The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
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Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
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| total genus |
8
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z9Q A; 2G6F X; 1M3A A; 2ESW A; 1WIE A; 3M0S A; 3R6N A; 3TSW A; 2DL3 A; 5GJW B; 1PRM C; 4OMP A; 4J9H A; 2RMO A; 3QWY A; 1M27 C; 3VRY A; 1NEB A; 1T0J A; 4D8D A; 2GNC A; 5IXF A; 1B3Q A; 2DJQ A; 2BZY A; 2K3B A; 1ZSG A; 2A28 A; 4JJB A; 4AFU C; 2YDL A; 1I0C A; 2K9G A; 2DRK A; 2JXB A; 1SRM A; 3IQL A; 2V1R A; 4LUD A; 5FW9 A; 1BU1 A; 1YN8 A; 1VYU A; 3UA6 A; 2GBQ A; 3SHW A; 2KYM A; 3M0U A; 1G83 A; 3VRZ A; 1QWE A; 3REB B; 4JZ4 A; 4CC7 A; 2J06 A; 1W1F A; 4Y92 A; 1SPK A; 2EYX A; 2BTT A; 2D0N A; 3CQT A; 1G2B A; 2C0O A; 2CRE A; 2F2X A; 2DVJ A; 4KRT A; 1ZUU A; 1ZBJ A; 2LNH B; 2LMJ A; 4Z8A A; 1JQQ A; 1FMK A; 2ED0 A; 3ZL7 C; 2LX7 A; 2DL7 A; 1ABO A; 2J7I A; 1ZUK A; 2YT6 A; 3VS3 A; 2DLP A; 2CSQ A; 2MIO A; 1NLP C; 2KR3 A; 3M0Q A; 4AG1 C; 2KXC A; 2RF0 A; 1AZG B; 1BBZ A; 2EGA A; 1Y0M A; 1PWT A; 4X1V A; 5ECA A; 1UHF A; 5IHK A; 1GBR A; 2O31 A; 2L2P A; 4F16 A; 1ZUY A; 2KT8 A; 2RQU A; 4HVV A; 4J9C A; 1N5Z A; 3EG1 A; 2P4R A; 2L3S A; 4JZ3 A; 1ABQ A; 3I9Q A; 4RTY A; 1UJ0 A; 4HVW A; 1X43 A; 1BB9 A; 4RTZ A; 2A08 A; 2KRO A; 2AK5 A; 3I5S A; 5GJV B; 1X69 A; 2DL8 A; 2L3Q A; 2DBM A; 4F17 A; 5L23 A; 2RQR A; 1IO6 A; 2RQV A; 2H8H A; 2OJ2 A; 2PZ1 A; 4WCI A; 1ZX6 A; 2HDA A; 5EC7 A; 1UUE A; 2IIM A; 4RUG A; 1K4U S; 1SHF A; 2VKN A; 1M30 A; 4LN2 A; 2M51 A; 2NUZ A; 2FEI A; 1PNJ A; 3NPF A; 3KFV A; 3UA7 A; 4OMO A; 1T3S A; 1M3B A; 1X27 A; 1K0X A; 1UDL A; 2QDL A; 3GBQ A; 4OMQ A; 2FPF A; 1MUZ A; 2KEA A; 2SRC A; 2VVK A; 2O2O A; 2E5K A; 1T0H A; 1W70 A; 2C0I A; 1GL5 A; 1NEG A; 4LUE A; 1X2K A; 1KFZ A; 3SEM A; 1AWJ A; 2RQT A; 1U06 A; 2AKK A; 1WX6 A; 2EW3 A; 2KGT A; 2KRS A; 3EG2 A; 4OML A; 1K0S A; 4J9E A; 2ABL A; 1GCQ C; 1QLY A; 2DA9 A; 2LJ3 A; 1AOJ A; 3VS4 A; 2EKH A; 3REA B; 2KNB B; 3VS2 A; 2D1X A; 1OPL A; 2FO0 A; 2DBK A; 4AFZ C; 1AWX A; 1VYT A; 2K6D A; 2MOX A; 2O9V A; 3NHN A; 1U3O A; 4LNP A; 1HD3 A; 2LQW A; 1WDX A; 4Z88 A; 4J9G A; 2DM1 A; 1JXO A; 4E6R A; 4RTU A; 2EYW A; 1K76 A; 1CSK A; 3TVT A; 2W0Z A; 1QCF A; 2YSQ A; 2XMF A; 3EG3 A; 2DF6 A; 1JU5 C; 1X2Q A; 1Y57 A; 1ZLM A; 4EIK A; 4J9B A; 1WXB A; 1NG2 A; 2AZV A; 2FPD A; 4RTV A; 2EGE A; 3EHQ A; 1S1N A; 1AZE A; 5I22 A; 1OEB A; 2BZX A; 1V1C A; 2EGC A; 2K2M A; 1RI9 A; 4AG2 C; 2K7A A; 2L0A A; 2JS2 A; 4M4Z A; 1KIK A; 1X6B A; 2PNI A; 1AD5 A; 4QT7 A; 4GBQ A; 2KRN A; 1WI7 A; 1OPK A; 1JXM A; 1NYG A; 2CH4 W; 3VS1 A; 2FRY A; 1X6G A; 1U5S A; 3VS5 A; 2JM9 A; 2D8H A; 2YUN A; 3ULR B; 4R0K A; 1SSH A; 1T3L A; 2JMC A; 2GTJ A; 4CC2 A; 4RTX A; 2D8J A; 1GBQ A; 2CUB A; 1BK2 A; 1OOT A; 2GGR A; 1WA7 A; 2DRM A; 2FRW A; 1Z9Z A; 3H0H A; 4K11 A; 5FWC A; 5IHI A; 4AFQ C; 1E6G A; 2KBT A; 2PTK A; 1RUW A; 1CKA A; 1XOV A; 3UF4 A; 2O88 A; 1PKS A; 1JEG A; 1H3H A; 3M0P A; 2CH4 A; 1UTI A; 3VS7 A; 1EFN A; 4IIO A; 3C0C A; 1M3C A; 5IXB A; 1H92 A; 2YUQ A; 1E6H A; 3EHR A; 3RNJ A; 2ROT A; 1FYN A; 4IIM A; 3PVL A; 1YP5 A; 2JS0 A; 4LE9 A; 1GFC A; 1QKX A; 3NGP A; 2K79 A; 2V1Q A; 1MV3 A; 2J6K A; 2L3P A; 2EYY A; 2LJ0 A; 4J9D A; 1UJY A; 4GLM A; 4RTW A; 2C0T A; 2RN8 A; 1GCP A; 4JPB W; 3M0T A; 2J6F A; 4CC3 A; 1I07 A; 2RNA A; 4CC4 B; 2EPD A; 2AKL A; 2DL5 A; 1YWO A; 2LCS A; 5IHN A; 3RBB B; 1TG0 A; 1WLP B; 2JM8 A; 4ESR A; 2KXD A; 4OMN A; 2F2W A; 2DYB A; 1PKT A; 4HXJ A; 2JTE A; 2DL4 A; 1GRI A; 2EBP A; 2EQI A; 2OAW A; 2W10 A; 2CDT A; 2JMA A; 1WFW A; 4J9I A; 2CSI A; 2J6O A; 1HSQ A; 2OI3 A; 3VS0 A; 3EGU A; 3I5R A; 3TSZ A; 4A63 B; 1GFD A; 1AWW A; 1B07 A; 2KE9 A; 2CT4 A; 1QKW A; 3PE0 A; 3EG0 A; 2LJ1 A; 3M0R A; 4JJD A; 1UHC A; 1RLQ C; 2X3W D; 1A0N B; 4OMM A; 2JT4 A; 2DNU A; 1TUD A; 1WXU A; 2DE0 X; 2KYB A; 1SEM A; 2X3X D; 2DMO A; 3H41 A; 2HBW A; 1VA7 A; 2KRM A; 1YWP A; 1VYV A; 2KT1 A; 3UAT A; 1LCK A; 4DEX A; 1UEC A; 5HCK A; 2ECZ A; 1NLO C; 2RPN A; 2EYZ A; 1K9A A; 2ROL A; 2RQW A; 4F14 A; 1E7O A; 2YUO A; 2CT3 A; 5I11 A; 1YCS B; 1HJD A; 4JJC A; 2A37 A; 2NWM A; 1TUC A; 4RTT A; 2AZS A; 2YUP A; 1NYF A; 3LH5 A; 1OV3 A; 4HCK A; 1UFF A; 2FG0 A; 2DX1 A; 1WXT A; 1QWF A; 1H8K A; 4J9F A; 1PRL C; 2ED1 A; 2B86 A; 4HVU A; 1GCQ A; 1YNZ A; 1M8M A; 3O5Z A; 4FSS A; 2J05 A; 1JO8 A; 2GTO A; 1KJW A; 2JW4 A; 4ZNX A; 1UG1 A; 2LZ6 B; 3THK A; 2HEQ A; 3U23 A; 1NM7 A; 3I35 A; 3PVQ A; 2GQI A; 1SHG A; 1K1Z A; 2LQN A; 3QWX X; 2MCN A; 3H0F A; 1MV0 B; 1WYX A; 2DIL A; 3NMZ C; 2EVR A; 1AVZ C; 2BZ8 A; 3H0I A; 1SRL A; 2F2V A; 2FPE A; 2O9S A; 5FWB A; 3FJ5 A; 1UE9 A; 2VWF A; 2CUD A; 3A98 A; 1AWO A; 2A36 A; 1ARK A; 2ENM A; 4AFS C; 2HSP A; 4DEY A; 2SEM A; 2HCK A; 1UGV A; 1W6X A; 3JV3 A; 3VS6 A; 1CKB A; 4ORZ A; 4D8K A; 1AEY A; 1PHT A; 1RLP C; 1J3T A; 2M0Y A; 1I1J A; 4Z89 A; 5IH2 A; 1KSW A; 2LP5 A; 2I0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQ9 T; 1RAE B; 1M3A A; 1RAI B; 2ESW A; 3M0S A; 4KH1 B; 3TSW A; 3CBO A; 1VQP A; 3CBM A; 4PKC C; 2QA4 T; 3QWY A; 1M27 C; 3VRY A; 1T0J A; 5CIU A; 5IXF A; 2RJD A; 2DJQ A; 2BZY A; 1KD1 C; 4QQG A; 2A3L A; 3TQ7 P; 1PD0 A; 2K9G A; 1Q7Y R; 1KG1 A; 1R0B G; 2GCX A; 2JJ9 A; 4M78 E; 3UA6 A; 4IUV A; 2GBQ A; 3X26 B; 3M0U A; 4ZGJ B; 1QWE A; 4JZ4 A; 3CEY A; 4CC7 A; 2J06 A; 1W1F A; 2BTT A; 2D0N A; 5KCH A; 3JSC A; 2MPX C; 5GAO l; 2HKN A; 1YIJ A; 1ZBJ A; 2VAS A; 2LNV A; 2DER A; 2DL7 A; 2B8A A; 1W2B S; 4O6J A; 2E5Q A; 1ABO A; 4DA4 A; 1VQ5 A; 1WHK A; 2KAF A; 1KQS S; 5D6Y A; 3G4S Q; 1Q81 U; 3QDR B; 2KXC A; 5DLQ E; 1AZG B; 1LPL A; 1RAB B; 2IVW A; 3LGL A; 2OTJ A; 4X1V A; 5ECA A; 4XTV A; 3QKJ A; 1K73 R; 2XHC A; 3OS1 A; 1RAH B; 1ZUY A; 2KT8 A; 3F70 A; 3PT9 A; 4LDY A; 2FHD A; 5D6X A; 2DD5 A; 1TH7 A; 8ATC B; 5GAN h; 4LDX A; 1ABQ A; 3I9Q A; 2A08 A; 2DFU A; 5LJ5 e; 4J8O A; 5GJV B; 1KQS A; 2VXE A; 2CGH A; 4JRK A; 4J6Y A; 2DL8 A; 1VQK Q; 2DEQ A; 4MDW A; 3DB4 A; 5L23 A; 5EG2 A; 2RHY A; 3CCQ A; 4OGC A; 1P92 A; 2PZ1 A; 1ZX6 A; 2XDB A; 1YHQ Q; 1AHJ B; 5EC7 A; 5J26 A; 4A4K A; 1UUE A; 4RUG A; 1K4U S; 4BY6 B; 4WTO B; 2M51 A; 2E3H A; 1G3T A; 5GAN 7; 1I4K 1; 3KFV A; 5A0G A; 3UA7 A; 5CKB A; 4NL2 A; 1T3S A; 3Q1J A; 1OI1 A; 2QDL A; 4OMQ A; 2JTF A; 2SRC A; 5GAM h; 2X51 A; 1Y96 B; 4EMK B; 3SWN B; 4LXC A; 4C92 G; 4ME7 A; 4ZTF A; 3SEM A; 1AWJ A; 1U06 A; 4B9X A; 4M75 B; 5CR2 A; 4OB1 B; 2FZG B; 3EG2 A; 5GMK h; 3G71 Q; 5FRM A; 2LJ3 A; 5FU7 B; 3GP8 A; 1I81 A; 3CMA T; 2K5L A; 4J6X A; 1Y71 A; 2DJZ A; 4LNP A; 1Q82 R; 2PUK B; 5GMK m; 1WDX A; 2DM1 A; 2LVM A; 4F7U F; 1VQL T; 3LYI A; 1CSK A; 2E1H A; 4L59 A; 3RER A; 2QQA A; 3L2U A; 2LT4 A; 1JB0 E; 4PJO E; 2CZ1 B; 1NG2 A; 2AZV A; 1TOV A; 1S1N A; 3MET A; 3V8L A; 3BDL A; 5I22 A; 1KK7 A; 1OEB A; 3E19 A; 4FL6 A; 4AG2 C; 3P8H A; 2JS2 A; 2Z0W A; 1KIK A; 1AD5 A; 3HRT A; 2KRN A; 1OPK A; 3RDV A; 3VS1 A; 1D1A A; 3HP9 A; 1U5S A; 1M1F A; 3EG9 B; 4KBM B; 4M75 F; 5GAO n; 4M77 E; 5L8R E; 1GBQ A; 2KMT A; 4K11 A; 2XU8 A; 4FU6 A; 1E6G A; 2KBT A; 3OSS C; 2QTV A; 1RUW A; 2F1L A; 2FB7 A; 3QO3 A; 3CD6 Q; 1CKA A; 4JS4 A; 2O88 A; 1PKS A; 1VQM T; 4M75 D; 2IPO B; 3CME A; 1OX9 A; 2ZPI B; 2XDP A; 2C06 A; 3LLR A; 3A5Z B; 3C0C A; 5IXB A; 1E6H A; 3HRS A; 4E47 A; 5GAM g; 4NL3 A; 3PVL A; 1YP5 A; 2JUF A; 4JRI A; 4LE9 A; 5HK0 A; 3NGP A; 2E6Z A; 1IGQ A; 1MV3 A; 3PGG A; 3RIR A; 3CC4 A; 3GF5 A; 1Q81 R; 3PIP A; 2K4Y A; 4RTW A; 1NJI U; 4M7A B; 1BI3 A; 2QK0 A; 1I07 A; 4X34 A; 2AKL A; 2VC8 A; 5LJ3 e; 2DL5 A; 1TG0 A; 1WLP B; 2JM8 A; 1X75 C; 1VQ9 A; 2KXD A; 5IT9 E; 3CC7 T; 1VQ6 A; 1GRI A; 3RKW A; 3EFO B; 2JMA A; 1WFW A; 4XTW A; 4AMC A; 1HSQ A; 3I5R A; 4C92 E; 2CT4 A; 5A2Q E; 3PE0 A; 1IRE B; 3DLL A; 2MMP A; 3M0R A; 2V8J A; 1M1K C; 3C94 A; 4C0Z A; 4ZGD B; 3FB9 A; 1RI0 A; 3MEU A; 1QVF P; 2JT4 A; 4DOW A; 2DE0 X; 2X3X D; 2CZ0 B; 2YWW A; 3FRN A; 2EJG A; 5J39 A; 3OYF A; 4JUV A; 2I2L A; 4M7A A; 3QXE B; 2HBW A; 4E7L A; 2KRM A; 2RJC A; 5CAI A; 3LW5 E; 4L6V 5; 2M1H A; 1RAF B; 3UT1 A; 1VQ8 T; 2M16 A; 2DZC A; 4IKF A; 1HK9 A; 4BDY A; 1XQH A; 1NLO C; 3EFO A; 1YJN T; 3BY7 A; 4M7A G; 1YIJ T; 2GF7 A; 3QZ9 B; 1YIT A; 3V8J A; 3OY9 A; 3QYH B; 3MJX A; 5LJ5 h; 4BI4 A; 2CT3 A; 5I11 A; 1YCS B; 1HJD A; 4CI0 C; 1D1C A; 4RTT A; 5LJ3 j; 3S3N A; 3GNG A; 3I56 Q; 4HCK A; 1KD1 U; 3CXC S; 1N9S A; 1QWF A; 1ZSZ B; 1Q95 G; 2E41 A; 4J9F A; 3G6E Q; 2DZ9 A; 1KQ2 A; 2EKO A; 5CKE A; 1YNZ A; 1M8M A; 3PFS A; 1JO8 A; 4EDU A; 3JCM d; 4OB2 B; 1W4S A; 1JJ2 A; 1N9R A; 1PSE A; 2V8K A; 1O9S A; 2QA4 Q; 2GQI A; 4FT4 A; 2HD0 A; 1VQN T; 2DIL A; 1EIF A; 3OA6 A; 1X6O A; 1AVZ C; 2BZ8 A; 2F2V A; 2FPE A; 2RHU A; 2EYQ A; 5FWB A; 1M2V B; 1AWO A; 1ARK A; 4HT9 A; 4AFS C; 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2L3S A; 3CPW A; 4M7D F; 3CCL T; 2DPP B; 1X43 A; 2X4Y A; 2AK5 A; 4L5G A; 4FYV B; 1HYO A; 3MP8 A; 1X69 A; 5GAM j; 3CMA Q; 5KYY B; 2G3R A; 2K3X A; 2RQR A; 3CCE Q; 4FW2 A; 4M7A C; 5KYW B; 1KD1 R; 2HDA A; 1VOM A; 4C8Q F; 1NPP A; 4M7D D; 1F1B B; 1SHF A; 3RKX A; 3J81 E; 1PNJ A; 1KC8 C; 2DXT A; 3MEV A; 1UDL A; 3GBQ A; 3R6O A; 1VQ6 T; 3OYM A; 2KEA A; 3CC7 A; 4C8Q D; 2E5K A; 1T0H A; 4A4G A; 2C0I A; 4XU0 A; 3EGX B; 3S3M A; 1K8A C; 2MWP A; 3A8G B; 4F04 B; 5KYY A; 2XI9 A; 2KGT A; 1SKU B; 2ZGW A; 2F69 A; 1SSF A; 2ZPF B; 4OML A; 4JDS A; 4J9E A; 3NFC A; 2DA9 A; 2EKH A; 3REA B; 3I55 T; 2KNB B; 4KGV B; 1OPL A; 2FO0 A; 1AWX A; 2K6D A; 2MOX A; 3A8L B; 1U3O A; 2VYT A; 1HD3 A; 2LQW A; 3JCM W; 1JXO A; 4XU1 A; 1VQO T; 2W0Z A; 5CVI A; 1FMV A; 1VQ8 A; 2YSQ A; 4B6M A; 2FZK B; 2XMF A; 2X4W A; 1S72 Q; 3EG3 A; 1YIT T; 2MI6 A; 1JU5 C; 1YJN A; 4PJN A; 1X2Q A; 3V7C A; 4HCB A; 1IHW A; 2LRQ A; 3NTI A; 4RTV A; 1OU9 A; 1WNL A; 5LJ3 g; 1YFN A; 4XAX B; 1AZE A; 4IUQ A; 1LNX A; 2EGC A; 4PJO F; 2VXF A; 2K5I A; 2RD1 A; 1ZSZ C; 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