The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
98
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structure length |
98
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Chain Sequence |
LQGVELIARDWIGLMVEVVESPNHSEVGIKGEVVDETQNTLKIMTEKGLKVVAKRGRTFRVWYKGKIMRIKGDLINFRPEDRIKRGLMMLKRAKGVWI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of archaeal ribonuclease P protein aRpp29 from Archaeoglobus fulgidus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ribonuclease P protein component 1
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Archaeoglobus fulgidus
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| total genus |
16
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature |
ec
3.1.26.5: Ribonuclease P. |
| pdb deposition date | 2004-06-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01868 | UPF0086 | Domain of unknown function UPF0086 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribonuclease P/MRP, subunit p29 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V76 A; 1OQK A; 2ZAE A; 1TSF A; 1TS9 A; 2KI7 A; 1PC0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FYK A; 3HFO A; 4OB2 B; 1WHK A; 2GCX A; 1WXT A; 4HCZ A; 6AT1 B; 1NJI R; 1YJ9 T; 3HKS A; 4F16 A; 4PLL A; 3EGX B; 2BUD A; 2HL5 C; 1KIK A; 2CP5 A; 3RR6 A; 3VUB A; 2DFU A; 2DL5 A; 3H0F A; 1KHC A; 3I56 A; 2YSQ A; 1ZUK A; 2YUO A; 1HXD A; 5EG2 A; 1YHQ Q; 2IIM A; 4RKU E; 3OYY A; 4UC4 A; 2E6Z A; 4OGE A; 3CEY A; 3MEV A; 2ZPI B; 1NYF A; 1AWW A; 2W10 A; 5J39 A; 2LC4 A; 1LPL A; 3EH2 A; 2CUD A; 1U1S A; 3RMQ A; 3PMI A; 5CQX A; 1ZBX A; 4N4I A; 2QQ9 A; 4X9C A; 3CBP A; 3QDF A; 4C5E A; 2BKD N; 2BZY A; 1YHQ T; 4HCC A; 3BW1 A; 3EG1 A; 1IHV A; 3VV0 A; 1B7T A; 1Q81 C; 2KAF A; 3I55 Q; 1WI7 A; 2QK0 A; 4A63 B; 3RIR A; 1KQ1 A; 5ECA A; 2X3X D; 2B8A A; 3S3N A; 2L3Q A; 2EGC A; 2E5Q A; 3G4S Q; 1KG1 A; 3X24 B; 3UDC A; 3DLL A; 2V8J A; 3C95 A; 4C92 B; 4OMM A; 1PCX A; 5M9O A; 3JCM V; 3I55 T; 2QEX A; 2GTO A; 2JJ9 A; 3M0R A; 4J9B A; 4JPB W; 4M78 F; 4OML A; 5IHI A; 2A0F B; 4BB7 A; 1VQM A; 2QYZ A; 4QQ6 A; 3G4S T; 2RHI A; 2CRE A; 4B9W A; 3T9N A; 3M53 A; 1T3L A; 3THK A; 5GAM h; 2OTL A; 3OYA A; 1FMK A; 5GAN j; 4FYY B; 1H3H A; 5A0D A; 4PJM A; 1I07 A; 4HVW A; 4M7D E; 3JCM W; 3P8H A; 2RMO A; 3OMG A; 3JCM g; 1JXM A; 4Z8A A; 2YWW A; 1MND A; 2QDL A; 4J6W A; 2FRY A; 2KYB A; 2EJ9 A; 5DLQ E; 1ACM B; 2QGF B; 1T0J A; 2CSI A; 2LTO A; 2VAS A; 3V8J A; 1YIJ A; 2QQR A; 5D6W A; 4D6W A; 4JS4 A; 1QVF P; 1RI9 A; 2K5I A; 2A3L A; 2XKO C; 2KI7 A; 2BE9 B; 3LGF A; 3CPW P; 2NUP B; 2ROT A; 4ME7 A; 1U8R A; 1YI2 A; 1PC0 A; 4ZNX A; 2F2X A; 1UDL A; 2XI9 A; 5GAN g; 3G7Z A; 3CME A; 3FJ5 A; 1IGU A; 3JCM c; 5FW9 A; 4L59 A; 2DD5 A; 3UPU A; 1X01 A; 2JMA A; 3TSW A; 4QVC A; 4M78 C; 2H3E B; 1ZX6 A; 2X4J A; 3CCV Q; 2J06 A; 3H0H A; 1VQ4 A; 4BY6 C; 2LRQ A; 2IVW A; 3HL8 A; 5GAM f; 1ZLM A; 2X51 A; 1QW1 A; 2LJ1 A; 4R55 A; 4N0A A; 3CC2 A; 2EYQ A; 4JLG A; 5GAN 7; 2DER A; 1UHC A; 2C0T A; 4WCI A; 2NYS A; 1JU5 C; 4K11 A; 4XAX B; 2HD0 A; 3CCV T; 3V7C A; 2LT4 A; 3OYG A; 7AT1 B; 2VWF A; 2VXE A; 1ZBJ A; 4RTU A; 3RMS A; 3PIO A; 2R5M A; 3M58 A; 4M75 D; 3I56 Q; 4M7D B; 3DKM A; 3U23 A; 3VS0 A; 3EG9 B; 2IPO B; 1W1F A; 3L2Z A; 3I35 A; 1DJ7 B; 1TUC A; 2KR3 A; 1ZA1 B; 2DVE A; 4GLM A; 3JV3 A; 4IUR A; 4C8Q A; 1IRE B; 2PVO B; 2JT4 A; 4QVD A; 2MMP A; 3VJP A; 2DA9 A; 4J8O A; 2COY A; 3OBY A; 3I56 T; 1D1A A; 1M3C A; 2FPD A; 3GIB A; 2E12 A; 3GBQ A; 2RHU A; 1M2V B; 2DZC A; 4IUP A; 2DPP B; 1I5O B; 3WXM B; 5GJW B; 4PL6 A; 3WVE B; 1I0C A; 2AHJ B; 2DIL A; 2HKQ B; 3SWN B; 1QKW A; 1RI0 A; 1SPK A; 3QDR B; 4LNP A; 4AFQ C; 3VS2 A; 5HK3 A; 4GLK A; 1Q82 U; 2XDB A; 2OX7 A; 2BIV A; 3A5Z B; 2KGT A; 1HSQ A; 3VYG A; 2DK3 A; 2RK2 A; 1TG0 A; 2QQS A; 4J9H A; 1N27 A; 2DL4 A; 4J9C A; 3MP1 A; 2EW3 A; 2LVM A; 2DTH A; 3GPL A; 3ME9 A; 4J9D A; 4AFS C; 3V8K A; 2QEX Q; 4O6J A; 3OYH A; 2DBM A; 2YLC A; 1JB0 E; 2HDA A; 1TOV A; 1WXB A; 4DEX A; 2COW A; 4EMK A; 1CSK A; 1KC8 C; 1VQM Q; 1GCQ A; 3TVT A; 2DKG A; 2RQU A; 2OI3 A; 2RF0 A; 5FRO A; 1X75 C; 4ZN1 A; 2OTL Q; 2VV5 A; 1SRL A; 5EC7 A; 3OW2 S; 2QEX T; 2M1H A; 5CKE A; 1SSH A; 3HSB A; 2W0Z A; 3OYK A; 3CCQ A; 3HTR A; 4J9F A; 3ZBD A; 3ASK A; 4PFP A; 1VQM T; 5LJ3 e; 2KBT A; 4RCB A; 2OTL T; 2RHX A; 3JB9 F; 4HVU A; 5GMK h; 3VKI A; 4NL3 A; 2OTJ A; 3QII A; 4BDY A; 2DXB A; 2QQB A; 1YN8 A; 3REB B; 1VQK A; 5KYW A; 1YIJ Q; 1OX8 A; 4X9D A; 4M78 D; 2KEA A; 4BE0 A; 3LGL A; 3JB9 H; 4OGC A; 2QAZ A; 1VA7 A; 2O31 A; 2OAU A; 3MP8 A; 4IIM A; 1Q86 C; 3MP6 A; 4Y28 E; 2LX9 A; 3FC3 A; 1YI2 Q; 5LJ5 d; 4RTT A; 3CME Q; 1AZG B; 3OYI A; 4B6M A; 2EBP A; 1Y7X A; 2DLP A; 2VXF A; 2JTM A; 1SKU B; 2JNG A; 3GF5 A; 2RJE A; 3ZL7 C; 1CKB A; 1YP5 A; 2D0N A; 1YIJ T; 2ROL A; 3CMA A; 4KH1 B; 1OZ3 A; 4DOV A; 4PJO A; 1OX9 A; 4P5N A; 2HQE A; 1KD1 C; 4Y91 A; 1YI2 T; 1K9M U; 1VQ4 Q; 3DB3 A; 4KGX B; 3OYM A; 3CME T; 5LL6 S; 3CBM A; 1D0X A; 2DTO A; 3HRT A; 3A8M B; 2WSC E; 4HCK A; 1WA7 A; 1ZSZ B; 1AWO A; 1WHL A; 1N9S A; 1K9M R; 1GCQ C; 4XTV A; 4M77 A; 1VQ4 T; 3OW2 A; 1TS9 A; 1G5V A; 4C0D B; 2RB6 A; 4FU6 A; 1BBZ A; 2O4X B; 1WYX A; 3CC2 T; 3LYI A; 3M59 A; 3DB4 A; 4PNO A; 4A54 A; 3UAT A; 1M1K U; 4FT2 A; 3JCM h; 4M78 G; 2P0P A; 5D6X A; 4OF1 A; 1BK2 A; 2SEM A; 1U1T A; 4GY5 A; 3KUF A; 1M1K R; 1YNZ A; 1B3Q A; 1QMC A; 2DYI A; 2K5L A; 2WSF E; 2FZC B; 4FCY A; 1UG1 A; 3LLR A; 2GBQ A; 2ZPE B; 4RUG A; 2EWN A; 4C8Q B; 4F7U A; 1M5Q 1; 2FG0 A; 4KH0 B; 4CC4 B; 2CGH A; 2MWO A; 2DD4 A; 3PVQ A; 5GAN h; 1VQO A; 4C92 F; 4JUV A; 4AMC A; 1M9S A; 5GAO m; 4XTY A; 4IUU A; 1RAF B; 4A4E A; 2LNV A; 3RBB B; 1K1Z A; 1OYX A; 1X6O A; 3C94 A; 1GFC A; 3R6N A; 1BIB A; 2VUB A; 3SHW A; 1SSF A; 3SB2 A; 2L3R A; 2XU8 A; 1M27 C; 5LJ5 e; 1EIF A; 3CBO A; 1OQK A; 2RHZ A; 2E3I A; 1O9S A; 3GLX A; 2DZ9 A; 3QJY A; 2HCK A; 3GOX A; 5GAO p; 5A0G A; 2JM9 A; 2CZ0 B; 4RTX A; 2QI2 A; 2NUP A; 3PMT A; 2DE0 X; 5IHN A; 5DM7 R; 3CC7 A; 5GAN 2; 1O75 A; 4Y92 A; 1M8V A; 1Q82 C; 3C0C A; 4EMK B; 1MNE A; 2M0Y A; 4OVA A; 3OB9 A; 3CCQ Q; 2PVD B; 3O8V A; 3ULR B; 1UJ0 A; 1IZ6 A; 4TVR A; 2R58 A; 3REA B; 4HXJ A; 3X20 B; 4XK8 E; 2V8K A; 4ANJ A; 2DEU A; 5J3B A; 1T0H A; 1IHW A; 3TQ7 P; 3JSC A; 4JDS A; 1BB9 A; 2DVJ A; 2CUB A; 5GAN f; 3QZ9 B; 4C92 C; 2OTJ Q; 2XDP A; 2QQA A; 3X25 B; 1VQK Q; 3CCQ T; 4NS5 A; 2YDL A; 4AG1 C; 1U3O A; 2D1X A; 3CXC S; 2GQV A; 1C0M A; 1VQ5 A; 1EFN A; 2E70 A; 2AZS A; 2ZPG B; 2JS2 A; 5HY6 A; 1UGV A; 1N6A A; 2HQX A; 3RER A; 3CCS A; 4ZTF A; 2OTJ T; 5KYW B; 1MMA A; 2ESW A; 2GFA A; 4JZ4 A; 1UFF A; 1VQK T; 3PGG A; 3CMA Q; 2Y4Y A; 2LDM A; 2QDY B; 2LP5 A; 2MCN A; 2XDD A; 1VYT A; 1K8A U; 4M7D A; 3EG9 A; 3INZ A; 5KH6 A; 2RQV A; 1UGS B; 2AK5 A; 3VUZ A; 3VS1 A; 2GQI A; 2E64 A; 3JB9 D; 2PVG B; 2DJZ A; 2J6O A; 2RA2 A; 1LCK A; 2M9U A; 2MPX C; 4JJN K; 1ZUU A; 2CYZ B; 1K8A R; 1M90 U; 5AT1 B; 3CMA T; 4C0Z A; 4QQD A; 4M7D F; 3RKW A; 4DQ2 A; 2JVV A; 4PJO B; 2EQI A; 1TUD A; 2AZV A; 1M2V A; 1AEY A; 4FIB A; 3P8B B; 1B07 A; 1K76 A; 2RQW A; 2RD1 A; 1WJS A; 1M90 R; 4Z88 A; 1VIF A; 1R77 A; 2PQW A; 3VS6 A; 3A8L B; 1UEC A; 2OAW A; 2VYT A; 1M1F A; 3QHS A; 3SWN A; 3JCM Q; 2J7I A; 4M75 C; 1K0X A; 1VQ8 A; 5GAO l; 1Q7Y C; 2GGR A; 4M77 B; 4M4Z A; 2LQ8 A; 1NEG A; 1K4U S; 2DNU A; 5AYF A; 2E65 A; 2MIO A; 3CXC A; 4JJC A; 4R56 A; 4E47 A; 3J80 E; 2LJ3 A; 2DO3 A; 2LQK A; 3M0S A; 2FL7 A; 1V76 A; 1QP2 A; 4FM4 B; 2XG8 D; 5FU6 B; 3JCM X; 4LD9 K; 1UEB A; 2GNC A; 2KRM A; 1VQO Q; 2HAX A; 1KJW A; 1X2K A; 3JB9 G; 5LJ5 j; 4E6R A; 2RI3 A; 4Z89 A; 1K73 C; 4M7D C; 2WAC A; 4F7U B; 4OMP A; 1AZE A; 4LDW A; 4JRK A; 5GMK m; 4IUV A; 3GNF B; 2DXU A; 4ZGD B; 3RKY A; 2WSE E; 3L2R A; 4AG2 C; 3OSV A; 1M8M A; 4HVV A; 3JCM b; 3OS2 A; 4PJJ A; 1VQO T; 1H64 1; 4RG2 A; 1PD0 A; 3KFV A; 2KMT A; 4LDV A; 4LD6 A; 1IRX A; 4JJD A; 2F1L A; 1UTI A; 4XU3 A; 4XTX A; 2QTV A; 1OPL A; 2B86 A; 2JW4 A; 5KYX A; 1N8R C; 1D0Y A; 2JN0 A; 1GXI E; 5I2S A; 1YJN A; 5IAY A; 4C92 D; 3E19 A; 4DBQ A; 5LJ5 g; 3SWN C; 3M0U A; 3JRZ A; 3CC7 Q; 1EX4 A; 1YIT Q; 3JB9 I; 2G6F X; 5IXB A; 3GNG A; 4DEY A; 3EFS A; 4IIO A; 1BI3 A; 4IUQ A; 4RTZ A; 3EH1 A; 1FWZ A; 3UF4 A; 1UHF A; 1FMW A; 4BD3 A; 2X9H A; 3JB9 J; 1R8O B; 4E7J A; 1W4S A; 3CC7 T; 2CP0 A; 5IXF A; 3V8L A; 4EIK A; 4XTW A; 2M51 A; 5DLO A; 3S3M A; 2RJF A; 1NM7 A; 3WVD B; 3OYD A; 2H8H A; 2KXC A; 4XU2 A; 4AFZ C; 2LCC A; 2CP3 A; 4RTV A; 2HKN A; 1VQ5 Q; 2O9S A; 2KT8 A; 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