The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transcription
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molecule keywords |
U5 snRNA
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total genus |
8
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structure length |
72
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sequence length |
72
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2015-12-15 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
f | PF01423 | LSM | LSM domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO A; 5GAN 8; 5GAO q; 3JCM P; 1LOJ A; 4C8Q F; 1LNX A; 2DKG A; 4Y91 A; 5GAO m; 3RKX A; 1H64 1; 4HT9 A; 1N9S A; 3SWN C; 4C92 C; 3QO3 A; 3RIR A; 4C92 D; 4EMG A; 3RKW A; 2DVE A; 4EMK B; 3JB9 F; 5GAM e; 3L1A A; 4M78 F; 5I21 A; 2YLC A; 4M75 C; 4M75 D; 1U1S A; 3EFR A; 3INZ A; 3V7C A; 3V7R A; 3GIB A; 2FYK A; 2DJZ A; 3QUI A; 4M7A C; 5GAN f; 4M7A D; 4F7U F; 4PJO B; 5LJ3 f; 4PJO E; 4J6Y A; 2YLB A; 1N9R A; 4M77 A; 1I81 A; 2Y90 A; 4M77 G; 1TH7 A; 3HFO A; 4JLI A; 5GAN e; 3JCM e; 2DXT A; 5LJ3 e; 4NOY A; 1I4K 1; 2E65 A; 5GMK m; 3BDU A; 2RA2 A; 2RB6 A; 3FJP A; 2VC8 A; 3V8L A; 4M75 E; 1Y96 A; 2FB7 A; 4PJO G; 5LJ5 g; 3V8J A; 5GAM f; 4RCB A; 3SB2 A; 2DXU A; 4C8Q C; 4C8Q D; 4JUV A; 2VXF A; 5GMK i; 4M77 B; 5GAO p; 4M77 E; 3SWN A; 4C92 A; 4C92 G; 3JCM X; 3JB9 D; 4XU1 A; 3JCM c; 3VU3 C; 2CGH A; 2E1H A; 4M78 C; 4M78 D; 4M78 A; 5GAN 2; 4M75 A; 4M75 G; 4NL2 A; 2EWN A; 5LJ5 j; 5GAN 5; 3JCM Q; 3JCM f; 1Y96 B; 4OP0 A; 5GAM h; 2E10 A; 3HSB A; 4M7A A; 1JBM A; 4M7D F; 4M7A G; 2HNI A; 3JCM J; 4X9C A; 4F7U A; 5GMK l; 4PNO A; 5GAN d; 1WPY A; 2RD1 A; 4J6X A; 4XTX A; 4MML A; 4PJO F; 3BW1 A; 3L2Z A; 3SWN B; 4C8Q E; 4C92 B; 4QVD A; 4V2S A; 4C92 E; 2EJ9 A; 3QSU A; 2EJF A; 3RER A; 3M4G A; 4M78 B; 3V7S A; 4M75 B; 1LJO A; 1X01 A; 4M78 E; 4JRI A; 3JCM h; 5GAN h; 1D3B A; 2ZGW A; 5LJ3 h; 4XTV A; 4M7A B; 4EMH A; 3JCM b; 3JCM V; 5GAO n; 4M7A E; 4F7U B; 2VXE A; 1WNL A; 4C8Q A; 4F7U E; 4WF2 A; 4C8Q G; 1M5Q 1; 5GAM d; 3JB9 J; 2YHT A; 5GMK e; 3JCM W; 4DQ2 A; 5LJ5 f; 4N0A C; 2I2L A; 1WQW A; 4HA8 A; 4N0A A; 3JB9 G; 4M77 F; 2EAY A; 3V8K A; 1BIB A; 4M78 G; 4XU2 A; 2DZ9 A; 2QTX A; 3FB9 A; 4EMK C; 2K57 A; 5GMK h; 5GAN 4; 4RCC A; 1D3B B; 5LJ5 e; 2DTO A; 4X9D A; 1KQ2 A; 3RKY A; 5GMK j; 2EJG A; 2RM4 A; 4M7D C; 4M7D D; 2JN0 A; 1KQ1 A; 4F7U G; 5GAM g; 4M7D A; 4C8Q B; 3JCM d; 5GAN 7; 4XTW A; 5DY9 A; 5LJ3 d; 2DZC A; 4A54 A; 4PJO C; 4PJO D; 4J6W A; 4XTU A; 3BY7 A; 3QHS A; 4XTY A; 4QVC A; 1U1T A; 5CAI A; 3JB9 H; 4XQ3 A; 1MGQ A; 4C92 F; 1YCY A; 3EFS A; 3PGG A; 2DTI A; 5GAM j; 2E64 A; 3JCM g; 4XU3 A; 1B34 A; 4A53 A; 5GAN g; 3JB9 I; 5LJ3 g; 4M75 F; 4XTZ A; 4M7D B; 4NL3 A; 4M7D E; 4J5Y A; 1HK9 A; 4JRK A; 4M7A F; 1I5L A; 3AHU A; 2DEQ A; 4XU0 A; 5GAN 6; 1WQ7 A; 3RES A; 5LJ5 d; 4M77 C; 4M77 D; 3BFM A; 1M8V A; 1BIA A; 3RUX A; 4EMK A; 5GAN j; 5LJ3 j; 1B34 B; 3FIF A; 3HFN A; 2E41 A; 4M7D G; 1I8F A; 4HT8 A; 1HXD A; 4MMK A; 5GAN 3; 5GAO l; 5LJ5 h; 2DTH A; 5GAO r; 1JRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UE9 A; 1OZ2 A; 1Y7X A; 2CH4 W; 3CCM T; 2GQV A; 4M78 F; 2EFI A; 4BE0 A; 2DD4 A; 1OV3 A; 2NWM A; 4IUP A; 4QVZ A; 3GPL A; 4PJO E; 1KSW A; 3A8O B; 3UT1 A; 1G3T A; 1JQQ A; 4CC4 B; 4JLI A; 3G4S Q; 3CC4 A; 4O6J A; 5ECA A; 1WHH A; 1VQ7 T; 2IG0 A; 2B8A A; 4K11 A; 3VU3 C; 3CCM A; 2KRS A; 3L42 A; 1NEG A; 1O75 A; 2X9H A; 5CK9 A; 3JCM Q; 1WFW A; 2RH2 A; 3HRU A; 2E10 A; 4A4G A; 2OAU A; 4X9C A; 2O9V A; 1ZA2 B; 2A3L A; 3CME T; 1QCO A; 4J9B A; 1QVG P; 3OYJ A; 2QA4 T; 2PVO B; 2BTT A; 1FWZ A; 4WF2 A; 4N0A A; 4KUD K; 3URG A; 1VQK T; 1RAG B; 4LUE A; 4FSS A; 1PRL C; 4FYY B; 4E7H A; 1XQH A; 3M0R A; 4BDY A; 2VGM A; 4XTW A; 2QDL A; 8AT1 B; 3CME A; 1TUC A; 2ED0 A; 3TSW A; 3ASK A; 3H0I A; 2QQ9 A; 2F5K A; 4FT4 A; 2X3X D; 2QA4 A; 1LCK A; 2E64 A; 4OMP A; 4A4F A; 4AMC A; 1AZG B; 4ZGD B; 4JRK A; 2DMO A; 4M7A F; 3L2V A; 4F17 A; 3EGX A; 4IIM A; 2C06 A; 1RAC B; 2CH4 A; 3E2U A; 4EMK A; 5GAN j; 3KBG A; 3FIF A; 3SDZ A; 4GLK A; 1X2Q A; 1X6B A; 3OYY A; 2BZ8 A; 1VQN T; 3VS2 A; 2BE7 D; 1W70 A; 3QO3 A; 1UB4 A; 2H3E B; 4AG2 C; 2JOY A; 1MMG A; 4RTV A; 2LNV A; 1M8M A; 1YFN A; 2WAC A; 4DBR A; 3GIB A; 3THK A; 4M77 A; 3LYI A; 1NJI C; 3HFO A; 4PLL A; 3CC2 T; 3LX7 A; 3A8M B; 4AG1 C; 3LW5 E; 3CC7 Q; 2MOX A; 1YBY A; 2DBM A; 3ME9 A; 3JCM X; 5IXB A; 3JRZ A; 1M1G A; 1OU8 A; 2CUD A; 2C0I A; 2LCS A; 1QLY A; 2CT3 A; 5LJ5 j; 2DK3 A; 3EFO B; 5KH6 A; 3M0Q A; 2HDA A; 5A2Q E; 2LX7 A; 3BW1 A; 3L2Z A; 2FPF A; 2K3Y A; 3CCJ T; 2LNH B; 3M4G A; 1QVF A; 2DF6 A; 4M78 E; 1D3B A; 1VYT A; 2YRC A; 2CZ0 B; 1VQP Q; 1K8A U; 2HKQ B; 1T3L A; 4C8Q A; 2EYY A; 2YUQ A; 4C0Z A; 3PTA A; 2E70 A; 1QQJ A; 1YIT T; 2DLP A; 4RCC A; 5HK3 A; 1YIJ Q; 3O8V A; 3GBQ A; 4GLM A; 2KYM A; 4BDZ A; 1U1T A; 3GLX A; 2X4Y A; 1W2B S; 2M9U A; 2A36 A; 2DTI A; 5GAM j; 3I5R A; 1U8R A; 1YI2 T; 2EQK A; 4F14 A; 2DL5 A; 2MAM A; 3X20 B; 3QBY A; 1YIT A; 3U23 A; 3KXT A; 5IXF A; 1JRI A; 1PWT A; 4JJN K; 2RI2 A; 4KT0 E; 1VQM T; 1YHQ T; 2AK5 A; 2ZZD A; 1UDL A; 1KQS P; 1ABO A; 2DJQ A; 3CCL Q; 1YI2 A; 2ZPI B; 5I22 A; 1PHT A; 1SEM A; 1I81 A; 4HVW A; 2MF2 A; 2CZ6 B; 1D0Y A; 3OQ5 A; 1X2K A; 2HQH A; 2L3R A; 2M51 A; 1PCX A; 1G3S A; 3GOX A; 5FLX E; 3V8J A; 5GAM f; 1ZBX A; 3I56 Q; 1YHQ A; 3JCM c; 1QWF A; 2WSE E; 3OYA A; 2RHI A; 2FVU A; 3JV3 A; 4KGV B; 5GMK l; 2KAF A; 2JJ9 A; 1AWO A; 2EJF A; 1MV0 B; 2OI3 A; 3CQT A; 5HY6 A; 4PJN A; 4M7A B; 2OTJ Q; 3HRS A; 4N4I A; 2KR3 A; 3EH2 A; 4LDV A; 1WZO A; 5FU6 B; 1KD1 U; 2QEX A; 5M9O A; 3L2U A; 2R58 A; 4QW2 A; 1X69 A; 3EG2 A; 4ANJ A; 1VQ5 T; 4AT1 B; 1JJ2 A; 4GY5 A; 2MPX C; 3G6E Q; 1YJN T; 4M7D D; 4D8D A; 4F7U G; 5DY9 A; 3QJ6 A; 2DZC A; 3X25 B; 3CCS Q; 4XTU A; 3OMC A; 4JJB A; 4RTX A; 2RJC A; 1M3A A; 3GF5 A; 1XJW B; 1ZBJ A; 2JTE A; 2EIF A; 3AHU A; 3G1J A; 5I2M A; 4M77 D; 4DEX A; 4X34 A; 2ATC B; 2D6F A; 2F2W A; 5LJ3 j; 2LCL A; 2QDY B; 1EIF A; 1VQ5 A; 4MDW A; 2VB6 A; 1OPL A; 4OB3 B; 2HBP A; 2HKN A; 4OB1 B; 2KXC A; 3EG1 A; 3ER0 A; 1M4Z A; 2C0O A; 4HT9 A; 3RKX A; 3LGF A; 3OYH A; 1RL2 A; 3OY9 A; 4AFZ C; 2V1Q A; 2KE9 A; 2OX7 A; 3OA6 A; 2MYS A; 1AVZ C; 2J06 A; 1H92 A; 1WHJ A; 2D1X A; 2V26 A; 3JCM e; 1K0X A; 2CSQ A; 1KQS A; 2CP2 A; 2RA2 A; 2VUB A; 2VC8 A; 3EFO A; 5KYN A; 2C0T A; 4OB2 B; 4L59 A; 3CMA Q; 4R56 A; 4C8Q D; 1I0C A; 4R55 A; 2H3J A; 2RHU A; 2PNI A; 2KSS A; 3CCQ T; 1TTH B; 1PKS A; 1X6O A; 4P5N A; 1SG5 A; 1WI7 A; 2P4T A; 1GBQ A; 2LVM A; 3JAM E; 4N4G A; 5LL6 S; 2RI3 A; 5CQX A; 2RQU A; 1Z9Z A; 4RTY A; 4OML A; 1WGS A; 4L6V 5; 2R5A A; 3C95 A; 3D7S B; 2DPP B; 3JB9 J; 4IUU A; 2RHZ A; 2I2L A; 1ACM B; 3OBW A; 1I1J A; 4EMK C; 1QW1 A; 3CCE A; 4C0D C; 4KUL A; 2CP6 A; 2CKK A; 4M7D C; 3M54 A; 2KYB A; 4B9X A; 4IUQ A; 2HMA A; 2JVV A; 2LQK A; 3JB9 H; 2K79 A; 4JS5 A; 5FW9 A; 2GF7 A; 2YXY A; 3FJ5 A; 2X4J A; 2XDP A; 2XIC A; 3I9Q A; 3OYM A; 1WQ7 A; 2ZPH B; 1EFN A; 1SHG A; 4M77 C; 2VVK A; 1BYM A; 2PQW A; 1BI1 A; 4E7S A; 2ROL A; 3OYI A; 4M7D G; 1HXD A; 1MMN A; 5A0L A; 2M0O A; 3FRN A; 3OB9 A; 2NYS A; 1G83 A; 1ZSZ B; 3MO8 A; 1W2B P; 2FZC B; 1ZHI A; 1JB0 E; 3JB9 F; 2L8D A; 2DRM A; 2E3I A; 3CBM A; 2QGG A; 4NS5 A; 2RO0 A; 3IQL A; 1M1K U; 2KBT A; 4BI4 A; 1E7O A; 4DOW A; 4A4E A; 1IHW A; 2A7Y A; 3CCV T; 1GFD A; 5CKF A; 4Z8A A; 3CC4 Q; 1OUL A; 2Y90 A; 4M77 G; 3S3N A; 1VQL T; 3CCR A; 4J9C A; 3CXC S; 4PJJ A; 1RAA B; 3GNG A; 3H8Z A; 3OYE A; 4IUT A; 2COZ A; 2K3B A; 1GRI A; 2DXU A; 4FT2 A; 3SB2 A; 4C8Q C; 5GAO p; 4M77 E; 3A8L B; 5FRM A; 4RG8 A; 2JNG A; 1G5V A; 2VWF A; 4M7A A; 2EQM A; 4XTX A; 3CCU A; 2XD0 A; 4V2S A; 5FWB A; 2CT4 A; 2LJ0 A; 1WNL A; 4C8Q G; 5J26 A; 4KUI A; 1ZUY A; 2DXC A; 3LWH A; 1OOT A; 4ZGJ B; 2YDL A; 5GAN 4; 3S3M A; 2P0P A; 4X9D A; 3RKY A; 3TEE A; 4PLI A; 1UGQ B; 2DIG A; 1UHF A; 1OX9 A; 1I07 A; 1B07 A; 4FM4 B; 1K8A R; 2QQA A; 3QXE B; 3M0S A; 4C92 F; 2CRE A; 3VV0 A; 1WLP B; 4Z89 A; 1K4U S; 3TVT A; 1FYN A; 1RAB B; 5J39 A; 3UAT A; 4FU6 A; 5KYW A; 4R0K A; 2BIV A; 4DBH A; 2G3R A; 4JZ4 A; 4PFP A; 2E41 A; 2K7A A; 2LC4 A; 3PMI A; 5IHI A; 4Y91 A; 1ZX6 A; 3NMZ C; 1M27 C; 2D9T A; 2HAX A; 1MMD A; 2VGN A; 4J9I A; 4ELZ C; 4J7F A; 2MK5 A; 3KFV A; 1VQO A; 4C0F A; 2OTL Q; 1MND A; 2HL5 C; 3Q1J A; 1UEB A; 1C6V X; 2J05 A; 4PK4 A; 1GCQ A; 4PJO G; 2K2M A; 4HCB A; 1C0M A; 4JUV A; 4FCY A; 2LCC A; 3CEY A; 1S72 T; 1X6G A; 4M78 D; 1IB8 A; 1RAI B; 1ZQ1 A; 1WPY A; 2FEI A; 2GTO A; 2K6D A; 2E4H A; 1OEB A; 2KK4 A; 1U06 A; 1YJW T; 3H0H A; 1VQ8 Q; 2HCK A; 4LXC A; 1Y71 A; 3JCM h; 3MP1 A; 2ZGW A; 4L5G A; 2DL8 A; 4XTV A; 2GGR A; 3JCM V; 5GAO n; 3CPW A; 2YHT A; 4LN2 A; 1QMC A; 3LH0 A; 1S72 A; 5CKH A; 2K57 A; 1B7T A; 1ZSG A; 4J9G A; 2DL4 A; 1KQ2 A; 1H3Z A; 1ABQ A; 2JTF A; 2JN0 A; 1AWJ A; 3I5S A; 2CZ1 B; 3VS6 A; 2Y4Y A; 3G71 T; 1Q86 U; 2EQJ A; 1NG2 A; 1M1F A; 1YJW A; 5D6Y A; 5FWC A; 1YCY A; 1KD1 R; 2RHY A; 4ELY C; 5I2S A; 1AWW A; 4HXJ A; 5GAN g; 2F5T X; 4M75 F; 1VQ7 A; 1G3Y A; 1T3S A; 2ED1 A; 1ZSZ A; 2CP0 A; 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4A4K A; 3QZ5 B; 2XG8 D; 2R5M A; 2P84 A; 1Q95 G; 2QYZ A; 3OS5 A; 2HQX A; 4HKE A; 3RUX A; 1QVG A; 3LH5 A; 2KMT A; 4BI3 A; 2V8I A; 3C94 A; 5GAO l; 1WJS A; 4E7I A; 5GAO r; 4N4H A; 2COY A; 3CCJ A; 4JRP A; 1N8R U; 2DD5 A; 3TRE A; 2QAS A; 1PD0 A; 2J7I A; 3INZ A; 3RNJ A; 5FRO A; 4M7A C; 2DL7 A; 2ZPG B; 3PIO A; 1J3T A; 2ROT A; 1K0S A; 3MEV A; 5FU6 C; 2RPN A; 2FZK B; 3QWX X; 2KNB B; 1OZ3 A; 1Q7Y U; 4NOY A; 3GNF B; 4IUR A; 3PT9 A; 4M75 E; 2XI9 A; 4BI8 B; 3QII A; 1M1K R; 2P0Q A; 2AZS A; 2DET A; 3MPU B; 4PL6 A; 5GMK i; 1T0J A; 2CP3 A; 3EHR A; 2HQE A; 3H9N A; 1KHI A; 1VOM A; 2EWN A; 2HSE B; 3P8D A; 4M7A G; 2AKL A; 2PTK A; 3AT1 B; 5EC7 A; 2BZY A; 3R6N A; 2DVJ A; 4QVD A; 1DJ7 B; 2ZPF B; 3SWN B; 4OMN A; 3QSU A; 3ZL7 C; 2EW3 A; 3H0F A; 4M75 B; 1UGS B; 3M58 A; 2EQI A; 5DM7 R; 4EMH A; 3JCM b; 4M7A E; 1RLQ C; 4QQG A; 1VQM A; 1X43 A; 1KG1 A; 3CCE Q; 1HJD A; 4XU2 A; 5IHK A; 1D0X A; 2IIM A; 2LJ1 A; 2O4X B; 4F16 A; 4E7K A; 2RM4 A; 2O01 E; 2HEQ A; 4A54 A; 4J6W A; 4QVC A; 3QHS A; 2QK0 A; 4E6R A; 3CC7 T; 3M55 A; 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