The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
b'MQFKVYTYKRESRYRLFVDVQSDIIDTPGRRMVIPLASARLLSDKVSRELYPVVHIGDESWRMMTTDMASVPVSVIGEEVADLSHRENDIKNAINLMFWGI'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CCDB
|
| publication title |
Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Ccdb
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| total genus |
28
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CKB A; 4ELZ C; 4ELY C; 3G7Z A; 4MZT A; 5CKH A; 1UB4 A; 5CQX A; 3JSC A; 5CCA A; 5CO7 A; 4HKE A; 3JRZ A; 4MDX A; 5CQY A; 5HK0 A; 1M1F A; 1X75 C; 3HPW A; 1NE8 A; 5CK9 A; 2C06 A; 3NFC A; 5CKF A; 5HKC A; 4ME7 A; 2MF2 A; 4OF1 A; 2KMT A; 5HK3 A; 3TCJ A; 4VUB A; 3VUB A; 4MZM A; 5CKD A; 1VUB A; 2VUB A; 5DLO A; 5CKE A; 5CR2 A; 4MZP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UEB A; 3HRS A; 1SHG A; 3NMZ C; 1NJI C; 3OYB A; 2RI2 A; 3CQT A; 1RAE B; 3X26 B; 4CI0 C; 4M7D D; 2I0N A; 1WXT A; 4BAC A; 1S72 Q; 1EIF A; 2DXU A; 2NYS A; 4MZM A; 2SEM A; 1G5V A; 1M1G A; 1WHM A; 3CCS A; 3PFS A; 2JS0 A; 3G7Z A; 3VYG A; 5GAN 4; 2E12 A; 4C0D C; 3MPU B; 3HSB A; 2LVM A; 4KUL A; 1VQ7 Q; 1WZO A; 1UGQ B; 2K5F A; 2MIO A; 3G6E A; 5KYW A; 1PRL C; 1RUW A; 4NL3 A; 4C8Q E; 1P92 A; 1YP5 A; 3CPF A; 4IIO A; 4NS5 A; 5LJ3 f; 1TUG B; 4E47 A; 1VQ5 Q; 3NGP A; 3DB4 A; 2A28 A; 4QVD A; 5LJ5 g; 1K9M R; 4HCB A; 3OS2 A; 2DRK A; 4IUR A; 4OMN A; 2E5Q A; 1PSE A; 3JB9 G; 2V8J A; 4Y92 A; 3VS7 A; 1TG0 A; 2DIG A; 2RHZ A; 3KFV A; 5GAO p; 3AT1 B; 4L5G A; 2RK2 A; 1LPL A; 1VQ9 T; 1Q81 U; 2DMO A; 1Q86 C; 1SHF A; 3VU3 C; 1Q82 U; 5LL6 S; 1GCP A; 1VIE A; 2JM9 A; 3L2V A; 5EC7 A; 1RAC B; 3CCU T; 1UGP B; 1F1B B; 1UFF A; 1RLP C; 2HL3 A; 3A8H B; 3OS5 A; 2NUP A; 2AIR B; 2KRN A; 2YHT A; 4GLM A; 2KSS A; 4M7A C; 2F5K A; 5KCH A; 2EAY A; 1K73 U; 5J39 A; 3M4G A; 2EYX A; 2R5A A; 4MDX A; 1SKU B; 5GAN 6; 1BIB A; 2ZZD A; 2CP3 A; 1NM7 A; 3RNJ A; 3U23 A; 4R0K A; 3OYA A; 1PNJ A; 1PD1 A; 3JAM E; 3GPL A; 3RES A; 2EYY A; 1ZA1 B; 2EIF A; 5GAN 3; 5CKE A; 1SSH A; 1D1C A; 2D8J A; 3A98 A; 2DZC A; 1QP2 A; 3CC4 A; 1NJI U; 2BZX A; 4OML A; 3JRZ A; 3EH2 A; 4M77 A; 4CRI A; 4M4Z A; 4M7D E; 2D0N A; 2YRD A; 1PKT A; 2RQR A; 1OX8 A; 3CCQ T; 1K0S A; 2A3L A; 3V8L A; 3OSV A; 2DBK A; 3J81 E; 2P0P A; 4QVC A; 5KCO A; 4M78 F; 1W6X A; 1QVF S; 1OPK A; 1M2V A; 1RAI B; 1VQL Q; 2YLB A; 3BE3 A; 3EH1 A; 3OYE A; 4O6J A; 3JB9 J; 5LJ5 h; 2CZ0 B; 4J9G A; 3JCM f; 2V26 A; 4FYV B; 4C92 F; 1BU1 A; 1SSF A; 2RI3 A; 2DTO A; 1Y07 A; 2CP2 A; 3QJ6 A; 2XDD A; 1Q86 U; 1GL5 A; 4PJO G; 1VQN A; 1N9R A; 2C06 A; 1KFZ A; 2DTH A; 1WXU A; 3GP8 A; 2RMO A; 5KYW B; 3GOX A; 5GMK i; 2KXD A; 1OUL A; 2A37 A; 3UAT A; 2EGA A; 2J6O A; 3M0Q A; 3OBY A; 3NTH A; 5GJV B; 1U5S A; 1Y71 A; 3VRY A; 4LUD A; 1YIJ Q; 1ZHI A; 2KAF A; 2NUT A; 1MGQ A; 3WVD B; 4IUQ A; 1QKX A; 2PVD B; 3BW1 A; 2CYZ B; 4KT0 E; 4HVW A; 4XU1 A; 4RTY A; 3EFR A; 3OYF A; 4F17 A; 2EWN A; 4E7S A; 2IG0 A; 5L23 A; 2BKD N; 5GAM g; 1OOT A; 4MZT A; 2KI7 A; 1NEB A; 2NUP B; 1Q7Y R; 2QEX A; 4M75 D; 3O5Z A; 1I81 A; 2RD1 A; 3OYJ A; 1D0X A; 1GBQ A; 4OF1 A; 2KMT A; 2M51 A; 3HRT A; 3CCS Q; 2QA4 A; 1Y0M A; 1W4S A; 5DY9 A; 5FWC A; 2KYM A; 4ELY C; 4R55 A; 2JZ2 A; 1QVP A; 3G6E Q; 1E7O A; 4QKU A; 3EFO A; 1WA7 A; 4M78 G; 1H64 1; 4XTW A; 4ZTF A; 4M77 B; 3MEA A; 1UGS B; 2BTT A; 5FW9 A; 2Y4X A; 5GMK l; 2D8H A; 1H3H A; 2MMP A; 2X4W A; 3CCU A; 5CR2 A; 5GAO r; 1RAB B; 4KBM B; 3JV3 A; 3R6O A; 2D1X A; 1MMN A; 4D8K A; 3MHX A; 1TUD A; 3OYG A; 3S3N A; 3M55 A; 2EQK A; 2BIV A; 5GAN j; 1K9M C; 1M2V B; 2KYB A; 4M7A D; 4GLK A; 2M1H A; 4JUV A; 4DEX A; 3M5A A; 3PIO A; 2XIC A; 1KG1 A; 2CGH A; 3S6W A; 3QG1 A; 1CKA A; 4PFZ A; 2EQI A; 4XU3 A; 2HDA A; 4J9C A; 2HBW A; 2DAQ A; 3CME T; 4C8Q C; 1UEC A; 2QG9 B; 2CZ7 B; 3URG A; 3H41 A; 1NPP A; 4OB1 B; 3EG9 A; 1I5O B; 5LJ3 d; 4FU6 A; 2CUD A; 3A1P A; 3FIF A; 2AK5 A; 1HK9 A; 1TH7 A; 1RAH B; 3CC4 Q; 3PNW C; 4E6R A; 1SRM A; 1KQS A; 3CCM T; 1ZBJ A; 4HA8 A; 1N8R R; 5CAI A; 5GAN 8; 4ZGJ B; 1GCQ C; 2LQN A; 3H9N A; 5CKH A; 5CQX A; 1PD0 A; 5A0G A; 3LWI A; 1WNL A; 1NZ9 A; 2VXE A; 2NUT B; 1KQS P; 3M9Q A; 1ZSG A; 3OYM A; 2HSP A; 4FCY A; 2QTX A; 1TSF A; 1JJ2 A; 4N4I A; 4Y28 E; 4ELZ C; 4OP0 A; 4PJM A; 1QCN A; 2B86 A; 1RAG B; 2LX7 A; 3QUI A; 2GQI A; 4JJN K; 1SG5 A; 3F70 A; 1R77 A; 4ESR A; 1JJ2 P; 3ZEH A; 1WYX A; 4VUB A; 3BDU A; 1QVG P; 4FYY B; 3CCV Q; 1S72 A; 1K76 A; 3GIB A; 2K3X A; 1GRI A; 4M7D C; 2CP5 A; 4BDY A; 1YWO A; 3CCJ T; 1K9M U; 3EFO B; 3RKX A; 4HT8 A; 2X4J A; 5HK3 A; 5L8R E; 1G3W A; 2DPP B; 2J6F A; 1X01 A; 4PJJ A; 5FU7 B; 3OYL A; 5IH2 A; 2Y90 A; 4RCC A; 2QTV A; 1OYX A; 2CUB A; 1SPK A; 2EBP A; 4BUG A; 2CP7 A; 1KD1 R; 4PJO A; 5IN1 A; 2YRV A; 1LNX A; 2E10 A; 3JCM J; 3EG2 A; 3L2R A; 2JNG A; 2P84 A; 5CK9 A; 2X9H A; 2EJ9 A; 4FT4 A; 4UC4 A; 2JXB A; 2ZPB B; 3CC2 T; 2DK3 A; 4WCI A; 4PLL A; 1NLP C; 4KUD K; 2P4R A; 3JCM d; 1FWZ A; 2DL3 A; 4RCB A; 1AWX A; 2K2V A; 3CCE T; 3KXT A; 1G83 A; 1IRE B; 1B34 A; 4FW2 A; 2LMJ A; 2DL7 A; 4HVU A; 1MND A; 5GMK m; 5KYU A; 4JJD A; 2K6D A; 3E9F A; 3Q1J A; 4F7U E; 4Q5W A; 2QA4 Q; 3EG9 B; 1B7T A; 1E6G A; 4EPC A; 2O9S A; 1OU8 A; 1BI2 A; 2H3E B; 3RBB B; 3S3O A; 6AT1 B; 1G3T A; 1OZ3 A; 4F16 A; 1VQ6 T; 1KQ1 A; 4C5I A; 1WX6 A; 2ATC B; 3FC3 A; 3V8J A; 5HK0 A; 4DQ2 A; 5D6X A; 3I9Q A; 4KGV B; 2VXF A; 2F5T X; 3MP8 A; 4J8O A; 3CCU Q; 2PZ1 A; 2JM8 A; 1M4Z A; 1QQJ A; 1AD5 A; 3S3M A; 1LJO A; 5GAN f; 5CO7 A; 2MYS A; 2DA9 A; 2M02 A; 4M78 A; 1JXM A; 2COZ A; 4WF2 A; 2DIL A; 2VB6 A; 1D09 B; 2DBM A; 2OX7 A; 4J9D A; 2IPO B; 2RK1 A; 3LYI A; 5KH6 A; 4EMK C; 5CKF A; 4ZTJ A; 2JTF A; 1N9S A; 4RTZ A; 5IHI A; 3QZ9 B; 4C8Q D; 1VQL A; 3FEO A; 3H0I A; 2DKG A; 3QPH A; 4DEY A; 4EIK A; 1XNI A; 2QAZ A; 3FRN A; 2CH4 W; 3E19 A; 5GAO m; 3UWN A; 5GAM j; 3GF5 A; 3CCM A; 1DJ7 B; 1UB4 A; 2EJG A; 3CBM A; 4C92 A; 1MHN A; 4N4G A; 3MP1 A; 3M4Y A; 3FDR A; 2QAS A; 2KQW A; 1N6A A; 3CCQ Q; 1BI0 A; 2FPF A; 1QVF A; 1G3Y A; 1PC0 A; 2RN8 A; 1QVG S; 4HCK A; 2CRE A; 4M7A G; 1FX7 A; 1LCK A; 3CC7 A; 4X1V A; 2P4T A; 3GNF B; 4MDW A; 2XDP A; 3X24 B; 2LQ8 A; 3HTR A; 2RJC A; 3V7C A; 4PJO B; 4LXC A; 2J7I A; 3PMI A; 2A08 A; 1YIJ A; 1HYO A; 5CIU A; 1N8R C; 3J7A F; 3CCL T; 2AT1 B; 2X3W D; 3JCM W; 2V8I A; 4HVV A; 3JCM P; 1Q7Y U; 2DYB A; 4MZP A; 1HXD A; 1B34 B; 4PFP A; 2L0A A; 4LDV A; 2FL7 A; 1KSW A; 2LX9 A; 3ZL7 C; 1PHT A; 1U1S A; 4ZN1 A; 3JB9 I; 5KYU B; 3SWN A; 1VQO T; 3CCJ A; 2L8D A; 1D1A A; 4C5H A; 2DO3 A; 4AFZ C; 3JCM e; 5IT9 E; 2WSE E; 2J06 A; 3M53 A; 1ZSZ A; 3REB B; 1VQM T; 4M75 C; 1VYU A; 2LQW A; 5I21 A; 2RI5 A; 4A63 B; 3MEW A; 3ULR B; 2YT6 A; 3OMG A; 2X4X A; 2OJ2 A; 2EJF A; 2KT1 A; 4JS5 A; 2A7Y A; 1YIT A; 4QQD A; 4LDY A; 4RMO A; 4J6W A; 2P0K A; 3NTK A; 1WHL A; 3CC2 A; 1B3Q A; 1WXB A; 2L5Q A; 3PVQ A; 3EG0 A; 1RI0 A; 3CBO A; 4PJO F; 5DM7 R; 1OU9 A; 3QWX X; 2W10 A; 2K7A A; 4M78 B; 5FU6 B; 1HD3 A; 1X2K A; 3CPW P; 4L59 A; 3CMA T; 1IZ6 A; 1OV3 A; 4Y91 A; 1U8R A; 1KD1 C; 5I2M A; 4LDX A; 3G71 T; 1JBM A; 1K1Z A; 5GAN 5; 5GAO q; 1ZUU A; 2GFU A; 1T0J A; 3QJY A; 2YRC A; 1VQ6 A; 1I0C A; 3RDV A; 1X6B A; 4C92 B; 1QWF A; 2DJQ A; 1CSK A; 1SEM A; 2CP0 A; 3QYH B; 3A8L B; 1N8R U; 4A4F A; 3FB9 A; 1GFD A; 2AZS A; 5EG2 A; 2EGE A; 1AZE A; 4FSX A; 1IO6 A; 4A53 A; 2R58 A; 2KRS A; 3OYC A; 3L2W A; 2O9V A; 1C0M A; 1M3C A; 3OMC A; 3JSC A; 4XAX B; 3VS0 A; 1VQ8 T; 3M54 A; 2EQU A; 5C0M A; 2V1R A; 3UDC A; 4BE0 A; 2MCN A; 3QDF A; 1NPR A; 1QWE A; 3HHT B; 4NOY A; 2O2O A; 4M78 E; 2RM4 A; 4A4G A; 2E41 A; 1VYV A; 2LQK A; 1WHK A; 4ZNX A; 3SD4 A; 5LJ3 g; 1VQ4 T; 3RER A; 2F2X A; 2DRM A; 2RHI A; 3LGF A; 3DLM A; 2I2L A; 1WHG A; 3X20 B; 3I56 T; 2NUZ A; 2YWW A; 3PVL A; 3ASK A; 1N5Z A; 4QVZ A; 3SWN B; 4C92 E; 5GAM f; 2RB6 A; 3CCM Q; 2MAM A; 2RQV A; 1JO8 A; 3ZBD A; 1UHF A; 3KBG A; 1ZSZ B; 1KIK A; 3EGU A; 4XK8 E; 2KXC A; 2OTL T; 1D3B B; 3EFS A; 3CCV A; 1FYN A; 2XG8 D; 2XKO C; 3VJP A; 2QYZ A; 1YJN A; 2DF6 A; 3CC7 Q; 1KD1 U; 4JRI A; 2FG0 A; 3M57 A; 3QWY A; 2FRY A; 1AT1 B; 2GFA A; 2L3S A; 1QCF A; 2DE0 X; 1T3S A; 3CD6 T; 4OB3 B; 2MI6 A; 3QKJ A; 1UJY A; 3RKW A; 2WSF E; 4BB7 A; 3REA B; 2HSE B; 2HNI A; 4J83 A; 2L3P A; 3JCM c; 2CS7 A; 2ECZ A; 2PU9 B; 2JN0 A; 2X51 A; 3VS3 A; 4E7Z A; 3BDL A; 1ABQ A; 4OB2 B; 3M59 A; 3OW2 P; 4M77 D; 2COY A; 1VQM A; 5CCA A; 4JJB A; 2DVJ A; 1A0N B; 3UA7 A; 5D6W A; 3VS6 A; 1X27 A; 2EYW A; 2K5I A; 3CCJ Q; 3CPW S; 4AFU C; 4BDZ A; 2M16 A; 3MCA B; 1M1K R; 5AT1 B; 2COW A; 4IUP A; 3WXM B; 1WFW A; 2A36 A; 4RKU E; 5GMK h; 1VQ5 T; 2PQW A; 1VYT A; 1UE9 A; 2AKK A; 2JS2 A; 5LJ3 h; 3D7S B; 2B8A A; 3I35 A; 3UT1 A; 1PM3 A; 1YIT Q; 2ESW A; 2E5K A; 3MEU A; 3SEM A; 3JCM g; 1AEY A; 1FMV A; 1NE8 A; 3CC2 Q; 1VQ9 A; 2HQE A; 4J9E A; 4J5Y A; 4OB0 B; 4JS4 A; 3CMA A; 2ZPH B; 4N0A C; 2LCC A; 1G8X A; 2R57 A; 1H8K A; 5J3B A; 4M7D G; 2RJF A; 4PLI A; 2L3R A; 3H8Z A; 2XMF A; 3OQ5 A; 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1M1F A; 1YJN Q; 3CD6 A; 2OI3 A; 3QHS A; 4J9H A; 4QT7 A; 4DBF A; 2GNC A; 1H3Z A; 3NHN A; 3JB9 D; 3OYK A; 3OY9 A; 1UG1 A; 1M2O A; 2DL5 A; 1X6O A; 1PG5 B; 1R0B G; 4B9X A; 4A4H A; 2FHD A; 4BI8 B; 3HKS A; 2ZPG B; 4ZGD B; 3MET A; 2VC8 A; 4CC3 A; 3OYD A; 1WLP B; 1G3S A; 2RO0 A; 4MML A; 4C92 C; 3HRU A; 1J3T A; 1ZLM A; 3NPF A; 2MF2 A; 4E7L A; 4M7A F; 5GMK j; 4YTL A; 3L2U A; 3CCS T; 2WSC E; 1VQM Q; 1OI1 A; 4LDW A; 4XU0 A; 5LJ3 j; 2DX1 A; 5CVI A; 1C1A A; 4HKE A; 3G6E T; 2E64 A; 3G1J A; 3EG1 A; 2RF0 A; 2E3H A; 3IQL A; 4F04 B; 2L2P A; 2FZK B; 1IGU A; 4FL6 A; 9ATC B; 3CCR T; 1GCQ A; 5FRO A; 1HJD A; 2QDY B; 2WAC A; 2VUB A; 2E6Z A; 3MJX A; 1UHC A; 1M1K C; 5KYY A; 3G4S T; 5FRN A; 1VQ9 Q; 4GBQ A; 1WQ7 A; 2FZG B; 3CMA Q; 4EDU A; 2O01 E; 4RG8 A; 1ZUY A; 2DEU A; 2NLU A; 2HQH A; 2XD0 A; 2E4H A; 3CXC P; 4M75 G; 3SWN C; 2CZ6 B; 2XHC A; 2K2M A; 1WJS A; 1Q95 G; 2QK0 A; 4PJL A; 1IXD A; 4C5G A; 1M5Q 1; 1K4U S; 2CH4 A; 1KQ2 A; 3GNG A; 3CME A; 4JRK A; 1I8F A; 4TVR A; 1U3O A; 2XI9 A; 1FMK A; 4L6V 5; 1D1B A; 2DL8 A; 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