The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
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sequence length |
55
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structure length |
55
|
Chain Sequence |
SDYVMATKDGRMILTDGKPEIDDDTGLVSYHDQQGNAMQINRDDVSQIIERLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Escherichia coli k-12
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| publication title |
Crystal structure of the ygdR protein from E.coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized lipoprotein ygdR
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| total genus |
4
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| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06004 | DUF903 | Bacterial protein of unknown function (DUF903) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NL2 A; 4XU3 A; 4M77 E; 4M78 G; 4XTZ A; 4C8Q B; 4M77 D; 5GMK m; 5GMK i; 4M7D A; 3V7C A; 3SWN C; 3JCM P; 3BFM A; 3JCM g; 3GIB A; 4F7U G; 4J6Y A; 1WNL A; 3HFO A; 5LJ3 d; 1HK9 A; 3V8L A; 5LJ5 g; 4M78 B; 1X01 A; 4XU2 A; 5LJ5 j; 4M7A C; 3V8J A; 3INZ A; 5GAN 6; 5GAN d; 4JUV A; 4M77 A; 4EMH A; 1Y96 A; 5I21 A; 5GAM h; 4PJO B; 1I81 A; 1B34 A; 3EFR A; 1MGQ A; 4OP0 A; 5LJ3 e; 2RB6 A; 4MMK A; 1KQ1 A; 2HNI A; 4M75 D; 5GAN e; 1JBM A; 4C8Q E; 4C92 E; 4DQ2 A; 3BY7 A; 4XU1 A; 4C8Q D; 4C92 D; 1M8V A; 3JCM Q; 4M7D E; 1I8F A; 2DZ9 A; 4M77 C; 4M75 A; 5GMK l; 5LJ5 f; 4M78 D; 1U1S A; 3FB9 A; 4C8Q A; 4C92 A; 1KQ2 A; 4M7A F; 4HA8 A; 5GAM j; 4PJO D; 2E10 A; 3RIR A; 1YCY A; 3JB9 I; 3JCM W; 4M78 A; 4EMK B; 2ZGW A; 3JCM V; 1HXD A; 5LJ5 d; 3JCM e; 3FIF A; 5GAO n; 2FB7 A; 1N9S A; 4RCC A; 2EAY A; 4Y91 A; 5GMK e; 4M7D F; 4PJO A; 3AHU A; 4F7U B; 3EFS A; 2DTI A; 4M75 C; 5LJ3 h; 2QTX A; 1LJO A; 2YLB A; 4J6W A; 3RER A; 3RKX A; 4M7A G; 3PGG A; 4XQ3 A; 3SWN B; 3V8K A; 5LJ5 e; 4C92 C; 1I4K 1; 4C8Q C; 5GAN h; 5GAN 2; 2K57 A; 4M75 E; 3JB9 D; 3FJP A; 4M77 F; 4M7D C; 3QHS A; 4M7A B; 5GAM f; 5GAN 8; 4XTY A; 4N0A A; 3JCM b; 4M75 B; 5CAI A; 4M7D G; 1D3B A; 3RKW A; 4M78 E; 2EJG A; 3SB2 A; 2DVE A; 2EJ9 A; 4X9C A; 4XTU A; 4A54 A; 5GAM g; 4PJO E; 2E65 A; 3L2Z A; 4M77 G; 5GAO q; 4XTW A; 2DZC A; 3JCM c; 3QUI A; 4M75 F; 4EMK A; 2E41 A; 2VXF A; 2EJF A; 5GAN j; 4J6X A; 2EWN A; 3JCM h; 4HT9 A; 4M77 B; 5GAO m; 4C92 F; 4C8Q F; 5GMK h; 1Y96 B; 4NL3 A; 1H64 1; 4JLI A; 4JRI A; 4F7U A; 4M7A D; 2YLC A; 3BDU A; 2RA2 A; 3HSB A; 1BIA A; 2DKG A; 5LJ5 h; 2DTH A; 3M4G A; 1BIB A; 5GAO r; 3HFN A; 4XTV A; 3V7R A; 5GAN 3; 4M75 G; 2Y90 A; 4PJO F; 2DXU A; 3RKY A; 5GAN 5; 4M7A A; 5LJ3 f; 2CGH A; 4C8Q G; 4C92 G; 4M78 C; 5DY9 A; 2DEQ A; 4NOY A; 2DJZ A; 2RM4 A; 5GAN f; 1WPY A; 3V7S A; 4PJO C; 3BW1 A; 4C92 B; 4WF2 A; 2VC8 A; 2VXE A; 4JRK A; 5GMK j; 4X9D A; 3JB9 J; 4XU0 A; 5LJ3 g; 4PNO A; 4M7D B; 4F7U E; 2FYK A; 4PJO G; 5GAM d; 5LJ3 j; 5GAO l; 2YHT A; 1N9R A; 5GAN g; 4V2S A; 3JB9 F; 4J5Y A; 1WQW A; 3RUX A; 1M5Q 1; 2RD1 A; 4XTX A; 4A53 A; 2DTO A; 5GAN 4; 3JCM J; 1JRI A; 2JN0 A; 4HT8 A; 4N0A C; 2E64 A; 5GAM e; 3QO3 A; 4M7A E; 5GAO p; 1B34 B; 1TH7 A; 2E1H A; 4QVD A; 1LNX A; 3SWN A; 4M78 F; 1U1T A; 3JCM f; 1I5L A; 3RES A; 3JB9 G; 4F7U F; 5GAN 7; 2I2L A; 4EMG A; 3JB9 H; 3QSU A; 4M7D D; 3VU3 C; 4EMK C; 4QVC A; 2DXT A; 1D3B B; 4MML A; 3JCM X; 4RCB A; 1WQ7 A; 3L1A A; 1LOJ A; 3JCM d; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BI3 A; 2OTJ Q; 2VYT A; 1PG5 B; 3O5Z A; 2ECZ A; 3RDV A; 4F7U G; 2DL7 A; 4XU2 A; 3E1S A; 2JS2 A; 3EHQ A; 3LH5 A; 3L2V A; 4C0G A; 3GNG A; 4JJD A; 2KRN A; 4LDU A; 2LX7 A; 4PJL A; 1YJ9 A; 3JCM Q; 3A8H B; 3QWY A; 3JRZ A; 1OUL A; 2M1H A; 5CKB A; 3QPH A; 3OS0 A; 2VGM A; 4EMK B; 2X4X A; 2FB7 A; 3G71 A; 3GNF B; 1VQO A; 3RKX A; 1PRM C; 2O01 E; 5LJ5 e; 4C92 C; 1V76 A; 1E7O A; 3EHR A; 2DYB A; 2W0Z A; 1FWZ A; 1X75 C; 1NPP A; 2J05 A; 2LDM A; 2YRC A; 2MAM A; 1VQ9 T; 4R0K A; 1JB0 E; 3A8O B; 3H8Z A; 5GAM g; 1JEG A; 1QVG P; 4RTT A; 4PJO E; 2OTJ T; 3L2Z A; 1SG5 A; 2EVR A; 3OYI A; 3QXE B; 2XDP A; 4NL3 A; 2FRW A; 2AT1 B; 2RHI A; 1NYF A; 1P92 A; 4BE0 A; 3UF4 A; 2EQU A; 2LT4 A; 3VJP A; 1QVG S; 1K8A R; 4KRT A; 2DIQ A; 2KRS A; 3GP8 A; 5C6S A; 2RM4 A; 4N4G A; 2BZX A; 3LYI A; 4Z8A A; 1KD1 R; 1ACM B; 4X9D A; 1QKW A; 1RAD B; 1RI0 A; 2E5Q A; 2P0P A; 1YCS B; 1Q81 U; 3EG1 A; 1ZSZ C; 3DB3 A; 2H3J A; 3VS3 A; 1RAE B; 2WSF E; 1NEB A; 2DXT A; 1GCQ A; 4MML A; 4RCB A; 3L1A A; 4M75 B; 2D1X A; 4XTZ A; 3C95 A; 1PKT A; 2EIF A; 2ESW A; 3QKJ A; 3X25 B; 1ZHI A; 2SEM A; 5CVI A; 2A08 A; 1G2B A; 5FRM A; 1GFC A; 4EDU A; 4IUQ A; 3UA7 A; 5KYX A; 2LRQ A; 2NYS A; 1OI1 A; 2P0Q A; 2DL8 A; 2QEX A; 3QZ5 B; 2O4X A; 3VRY A; 4BAC A; 3L42 A; 1VYU A; 4ZTF A; 1GCQ C; 1TXQ A; 3CCE A; 4M7A G; 2KT1 A; 2NWM A; 1YI2 Q; 1QP3 A; 3MP8 A; 5GAN 8; 3VS7 A; 2XG8 D; 1C0M A; 3LGL A; 1K8A C; 3A1P A; 2ZAE A; 2V26 A; 1KD1 C; 2R5A A; 2EW3 A; 3E19 A; 3M4Y A; 3M55 A; 4XTW A; 5CK9 A; 2RHY A; 2QTV A; 3QJ6 A; 2AIR B; 2MI6 A; 4MZM A; 4LDW A; 3OW2 A; 3QWX X; 2PVG B; 1UGQ B; 4F7U A; 2P4R A; 1OYX A; 4J9E A; 1IHW A; 4C5I A; 3GBQ A; 5I2M A; 5KYU A; 3M0R A; 2CT3 A; 5IN1 A; 2Y90 A; 3CCU Q; 2QEX Q; 1VQN A; 1KFZ A; 2RJD A; 3P8H A; 2EQM A; 2K5L A; 2XHC A; 1GBQ A; 5A2Q E; 4BI8 B; 4D6W A; 3CCE Q; 3PMT A; 2FZC B; 5LJ3 j; 1W6X A; 4IUV A; 1X2Q A; 5GAN g; 2JM9 A; 5AT1 B; 2CUB A; 1MMA A; 2J06 A; 4ZGJ B; 4ESR A; 3HHT B; 4M78 F; 2R58 A; 2K3Y A; 3PNW C; 1YI2 T; 1QKX A; 3AT1 B; 2RQT A; 1B07 A; 4BE2 A; 3OS1 A; 4NL2 A; 1ZBJ A; 2XK0 A; 2L5Q A; 3CME A; 3OMC A; 4JS5 A; 2PNI A; 4O5V A; 2DFU A; 1VQN Q; 2O9V A; 2IPO B; 5HCK A; 4E7J A; 1UEC A; 4E7S A; 3H0H A; 2J6F A; 3TU4 K; 1AZG B; 4LUE A; 3CCU T; 2QEX T; 4D8D A; 4CC4 B; 3EAE A; 4M78 D; 3M0T A; 1NJI U; 3UPU A; 2NUT B; 1SF9 A; 1UFF A; 2DIG A; 3CCE T; 2A3L A; 1IO6 A; 3CCL Q; 1RAF B; 1SEM A; 4N4I A; 2DO3 A; 1NLP C; 2DTI A; 2FRY A; 2EYQ A; 3CBP A; 5CCA A; 5FU7 B; 3CME Q; 3CCV A; 2VB6 A; 1JXO A; 4DBF A; 2HD0 A; 4XTY A; 3QJY A; 2MCN A; 3MET A; 2C0T A; 3E9G A; 1M90 U; 4X9C A; 4LDX A; 1KC8 U; 4FSS A; 2DD4 A; 2EJF A; 1VQN T; 3RNJ A; 2BE9 B; 1M4Z A; 2DL4 A; 1Q81 R; 2HQE A; 2LCC A; 2HKQ B; 2YWW A; 3OS5 A; 4QW2 A; 1Y7X A; 1TOV A; 3OBW A; 1YIJ Q; 2A7Y A; 4M7D B; 3OYF A; 3CCV Q; 2P4T A; 4JZ3 A; 2GTO A; 2L3R A; 3CCL T; 1KK7 A; 3OYH A; 1ZBX A; 2LCL A; 1VQP A; 4IUT A; 2DX1 A; 2FPD A; 2WSE E; 3LH0 A; 3HRT A; 3CME T; 4JJC A; 1PC0 A; 1OQK A; 3MEU A; 5D7U A; 1NLO C; 4M77 E; 2V1Q A; 1PD1 A; 1TUC A; 3GIB A; 1BK2 A; 1D0Z A; 1QW1 A; 1SPK A; 2H8H A; 2EGC A; 5LJ5 j; 4OML A; 3V8J A; 2QK0 A; 4J9I A; 4OB0 B; 3X28 B; 2OAW A; 1MGQ A; 5M9O A; 1JJ2 P; 1FMV A; 3HPW A; 5I11 A; 1VQ7 Q; 3J7A F; 4C8Q E; 1OX9 A; 2CP3 A; 1M8V A; 4ZN1 A; 2FVU A; 1SSH A; 1IHV A; 3MP1 A; 1U3O A; 1WLP B; 7AT1 B; 1IGU A; 2JTF A; 1YIJ T; 4M78 A; 1JJ2 S; 2YRD A; 1WJQ A; 3CCV T; 1T0J A; 1V1C A; 2KY9 A; 1Z9Q A; 2CP0 A; 4BY6 B; 1JO8 A; 1D0Y A; 2LQW A; 2GFA A; 1Q81 C; 2M0Y A; 4C5E A; 4OMM A; 1X69 A; 3RKW A; 4E7L A; 4DBQ A; 3PMI A; 2JT4 A; 4E47 A; 2EKH A; 3ULR B; 3OYG A; 1QVF A; 2V8J A; 4M75 F; 4LXC A; 1U8R A; 1X43 A; 1LVK A; 1I5O B; 4IKF A; 5FRO A; 1WHJ A; 2CH4 W; 9ATC B; 2DAQ A; 4QQD A; 4OMP A; 1Q7Y U; 4DA4 A; 1VQ7 T; 1YWP A; 1CKA A; 1A0N B; 4C92 G; 5IXF A; 4M78 C; 3V7S A; 1MV3 A; 4A4E A; 4BE1 A; 5LJ3 g; 1N8R U; 5IH2 A; 1BI1 A; 1N9R A; 4C5H A; 2MMP A; 2HL5 C; 2CP2 A; 2FZG B; 2JN0 A; 2GF7 A; 2B8A A; 1ZA2 B; 1B34 B; 2K3B A; 3TSW A; 1PNJ A; 3OYC A; 3OYL A; 1D1C A; 5C0M A; 1S72 A; 1SHG A; 4RKU E; 3VU3 C; 4QVC A; 3FDR A; 1NYG A; 3FRN A; 4RTX A; 3JCM g; 4LNP A; 1D1B A; 1D0X A; 2G6F X; 3VS1 A; 1HK9 A; 4PK4 A; 1BB9 A; 4ELY C; 1AD5 A; 2FPF A; 5FWC A; 2EYX A; 2A36 A; 1W4S A; 3M9Q A; 4C92 D; 1MND A; 2RN8 A; 1I8F A; 4ZGD B; 5EG2 A; 4AFQ C; 3LWH A; 2EFI A; 3RIR A; 3NTI A; 2BZ8 A; 1M90 R; 2NUP B; 3JCM V; 1S72 Q; 1KC8 R; 2YLB A; 1BI3 A; 1EIF A; 1I4K 1; 2LQK A; 2ROT A; 5KYY A; 4M75 E; 1UGV A; 4DOW A; 2OAU A; 1ZX6 A; 5HK3 A; 4M7A B; 5GAM f; 1VQL Q; 1U5S A; 2OI3 A; 3FJ5 A; 5CAI A; 3EGD B; 4PLI A; 1S1N A; 2QQA A; 1K4U S; 2M51 A; 1ZUU A; 2E3I A; 3EH1 A; 2DZC A; 1QCF A; 1M27 C; 2FG0 A; 1H64 1; 3M58 A; 3CCR A; 1YJW A; 3DLL A; 2RA2 A; 2Y4Y A; 1BIA A; 2JMA A; 1BIB A; 5GAO r; 1ZA1 B; 3RKY A; 1RAG B; 3SDZ A; 2COZ A; 2AKK A; 2QXF A; 5DY9 A; 1WA7 A; 1VUB A; 3BE3 A; 4HVW A; 3EG3 A; 1RAB B; 3VUZ A; 1AWO A; 4XU0 A; 2YDL A; 1KHI A; 4PJO G; 3R6O A; 3VS6 A; 1YHQ A; 1YJN A; 5FRN A; 3RUX A; 2RD1 A; 4A53 A; 4KT0 E; 2F1L A; 1S72 T; 1NJI C; 3CCJ A; 2CRE A; 1WDX A; 3DKM A; 1VQL T; 1O75 A; 3TEE A; 4C0D B; 2KK4 A; 2Y4X A; 1NPR A; 3HP9 A; 1WQ7 A; 2A28 A; 2AHJ B; 3CCR Q; 4DEY A; 1YJW Q; 1KIK A; 1JU5 C; 3OMG A; 4C8Q B; 3SWN C; 2ZZD A; 5LJ5 g; 4XK8 E; 1M90 C; 1N27 A; 1ZSG A; 4HKE A; 5KYW B; 1KC8 C; 2W10 A; 1OU9 A; 1GL5 A; 1K76 A; 4RTZ A; 2MYS A; 3CC4 A; 1R8O B; 1YJN Q; 1VQM A; 1HYO A; 4FIB A; 1SRL A; 1D1A A; 1PM3 A; 3FB9 A; 4C92 A; 4PJO D; 4J9D A; 1OEB A; 3VS5 A; 2DL5 A; 3OYB A; 2HSP A; 1W2B P; 4M7D F; 3AHU A; 1K1Z A; 2DER A; 4M75 C; 4DBH A; 2QTX A; 1WZO A; 1KJW A; 1RAC B; 3LWI A; 3M54 A; 2EJG A; 3O8V A; 3VKI A; 5FU6 C; 1W2B S; 2EJ9 A; 2A37 A; 3CCR T; 1YJW T; 1YP5 A; 3VYH B; 2CSQ A; 2DM1 A; 1WYX A; 4J9F A; 1I0C A; 2JOY A; 4J9G A; 3VYG A; 1RUW A; 4J7I A; 3UA6 A; 2GQV A; 4JS4 A; 1PD0 A; 4JRI A; 1VQM Q; 2JZ2 A; 4FSX A; 3L2Q A; 1M2V B; 1IXD A; 5IAY A; 3CD6 Q; 2FEI A; 4F17 A; 2L3S A; 2CS7 A; 2CGH A; 2DLP A; 4CC7 A; 3CXC A; 3J80 E; 1YJN T; 5GAN f; 4AG2 C; 3M0Q A; 1WPY A; 1ZSZ A; 2X3X D; 2YHT A; 4PKC C; 3LLR A; 4J5Y A; 1FXX A; 5GAN 4; 1YJ9 Q; 3CQT A; 3CPW P; 3I55 A; 2KQW A; 1TH7 A; 1KQS P; 3NPF A; 3UAT A; 2KXD A; 3A98 A; 2KAF A; 1AHJ B; 2KBT A; 2FZK B; 1UG1 A; 2I2L A; 4FT2 A; 1TG0 A; 3OYY A; 2ZPI B; 1SKU B; 3G71 Q; 1WJR A; 5GMK i; 2FHD A; 3CPW S; 1ZQ1 A; 1VQO Q; 1G5V A; 1KQS S; 1OOT A; 3A8L B; 2NLU A; 2RHX A; 4F14 A; 1VQM T; 4QQG A; 2BKD N; 1OX8 A; 4BI4 A; 3CD6 T; 3ZFJ A; 1JBM A; 2P0K A; 5IT9 E; 4KH0 B; 4M7D E; 3LGF A; 1Q7Y C; 3I55 Q; 1OZ3 A; 1LCK A; 2C0I A; 4J8O A; 4RCC A; 4PJO A; 1YJ9 T; 2P84 A; 3WVE B; 3R6N A; 2BUD A; 4PFP A; 1M2O A; 2DRK A; 3D7S B; 2QI2 A; 3PIP A; 3UT1 A; 3G71 T; 1PWT A; 4KUI A; 2L89 A; 1VQO T; 2JMC A; 3BDL A; 2CZ0 B; 2VV5 A; 2QGF B; 2DIL A; 2L8D A; 1M1G A; 2RJE A; 1JJ2 A; 3P8D A; 3QDF A; 4J9H A; 4VUB A; 1RAI B; 1WX6 A; 1QLY A; 1RAH B; 3NTH A; 4JJB A; 1M1F A; 4PJO C; 4C92 B; 4E7Z A; 2VC8 A; 1V29 B; 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