The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
101
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structure length |
101
|
Chain Sequence |
MQFKVYTYKRESRYRLFVDVQSDIIDTPGRRMVIPLASARLLSDKVSRELYPVVHIGDESWRMMTTDMASVPVSVIGEEVADLSHRENDIKNAINLMFWGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Ccdb
|
| molecule keywords |
CCDB
|
| total genus |
28
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VUB A; 3G7Z A; 4ME7 A; 5CR2 A; 4MZP A; 4MZT A; 4MZM A; 3NFC A; 3JSC A; 5CQX A; 4ELY C; 3HPW A; 2KMT A; 4ELZ C; 5HKC A; 5DLO A; 5CK9 A; 3JRZ A; 3VUB A; 4OF1 A; 1M1F A; 1X75 C; 5CCA A; 5HK0 A; 5CKE A; 5HK3 A; 3TCJ A; 5CKD A; 2VUB A; 5CKB A; 5CO7 A; 4MDX A; 2C06 A; 4HKE A; 1UB4 A; 4VUB A; 5CQY A; 5CKH A; 5CKF A; 1NE8 A; 2MF2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F7U G; 3JB9 I; 2DJZ A; 3SB2 A; 2GBQ A; 4M78 A; 3UWN A; 1VQO A; 1R77 A; 2V1Q A; 3RMS A; 2KNB B; 3MP8 A; 1QP2 A; 1HD3 A; 3H9N A; 3CC2 A; 5EC7 A; 2GF7 A; 1QVG A; 3RMQ A; 3OYC A; 4M75 F; 2X35 A; 1SF9 A; 3MP1 A; 4LNP A; 3VYH B; 2K3B A; 5D6X A; 2J05 A; 2A36 A; 2EKH A; 2F2V A; 3QZ5 B; 1YI2 T; 4XAX B; 1M4Z A; 5KCO A; 4RKU E; 2DL5 A; 5KE2 A; 1NJI C; 3TRE A; 1W2B P; 1Q81 R; 2D1X A; 4NOY A; 2FPD A; 1YJW Q; 4DOW A; 1GCP A; 4FT4 A; 4D8K A; 1YHQ Q; 4OB0 B; 4J7I A; 2LJ1 A; 3OYL A; 2AZS A; 3SHW A; 3C12 A; 2FRW A; 4HVW A; 2JMC A; 2EJG A; 3PFS A; 5CQX A; 1Z9Z A; 2J6O A; 2E5K A; 3CQT A; 4A54 A; 8AT1 B; 2KR3 A; 4M77 A; 1MNE A; 1PCX A; 2ZPF B; 2DXU A; 1G83 A; 3CC4 Q; 3M0S A; 4O5V A; 1J3T A; 4NS5 A; 4EMK B; 2DRK A; 1VQL T; 1R0B G; 1JBM A; 1NLO C; 4OMQ A; 4K11 A; 2BZX A; 2F5T X; 2L89 A; 1NZ9 A; 4E6R A; 3JAM E; 1OEB A; 3QSU A; 1K73 U; 1U1T A; 3LX7 A; 2PVG B; 2QQA A; 3QDF A; 3OYG A; 1N8R C; 1KD1 R; 1KQS A; 3CCE T; 5CAI A; 2QTX A; 2P0Q A; 5I22 A; 2EIF A; 2IG0 A; 3A98 A; 3TVT A; 4M77 C; 1N9R A; 5KYN A; 1IZ6 A; 4EMG A; 2JM9 A; 2G6F X; 2RQU A; 2DBM A; 1QCN A; 4AFZ C; 2K5I A; 4Z89 A; 3GIB A; 2KRM A; 4JRK A; 1K73 R; 1ZSZ B; 2DIG A; 3OYD A; 2MWP A; 3SWN C; 3H0I A; 1NEG A; 2OJ2 A; 4AMC A; 2L2P A; 4D8D A; 1XOV A; 1M1G A; 3MHX A; 1LOJ A; 4F7U B; 3G6E A; 3M0T A; 2CH4 A; 3UPU A; 1RI0 A; 5GAO p; 2J6F A; 1AHJ B; 3I9Q A; 3MKD A; 4QQD A; 2R58 A; 2EYY A; 2H3E B; 1WJS A; 1Q95 G; 2FPF A; 3VS4 A; 2E41 A; 1EFN A; 1VA7 A; 2X3W D; 3HKS A; 4KH1 B; 1VQN Q; 2GFU A; 3S6W A; 1OPL A; 1TWB A; 3EGD A; 1CKA A; 4LE9 A; 1D0X A; 2JOY A; 3CC2 Q; 1EIF A; 3CCV T; 1WIE A; 1KG1 A; 1Q81 U; 3CD6 A; 4C5G A; 2L3Q A; 4PJO B; 2YUO A; 3SEM A; 3S3M A; 1Q7Y U; 3E2U A; 4PJO A; 2XG8 D; 4M75 G; 1PD1 A; 2MOX A; 3CCE A; 1QP3 A; 2YUP A; 2RPN A; 4PJO C; 2DXT A; 2CZ7 B; 1W6X A; 5KH6 A; 4B6M A; 2DEQ A; 4QQ6 A; 4ELZ C; 2LT4 A; 3CCR Q; 3OYY A; 2ESW A; 2HZY A; 3CXC P; 4C0D C; 1JXM A; 4F7U E; 1PSE A; 2FB7 A; 4C92 A; 2C0T A; 3VKI A; 4J9D A; 4M78 B; 2X4J A; 3CCM Q; 3DLM A; 5CKH A; 3JB9 J; 5FLX E; 2O31 A; 2KEA A; 3E9F A; 1I5O B; 4C0D B; 2HCK A; 1SRL A; 2ATC B; 4C8Q F; 4MZM A; 3LW5 E; 3HRU A; 3CCU Q; 1X43 A; 2OAW A; 3L2Q A; 5A0G A; 2O01 E; 2DEU A; 3CCS Q; 1G3S A; 2QA4 T; 1VQ8 A; 1G3W A; 2JN0 A; 5GAN 8; 5LJ5 g; 2PNI A; 3QZ9 B; 2XDD A; 4DOV A; 1RAB B; 1BI1 A; 5FU7 C; 4BDZ A; 1B34 B; 3PMI A; 1WHM A; 2DVJ A; 2QG9 B; 4M4Z A; 4C8Q A; 2FG0 A; 2W0Z A; 4M77 F; 1VQ9 T; 1YCS B; 3G4S Q; 3C0C A; 4M7D E; 1JO8 A; 1RAC B; 3GPL A; 1ZHI A; 2R5A A; 1QMC A; 3JCM g; 4JJC A; 3NTH A; 3JCM d; 2ZPI B; 4J8O A; 2QEX Q; 2A7Y A; 2J7I A; 5KCH A; 2JJ9 A; 3EGX B; 2DXB A; 1SHG A; 3CEY A; 1RUW A; 1R0C B; 5IXB A; 2E1H A; 4Y28 E; 3OW2 P; 3A1P A; 1IHV A; 2ABL A; 1IXD A; 1KK7 A; 1WGS A; 5CKB A; 1IHW A; 1XTD A; 4BB7 A; 3MEA A; 2LDM A; 1GFD A; 2BKD N; 4JPB W; 2K79 A; 4KUL A; 5I2M A; 1K8A C; 2QGG A; 3CCM A; 3OYF A; 4DBF A; 1KC8 C; 1H64 1; 4M75 A; 4Y92 A; 2KGT A; 2MCN A; 2RHI A; 1Q86 U; 1V29 B; 2Y4X A; 1WHJ A; 5LJ5 h; 3CPW S; 1PWT A; 1GBQ A; 3QG1 A; 2NUP B; 1ACM B; 2E6Z A; 5CKE A; 4XU0 A; 3QO3 A; 1PKT A; 1VQ7 T; 5D6W A; 1H3Z A; 4ZTJ A; 2QA4 A; 1VQ8 T; 3MPU B; 2CUB A; 2M1H A; 2F5K A; 4PK4 A; 1B3Q A; 2E12 A; 1VQK A; 2QQR A; 1WHH A; 4PJO F; 1VQN A; 4R0K A; 1O75 A; 5CIU A; 1RLQ C; 2CP5 A; 3SWN A; 1QCO A; 3RNJ A; 3WVE B; 4HXJ A; 4N0A C; 3FJP A; 1WDX A; 2K3Y A; 1MMN A; 2HBW A; 1UGR B; 2YRC A; 1H8K A; 1IB8 A; 3V7S A; 1BYM A; 4NL2 A; 2DAQ A; 2JM8 A; 4ORZ A; 3EG0 A; 2ZPG B; 4OMP A; 1ZSG A; 4MML A; 1UGP B; 2EAY A; 3URG A; 1QKX A; 3BDL A; 3C4S A; 1ZSZ C; 2LNV A; 1ABO A; 3EHR A; 2KE9 A; 4R55 A; 1WJR A; 4JRQ A; 1VYT A; 3OBY A; 1JEG A; 4BE2 A; 2JZ2 A; 1UDL A; 1OX8 A; 2VV5 A; 4HCC A; 4ATO A; 2PTK A; 1KSW A; 3QDR B; 3SDZ A; 4RTT A; 4IUT A; 3JV3 A; 4PJL A; 1VQP Q; 1YBY A; 5I2S A; 3AHU A; 2QQB A; 1S72 A; 2BTT A; 1VQL Q; 2DF6 A; 4QW2 A; 1N27 A; 2X4Y A; 3I56 A; 4C92 G; 3UDC A; 2NUP A; 1RAF B; 3UT1 A; 2NLU A; 1X2Q A; 2L3S A; 2EYW A; 5HK0 A; 3A8H B; 1M27 C; 3G6E Q; 1KD1 C; 5M9O A; 1QWF A; 3QJY A; 1M2O A; 2HSP A; 4A4G A; 3O5Z A; 1Q86 C; 3M58 A; 5GAN j; 2K5L A; 3BW1 A; 3WXM B; 3DB3 A; 1QVF A; 2GGR A; 3FIF A; 4Z8A A; 5KYX B; 4PKC C; 1AD5 A; 4ZGJ B; 2AHJ B; 1AT1 B; 2K2M A; 1MGQ A; 3QYH B; 5J39 A; 2DFU A; 3CCL A; 1VIE A; 2QXF A; 2KK4 A; 2FZC B; 4J9E A; 2DL8 A; 3PTA A; 5D7U A; 3EFO B; 1K76 A; 1RAI B; 2PUK B; 3PNW C; 1ARK A; 2LZ6 B; 2QI2 A; 3MEV A; 4M78 C; 4JJD A; 2MPX C; 4OMF B; 2WAC A; 2CP7 A; 3LH0 A; 2DRM A; 1UHC A; 3OW2 A; 3EG3 A; 3M56 A; 5I21 A; 4P5N A; 1WNL A; 4JZ3 A; 4N4G A; 1U8R A; 2EPD A; 5IAY A; 4E47 A; 1K9M U; 3CCU A; 4M77 D; 5KYW A; 3V7R A; 1M1K R; 1TSF A; 3JB9 F; 1RI9 A; 1B34 A; 3PVL A; 4WF2 A; 2JTM A; 1SKU B; 1F1B B; 1IO6 A; 4ZGE B; 2FVU A; 3PE0 A; 1XNI A; 2QA4 Q; 4PJJ A; 2IPO B; 3JRZ A; 1R8O B; 1LPL A; 1AWX A; 2L3R A; 5DY9 A; 3PT9 A; 2D6F A; 4MMK A; 1YI2 A; 1M90 C; 3KBG A; 2DD5 A; 1N5Z A; 4JJN K; 2XI9 A; 5GAN 4; 4LD9 K; 3MEW A; 2DE0 X; 1MHN A; 2E3H A; 1IGU A; 4C8Q E; 5HY6 A; 3NMZ C; 4DEY A; 5GMK m; 3V8L A; 2K6D A; 4J83 A; 3JCM c; 4ESR A; 5KYY B; 2ZZD A; 2EVR A; 4JLI A; 1YIJ A; 2LX9 A; 4F7U F; 1GCQ C; 1HJD A; 1RAD B; 3M0Q A; 1NJI U; 1JU5 C; 4XU2 A; 4XU3 A; 1I4K 1; 4M75 D; 4B9X A; 5FU6 B; 4RTU A; 5C0M A; 2XD0 A; 3D7S B; 5DLO A; 1KQ2 A; 1WXB A; 1YIJ Q; 3M54 A; 1KC8 U; 1K9A A; 4LXC A; 4PJO D; 3ZL7 C; 1KQS S; 2BZY A; 1FXX A; 1YJ9 A; 4LDY A; 3BY7 A; 1VQ9 A; 1SSF A; 3DKM A; 5A2Q E; 2EQI A; 4J6W A; 3G71 A; 2AZV A; 3ASK A; 2NYS A; 3MO8 A; 1H3H A; 4RTW A; 2YT6 A; 3CBP A; 2VB6 A; 1UEC A; 3M55 A; 4JJB A; 4RTV A; 2P4T A; 3L1A A; 2KYM A; 3HFN A; 1Q7Y R; 2C06 A; 1BU1 A; 3CMA T; 2QYZ A; 5L23 A; 1ZSZ A; 4C0F A; 3CD6 T; 5GAO n; 1NE8 A; 2HKQ B; 1IGQ A; 4M7A B; 2FEI A; 5GAN g; 3CCQ A; 4CI0 C; 2R5M A; 2LJ3 A; 4M7A G; 3TSW A; 1BI3 A; 1YJN A; 2QDL A; 2XMF A; 4QKU A; 4MDW A; 2RJD A; 2JTE A; 2QAS A; 1FYN A; 1X69 A; 3HL8 A; 3EG9 B; 3OSV A; 1YIT T; 5GMK j; 4C92 E; 3JCM J; 3UAT A; 3OYB A; 3G6E T; 3FB9 A; 3HFO A; 1FWZ A; 4M78 D; 1RL2 A; 2E6N A; 1N8R R; 4MZT A; 3EFS A; 3NFC A; 1M8M A; 4FYX B; 3M4Y A; 3EH1 A; 1Y57 A; 2V26 A; 2MIO A; 3CC7 A; 1JJ2 A; 1MMA A; 4PLL A; 1OZ3 A; 3F70 A; 3OQ5 A; 3M0U A; 1SEM A; 1VQ7 A; 3L42 A; 3OYJ A; 1VQ6 Q; 1YJW T; 2XKO C; 1QCF A; 2PUO B; 4QQG A; 2COW A; 3CCV Q; 2J06 A; 2KT1 A; 4XU1 A; 2COY A; 5ECA A; 4A4K A; 2MF2 A; 4OB3 B; 2D8J A; 1D1C A; 4X1V A; 3RKY A; 3EAE A; 1KQ1 A; 3QBY A; 2XU8 A; 3MCA B; 1KC8 R; 2EWN A; 1Y0M A; 3R6O A; 2GTO A; 3JCM b; 1JJ2 P; 3OYH A; 2RD1 A; 1YP5 A; 5DLQ E; 1UGV A; 4M78 G; 2M0O A; 2G3R A; 3CC4 T; 4M7A F; 2GQI A; 1IRE B; 1K0S A; 1GXI E; 5AT1 B; 5IHI A; 3VS5 A; 4DBQ A; 2K9G A; 4HT8 A; 1RAG B; 2CS7 A; 1Q82 C; 3CCJ Q; 1AZE A; 2CSI A; 2D0Q B; 1Q81 C; 1KJW A; 1K4U S; 2GTJ A; 1C6V X; 1OU9 A; 2OAU A; 2HDA A; 3RES A; 4JDS A; 2E3I A; 1S1N A; 3EG1 A; 3LWI A; 4BAC A; 4QT7 A; 4LDV A; 2HD0 A; 4J9H A; 2IVW A; 2BZ8 A; 1U5S A; 2KYB A; 4FIB A; 1VQ9 Q; 2O88 A; 3BE3 A; 1VQ4 T; 2RK1 A; 2ZPH B; 5HCK A; 3VRY A; 4E7S A; 2EYQ A; 4CC4 B; 2CKK A; 2EGC A; 2LQN A; 2VGM A; 3X24 B; 2VYT A; 2QEX T; 2LMJ A; 2RNA A; 4B9W A; 1YJW A; 4F17 A; 3I55 T; 2CSQ A; 5J3B A; 5LJ5 f; 5A0L A; 2CDT A; 2MAM A; 1QVF S; 4RG2 A; 3CCJ A; 1OU8 A; 4XTW A; 4PJM A; 1AOJ A; 2BIV A; 3CBM A; 3THK A; 2EFI A; 4IUU A; 2DMO A; 1VQ5 A; 2HQE A; 1MUZ A; 1OUL A; 2NWM A; 2QAZ A; 4E7Z A; 2EQU A; 3RKW A; 3HP9 A; 2KMT A; 1YI2 Q; 1X01 A; 2VGN A; 1AWW A; 2DJQ A; 2V8K A; 3H6Z A; 4C92 C; 2LT1 A; 1VQ5 Q; 3LGL A; 4RTZ A; 3BFM A; 2GQV A; 4A4H A; 1WJQ A; 1UGQ B; 2K3X A; 3OYE A; 1N6A A; 2A28 A; 2LC4 A; 1Q86 R; 2YLB A; 5KYU A; 3CCR T; 2EJ9 A; 1W70 A; 4F16 A; 3FC3 A; 1M9S A; 1HXD A; 1TG0 A; 2M0Y A; 3QII A; 3C94 A; 4LD6 A; 4JLG A; 3TCJ A; 2RQT A; 1ABQ A; 3LYI A; 1UB4 A; 3PMT A; 3MEU A; 4JRI A; 1JXO A; 3NTK A; 4M7D F; 4M77 E; 5LJ3 j; 1E7O A; 1PNJ A; 4E7H A; 4ZTF A; 1VQN T; 3QXE B; 2KI7 A; 2KVQ G; 1AZG B; 1PG5 B; 4KH0 B; 3CCQ Q; 3I55 A; 3JCM P; 3VS7 A; 3EFR A; 3VS1 A; 1RLP C; 1XJW B; 2X3X D; 4IUR A; 3QYG B; 4OP0 A; 5LJ3 g; 3T9N A; 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3LWH A; 1G8X A; 2EKO A; 2CT3 A; 4RUG A; 2MYS A; 1MMG A; 1NM7 A; 1YIT Q; 1YFN A; 2EGE A; 4YTL A; 2RI3 A; 3CPF A; 1RAH B; 2YXY A; 4JS4 A; 5LJ5 d; 1CSK A; 1G3T A; 1UJY A; 2DLP A; 2X51 A; 3CCS A; 4J6X A; 1ZQ1 A; 3VV0 A; 2LJ0 A; 1BKB A; 5C6S A; 4N4H A; 1LVK A; 3RBB B; 2QEX A; 2RHX A; 3SFM A; 2V8I A; 2IIM A; 1YWO A; 3CC4 A; 3HSB A; 2ED1 A; 3FDR A; 2VWF A; 2RQV A; 5GAM h; 4GBQ A; 4OVA A; 2OTL T; 3JCM V; 1PRL C; 4E7J A; 4ZNX A; 2L0A A; 2M02 A; 2LTO A; 2PZ1 A; 4J9F A; 4J9I A; 2RI2 A; 3I35 A; 2E64 A; 2K2V A; 2HNI A; 2L3P A; 3CPW A; 3MET A; 2YRV A; 3C95 A; 1QKW A; 4OF1 A; 1H92 A; 2OTJ A; 4M77 G; 4PJN A; 3OBW A; 2KRN A; 2KT8 A; 2PQW A; 2RK2 A; 5FWB A; 2RM4 A; 3QPH A; 4C92 B; 1B07 A; 3Q1J A; 4AFS C; 1ZX6 A; 2DD4 A; 5FRN A; 4RMO A; 1T0J A; 1Y7X A; 2RHY A; 4GY5 A; 1PSF A; 1TU0 B; 4J7F A; 2O4X A; 2HL5 C; 4PL6 A; 1BI0 A; 2YSQ A; 4X9D A; 2SRC A; 4QVC A; 1M1K C; 3I5R A; 4OMM A; 3H0F A; 1A0N B; 2HQH A; 3L2R A; 4R56 A; 1WA7 A; 3JCM h; 4M78 F; 3RKX A; 3I56 T; 2X9H A; 2RB6 A; 3RIR A; 3FEO A; 2DX1 A; 1NLP C; 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