The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
|
structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| total genus |
19
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ7 Q; 3OW2 P; 1VQO Q; 3G71 Q; 1JJ2 P; 1NJI R; 1YJN Q; 3CC2 Q; 1M1K R; 3CCQ Q; 1KQS P; 1VQ5 Q; 1VQ8 Q; 1YIJ Q; 3G6E Q; 3CCM Q; 1K8A R; 1VQM Q; 1K9M R; 3CCS Q; 1YJW Q; 3G4S Q; 1Q82 R; 1W2B P; 3CPW P; 1KD1 R; 1Q86 R; 1KC8 R; 3CCR Q; 2OTJ Q; 3CCL Q; 3I55 Q; 1VQ6 Q; 3CC4 Q; 3CD6 Q; 1QVF P; 1S72 Q; 1N8R R; 1VQ9 Q; 1YI2 Q; 1VQL Q; 3CCU Q; 2QA4 Q; 3CXC P; 1VQP Q; 1YIT Q; 2QEX Q; 1QVG P; 3CCJ Q; 1K73 R; 1M90 R; 1VQ4 Q; 3CCV Q; 1YJ9 Q; 3CME Q; 1YHQ Q; 3CMA Q; 1Q7Y R; 2OTL Q; 1VQK Q; 3I56 Q; 3CC7 Q; 1VQN Q; 1Q81 R; 3CCE Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N4G A; 2E70 A; 2DX1 A; 4M75 D; 2DJQ A; 1UEC A; 5CR2 A; 2XKO C; 2C0O A; 2J6F A; 2JVV A; 1WFW A; 2LCC A; 3A5Z B; 5KYX A; 1YN8 A; 4AFZ C; 2EKH A; 3CD6 Q; 4ESR A; 4OMO A; 1B34 B; 1VUB A; 2EYW A; 4YTL A; 5LJ5 g; 2CZ0 B; 4M78 C; 2DBK A; 2DXC A; 2KT8 A; 2YUP A; 2F2X A; 2YLC A; 2QEX T; 3SDZ A; 1RAA B; 3G6E Q; 4PJJ A; 3M0R A; 2DVJ A; 2BE9 B; 4XTY A; 3EG0 A; 5HK3 A; 3CCL Q; 2GFA A; 1UTI A; 1S1N A; 2DA9 A; 4DBF A; 2D8J A; 3CC2 A; 4EPC A; 2ZCF B; 2HL3 A; 3P8D A; 4MDW A; 3MJX A; 4M78 E; 2A28 A; 3HP9 A; 1WPY A; 4DBH A; 1G3T A; 5LJ5 e; 2QDL A; 3X24 B; 1VQL A; 4PJO B; 1QWF A; 2DIQ A; 1YP5 A; 1TUG B; 3TCJ A; 1NPR A; 4J5Y A; 1AOJ A; 1YI2 Q; 1B7T A; 2XID A; 3QZ5 B; 4J6X A; 3CCQ A; 1H8K A; 3VS0 A; 1KC8 C; 1W6X A; 5J3B A; 3CMA Q; 1ZSG A; 4J6Y A; 5HK0 A; 5GAO q; 3KBG A; 4QVC A; 2COZ A; 2YRV A; 2CYZ B; 4CC3 A; 4IUU A; 1U1T A; 5KCH A; 3OYN A; 1MMG A; 2I2L A; 1I8F A; 2HZY A; 4J9B A; 1Y96 A; 4HT9 A; 2KRO A; 3RBB B; 1BI0 A; 2YXY A; 2K3B A; 4FIB A; 1YJW T; 3VS7 A; 4C8Q G; 1TH7 A; 2M02 A; 4FYX B; 5FU6 B; 3V7R A; 4E7S A; 2SRC A; 2KSS A; 2CH4 A; 3MEW A; 1JO8 A; 3L2W A; 1IRE B; 1VQ4 A; 2YSQ A; 1E7O A; 4Z02 A; 4M4Z A; 1I07 A; 2LQ8 A; 2DO3 A; 2VYT A; 1NEG A; 2YLB A; 3CCM T; 1G2B A; 4NL2 A; 2R58 A; 2AIR B; 5A0D A; 3U23 A; 1QVP A; 4BI3 A; 1PKS A; 1VQP T; 4C8Q A; 4HT8 A; 2O88 A; 4M7A E; 5CK9 A; 2OTL A; 1WYX A; 5GMK m; 1VQ7 A; 3RDV A; 4J9H A; 4M7A B; 1YJN T; 5GMK h; 4E6R A; 1G3S A; 2KQW A; 4ZNX A; 1X6G A; 2MYS A; 1NM7 A; 2V8I A; 1LVK A; 2E41 A; 3CCR T; 2E12 A; 3PE0 A; 1VQ4 Q; 2M0O A; 1S72 T; 3PT9 A; 1RAG B; 2O01 E; 2YDL A; 1VQ8 Q; 1I0C A; 3M54 A; 3CCJ A; 2E6N A; 3M53 A; 1D0X A; 5D6X A; 1VA7 A; 2DEQ A; 3O5Z A; 5LJ5 f; 2QXF A; 1WQW A; 4DBQ A; 3SHW A; 3JB9 D; 3REA B; 2Z0W A; 1UHC A; 2OTL Q; 4OB3 B; 1QMC A; 2FPE A; 1VQ7 Q; 1AWX A; 4CRI A; 5AT1 B; 4MZP A; 1AVZ C; 4RTX A; 1UJY A; 5GAM d; 1K9M C; 1OX9 A; 3MP8 A; 3OQ5 A; 1ABQ A; 3PIP A; 4M77 G; 5L8R E; 2DVE A; 4M75 C; 2RD1 A; 4B9W A; 4GBQ A; 1WJQ A; 2ESW A; 1OYX A; 5GAO l; 4RTU A; 3QJY A; 2KGT A; 3C95 A; 1YJ9 T; 2RJF A; 4FU6 A; 2QAZ A; 4RTT A; 3CC7 A; 2AHJ B; 4ORZ A; 3JRZ A; 1YCY A; 4M7D D; 1BCM A; 3I9Q A; 5CKD A; 2OAW A; 4HKE A; 5A0G A; 1NYG A; 3A8G B; 4M75 E; 3VV0 A; 2DXT A; 2HMA A; 3GNF B; 4BE0 A; 3KFV A; 2CDT A; 3GPL A; 1BB9 A; 4C5I A; 2FRW A; 2H8H A; 4M77 A; 3OYI A; 3URG A; 1QVG A; 2XHC A; 2DL8 A; 2V26 A; 2CT3 A; 3GNG A; 2FPD A; 2DK3 A; 2GCX A; 1WHJ A; 1D1C A; 4DQ2 A; 2HQH A; 2PUK B; 3JB9 F; 3I55 T; 1SRL A; 4QQ6 A; 5FW9 A; 1OX8 A; 2GFU A; 1PKT A; 5GAM j; 3HHT B; 3RKX A; 4OML A; 1ZX6 A; 1PSE A; 5GAN 7; 3OW2 S; 5CKH A; 2D0N A; 2ZZD A; 4GLM A; 1VQ5 T; 1NPP A; 3OS2 A; 2L8D A; 4F7U F; 1M3A A; 2MF2 A; 3FJ5 A; 3QHS A; 3MP1 A; 2O4X A; 2L3P A; 2OAU A; 2GTO A; 4J9C A; 1JEG A; 4FL6 A; 4J7I A; 2XDB A; 2RA2 A; 3VYG A; 1G3Y A; 3L2Q A; 1W1F A; 3MO8 A; 2ZAE A; 4FW1 A; 2BZ8 A; 1Q82 R; 4D8D A; 2A0F B; 4FT4 A; 1UDL A; 2CP0 A; 2KRM A; 2JM9 A; 2VWF A; 2VVK A; 2V1Q A; 1BKB A; 3ME9 A; 1Q95 G; 2DF6 A; 5KYY A; 2RHX A; 3QII A; 4AMC A; 4XK8 E; 5KYW A; 3GP8 A; 1ZUU A; 2K57 A; 2X9H A; 2OTJ A; 1LCK A; 2AKK A; 2J6K A; 1Q86 U; 1D3B B; 1NG2 A; 4RUG A; 1QCO A; 2CS7 A; 4E7I A; 3OMC A; 1SSH A; 3FB9 A; 3EGD A; 3FIF A; 3EH2 A; 2DAQ A; 2G3R A; 2ED0 A; 3CBP A; 4C8Q E; 1NLP C; 3VKI A; 5D6W A; 1GRI A; 3TRE A; 1KD1 U; 2E5K A; 4WCI A; 1U1S A; 4C8Q B; 1Q82 C; 3OYL A; 4L6V 5; 2EYQ A; 2EPD A; 3G4S A; 1AZE A; 2F1L A; 1CKA A; 4Z88 A; 2MWO A; 4LNP A; 4XTV A; 2DTI A; 1RLP C; 2DEU A; 5GAN d; 1EFN A; 1VQN A; 4M78 A; 4JPB W; 2DIL A; 1IO6 A; 4JS5 A; 1YIJ T; 3DB3 A; 4JRI A; 5LL6 S; 1GL5 A; 4KUI A; 1K73 R; 4C5G A; 4LDU A; 1BI3 A; 2COW A; 2KYM A; 2HEQ A; 4RTW A; 2R5M A; 4A4G A; 2EVR A; 2KE9 A; 1TOV A; 4KH0 B; 3CCU A; 5IXB A; 2X3W D; 4LUD A; 2JS2 A; 3JCM V; 1OZ2 A; 4J8O A; 3AHU A; 1MND A; 2FVU A; 2QGF B; 2O2O A; 1PD1 A; 2XG8 D; 2CP6 A; 3PFS A; 1H92 A; 4ZGJ B; 5LJ3 h; 1W2B A; 1T0J A; 4IKF A; 3LYI A; 5KYU B; 5GAN g; 2DFU A; 3FDR A; 4RTY A; 2L89 A; 3A8O B; 1NJI U; 3M0U A; 4OMQ A; 2EYY A; 4M7D C; 9ATC B; 1MUZ A; 2ZPG B; 2PU9 B; 1X6B A; 3CC2 T; 4AT1 B; 2MMP A; 1M3B A; 3LW5 E; 4JRK A; 2HBP A; 2VXE A; 1UUE A; 3A98 A; 2MWP A; 3MKD A; 4PJM A; 1FWZ A; 3M0P A; 1VQL T; 1QVF A; 2CP3 A; 1K73 C; 2K5F A; 1AT1 B; 2EIF A; 1KG1 A; 3I56 T; 2PNI A; 1KHI A; 1UHF A; 1VQK A; 3RKW A; 4M77 E; 3CCE A; 2F2V A; 1UGP B; 5A2Q E; 3CCQ T; 4C92 B; 3MEA A; 2YWW A; 3ZFJ A; 4M77 B; 2JMC A; 1BIA A; 4OMP A; 3HRT A; 3QKJ A; 3FEO A; 3CPW A; 3JV3 A; 1Y07 A; 6AT1 B; 2DER A; 3O8V A; 3PVL A; 1TUC A; 1HD3 A; 1YIT T; 3S6W A; 1OI1 A; 4ME7 A; 4PJO F; 1AEY A; 1WHH A; 2RJD A; 2DM1 A; 4Z8A A; 3G71 T; 1VQO A; 5FRN A; 3QYG B; 2QTX A; 4RTV A; 2JN0 A; 3DKM A; 4OP0 A; 1VQK Q; 2HNI A; 1WGS A; 1EZZ B; 3OW2 P; 3KXT A; 2QA4 T; 3VYH B; 4LE9 A; 1VQ5 Q; 2QG9 B; 3C94 A; 5GMK e; 4JS4 A; 1TSF A; 3SFM A; 2K9G A; 3G1J A; 2K5I A; 1WQ7 A; 5FRO A; 2O4X B; 3H8Z A; 1C6V X; 3M57 A; 1M90 R; 3QWX X; 2BZX A; 2L0A A; 3CD6 A; 1LOJ A; 2E3I A; 3FRN A; 5LJ5 d; 3NGP A; 3OBY A; 2B86 A; 4M75 G; 3WVD B; 4A4K A; 3QYH B; 2K2V A; 3J81 E; 1K8A U; 1OEB A; 5GAN 4; 1T0H A; 3JCM b; 5GMK i; 3L2V A; 5KYY B; 3LGL A; 1K0S A; 1WDX A; 5EG2 A; 4IUP A; 3G6E A; 5KYW B; 3JCM W; 1C0M A; 3SB2 A; 2KAF A; 3CCL A; 3BY7 A; 2LJ0 A; 2JTM A; 1D1A A; 2D0Q B; 3CCJ T; 1B07 A; 3G7Z A; 2KVQ G; 3JCM P; 1KC8 R; 4M75 A; 4M7A F; 3S3O A; 4CI0 C; 1VQM T; 5I2M A; 3EGD B; 2OI3 A; 2KMT A; 4KUL A; 2K4Y A; 5GAN f; 2DKG A; 4IIM A; 4A53 A; 1YHQ Q; 4FM4 B; 2E4H A; 3A8H B; 2CSQ A; 4V2S A; 3H9N A; 1ZLM A; 4AFQ C; 1H64 1; 1K1Z A; 2QK0 A; 1YI2 A; 1MV3 A; 2NLU A; 5GAN 6; 1M90 C; 5CQX A; 2RK2 A; 2QQR A; 2PQW A; 4ZTJ A; 1AHJ B; 1AWW A; 2DYB A; 2RN8 A; 3CMA A; 4E7J A; 4HCC A; 2RJE A; 3L2U A; 1VQ6 Q; 3GIB A; 3RNJ A; 1V29 B; 5KE2 A; 1XTD A; 4WTO B; 2XDD A; 1X01 A; 3CBO A; 7AT1 B; 2P84 A; 4WF2 A; 4A4H A; 4EMH A; 5LJ5 j; 3LH0 A; 2VB6 A; 2EGE A; 2PVG B; 2RH2 A; 3UT1 A; 2M1H A; 1ZSZ C; 2I0N A; 2K2M A; 2QQB A; 4M78 B; 4TVR A; 1Q7Y U; 3MP6 A; 2V1R A; 2VC8 A; 2A36 A; 3CXC S; 1IHV A; 1EX4 A; 4XAX B; 3CC7 T; 3CCS Q; 1X2K A; 1BI1 A; 4BDY A; 1FMW A; 1V1C A; 2NUT A; 2EYZ A; 1MMN A; 4R0K A; 5IXF A; 3PMT A; 2ZPH B; 1TUD A; 4QW2 A; 2XDP A; 3RKY A; 4OMM A; 3PMI A; 5IAY A; 2RNA A; 3NMZ C; 1RI9 A; 4DOV A; 2DYI A; 1QP2 A; 3BDU A; 1M8M A; 3EG1 A; 5A0L A; 4HCB A; 4PK4 A; 3E9F A; 1QP3 A; 2K5L A; 3JCM c; 4F04 B; 4E7L A; 1RAF B; 4C0G A; 4PFP A; 1WHK A; 1Q81 R; 1UGQ B; 2RO0 A; 1RI0 A; 1VQ9 T; 4ATO A; 2YUN A; 2RHZ A; 2G6F X; 1AWJ A; 2O31 A; 3X20 B; 1X75 C; 3BFM A; 2FZC B; 2K79 A; 4BB7 A; 5CKF A; 2EW3 A; 4L5G A; 1VQ8 A; 3M0T A; 2IVW A; 1BCO A; 3CCV Q; 4JLI A; 3LX7 A; 1WIE A; 3I35 A; 3M4G A; 3EFO A; 3JB9 J; 3V8L A; 2LCS A; 2M16 A; 1K9M R; 4E7H A; 1YWP A; 1I1J A; 1WLP B; 2DLP A; 4QKU A; 3VUB A; 1Y57 A; 2CZ6 B; 3UA6 A; 3CC4 Q; 2JT4 A; 4KGX B; 2KXD A; 3RES A; 4NS5 A; 1ZA2 B; 3JCM X; 4LN2 A; 2LTO A; 1N8R U; 3JB9 G; 4BUG A; 2DPP B; 2NUP A; 3TU4 K; 2KK4 A; 2KRS A; 4N4H A; 2E3H A; 3GLX A; 4LXC A; 3CME T; 2OTJ T; 1Q81 C; 3NTI A; 3V8K A; 5CIU A; 4ELY C; 2YUQ A; 2DJZ A; 3NPF A; 2RQV A; 5C6S A; 3I5R A; 3NFC A; 3SWN C; 5EC7 A; 4OGC A; 3NTH A; 4Q5W A; 2DRK A; 4AG2 C; 1GCQ C; 1SKU B; 2C06 A; 1Z9Q A; 3X26 B; 2LNV A; 3EHQ A; 4RTZ A; 2PUO B; 4J9F A; 4F16 A; 4XU0 A; 5AYF A; 1NZ9 A; 2YT6 A; 1ZQ1 A; 3A8L B; 2MOX A; 3RMS A; 5LJ3 g; 4HVW A; 4EMK C; 1F1B B; 4J7F A; 1TXQ A; 4M7D G; 4IIO A; 3G4S T; 1QQJ A; 1U06 A; 4A4E A; 4DEY A; 3UWN A; 4JJD A; 3Q1J A; 3OYE A; 3AT1 B; 2DL3 A; 3CBM A; 1VQN T; 3UPU A; 4BI4 A; 4FT2 A; 3MET A; 3OW2 A; 1H3H A; 2X4J A; 5LJ3 e; 3M58 A; 2HQX A; 4C8Q F; 3JB9 H; 3LH5 A; 2IIM A; 2RMO A; 2LJ1 A; 2EKO A; 3HRS A; 2DXB A; 5KYX B; 4M7D A; 3N5B B; 3CCU T; 4M75 B; 1I81 A; 4JRP A; 4D8K A; 2JS0 A; 3VRZ A; 1OZ3 A; 1XQH A; 1YNZ A; 3WXM B; 1Q86 R; 1U8R A; 4C92 D; 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1TTH B; 3EFO B; 2CZ7 B; 1ZBX A; 1D09 B; 3S3M A; 3V8J A; 2VXF A; 1VQP Q; 2FZG B; 1ZHI A; 3T9N A; 4EMG A; 2H3E B; 3PIO A; 4R56 A; 2D8H A; 3CD6 T; 5M9O A; 3SEM A; 2WAC A; 1YJN Q; 3MCA B; 4BE2 A; 4J9E A; 2K6D A; 2J6O A; 1KFZ A; 3OYA A; 1X27 A; 1UGV A; 2ZPI B; 3CCR Q; 4XU2 A; 2NUP B; 4E7K A; 1VYV A; 2K7A A; 1S72 Q; 2BE7 D; 1UFF A; 3OSS C; 3JCM e; 4X34 A; 2EQM A; 4RMO A; 2J7I A; 1WXB A; 2LX9 A; 2DET A; 2LMJ A; 4PFZ A; 4M78 D; 3C0C A; 5DM7 R; 3FJP A; 2XU8 A; 1IGQ A; 2CH4 W; 1VOM A; 2GQI A; 2JTF A; 4N4I A; 4PJO D; 5FWB A; 1WJR A; 1NJI C; 1M8V A; 4C5H A; 4PKC C; 4C0Z A; 4OMN A; 2L3S A; 1D1B A; 4O6J A; 5L23 A; 5C0M A; 3D7S B; 3MHX A; 3EG9 A; 1ZSZ A; 4HVU A; 2BTT A; 2KRN A; 5DLO A; 2X35 A; 2HDA A; 4PLI A; 1YI2 T; 4FYW B; 4IUR A; 1K0X A; 1LPL A; 3OYJ A; 2RI3 A; 2P4T A; 3CMA T; 1JQQ A; 4DBR A; 1QCN A; 1NBE B; 2C0I A; 3HSB A; 2QYZ A; 1ZA1 B; 5FWC A; 2KEA A; 2MCN A; 4AFU C; 4A63 B; 3OYG A; 1Y7X A; 2BIV A; 4N0A A; 1YJ9 Q; 3CEY A; 1E6H A; 3SD4 A; 3I55 A; 4PJN A; 5GAN j; 4XTZ A; 2L2P A; 5IT9 E; 2R5A A; 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