The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
FRYFVAMFDYDPSTMSPNPDGCDEELPFQEGDTIKVFGDKDADGFYWGELRGRRGYVPHNMVSEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rim-binding protein
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| source organism |
Drosophila melanogaster
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| publication title |
A high affinity RIM-binding protein/Aplip1 interaction prevents the formation of ectopic axonal active zones.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RIM-binding protein, isoform F
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| total genus |
15
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUK A; 1X27 A; 1K0X A; 4J9I A; 1JU5 C; 1QWF A; 3TVT A; 1UG1 A; 1NYG A; 2AZS A; 1WIE A; 4RTT A; 4K11 A; 2RQU A; 1AWW A; 4J9H A; 4OMQ A; 5EC7 A; 4CC7 A; 2J05 A; 2PTK A; 2OAW A; 1E6H A; 1AEY A; 4ESR A; 2NUZ A; 1ZLM A; 2EYX A; 2EW3 A; 2KEA A; 2FPD A; 2JT4 A; 1WDX A; 1OPK A; 1H92 A; 2F2W A; 3I35 A; 3TSZ A; 2CH4 W; 3VRY A; 1ABO A; 3M0Q A; 1UHC A; 2FG0 A; 2DL8 A; 2DL7 A; 1GCP A; 1KFZ A; 2KE9 A; 2FRW A; 1W6X A; 4HVW A; 1PNJ A; 1MV0 B; 5FWB A; 4DEX A; 2IIM A; 1A0N B; 4JJB A; 2VVK A; 3TSW A; 5I11 A; 1QWE A; 1PKS A; 2SRC A; 2W10 A; 2YUN A; 1GBR A; 1SSH A; 2O31 A; 1JQQ A; 5IXF A; 1K0S A; 2RNA A; 2GQI A; 4RTV A; 4WCI A; 1YN8 A; 1M8M A; 2DM1 A; 3UA6 A; 1CKA A; 1AVZ C; 3H0H A; 2D0N A; 3EG3 A; 1GFC A; 2DL5 A; 1BK2 A; 4JPB W; 4RUG A; 2HEQ A; 4EIK A; 1ABQ A; 2ESW A; 2CSQ A; 1I1J A; 3SEM A; 2ENM A; 2KRM A; 2CRE A; 1M3A A; 3REB B; 1AWX A; 1JEG A; 2EGA A; 5IXB A; 2HDA A; 1ZUY A; 2CH4 A; 1NEB A; 1ZX6 A; 3M0P A; 1X43 A; 2RQW A; 1RI9 A; 4ZNX A; 2BZX A; 2A08 A; 1T0H A; 1MV3 A; 1SEM A; 1M30 A; 2ABL A; 3EHQ A; 2L3P A; 4RTW A; 2A37 A; 2L3Q A; 1ZUU A; 1E7O A; 3NPF A; 1SRM A; 4Z8A A; 3PE0 A; 1K4U S; 3EG2 A; 2QDL A; 1GFD A; 1IO6 A; 1KSW A; 4AG2 C; 2ECZ A; 1BB9 A; 1K76 A; 1AWJ A; 2YUQ A; 2CT4 A; 2H8H A; 2ROL A; 3M0T A; 1KJW A; 2YSQ A; 4RTU A; 1HJD A; 4JZ3 A; 2JXB A; 1VYU A; 4JZ4 A; 2L3S A; 1WXB A; 2KXC A; 3M0R A; 5IHN A; 1PHT A; 1Z9Q A; 2JM8 A; 1U06 A; 2LJ1 A; 2FRY A; 4GLM A; 1CKB A; 2DL4 A; 2MCN A; 1E6G A; 1RLP C; 1UE9 A; 1GCQ C; 1RLQ C; 2RPN A; 4AFQ C; 1QKX A; 2K2M A; 2X3W D; 2AK5 A; 2DRM A; 4HVV A; 2L2P A; 2JMA A; 1Y0M A; 1VA7 A; 3KFV A; 2EPD A; 2KBT A; 2KYM A; 2KXD A; 3H0F A; 2K7A A; 1W1F A; 2EGC A; 2JTE A; 4J9C A; 1NM7 A; 2D8J A; 4RTX A; 1UDL A; 1VYV A; 2LJ3 A; 4J9B A; 1WA7 A; 1X2Q A; 4Y92 A; 1LCK A; 1OV3 A; 1X69 A; 1PKT A; 2CUB A; 3NHN A; 3VS0 A; 4R0K A; 2FO0 A; 2EVR A; 2W0Z A; 4LE9 A; 2PNI A; 4IIO A; 3PVL A; 4F17 A; 2DX1 A; 2LZ6 B; 1X2K A; 1WXT A; 2CDT A; 1UJY A; 1BU1 A; 1AWO A; 4X1V A; 1T3S A; 2HBW A; 2KT8 A; 2YUO A; 1AZE A; 4CC4 B; 1JXO A; 3ULR B; 2LCS A; 2HSP A; 1Y57 A; 4E6R A; 3CQT A; 2J6O A; 2KT1 A; 2DNU A; 3QWX X; 4HVU A; 4LUD A; 3VS3 A; 1AOJ A; 2O9V A; 1GL5 A; 2DE0 X; 3PVQ A; 1TUD A; 1GBQ A; 1M27 C; 2LP5 A; 3IQL A; 3RNJ A; 2LJ0 A; 1OPL A; 2YUP A; 3R6N A; 4Z89 A; 1FYN A; 2JM9 A; 3M0S A; 4OMN A; 1NG2 A; 2DVJ A; 3VS6 A; 2PZ1 A; 2L0A A; 1SRL A; 5FWC A; 2KR3 A; 3JV3 A; 2K9G A; 2BZ8 A; 1NLP C; 1YNZ A; 4AG1 C; 1UFF A; 3M0U A; 1UGV A; 2B86 A; 2BTT A; 1ARK A; 2J6F A; 3EGU A; 2RQR A; 3VS4 A; 1PWT A; 4KRT A; 5FW9 A; 3VS5 A; 4CC2 A; 1AD5 A; 1OEB A; 1YCS B; 3UAT A; 1QKW A; 2OJ2 A; 2DIL A; 2F2V A; 2JS0 A; 3REA B; 1B07 A; 1MUZ A; 1UEC A; 5IHK A; 2DRK A; 2P4R A; 2KRN A; 4GBQ A; 1VYT A; 2FPE A; 2MOX A; 1WI7 A; 2V1R A; 3H41 A; 4J9D A; 1H3H A; 1KIK A; 2KRO A; 2LNH B; 1K1Z A; 1V1C A; 1I07 A; 4RTZ A; 1UJ0 A; 2BZY A; 2NWM A; 4J9E A; 2OI3 A; 1K9A A; 1B3Q A; 2AKK A; 2AZV A; 4FSS A; 2O88 A; 4CC3 A; 3VS1 A; 5L23 A; 5IH2 A; 1EFN A; 2D8H A; 1QLY A; 2V1Q A; 3FJ5 A; 1NEG A; 3NGP A; 2AKL A; 3EG0 A; 2EQI A; 1WYX A; 2LX7 A; 3QWY A; 4HCK A; 2JMC A; 2M51 A; 2HCK A; 2DJQ A; 3I5R A; 1TUC A; 1WXU A; 4DEY A; 1GRI A; 2GGR A; 4IIM A; 4J9G A; 4LN2 A; 2KYB A; 3U23 A; 2EYW A; 2O2O A; 1SHG A; 2E5K A; 2MIO A; 2KRS A; 1YWO A; 2J6K A; 2GTJ A; 1UHF A; 1PRM C; 4LNP A; 3ZL7 C; 2K3B A; 4M4Z A; 2XMF A; 4AFS C; 2C0O A; 3VRZ A; 1JO8 A; 5HCK A; 1HSQ A; 2LQW A; 2LMJ A; 1WFW A; 4F16 A; 2DL3 A; 3THK A; 2J06 A; 2YT6 A; 3I5S A; 3I9Q A; 5I22 A; 4OMM A; 2J7I A; 1G83 A; 1T0J A; 2K79 A; 3EHR A; 2GTO A; 2M0Y A; 3SHW A; 1I0C A; 1JXM A; 2DBM A; 2RN8 A; 3UF4 A; 4AFZ C; 1NYF A; 2EGE A; 1UTI A; 4QT7 A; 1H8K A; 1WX6 A; 1J3T A; 1ZSG A; 1OOT A; 3UA7 A; 1T3L A; 2DMO A; 4J9F A; 3EG1 A; 2I0N A; 2ED0 A; 4HXJ A; 1SHF A; 2RF0 A; 1WLP B; 1XOV A; 5ECA A; 2EBP A; 2RQV A; 3C0C A; 2EKH A; 4LUE A; 2F2X A; 2GNC A; 1HD3 A; 2DF6 A; 1U3O A; 1NLO C; 2GBQ A; 2A28 A; 2YDL A; 1X6G A; 1YWP A; 1BBZ A; 1M3C A; 2DBK A; 4AFU C; 2CSI A; 2ED1 A; 2RQT A; 4ORZ A; 4D8K A; 3VS7 A; 2SEM A; 4OMP A; 3NMZ C; 1SPK A; 2C0T A; 1S1N A; 2D1X A; 2X3X D; 1M3B A; 2CT3 A; 1N5Z A; 3LH5 A; 1GCQ A; 1PRL C; 1UUE A; 1TG0 A; 4OML A; 2VWF A; 4F14 A; 2C0I A; 2CUD A; 2DA9 A; 3VS2 A; 1QCF A; 2DYB A; 4Z88 A; 4RTY A; 2EYZ A; 2FPF A; 2K6D A; 2G6F X; 2DLP A; 5GJW B; 1X6B A; 4A63 B; 2A36 A; 4D8D A; 3RBB B; 2KNB B; 1CSK A; 1Z9Z A; 1G2B A; 2JS2 A; 5IHI A; 2O9S A; 2VKN A; 2JW4 A; 2LQN A; 1YP5 A; 2KGT A; 2RMO A; 4OMO A; 3GBQ A; 2ROT A; 3A98 A; 5GJV B; 3H0I A; 1U5S A; 1AZG B; 4JJD A; 4JJC A; 1FMK A; 2EYY A; 3O5Z A; 1RUW A; 2FEI A; 1W70 A; 1ZBJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZUK A; 3HL8 A; 4LDX A; 3BDU A; 1VQM Q; 1U1S A; 3QPH A; 3CD6 Q; 3ME9 A; 4M77 C; 2EQK A; 1W4S A; 1AWW A; 2VV5 A; 4C92 G; 5KYW A; 3V8K A; 2PTK A; 2OAW A; 4NL2 A; 2NUZ A; 2A3L A; 2EYX A; 3SDZ A; 4DA4 A; 1WDX A; 1OPK A; 3MEU A; 3ZEH A; 2E12 A; 3TRE A; 3VRY A; 3M0Q A; 3OY9 A; 2M0O A; 2C06 A; 1YIT Q; 1GCP A; 2X9H A; 4A4G A; 1IXD A; 4IUV A; 1KFZ A; 1YJW T; 3OYY A; 4QQG A; 4KUI A; 1Y07 A; 2R57 A; 2FHD A; 1QWE A; 1KQS S; 4JRQ A; 2X51 A; 3JRZ A; 3CCJ Q; 2M02 A; 4WF2 A; 4X34 A; 2DK3 A; 1VQL Q; 1ACM B; 1QP2 A; 3CCL Q; 3RIR A; 1YN8 A; 1M8M A; 3EGX B; 2DYI A; 1AVZ C; 1OU9 A; 4HT9 A; 3QUI A; 2OTL Q; 1YIJ A; 1D09 B; 2QTX A; 1EZZ B; 2HEQ A; 4QQD A; 4EIK A; 4J6Y A; 2ESW A; 2CSQ A; 2QEX Q; 2DXU A; 3OBW A; 2ZPG B; 1VQ4 T; 3X24 B; 2NUT A; 3REB B; 2FZG B; 3JCM d; 4E7H A; 3CCU Q; 3EGD A; 4WTO B; 2RQW A; 5KYN A; 2DKG A; 2PUO B; 5IN1 A; 1QVF A; 3L2W A; 1N8R C; 4GLK A; 1JRI A; 1VIE A; 2VGN A; 1M30 A; 2MF2 A; 2E6Z A; 2CP6 A; 2L3P A; 1M9S A; 2L3Q A; 3DLL A; 4B9W A; 2A7Y A; 2P84 A; 3M54 A; 1XTD A; 1SRM A; 2M16 A; 1O9S A; 1WJQ A; 1K4U S; 5GAM g; 4F7U B; 3CME A; 1IO6 A; 1GFD A; 1Q86 U; 2DD5 A; 1IHV A; 1K76 A; 3OYM A; 2YUQ A; 2CT4 A; 4E47 A; 4E2F B; 5GMK h; 4JZ4 A; 1XJW B; 2L3S A; 1WXB A; 5DM7 R; 2RO0 A; 4X9C A; 4PNO A; 2FRY A; 1OZ2 A; 3VU3 C; 2DL4 A; 4CRI A; 1E6G A; 2D6F A; 1Q82 C; 2PVO B; 3OYI A; 1RLQ C; 1OUL A; 1R0B G; 2QG9 B; 1QKX A; 3EFO A; 2X3W D; 2AK5 A; 4C92 B; 3L2Z A; 3VYG A; 2FB7 A; 4HVV A; 2L2P A; 5LJ5 g; 1DJ7 B; 3GNF B; 4UC4 A; 4KT0 E; 2QAZ A; 5A0D A; 4J8O A; 1VA7 A; 5HKC A; 3CCQ T; 2NUP A; 2KYM A; 5GAN d; 2KXD A; 3OMG A; 4C8Q E; 4ZN1 A; 1YFN A; 5AT1 B; 3SWN B; 1PM3 A; 2EGC A; 1VQO Q; 2JTE A; 4J9C A; 1WHM A; 2RHX A; 1S72 A; 2BE9 B; 2JUF A; 2LJ3 A; 4Y92 A; 3QII A; 4Y91 A; 2XKO C; 2KQW A; 4M7A E; 2CUB A; 3SWN C; 1NPP A; 3G71 Q; 3HRS A; 2FO0 A; 1BIA A; 2W0Z A; 2PNI A; 3CCE Q; 3PVL A; 1KQ1 A; 2DX1 A; 2LZ6 B; 2CDT A; 2K5I A; 1QQJ A; 2HBW A; 4CC4 B; 4JS5 A; 5GMK l; 3CC7 Q; 4PJN A; 2FL7 A; 4OB1 B; 1ZBX A; 1Q81 R; 5GAO p; 4FYY B; 4PFZ A; 2DNU A; 3QWX X; 3VS3 A; 1AOJ A; 9ATC B; 2YWW A; 1RAC B; 1TUD A; 3RNJ A; 4BD3 A; 1TWB A; 1OPL A; 2YUP A; 4V2S A; 1KC8 U; 1FYN A; 4MMK A; 2DVJ A; 3L1A A; 3VS6 A; 2L0A A; 2RJC A; 4KGV B; 3CXC A; 1SRL A; 3FDR A; 5FWC A; 5GAO r; 1ZSZ A; 1FMW A; 2K9G A; 2BZ8 A; 2RK2 A; 1YNZ A; 3JCM f; 1UFF A; 3CCV Q; 4MZT A; 3OS0 A; 2KK4 A; 3CCS A; 2F69 A; 1OU8 A; 2RHI A; 4KRT A; 4L59 A; 4XU1 A; 3VS5 A; 1G3S A; 1K8A U; 1OEB A; 1QKW A; 2OJ2 A; 2DIL A; 3M55 A; 4QVC A; 3REA B; 3SFM A; 4O6J A; 1JBM A; 3JCM W; 2DRK A; 1OI1 A; 2P4R A; 1BI0 A; 1VIF A; 1VYT A; 2FPE A; 2V8J A; 3H41 A; 5CKE A; 1KIK A; 1AHJ B; 1KD1 R; 4KH0 B; 1LVK A; 2P0K A; 1RI0 A; 4QVZ A; 1MMD A; 1QCO A; 1AT1 B; 1V1C A; 5KYX B; 4M77 E; 1N8R U; 1B3Q A; 1VQ9 A; 2AZV A; 4QW2 A; 1MMN A; 4CC3 A; 3VS1 A; 5L23 A; 5IH2 A; 2VB6 A; 2FVU A; 2KDS A; 5IT9 E; 1FMV A; 3CCR Q; 1YJ9 A; 1N9R A; 4XQ3 A; 2DAQ A; 2CYZ B; 3M57 A; 3H8Z A; 1VQ5 Q; 2JMC A; 3G1J A; 3I5R A; 4DEY A; 3CMA T; 4LDW A; 1GRI A; 4FT2 A; 3PIO A; 4IIM A; 2XID A; 5IAY A; 4LN2 A; 3I55 Q; 1SHG A; 4BY6 B; 4KGZ B; 5GAN f; 4HT8 A; 2F5T X; 5CKF A; 4Z02 A; 1YWO A; 5GAO m; 5DLQ E; 1PRM C; 2EQJ A; 4IUQ A; 2XMF A; 3VRZ A; 5HCK A; 3JCM h; 4EMK B; 3MHX A; 4M7A G; 1FXX A; 3P8H A; 2J06 A; 2K57 A; 2ZPH B; 5LJ3 f; 1QVG A; 2R5A A; 3L42 A; 4PJO D; 4M75 G; 4II1 A; 1VQN T; 2JJ9 A; 1VQ8 A; 2A0F B; 3QO3 A; 2M0Y A; 1WQ7 A; 2DEQ A; 4M7D G; 1UTI A; 4YTL A; 1ZSG A; 1M8V A; 1OOT A; 2GQV A; 5LL6 S; 2HBP A; 3M53 A; 1G5V A; 2JTM A; 1K73 U; 2ED0 A; 4HXJ A; 3CC4 Q; 1WLP B; 1XOV A; 5GAN 2; 5CKH A; 2RQV A; 4C5E A; 4LUE A; 2GNC A; 4KGX B; 1VQP A; 1QVF S; 2KVQ G; 1K9M U; 3DB3 A; 1BBZ A; 2CSI A; 2ED1 A; 2RQT A; 4D8K A; 3VS7 A; 3NMZ C; 1YI2 A; 3JB9 I; 1PRL C; 2AIR B; 3RMS A; 1TG0 A; 2C0I A; 1EIF A; 3JSC A; 2DA9 A; 1YCY A; 2EJG A; 2QA4 T; 4DBH A; 4F7U E; 4M78 A; 1RAF B; 4RTY A; 2FPF A; 4MZM A; 2CKK A; 1X6B A; 2DZC A; 4PJO F; 3VYH B; 4D8D A; 3G6E Q; 3EFS A; 5GAN h; 3CC2 T; 2BKD N; 1YJN Q; 1YHQ Q; 2XK0 A; 2FZC B; 3CMA Q; 2DEU A; 4OMO A; 3GBQ A; 3A98 A; 4EPC A; 3QZ5 B; 1TTH B; 2RI2 A; 3QSU A; 1RUW A; 1VQ6 T; 1MND A; 2QDY B; 3RDV A; 2IPO B; 1K0X A; 4ZTF A; 2O4X A; 2AZS A; 1WIE A; 2DET A; 3EAE A; 2CZ6 B; 2RQU A; 4ZGD B; 3GPL A; 1BYM A; 3S3O A; 5EC7 A; 4A4K A; 1PC0 A; 1E6H A; 1AEY A; 1NJI U; 3LWH A; 3INZ A; 4JJN K; 2YRV A; 2EW3 A; 1TXQ A; 2KEA A; 4PJO A; 2FPD A; 5CKD A; 3X20 B; 1H92 A; 3PMI A; 1W2B A; 3TSZ A; 3MKD A; 4LDY A; 3CD6 T; 3M9Q A; 3I56 T; 2DL7 A; 5GAN e; 2RB6 A; 1BIB A; 2E64 A; 4M7A B; 1M2V A; 4FCY A; 2DXT A; 1W6X A; 1WHG A; 3RUX A; 1TU0 B; 5FWB A; 4DEX A; 1A0N B; 4M75 B; 1PD1 A; 4N4G A; 2VVK A; 3TSW A; 2LT1 A; 1HK9 A; 5I11 A; 2YHT A; 1PKS A; 4HCB A; 2W10 A; 1Q82 R; 3BY7 A; 5LJ3 e; 4OGE A; 1Q7Y R; 1K0S A; 2ZPI B; 4M7D B; 1YIT T; 4M75 C; 4WCI A; 3SD4 A; 3ASK A; 4BDY A; 3V8L A; 2D0N A; 1GFC A; 4OMF B; 4RKU E; 3MEV A; 3CXC S; 4FT4 A; 4RUG A; 4ZGJ B; 3OYL A; 4M7D C; 1UGR B; 1I1J A; 1Q86 C; 2WSC E; 3CCJ T; 2KRM A; 2CRE A; 2DO3 A; 2MWP A; 1M3A A; 3QYG B; 1VQL T; 2XDD A; 3CCL T; 2EGA A; 3PIP A; 2DD4 A; 1ZUY A; 4RG2 A; 4C5H A; 2ZZD A; 3TEE A; 2XDB A; 2OTL T; 4E7S A; 5CCA A; 5CR2 A; 1X6O A; 1NZ9 A; 3PFS A; 1SEM A; 2CP7 A; 5KH6 A; 4BAC A; 3EHQ A; 2QEX T; 3C95 A; 2COY A; 3NTH A; 2A37 A; 3QDR B; 1YJ9 Q; 4N4I A; 1E7O A; 5AYF A; 5CQX A; 2YRC A; 1VQ4 A; 4PFO A; 4Z8A A; 3PE0 A; 3CCU T; 2COW A; 1RAB B; 3QJ6 A; 1EX4 A; 1KSW A; 2EWN A; 4JDS A; 3OQ5 A; 2VAS A; 4AG2 C; 1D0Y A; 1AWJ A; 2ROL A; 2YSQ A; 3CEY A; 2DZ9 A; 1VYU A; 3JCM Q; 2K3Y A; 4C8Q A; 3M0R A; 5IHN A; 4L6V 5; 2XD0 A; 1R77 A; 2JM8 A; 1U06 A; 1IGU A; 4GLM A; 1CKB A; 3A1P A; 1VQ7 Q; 3I56 Q; 1UE9 A; 4ELZ C; 1JJ2 P; 4J7F A; 4BB7 A; 3VJP A; 1RL2 A; 2K2M A; 1V76 A; 4HKE A; 2DRM A; 4R56 A; 2DTH A; 3PNW C; 3N5B B; 4FW2 A; 1D0X A; 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