The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
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| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
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| structure length |
79
|
| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UUE A; 2RQR A; 5IH2 A; 3EG2 A; 2EVR A; 1K0S A; 1WXB A; 1QKX A; 3VS4 A; 3EG3 A; 2L3S A; 3EHQ A; 4RTX A; 2L2P A; 4E6R A; 1FYN A; 2XMF A; 1AEY A; 1YWP A; 2KT1 A; 1AWO A; 1AWW A; 1EFN A; 1I1J A; 2YT6 A; 1X2K A; 4HXJ A; 2LCS A; 2A28 A; 1SHG A; 3R6N A; 1QLY A; 1RLP C; 1NYG A; 3I9Q A; 1JQQ A; 2PZ1 A; 4RTW A; 2MCN A; 2J6F A; 2KT8 A; 2AKL A; 1T3S A; 2ED0 A; 3LH5 A; 5L23 A; 3QWX X; 1UE9 A; 2J06 A; 4J9B A; 2D1X A; 1E6H A; 4M4Z A; 2GTO A; 4OMO A; 2HDA A; 1WDX A; 4AFZ C; 3UA7 A; 5HCK A; 1BB9 A; 1K0X A; 2C0O A; 3PVL A; 2W10 A; 3FJ5 A; 1UTI A; 2YUQ A; 4OML A; 3PVQ A; 3VS5 A; 1GFD A; 3H0F A; 1ZUU A; 2CRE A; 1I0C A; 2GNC A; 4JJC A; 1WA7 A; 1M27 C; 2DL7 A; 4OMM A; 4AFQ C; 3EG0 A; 1QKW A; 1ZBJ A; 3REB B; 1Z9Z A; 2V1R A; 2A36 A; 1PKT A; 1UHF A; 1ZX6 A; 1W70 A; 2KXC A; 5IHK A; 2LQN A; 2M0Y A; 5IHN A; 2DL5 A; 1AVZ C; 1QWE A; 1TUC A; 2YUN A; 4RUG A; 2DNU A; 2D8H A; 2OI3 A; 4LN2 A; 4CC4 B; 3ULR B; 2CH4 A; 2DLP A; 2J7I A; 4LE9 A; 1NEB A; 1YNZ A; 4R0K A; 1JXO A; 2EGE A; 5I11 A; 1M3B A; 1M3A A; 2CH4 W; 1W1F A; 1K76 A; 1UJY A; 1K9A A; 3M0R A; 2DL8 A; 1WFW A; 2OAW A; 1Y0M A; 1GBQ A; 2B86 A; 5IXB A; 1M8M A; 2C0T A; 3KFV A; 2J6K A; 2JXB A; 2QDL A; 2LJ1 A; 1MV0 B; 1AWJ A; 2NWM A; 1JO8 A; 2SRC A; 4Z88 A; 1AWX A; 2JM8 A; 1UFF A; 1ABQ A; 4DEY A; 1SHF A; 2JM9 A; 4A63 B; 1T3L A; 1T0J A; 2JT4 A; 2FPD A; 2CUB A; 4DEX A; 4LNP A; 4EIK A; 1PNJ A; 3I5S A; 4RTV A; 1S1N A; 2KRO A; 1CSK A; 1B3Q A; 1BU1 A; 4F17 A; 2RQT A; 3M0P A; 1AZE A; 2DVJ A; 3VS1 A; 1X6B A; 1BK2 A; 2LJ3 A; 1UEC A; 2K2M A; 2MIO A; 3M0S A; 4HVV A; 4AG2 C; 2RN8 A; 2MOX A; 2KBT A; 1GFC A; 2LP5 A; 2BZ8 A; 1E6G A; 3I5R A; 2O31 A; 2KE9 A; 1U5S A; 1GCQ A; 4AFU C; 2KNB B; 1I07 A; 4ESR A; 2EGA A; 2L0A A; 4HVW A; 1V1C A; 1X43 A; 2GBQ A; 1SRL A; 1NLP C; 1H92 A; 1TG0 A; 4Z89 A; 2E5K A; 1X6G A; 1LCK A; 1G83 A; 1Y57 A; 1YP5 A; 4JPB W; 4F14 A; 2DM1 A; 1TUD A; 2LMJ A; 2LJ0 A; 4HVU A; 4RTZ A; 4RTY A; 4RTT A; 3U23 A; 2J05 A; 2KGT A; 2RF0 A; 4K11 A; 1UDL A; 1RI9 A; 4JZ3 A; 4ORZ A; 1FMK A; 2GGR A; 1WXU A; 2SEM A; 1WYX A; 3NPF A; 1WLP B; 3VS3 A; 1VYU A; 1AZG B; 2X3W D; 2YUP A; 2KRS A; 4J9D A; 2DX1 A; 2C0I A; 1SPK A; 2DL3 A; 3TSW A; 2FG0 A; 2K7A A; 2KXD A; 3RNJ A; 2EYZ A; 4D8D A; 4Y92 A; 1WIE A; 2L3Q A; 2DIL A; 1ZLM A; 1GCQ C; 2BZX A; 2H8H A; 2AK5 A; 2EYX A; 2DBK A; 3I35 A; 3EGU A; 2AZV A; 3H0H A; 2A37 A; 3O5Z A; 2LX7 A; 1OV3 A; 2M51 A; 4RTU A; 1M30 A; 1ZSG A; 2DL4 A; 3UA6 A; 2EPD A; 2LQW A; 2EQI A; 1N5Z A; 4OMP A; 1PWT A; 4IIM A; 1JXM A; 4J9I A; 2FPE A; 1X69 A; 3H41 A; 4GLM A; 2CUD A; 2PTK A; 3CQT A; 2K6D A; 4J9F A; 2AKK A; 2VKN A; 1SEM A; 1KJW A; 2K9G A; 2RNA A; 5EC7 A; 3VRY A; 2O2O A; 3VS2 A; 2ENM A; 2JS2 A; 4X1V A; 4CC7 A; 1H8K A; 1HSQ A; 2F2V A; 3JV3 A; 2JTE A; 3PE0 A; 2DMO A; 5GJW B; 4OMN A; 2JW4 A; 1X2Q A; 2BTT A; 2JMA A; 2ABL A; 3M0U A; 1VA7 A; 2EGC A; 2BZY A; 1UHC A; 2RPN A; 3H0I A; 4D8K A; 1NEG A; 1QWF A; 3NGP A; 1GBR A; 1M3C A; 2DJQ A; 3GBQ A; 1OOT A; 2HSP A; 1VYT A; 1ZUK A; 2CDT A; 2KYB A; 4OMQ A; 5FWC A; 2EKH A; 1X27 A; 2G6F X; 2YSQ A; 2KEA A; 1IO6 A; 1JU5 C; 3UAT A; 5GJV B; 1RLQ C; 2RQW A; 2ESW A; 2VWF A; 2OJ2 A; 1ARK A; 2O9S A; 2D8J A; 2K79 A; 1SRM A; 1T0H A; 2L3P A; 2RQU A; 2HBW A; 1K4U S; 3VS7 A; 5ECA A; 4WCI A; 1A0N B; 4AG1 C; 4ZNX A; 4J9E A; 2I0N A; 3SEM A; 2ED1 A; 4J9C A; 2DRM A; 1G2B A; 1GRI A; 1W6X A; 2CSQ A; 1PRM C; 1SSH A; 1ABO A; 5IXF A; 3SHW A; 2O9V A; 2VVK A; 2JS0 A; 5FWB A; 4CC3 A; 1GCP A; 2GTJ A; 4AFS C; 2O88 A; 1AOJ A; 1CKB A; 2J6O A; 2JMC A; 1YN8 A; 2F2W A; 3TSZ A; 2DBM A; 2DE0 X; 1GL5 A; 1U06 A; 5I22 A; 4LUE A; 2HCK A; 1YWO A; 2LZ6 B; 3RBB B; 3VRZ A; 2YDL A; 2KR3 A; 4GBQ A; 2FO0 A; 4QT7 A; 3THK A; 2CSI A; 1KSW A; 2KRM A; 4JJD A; 1CKA A; 1U3O A; 1OPK A; 2X3X D; 4LUD A; 2EW3 A; 1K1Z A; 2CT3 A; 1H3H A; 2EYW A; 2ROL A; 2A08 A; 2ROT A; 2V1Q A; 2W0Z A; 3VS0 A; 3NMZ C; 1YCS B; 1PKS A; 4J9G A; 5FW9 A; 3NHN A; 1J3T A; 1JEG A; 2YUO A; 1MUZ A; 1HJD A; 3VS6 A; 1NG2 A; 1QCF A; 3UF4 A; 2HEQ A; 1UJ0 A; 1WXT A; 4Z8A A; 1UGV A; 2FEI A; 1B07 A; 3ZL7 C; 2LNH B; 4J9H A; 1WI7 A; 2RQV A; 1ZUY A; 3M0Q A; 2FRW A; 3EG1 A; 2CT4 A; 1KFZ A; 3QWY A; 4F16 A; 3EHR A; 3A98 A; 1WX6 A; 2K3B A; 1PRL C; 2FPF A; 2EYY A; 1HD3 A; 4JJB A; 2F2X A; 3REA B; 2DYB A; 2DF6 A; 5IHI A; 1VYV A; 4HCK A; 2PNI A; 1NYF A; 1XOV A; 2EBP A; 2NUZ A; 2D0N A; 4FSS A; 2DRK A; 2KYM A; 1PHT A; 1NLO C; 3M0T A; 1Z9Q A; 4JZ4 A; 2DA9 A; 2P4R A; 3IQL A; 3C0C A; 1OEB A; 1E7O A; 1AD5 A; 1BBZ A; 2IIM A; 4KRT A; 3TVT A; 2RMO A; 1UG1 A; 1RUW A; 1KIK A; 4CC2 A; 4IIO A; 2FRY A; 1MV3 A; 2ECZ A; 1OPL A; 2AZS A; 2GQI A; 1NM7 A; 2KRN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RQR A; 3EFS A; 4R56 A; 2DO3 A; 2HBP A; 2EVR A; 2RHZ A; 1WXB A; 2EQU A; 1QKX A; 4L59 A; 3EG3 A; 2L3S A; 3DKM A; 1LOJ A; 2QAS A; 2KT1 A; 5CK9 A; 3AT1 B; 4M7D E; 4J6X A; 4HT8 A; 2A28 A; 3R6N A; 4OB3 B; 1OX8 A; 3RES A; 2YRD A; 1JQQ A; 4MML A; 4ZGJ B; 2RHI A; 4EMH A; 5KYY B; 4Y91 A; 2ZPB B; 3EG9 A; 1JB0 E; 2VAS A; 4XTX A; 3SB2 A; 3UWN A; 1PCX A; 4OMO A; 3CCL T; 1YJN T; 1VQ5 A; 3J81 E; 1WDX A; 3CC2 Q; 2G3R A; 2W10 A; 5CVI A; 3FJ5 A; 2WSE E; 3PVQ A; 4UC4 A; 5LJ5 j; 2EKO A; 1ZUU A; 4OMM A; 4XAX B; 5GMK m; 3UPU A; 3LWH A; 1C6V X; 2DXU A; 3EG0 A; 2QA4 A; 2CP3 A; 2KI7 A; 5LJ5 h; 3VUB A; 3DLM A; 1W70 A; 2K2V A; 2E5Q A; 2GCX A; 2KVQ G; 4BDY A; 1M2O A; 1YIJ A; 2DNU A; 5C0M A; 3PT9 A; 4MZP A; 1WJS A; 1VOM A; 2M16 A; 2PU9 B; 4LE9 A; 3G6E Q; 1UGS B; 5I11 A; 4HCZ A; 3S6W A; 4M78 D; 3CD6 A; 1K76 A; 4ME7 A; 1K9A A; 3PGG A; 5CKH A; 1ACM B; 2E3H A; 4AMC A; 1WFW A; 4MZM A; 2X4J A; 1I4K 1; 2YRV A; 2C0T A; 3CMA A; 2J6K A; 2FZC B; 3RKX A; 3ME9 A; 5EG2 A; 2DTI A; 4E7I A; 1R0B G; 3CC7 T; 4M7D G; 4J5Y A; 1SSF A; 3CBO A; 3JCM c; 2JM9 A; 3OB9 A; 5KYW B; 3J7A F; 1VQ8 T; 1T0J A; 2JT4 A; 2CUB A; 4LNP A; 4EIK A; 2RHY A; 3KBG A; 4OB1 B; 1ZHI A; 4C92 D; 2RJC A; 1B3Q A; 3JB9 I; 1VQL T; 2HQE A; 2RD1 A; 3CCM T; 3CPW S; 4FCY A; 3OYF A; 4F7U B; 1YI2 Q; 3MP6 A; 4XTZ A; 2H3J A; 2K2M A; 3M5A A; 5GAO n; 4HA8 A; 1KC8 U; 2XDD A; 2MOX A; 2LP5 A; 2FVU A; 1WJR A; 2KE9 A; 2V8I A; 2QDY B; 3HSB A; 4AFU C; 1Q86 C; 4C8Q A; 4ESR A; 2BIV A; 2XG8 D; 1TG0 A; 3JCM h; 1H92 A; 1KHC A; 2QQ9 A; 4C8Q B; 2E5K A; 3CEY A; 3BY7 A; 1TH7 A; 2QGF B; 4PJO B; 1TUD A; 2LCC A; 2VC8 A; 3QHS A; 2VXF A; 3QII A; 5CCA A; 1OU9 A; 3INZ A; 2R57 A; 1UDL A; 3GIB A; 1VQ9 Q; 2OTJ Q; 5AT1 B; 2DZC A; 1FMK A; 5LJ3 f; 5M9O A; 3SWN A; 1KQS P; 2HL5 C; 4F7U E; 1YJ9 A; 4RG2 A; 1MNE A; 1W2B A; 2YUP A; 1PD1 A; 2DX1 A; 5FU6 C; 3SWN B; 2C0I A; 1SPK A; 2DL3 A; 1NE8 A; 4BY6 C; 1N8R U; 2K7A A; 4J83 A; 1KQ1 A; 2DXT A; 2L3Q A; 2DIL A; 1ZLM A; 2EAY A; 1K9M R; 4IUR A; 2KAF A; 3C4S A; 5J3B A; 2HKQ B; 3I35 A; 4M78 C; 4BI4 A; 3EGU A; 2MYS A; 3QG1 A; 5GAN 4; 1PG5 B; 3OYA A; 5GAM f; 3A8G B; 2JOY A; 2AHJ B; 4PJO E; 3X26 B; 3MJX A; 4A54 A; 3UA6 A; 1QVF P; 2MI6 A; 1N5Z A; 1PC0 A; 4V2S A; 4IIM A; 1FMW A; 3H41 A; 5FRN A; 4GLM A; 2JVV A; 2VXE A; 3CQT A; 4J9F A; 1SEM A; 1MMA A; 4QW2 A; 3C94 A; 3CCS Q; 1KJW A; 1RI0 A; 3X24 B; 3MHX A; 2JS2 A; 2JTM A; 2EYQ A; 5KCH A; 1H8K A; 1HSQ A; 5IN1 A; 4C92 C; 4OMN A; 3PTA A; 1QVP A; 5LJ3 g; 3M0U A; 1VA7 A; 1UHC A; 1UGR B; 2CP5 A; 3JCM Q; 1D1C A; 3LLR A; 2HSP A; 5GAN f; 2CDT A; 2E65 A; 3EAE A; 2KYB A; 3P8D A; 2YSQ A; 5CAI A; 3OYE A; 2RQW A; 1KC8 C; 1IRX A; 1N27 A; 3HRT A; 2DVE A; 3PIP A; 2O9S A; 3GOX A; 2D8J A; 4ELY C; 2L3P A; 1M90 R; 4F7U G; 3MEW A; 1G3Y A; 5ECA A; 3JB9 D; 1KHI A; 2KMT A; 1A0N B; 5A0G A; 4XU0 A; 3SEM A; 1VQ5 T; 2E4H A; 4C92 F; 1MGQ A; 2L3R A; 2FYK A; 1VQ4 Q; 5GAN 8; 2XD0 A; 1WQ7 A; 3SD4 A; 1FXX A; 2ZPI B; 3QBY A; 1ABO A; 2HKN A; 4M7A F; 2IPO B; 2V26 A; 2DER A; 1GCP A; 2FB7 A; 4AFS C; 1AOJ A; 2J6O A; 1GXI E; 2F2W A; 3V7S A; 5CR2 A; 1YJN A; 1WHJ A; 1EZZ B; 4BE1 A; 2HCK A; 3VKI A; 2LZ6 B; 4PJO G; 4DOW A; 2YDL A; 1Y07 A; 3RKW A; 1X6O A; 2X9H A; 1KSW A; 4JJD A; 1CKA A; 2LQK A; 1K1Z A; 2CZ0 B; 1H3H A; 2EYW A; 4PLI A; 2A08 A; 2W0Z A; 1YIJ T; 2MF2 A; 1Q86 R; 2EIF A; 2OAU A; 3X25 B; 5KCO A; 5FW9 A; 1JEG A; 1MUZ A; 1BCM A; 3EGD B; 2BE7 D; 3DLL A; 1NG2 A; 2VB6 A; 5KE2 A; 1QCN A; 4ELZ C; 1UJ0 A; 4PFO A; 3QZ9 B; 2LRQ A; 2DK3 A; 1D1B A; 3VU3 C; 5KYU A; 2OTL T; 1PM3 A; 3CMA T; 3ZFJ A; 5KYU B; 3A98 A; 3SFM A; 2FPF A; 4PJJ A; 2PUO B; 2PVO B; 5IHI A; 2K5L A; 3CCQ Q; 1KD1 R; 5HK0 A; 1VQP Q; 1XOV A; 5GAM d; 4JLI A; 4LDU A; 1VQO Q; 4A4G A; 1VUB A; 3QZ5 B; 2DKG A; 3E19 A; 4ATO A; 1WHK A; 4GLK A; 3L2R A; 3OS0 A; 2AIR B; 5FU7 B; 1N6A A; 3CPW A; 3ASK A; 1RUW A; 2CZ1 B; 5LJ5 f; 1D1A A; 3CC7 A; 2AZS A; 2GQI A; 4EMK B; 2R58 A; 2LQ8 A; 1VQ8 A; 3BDL A; 3QPH A; 3HPW A; 3G4S Q; 2GFU A; 3EG2 A; 3QYG B; 1HYO A; 5GAM j; 1VQL A; 4PJM A; 3EHQ A; 3CCM A; 4WTO B; 3NTI A; 2XMF A; 3QO3 A; 4FYW B; 1AEY A; 1YWP A; 4LDV A; 1K9M U; 4BB7 A; 1I1J A; 4HXJ A; 1PSF A; 4E7S A; 5GAN d; 1NYG A; 3I9Q A; 1Q82 C; 1R8O B; 1TTH B; 4RTW A; 2MCN A; 3CXC S; 2A7Y A; 2ED0 A; 3MEV A; 3LH5 A; 1VQN Q; 4RG8 A; 3RER A; 2QEX T; 3BFM A; 1YJ9 T; 1RAG B; 3V7R A; 4M4Z A; 2GTO A; 2HDA A; 3L2U A; 1ZQ1 A; 4AFZ C; 1YJW T; 5HCK A; 1BB9 A; 4OGE A; 4LD6 A; 2DPP B; 4M7A A; 1GFD A; 4IUT A; 3WXM B; 3H0F A; 3JB9 F; 4M77 A; 2PVG B; 1NZ9 A; 1WA7 A; 4XTV A; 2JUF A; 4JRQ A; 1QP3 A; 2XK0 A; 1QKW A; 3OYG A; 2WSC E; 3I55 Q; 3LWI A; 2V1R A; 3TU4 K; 2A36 A; 1PKT A; 1UHF A; 2QQR A; 4BAC A; 2HMA A; 1BI1 A; 3JCM f; 3TEE A; 4C0D B; 1AVZ C; 1WQW A; 2O01 E; 1I5O B; 4M7D A; 1YIT A; 2ZZD A; 4BI3 A; 1KK7 A; 2QQB A; 3V8K A; 4M78 E; 2CH4 A; 4E2F B; 4M7D B; 2QQA A; 4R0K A; 1VQK T; 1IGU A; 2CH4 W; 2X4W A; 1M90 U; 1ZSZ A; 4B9W A; 2COW A; 5IT9 E; 3M0R A; 3E9G A; 3OYI A; 1ZSZ B; 2RI5 A; 2IVW A; 1AHJ B; 2KK4 A; 3RIR A; 1K8A R; 1RAI B; 3S3N A; 2K57 A; 3HFN A; 7AT1 B; 2QAZ A; 4FYY B; 2NWM A; 2CP2 A; 1AWX A; 3M57 A; 2JM8 A; 4E7K A; 2ZCF B; 4JDS A; 1YBY A; 4A63 B; 3ZBD A; 3M4Y A; 4OVA A; 2X51 A; 3CPF A; 1PNJ A; 3GNF B; 3I5S A; 4C8Q F; 2KRO A; 4XK8 E; 2K3X A; 3I56 A; 3VS1 A; 2RJE A; 4QVD A; 3S3M A; 2MIO A; 3M0S A; 4HVV A; 2HAX A; 4AG2 C; 1Q86 U; 2RN8 A; 2KBT A; 2O31 A; 1WHG A; 4ZGD B; 1LJO A; 5D6W A; 5KYY A; 5LJ5 d; 1K9M C; 2KNB B; 4IUU A; 3G71 A; 2RHX A; 2EGA A; 4ZN3 A; 2XU8 A; 4HVW A; 1V1C A; 4JJN K; 4Z89 A; 1BKB A; 3VJP A; 3FIF A; 2XI9 A; 2VGM A; 1X6G A; 2QA4 Q; 2RK2 A; 3DB4 A; 1LCK A; 1G83 A; 1S72 A; 1OZ3 A; 4RTZ A; 3NTK A; 3U23 A; 2KGT A; 3EH2 A; 1KD1 U; 4IUP A; 1U1T A; 2GGR A; 1WXU A; 1G8X A; 4M75 B; 3J80 E; 3M53 A; 2DIG A; 3NPF A; 2E6Z A; 2KRS A; 4M78 G; 3CD6 Q; 8ATC B; 3TSW A; 2FG0 A; 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