LJ3 g; 2HKN A; 1BBZ A; 2FB7 A; 1FMW A; 3QII A; 2GTO A; 2QGF B; 2K6D A; 5GAN e; 3RMS A; 4M7D B; 8AT1 B; 2E6N A; 2DXB A; 1S72 A; 2DL3 A; 1SKU B; 2BE9 B; 2LNH B; 6AT1 B; 4R56 A; 3GOX A; 2CSI A; 1B07 A; 5D6Y A; 4P5N A; 2DEU A; 2O31 A; 5IH2 A; 2EIF A; 2DXU A; 2G3R A; 2FPE A; 2CH4 A; 1PHT A; 2EYZ A; 3RDV A; 3OW2 P; 1N8R R; 2L89 A; 1HXD A; 3G6E A; 2H3E B; 1I07 A; 3IQL A; 1GFC A; 4J9D A; 2QA4 T; 2CUD A; 3BDU A; 2COY A; 3G1J A; 5GMK m; 1MMN A; 3M4Y A; 1IRE B; 3KBG A; 2QQA A; 3QKJ A; 3RKW A; 3QDF A; 3FB9 A; 4C5G A; 3OS2 A; 1Q86 C; 1M8M A; 1HYO A; 1T0J A; 2VYT A; 2YUP A; 2DKG A; 1Q95 G; 4M7A B; 5FRO A; 2AKK A; 3MCA B; 1Y96 B; 4JZ4 A; 2JTM A; 2XDB A; 1WXU A; 3E9G A; 7AT1 B; 1YN8 A; 5D7U A; 3OY9 A; 2DIG A; 2MAM A; 4OGE A; 1KC8 C; 1IGU A; 2RJC A; 1KQS A; 3CEY A; 2OTL Q; 2PNI A; 2L2P A; 1RAI B; 3X26 B; 4BE0 A; 3URG A; 5KH6 A; 2BZ8 A; 1VQO A; 2K3B A; 3CCR A; 3CME T; 2JOY A; 2LTO A; 4OB3 B; 2PQW A; 1VOM A; 5CQX A; 2YWW A; 3TCJ A; 3X20 B; 2YHT A; 5CK9 A; 4MZM A; 2JMA A; 4OML A; 4WTO B; 1ZA2 B; 3I55 T; 2EQJ A; 4JJC A; 1MUZ A; 3NMZ C; 2MIO A; 4CC3 A; 3A98 A; 2PVO B; 3OYG A; 3EGX B; 2DRK A; 4C92 D; 1OPL A; 1WX6 A; 4FYY B; 2V26 A; 3FEO A; 4C8Q G; 1AZG B; 3MJX A; 1ZHI A; 2L3P A; 5CKE A; 3P8B B; 1VQL A; 1UDL A; 2K4Y A; 5LJ3 h; 4B9X A; 2FRW A; 4MDX A; 1YCS B; 1H3H A; 4RMO A; 1AVZ C; 2MWP A; 4XTX A; 2PVD B; 3QWY A; 5CKB A; 3JCM d; 4XTY A; 3OS5 A; 2ZPH B; 2J6O A; 2QK0 A; 4V2S A; 3CCE Q; 2LX9 A; 1D0Z A; 4C5E A; 1RAD B; 2EGE A; 4FL6 A; 3VS4 A; 1KD1 U; 1KQS P; 1ZLM A; 1YHQ T; 3CCJ Q; 1WHG A; 4O6J A; 1WHM A; 5GAM j; 2EKH A; 2HL5 C; 2DTH A; 2EAY A; 5CKF A; 1Y0M A; 1K4U S; 2CYZ B; 4M77 G; 2KE9 A; 4OMF B; 2HD0 A; 1OU9 A; 2RO0 A; 2FPD A; 1F1B B; 1SRL A; 3VS5 A; 1M30 A; 1KQS S; 3JB9 I; 4KUL A; 5GAO m; 1P92 A; 1TXQ A; 1GRI A; 3PVL A; 1AT1 B; 2PZ1 A; 3CCR Q; 1KC8 R; 2DXT A; 1MGQ A; 5FU6 B; 4EMK C; 1X27 A; 2EW3 A; 2IG0 A; 2QQB A; 3I35 A; 2ZPI B; 1VQP Q; 2F2X A; 2DD5 A; 4Y92 A; 1KFZ A; 2QEX Q; 1OU8 A; 5AT1 B; 2C06 A; 4DOW A; 2LMJ A; 2FZK B; 4J7F A; 1YJW A; 2Z0W A; 4FT2 A; 4HVW A; 4QVD A; 3TRE A; 2RHI A; 3CXC A; 1PSF A; 4E7J A; 2W10 A; 2MPX C; 5L23 A; 3UPU A; 2F1L A; 1BCM A; 1N6A A; 3OYC A; 2JZ2 A; 3PIP A; 1W6X A; 1YWO A; 3LX7 A; 1GFD A; 4A54 A; 4HA8 A; 1LPL A; 3JCM P; 3T9N A; 1MMA A; 1TSF A; 2JM8 A; 1N5Z A; 1IHV A; 1WGS A; 3X25 B; 3JCM Q; 2VV5 A; 3MKD A; 4C92 C; 2OX7 A; 3P8D A; 3CMA T; 5CKH A; 3CPW A; 4M78 G; 3VV0 A; 1UE9 A; 1YJN T; 5LJ5 j; 2LCL A; 4PLL A; 3H8Z A; 5GJV B; 3V7S A; 4C92 E; 3KXT A; 3M0T A; 2NUT B; 2CSQ A; 2QDL A; 3ZBD A; 3VS6 A; 1FWZ A; 5HCK A; 2E10 A; 4NOY A; 1RLQ C; 3ASK A; 4PL6 A; 3CD6 Q; 2GTJ A; 4L59 A; 3CXC P; 2D8J A; 2X35 A; 4M7D G; 1O75 A; 2G6F X; 4M77 D; 5ECA A; 2DVE A; 4C5I A; 1YJW Q; 2J05 A; 1IGQ A; 1UGV A; 1NPR A; 2I0N A; 3OYB A; 5CQY A; 4DQ2 A; 1X01 A; 1TS9 A; 2MCN A; 3CXC S; 4VUB A; 2L0A A; 3G71 A; 2XK0 A; 3QJY A; 5GMK i; 4RTY A; 4C8Q F; 3J81 E; 3EHQ A; 4K11 A; 2RN8 A; 2RPN A; 1BI3 A; 1YJ9 T; 4HKE A; 4E7I A; 3VS3 A; 2H3J A; 1WZO A; 3VUB A; 2HMA A; 5GAN 2; 3E1S A; 1KD1 C; 1E7O A; 3H0F A; 4CRI A; 2BIV A; 2FL7 A; 2YRV A; 4ME7 A; 3F70 A; 1LNX A; 3X28 B; 4C0D B; 1O9S A; 4MDW A; 4DEX A; 1LOJ A; 3CPW P; 2PUK B; 3MPU B; 4IIM A; 4WCI A; 2VKN A; 3AHU A; 1WHL A; 1YIT T; 2DRM A; 4M7A G; 4JRP A; 4ANJ A; 2DXC A; 3MET A; 1MND A; 1D1B A; 2E41 A; 2CZ7 B; 2H8H A; 1S1N A; 2QA4 Q; 3ER0 A; 1Q81 C; 1KQ2 A; 4FM4 B; 3CPW S; 5HY6 A; 3EG0 A; 1VQ7 A; 2RJD A; 3CCS A; 3TSZ A; 1X6O A; 4M77 F; 2KR3 A; 1VQM A; 3NHN A; 4PLI A; 1KIK A; 3O5Z A; 4JJB A; 5KYU A; 1ZBJ A; 3EFR A; 3M54 A; 2K5I A; 2K7A A; 2W0Z A; 4M78 D; 3CBO A; 1NJI U; 4HXJ A; 2DER A; 5IHN A; 2RNA A; 3EG9 A; 4M75 G; 1I8F A; 3H9N A; 2J6F A; 5J3B A; 4C8Q E; 1SG5 A; 2VAS A; 4A4H A; 4C5H A; 2MMP A; 1Q82 R; 2XHC A; 4PJO A; 3MEW A; 1R8O B; 3CCL A; 3JCM J; 2QDY B; 2AHJ B; 4KUI A; 1TUG B; 1JEG A; 3V8J A; 3CME Q; 2VB6 A; 4M7D D; 2R5M A; 3HSB A; 4Z88 A; 1EZZ B; 4BY6 B; 5GAN d; 5DY9 A; 3RBB B; 3I55 Q; 1X69 A; 3JCM g; 3PIO A; 3OS0 A; 4M77 C; 1KG1 A; 1VQ5 A; 1QQJ A; 5CKD A; 4BD3 A; 2JNG A; 4WF2 A; 3OYJ A; 3N5B B; 1R77 A; 1RI0 A; 2AZS A; 5CIU A; 2GBQ A; 2LQN A; 5KE3 A; 1YCY A; 1YNZ A; 4M77 E; 1ZSG A; 2LC4 A; 3RKX A; 1YI2 A; 4X9D A; 1W70 A; 4HCC A; 2JXB A; 3JAM E; 4M78 F; 3HP9 A; 2CP7 A; 1T3L A; 4JJN K; 1RL2 A; 5FWC A; 1D3B A; 5KCH A; 4XK8 E; 5CO7 A; 5DLQ E; 2XD0 A; 4M7A D; 3S3O A; 4J6Y A; 3VS2 A; 1OV3 A; 4JRK A; 4ZGJ B; 1Q81 R; 3OB9 A; 1SHF A; 1WHK A; 2WAC A; 3QZ9 B; 5LJ3 j; 1YHQ Q; 1C1A A; 4E6R A; 4EMH A; 1QMC A; 3OBW A; 1M1K U; 1PWT A; 3REA B; 1EX4 A; 3CQT A; 4AG1 C; 1VQK T; 4ZTJ A; 2XG8 D; 4F7U G; 4DBQ A; 1VIE A; 1KK7 A; 4BDZ A; 1G83 A; 1CKA A; 2CP5 A; 5LJ3 e; 2ED1 A; 3RER A; 1T0H A; 2A37 A; 1TH7 A; 3UA7 A; 4GLK A; 5KYU B; 3R6N A; 2V1Q A; 4RCC A; 1M1F A; 4MZT A; 4FIB A; 2R5A A; 2ROT A; 2GFA A; 2NLU A; 1RAB B; 1V29 B; 2KQW A; 4M75 D; 2ENM A; 4IUV A; 3EG9 B; 1XJW B; 3JB9 G; 4M78 C; 1N9R A; 4JZ3 A; 2RHU A; 3OYY A; 3H6Z A; 1BKB A; 2E1H A; 4OB1 B; 4HCK A; 3HHT B; 3RIR A; 2KXD A; 4PJO B; 4GLM A; 1PRL C; 2K3X A; 4M78 E; 1FMV A; 2DZC A; 2RI3 A; 3NPF A; 2DNU A; 2D9T A; 3OW2 A; 3M9Q A; 1M1G A; 4LUD A; 1BB9 A; 2RHZ A; 3SFM A; 2RHY A; 1I1J A; 4QVZ A; 4OMP A; 3PNW C; 4M7D C; 2DYB A; 3CD6 T; 4QVC A; 2P84 A; 4RCB A; 3OYF A; 1PCX A; 2SRC A; 4AMC A; 3JCM h; 3MP1 A; 2RM4 A; 1X2K A; 3C0C A; 2OTL A; 3L2V A; 3A8M B; 2XKO C; 1M2O A; 3NFC A; 2O2O A; 3CMA Q; 2E3I A; 3S6W A; 3A8L B; 3GF5 A; 2L3Q A; 1YJN Q; 2P4T A; 2DJZ A; 4M75 F; 1RLP C; 4C0Z A; 3G4S Q; 1D3B B; 2A0F B; 1QWF A; 3CCM Q; 4J9I A; 2DL5 A; 4Z89 A; 4GBQ A; 2YDL A; 4J9E A; 2BE7 D; 1X6G A; 2PVG B; 4A4F A; 4A63 B; 5GAM d; 3KUF A; 1PC0 A; 5HK3 A; 4LDU A; 1X2Q A; 4M7A C; 5CCA A; 2OTJ T; 4N0A A; 5CR2 A; 3VYG A; 3JCM f; 2EKO A; 1BIA A; 4MMK A; 1A0N B; 4R0K A; 4XU3 A; 2FZG B; 4M7A E; 2P0K A; 1V76 A; 1WXB A; 2O9S A; 2CT4 A; 3MHX A; 2M1H A; 2EYQ A; 3O8V A; 5GJW B; 2QQR A; 5CVI A; 2V8I A; 4ZN1 A; 2KI7 A; 2DYI A; 2YSQ A; 1QCF A; 3OW2 S; 5GAO l; 2FEI A; 3JB9 D; 3CCE A; 1SHG A; 4MZP A; 1YJ9 Q; 5IAY A; 3M5A A; 2DL7 A; 4M75 C; 1HK9 A; 4OF1 A; 1PKS A; 1WDX A; 2L8D A; 3CCJ A; 3VS1 A; 1MMG A; 1WXT A; 1M1K C; 3QWX X; 4X9C A; 4M4Z A; 4DA4 A; 2EQI A; 4JPB W; 4M75 E; 1YIT Q; 3UA6 A; 1PM3 A; 2KRM A; 2JS0 A; 2RI5 A; 5GAN 7; 3CBP A; 4RTX A; 1AZE A; 2EQK A; 2ZPG B; 2JW4 A; 3GPL A; 2OI3 A; 3CCU Q; 3PT9 A; 2HBW A; 2YUQ A; 3PTA A; 4FW2 A; 1RUW A; 3JCM W; 4X34 A; 1QCN A; 2XU8 A; 4F7U F; 1RAC B; 2X51 A; 5KYW A; 4RTZ A; 3HKS A; 1VQP A; 1WJS A; 3BW1 A; 4GY5 A; 3L2Q A; 5LL6 S; 2JMC A; 4Z8A A; 1G3Y A; 4XTU A; 2QEX A; 4RKU E; 5IHK A; 1YIJ T; 3M0S A; 5LJ5 d; 1NEB A; 1Z9Z A; 2ZAE A; 5I2M A; 3WVD B; 1Y7X A; 3JB9 F; 2E5K A; 1NEG A; 2LT4 A; 1PG5 B; 4LUE A; 4EMK A; 3DLM A; 4LNP A; 1NYG A; 3G7Z A; 1M90 U; 3EG3 A; 2KK4 A; 1B3Q A; 1BI1 A; 2EPD A; 3CPF A; 4BDY A; 2EJG A; 3MO8 A; 5GAO p; 3OYL A; 2E4H A; 3E2U A; 3UWN A; 1WQ7 A; 1X43 A; 1OI1 A; 1VA7 A; 1QKX A; 1JJ2 P; 3HRU A; 2IIM A; 5AYF A; 4LDY A; 1MV3 A; 1VIF A; 2JTE A; 2KT8 A; 3X24 B; 2F69 A; 2LZ6 B; 4IUU A; 5A0G A; 2P0Q A; 2KXC A; 3HTR A; 3AT1 B; 4ZGD B; 5DM7 R; 1Q86 R; 8ATC B; 3DLL A; 2X3W D; 1VQ4 T; 1WJQ A; 2LJ0 A; 4N4G A; 1GCQ A; 2YXY A; 2COW A; 4F7U E; 1Y57 A; 3LWH A; 1H3Z A; 1YWP A; 1K73 U; 4AFZ C; 2JT4 A; 3MEU A; 5I11 A; 4JLG A; 1M1K R; 1B7T A; 1I5O B; 4FSS A; 1SRM A; 3OS1 A; 1NBE B; 1UUE A; 1Q7Y U; 4E7H A; 1PRM C; 4C92 F; 3CD6 A; 4FYX B; 1QWE A; 3CC7 T; 1CSK A; 4C92 A; 1BI2 A; 1AHJ B; 3TVT A; 1ZBX A; 1UG1 A; 4QQG A; 1D09 B; 2E12 A; 2JTF A; 3HRT A; 2KBT A; 2RHX A; 4XU0 A; 5EG2 A; 2KGT A; 1UGQ B; 1HJD A; 1RAA B; 1VQN T; 1VQK Q; 3I9Q A; 3OMG A; 3WXM B; 4RG2 A; 3M0R A; 1R0B G; 4EDU A; 4AFQ C; 1IHW A; 4OGC A; 1K8A U; 1K76 A; 2CP0 A; 2ZPE B; 2L3R A; 4E7S A; 1BK2 A; 3M58 A; 4FW1 A; 1AEY A; 2KVQ G; 2VC8 A; 4PFO A; 3CCQ Q; 2LJ1 A; 3OSS C; 1UHF A; 2QTV A; 2X4X A; 2EQM A; 2WSC E; 4IUT A; 1ACM B; 3V7C A; 1QKW A; 3QDR B; 4JDS A; 4EMK B; 2DLP A; 1AWX A; 2QQS A; 3RUX A; 5GMK h; 2HDA A; 1VQ6 T; 2FPF A; 2QA4 A; 2FZC B; 5A0L A; 3G4S T; 2ED0 A; 2VGM A; 3FJ5 A; 2RQV A; 4ORZ A; 2CS7 A; 2DFU A; 2LCC A; 3CCM T; 4KH1 B; 4Z02 A; 4PJL A; 2D0Q B; 2K5L A; 3EH1 A; 2V8K A; 2JN0 A; 2VXF A; 3HRS A; 5A2Q E; 2YT6 A; 1QP3 A; 2M0Y A; 2LQK A; 5DLO A; 4C0D C; 4CI0 C; 1VYT A; 5GAM g; 2ZPB B; 4XAX B; 5GAN f; 1SSF A; 2E6Z A; 1M90 C; 3JSC A; 2GQI A; 2YRC A; 1UEB A; 1ZSZ A; 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