The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
STLFEALYDYEARTEDDLSFHKGEKFQILNSSEGDWWEVRSLTTGETGYIPSPYLAPVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an intermediate state in protein folding and aggregation.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Transferase
|
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase Fyn
|
| total genus |
9
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2012-02-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FW9 A; 4JJC A; 2KE9 A; 4JJB A; 1SSH A; 1VYV A; 3THK A; 1K76 A; 4HVU A; 4J9E A; 1M30 A; 2RN8 A; 4DEX A; 5I11 A; 2MOX A; 3O5Z A; 4CC4 B; 1PRM C; 3FJ5 A; 1G83 A; 1H92 A; 2F2W A; 3H0F A; 1WA7 A; 1K4U S; 1Y57 A; 1GBQ A; 2DJQ A; 2PTK A; 4Z8A A; 2CSQ A; 1Z9Z A; 1GFD A; 4AFZ C; 2E5K A; 4J9G A; 1HD3 A; 1WIE A; 2EYY A; 3VS7 A; 4RUG A; 1CSK A; 2L2P A; 3VS5 A; 3PVQ A; 1TUC A; 1BK2 A; 1X6G A; 1NM7 A; 2EQI A; 2GNC A; 1K9A A; 4IIM A; 2PZ1 A; 2YDL A; 1ZUK A; 2DRK A; 1PRL C; 1CKB A; 2JW4 A; 2KR3 A; 2AK5 A; 2KBT A; 3VS3 A; 2RQT A; 2L3Q A; 2FEI A; 1UFF A; 2X3X D; 1M27 C; 1G2B A; 2X3W D; 3TSZ A; 1T3S A; 2W10 A; 1K1Z A; 1S1N A; 1T0J A; 3PE0 A; 3KFV A; 4DEY A; 3I5S A; 2RQW A; 3VS6 A; 1HJD A; 4HVV A; 1AZG B; 1ABQ A; 2KNB B; 2J7I A; 2J05 A; 1OV3 A; 4AG1 C; 4AFQ C; 1KFZ A; 1GBR A; 1UGV A; 1U06 A; 1QLY A; 1GCQ C; 3U23 A; 1YP5 A; 1PKS A; 2AZV A; 2KT8 A; 2FG0 A; 2KRM A; 2DA9 A; 1KJW A; 1GFC A; 1ZBJ A; 4EIK A; 1ZUY A; 2O88 A; 2XMF A; 1V1C A; 4KRT A; 3C0C A; 1AWO A; 3ZL7 C; 2GGR A; 2CUB A; 1I1J A; 2JT4 A; 1CKA A; 2DMO A; 1WXT A; 4D8K A; 2C0I A; 2EVR A; 2EYZ A; 4CC7 A; 4F16 A; 1M3C A; 1E7O A; 4J9H A; 2FPD A; 4OMN A; 3QWY A; 2LX7 A; 1U3O A; 4F14 A; 1Y0M A; 2GQI A; 4R0K A; 2CH4 A; 1NLO C; 2KEA A; 2BZ8 A; 3VS1 A; 5EC7 A; 3CQT A; 1FMK A; 1MUZ A; 2KYM A; 2AKL A; 2MCN A; 1H3H A; 2RF0 A; 2K7A A; 1I0C A; 3UAT A; 2J6F A; 1OOT A; 4Z89 A; 2GTJ A; 2DL4 A; 2L0A A; 3H0H A; 1B3Q A; 1YCS B; 2BZX A; 4CC3 A; 2JS0 A; 3R6N A; 4J9D A; 1VYT A; 1OPK A; 4X1V A; 3SHW A; 2LQW A; 1RI9 A; 1SHF A; 2RQR A; 2RNA A; 2PNI A; 1WFW A; 4OMO A; 4LNP A; 4OMQ A; 2EYX A; 3PVL A; 1SRL A; 3A98 A; 3M0S A; 1QKW A; 1K0X A; 1VA7 A; 1WI7 A; 1JXM A; 4OMP A; 2OAW A; 1AVZ C; 1RUW A; 1ZSG A; 3M0R A; 4OMM A; 1PNJ A; 1MV0 B; 1QCF A; 1NYF A; 2YUQ A; 4FSS A; 4RTX A; 3JV3 A; 3EGU A; 1JXO A; 1W6X A; 1B07 A; 1X69 A; 2ED1 A; 2YT6 A; 1M8M A; 3NPF A; 2KGT A; 1U5S A; 1AOJ A; 1UDL A; 1LCK A; 1NEG A; 1YNZ A; 1NG2 A; 1W1F A; 2MIO A; 2KXD A; 1T3L A; 2D8H A; 1AWX A; 2DF6 A; 2NWM A; 4HVW A; 3EHR A; 4LUE A; 1H8K A; 1AZE A; 2C0O A; 2LJ1 A; 4Z88 A; 2DL3 A; 4J9B A; 2YUP A; 4QT7 A; 2DRM A; 1OPL A; 2DL5 A; 2AZS A; 2B86 A; 2ABL A; 1A0N B; 1MV3 A; 2HCK A; 2F2X A; 2I0N A; 2EGE A; 1K0S A; 1YN8 A; 2O31 A; 4HXJ A; 4RTU A; 4JZ4 A; 1N5Z A; 2D8J A; 2K2M A; 1WXB A; 2CT4 A; 2VVK A; 4RTZ A; 1ARK A; 2RQV A; 2M0Y A; 3EG0 A; 3GBQ A; 3NGP A; 1I07 A; 1SPK A; 2C0T A; 2DBM A; 2EYW A; 3TVT A; 5ECA A; 1PKT A; 2HBW A; 2IIM A; 2RPN A; 3LH5 A; 2EBP A; 4JZ3 A; 1ZX6 A; 2KRO A; 2V1Q A; 2ENM A; 1UEC A; 1X2Q A; 5IXF A; 2DE0 X; 3UF4 A; 4ZNX A; 2CSI A; 1UJ0 A; 1KSW A; 1QKX A; 4J9C A; 2KT1 A; 4K11 A; 3UA6 A; 2OJ2 A; 1IO6 A; 3H41 A; 2KRS A; 2O2O A; 1YWP A; 4D8D A; 1OEB A; 4A63 B; 5IHK A; 3VRZ A; 1RLP C; 5IH2 A; 2NUZ A; 2EKH A; 4GBQ A; 2L3P A; 1X27 A; 1BU1 A; 4LN2 A; 2BZY A; 2ESW A; 4RTT A; 3EG2 A; 1NEB A; 2ECZ A; 1TG0 A; 4AFS C; 1BBZ A; 5L23 A; 3SEM A; 2H8H A; 2LNH B; 1JU5 C; 2LZ6 B; 1SHG A; 1JQQ A; 3M0Q A; 1PHT A; 4HCK A; 4E6R A; 2DYB A; 3ULR B; 2DL7 A; 3IQL A; 2YUN A; 1ZUU A; 2O9V A; 4J9I A; 1X43 A; 2LJ3 A; 1PWT A; 2KYB A; 2EGC A; 2LCS A; 3VRY A; 2JTE A; 2EGA A; 5IXB A; 1KIK A; 2LMJ A; 2DL8 A; 2LJ0 A; 2VKN A; 1FYN A; 5GJW B; 1UUE A; 1BB9 A; 3EG1 A; 2A37 A; 2A28 A; 1SEM A; 2CUD A; 1ABO A; 1YWO A; 3VS2 A; 2M51 A; 3RNJ A; 4AG2 C; 4AFU C; 2D0N A; 3RBB B; 1WDX A; 2SRC A; 2FPF A; 2KRN A; 4LE9 A; 2J6K A; 2HSP A; 3VS0 A; 2LQN A; 1JEG A; 2FRW A; 1VYU A; 2JS2 A; 2CRE A; 2ROL A; 1UE9 A; 1UHC A; 1XOV A; 1WLP B; 3NHN A; 2FPE A; 2J6O A; 1HSQ A; 4JPB W; 1ZLM A; 4JJD A; 4F17 A; 1M3A A; 4J9F A; 1UHF A; 3TSW A; 2EPD A; 4IIO A; 5I22 A; 2YSQ A; 2JMC A; 4LUD A; 1QWE A; 2F2V A; 2V1R A; 1Z9Q A; 2CT3 A; 1AWW A; 1RLQ C; 3I5R A; 2HEQ A; 1AD5 A; 2K6D A; 3REB B; 2EW3 A; 5GJV B; 2JXB A; 2CDT A; 2VWF A; 2P4R A; 1GCP A; 4RTW A; 5IHI A; 2FO0 A; 1J3T A; 2RQU A; 2K79 A; 3M0U A; 1WXU A; 1EFN A; 1WYX A; 2SEM A; 3H0I A; 1X6B A; 2J06 A; 2YUO A; 2GTO A; 3M0T A; 2O9S A; 1WX6 A; 2RMO A; 2GBQ A; 2DM1 A; 2DNU A; 2DLP A; 1NLP C; 2DIL A; 5FWC A; 4CC2 A; 2DX1 A; 1JO8 A; 2DBK A; 2AKK A; 1E6H A; 3EG3 A; 1UTI A; 4RTY A; 1GRI A; 2A36 A; 2JMA A; 2CH4 W; 2D1X A; 2BTT A; 3I35 A; 1NYG A; 2LP5 A; 2L3S A; 3VS4 A; 4RTV A; 1GL5 A; 1M3B A; 2ED0 A; 4ESR A; 3M0P A; 5HCK A; 2G6F X; 4Y92 A; 4ORZ A; 2ROT A; 5IHN A; 2W0Z A; 2A08 A; 2K3B A; 3REA B; 2QDL A; 3I9Q A; 3NMZ C; 2JM8 A; 4WCI A; 3EHQ A; 1SRM A; 5FWB A; 2JM9 A; 2KXC A; 1QWF A; 4OML A; 1AEY A; 1X2K A; 3QWX X; 1T0H A; 1GCQ A; 1W70 A; 1E6G A; 1AWJ A; 1TUD A; 2DVJ A; 4GLM A; 1UJY A; 2OI3 A; 2FRY A; 3UA7 A; 2HDA A; 1UG1 A; 2K9G A; 4M4Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M75 A; 1ZSZ B; 2K3Y A; 3SB2 A; 2KE9 A; 4LDW A; 3I55 T; 1VYV A; 3THK A; 4J6X A; 2WSE E; 2ZPB B; 4HA8 A; 2RO0 A; 1M1K C; 1VQ5 T; 3OW2 A; 4TVR A; 3FJ5 A; 2H3E B; 1P92 A; 2XU8 A; 3H0F A; 2KI7 A; 2A0F B; 4N0A C; 2PTK A; 2Y4X A; 2QQR A; 4OB3 B; 1VQM T; 3TU4 K; 2HKQ B; 2E5K A; 2OTJ T; 2EYY A; 5KYY B; 2E41 A; 3UPU A; 3VS7 A; 1PD0 A; 4LDY A; 1CSK A; 1QP3 A; 4XU1 A; 1TU0 B; 3VS5 A; 4XU0 A; 1GXI E; 3OYD A; 2DRK A; 3JCM Q; 2JW4 A; 5A0G A; 4BUG A; 3CCU T; 4OP0 A; 5CCA A; 1VQ6 Q; 1K1Z A; 1VQ5 Q; 3PIP A; 1VQ7 Q; 2EQM A; 1KQ1 A; 4OB0 B; 3H6Z A; 5KH6 A; 2VB6 A; 4B9X A; 1GBR A; 2NYS A; 3HP9 A; 3U23 A; 5I21 A; 4M78 A; 1QVF P; 2DKG A; 4O5V A; 4BDZ A; 1KD1 R; 2QA4 A; 2O88 A; 3CBM A; 3MP6 A; 2DD5 A; 3RIR A; 3LWH A; 1S72 A; 3QYG B; 2CUB A; 2EWN A; 4C5I A; 3I55 Q; 5CK9 A; 3P8D A; 2C0I A; 4OGC A; 1IRX A; 4C92 F; 4OB1 B; 2V8K A; 4EPC A; 1E7O A; 1EZZ B; 2X4J A; 2EKO A; 1NBE B; 1MMG A; 3VYG A; 4FSX A; 3VS1 A; 2K5I A; 5EC7 A; 2DTO A; 3GOX A; 3QDR B; 1QMC A; 1MUZ A; 2RB6 A; 4V2S A; 2KYM A; 3OYK A; 2MCN A; 1H3H A; 2K7A A; 5GAN d; 1MMN A; 2HSE B; 2J6F A; 1OOT A; 3G6E T; 1LVK A; 1D3B B; 5GAN e; 2BZX A; 1I4K 1; 5LJ5 g; 3HTR A; 3MJX A; 2F69 A; 4X1V A; 2LQW A; 4XTZ A; 1WHH A; 3CPW P; 2PNI A; 5KYU B; 5GAO r; 1SRL A; 3M0S A; 3JB9 I; 2QGG A; 2P84 A; 3FC3 A; 2YRC A; 1W2B S; 4IUR A; 1IB8 A; 2P0Q A; 4ELZ C; 3CCM T; 1K0X A; 5L8R E; 1D0Z A; 1RUW A; 1IGU A; 3M0R A; 4OMM A; 2LQK A; 3M5A A; 3JV3 A; 4X34 A; 3EGU A; 3JCM e; 1VQP T; 4C8Q D; 1W6X A; 2YT6 A; 2ED1 A; 1NE8 A; 1U5S A; 5D6W A; 5C0M A; 5KYX A; 4F7U A; 2AIR B; 2BKD N; 1T3L A; 4C8Q B; 3JSC A; 2QQB A; 3TEE A; 2GF7 A; 4C92 A; 2QAZ A; 2NWM A; 4R56 A; 2ZCF B; 3EHR A; 1G5V A; 3RUX A; 4B6M A; 3CXC A; 4XTY A; 1EX4 A; 4J9B A; 4OB2 B; 2AZS A; 2ABL A; 4C5E A; 4JRP A; 1A0N B; 1VUB A; 1VQ8 A; 1K9M U; 3FB9 A; 2EGE A; 1YN8 A; 4HXJ A; 3RKY A; 4JZ4 A; 1N5Z A; 1WGS A; 2CT4 A; 5LL6 S; 2EQJ A; 1KQS A; 3MPU B; 2K3X A; 1PD1 A; 2M0Y A; 3EG0 A; 5CKF A; 2XG8 D; 1VQO T; 1VOM A; 2NUP A; 1VQN T; 4IUV A; 3TVT A; 1Q7Y U; 1PKT A; 1RI0 A; 2HBW A; 2EBP A; 1SG5 A; 1X6O A; 4BE1 A; 5GAN 6; 1X2Q A; 5IXF A; 3VYH B; 2BE9 B; 2DEQ A; 2CSI A; 4AMC A; 5GMK i; 3OY9 A; 1KSW A; 4K11 A; 4C0D C; 4KGZ B; 3CCR A; 1BIB A; 2O2O A; 1K73 R; 2ZPG B; 4QVD A; 5CKB A; 5HY6 A; 2VAS A; 5LJ3 j; 5IH2 A; 1BKB A; 1PM3 A; 4LN2 A; 1BU1 A; 5GAM f; 4BI4 A; 3E1S A; 4RTT A; 1ACM B; 1NEB A; 1Y07 A; 2DPP B; 3QG1 A; 3CCL A; 4JLI A; 2LNH B; 1JU5 C; 1SHG A; 4HT8 A; 2M02 A; 1QP2 A; 3ULR B; 2YUN A; 4E7L A; 1ZUU A; 2O9V A; 3JB9 J; 1X43 A; 3L2V A; 3A5Z B; 3H8Z A; 2QGF B; 3VRY A; 2EGA A; 4HCZ A; 1KHI A; 2X9H A; 1FYN A; 1ZA1 B; 1BB9 A; 3PMT A; 2CP7 A; 3EG1 A; 2A37 A; 4P5N A; 3QZ5 B; 1N9S A; 1SEM A; 3EAE A; 3GNG A; 4F04 B; 4ZGJ B; 3RNJ A; 4AFU C; 2XKO C; 2MPX C; 1WDX A; 3L2W A; 3TCJ A; 2KRN A; 3OQ5 A; 1NPR A; 3OS1 A; 2RM4 A; 2RJC A; 2LQN A; 2X35 A; 1JEG A; 2FRW A; 1HXD A; 4RCB A; 2X4X A; 1UHC A; 4C92 C; 1Q86 U; 3NHN A; 2GFA A; 4M7A C; 2YXY A; 4EMG A; 1X75 C; 2FZG B; 1ZLM A; 2COW A; 2DXT A; 2LVM A; 1M3A A; 2FHD A; 2EPD A; 3A8L B; 1K9M R; 2JMC A; 1NJI R; 2F2V A; 2V1R A; 2QEX Q; 1Q7Y R; 3CMA A; 4N4H A; 3CCJ Q; 3I56 Q; 2CT3 A; 3A8H B; 1M1K R; 1VQK Q; 3CCS Q; 3VU3 C; 3CCQ T; 1YI2 A; 2BUD A; 3CCV Q; 3TRE A; 3OYM A; 1M90 R; 1GCP A; 5IHI A; 2FO0 A; 2RQU A; 5C6S A; 2KY9 A; 4II1 A; 3H0I A; 2CS7 A; 2CZ1 B; 3G7Z A; 4XU3 A; 3QUI A; 4M77 F; 4KGV B; 2QDY B; 2JVV A; 2GBQ A; 3CME A; 5CO7 A; 2CP2 A; 2DLP A; 4L6V 5; 5FWC A; 2PUK B; 5KCH A; 2JZ2 A; 4F7U B; 3EG3 A; 2VC8 A; 3DB4 A; 1KHC A; 3G4S Q; 2JMA A; 3LX7 A; 1QW1 A; 1XJW B; 2CYZ B; 1NYG A; 2LP5 A; 2L3S A; 1GL5 A; 1M3B A; 4ESR A; 5HCK A; 4Y92 A; 3BY7 A; 3P8B B; 1Q82 C; 4ATO A; 3CEY A; 2ROT A; 1VIF A; 5FRO A; 3UDC A; 2K3B A; 1R0B G; 2QDL A; 2C06 A; 4B9W A; 3CD6 A; 4JRK A; 1AEY A; 1Q86 C; 4BAC A; 1E6G A; 4HCC A; 3FLG A; 2DXC A; 1YHQ T; 1YHQ A; 1WHL A; 2OI3 A; 1UG1 A; 1FXX A; 5IAY A; 3URG A; 4JJC A; 4PFZ A; 2M16 A; 1VQM Q; 1KQ2 A; 4ZN1 A; 4J9E A; 1VQ9 T; 4JJN K; 1O75 A; 2RN8 A; 1VQ6 T; 2KMT A; 1QQJ A; 2EAY A; 1V29 B; 3EGD B; 5I11 A; 3O5Z A; 2F5T X; 4C8Q F; 1G83 A; 2F2W A; 1WA7 A; 3HRT A; 4IUP A; 4A4K A; 4MZT A; 2DJQ A; 2YLB A; 2CSQ A; 1Z9Z A; 2DO3 A; 1HD3 A; 5I2M A; 3LYI A; 8ATC B; 1WJQ A; 1QVP A; 5GAN 5; 2OTJ Q; 2LC4 A; 1VQ4 T; 2HBP A; 5HK0 A; 1YJ9 Q; 4WTO B; 1NM7 A; 5GMK j; 1BYM A; 2EQI A; 2EJ9 A; 4C8Q E; 3E9G A; 1ZUK A; 3JCM P; 1CKB A; 1Q82 R; 2AK5 A; 2KBT A; 3VS3 A; 2NUT B; 1PSE A; 2ZZD A; 4FT4 A; 2OTL Q; 3TQ7 P; 1M27 C; 1G2B A; 3TSZ A; 5GAN f; 1T3S A; 2W10 A; 1T0J A; 2DXU A; 3KXT A; 3BFM A; 1TXQ A; 2CKK A; 4GY5 A; 4DEY A; 1HJD A; 2X4W A; 1AZG B; 2J7I A; 1OV3 A; 2RJF A; 1VQ4 Q; 5GAN g; 3HSB A; 4MMK A; 1F1B B; 2PVG B; 2KVQ G; 3OYC A; 2KRM A; 2DA9 A; 4BE0 A; 1KJW A; 1GFC A; 1ZBJ A; 1VQK T; 2EIF A; 4CI0 C; 1AWO A; 3ZL7 C; 1EIF A; 2DAQ A; 2GGR A; 2M0O A; 3DKM A; 4RG8 A; 4C5G A; 2JT4 A; 1CKA A; 1VQN A; 4DQ2 A; 1WQ7 A; 2MI6 A; 2GCX A; 5GMK h; 1UGP B; 4PK4 A; 4QQ6 A; 4M75 G; 4WF2 A; 4PLI A; 1RAA B; 3CC7 A; 2FPD A; 4RKU E; 4HCB A; 3QWY A; 5FRM A; 1U3O A; 3CCM Q; 1Y0M A; 3S3N A; 2GQI A; 4R0K A; 1W4S A; 4E47 A; 2E10 A; 1YIT A; 2O01 E; 1LPL A; 1Q81 U; 5I2S A; 1VQ7 A; 2JUF A; 2DIQ A; 1I0C A; 1RAD B; 3UAT A; 5HKC A; 2XDD A; 2GTJ A; 5FU6 C; 4J7I A; 2L0A A; 3G6E Q; 5J39 A; 4CC3 A; 2DIG A; 5D7U A; 2JS0 A; 3R6N A; 1ZA2 B; 1OPK A; 2QA4 Q; 2AT1 B; 4M78 D; 3CXC P; 1OU9 A; 3G4S T; 2RNA A; 4EMK B; 2HAX A; 1WFW A; 1M90 U; 2ZPH B; 4OMQ A; 5CVI A; 3A98 A; 2X4Y A; 3J81 E; 4N4G A; 3WVE B; 2HZY A; 3X25 B; 3OYJ A; 3P8H A; 5A2Q E; 3L2U A; 1WI7 A; 3GNF B; 2O4X A; 1NYF A; 4XTW A; 3G71 Q; 2L89 A; 3JCM g; 3LGF A; 3L2R A; 3BW1 A; 2VUB A; 3V8K A; 3CC2 Q; 1M8M A; 2Z0W A; 2KGT A; 3EFR A; 1AOJ A; 3RMS A; 3RDV A; 4QQG A; 1U1T A; 1NG2 A; 2KXD A; 2D8H A; 1M2V B; 4E7J A; 2RHY A; 3FDR A; 2OX7 A; 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