The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
78
|
structure length |
78
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRRAKALLDFERHDDDELGFRKNDIITIISQKDEHCWVGELNGLRGWFPAKFVEVLDERSKEYSIASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of mouse RUN and TBC1 domain containing 3
rcsb |
| molecule keywords |
RUN and TBC1 domain containing 3
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
8
|
| structure length |
78
|
| sequence length |
78
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IIM A; 4OMO A; 3JV3 A; 2HBW A; 3EGU A; 4FSS A; 4J9E A; 1X2K A; 2LQW A; 1G83 A; 1H8K A; 1N5Z A; 2KRN A; 2K6D A; 2CSQ A; 5L23 A; 2XMF A; 1G2B A; 1GBR A; 3NMZ C; 3PVQ A; 4M4Z A; 2EBP A; 1S1N A; 2O9S A; 2K7A A; 1T0J A; 2A08 A; 2DMO A; 1SRM A; 2L2P A; 1I0C A; 2MCN A; 2JTE A; 2J7I A; 3A98 A; 1M3C A; 3VS2 A; 2GNC A; 4HVU A; 5FW9 A; 3TSW A; 1X43 A; 2F2V A; 1X2Q A; 2LP5 A; 1K76 A; 2BZX A; 1Y57 A; 4AFZ C; 1T0H A; 1U5S A; 2D8J A; 1UG1 A; 3I35 A; 4AFS C; 4JJB A; 2DL3 A; 2KR3 A; 2AKK A; 4OMM A; 2CH4 A; 4CC4 B; 2LX7 A; 1M30 A; 3I5R A; 1OV3 A; 1KJW A; 2DBK A; 4JPB W; 1SHF A; 1YWO A; 1CSK A; 2YDL A; 4Z8A A; 1UGV A; 2DA9 A; 5HCK A; 3R6N A; 1MV3 A; 1NM7 A; 4F17 A; 2KXC A; 1AZG B; 2L0A A; 1OPL A; 2AKL A; 2J6K A; 2A37 A; 4JJD A; 4OMP A; 1TUC A; 2DYB A; 1T3S A; 2RN8 A; 3QWY A; 2FRW A; 1EFN A; 2OJ2 A; 4IIO A; 3UF4 A; 5GJV B; 1QKX A; 1SRL A; 1W1F A; 3NGP A; 1NYG A; 1UUE A; 2EGE A; 2X3X D; 2KYB A; 1M8M A; 2YUP A; 2RQR A; 1GRI A; 2RQU A; 1JEG A; 1GCQ A; 4E6R A; 1M3A A; 2ABL A; 1E6G A; 2ROT A; 3EG2 A; 1K9A A; 2OI3 A; 4J9B A; 2LNH B; 2RQW A; 4RTW A; 2EQI A; 2PTK A; 3ULR B; 1WIE A; 2GQI A; 1K4U S; 1BBZ A; 1VYT A; 1SEM A; 1RUW A; 2EGA A; 2EW3 A; 4LNP A; 3EHQ A; 1OEB A; 1AWO A; 3SEM A; 3CQT A; 1JO8 A; 5I22 A; 1AWW A; 2V1Q A; 2ROL A; 2JMC A; 4HXJ A; 1Z9Q A; 2LCS A; 1QLY A; 3TVT A; 2HCK A; 4OMQ A; 1AD5 A; 5IH2 A; 2DL4 A; 2DF6 A; 2DRM A; 4LUE A; 2CT4 A; 3ZL7 C; 4HVW A; 1GCQ C; 1SHG A; 1YNZ A; 1ZBJ A; 5I11 A; 4X1V A; 3TSZ A; 1HD3 A; 1TG0 A; 3I9Q A; 1WYX A; 2GBQ A; 1RLQ C; 2EPD A; 1K1Z A; 2RQT A; 1WXB A; 2FO0 A; 1GFD A; 2W10 A; 2FPE A; 3M0T A; 2ED0 A; 2EYW A; 3PE0 A; 1PNJ A; 1BK2 A; 2H8H A; 2K3B A; 1I1J A; 3RBB B; 1HSQ A; 2EGC A; 2FPD A; 4HCK A; 3EHR A; 2CUD A; 2DRK A; 3M0S A; 3VS0 A; 5EC7 A; 3H0I A; 3VRY A; 4WCI A; 4JJC A; 3U23 A; 4ESR A; 1PWT A; 3FJ5 A; 3H0F A; 3VS5 A; 1H3H A; 1K0S A; 5FWB A; 1PHT A; 3M0U A; 1X6B A; 5IHK A; 2LMJ A; 2QDL A; 2VWF A; 4CC7 A; 2C0T A; 2LJ3 A; 1NYF A; 1ABO A; 1UFF A; 2CT3 A; 2ENM A; 5IXB A; 2SEM A; 2M51 A; 2JS2 A; 3EG0 A; 2OAW A; 4AFU C; 4D8K A; 2DX1 A; 1UJ0 A; 1KIK A; 1X27 A; 1BB9 A; 4RTY A; 4ORZ A; 1QWF A; 2VKN A; 1UJY A; 2NWM A; 3EG3 A; 3O5Z A; 3IQL A; 5IHN A; 2KRM A; 1AWJ A; 1W6X A; 2YUN A; 2D8H A; 1NG2 A; 1OPK A; 2I0N A; 1RLP C; 4OML A; 3H0H A; 4KRT A; 1CKB A; 4J9G A; 2YUQ A; 2VVK A; 4DEX A; 2J6F A; 4J9C A; 2L3P A; 2F2W A; 4LE9 A; 2W0Z A; 1Y0M A; 2A36 A; 1WI7 A; 2EYX A; 4A63 B; 1M3B A; 2BTT A; 4Y92 A; 4CC2 A; 1ARK A; 3NHN A; 2E5K A; 4R0K A; 2MOX A; 2P4R A; 3M0Q A; 4LN2 A; 3VS6 A; 2KE9 A; 2ECZ A; 1PRM C; 1YN8 A; 1W70 A; 2KT8 A; 5ECA A; 1PRL C; 4J9F A; 2J6O A; 1ZUK A; 4J9H A; 2KNB B; 1Z9Z A; 1H92 A; 2J05 A; 3KFV A; 2BZY A; 2LZ6 B; 1UHC A; 2F2X A; 2DBM A; 3REA B; 5GJW B; 4F14 A; 2LJ1 A; 1T3L A; 3VS4 A; 2C0I A; 3GBQ A; 1BU1 A; 2GTJ A; 4JZ4 A; 1ZSG A; 3UA6 A; 2CUB A; 2JT4 A; 2ED1 A; 2CRE A; 2FPF A; 2DL5 A; 2JM8 A; 3RNJ A; 2O9V A; 4IIM A; 1WXT A; 4RTT A; 3I5S A; 4CC3 A; 4RTV A; 2ESW A; 3EG1 A; 2KBT A; 2RQV A; 1WFW A; 2KEA A; 3C0C A; 2YSQ A; 2FEI A; 2PZ1 A; 1GCP A; 2DM1 A; 1E6H A; 2AZS A; 1YP5 A; 2HEQ A; 2FG0 A; 2DL8 A; 1JXM A; 3M0R A; 1NEB A; 2EYY A; 2D0N A; 1AVZ C; 5IHI A; 2EVR A; 2K9G A; 4GBQ A; 3UAT A; 5IXF A; 1KFZ A; 1AEY A; 1WX6 A; 4RTZ A; 1VYV A; 2CSI A; 1RI9 A; 1UDL A; 1SPK A; 1WLP B; 2J06 A; 1ZX6 A; 2O2O A; 4DEY A; 3NPF A; 2O31 A; 2KXD A; 1B07 A; 1AZE A; 1V1C A; 4HVV A; 4K11 A; 1NLP C; 2DLP A; 1E7O A; 1LCK A; 2CH4 W; 2FRY A; 2SRC A; 1NEG A; 1U3O A; 2DVJ A; 2M0Y A; 2L3S A; 2KRS A; 3VS3 A; 2DNU A; 2YT6 A; 1WDX A; 3THK A; 4JZ3 A; 4F16 A; 2JS0 A; 1AOJ A; 4RTX A; 2BZ8 A; 1FYN A; 1UE9 A; 3VS7 A; 4AG2 C; 3SHW A; 1JXO A; 1K0X A; 1X69 A; 1AWX A; 2K79 A; 1PKT A; 3PVL A; 3UA7 A; 1PKS A; 2LQN A; 1ZLM A; 1SSH A; 3VS1 A; 2HSP A; 1WXU A; 1X6G A; 1XOV A; 4AFQ C; 4D8D A; 4LUD A; 2D1X A; 1B3Q A; 2EYZ A; 4ZNX A; 1YCS B; 2V1R A; 1GBQ A; 2AZV A; 2PNI A; 2CDT A; 1GFC A; 3QWX X; 4QT7 A; 2JXB A; 2LJ0 A; 1QWE A; 1A0N B; 1YWP A; 1M27 C; 2KYM A; 4GLM A; 1GL5 A; 2HDA A; 1MV0 B; 1HJD A; 2DIL A; 1VYU A; 4J9D A; 1QCF A; 2DE0 X; 5FWC A; 1UHF A; 2MIO A; 2B86 A; 1NLO C; 2RF0 A; 2A28 A; 1MUZ A; 1UTI A; 2L3Q A; 1JU5 C; 2YUO A; 2DL7 A; 2K2M A; 1WA7 A; 1OOT A; 2JW4 A; 1J3T A; 4OMN A; 2JM9 A; 1VA7 A; 2JMA A; 4EIK A; 1KSW A; 1U06 A; 3M0P A; 2KGT A; 1JQQ A; 4J9I A; 3VRZ A; 4RUG A; 1FMK A; 2RPN A; 2EKH A; 3REB B; 4Z88 A; 1QKW A; 2C0O A; 2NUZ A; 3LH5 A; 1ZUY A; 2GTO A; 1UEC A; 2GGR A; 2RNA A; 2DJQ A; 2O88 A; 2KRO A; 4RTU A; 2RMO A; 1ABQ A; 3H41 A; 2X3W D; 2KT1 A; 4Z89 A; 4AG1 C; 1ZUU A; 2G6F X; 1TUD A; 2AK5 A; 1IO6 A; 1I07 A; 1CKA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OMO A; 3JV3 A; 3FJP A; 2HBW A; 1FWZ A; 3EGU A; 5IT9 E; 4FYW B; 2P0Q A; 5J3B A; 5GAM f; 1PG5 B; 2K6D A; 4C92 C; 5L23 A; 3CC4 Q; 2XMF A; 3CBM A; 3LW5 E; 2VUB A; 1Q82 R; 3INZ A; 2L89 A; 1B34 B; 2G3R A; 4A54 A; 3CCJ Q; 5D6W A; 4M75 D; 2DMO A; 2E64 A; 2RHX A; 2DYI A; 5GMK i; 3MEU A; 5L8R E; 4BD3 A; 3M5A A; 1QP3 A; 4A53 A; 2VGM A; 3C95 A; 3TSW A; 1X43 A; 1YIJ Q; 1ZSZ B; 1Y96 A; 4DBQ A; 5A0G A; 4WTO B; 2VC8 A; 5GAN 4; 9ATC B; 1OQK A; 2DBK A; 4JPB W; 1SHF A; 1YWO A; 2JTF A; 2M1H A; 2M0O A; 4NOY A; 2DA9 A; 4KGV B; 2EJF A; 1MV3 A; 1Q81 R; 3OYK A; 5DM7 R; 4BI8 B; 3CCR T; 2L0A A; 2JVV A; 3X20 B; 5HK3 A; 2DYB A; 4PK4 A; 3CCJ T; 3CCS Q; 1T3S A; 3GP8 A; 3M56 A; 1EFN A; 3JB9 J; 3D7S B; 5CKD A; 3SWN B; 3LWI A; 4JRI A; 4QW2 A; 1IGQ A; 3CCU T; 1UUE A; 3JB9 H; 4A4F A; 2FZC B; 4M78 A; 4N4H A; 2RJD A; 1LVK A; 5CIU A; 2YUP A; 4E7K A; 2RQR A; 1KHI A; 5GAM g; 8ATC B; 3O8V A; 4M78 G; 1M3A A; 2QTV A; 1E6G A; 4J9B A; 2DXT A; 1KQ2 A; 1MHN A; 2PVD B; 2PTK A; 3EGX A; 1WIE A; 1Q86 R; 1QVP A; 1VYT A; 2YLB A; 3SEM A; 1ZA2 B; 3CEY A; 2CP2 A; 1JO8 A; 2YRV A; 2V1Q A; 2ROL A; 5GAN j; 3SWN A; 2JMC A; 4ZTF A; 4M75 F; 2MWO A; 3TVT A; 4FW2 A; 4IKF A; 4LUE A; 2CT4 A; 3CCR A; 1MNE A; 2HZY A; 3CCV Q; 5I11 A; 4FT2 A; 3CCJ A; 4BI3 A; 1TG0 A; 1WYX A; 2GFU A; 2QXF A; 4M75 A; 1O75 A; 3CCU A; 2E3H A; 3OS5 A; 1Q7Y U; 2F69 A; 2W10 A; 3M0T A; 2EYW A; 4M75 G; 5FU7 B; 2H8H A; 3RBB B; 3RMS A; 3CPW A; 3JB9 D; 1M1G A; 1R0B G; 2DRK A; 1VQP T; 3CPW S; 2X51 A; 2LT4 A; 1M90 U; 3U23 A; 2IPO B; 3S6W A; 4MDX A; 3QO3 A; 1UB4 A; 4C92 D; 5CKE A; 1X6B A; 2C0T A; 2ENM A; 2X9H A; 4D8K A; 3EG0 A; 4AFU C; 2OAW A; 1UJ0 A; 3VV0 A; 5CCA A; 3J81 E; 2L3R A; 4QQD A; 4QQG A; 2DXC A; 3O5Z A; 5IHN A; 1VQM Q; 1AWJ A; 1W6X A; 4II1 A; 2YUN A; 3JCM d; 1D3B B; 1P92 A; 4FSX A; 1OPK A; 2LQK A; 2FVU A; 4YTL A; 4C8Q E; 1Y71 A; 2O4X A; 4DEX A; 2VVK A; 4PJL A; 4J9C A; 3QBY A; 4JLG A; 5LJ3 d; 4EMK A; 2X4J A; 4BB7 A; 4OGE A; 2NYS A; 1Y0M A; 2A36 A; 2EYX A; 4XU2 A; 1VQP A; 1M3B A; 3R6O A; 2BIV A; 4ATO A; 3ZFJ A; 3CCL T; 4HCZ A; 3C12 A; 1RAE B; 3VS6 A; 5DY9 A; 4M77 E; 2KE9 A; 1YN8 A; 5CVI A; 5CKH A; 2XKO C; 1W70 A; 2CZ6 B; 5ECA A; 1PRL C; 4J6W A; 4F04 B; 4J9H A; 3WVD B; 2CP5 A; 3JB9 F; 2KQW A; 1IGU A; 3OYJ A; 1BI2 A; 2LZ6 B; 2QEX Q; 1VQK T; 2KDS A; 1LOJ A; 3M58 A; 4QVC A; 2JN0 A; 3VJP A; 3JCM W; 4B9X A; 4C0Z A; 4C92 F; 4JLI A; 1VQ4 T; 3DB4 A; 1NE8 A; 2VYT A; 3QII A; 4OB2 B; 2CUB A; 2ED1 A; 1I5L A; 4QKU A; 2JM8 A; 3E9G A; 5KE3 A; 4RTT A; 4C92 A; 3JCM P; 3I5S A; 2RA2 A; 4RTV A; 2ESW A; 3G71 T; 3CCL A; 2KI7 A; 1QQJ A; 3G7Z A; 1AHJ B; 2RM4 A; 3C0C A; 2YSQ A; 4C92 G; 2PZ1 A; 2DM1 A; 1E6H A; 2K5L A; 2FG0 A; 2DL8 A; 1JXM A; 2EYY A; 5IHI A; 1AVZ C; 1PD0 A; 2K57 A; 1Q7Y C; 2PVO B; 1UDL A; 1WLP B; 3KXT A; 5LJ5 f; 1ZX6 A; 1VQM A; 2O2O A; 4DOV A; 3JCM b; 1VQK A; 2O31 A; 2RHZ A; 2ZPE B; 2JTM A; 1YHQ T; 1Q95 G; 1B07 A; 5GAN 8; 4E2F B; 4HVV A; 1VQ4 A; 3RKW A; 1LCK A; 4KGZ B; 1M90 C; 1OX9 A; 2KRS A; 5GAN 7; 1QMC A; 3THK A; 2KK4 A; 1AOJ A; 1Q81 U; 1FYN A; 1D09 B; 2P4T A; 2GF7 A; 3VS7 A; 4KUI A; 3CMA Q; 1JXO A; 1K0X A; 4Y91 A; 1AWX A; 3JCM f; 1PKT A; 3M53 A; 1VQ5 T; 2LQN A; 1ZLM A; 3G71 A; 2HSP A; 1KHC A; 1X6G A; 1KC8 U; 1K73 U; 3I55 Q; 3PTA A; 1QVF A; 1B3Q A; 2VB6 A; 4ZNX A; 2QEX A; 4XTY A; 2HD0 A; 1EZZ B; 3ME9 A; 2DET A; 3MEA A; 3S3M A; 4CI0 C; 3L2Z A; 2CZ1 B; 1FMW A; 2A3L A; 3GPL A; 1YHQ A; 4GLM A; 1F1B B; 2HDA A; 2XDD A; 2MK5 A; 4M77 D; 4J9D A; 1QCF A; 1WHL A; 1UHF A; 1VQ6 T; 2MIO A; 3VYH B; 2EJG A; 4OMF B; 1YJW T; 5LJ5 g; 3HFO A; 1YJN T; 2LRQ A; 3LGF A; 2YHT A; 2RHI A; 1EIF A; 1ZSZ C; 2EYQ A; 1UTI A; 3EGD A; 3OS0 A; 1BIB A; 2K2M A; 1OOT A; 1QVG P; 1VA7 A; 2JMA A; 1YIT T; 4MZP A; 1VQ5 A; 2KGT A; 4FCY A; 3HL8 A; 4IUQ A; 3M57 A; 2RH2 A; 3M59 A; 1KQS P; 1VQN Q; 3VRZ A; 1FMK A; 3BY7 A; 4Z88 A; 3EAE A; 1ZUY A; 2XHC A; 2GTO A; 4LXC A; 4J83 A; 4NL3 A; 5LJ3 j; 2LDM A; 3MP6 A; 5CO7 A; 2RMO A; 2F5K A; 1V29 B; 2EQM A; 1I5O B; 5KYN A; 5GAO m; 2KT1 A; 1NPR A; 2KMT A; 3RES A; 1TUD A; 3OBY A; 1VQ6 A; 3HP9 A; 1YJW A; 2I2L A; 1TSF A; 2EQK A; 1YJN A; 4HT8 A; 2LQW A; 2XI9 A; 1WQ7 A; 5GAM d; 1GBR A; 1TXQ A; 3V7C A; 2OTJ Q; 5GMK l; 3SDZ A; 3CC7 T; 1YIT A; 4FW1 A; 4M75 E; 4MML A; 3FEO A; 5GMK m; 4AT1 B; 2L8D A; 2HQX A; 1T0J A; 1UEB A; 1SRM A; 2ZPH B; 4Z02 A; 1I0C A; 3NTH A; 5FRM A; 2MCN A; 2JTE A; 2J7I A; 3A98 A; 4MZT A; 2D0Q B; 4N4I A; 1NBE B; 4J7I A; 4FYY B; 2PU9 B; 3A8G B; 2HAX A; 1VQL Q; 4M77 A; 4Q5W A; 1Q81 C; 1Y57 A; 4AFZ C; 2HL5 C; 1T0H A; 2D8J A; 2KR3 A; 1TOV A; 3I5R A; 4M77 G; 1QCO A; 1OV3 A; 3VU3 C; 4A4G A; 2E6N A; 1NJI U; 2AT1 B; 1UGV A; 1KC8 C; 4BI4 A; 1K73 C; 3R6N A; 3EG9 A; 4N0A C; 2KXC A; 1AZG B; 4F17 A; 2J6K A; 4JJD A; 1TUC A; 1G3S A; 3QHS A; 2CP3 A; 3EFR A; 4BE0 A; 4IIO A; 3CC7 A; 2BE9 B; 1W1F A; 3UT1 A; 4RMO A; 3QKJ A; 3J7A F; 2EJ9 A; 5CKB A; 4OVA A; 1WNL A; 4PJJ A; 2RQU A; 1GCQ A; 2QQB A; 2ABL A; 3X24 B; 3EG2 A; 4JDS A; 2LNH B; 2RQW A; 2FL7 A; 3ULR B; 2MF2 A; 1K4U S; 5I2M A; 1HXD A; 5FLX E; 1BBZ A; 1RAG B; 3V8K A; 1W2B S; 4LNP A; 1PD1 A; 1AWO A; 5I22 A; 4ZGE B; 1AWW A; 3UPU A; 2WSF E; 3V7R A; 3VKI A; 1AD5 A; 2DF6 A; 2DRM A; 4UC4 A; 5GAN e; 2QDY B; 4MZM A; 4X1V A; 3GNF B; 1YCY A; 3I9Q A; 3CME Q; 2GBQ A; 3CPW P; 4F7U B; 5IN1 A; 1GFD A; 3JCM X; 4BE2 A; 2FPE A; 1JBM A; 1BK2 A; 5CR2 A; 5GMK j; 3HPW A; 2NUT A; 4HCK A; 2GQV A; 3EHR A; 1VQ9 T; 3L2V A; 2CUD A; 3M0S A; 4F7U F; 1K8A U; 3VS0 A; 1WHM A; 3QYH B; 4C92 E; 4JJC A; 1WZO A; 3FJ5 A; 1YI2 Q; 3H0F A; 2DEQ A; 3OYM A; 1K0S A; 4XTU A; 5FWB A; 1M2V B; 3E1S A; 1M5Q 1; 5CQX A; 4DQ2 A; 3QXE B; 3FC3 A; 4C5H A; 2LMJ A; 2QDL A; 2NUP B; 3RDV A; 1UFF A; 2DZC A; 1Y7X A; 2EQJ A; 5IXB A; 1HK9 A; 1I81 A; 3JCM h; 1RAH B; 2JS2 A; 1KIK A; 1X27 A; 4ORZ A; 3OW2 P; 1UJY A; 2NWM A; 3RIR A; 3EG3 A; 4X34 A; 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