The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
GAMGPTDQDWIGCAVSIACDEVLGVFQGLIKQISAEEITIVRAFRNGVPLRKQNAEVVLKCTDIRSIDLIEPAKQDLDGHTAPPPVVNKPTPVKLPHFSNILG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A divergent Sm fold in EDC3 proteins mediates DCP1 binding and P-body targeting
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| molecule keywords |
CG6311-PB
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| total genus |
9
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EAY A; 3JB9 I; 2EJF A; 4XTV A; 4C92 E; 4M77 E; 4HT8 A; 5LJ5 e; 4J6X A; 4M75 F; 4M7D D; 4PJO E; 2DTI A; 4XTU A; 2DTO A; 4XU0 A; 1M8V A; 2VC8 A; 4A54 A; 1B34 A; 4NL2 A; 1D3B A; 3JCM f; 3VU3 C; 4C92 C; 1BIA A; 2YHT A; 4JLI A; 5I21 A; 2DZC A; 4M78 A; 2DXT A; 4NOY A; 4EMK C; 5GAM j; 5GAN 3; 1B34 B; 5GAN 8; 4XTW A; 2YLC A; 1D3B B; 4X9C A; 3PGG A; 1WPY A; 3JB9 D; 4XU2 A; 2E10 A; 4M7D C; 4M78 B; 1YCY A; 4M77 D; 5GAO r; 3BW1 A; 3INZ A; 4PJO D; 3V8L A; 4C8Q G; 2E65 A; 5LJ3 e; 2DKG A; 1Y96 A; 2JN0 A; 3HFO A; 5GAM g; 3JCM P; 3QSU A; 4C8Q A; 1WNL A; 4JUV A; 3JCM J; 3JCM W; 1HXD A; 4V2S A; 2E1H A; 4N0A A; 3QHS A; 3L2Z A; 3JCM d; 1Y96 B; 3V8K A; 4M7A F; 1WQ7 A; 1HK9 A; 4C8Q B; 3JCM e; 5GAN 5; 4EMK A; 3BY7 A; 3HFN A; 1KQ2 A; 5GAO p; 4M77 C; 4C92 B; 4C8Q F; 4M78 G; 4PJO C; 3SWN C; 3JCM Q; 5LJ5 j; 2YLB A; 4M7D A; 1M5Q 1; 2RM4 A; 3QO3 A; 4M75 E; 4EMK B; 3GIB A; 5DY9 A; 2HNI A; 4M7A E; 4X9D A; 1MGQ A; 5LJ5 h; 3RKX A; 2VXE A; 1LJO A; 3V7R A; 4QVC A; 5GAM h; 3JB9 H; 2DXU A; 4F7U A; 4XTZ A; 4M7D B; 4M75 C; 4XQ3 A; 5GAN 7; 3JB9 J; 4RCC A; 5GMK m; 3HSB A; 2DTH A; 2FB7 A; 5LJ5 g; 3JB9 G; 2EJG A; 4M78 F; 3RKW A; 4A53 A; 5GAO l; 5GAN j; 4F7U B; 3BDU A; 3V8J A; 4C92 G; 4M77 G; 1H64 1; 3FIF A; 5GAM f; 1I8F A; 4C92 A; 5GAN h; 4M77 A; 1LNX A; 2CGH A; 2RA2 A; 1N9S A; 2VXF A; 4XU3 A; 4PJO A; 4M75 D; 3SWN A; 5GMK j; 5LJ3 j; 4M7A D; 1N9R A; 5GAO m; 5GAO n; 5CAI A; 4EMH A; 4M78 E; 3RIR A; 3FJP A; 1U1T A; 5LJ3 h; 5GMK h; 2FYK A; 4M77 B; 5GAN g; 3JCM V; 2RB6 A; 4C8Q D; 3RER A; 3RUX A; 3SB2 A; 1TH7 A; 4M7D G; 3SWN B; 4PJO B; 4C92 F; 4MMK A; 5GMK i; 5GMK l; 3EFS A; 4PNO A; 5GAN 6; 3JCM X; 5LJ3 g; 4F7U G; 5GAN 4; 2DEQ A; 4JRI A; 2K57 A; 3FB9 A; 4C8Q E; 3BFM A; 4HA8 A; 4MML A; 2Y90 A; 4M7A C; 1KQ1 A; 2EWN A; 5LJ5 d; 3M4G A; 4NL3 A; 1JRI A; 5GAM d; 3V7C A; 4JRK A; 1I5L A; 4M7D F; 4M78 D; 1LOJ A; 2I2L A; 3JCM g; 4C8Q C; 5GAM e; 3RES A; 1WQW A; 3V7S A; 5LJ5 f; 4PJO G; 2EJ9 A; 4N0A C; 4XU1 A; 4F7U F; 2RD1 A; 1X01 A; 5GAO q; 3AHU A; 1JBM A; 2E64 A; 1I81 A; 1I4K 1; 2E41 A; 3EFR A; 4EMG A; 4J5Y A; 4M7D E; 3QUI A; 2DJZ A; 4OP0 A; 4J6W A; 3RKY A; 5GAN d; 2DVE A; 4M75 G; 5GAN e; 3JCM c; 4DQ2 A; 3JCM b; 3JB9 F; 4M7A G; 4WF2 A; 4F7U E; 4M75 A; 4M78 C; 2DZ9 A; 4M77 F; 4C92 D; 5LJ3 d; 5GAN f; 4HT9 A; 4XTX A; 4PJO F; 4M7A A; 2ZGW A; 4QVD A; 4RCB A; 4XTY A; 5GMK e; 5GAN 2; 4J6Y A; 1BIB A; 2QTX A; 3L1A A; 3JCM h; 4Y91 A; 1U1S A; 5LJ3 f; 4M75 B; 4M7A B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QT7 A; 2P0P A; 1PM3 A; 1EX4 A; 2DTI A; 1BB9 A; 4XTU A; 5IHI A; 1B34 A; 2O2O A; 3VU3 C; 4D6W A; 1TXQ A; 2DRK A; 2EBP A; 4KH1 B; 1R8O B; 4NOY A; 3NMZ C; 2D8H A; 3DLL A; 1D3B B; 3MP6 A; 3QG1 A; 4QQG A; 1TUC A; 1M9S A; 2D0Q B; 2PTK A; 1YCY A; 1YIJ Q; 4ZGE B; 2ZPF B; 4B9W A; 1WXB A; 2E1H A; 2DIL A; 2VGN A; 1OZ2 A; 1QVG S; 4RKU E; 2JTE A; 3CCV T; 5GAN 5; 4GLM A; 2RJF A; 1KQ2 A; 1N27 A; 2KRS A; 2J05 A; 2QAZ A; 2J06 A; 5HK3 A; 4BI3 A; 4Z8A A; 1FMW A; 1JXO A; 2VXE A; 4X34 A; 1YFN A; 4XTZ A; 1N8R C; 1H92 A; 3UAT A; 4ELZ C; 3OYG A; 3THK A; 3QWY A; 4AFU C; 2DD4 A; 5LJ3 j; 1M90 U; 5FRM A; 1VQ5 Q; 2O9V A; 3I55 Q; 1IGQ A; 2YUO A; 3REB B; 1MMD A; 2M51 A; 1M8M A; 3M53 A; 4OGE A; 4PJO B; 1ABQ A; 2GFU A; 3OYC A; 4PJM A; 2OTJ A; 2XD0 A; 4OMN A; 1BU1 A; 3BFM A; 1VQ6 A; 1OOT A; 1AT1 B; 1ZX6 A; 3G4S A; 4A63 B; 3PVL A; 5CKD A; 2ENM A; 3CME A; 2IVW A; 4CC2 A; 2CUB A; 1X01 A; 1ZA2 B; 1ARK A; 1JBM A; 4E2F B; 3QUI A; 4JPB W; 3OYN A; 1MND A; 4Z88 A; 4M75 G; 4M7A G; 1PD1 A; 3EG1 A; 3HP9 A; 4CC7 A; 1OEB A; 2E12 A; 1VQL T; 3CXC P; 1AD5 A; 1TSF A; 1B07 A; 1R0C B; 3CCJ A; 3LGF A; 5KYY B; 2NUT B; 1M2O A; 3OW2 P; 2FRY A; 3H0H A; 4JLI A; 3QBY A; 2EQU A; 4C5H A; 5GAM j; 5KYU A; 4XTW A; 2CZ1 B; 1VQM T; 5DM7 R; 2DD5 A; 3CPW P; 1K76 A; 1G3S A; 1ZSZ B; 2ABL A; 3M0S A; 2DF6 A; 3JAM E; 2QDL A; 4OB0 B; 5GJV B; 2XU8 A; 5M9O A; 3GF5 A; 2L0A A; 2RHY A; 3A8L B; 3QKJ A; 4RTY A; 1AZE A; 2JOY A; 1VQP A; 3I5R A; 1NM7 A; 2QK0 A; 4ORZ A; 3DB3 A; 4ZN3 A; 1SF9 A; 4AFQ C; 4KGX B; 5CKH A; 1QWF A; 3S3N A; 1I8F A; 3ASK A; 1RAG B; 2RHX A; 3M58 A; 2R57 A; 4M7D G; 3CD6 A; 2CP0 A; 2B86 A; 2AHJ B; 3S3M A; 1KQS P; 2XDP A; 2CYZ B; 1P92 A; 2V8J A; 1QKX A; 1W70 A; 2DEQ A; 4A4G A; 1KJW A; 3P8B B; 3MPU B; 4QW2 A; 3ZBD A; 4LNP A; 3WXM B; 1NBE B; 4C5E A; 1VQ9 A; 3E2U A; 4C8Q C; 2JM9 A; 2K5F A; 1OU9 A; 1JJ2 A; 4FYW B; 3CC4 Q; 3ZL7 C; 1NPP A; 5CVI A; 1JJ2 S; 3TSZ A; 1FYN A; 3M9Q A; 3OYM A; 1G3W A; 2DPP B; 3VS3 A; 3C12 A; 1GRI A; 3OYH A; 1WDX A; 2KI7 A; 2EAY A; 3JB9 I; 2M02 A; 4J9G A; 1UTI A; 3JRZ A; 2HL3 A; 2P0Q A; 1WXU A; 3LW5 E; 3TRE A; 4PJO E; 2ZPE B; 1M8V A; 1M3B A; 2VYT A; 1WJR A; 3LH0 A; 2MWP A; 2CKK A; 4ZTF A; 2YHT A; 1X6B A; 1VQ6 T; 4MZP A; 5GAN 3; 2CP3 A; 3OS1 A; 2LJ3 A; 3G4S T; 3CME T; 4A4H A; 1X27 A; 3LWI A; 3QSU A; 1I1J A; 2BE9 B; 1EZZ B; 3FEO A; 1WJQ A; 1SKU B; 3JCM d; 4E7Z A; 1Y96 B; 1ZUK A; 1JU5 C; 4M7A F; 3J80 E; 1K9M C; 2LDM A; 3E9G A; 5D7U A; 2LQK A; 3OMG A; 1HJD A; 1Q82 U; 2C0I A; 1UUE A; 2OI3 A; 5DY9 A; 3EAE A; 8AT1 B; 3CCJ T; 3M0R A; 4L5G A; 1CSK A; 3JB9 J; 2WSF E; 4ME7 A; 3GPL A; 2OTL A; 2EJG A; 4A53 A; 2BZY A; 4C0D C; 4F7U B; 1H3Z A; 3UF4 A; 1BI0 A; 2EKO A; 4M77 G; 4C92 G; 1IO6 A; 1KD1 U; 3CCR Q; 2FHD A; 2RA2 A; 4M75 D; 1WFW A; 3TCJ A; 3CCL A; 4M7A D; 2EYY A; 4OVA A; 1QCN A; 4JJC A; 1AZG B; 3RER A; 3LWH A; 3RUX A; 3WVD B; 4WTO B; 2YXY A; 5GMK i; 3M0Q A; 5KYX A; 1UGV A; 5I11 A; 2EWN A; 5CQY A; 3C4S A; 4DOV A; 2FPF A; 5CR2 A; 1MNE A; 1UHC A; 1GCQ C; 2K3X A; 3OYB A; 1VQP T; 1K8A C; 1BYM A; 5GAO q; 1OUL A; 2O9S A; 4FU6 A; 4OP0 A; 4L59 A; 1TUD A; 2AZV A; 2C0O A; 1HSQ A; 4JRP A; 3F70 A; 1W6X A; 4FW1 A; 3MO8 A; 1GBQ A; 3LYI A; 4HT8 A; 3CD6 T; 2CT4 A; 2EQK A; 1NLP C; 2DL7 A; 3FJ5 A; 1M30 A; 4RTZ A; 2X3X D; 3CC7 T; 1UGR B; 2AIR B; 3X26 B; 1VQN A; 3CBP A; 1B34 B; 1QCO A; 4P5N A; 5IT9 E; 1VQ9 T; 2L3S A; 3M0P A; 5HCK A; 3GLX A; 1YHQ A; 1Q81 R; 3RMS A; 3T9N A; 3JCM J; 2JMC A; 2JTM A; 3RDV A; 3L2Z A; 2EFI A; 1K1Z A; 3V8K A; 2L3Q A; 2HBP A; 3CCQ A; 1OX9 A; 3L2R A; 2FG0 A; 2HSP A; 3QDR B; 4M7D A; 4DBH A; 4X9D A; 2FZK B; 3EG3 A; 1LJO A; 3L2U A; 1IGU A; 2A37 A; 4OB1 B; 4M78 F; 3SEM A; 3N5B B; 3FIF A; 2F2X A; 1T0J A; 2D8J A; 4XU3 A; 2XMF A; 3M54 A; 2CP6 A; 1YWP A; 1YJW A; 1NJI C; 2DBK A; 1FX7 A; 2PZ1 A; 1NEB A; 3HHT B; 4R0K A; 5KH6 A; 1CKA A; 3EFO A; 5FRN A; 1OV3 A; 3JV3 A; 1BCM A; 2I0N A; 3O5Z A; 2HEQ A; 4ZTJ A; 4M78 D; 2F5K A; 4RTX A; 2RI2 A; 2RHZ A; 3CCS T; 4M4Z A; 4FYY B; 2SRC A; 2A28 A; 2OTL T; 2DVE A; 1SSF A; 4F7U E; 3I56 T; 2MCN A; 4M77 F; 4E7J A; 1HYO A; 1TUG B; 2RK1 A; 4QVD A; 5GAN 2; 4J6Y A; 1MMA A; 2QTX A; 3CCL T; 2EVR A; 4XAX B; 2K7A A; 2P4T A; 5FU6 C; 1EIF A; 3CXC A; 1M4Z A; 4IUT A; 2VC8 A; 4RG2 A; 4FT2 A; 3KUF A; 2XI9 A; 5HK0 A; 5HY6 A; 1O9S A; 2CZ0 B; 2LJ0 A; 3OW2 A; 3CCU A; 5A2Q E; 2MK5 A; 4X9C A; 3CC2 A; 2HSE B; 3OW2 S; 2LJ1 A; 4M77 D; 2HKN A; 3VS0 A; 5KYU B; 3PMT A; 2OJ2 A; 1Y71 A; 2JN0 A; 2E6Z A; 2DIG A; 4OMQ A; 1E7O A; 2RQR A; 1W2B P; 2CP5 A; 2QYZ A; 1MV0 B; 3PT9 A; 4YTL A; 2FO0 A; 1WYX A; 5KE2 A; 5LJ5 j; 5GJW B; 1KHC A; 2QGG A; 1NPR A; 2L5Q A; 4M75 C; 1D09 B; 3OYY A; 2LCL A; 3CBO A; 1IHW A; 3HSB A; 2COZ A; 2H8H A; 3DKM A; 1I0C A; 2LNV A; 2ZZD A; 3A8H B; 1VQN T; 1K4U S; 1AEY A; 1LNX A; 1N5Z A; 2IPO B; 4J83 A; 1K9M R; 1M1K U; 5LJ3 h; 3VS2 A; 4J9H A; 3SB2 A; 2DBM A; 1V29 B; 1KK7 A; 5GAN 6; 1UFF A; 1JEG A; 2K4Y A; 3C95 A; 1YNZ A; 4OMM A; 2EW3 A; 2PUO B; 1YJN A; 2Y4X A; 3G6E A; 1YHQ Q; 2DIQ A; 1I5L A; 4LDU A; 2ROL A; 1OYX A; 2BUD A; 3OYJ A; 4EDU A; 3M0T A; 4NS5 A; 4QVZ A; 2LZ6 B; 4N4H A; 3CCQ Q; 3JCM c; 4FSS A; 4HCZ A; 2E6N A; 2X4Y A; 4E7S A; 1NG2 A; 5LJ3 f; 3OYD A; 1YJW T; 4C5G A; 3FDR A; 5CIU A; 1XOV A; 3MCA B; 1ZQ1 A; 2BZ8 A; 1M3C A; 1K8A R; 1SSH A; 1S72 Q; 1GFC A; 2HDA A; 4JJB A; 3MP1 A; 2HAX A; 2GNC A; 5IXB A; 2VVK A; 4M7D C; 2D9T A; 3P8D A; 1WXT A; 2DLP A; 2DER A; 1YI2 T; 4OB2 B; 5KCH A; 4C8Q A; 4PLI A; 2XG8 D; 4HXJ A; 1K9A A; 2MPX C; 1G5V A; 3EG9 A; 4RTV A; 4OML A; 2LTO A; 1WHJ A; 4C0G A; 5FU7 C; 3EG2 A; 3ULR B; 4E7I A; 1GXI E; 2HNI A; 3RKX A; 2HKQ B; 2ATC B; 4Z02 A; 1SHF A; 2DE0 X; 1K73 U; 1BKB A; 5FRO A; 2CT3 A; 1MUZ A; 1HD3 A; 1Q81 U; 4IKF A; 1KC8 U; 4FYX B; 2X51 A; 5GAM f; 3CCU T; 4DEX A; 3CC2 T; 2SEM A; 5IH2 A; 4RMO A; 3RIR A; 2FYK A; 3JCM V; 3CCM A; 4IUQ A; 2A0F B; 3OBY A; 5LJ3 g; 2WSE E; 5GAN 4; 3CCV Q; 1D1C A; 3HL8 A; 2M0O A; 3VUZ A; 3M4G A; 3D7S B; 3LX7 A; 2YUN A; 2XHC A; 4JRK A; 1S1N A; 2EYX A; 5KYX B; 2XIC A; 4JLG A; 2P4R A; 1U06 A; 2EJ9 A; 1Z9Q A; 2HL5 C; 2K6D A; 2KGT A; 1NJI R; 2KEA A; 2QQA A; 3M55 A; 3UDC A; 2JVV A; 3GOX A; 3JCM b; 4Y92 A; 2H3J A; 2HCK A; 4FT4 A; 3OYK A; 4AG2 C; 5IHK A; 4C0F A; 4XTX A; 2LVM A; 4XTY A; 2O88 A; 2RN8 A; 4DBR A; 1X69 A; 2XK0 A; 3RBB B; 2H3E B; 4TVR A; 3NFC A; 1QW1 A; 3E19 A; 1D0Z A; 2G3R A; 2CSQ A; 4B6M A; 5KCO A; 2MI6 A; 2QDY B; 4C92 C; 4CRI A; 4N4G A; 1W4S A; 1H8K A; 2AKL A; 1YJN T; 2KDS A; 2LMJ A; 2A3L A; 3G6E T; 1VIE A; 1C1A A; 3H0F A; 2DMO A; 2J6O A; 5GAO r; 4KBM B; 3CEY A; 3V8L A; 5L23 A; 1RAB B; 5D6W A; 5EG2 A; 5GAM g; 1VYT A; 6AT1 B; 2O4X A; 1SRM A; 4C5I A; 4MDW A; 1QVF A; 1GCQ A; 1HXD A; 2RQW A; 1QVF S; 3PIP A; 1G8X A; 2K5I A; 2RH2 A; 4FM4 B; 1D0Y A; 5FWB A; 1TG0 A; 2HQE A; 3FC3 A; 1VQL Q; 1VYU A; 2LT4 A; 1M5Q 1; 2NUP A; 3GIB A; 1MGQ A; 4QVC A; 1U3O A; 4M7D B; 2YRV A; 5GAN 7; 4KUI A; 2KMT A; 3X20 B; 3JB9 G; 3MJX A; 5I2S A; 2EGA A; 2MMP A; 2AT1 B; 2QGF B; 1VQM Q; 1YJ9 A; 1M3A A; 4J9D A; 5GAO n; 1MMG A; 2NYS A; 5FU7 B; 3EFS A; 2DYB A; 1CKB A; 3JCM X; 4ZN1 A; 2EGE A; 4FCY A; 1NYG A; 4J9I A; 4J7I A; 3X24 B; 2KYB A; 4HA8 A; 1QVP A; 1NYF A; 1KHI A; 4BDZ A; 2VAS A; 1VQ8 T; 3EFO B; 1M90 C; 5AT1 B; 3BE3 A; 3M57 A; 5FWC A; 2LX7 A; 1QLY A; 1UGS B; 4RTT A; 3MHX A; 2QEX A; 2RQV A; 3A8O B; 5LJ3 d; 2E70 A; 4WCI A; 3CC7 A; 1NLO C; 3IQL A; 1RUW A; 2FZC B; 3CCM T; 3PTA A; 1KFZ A; 3GP8 A; 2GTJ A; 4XU0 A; 4E7K A; 4RG8 A; 2HQH A; 2X9H A; 4BI8 B; 5GAN 8; 3NTK A; 3BW1 A; 3GNG A; 3INZ A; 4Z89 A; 2M16 A; 5LJ3 e; 4KRT A; 2R5A A; 3M56 A; 1VQ4 A; 2PUK B; 4PJJ A; 1A0N B; 1WQ7 A; 3QPH A; 3VS7 A; 3OBW A; 2C06 A; 2EYZ A; 2HZY A; 4C92 B; 4M78 G; 2Z0W A; 4K11 A; 4C0Z A; 4KT0 E; 1Q86 U; 2KE9 A; 4D8K A; 1WGS A; 1VUB A; 1YIT A; 2K79 A; 2RQT A; 5J3B A; 3L2V A; 2LP5 A; 3OB9 A; 2XID A; 2OTJ Q; 1Q7Y U; 4BUG A; 5GAN j; 1VQ6 Q; 3UWN A; 3EG0 A; 1ZA1 B; 2NUZ A; 3G4S Q; 3TQ7 P; 3CME Q; 2FPE A; 4J9C A; 1QP2 A; 2BE7 D; 4F16 A; 2RB6 A; 1PG5 B; 1PSE A; 2DL8 A; 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