The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
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| total genus |
19
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCS Q; 3CMA Q; 1YJ9 Q; 1K9M R; 1YIT Q; 1N8R R; 3G4S Q; 3CCU Q; 1M90 R; 3CC4 Q; 2OTL Q; 1Q86 R; 1K8A R; 1K73 R; 1VQN Q; 3OW2 P; 1Q7Y R; 3CPW P; 1VQ4 Q; 3G6E Q; 1VQ6 Q; 2OTJ Q; 1KD1 R; 1YHQ Q; 1YJN Q; 1NJI R; 1S72 Q; 3G71 Q; 1QVG P; 3CME Q; 1KC8 R; 1KQS P; 1VQ9 Q; 1YIJ Q; 3CC2 Q; 1VQP Q; 3CC7 Q; 1JJ2 P; 1VQ5 Q; 3CCL Q; 1VQ8 Q; 3I56 Q; 3I55 Q; 3CCE Q; 3CD6 Q; 3CCJ Q; 1VQ7 Q; 1M1K R; 1VQL Q; 1QVF P; 3CCR Q; 1Q81 R; 2QA4 Q; 1VQO Q; 3CCQ Q; 3CCM Q; 1W2B P; 1VQM Q; 1YJW Q; 3CXC P; 1YI2 Q; 1Q82 R; 1VQK Q; 3CCV Q; 2QEX Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYY A; 2EGE A; 5C0M A; 1WFW A; 2NUT A; 3S6W A; 3EHR A; 2RMO A; 2MWP A; 1M1F A; 1U06 A; 1YFN A; 1UTI A; 5I22 A; 1YCY A; 4A4K A; 4XTY A; 1M1K U; 5A0D A; 4ATO A; 4FW2 A; 2VVK A; 1YHQ T; 1G3S A; 1K8A C; 4LDX A; 1ZSZ A; 4JJD A; 3UT1 A; 4LD6 A; 2DL8 A; 2C0O A; 2LT1 A; 3TSZ A; 1B07 A; 3KXT A; 1AZG B; 2D8J A; 3L2Q A; 4NL2 A; 3X24 B; 1TG0 A; 1FMW A; 2O2O A; 2YRV A; 2LRQ A; 3A1P A; 5IXB A; 2NUP A; 2X9H A; 4B9W A; 3I56 A; 3GOX A; 4NS5 A; 2LCS A; 4HCC A; 1LJO A; 1VQ9 T; 3E9F A; 5GAO p; 2A0F B; 1Z9Z A; 2M02 A; 1ZUY A; 4XU0 A; 1AHJ B; 3M58 A; 1EFN A; 5J39 A; 3M5A A; 4N0A A; 5GAN 2; 1GRI A; 3OYE A; 3PVQ A; 1EX4 A; 2RO0 A; 2EIF A; 2JMC A; 1ZX6 A; 5KYU B; 4DEX A; 2KK4 A; 2L3S A; 1KG1 A; 1D3B B; 1WYX A; 2DPP B; 4ORZ A; 2QDY B; 3EFS A; 5LJ3 h; 4X9D A; 3D7S B; 2K79 A; 5KH6 A; 4JS5 A; 2O4X B; 4J9D A; 2QGF B; 1E6H A; 2DXC A; 3CME Q; 4P5N A; 2JW4 A; 4OB0 B; 3TEE A; 2IVW A; 4MDX A; 1IRE B; 4KT0 E; 2Z0W A; 2HQX A; 2PNI A; 1IHW A; 3BDL A; 2GNC A; 1IHV A; 4C8Q E; 2JN0 A; 3CBM A; 2L3Q A; 2BE9 B; 4HCZ A; 1X6G A; 1NG2 A; 1M9S A; 1MUZ A; 3G6E Q; 1WJR A; 2L89 A; 1UG1 A; 1YJN A; 3E1S A; 1UUE A; 3CMA T; 2H3J A; 4OP0 A; 2DFU A; 4OMO A; 5IHK A; 4M7A D; 4AFZ C; 2QQA A; 3I5R A; 2AKL A; 4J6X A; 3LH5 A; 3EG1 A; 5KYX B; 2L8D A; 4D6W A; 3G4S Q; 1VQ4 A; 3CC4 Q; 3QXE B; 3QJ6 A; 5CQX A; 1MHN A; 2ENM A; 2QQ9 A; 1RAH B; 3ER0 A; 2D1X A; 1VQP A; 3C4S A; 3FC3 A; 2LDM A; 3G4S T; 1TXQ A; 3CC4 T; 1Q82 U; 4X1V A; 3OYI A; 3CCE Q; 2NUP B; 2YLC A; 3NHN A; 1ZSZ C; 3PT9 A; 2AKK A; 3CCV Q; 2A7Y A; 1ZUK A; 3FDR A; 3LGF A; 2G6F X; 3CCE T; 1AD5 A; 4QVC A; 2HD0 A; 3URG A; 1MMD A; 2YLB A; 2ZPH B; 1RI0 A; 2KE9 A; 3AT1 B; 2BE7 D; 2EFI A; 3MET A; 1Q86 C; 3G1J A; 4DA4 A; 1YJW A; 2E12 A; 2GFA A; 3FLG A; 3MHX A; 2ZPE B; 4M7D A; 1OPL A; 3H9N A; 1VQ6 A; 1K1Z A; 2CRE A; 1BCM A; 1D0Z A; 1WNL A; 5D6X A; 1UGR B; 3P8H A; 4PJO E; 4OF1 A; 1BU1 A; 3THK A; 3M59 A; 2RM4 A; 2HAX A; 2RN8 A; 5HK3 A; 4PJO G; 4N0A C; 1C6V X; 2HDA A; 1N27 A; 4PFP A; 1FMV A; 5DM7 R; 3L2U A; 4HT9 A; 3GNF B; 5CK9 A; 2O9V A; 3OYN A; 3GF5 A; 2EKH A; 1M90 R; 2KRS A; 2FO0 A; 1KQS A; 1WHJ A; 4AT1 B; 1SSF A; 3OSS C; 2CP3 A; 1OOT A; 3G71 Q; 2V26 A; 3CC2 A; 3CCU T; 1BK2 A; 4V2S A; 3CC7 A; 2DTH A; 5ECA A; 3FEO A; 5FU6 B; 4E7S A; 3FJP A; 5GAM h; 1M1K R; 1K8A U; 1BIB A; 3OBY A; 3A5Z B; 2QK0 A; 4KBM B; 3OA6 A; 1LNX A; 3L2Z A; 3PIO A; 3HRT A; 3SD4 A; 4LDY A; 4UC4 A; 5GAO q; 3F70 A; 2O31 A; 2KYM A; 4RUG A; 1NM7 A; 1S72 A; 2KRN A; 3RBB B; 3R6N A; 2FZK B; 2L2P A; 5FU6 C; 1BKB A; 2AZS A; 3QDF A; 3MKD A; 1KQS S; 3CCM A; 3H0H A; 2W10 A; 4E7L A; 3RER A; 1OEB A; 3JB9 J; 4E7J A; 1VQK A; 3JB9 F; 3ZEH A; 2YT6 A; 2DE0 X; 1QVG A; 2J6O A; 4CI0 C; 5DLO A; 4LNP A; 1UGQ B; 4Y91 A; 1YI2 T; 2IPO B; 1PC0 A; 3M0T A; 4WTO B; 2LQW A; 1ZHI A; 2J7I A; 4X34 A; 1VQ5 A; 4JJB A; 3H6Z A; 1K0X A; 1JQQ A; 2DAQ A; 2VXF A; 2FL7 A; 1BI3 A; 1DJ7 B; 3VU3 C; 5GAO n; 1OX8 A; 3T9N A; 5CKH A; 2AIR B; 2YDL A; 3DKM A; 3CCJ T; 4D8D A; 1QQJ A; 5FU7 B; 3L2R A; 4M7D B; 2LT4 A; 4LD9 K; 1YN8 A; 3EGU A; 1LPL A; 3PE0 A; 2JVV A; 1MMN A; 4XU3 A; 4LXC A; 1U8R A; 2EQI A; 2RJF A; 4C92 E; 2WAC A; 1Y7X A; 1QVG S; 1VIF A; 2RB6 A; 4XTU A; 4IUU A; 3X20 B; 4C92 G; 3M55 A; 1SRL A; 2ED0 A; 5FU7 C; 4J8O A; 4M7D C; 2XMF A; 3JAM E; 4RG8 A; 4Y92 A; 4KRT A; 1RAF B; 5GAN 7; 2X35 A; 1VIE A; 1RLQ C; 3QSU A; 3QKJ A; 4K11 A; 5IXF A; 1GL5 A; 3CD6 Q; 4F17 A; 1T0J A; 1G3T A; 2R5A A; 2E10 A; 3JCM f; 3JCM c; 1OU8 A; 4CC7 A; 3LGL A; 1QP3 A; 4J9H A; 1N6A A; 3P8D A; 3CCS T; 3VYG A; 1I8F A; 2RJD A; 4ZTF A; 5CKF A; 5LL6 S; 1FYN A; 1JXO A; 3I55 Q; 2KDS A; 1OI1 A; 5KYN A; 2PUO B; 4BAC A; 1KC8 C; 2LC4 A; 4A4E A; 4E2F B; 5LJ5 h; 3G7Z A; 1NZ9 A; 1G3W A; 1PG5 B; 2F2V A; 4HT8 A; 2LJ0 A; 2LCC A; 1CSK A; 2RK1 A; 3JCM Q; 3OYM A; 4BI8 B; 5FWC A; 3Q1J A; 4L6V 5; 4PJO A; 1GFC A; 2Y4X A; 1GBQ A; 1Q86 U; 1WDX A; 3ME9 A; 1MNE A; 2HMA A; 2QEX Q; 4BDZ A; 2PVG B; 4KGX B; 4LUE A; 3DB4 A; 3INZ A; 3S3M A; 1PKT A; 1TU0 B; 3MCA B; 1KSW A; 2XKO C; 2LVM A; 4VUB A; 1KQ1 A; 5DLQ E; 7AT1 B; 1J3T A; 4C8Q B; 3S3N A; 3JCM X; 2DTI A; 5HY6 A; 1M5Q 1; 4OVA A; 2CKK A; 3EG9 A; 3PMT A; 1KK7 A; 2DXB A; 2A3L A; 2WSC E; 1SHG A; 1CKB A; 3JCM J; 4II1 A; 4JLG A; 2ESW A; 4BD3 A; 2OTL Q; 2CUB A; 4M75 B; 2I0N A; 1O75 A; 2XDP A; 4FL6 A; 3MPU B; 1N5Z A; 4C5I A; 1YIJ A; 2VAS A; 4JRP A; 2C06 A; 1M4Z A; 1XTD A; 3CXC A; 2D8H A; 2VYT A; 3CCR Q; 1ABQ A; 2P84 A; 1E6G A; 1HYO A; 5KYW A; 1Y0M A; 2DKG A; 3MEW A; 1UJ0 A; 3N5B B; 2XD0 A; 2YUQ A; 2DBK A; 2K5L A; 2FRW A; 4ZNX A; 2QDL A; 4BY6 B; 1X6O A; 2D6F A; 3V7S A; 4FYY B; 2OTJ Q; 5GAN 5; 2XU8 A; 3GIB A; 2LQN A; 2EYW A; 4HCK A; 2CDT A; 2L5Q A; 5L8R E; 3L2V A; 4PLL A; 2EVR A; 3SHW A; 3CCQ A; 1AT1 B; 4M78 E; 4BY6 C; 1Y07 A; 3E2U A; 1M1G A; 3CXC S; 1X75 C; 3CBO A; 2JUF A; 4J6Y A; 1AWW A; 4OB1 B; 4ZGD B; 1GXI E; 2KVQ G; 5J26 A; 4E7K A; 5GJW B; 2M9U A; 3JCM e; 3OBW A; 2LZ6 B; 2QA4 A; 1G3Y A; 4PJO B; 2M1H A; 3VUB A; 4C92 A; 4LDV A; 1BCO A; 2QG9 B; 4PNO A; 4J9C A; 4N4G A; 2FVU A; 4HVU A; 5GAN h; 3AHU A; 3FIF A; 2FZG B; 3JV3 A; 5GMK e; 3GNG A; 5CKB A; 2DM1 A; 3OYB A; 4C0D C; 2OAW A; 1RAG B; 2NWM A; 2VKN A; 4J7F A; 3RIR A; 3EG9 B; 1Q7Y C; 1TUG B; 2DL3 A; 3JCM P; 4PJO C; 1VQM A; 4HA8 A; 3JB9 D; 1JU5 C; 1YNZ A; 5I21 A; 5LJ5 g; 4Z02 A; 1WZO A; 1LCK A; 4HKE A; 3WVD B; 4AFQ C; 5IAY A; 2L3P A; 1TWB A; 3ZBD A; 1TSF A; 1HSQ A; 5CQY A; 3A8H B; 1UHF A; 1VQO A; 2JM9 A; 1KQ2 A; 2DZ9 A; 1Q81 R; 1M3B A; 2KSS A; 4MZT A; 1IGQ A; 5I2M A; 3JCM g; 3V7R A; 5KYW B; 2BKD N; 2LX7 A; 2BUD A; 3OB9 A; 2DRK A; 1YHQ Q; 1AOJ A; 4N4I A; 3IQL A; 1MMA A; 3BW1 A; 1UEC A; 3M56 A; 1VQ8 Q; 4XTV A; 2QYZ A; 2E1H A; 1OUL A; 4OMF B; 2HL5 C; 3UF4 A; 2BIV A; 3QO3 A; 2E64 A; 4PJN A; 1VQ8 T; 1SHF A; 5KE3 A; 4Q5W A; 1U5S A; 1KC8 U; 5LJ3 j; 2EGA A; 5LJ3 f; 3CPW P; 1WHG A; 1KD1 R; 5CR2 A; 2DXU A; 2RH2 A; 4WCI A; 4C8Q D; 1VQ9 Q; 2ABL A; 4XK8 E; 1UJY A; 2LJ1 A; 5CAI A; 5KCO A; 1QKX A; 1V76 A; 1C0M A; 3EG0 A; 5GAN 6; 2OI3 A; 3LYI A; 3I56 T; 1T0H A; 3NPF A; 4XAX B; 2PZ1 A; 1Y96 A; 5J3B A; 1BIA A; 1RAD B; 1VUB A; 3EH2 A; 4KGV B; 1VYU A; 4M75 D; 1NEG A; 3JB9 G; 5IH2 A; 4BE0 A; 1K4U S; 1RAE B; 2ZGW A; 1S1N A; 2PUK B; 1H64 1; 2DET A; 1ACM B; 1AEY A; 4BI4 A; 2KRM A; 3L2W A; 3V8K A; 4ZGE B; 3CEY A; 2XIC A; 4C92 C; 2KNB B; 2O9S A; 1TH7 A; 4LUD A; 2KXD A; 3M0Q A; 3LX7 A; 1UB4 A; 2B86 A; 3EGX A; 2DVJ A; 3E9G A; 4RTW A; 2CP5 A; 2K3Y A; 1W4S A; 1Y71 A; 2R58 A; 3HP9 A; 4QQ6 A; 3M0P A; 4AG1 C; 3CMA Q; 2Y90 A; 2DER A; 5CCA A; 1SF9 A; 2QAS A; 2RA2 A; 2GQI A; 4JS4 A; 2DF6 A; 3RES A; 4N4H A; 5IHI A; 2A37 A; 4M78 A; 1PM3 A; 2NUT B; 3CME A; 5GMK i; 2FPD A; 2FG0 A; 1PCX A; 2CH4 W; 1K9M C; 4PJJ A; 1YJN T; 4HCB A; 4JRI A; 2BZX A; 2QQS A; 4QVZ A; 2H8H A; 5KYY A; 1JRI A; 1ZSZ B; 2JXB A; 2J6K A; 4EMG A; 2RI2 A; 4EMK C; 3G6E A; 5GAN 8; 1SPK A; 4Y28 E; 4M77 D; 4JZ4 A; 4PL6 A; 2YUO A; 2F5K A; 3CQT A; 1OX9 A; 1WHM A; 3C94 A; 3C12 A; 1VQ4 T; 4J7I A; 2GTJ A; 1QWF A; 8AT1 B; 1JO8 A; 4MDW A; 2ZCF B; 4BE1 A; 2DEQ A; 5D6W A; 2YHT A; 1VQP T; 2EPD A; 4FCY A; 4QKU A; 2X4Y A; 4L59 A; 4QVD A; 4LDW A; 1Y96 B; 4F04 B; 2LQ8 A; 2KEA A; 5GAM j; 5GAM f; 2XDD A; 1FX7 A; 2QAZ A; 3J7A F; 4A63 B; 2KQW A; 5L23 A; 5LJ3 e; 3TSW A; 1Q7Y U; 3CCV A; 1R77 A; 5LJ5 d; 1YJ9 Q; 3QYG B; 1YJW T; 4GBQ A; 4JJN K; 3UAT A; 2HBP A; 2MMP A; 1YJ9 T; 1G83 A; 3LWH A; 2KAF A; 1NYF A; 3EGX B; 3M0R A; 1VQ6 T; 3VRY A; 1D09 B; 1JXM A; 2VWF A; 2CH4 A; 3JCM d; 2E70 A; 3CPF A; 4J6W A; 1JBM A; 4M7A E; 1RUW A; 3RKY A; 2DVE A; 2RPN A; 3KBG A; 2DO3 A; 4J9G A; 2HQH A; 3FB9 A; 3CCU Q; 3EAE A; 4M7A G; 2MIO A; 2MYS A; 1WPY A; 4IIO A; 1F1B B; 2LP5 A; 4GLK A; 2JJ9 A; 4RTT A; 2RI5 A; 1K76 A; 4IUP A; 4M7D F; 2RHX A; 5CKE A; 2JM8 A; 4M78 B; 2DYB A; 3OY9 A; 1PWT A; 5DY9 A; 4JJC A; 4QQD A; 3S3O A; 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3CCS Q; 5C6S A; 2RJC A; 2IIM A; 2K2M A; 1KHI A; 5IN1 A; 1VQN Q; 2YUP A; 4TVR A; 3I5S A; 2JTF A; 5IT9 E; 4M75 F; 4JDS A; 2K5F A; 3PIP A; 1VQN T; 2KRO A; 3CD6 A; 4JUV A; 4HVV A; 4BI3 A; 2EAY A; 1UGS B; 1M90 C; 5GMK j; 1R0B G; 4OGE A; 2ATC B; 2EQK A; 1Q82 R; 3BE3 A; 2KXC A; 3JCM b; 4GLM A; 4FT4 A; 3RKX A; 3HRU A; 2KI7 A; 2A08 A; 4RTY A; 2E41 A; 4J5Y A; 2K3B A; 1ZBX A; 2VUB A; 5GAM g; 2K3X A; 3VS4 A; 3I55 A; 4J9B A; 1JJ2 P; 1M27 C; 2E6N A; 2GQV A; 1VQ7 A; 2XID A; 1OV3 A; 2FZC B; 2RQU A; 2C0T A; 1ZQ1 A; 4PK4 A; 4KH1 B; 2DRM A; 3SWN C; 3VV0 A; 3UDC A; 2CP7 A; 1XNI A; 1AZE A; 2IG0 A; 4CC3 A; 2ZPG B; 3MEA A; 1OZ2 A; 1ZA1 B; 4M7A A; 4QT7 A; 1H8K A; 1M30 A; 4IUT A; 3QWX X; 4EDU A; 1KIK A; 3CCL A; 2LNV A; 1H92 A; 2C0I A; 3J80 E; 2QEX A; 4DBF A; 1PNJ A; 4LDU A; 1B34 A; 2RHU A; 1U1T A; 1WHL A; 5AT1 B; 4L5G A; 1KHC A; 4PJO F; 4IUQ A; 2E4H A; 1SKU B; 1X2K A; 2QTX A; 1ZBJ A; 2NUZ A; 4M77 F; 2DNU A; 2VC8 A; 2X3X D; 1PSF A; 2PVD B; 5KCH A; 3JB9 I; 2XG8 D; 3OYA A; 1YIJ T; 2WSE E; 2ZAE A; 5LJ3 d; 1WJS A; 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