The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
|
structure length |
66
|
Chain Sequence |
DNFIYKAKALYPYDADDDDAYEISFEQNEILQVSDIEGRWWKARRANGETGIIPSNYVQLIDGPEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Genomics of Yeast SH3 Domains
rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
PROTEIN SSU81
|
| total genus |
13
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JMC A; 4AFZ C; 2EGC A; 1T0J A; 2LX7 A; 2RQU A; 1GCP A; 1PHT A; 2DRM A; 4F17 A; 4IIM A; 2HCK A; 5FW9 A; 1TUD A; 2W0Z A; 4AG1 C; 1RUW A; 3ZL7 C; 2GQI A; 2HBW A; 3M0Q A; 1K0S A; 1OPL A; 5FWB A; 1WI7 A; 2LJ0 A; 3R6N A; 1I0C A; 1KFZ A; 2AZV A; 2SRC A; 2LCS A; 4J9F A; 2JMA A; 1MV0 B; 4JJD A; 2DM1 A; 2H8H A; 1SHF A; 4OMQ A; 2RQR A; 1WXB A; 5GJV B; 2A08 A; 1X2K A; 2K3B A; 1ZBJ A; 4HCK A; 3VS4 A; 2VKN A; 4RUG A; 1X27 A; 3ULR B; 2QDL A; 1SEM A; 1TG0 A; 1UTI A; 4QT7 A; 3TVT A; 2LP5 A; 2DA9 A; 2F2W A; 2BZX A; 4M4Z A; 2CH4 W; 2BTT A; 3I9Q A; 5IXF A; 1NLO C; 3EG1 A; 3PE0 A; 2JS2 A; 2F2X A; 2CDT A; 1SSH A; 3EG2 A; 2FPE A; 1K0X A; 1HSQ A; 2EBP A; 1W6X A; 1Y57 A; 2RPN A; 1SRL A; 1OPK A; 2RN8 A; 2EGE A; 1AEY A; 3SEM A; 2KGT A; 1GCQ C; 5GJW B; 2YUO A; 4DEY A; 4OMN A; 2I0N A; 1ZX6 A; 3JV3 A; 2MOX A; 2ED0 A; 2NUZ A; 1RLP C; 2K9G A; 4OML A; 1WXU A; 3M0R A; 1SPK A; 4Z88 A; 2O88 A; 1N5Z A; 2RNA A; 3RBB B; 1U3O A; 2EW3 A; 5IH2 A; 1UJY A; 1TUC A; 4OMO A; 1M3B A; 2EKH A; 4LNP A; 1M3C A; 2KE9 A; 1PRM C; 5L23 A; 2DL3 A; 2P4R A; 3VS5 A; 1ZUU A; 1YWO A; 1CKB A; 1KIK A; 2MCN A; 1ZSG A; 2DBM A; 1K1Z A; 2RMO A; 1A0N B; 4ZNX A; 1WLP B; 2C0O A; 2DBK A; 5EC7 A; 1GRI A; 2ED1 A; 2JT4 A; 1OOT A; 4JJC A; 4J9H A; 4CC7 A; 1RI9 A; 1H92 A; 3M0T A; 2KXD A; 4LUD A; 2DJQ A; 4J9I A; 3RNJ A; 2YUP A; 2J06 A; 2AZS A; 2PZ1 A; 1PKS A; 1UG1 A; 2DVJ A; 1NYG A; 2EQI A; 3NMZ C; 1OV3 A; 1PWT A; 1UHF A; 2CUD A; 4KRT A; 2RQT A; 1J3T A; 2M0Y A; 2PNI A; 3UF4 A; 1VA7 A; 2L2P A; 3EHQ A; 2B86 A; 2HEQ A; 3UA6 A; 1Y0M A; 3M0U A; 2ROT A; 4AFS C; 3NGP A; 5I22 A; 1WDX A; 1QLY A; 2CH4 A; 1ABQ A; 4GBQ A; 4RTV A; 2CSI A; 1XOV A; 3NPF A; 3H41 A; 2KRS A; 1JQQ A; 1W1F A; 2V1Q A; 4IIO A; 2D8J A; 2L3P A; 2JM8 A; 3QWX X; 1IO6 A; 1ARK A; 2ESW A; 5I11 A; 2BZ8 A; 1NEG A; 2DNU A; 2L0A A; 5HCK A; 4D8D A; 1UJ0 A; 1M3A A; 2C0I A; 2ENM A; 3EG0 A; 3M0P A; 1JU5 C; 3VRZ A; 2DL5 A; 1UEC A; 1AD5 A; 2GBQ A; 3GBQ A; 3UA7 A; 2KT1 A; 2NWM A; 2EYW A; 2DF6 A; 4J9B A; 1AZE A; 1H8K A; 1X69 A; 1E7O A; 2FPF A; 2YDL A; 4CC3 A; 4RTU A; 1UFF A; 2FRW A; 1X6G A; 2YUQ A; 4RTT A; 1PNJ A; 1JXM A; 1GBQ A; 2X3X D; 4EIK A; 1NM7 A; 2J6O A; 2KRN A; 4R0K A; 1NEB A; 3U23 A; 2L3S A; 2DLP A; 2AKK A; 1AWW A; 1WIE A; 1FYN A; 2DRK A; 1YCS B; 1E6H A; 4RTZ A; 1FMK A; 4WCI A; 1G2B A; 4X1V A; 2KT8 A; 2O9S A; 1WX6 A; 4A63 B; 4RTW A; 1BBZ A; 1K76 A; 3O5Z A; 4J9C A; 1NG2 A; 1GBR A; 1PRL C; 3VS0 A; 3I5R A; 1CKA A; 2M51 A; 1M8M A; 3VS1 A; 4F14 A; 2CRE A; 1PKT A; 4LUE A; 2JM9 A; 3C0C A; 1BB9 A; 4LN2 A; 1GFC A; 2GNC A; 1M27 C; 2CUB A; 3PVL A; 4HXJ A; 1T3L A; 1RLQ C; 2DYB A; 2RQV A; 4FSS A; 1OEB A; 2FO0 A; 2KYM A; 4K11 A; 2EVR A; 1YP5 A; 2FEI A; 1KSW A; 4Z8A A; 1AOJ A; 1ZUK A; 3VS6 A; 2LQN A; 2W10 A; 4JPB W; 1X43 A; 1UE9 A; 2K2M A; 2VVK A; 3I5S A; 4Y92 A; 1K4U S; 1YWP A; 1EFN A; 2YUN A; 3VS3 A; 1VYT A; 1VYV A; 2GTJ A; 1HD3 A; 1I07 A; 2DE0 X; 1KJW A; 1QWE A; 2ROL A; 4HVW A; 1JEG A; 2V1R A; 4RTX A; 2A37 A; 2A28 A; 2DL8 A; 1UHC A; 1UGV A; 1AWO A; 4OMM A; 1GCQ A; 1T0H A; 3EGU A; 2KRM A; 2X3W D; 4RTY A; 1BU1 A; 2EYX A; 3CQT A; 3REA B; 1SHG A; 2KR3 A; 1S1N A; 1T3S A; 4J9E A; 2D0N A; 4JZ4 A; 1GL5 A; 1SRM A; 2DX1 A; 1BK2 A; 1K9A A; 2K7A A; 1WA7 A; 1NYF A; 3LH5 A; 2IIM A; 2KEA A; 5ECA A; 5IXB A; 1V1C A; 2AKL A; 2KYB A; 5IHK A; 2JS0 A; 1GFD A; 1W70 A; 2FRY A; 4JJB A; 4OMP A; 3VS2 A; 2DL7 A; 2A36 A; 2LMJ A; 3VS7 A; 2F2V A; 1MV3 A; 2SEM A; 2KNB B; 2EGA A; 5IHN A; 1JXO A; 3PVQ A; 2E5K A; 2O2O A; 2LNH B; 1Z9Q A; 1U06 A; 3UAT A; 1ZUY A; 1YNZ A; 2K79 A; 1WYX A; 2CT3 A; 1MUZ A; 2J6K A; 2CSQ A; 2HDA A; 2KXC A; 2DMO A; 3VRY A; 2JW4 A; 3H0F A; 2OI3 A; 4D8K A; 4CC4 B; 2HSP A; 2D1X A; 2CT4 A; 2PTK A; 3QWY A; 2GTO A; 1B07 A; 2EPD A; 2XMF A; 1ABO A; 1QKW A; 4J9D A; 3FJ5 A; 1H3H A; 1M30 A; 1X2Q A; 4LE9 A; 2O31 A; 1YN8 A; 2RQW A; 1QKX A; 1AVZ C; 4F16 A; 1LCK A; 2C0T A; 2G6F X; 1UUE A; 2RF0 A; 2EYZ A; 1G83 A; 1QWF A; 2MIO A; 4ORZ A; 3TSW A; 1HJD A; 3I35 A; 4GLM A; 3H0I A; 4E6R A; 1I1J A; 1AZG B; 2J7I A; 5FWC A; 3H0H A; 2J05 A; 4AG2 C; 4AFU C; 2FG0 A; 1Z9Z A; 1QCF A; 1X6B A; 1WFW A; 4J9G A; 4JZ3 A; 2J6F A; 4CC2 A; 3NHN A; 2L3Q A; 1CSK A; 2LJ1 A; 2FPD A; 3SHW A; 1VYU A; 2OJ2 A; 4ESR A; 2JTE A; 2ABL A; 2BZY A; 1U5S A; 2VWF A; 2KRO A; 2KBT A; 3IQL A; 3EG3 A; 4DEX A; 2LQW A; 2YT6 A; 1AWX A; 4HVV A; 2GGR A; 1JO8 A; 3THK A; 2EYY A; 5IHI A; 2AK5 A; 1B3Q A; 3REB B; 1AWJ A; 3A98 A; 2LJ3 A; 3KFV A; 4Z89 A; 1UDL A; 4HVU A; 1NLP C; 3M0S A; 2YSQ A; 4AFQ C; 1E6G A; 3TSZ A; 2OAW A; 2K6D A; 1WXT A; 2JXB A; 3EHR A; 1ZLM A; 2D8H A; 2DL4 A; 2DIL A; 2O9V A; 2LZ6 B; 2ECZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JMC A; 2ZCF B; 4M78 D; 3GF5 A; 1PHT A; 5L8R E; 2DRM A; 4NOY A; 3FC3 A; 4XTY A; 3MKD A; 2W0Z A; 5CK9 A; 2HBW A; 3M0Q A; 1JRI A; 3CEY A; 1WI7 A; 1KQS P; 1V29 B; 2LJ0 A; 2RO0 A; 5GAO p; 2QEX T; 1I0C A; 1GXI E; 3FLG A; 1TU0 B; 4A4G A; 3F70 A; 2LRQ A; 3CCE A; 3P8B B; 2SRC A; 2HL5 C; 1R0B G; 3OYK A; 4J9F A; 3MPU B; 5LJ5 d; 4B9W A; 1MV0 B; 1VQM Q; 4M7D F; 2KDS A; 4C92 G; 4M7A F; 1MND A; 2RQR A; 1WXB A; 2E70 A; 4OMQ A; 4Z02 A; 1WHL A; 4OB2 B; 4FT4 A; 3LGF A; 1SEM A; 4IUP A; 3HSB A; 1VQN Q; 1UTI A; 2PUO B; 1NPR A; 3EGD B; 3CC2 Q; 2BZX A; 4M4Z A; 3SFM A; 3I9Q A; 4DOW A; 3JCM P; 1AT1 B; 1D09 B; 3BW1 A; 2R5M A; 2DEU A; 3PT9 A; 1K0X A; 2K3Y A; 1W6X A; 1SRL A; 4C5G A; 4ZTJ A; 1OPK A; 5LJ5 e; 3CCR A; 3SEM A; 3H9N A; 1ZHI A; 1NJI R; 4DEY A; 3ASK A; 2FB7 A; 1R0C B; 3OB9 A; 1RLP C; 2CZ7 B; 2EQJ A; 3FJP A; 4R55 A; 2RHZ A; 4MZT A; 3QO3 A; 1FXX A; 2M9U A; 5KYY B; 2OTL T; 4PJO A; 3RBB B; 1U3O A; 1FMV A; 5IH2 A; 1TUC A; 4OMO A; 1M1K U; 3X20 B; 1Q7Y R; 1M3B A; 3QXE B; 4LNP A; 4KUL A; 1PRM C; 2X4X A; 2P4R A; 1K8A U; 2P0Q A; 1ZUU A; 1SSF A; 1CKB A; 3RMS A; 2H3J A; 4FM4 B; 1OOT A; 4JJC A; 1H3Z A; 4ZGJ B; 3QYH B; 3LWH A; 3P8H A; 1QVF P; 2LCC A; 1VQ6 Q; 2XDB A; 3CME T; 2XK0 A; 4J83 A; 1N9R A; 4AT1 B; 3X26 B; 3RKW A; 2ZZD A; 3JB9 D; 3QDF A; 2CGH A; 4KRT A; 3CCV Q; 5HY6 A; 3M54 A; 1X75 C; 2QTX A; 1IGU A; 3PMT A; 2L2P A; 3EHQ A; 4JRQ A; 1QCO A; 4M78 F; 4AFS C; 4DQ2 A; 3H41 A; 2JTF A; 2QK0 A; 1W1F A; 3NTK A; 4UC4 A; 2QQR A; 1XTD A; 4OF1 A; 1N8R R; 1M1G A; 2BZ8 A; 1RAI B; 5LJ3 g; 1NEG A; 2L0A A; 4C92 B; 3OMC A; 4JLG A; 2LT4 A; 4D8D A; 3EG9 A; 3OYY A; 2MYS A; 1M3A A; 3L2R A; 1K9M R; 2ENM A; 3EG0 A; 4M77 C; 1KD1 R; 4JDS A; 4IUQ A; 3KXT A; 3I56 A; 3PIP A; 3L2U A; 3CC4 T; 2V26 A; 2GBQ A; 1AD5 A; 4M7D G; 2KT1 A; 2EYW A; 1Q81 C; 3RES A; 2O4X A; 3JCM b; 4J6W A; 1S72 Q; 2ZAE A; 1H8K A; 4E7S A; 2YDL A; 2F69 A; 4RTU A; 1UFF A; 1X6G A; 2JNG A; 1PNJ A; 1JXM A; 3HL8 A; 2HZY A; 2XG8 D; 4HT8 A; 1NEB A; 4A4F A; 1QP3 A; 2L3S A; 1YCS B; 4WCI A; 4J7F A; 3QPH A; 4C8Q C; 5D6W A; 3OYI A; 3CCU T; 3DLM A; 1WX6 A; 3UWN A; 3OS1 A; 1K76 A; 1NG2 A; 5FU6 B; 3E1S A; 3I5R A; 1HYO A; 2CP5 A; 3MEW A; 4BDY A; 3HRT A; 4F14 A; 3QG1 A; 3C0C A; 4P5N A; 2GF7 A; 2MK5 A; 1OYX A; 1M27 C; 3QJ6 A; 3CCM Q; 2DET A; 1T3L A; 5GMK i; 2DYB A; 1H64 1; 5GAM f; 1OEB A; 2ZPH B; 2FO0 A; 2EVR A; 2FEI A; 1O9S A; 3E9G A; 1VQN T; 1OU8 A; 4OGE A; 2E5Q A; 3V8L A; 2W10 A; 4C0D C; 4JPB W; 3CC2 T; 4EPC A; 1UE9 A; 3M9Q A; 3H6Z A; 1RAA B; 1WHM A; 3S3O A; 2PU9 B; 1EFN A; 4BI3 A; 2EQK A; 5C6S A; 2GTJ A; 2RI2 A; 2DE0 X; 5CQX A; 1C6V X; 2AHJ B; 2PUK B; 3MP6 A; 1QWE A; 4F04 B; 1M90 C; 2QGF B; 2F5K A; 1VQM A; 5LJ3 h; 3GPL A; 1FMW A; 3JB9 I; 4RCB A; 4BI4 A; 4LDW A; 3V8K A; 4E7L A; 3G1J A; 5GAO r; 1M1F A; 7AT1 B; 2A28 A; 1R77 A; 1UHC A; 2YLC A; 4JJN K; 3JB9 F; 1M90 R; 3EGU A; 4HT9 A; 2X3W D; 5GAN j; 3CQT A; 3X24 B; 2KR3 A; 1S1N A; 3MEU A; 3MET A; 1GL5 A; 1SRM A; 2DKG A; 1Y96 B; 2FVU A; 1QW1 A; 4X34 A; 5GAN 8; 1UGR B; 4FT2 A; 1NYF A; 4M78 G; 2QA4 Q; 1NJI U; 4M7A A; 5IXB A; 3WXM B; 1QQJ A; 5CKD A; 1IZ6 A; 3RIR A; 3OBW A; 2A36 A; 2AT1 B; 4M77 E; 2LMJ A; 3VS7 A; 1MV3 A; 4DBQ A; 3MEA A; 1VQ9 Q; 4RMO A; 1JXO A; 2DPP B; 4C5E A; 5I2S A; 4M7D B; 4M7A B; 1U06 A; 3JB9 J; 2QAZ A; 3UAT A; 4LDX A; 2K79 A; 4J8O A; 5KYW A; 2CT3 A; 1W2B S; 4EMK A; 3CMA T; 1RI0 A; 1VQK Q; 4OB0 B; 3VUZ A; 1TH7 A; 2JW4 A; 3OSV A; 1VQ8 Q; 2Y4Y A; 4PJO C; 2CZ1 B; 1ZBX A; 1D0X A; 2KY9 A; 4C8Q E; 2D1X A; 5CR2 A; 1WJS A; 2COY A; 2PTK A; 1B07 A; 3CC7 T; 3SWN B; 1D0Y A; 1VQ6 A; 3GNF B; 5KYW B; 4ANJ A; 2O31 A; 4F7U A; 1QKX A; 1AVZ C; 2HD0 A; 4F16 A; 1P92 A; 3M53 A; 3NFC A; 1UUE A; 2EYZ A; 3CCV A; 4J5Y A; 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1X2K A; 2GFA A; 5KYX B; 2M16 A; 3VS4 A; 1VQP Q; 2VKN A; 1M90 U; 2X35 A; 2COZ A; 3P8D A; 5DM7 R; 2A3L A; 3EH2 A; 4KGV B; 1HXD A; 2CH4 W; 2RHX A; 2BTT A; 2P4T A; 5GAN 6; 3PE0 A; 1VQ9 T; 1WJR A; 1VQ4 T; 1SKU B; 2QXF A; 3OMG A; 2FPE A; 1LOJ A; 3HRS A; 2RPN A; 1QVF S; 4GLK A; 2RN8 A; 2EGE A; 1AEY A; 2DO3 A; 5GJW B; 2QA4 A; 1NBE B; 3OYL A; 2DZC A; 3A8G B; 4PFP A; 5KYN A; 3HPW A; 3JV3 A; 2NUZ A; 4RKU E; 1VIE A; 2NUT A; 2K9G A; 4OML A; 1WXU A; 3M0R A; 5FRM A; 3OA6 A; 4Z88 A; 3I56 Q; 5HK0 A; 2CZ6 B; 1N9S A; 4M77 B; 4M7D C; 4QW2 A; 3VS5 A; 1VQ9 A; 1YI2 A; 4M7A C; 1K1Z A; 3OW2 A; 2DIQ A; 2DBK A; 4IKF A; 1ZQ1 A; 3JB9 H; 4J9H A; 1MGQ A; 1VQK A; 2YWW A; 3SDZ A; 4LDY A; 4DBH A; 2DJQ A; 1VQ8 A; 2F5T X; 4PJO G; 3RNJ A; 4MZP A; 3CCE T; 1NYG A; 2EQI A; 2EYQ A; 3NMZ C; 1PWT A; 2CUD A; 4FCY A; 1D3B B; 3RKX A; 1M9S A; 2PNI A; 1VA7 A; 1TWB A; 4LD9 K; 5FRN A; 2ROT A; 4N0A A; 4E7I A; 1YCY A; 2HAX A; 2WSE E; 1ABQ A; 4RTV A; 3MP1 A; 1JQQ A; 1Q86 C; 1LJO A; 4ATO A; 2RB6 A; 2L3P A; 3QWX X; 4C0D B; 2P0P A; 5I11 A; 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