The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
EDIIVVALYDYYSPFSWDLSFQKGDQMVVLEESGEWWKARSLATRKEGYIPSNYVARVDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformation of the Dileucine-Based Sorting Motif in HIV-1 Nef Revealed by Intermolecular Domain Assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein Nef
|
| molecule tags |
Viral protein, protein binding
|
| source organism |
Hiv-1 m:b_arv2/sf2
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| total genus |
12
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2011-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AWJ A; 1I0C A; 2ROL A; 3M0T A; 3EGU A; 1AWX A; 1A0N B; 2DVJ A; 3RBB B; 2KEA A; 1QKX A; 2D0N A; 2DA9 A; 5IH2 A; 2F2W A; 1X27 A; 2KNB B; 2FRY A; 1OPL A; 1WFW A; 2JTE A; 1OV3 A; 2PTK A; 2CSQ A; 1I1J A; 1WYX A; 1JEG A; 3VRZ A; 3EG0 A; 1SRL A; 2RQW A; 4F14 A; 4Y92 A; 1VYT A; 4ZNX A; 4LN2 A; 2KRM A; 2KYM A; 2YUQ A; 2V1Q A; 2HEQ A; 3RNJ A; 1PWT A; 1AEY A; 2JMA A; 1RUW A; 4LE9 A; 2EGE A; 1SHG A; 3LH5 A; 2O88 A; 1CSK A; 1AZE A; 1V1C A; 5FWC A; 2KT1 A; 2YSQ A; 1N5Z A; 3QWY A; 1PHT A; 2RQT A; 4OML A; 1ARK A; 2FRW A; 2J6O A; 2HDA A; 1UFF A; 1VYU A; 1T3L A; 2AKK A; 2ED0 A; 4M4Z A; 1MUZ A; 5ECA A; 4HCK A; 4AFS C; 2SRC A; 4RTW A; 4AFU C; 2KXD A; 1GBQ A; 4IIO A; 3VS6 A; 1H92 A; 2DX1 A; 2MOX A; 3I9Q A; 2FEI A; 1E6G A; 2QDL A; 4WCI A; 1ZUU A; 4OMO A; 1UHF A; 1K1Z A; 4RTU A; 1ZX6 A; 2EPD A; 2KR3 A; 1YN8 A; 2DYB A; 1PNJ A; 3H41 A; 2KRN A; 1J3T A; 2JMC A; 1KIK A; 3R6N A; 5FW9 A; 2DBK A; 2DNU A; 3VS7 A; 4HXJ A; 2RN8 A; 3EHQ A; 1HD3 A; 1JO8 A; 1NYF A; 2LMJ A; 2EYZ A; 2O9S A; 1U3O A; 1E7O A; 3JV3 A; 1YWO A; 1U06 A; 1NG2 A; 2L2P A; 1K0X A; 3ULR B; 4ORZ A; 4HVW A; 2LQW A; 4AFZ C; 1QLY A; 2P4R A; 2ECZ A; 2C0I A; 2LJ3 A; 4Z8A A; 1M3B A; 2CT4 A; 2VKN A; 4LNP A; 1B3Q A; 2CH4 W; 4E6R A; 2SEM A; 2YUO A; 4CC7 A; 1ZUK A; 2J6F A; 2RQR A; 4JJD A; 1TUD A; 1M3A A; 4RTT A; 1OOT A; 3H0H A; 1Y57 A; 4F17 A; 2YUP A; 3VS5 A; 3CQT A; 4OMN A; 2DRK A; 2YT6 A; 2LJ1 A; 1JXM A; 2DM1 A; 3M0Q A; 2K7A A; 2PNI A; 4J9E A; 2GGR A; 1W1F A; 2GTJ A; 1FYN A; 1T3S A; 2IIM A; 1BU1 A; 1GFC A; 1SEM A; 3EG1 A; 3VS0 A; 1M8M A; 1X6B A; 2CH4 A; 4RTZ A; 1YCS B; 2DMO A; 1WXT A; 3VS3 A; 1CKB A; 2D1X A; 3M0P A; 1BBZ A; 2DL3 A; 5I22 A; 2GNC A; 2L3S A; 2F2X A; 1BB9 A; 1GCQ C; 1GL5 A; 1CKA A; 2E5K A; 2EYX A; 1H3H A; 2HBW A; 2C0O A; 1SRM A; 4HVV A; 3UA7 A; 1BK2 A; 3GBQ A; 3VS1 A; 2EVR A; 3QWX X; 2JW4 A; 2NUZ A; 1ZUY A; 2K3B A; 4JJC A; 1M27 C; 1WX6 A; 1Z9Q A; 2H8H A; 2EKH A; 2DL8 A; 1B07 A; 1K0S A; 1AWO A; 1QWE A; 2RQV A; 4RTX A; 1KJW A; 1YWP A; 3H0F A; 1OEB A; 4F16 A; 1NEG A; 2BZY A; 2EYY A; 3REB B; 4KRT A; 1QWF A; 1X43 A; 1S1N A; 1ABQ A; 2GTO A; 4X1V A; 1XOV A; 3M0S A; 2EW3 A; 2K6D A; 1W70 A; 2CUD A; 1X2Q A; 2DJQ A; 3IQL A; 1PKT A; 4R0K A; 4J9B A; 4LUE A; 2ROT A; 1SPK A; 2RPN A; 2KYB A; 5IHN A; 2HCK A; 3EHR A; 2LCS A; 1HJD A; 2EQI A; 2W0Z A; 4JPB W; 1GFD A; 5IHK A; 2FPD A; 3FJ5 A; 3ZL7 C; 1PRM C; 2DL4 A; 2KT8 A; 4DEY A; 3TSW A; 2DIL A; 2VWF A; 2KBT A; 3NGP A; 1X2K A; 2K9G A; 4OMQ A; 1K76 A; 2EYW A; 1M3C A; 1UGV A; 2FG0 A; 2BTT A; 3EG2 A; 2CSI A; 2G6F X; 1AVZ C; 1U5S A; 2O9V A; 4ESR A; 2A08 A; 2RNA A; 2KRO A; 3VS2 A; 4EIK A; 3SEM A; 5GJV B; 1M30 A; 2J06 A; 1G83 A; 3M0U A; 1WA7 A; 3NPF A; 4CC3 A; 1KFZ A; 3TVT A; 2LQN A; 5I11 A; 1AZG B; 1X69 A; 2OJ2 A; 1QKW A; 2AK5 A; 1LCK A; 2KGT A; 1K4U S; 1IO6 A; 1H8K A; 1E6H A; 2BZ8 A; 2RQU A; 4CC2 A; 2PZ1 A; 1NEB A; 2A36 A; 1T0J A; 3M0R A; 3UF4 A; 4AFQ C; 3H0I A; 2YUN A; 2NWM A; 1SHF A; 2F2V A; 2RMO A; 1AOJ A; 4RTV A; 1KSW A; 2CT3 A; 5FWB A; 4HVU A; 1JXO A; 1WXU A; 3KFV A; 2DL5 A; 2JT4 A; 1PRL C; 2O31 A; 4J9G A; 1YNZ A; 1YP5 A; 2LZ6 B; 2J7I A; 4D8K A; 1UG1 A; 4Z88 A; 1X6G A; 2D8H A; 2XMF A; 3EG3 A; 3THK A; 3NMZ C; 1NLP C; 1OPK A; 3U23 A; 3I5R A; 2X3X D; 1GRI A; 1RLQ C; 3A98 A; 2DRM A; 5GJW B; 1VYV A; 4DEX A; 1NYG A; 2B86 A; 3REA B; 2KE9 A; 1WXB A; 5IXB A; 2V1R A; 2M0Y A; 1TG0 A; 3PE0 A; 1UJ0 A; 2DL7 A; 1W6X A; 2A37 A; 2FPE A; 2YDL A; 1UE9 A; 1RI9 A; 1WLP B; 4A63 B; 4FSS A; 2OAW A; 5IXF A; 2DBM A; 2AZV A; 1WI7 A; 1HSQ A; 4J9F A; 4Z89 A; 1UUE A; 1QCF A; 1JU5 C; 1Z9Z A; 2M51 A; 4AG2 C; 2K2M A; 3PVQ A; 2JXB A; 2OI3 A; 4RTY A; 5IHI A; 2HSP A; 2FPF A; 2JM8 A; 4J9H A; 4K11 A; 1AWW A; 4QT7 A; 1MV3 A; 1SSH A; 4LUD A; 2CUB A; 3SHW A; 5EC7 A; 2DE0 X; 1ZLM A; 1MV0 B; 2EBP A; 2A28 A; 2K79 A; 1PKS A; 4J9D A; 3UA6 A; 3VS4 A; 1I07 A; 2RF0 A; 4GBQ A; 2VVK A; 4J9I A; 3O5Z A; 2EGA A; 2DLP A; 2ESW A; 4OMP A; 2GBQ A; 2J05 A; 3I35 A; 2I0N A; 2O2O A; 4JJB A; 2BZX A; 1K9A A; 1UTI A; 4RUG A; 2ED1 A; 4GLM A; 2JS2 A; 2ENM A; 3C0C A; 2AKL A; 1ZSG A; 1GCQ A; 3PVL A; 1VA7 A; 2W10 A; 2JM9 A; 1Y0M A; 2EGC A; 5HCK A; 2FO0 A; 1UHC A; 2AZS A; 3VRY A; 1UDL A; 2LP5 A; 2L3Q A; 4CC4 B; 2C0T A; 4OMM A; 1FMK A; 2D8J A; 1G2B A; 2CRE A; 2GQI A; 2ABL A; 1ZBJ A; 2J6K A; 4JZ4 A; 2L0A A; 1EFN A; 2L3P A; 1GCP A; 3UAT A; 5L23 A; 2JS0 A; 1NM7 A; 1AD5 A; 2MCN A; 1WDX A; 4D8D A; 4JZ3 A; 1UJY A; 2DF6 A; 3NHN A; 1GBR A; 4J9C A; 1UEC A; 1RLP C; 2CDT A; 1WIE A; 1JQQ A; 4AG1 C; 1NLO C; 3I5S A; 3TSZ A; 2LX7 A; 2MIO A; 2KXC A; 4IIM A; 2X3W D; 2LNH B; 1T0H A; 2KRS A; 2LJ0 A; 1ABO A; 1TUC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1O75 A; 1HK9 A; 2ROL A; 4M7D C; 3OYY A; 3M53 A; 1Q86 C; 2HKN A; 3JCM W; 5IH2 A; 1RAC B; 2RB6 A; 2LDM A; 5CAI A; 1YCY A; 1N27 A; 3GIB A; 5KE3 A; 4JRQ A; 2FRY A; 3QII A; 2JTE A; 3CCE A; 1OV3 A; 2QA4 T; 3QYG B; 5GAN 5; 2O4X B; 1OZ2 A; 2NLU A; 3I55 Q; 3EG0 A; 4X9C A; 1S72 Q; 1ZQ1 A; 4OVA A; 4ZNX A; 5GAN 3; 2KYM A; 1VQ4 A; 1G8X A; 1PWT A; 1AEY A; 1K73 U; 4PNO A; 2QQR A; 4JLG A; 2EGE A; 1SHG A; 2EIF A; 3LH5 A; 3LYI A; 2QI2 A; 1AZE A; 1Y71 A; 2PVO B; 3JB9 I; 3JCM g; 3QWY A; 4ZGJ B; 3OSV A; 2ZCF B; 4PJJ A; 2ZGW A; 1UFF A; 1VYU A; 4C5G A; 2XD0 A; 4M7D G; 4C5E A; 3OQ5 A; 4M78 C; 2JJ9 A; 5GMK i; 2AKK A; 2ED0 A; 4M4Z A; 5LJ5 h; 2D6F A; 4IUT A; 4KT0 E; 5ECA A; 4HCK A; 1YIJ Q; 3JCM X; 1GBQ A; 4IIO A; 4GY5 A; 3VS6 A; 2MAM A; 2DK3 A; 1H92 A; 2FEI A; 1E6G A; 2YLC A; 2RHU A; 4KUL A; 1WPY A; 1WJR A; 1K1Z A; 1ZX6 A; 4B6M A; 1M9S A; 1VQP Q; 1NE8 A; 1OX8 A; 3MJX A; 1J3T A; 3CXC A; 2JMC A; 3MEW A; 2HQX A; 3G4S Q; 1R77 A; 4TVR A; 1LOJ A; 2VV5 A; 2KAF A; 5CKE A; 1RAH B; 2X9H A; 1EIF A; 1TS9 A; 2DEU A; 2AT1 B; 2LMJ A; 4A53 A; 1TTH B; 8AT1 B; 5GMK j; 2DKG A; 1KQ2 A; 5J3B A; 3L42 A; 5KYX B; 2O9S A; 1U3O A; 4BI4 A; 1ZSZ A; 3JV3 A; 1NG2 A; 3ULR B; 3CMA Q; 4ORZ A; 4HVW A; 2LQW A; 4A4K A; 1D3B A; 1NJI R; 5GMK l; 1Y96 B; 2LJ3 A; 1M3B A; 5AT1 B; 1VUB A; 3ZBD A; 2VKN A; 3CCL A; 4IUP A; 2V8J A; 3L1A A; 1OU8 A; 2RQR A; 2DTI A; 2GFU A; 4RTT A; 2DYI A; 4J8O A; 3H0H A; 2E3H A; 3OYA A; 3VS5 A; 1VQP T; 4R56 A; 1NJI C; 4OMN A; 3OYF A; 3NFC A; 4KGV B; 3E19 A; 2E65 A; 4ANJ A; 4XAX B; 1MMA A; 4DBR A; 4XU0 A; 4XTX A; 4RTZ A; 1QCO A; 2R58 A; 4OP0 A; 3VS3 A; 2DER A; 1CKB A; 1IRX A; 2YXY A; 3AT1 B; 5IT9 E; 4KBM B; 4MZM A; 1VQ5 Q; 4YTL A; 5LJ5 e; 3ZEH A; 3D7S B; 3LGF A; 3JB9 J; 1BB9 A; 4BY6 B; 3CMA T; 2E5K A; 2HBW A; 1UEB A; 3J80 E; 3UA7 A; 4RKU E; 1Q86 U; 5CKF A; 1W2B S; 3GBQ A; 4BB7 A; 3VS1 A; 4QVD A; 2QEX A; 1Z9Q A; 2JTF A; 2EKO A; 2ZAE A; 1K0S A; 1AWO A; 1QWE A; 1VQ8 A; 3MET A; 2DAQ A; 1KJW A; 1YWP A; 2BZY A; 1D1A A; 3VKI A; 4HCC A; 3REB B; 2KMT A; 3MP1 A; 1X43 A; 2CZ7 B; 1S1N A; 3QJ6 A; 4JRI A; 3GNG A; 8ATC B; 4PJL A; 4IUV A; 2KQW A; 3FB9 A; 1X2Q A; 2DD5 A; 2HSE B; 4J9B A; 1M5Q 1; 3JSC A; 3EGD B; 5CK9 A; 3SDZ A; 1KK7 A; 2HCK A; 4EMG A; 4JPB W; 2HBP A; 2FPD A; 3FJ5 A; 5KE2 A; 1QW1 A; 1VOM A; 4QW2 A; 2AHJ B; 2MPX C; 1PRM C; 4DEY A; 4F7U G; 3C94 A; 2K5L A; 2YLB A; 1VQ5 T; 1K76 A; 2FG0 A; 1M3C A; 4FM4 B; 4MZP A; 1VQN A; 3S3O A; 2G6F X; 2HZY A; 4ESR A; 3CD6 Q; 4EIK A; 2XDB A; 4M77 F; 2K4Y A; 4M7A E; 3M0U A; 1FXX A; 4CC3 A; 5I11 A; 4MDW A; 2AK5 A; 4PLI A; 5CKD A; 1H3Z A; 1K4U S; 1IO6 A; 2E12 A; 2A0F B; 1E6H A; 3CCS A; 2QGG A; 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3I35 A; 2QYZ A; 2HNI A; 3CME Q; 1UTI A; 2YWW A; 1YIT Q; 2C06 A; 3RDV A; 5GMK m; 2E64 A; 4ELZ C; 1UGP B; 2ZPI B; 2FO0 A; 2AZS A; 2A3L A; 1IXD A; 1XTD A; 3KBG A; 3HFN A; 2CZ0 B; 2CRE A; 3TCJ A; 1ZBJ A; 1K73 R; 1EFN A; 3HKS A; 3JB9 G; 3JCM P; 3HTR A; 3H8Z A; 4C92 G; 3L2R A; 5CIU A; 3ASK A; 5FU6 C; 2MCN A; 1YI2 Q; 1W2B A; 1HYO A; 2L89 A; 4M7A G; 4PJO F; 3GPL A; 3MEA A; 1SF9 A; 2OTL Q; 4DOV A; 3CCV Q; 2CDT A; 3JCM f; 1YJW A; 1JQQ A; 1K73 C; 1PSF A; 4LD6 A; 4J6W A; 4IIM A; 1N6A A; 1ABO A; 1BI2 A; 3L2V A; 4M7A A; 4BDY A; 3EGU A; 2DEQ A; 1RAA B; 1A0N B; 4M7D B; 2DZC A; 1D0Y A; 1QKX A; 2DA9 A; 4J83 A; 2KNB B; 3EFS A; 2PUO B; 4N0A C; 1H64 1; 5HK0 A; 2K3X A; 2X35 A; 2CSQ A; 1WYX A; 1JEG A; 1RAD B; 3VRZ A; 4M77 D; 2QG9 B; 4M7D E; 1VYT A; 3V8L A; 3N5B B; 2V1Q A; 3RNJ A; 4MZT A; 3CC7 Q; 3FDR A; 3HSB A; 3DLM A; 2JMA A; 3PIO A; 3CPF A; 3MP8 A; 4OGE A; 4XU2 A; 2QQA A; 1CSK A; 5FWC A; 3GOX A; 5GAM h; 1R0B G; 1ARK A; 2DO3 A; 3MKD A; 2FRW A; 3SFM A; 2E6N A; 2DJZ A; 2HDA A; 4C8Q D; 1ZSZ B; 3CCV T; 1G3T A; 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