The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
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Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EKH A; 4JZ4 A; 1YCS B; 2D8J A; 4CC7 A; 2A36 A; 2C0T A; 4HCK A; 2ENM A; 1M3C A; 1E6H A; 2W10 A; 1ARK A; 2ESW A; 3TSW A; 2RQW A; 1BK2 A; 4D8D A; 4LE9 A; 4HXJ A; 1K0S A; 3EHR A; 1ZUU A; 3TSZ A; 2RPN A; 2K79 A; 4J9E A; 2KNB B; 2JS2 A; 1AWO A; 1UFF A; 3I5S A; 2L3Q A; 3PVL A; 2B86 A; 2LX7 A; 4Z8A A; 2H8H A; 1K76 A; 4ZNX A; 5FWB A; 1M8M A; 4GLM A; 1UDL A; 2FPD A; 4EIK A; 1BB9 A; 1X6B A; 3EGU A; 2MCN A; 3NHN A; 4J9D A; 4A63 B; 2K7A A; 2LQW A; 2BZY A; 2DL4 A; 2EYY A; 2LMJ A; 2P4R A; 1G83 A; 2YDL A; 1X69 A; 2DMO A; 5L23 A; 1KJW A; 1NEB A; 1VYV A; 3R6N A; 2CH4 A; 3PVQ A; 2BZ8 A; 1ZSG A; 5I22 A; 2JW4 A; 1B3Q A; 1ZLM A; 2O9V A; 2RMO A; 2LJ0 A; 3ZL7 C; 2DNU A; 2K3B A; 1X2K A; 2V1Q A; 4Z89 A; 4LNP A; 4QT7 A; 1AZG B; 1SHF A; 3EHQ A; 3VS0 A; 4J9C A; 1X6G A; 1XOV A; 1GBQ A; 2EW3 A; 4JZ3 A; 1OPL A; 1UG1 A; 1K9A A; 2KBT A; 1MV3 A; 2DL7 A; 1VYT A; 1Y57 A; 2ROT A; 2X3W D; 2J6O A; 2A37 A; 4F14 A; 4J9I A; 2JTE A; 2YUO A; 1BBZ A; 3UA7 A; 4AFS C; 1AWW A; 2K6D A; 1NLP C; 3IQL A; 1H8K A; 2HSP A; 1KFZ A; 1B07 A; 2HEQ A; 1X27 A; 4AG1 C; 1QKW A; 2FG0 A; 2LJ3 A; 4RTY A; 1N5Z A; 4HVV A; 2IIM A; 1X43 A; 1CSK A; 2FO0 A; 1JXO A; 3NPF A; 2XMF A; 1NM7 A; 2CH4 W; 2A28 A; 4RUG A; 1KSW A; 4J9H A; 1I07 A; 4OMQ A; 1T3S A; 2DF6 A; 2YUP A; 1UJ0 A; 4F17 A; 4R0K A; 2KYM A; 2EYZ A; 1I0C A; 4IIO A; 2E5K A; 4CC3 A; 2ECZ A; 4M4Z A; 2A08 A; 1MUZ A; 1ZX6 A; 1E6G A; 1PWT A; 1Z9Z A; 5FWC A; 4AFZ C; 2ROL A; 2KRS A; 2O9S A; 3VS2 A; 1HSQ A; 2L2P A; 5IHK A; 3QWY A; 1UTI A; 2CT4 A; 2DL3 A; 3RBB B; 4KRT A; 4HVU A; 2KT1 A; 1W6X A; 2KRN A; 2J6K A; 4J9G A; 2OJ2 A; 1JXM A; 2DA9 A; 4CC4 B; 3U23 A; 3M0U A; 3ULR B; 3QWX X; 2JM9 A; 2DBM A; 3EG3 A; 2F2V A; 2PTK A; 3THK A; 3RNJ A; 1UHC A; 1U3O A; 2L0A A; 1OEB A; 2DX1 A; 2KRO A; 3M0Q A; 4OML A; 2DJQ A; 2I0N A; 1M27 C; 1T0J A; 1YP5 A; 2GTJ A; 2DE0 X; 1UHF A; 1WXB A; 4WCI A; 2DBK A; 4IIM A; 2JS0 A; 4GBQ A; 1K1Z A; 2SRC A; 4CC2 A; 1T0H A; 2KYB A; 1WIE A; 1K4U S; 1CKA A; 1YNZ A; 5IHN A; 4AFQ C; 1SPK A; 2KRM A; 1MV0 B; 2L3S A; 4OMO A; 5IXF A; 2W0Z A; 2KXD A; 4LUD A; 1WXT A; 3I5R A; 1GFC A; 1RI9 A; 3M0T A; 2F2W A; 1QWF A; 1RLQ C; 4OMN A; 2FPF A; 3A98 A; 4LN2 A; 3I9Q A; 1ZBJ A; 2OI3 A; 2RQU A; 2EBP A; 1HD3 A; 2EPD A; 2KXC A; 2DRM A; 2EYW A; 1VYU A; 1WA7 A; 2DRK A; 4ESR A; 2AKK A; 3UF4 A; 1PKT A; 5EC7 A; 2D8H A; 1GCP A; 2AZS A; 4X1V A; 1M3B A; 1WFW A; 4E6R A; 3VRY A; 2C0O A; 1TUD A; 4D8K A; 1BU1 A; 1ABQ A; 2PZ1 A; 1JQQ A; 1WI7 A; 1AD5 A; 1U06 A; 2O2O A; 1GL5 A; 2EGC A; 2J7I A; 1AWX A; 1UEC A; 3EG0 A; 2J6F A; 3C0C A; 1NG2 A; 1UE9 A; 2MIO A; 4RTU A; 1EFN A; 1AEY A; 2KT8 A; 1CKB A; 4RTX A; 2ED1 A; 1QWE A; 1ABO A; 5IH2 A; 1JU5 C; 2NUZ A; 2LNH B; 1OOT A; 3VS7 A; 1VA7 A; 3I35 A; 1NLO C; 1QKX A; 1ZUY A; 2V1R A; 2HDA A; 4RTW A; 5IHI A; 3VS6 A; 3JV3 A; 1GBR A; 1G2B A; 3M0S A; 2ED0 A; 5GJV B; 1PNJ A; 2AZV A; 2SEM A; 5GJW B; 2G6F X; 1SRL A; 2FRY A; 1OPK A; 1LCK A; 2AK5 A; 2O31 A; 1GCQ A; 2MOX A; 4DEX A; 3REB B; 2LP5 A; 1RUW A; 4JPB W; 1IO6 A; 1Y0M A; 3VS5 A; 1SHG A; 1PRM C; 3H0F A; 4FSS A; 2C0I A; 4Y92 A; 4OMM A; 3LH5 A; 1NYG A; 2EGA A; 1UJY A; 3H41 A; 4RTV A; 1GRI A; 1X2Q A; 2M0Y A; 1WX6 A; 1PKS A; 3H0H A; 4RTZ A; 4RTT A; 2RQV A; 2VWF A; 1PHT A; 2J06 A; 3UA6 A; 2YSQ A; 1NEG A; 3NGP A; 3PE0 A; 1RLP C; 2O88 A; 2FPE A; 1SEM A; 2DLP A; 2CT3 A; 2AKL A; 1ZUK A; 2RNA A; 2CRE A; 3M0P A; 5HCK A; 1M30 A; 3VS4 A; 4LUE A; 3EG2 A; 2GBQ A; 2K9G A; 3VS1 A; 2DYB A; 1M3A A; 4ORZ A; 4Z88 A; 1FYN A; 1S1N A; 2CDT A; 2RQT A; 1KIK A; 3TVT A; 2FRW A; 2JXB A; 2LZ6 B; 3M0R A; 2M51 A; 2QDL A; 1WDX A; 4JJD A; 2JT4 A; 2DM1 A; 1J3T A; 1QCF A; 4DEY A; 2RQR A; 3EG1 A; 2D1X A; 3VS3 A; 4F16 A; 2NWM A; 2KGT A; 1UGV A; 1AOJ A; 2RF0 A; 2LJ1 A; 3CQT A; 3O5Z A; 1FMK A; 2JMA A; 4JJC A; 2HCK A; 1SRM A; 1PRL C; 2VVK A; 4HVW A; 2J05 A; 4JJB A; 1A0N B; 1T3L A; 1JO8 A; 1I1J A; 3H0I A; 3NMZ C; 3SHW A; 2CUB A; 1K0X A; 1WXU A; 1AVZ C; 5I11 A; 2DVJ A; 1YN8 A; 3REA B; 2GGR A; 2LCS A; 2YT6 A; 5IXB A; 1NYF A; 1OV3 A; 1HJD A; 2DL5 A; 3SEM A; 2JM8 A; 2GNC A; 2GQI A; 1GCQ C; 2EGE A; 2BTT A; 2EVR A; 2L3P A; 2YUQ A; 4J9B A; 1AWJ A; 4AFU C; 3GBQ A; 3UAT A; 3VRZ A; 5FW9 A; 1TUC A; 2K2M A; 2YUN A; 2LQN A; 2CSI A; 3KFV A; 1Z9Q A; 4J9F A; 2HBW A; 2DL8 A; 2FEI A; 2KEA A; 1SSH A; 1U5S A; 2RN8 A; 1YWO A; 2JMC A; 1H92 A; 2X3X D; 4AG2 C; 3FJ5 A; 1YWP A; 2D0N A; 1E7O A; 1W1F A; 2EYX A; 2BZX A; 2CUD A; 2DIL A; 2KE9 A; 1QLY A; 1TG0 A; 2VKN A; 2F2X A; 4OMP A; 1WLP B; 2GTO A; 2OAW A; 1JEG A; 1UUE A; 2EQI A; 5ECA A; 1AZE A; 2ABL A; 1WYX A; 2CSQ A; 1V1C A; 2KR3 A; 2PNI A; 1H3H A; 1W70 A; 4K11 A; 1GFD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EKH A; 1VQ9 Q; 4J6X A; 3INZ A; 2E65 A; 3QPH A; 3CCS Q; 1JJ2 A; 1YHQ Q; 2ZPH B; 3E1S A; 1TOV A; 1OU8 A; 5CKD A; 1ZUU A; 4Y91 A; 2DTI A; 2L3R A; 3DKM A; 3OYH A; 1UFF A; 1X6O A; 1M1G A; 2L3Q A; 3OSV A; 2B86 A; 3CPF A; 4Z8A A; 1TH7 A; 1S72 Q; 4GLM A; 4IUT A; 2IPO B; 5A2Q E; 1RAA B; 4EIK A; 1BB9 A; 2MCN A; 5I21 A; 3NHN A; 2RK2 A; 4JLI A; 2K7A A; 1PD0 A; 3O8V A; 5FU7 C; 4A4E A; 2HKN A; 3PIO A; 2DMO A; 1KJW A; 3MP1 A; 3OS2 A; 2V8J A; 5FLX E; 2CP3 A; 3JSC A; 2BZ8 A; 2O01 E; 2NUP B; 4JRK A; 5GAO m; 1ZLM A; 3A8G B; 4R56 A; 4LD9 K; 2VXE A; 2LJ0 A; 2DNU A; 2K3B A; 3VYH B; 1YJW A; 4LNP A; 4QT7 A; 4ZN3 A; 2V26 A; 2DFU A; 1AZG B; 5FU6 B; 4J9C A; 1G3S A; 5LJ3 g; 3M53 A; 4XTZ A; 1TUG B; 2P0K A; 4M7D F; 4JS5 A; 1NZ9 A; 2J6O A; 2ZCF B; 4ZN1 A; 2X4X A; 3UA7 A; 2X35 A; 3TQ7 P; 1RAE B; 1AWW A; 2K6D A; 3IQL A; 1H8K A; 1KFZ A; 2HEQ A; 1Q7Y C; 2IIM A; 4IUR A; 4IUV A; 1X43 A; 1C6V X; 2QQA A; 1CSK A; 2M16 A; 1WNL A; 3NPF A; 1Y96 A; 2P4T A; 2CH4 W; 2YRD A; 3ZBD A; 1KSW A; 4C8Q D; 2CGH A; 1NBE B; 3CCU Q; 3JCM V; 5GAN 5; 3OYL A; 1UJ0 A; 2KYM A; 2EYZ A; 1I0C A; 2ZPI B; 1QQJ A; 2E5K A; 2MF2 A; 1ZX6 A; 1MMD A; 4AFZ C; 4X9D A; 3L2Q A; 4N0A A; 4XK8 E; 4E47 A; 3GNF B; 1IB8 A; 2XI9 A; 5GAN 4; 2RA2 A; 2CT4 A; 5FRO A; 1WHJ A; 4C0F A; 2DEQ A; 4KRT A; 2KT1 A; 1W6X A; 3F70 A; 4M7D D; 2EWN A; 1NJI R; 2RH2 A; 4BB7 A; 4CC4 B; 1YI2 A; 3U23 A; 1Q81 R; 4GLK A; 3JCM P; 2OTL Q; 4ME7 A; 1G3W A; 4L59 A; 3QWX X; 2DBM A; 1AT1 B; 3THK A; 3RNJ A; 3GOX A; 1UHC A; 1U3O A; 1W4S A; 1VQK Q; 2L0A A; 3VUZ A; 1OEB A; 1BI2 A; 2KRO A; 3RDV A; 3CCV T; 1K9M C; 2D6F A; 5GAM j; 1R0C B; 5C6S A; 3EGX A; 1K1Z A; 2COZ A; 4RMO A; 3M9Q A; 4PJO D; 1K4U S; 1CKA A; 4AFQ C; 1Y71 A; 1SPK A; 2KRM A; 5GAN 7; 1MV0 B; 5GAO r; 3A1P A; 3QUI A; 4EDU A; 2M9U A; 2RK1 A; 3MP6 A; 4FL6 A; 2FYK A; 5GMK l; 1U1S A; 2QTV A; 1RI9 A; 2F2W A; 2DER A; 5CKE A; 4LN2 A; 1ACM B; 3M57 A; 2M1H A; 2R57 A; 3HRS A; 4QKU A; 2EPD A; 1IRE B; 4PFP A; 2XU8 A; 2DRM A; 3QJY A; 2F69 A; 4FU6 A; 2BIV A; 3UF4 A; 1PKT A; 4OB2 B; 2NLU A; 4XU2 A; 5J3B A; 3L2R A; 4E6R A; 4L5G A; 4D8K A; 1VQ9 A; 1ABQ A; 1Q95 G; 3CC2 A; 4XU1 A; 2J7I A; 3RKX A; 4RG2 A; 1VQN Q; 1UEC A; 2KMT A; 3WVE B; 3CCS A; 1KC8 C; 1YHQ A; 3QYH B; 3J7A F; 2KT8 A; 2QGF B; 4N0A C; 4LDY A; 3JCM c; 4OGE A; 2EJ9 A; 3ZEH A; 3OA6 A; 2COW A; 1VQ9 T; 3FDR A; 2BKD N; 5IH2 A; 5LJ5 j; 2LNH B; 3VS7 A; 7AT1 B; 5GAO q; 1VQP T; 3G71 Q; 5LJ3 f; 3I35 A; 1W2B S; 1ZUY A; 1YHQ T; 2HDA A; 4RTW A; 1N8R C; 3JCM d; 5GAN j; 2EAY A; 4BY6 B; 2LDM A; 1S72 A; 5GJV B; 5CKF A; 2E64 A; 2AZV A; 2SEM A; 3CD6 T; 3VKI A; 5GJW B; 1K73 R; 3CME Q; 3DLL A; 1BI1 A; 2AK5 A; 2O31 A; 2C06 A; 2MOX A; 3EG9 B; 2VV5 A; 3E19 A; 3NTI A; 5DLO A; 5GAN 8; 1S72 T; 2HL5 C; 1QVP A; 1TTH B; 2HAX A; 3BDL A; 2A7Y A; 1IGQ A; 3LH5 A; 2EGA A; 2XIC A; 1UJY A; 2CP2 A; 4M75 F; 4RTV A; 1R77 A; 1W2B A; 2NUT A; 4PLL A; 1PKS A; 3M55 A; 2HBP A; 2LC4 A; 2MMP A; 1PD1 A; 3LLR A; 1M1K U; 4BAC A; 4KH1 B; 4O5V A; 4E7Z A; 2P0P A; 4FM4 B; 2RNA A; 2CRE A; 1M30 A; 4A4H A; 5LJ3 e; 4KUI A; 1FYN A; 4UC4 A; 3CCR T; 2CDT A; 2XKO C; 2LQ8 A; 2RI5 A; 3OYB A; 1VQO Q; 1W2B P; 1N9S A; 1IHV A; 1J3T A; 1D0X A; 1B34 B; 2D1X A; 3VS3 A; 3G4S Q; 3CCU A; 2QA4 Q; 5CO7 A; 1I81 A; 4KGZ B; 2LRQ A; 2RF0 A; 1FMK A; 4JJC A; 3GNG A; 3UT1 A; 4M78 A; 1PRL C; 2VVK A; 4B6M A; 4JJB A; 5KYW B; 3CCU T; 3HHT B; 4L6V 5; 1JRI A; 3T9N A; 5GAN 6; 1K0X A; 1WXU A; 4M77 F; 1YN8 A; 3REA B; 4E7I A; 2LCS A; 4OVA A; 1GXI E; 4C92 C; 1IZ6 A; 2YHT A; 2OTL A; 2EVR A; 2YUQ A; 3ME9 A; 3QII A; 3VRZ A; 4M7D B; 5FW9 A; 1VQK A; 2K2M A; 3UPU A; 1ZSZ A; 2BE9 B; 3OYE A; 1KHC A; 1Z9Q A; 3ZFJ A; 3GIB A; 2DL8 A; 3GLX A; 4KUL A; 4LDW A; 2OTL T; 1KQS S; 1PG5 B; 1OUL A; 3JB9 H; 3M56 A; 3TU4 K; 1G3Y A; 3FJ5 A; 5GAM d; 2AIR B; 1YWP A; 1TU0 B; 2KAF A; 1VQK T; 1E7O A; 5CR2 A; 2ZPE B; 1W1F A; 2BZX A; 2KE9 A; 1D0Y A; 4DBF A; 2F2X A; 4JS4 A; 2I2L A; 4D6W A; 2Y4X A; 2P84 A; 2EQI A; 4DA4 A; 1AZE A; 2ABL A; 5GMK e; 3QDR B; 2FVU A; 4BDY A; 3OMG A; 2RD1 A; 2L5Q A; 4JZ4 A; 4CC7 A; 3I56 T; 2C0T A; 3P8D A; 1E6H A; 1D1B A; 1KQS A; 1ARK A; 5GAO l; 2ESW A; 1RAG B; 4D8D A; 4LE9 A; 6AT1 B; 5D7U A; 2K2V A; 1C0M A; 2VGN A; 2PQW A; 3EHR A; 1NPR A; 3RUX A; 2QK0 A; 4A4F A; 3CPW S; 1MHN A; 3BW1 A; 2KNB B; 3JCM Q; 2JS2 A; 1AWO A; 3LYI A; 1VQN A; 2QAZ A; 3I5S A; 4F04 B; 3Q1J A; 4M78 C; 2LX7 A; 2H8H A; 5FWB A; 3C94 A; 1M8M A; 4J7F A; 1M90 U; 4E7L A; 2FPD A; 1X6B A; 4A63 B; 3RKY A; 4C5E A; 2LQW A; 1VQN T; 3G71 A; 5LJ5 d; 2E1H A; 4QVC A; 1JBM A; 3FEO A; 3L42 A; 1WZO A; 3CMA T; 3MCA B; 2PUK B; 1VYV A; 2CH4 A; 4XTU A; 3OYD A; 3CCV Q; 4MML A; 4A53 A; 5GAN d; 1B3Q A; 1NJI C; 4M7D G; 3CME A; 3CPW A; 5CKB A; 4BE1 A; 2V1Q A; 1ZSZ C; 4N4H A; 3PNW C; 1Q81 C; 1BCO A; 3VS0 A; 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