The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
71
|
structure length |
71
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMSRGRGRRDNELIGQTVRISQGPYKGYIGVVKDATESTARVELHSTCQTISVDRQRLTTVGSRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the fifth KOW motif of human transcription elongation factor SPT5
rcsb |
| molecule keywords |
Transcription elongation factor SPT5
|
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
9
|
| structure length |
71
|
| sequence length |
71
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJN A; 3I55 A; 3OW2 A; 1VQ6 T; 1YIT T; 2L3R A; 3CC4 T; 3CC7 T; 1YJW T; 1QVG A; 4ZN3 A; 3KBG A; 1M90 U; 2LVM A; 1VQK A; 5IAY A; 4CRI A; 1VQN T; 3G4S T; 1QVG S; 1K8A U; 1YBY A; 3CXC A; 2JNG A; 3CCV T; 2OTL A; 3P8B B; 1Q86 U; 2E6Z A; 2LQ8 A; 3CCU A; 1VQO T; 5IT9 E; 2E70 A; 1K73 C; 1JJ2 S; 1VQP A; 3CMA T; 1KD1 U; 1VQ6 A; 3LGF A; 1YIT A; 2KDS A; 3LGL A; 3CC4 A; 3CC7 A; 1YJW A; 2IG0 A; 3A5Z B; 5A2Q E; 2MWP A; 1UEB A; 1YIJ T; 1XNI A; 4YTL A; 2EIF A; 3JAM E; 1VQ5 T; 3CCE T; 1VQN A; 4QQD A; 3CCS T; 3G4S A; 1KC8 C; 1VQ9 T; 3G71 T; 3CCJ T; 3CCV A; 5DLQ E; 1M1K C; 1K9M U; 3CCQ T; 1Q7Y C; 1VQO A; 2MWO A; 1EIF A; 3J80 E; 1JJ2 A; 1Q82 C; 3CMA A; 3CC2 T; 3ER0 A; 3DB4 A; 1VQ4 T; 1NZ9 A; 1QVF S; 3CPF A; 3PIO A; 1S72 T; 3OYY A; 1YIJ A; 2OTJ T; 5J3B A; 3DLL A; 3CME T; 3CCE A; 1VQ5 A; 1X6O A; 5J26 A; 1KQS S; 3CCS A; 1VQ9 A; 3G71 A; 4X34 A; 1VQM T; 2QA4 T; 3CCJ A; 1YJ9 T; 3CCR A; 1YI2 T; 1KC8 U; 3CPW A; 5HY6 A; 2QEX T; 3CCQ A; 3G6E T; 3CCL T; 1Q81 C; 1K8A C; 3CCR T; 2KVQ G; 1YHQ T; 3CPW S; 1Q7Y U; 1VQ7 T; 1RL2 A; 3CC2 A; 3LH0 A; 1VQ4 A; 3TRE A; 1W2B A; 1VQ8 T; 1QVF A; 1SSF A; 3J81 E; 3CD6 T; 1M1G A; 1S72 A; 2OTJ A; 1VQL T; 4TVR A; 1N8R C; 1K73 U; 5LL6 S; 3CME A; 1W2B S; 1KQS A; 1KHI A; 3PIP A; 1VQM A; 1NPP A; 2QA4 A; 1YJ9 A; 1YI2 A; 3CCM T; 1NJI C; 3J7A F; 1IZ6 A; 2JVV A; 2QEX A; 3I56 A; 3G6E A; 3DB3 A; 3CCL A; 1BKB A; 1YJN T; 3I55 T; 3OW2 S; 1YHQ A; 1M90 C; 1VQ7 A; 1Q81 U; 5FLX E; 1VQ8 A; 3I56 T; 1K9M C; 1M1K U; 2JOY A; 1VQK T; 3CD6 A; 2JUF A; 2G3R A; 2MI6 A; 1VQL A; 1Q86 C; 1Q82 U; 3CXC S; 2DO3 A; 1N8R U; 2OTL T; 2LCL A; 2XHC A; 1NJI U; 3CCM A; 1NPR A; 5DM7 R; 2CKK A; 3CCU T; 1XTD A; 1KD1 C; 3HKS A; 4ZN1 A; 4RG2 A; 1VQP T; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H8H A; 3CC7 T; 2ZPI B; 5CKB A; 1RAE B; 2RQT A; 4JJD A; 4HCZ A; 3I5S A; 3RKW A; 2DVE A; 3H41 A; 2X3X D; 2DZ9 A; 5FU7 C; 3CCJ Q; 3CCR Q; 1Q86 U; 3NPF A; 1TSF A; 2J05 A; 5GMK h; 5CKE A; 5A2Q E; 2CUB A; 4FT4 A; 1OOT A; 1CKA A; 3CCE T; 3JB9 D; 1PM3 A; 4LD9 K; 1V1C A; 3MPU B; 2L5Q A; 3I9Q A; 2VAS A; 2QTX A; 5LJ3 e; 2M0Y A; 3GOX A; 2RI5 A; 4BI3 A; 2GTO A; 2DL7 A; 4M75 F; 3CPF A; 1GBR A; 2LQK A; 3THK A; 5J26 A; 2E3H A; 2K5L A; 1NG2 A; 2J6K A; 4FT2 A; 3VYH B; 1PC0 A; 3CCR T; 2F5K A; 3LYI A; 2EFI A; 3CPW S; 1RL2 A; 3OYM A; 3X26 B; 1G3T A; 3VRY A; 1JQQ A; 1W6X A; 3CME A; 2HCK A; 1KQS A; 3OS5 A; 1SPK A; 5GJV B; 2XD0 A; 1UG1 A; 4F7U G; 3CQT A; 1YWO A; 1K1Z A; 3EAE A; 1UHC A; 4IUR A; 2EQJ A; 1B7T A; 2L8D A; 1VQ8 A; 4II1 A; 4VUB A; 3QWY A; 2EW3 A; 1VIF A; 4X1V A; 1Q86 R; 2VVK A; 2R5M A; 2M9U A; 3M5A A; 2OTJ Q; 4J6W A; 2KEA A; 4LDW A; 4BE0 A; 4F14 A; 1NJI U; 4RTU A; 1YJN A; 4PJO G; 4KGZ B; 4FW2 A; 2BUD A; 2LP5 A; 1TS9 A; 3KBG A; 3OYG A; 4F7U B; 5IAY A; 5KYY B; 4OB3 B; 5GAO l; 1PSE A; 5LJ5 d; 4IUT A; 2DRM A; 5GAM g; 1S1N A; 1I0C A; 2BKD N; 4DA4 A; 5I2S A; 3H9N A; 2KYB A; 2RQW A; 2DL5 A; 2E70 A; 1VQL Q; 4HVV A; 2EYW A; 3QJ6 A; 2COZ A; 2VKN A; 3UF4 A; 2RF0 A; 3RUX A; 1GBQ A; 2RO0 A; 1N6A A; 1VQM Q; 4O6J A; 5IXB A; 1I5L A; 1PNJ A; 4PJO B; 1EIF A; 2AT1 B; 5L8R E; 5D6Y A; 2LCC A; 3CC2 T; 2KE9 A; 4M7D D; 1TXQ A; 2OTJ T; 1I4K 1; 4Y92 A; 3S6W A; 2RJD A; 5EG2 A; 2O01 E; 1ZHI A; 1ZBX A; 1JBM A; 1VQ9 A; 1BK2 A; 3IQL A; 1WXT A; 2DPP B; 3JB9 F; 2DAQ A; 2QEX T; 4IKF A; 4EMK B; 1K8A C; 4QKU A; 4AFZ C; 4OB0 B; 4C92 C; 3TRE A; 4OMN A; 2RJC A; 4J9E A; 4JRK A; 8ATC B; 4B9W A; 2CSQ A; 1VQL T; 4IUQ A; 1M30 A; 3RDV A; 2FVU A; 1NPP A; 2GCX A; 1UEC A; 3O5Z A; 4BE2 A; 1NJI R; 5GAN e; 5GAM e; 2HNI A; 3I56 A; 3G6E A; 4QQ6 A; 4M7D E; 3FDR A; 2ZPB B; 1SSH A; 1AVZ C; 2EQI A; 1TUD A; 5FLX E; 1QCN A; 3VS3 A; 4OMP A; 2G3R A; 4MDW A; 5CKF A; 4NL2 A; 1BI3 A; 1C1A A; 2J6O A; 3GP8 A; 2EYY A; 3OYA A; 1VYV A; 4DBR A; 1NPR A; 1QP2 A; 1RI9 A; 3MJX A; 3HKS A; 1OEB A; 3VS7 A; 1OZ3 A; 4PJO C; 1QQJ A; 1QVG A; 4M78 G; 2RN8 A; 4IUU A; 2O2O A; 1XQH A; 1WJQ A; 1VQK A; 2OAU A; 1MMD A; 3FEO A; 1FWZ A; 2OAW A; 1K4U S; 2XKO C; 3JB9 I; 4DBQ A; 2DL3 A; 1PRM C; 2XID A; 4ZTJ A; 2FPF A; 4C5H A; 3VS6 A; 2FZC B; 3DKM A; 1Z9Z A; 2CZ7 B; 4M77 C; 2VGM A; 2PNI A; 4QT7 A; 3C0C A; 2KR3 A; 4N0A C; 2FHD A; 1AHJ B; 1M3B A; 2DEU A; 1BI1 A; 3JRZ A; 5HK3 A; 4M78 B; 4V2S A; 1SF9 A; 3VJP A; 3MEW A; 1YNZ A; 3PTA A; 3MEU A; 3VKI A; 1YIJ A; 3CME T; 2QDL A; 3OSS C; 2JS0 A; 2LNH B; 2ECZ A; 2COW A; 2PU9 B; 1PD0 A; 3PE0 A; 3TU4 K; 2CT3 A; 4BAC A; 1WX6 A; 3HRT A; 2GQI A; 1V29 B; 4DBF A; 4OMF B; 2DZC A; 3P8D A; 3MEV A; 1H92 A; 1Q7Y U; 2C06 A; 1VQ8 T; 1Y57 A; 3EHQ A; 4L5G A; 4L6V 5; 2HMA A; 2CP3 A; 2M0O A; 3RR6 A; 3L2R A; 4M7D F; 1X43 A; 2G6F X; 1BU1 A; 2XU8 A; 3EG1 A; 2HQX A; 3EFO B; 2VV5 A; 2CSI A; 3CCL A; 2E3I A; 1YIT Q; 1YJN T; 5GAN 2; 1YHQ A; 1HSQ A; 1VQ9 Q; 1OUL A; 1PRL C; 4MZT A; 5GAO p; 2PVO B; 2XG8 D; 1B34 B; 4KH1 B; 4OF1 A; 5GMK j; 2FO0 A; 1G2B A; 2DO3 A; 5CO7 A; 5KE3 A; 4PJL A; 2YRV A; 3VYG A; 5DM7 R; 2CKK A; 1OQK A; 1U1S A; 3OYF A; 2EQK A; 2E5K A; 2HAX A; 4ZN3 A; 2X35 A; 2Y4X A; 3JCM P; 1M3A A; 4RKU E; 3G6E Q; 2DX1 A; 4BB7 A; 4E2F B; 1G5V A; 5GAO n; 1W70 A; 2BZ8 A; 2E10 A; 1VQ6 A; 2P0K A; 4JUV A; 2FZG B; 4PLL A; 5CAI A; 2EQM A; 1D1A A; 5KYW B; 1VQ9 T; 1AZE A; 5GAN 3; 1GCQ C; 3CCV A; 2EYQ A; 1RAB B; 1QLY A; 4N4I A; 3HPW A; 1Q7Y R; 1VQK Q; 1VQ7 Q; 1TUG B; 5I21 A; 1WXU A; 2X51 A; 1NZ9 A; 1QVF S; 1BBZ A; 1OPL A; 5IHN A; 2RJF A; 4F7U A; 2YSQ A; 5KYY A; 1X6O A; 2JMA A; 3CCS A; 5LJ3 j; 1TUC A; 3UPU A; 5HY6 A; 2JJ9 A; 3LLR A; 3G6E T; 2LQW A; 3BDU A; 5CKH A; 3EG2 A; 1R0B G; 4JJC A; 1YN8 A; 5LL6 S; 1W2B S; 3M0T A; 2DNU A; 3TCJ A; 3MP8 A; 4ANJ A; 3PFS A; 2L0A A; 4PJO A; 4J83 A; 3S3O A; 2MOX A; 2H3J A; 2NUZ A; 2RH2 A; 4A53 A; 1WHG A; 1F1B B; 4KUD K; 3EGX B; 1WGS A; 2A0F B; 1UB4 A; 2AZS A; 4JRQ A; 5IHI A; 4AT1 B; 2YDL A; 5I2M A; 4BI8 B; 5A0D A; 4PLI A; 2XK0 A; 1VQK T; 3VS5 A; 4C8Q G; 1BIB A; 1U5S A; 2BIV A; 4J8O A; 3M0P A; 3OYB A; 2LJ0 A; 1HYO A; 2AIR B; 4O5V A; 4F17 A; 4XU1 A; 4EMK A; 2K3B A; 4N0A A; 3BFM A; 1W4S A; 3KFV A; 2L3Q A; 4LDX A; 2QTV A; 1M90 U; 2DXC A; 1T0H A; 2ABL A; 1WPY A; 1ARK A; 5GAN d; 3CCL Q; 5GAM d; 1T3S A; 4J9C A; 4RTX A; 1YHQ Q; 1K9A A; 1H3Z A; 4NOY A; 2FEI A; 4J5Y A; 4C8Q B; 1YP5 A; 1OZ2 A; 3HHT B; 2IG0 A; 1YIJ T; 4F04 B; 3BE3 A; 3QII A; 1U8R A; 2D9T A; 2X4W A; 1KC8 C; 1WHJ A; 4HKE A; 1W1F A; 2AHJ B; 2Y4Y A; 2PVG B; 1Q82 C; 5KCO A; 4Z8A A; 4M75 D; 3CD6 Q; 4OB2 B; 1KQS S; 5D6W A; 5LJ5 h; 1VQ6 Q; 4ATO A; 4LDY A; 3CCL T; 1PWT A; 3QPH A; 2B86 A; 3S3M A; 1YHQ T; 4M4Z A; 2VB6 A; 5GAN 4; 3CCV Q; 3SWN B; 1WYX A; 5A0L A; 4UC4 A; 4KH0 B; 2OTL Q; 1G8X A; 2XIC A; 3JSC A; 2DK3 A; 4L59 A; 4M78 A; 3SB2 A; 1Y07 A; 4BUG A; 2YWW A; 3CC7 Q; 3CCS Q; 1QKW A; 3EH1 A; 3JCM J; 1M90 R; 4R55 A; 1AEY A; 1K9M C; 4Q5W A; 3I35 A; 1GFC A; 3JCM X; 2JS2 A; 1MMN A; 3OY9 A; 4EMH A; 1UGQ B; 4M7A C; 3CCM A; 2EJ9 A; 2DBM A; 2A37 A; 2F2X A; 3OYN A; 4E7K A; 1Q95 G; 2LC4 A; 1VQ6 T; 3M4Y A; 1VIE A; 1X27 A; 3L2Q A; 3UA7 A; 1GCQ A; 4KUL A; 1TOV A; 3RKY A; 4ELY C; 4C0G A; 2HKQ B; 5C0M A; 4AFS C; 1M2V B; 3X28 B; 3CCV T; 3CXC P; 1JXM A; 3P8B B; 3EFO A; 4GBQ A; 1K73 C; 1X6G A; 2F69 A; 3QDF A; 2CH4 A; 4FIB A; 1GRI A; 2K3X A; 3CC4 A; 2VUB A; 1QW1 A; 2EGA A; 3HFN A; 4MZP A; 1IGU A; 3CCS T; 1B34 A; 2RHU A; 3ZBD A; 3PT9 A; 3SWN C; 1DJ7 B; 5GMK l; 3JCM Q; 1M1K R; 2FG0 A; 2W10 A; 3MCA B; 3M0S A; 2K4Y A; 4GY5 A; 2YUP A; 4PKC C; 3J80 E; 1T0J A; 2MPX C; 5I11 A; 3F70 A; 2RNA A; 4JJN K; 1IRE B; 5A0G A; 1R77 A; 1VOM A; 4NL3 A; 3H0F A; 3OBW A; 5GAN 7; 3L2W A; 1HD3 A; 1NYG A; 2KMT A; 2CGH A; 1K0X A; 2C0I A; 4PJO E; 1MV0 B; 3O8V A; 4LUD A; 5GJW B; 4CI0 C; 2KYM A; 1NLO C; 3RNJ A; 2KXC A; 1P92 A; 2XDP A; 2QGG A; 4TVR A; 1LVK A; 2L3S A; 3EG0 A; 5KYW A; 3PIP A; 1UTI A; 2MAM A; 2O4X B; 1IZ6 A; 4BY6 C; 4DOV A; 2R5A A; 1FMW A; 4MZM A; 2LT4 A; 2P84 A; 2P4R A; 1D0Y A; 2KGT A; 4C92 G; 3BDL A; 4A4G A; 2CP0 A; 2XHC A; 1WXB A; 2GGR A; 1ZLM A; 1V76 A; 2EVR A; 1C0M A; 4LDV A; 3UWN A; 2GF7 A; 3A8M B; 4E7J A; 2DTH A; 5D6X A; 1WQ7 A; 2L3R A; 3VS1 A; 3VS4 A; 1E7O A; 1RI0 A; 2HD0 A; 2HSP A; 2KRS A; 4E7S A; 1D09 B; 2VXF A; 1MMA A; 1NLP C; 4E7L A; 3CXC A; 2JNG A; 4OVA A; 5LJ3 h; 3EGD B; 3AT1 B; 5IT9 E; 1UGR B; 4RCC A; 3CC2 Q; 3EGX A; 4F7U F; 4RUG A; 1Y96 B; 4C92 B; 1H3H A; 2RA2 A; 4M78 D; 3LGF A; 4BE1 A; 3H8Z A; 4J9G A; 1KHC A; 4C5E A; 1QVG P; 3EH2 A; 1I81 A; 2MIO A; 2DYB A; 4IUP A; 2PZ1 A; 3ME9 A; 1HXD A; 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1VQ8 Q; 1RAD B; 1FXX A; 1JO8 A; 2CZ6 B; 5LJ3 f; 4E7H A; 3DLL A; 3QHS A; 4Y28 E; 1VQ5 A; 4M78 F; 1GL5 A; 1N9S A; 3LH5 A; 1M2V A; 2F5T X; 1KQ1 A; 2JTF A; 2I2L A; 4X34 A; 3G71 A; 2DXT A; 3LX7 A; 3M55 A; 5GAM h; 3CPW A; 1R0C B; 1YJN Q; 1LPL A; 3CBP A; 1K8A R; 3CBM A; 5IN1 A; 1I07 A; 5HCK A; 1VQ4 A; 4LD6 A; 2AKK A; 3ZFJ A; 5GMK i; 1SRL A; 3PGG A; 4J9B A; 3EFS A; 1OV3 A; 5FRM A; 3E9F A; 2HZY A; 3OS2 A; 3OA6 A; 1NE8 A; 3LW5 E; 3TQ7 P; 3NFC A; 1UGS B; 3FJ5 A; 1M9S A; 2DM1 A; 3UT1 A; 3P8H A; 2K3Y A; 1WZO A; 4PFO A; 4IIO A; 3VUZ A; 3M9Q A; 2RQR A; 4RG2 A; 4FM4 B; 3URG A; 1MND A; 4KUI A; 5HK0 A; 2QA4 Q; 4KT0 E; 1JRI A; 3KXT A; 1GFD A; 4C8Q D; 2DEQ A; 4IIM A; 2V1R A; 1YBY A; 1IRX A; 2RHI A; 2O4X A; 4JJB A; 2E41 A; 1TTH B; 4J6Y A; 2P0Q A; 1SEM A; 4F16 A; 1B07 A; 4DOW A; 2EIF A; 5KYU B; 2CP7 A; 3GNG A; 1UUE A; 1PKS A; 2F2W A; 4HT9 A; 3I56 Q; 3CCQ T; 1VQO A; 2JTE A; 1JJ2 P; 4A4E A; 4C8Q E; 3CMA A; 2E1H A; 4E7I A; 4J7I A; 3V8K A; 2X4Y A; 3QYH B; 2JN0 A; 1MHN A; 2QA4 T; 5CK9 A; 2W0Z A; 4PK4 A; 3EGD A; 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