The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
b'MQFKVYTYKRESRYRLFVDVQSDIIDTPGRRMVIPLASARLLSDKVSRELYPVVHIGDESWRMMTTDMASVPVSVIGEEVADLSHRENDIKNAINLMFWGI'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CCDB
|
| molecule tags |
Ccdb
|
| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HPW A; 4MZT A; 4VUB A; 1UB4 A; 2VUB A; 2C06 A; 3G7Z A; 5DLO A; 3NFC A; 5CKF A; 2MF2 A; 4MZM A; 5CKE A; 1M1F A; 5CO7 A; 4OF1 A; 5CKD A; 5CQY A; 1NE8 A; 1X75 C; 4ELZ C; 5CCA A; 3JRZ A; 1VUB A; 5HKC A; 3TCJ A; 4HKE A; 2KMT A; 4MDX A; 4ME7 A; 3VUB A; 5HK3 A; 5CR2 A; 3JSC A; 5CKB A; 5CQX A; 5CK9 A; 5CKH A; 5HK0 A; 4ELY C; 4MZP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OI1 A; 3JCM e; 4NS5 A; 3L2Z A; 4ANJ A; 1J3T A; 4ZTF A; 1AOJ A; 1M1F A; 3URG A; 4D6W A; 4M7A G; 3JCM b; 4M77 G; 2MYS A; 2YRV A; 4C5E A; 3LWI A; 2QAZ A; 4M7A C; 2AZV A; 2HSP A; 3R6N A; 3CD6 A; 2AK5 A; 4M7A E; 1YHQ A; 5GAM f; 4P5N A; 4M7A F; 2O9S A; 1Q86 U; 2YUQ A; 2EKH A; 2A37 A; 2AIR B; 1X6B A; 2MWP A; 3JCM f; 1M2V A; 1YJ9 T; 1M27 C; 3BDL A; 3M56 A; 2MIO A; 4M7D D; 4M78 F; 1D1B A; 3JB9 F; 2ZPE B; 1LVK A; 3H0F A; 1KC8 R; 1YCS B; 1SRM A; 2VWF A; 2DPP B; 2J06 A; 5LJ3 d; 1U5S A; 1D1C A; 2KBT A; 4LDW A; 2HCK A; 1VQO T; 3UT1 A; 1Q82 U; 4C92 F; 1OU8 A; 1H92 A; 2MPX C; 4M75 A; 2L3R A; 1TXQ A; 5CKB A; 5KE2 A; 2LNH B; 1VQK T; 1VQ6 A; 3CME A; 3RIR A; 2PUO B; 4MZP A; 4E7Z A; 5GAN 6; 1Z9Q A; 2DA9 A; 2RPN A; 3LGL A; 5GJV B; 2EGC A; 4PJJ A; 1X69 A; 2LMJ A; 4X1V A; 4KUI A; 2E1H A; 1VYT A; 2FYK A; 1YI2 A; 1ABO A; 3CC2 Q; 4C0F A; 2ROT A; 5KE3 A; 1Q7Y U; 2CYZ B; 5FRN A; 4M77 D; 3S3O A; 3CC4 A; 2X4Y A; 2ZZD A; 4AT1 B; 4FSX A; 4ATO A; 3OYA A; 2ZPB B; 5CQY A; 4M77 A; 4A4H A; 2KR3 A; 1M90 R; 1MV0 B; 3JRZ A; 4A53 A; 2HQX A; 2DL4 A; 4XU2 A; 1UEC A; 1YWO A; 3G71 Q; 3CXC A; 5KYY B; 3M0Q A; 5J39 A; 2QG9 B; 1M90 U; 2G6F X; 2JM9 A; 4PLL A; 2DYB A; 4LD9 K; 3PIP A; 4OMF B; 2JS2 A; 3VUZ A; 1WZO A; 1GFC A; 3EGX A; 3CPF A; 3CCV T; 2E5K A; 3CCU Q; 4FL6 A; 4FT2 A; 2OTL A; 3CCS A; 4L6V 5; 2F69 A; 4JJC A; 1RAD B; 3J81 E; 1VQ9 A; 1WQ7 A; 4EIK A; 4OB0 B; 3OYB A; 3WVD B; 4D8D A; 1ZBX A; 3RNJ A; 1B34 B; 4M78 C; 1IB8 A; 3UA6 A; 2DXB A; 3CC7 Q; 1MV3 A; 2OAW A; 2FG0 A; 1G83 A; 3KXT A; 1M2O A; 4Y91 A; 1BCM A; 1IXD A; 2D0N A; 1PWT A; 2DBK A; 1VQK Q; 2GFU A; 4Z02 A; 3M0U A; 4QQD A; 5IXF A; 4M77 C; 2X3X D; 5GAN j; 3RR6 A; 4J5Y A; 5GAM h; 1UEB A; 4B6M A; 1OZ3 A; 3EG9 A; 2KDS A; 1KJW A; 1OX8 A; 2CH4 A; 4ZGE B; 1SHG A; 2GF7 A; 1YIT T; 4QT7 A; 3PIO A; 3RMQ A; 5IXB A; 3X26 B; 2E6Z A; 2P0Q A; 2EYW A; 1OQK A; 5A0D A; 3M4Y A; 4ZGD B; 1BYM A; 3RES A; 1N27 A; 2BIV A; 4WTO B; 2YRD A; 4L5G A; 3GNF B; 1KC8 C; 2CSQ A; 4BAC A; 1R0C B; 2DBM A; 2DD4 A; 1UJ0 A; 3NTI A; 1Q7Y R; 2VC8 A; 2JXB A; 3OYI A; 1ARK A; 1IHW A; 3CC2 A; 2RK1 A; 3DB3 A; 2L0A A; 1KIK A; 4J9G A; 5GAO p; 2OI3 A; 1FMK A; 1MHN A; 1AHJ B; 1H3Z A; 2LJ0 A; 3U23 A; 3QJY A; 2YRC A; 3J80 E; 4IIM A; 4JJD A; 1RLP C; 2ZPH B; 2OTJ Q; 1T3S A; 3V7C A; 3L1A A; 1D09 B; 3CCM Q; 1T0J A; 2FPE A; 3R6O A; 5AYF A; 3OA6 A; 3V8J A; 4F17 A; 2LQK A; 1RAB B; 2ATC B; 4Y28 E; 1M1K R; 1AD5 A; 3GPL A; 3H9N A; 4HT9 A; 3MEA A; 3MCA B; 1TG0 A; 4KH1 B; 4KH0 B; 2DIQ A; 5LJ5 j; 3QYG B; 2YWW A; 3CC4 T; 5KCH A; 5GAM d; 4KT0 E; 2D6F A; 3INZ A; 3OYD A; 1X01 A; 2QQB A; 2V8I A; 1JO8 A; 4LN2 A; 1G3T A; 2LZ6 B; 2EJ9 A; 2EQU A; 1I4K 1; 3V8L A; 3FC3 A; 2HBP A; 1PM3 A; 4N0A C; 4F04 B; 3QJ6 A; 3SB2 A; 3TSZ A; 3C94 A; 2V8K A; 4DEY A; 4MZT A; 1VQO A; 1VQ8 Q; 3LWH A; 4A4K A; 3CCR T; 1PHT A; 1OU9 A; 2HQH A; 1W2B S; 2F1L A; 2EJF A; 2AZS A; 2JUF A; 2V1R A; 2DD5 A; 3HP9 A; 2R5A A; 2OTJ T; 1NYG A; 5HKC A; 2HMA A; 2AKL A; 1DJ7 B; 5DY9 A; 3OMG A; 4XTZ A; 2V26 A; 1JU5 C; 3CBP A; 2O88 A; 2E5Q A; 1R77 A; 1Q81 C; 3O8V A; 2I2L A; 4FM4 B; 2RJE A; 4XTU A; 5LJ5 d; 4GBQ A; 2RHZ A; 1JBM A; 3ZL7 C; 2OTJ A; 3FIF A; 2RI2 A; 4J9B A; 1EIF A; 2CZ7 B; 2HNI A; 3L2W A; 1AT1 B; 3TCJ A; 3RDV A; 5GMK m; 2F2X A; 2BZY A; 1JXO A; 2BE9 B; 1M30 A; 1U1S A; 3LW5 E; 4F7U F; 1YHQ T; 4F7U E; 1BIB A; 1AZG B; 2EYY A; 1IO6 A; 1QKX A; 3EHQ A; 2NYS A; 4R56 A; 1N6A A; 2A7Y A; 5LJ3 e; 4J6X A; 4C92 E; 3FEO A; 3QG1 A; 2CP6 A; 5EC7 A; 4F7U G; 2D8J A; 1VQN Q; 2RQT A; 3LLR A; 1GCP A; 3DLL A; 2PUK B; 2XHC A; 2MAM A; 8ATC B; 4N4H A; 4KGV B; 1Q82 R; 3QZ9 B; 5IT9 E; 3CMA T; 2VGM A; 3E1S A; 4M7D E; 4JLI A; 4A4F A; 2F2V A; 3OYL A; 1VIE A; 5KYW A; 3PVQ A; 4M75 E; 3VRY A; 3MP8 A; 4J7I A; 2DL8 A; 5CQX A; 4JS5 A; 1OZ2 A; 2RM4 A; 2SRC A; 3MP6 A; 1YHQ Q; 3REB B; 4NOY A; 2WAC A; 2K7A A; 2E6N A; 3MP1 A; 3OSV A; 1GL5 A; 2LJ3 A; 3ZFJ A; 5KYX A; 1NJI U; 1TWB A; 3SEM A; 3L2V A; 3FJP A; 2C0T A; 2C0I A; 5GAN d; 3J7A F; 1VQ9 Q; 1KQ2 A; 4PNO A; 3N5B B; 3JB9 I; 1K9A A; 1VQ7 T; 1I5L A; 2J6O A; 2QEX T; 2KK4 A; 2FZG B; 4D8K A; 3CMA Q; 1VIF A; 3AHU A; 2DE0 X; 4PKC C; 2EVR A; 3LH0 A; 2QEX A; 2K5I A; 2ZAE A; 3OS2 A; 4E7L A; 2L2P A; 3GP8 A; 4RTZ A; 2QTX A; 4IIO A; 1TUC A; 1C1A A; 2BZX A; 2LRQ A; 1VUB A; 1YIT A; 5GAN 2; 2KRS A; 4E7J A; 1N8R R; 4RCC A; 4WF2 A; 4LDX A; 2GFA A; 3HRS A; 6AT1 B; 4XTX A; 1WX6 A; 4AG2 C; 2FPD A; 1ABQ A; 1UFF A; 5C6S A; 1B07 A; 5IHN A; 1WJR A; 3EGX B; 4CC3 A; 5FW9 A; 4J9D A; 3JV3 A; 4M75 C; 1PSE A; 2KNB B; 2LCL A; 1VQ9 T; 5CVI A; 4AFZ C; 3QWX X; 2M1H A; 2EYZ A; 1MUZ A; 1KQS S; 4RMO A; 2JTE A; 2I0N A; 3I55 Q; 1CSK A; 5CR2 A; 1Z9Z A; 1VQM A; 2WSE E; 1TH7 A; 3HRT A; 4J6W A; 2JN0 A; 5GAN 3; 3VU3 C; 3OYJ A; 4BE1 A; 4MML A; 1WXB A; 4E7H A; 4PLI A; 4BI3 A; 2A08 A; 1MMN A; 2LC4 A; 4JPB W; 4KGX B; 5I21 A; 1D3B A; 4KRT A; 5GMK h; 4V2S A; 1PRM C; 1SHF A; 3HFO A; 1RAA B; 4JRP A; 1UHF A; 3OQ5 A; 3EGD B; 3OW2 S; 1QVG A; 3UDC A; 2K4Y A; 3I5R A; 3EH1 A; 2FRY A; 5GAN h; 1NLP C; 3X28 B; 3UAT A; 1YN8 A; 2P0K A; 5J3B A; 2BKD N; 2EYQ A; 1PKT A; 2DTH A; 3LYI A; 3MHX A; 1B3Q A; 2XK0 A; 4QW2 A; 1HJD A; 2X4W A; 3E19 A; 2Y4X A; 1ZUU A; 3M59 A; 5HY6 A; 5KYN A; 2JMC A; 3EG0 A; 2KE9 A; 4J9H A; 2CP2 A; 2AT1 B; 2P0P A; 3THK A; 2ZGW A; 1BK2 A; 3CCL Q; 1VQM T; 2VXE A; 2H3J A; 4PJO D; 5LJ5 e; 1VQN T; 2V8J A; 2ED1 A; 3VYH B; 3JCM d; 5L23 A; 4KUD K; 3LGF A; 5FU6 C; 2E4H A; 1QCN A; 4FIB A; 3BE3 A; 2PQW A; 3I56 Q; 1E7O A; 1NZ9 A; 3M57 A; 1R8O B; 2DX1 A; 3H41 A; 3G71 A; 4M4Z A; 4QQG A; 2FZK B; 5LL6 S; 2JTM A; 3ME9 A; 4FCY A; 1KQS A; 5KYU B; 1RAG B; 4Y92 A; 4FYW B; 1P92 A; 1ZUY A; 3VS6 A; 5GMK l; 5GAM e; 3VUB A; 3C12 A; 2GGR A; 1TUG B; 2QXF A; 1HSQ A; 5D6X A; 3CC7 A; 4F16 A; 1QW1 A; 2E3I A; 3VJP A; 3UWN A; 3CCS Q; 1SF9 A; 4BDZ A; 1RAH B; 2COY A; 5GAO q; 1N8R C; 2LVM A; 2K5L A; 2IPO B; 3M54 A; 3OS1 A; 1JJ2 A; 1PD0 A; 4HVW A; 2H3E B; 2RQU A; 4PFO A; 4O5V A; 2HKQ B; 2O4X A; 3VS2 A; 3NFC A; 3CCQ T; 3M58 A; 1Y96 A; 2KAF A; 2QI2 A; 4A63 B; 2JMA A; 2CUD A; 1RAC B; 2RNA A; 2GTO A; 3OYN A; 1WHK A; 1RUW A; 3SWN B; 2JTF A; 5GAN 8; 1MMD A; 5D6Y A; 2K6D A; 4IUV A; 3L2U A; 3T9N A; 3EFO A; 4R0K A; 2RHI A; 5GAN e; 4Q5W A; 3CCL T; 3CEY A; 2EW3 A; 1ZSZ A; 3VS5 A; 1Q86 C; 1A0N B; 4EDU A; 3X24 B; 3CPW P; 3OYG A; 1VQ5 T; 3MEV A; 4HT8 A; 3ASK A; 3V7R A; 1Y0M A; 5GAN g; 1HK9 A; 3MET A; 2AHJ B; 4JLG A; 1X27 A; 1YI2 Q; 1NJI C; 3EG1 A; 1W2B A; 5GAN 7; 4OB3 B; 1YJW Q; 3M55 A; 2DIL A; 4VUB A; 4JRQ A; 4DQ2 A; 2MCN A; 5GAO l; 4C92 C; 2R57 A; 2KYB A; 1KQ1 A; 1D3B B; 3PGG A; 3TRE A; 1M3B A; 1Y7X A; 4RTX A; 3EFS A; 4M75 F; 3HHT B; 2RH2 A; 3PE0 A; 4XU1 A; 4E47 A; 4IUP A; 2VV5 A; 4FSS A; 3RKW A; 4PJN A; 1FYN A; 2LNV A; 3GNG A; 2DMO A; 3JCM c; 4AFU C; 2AKK A; 2A36 A; 2DF6 A; 1VQP T; 1OV3 A; 1H3H A; 2QA4 Q; 2ED0 A; 4M7D A; 1SSH A; 1QLY A; 3CCV Q; 2PTK A; 2L3S A; 4RTY A; 4M7A A; 4XAX B; 4XU0 A; 2ESW A; 2K5F A; 3A8O B; 1RAI B; 4XU3 A; 5I11 A; 3KFV A; 4KGZ B; 2RHU A; 2DL3 A; 1OPL A; 2KQW A; 3M53 A; 3G71 T; 2Y4Y A; 1ZHI A; 1HYO A; 3GOX A; 5FU7 C; 2VYT A; 3JCM P; 2ENM A; 4RCB A; 4EMH A; 1NG2 A; 2XID A; 3UF4 A; 1VQP A; 4QVC A; 1BKB A; 2JW4 A; 1EX4 A; 1FXX A; 2RB6 A; 2KRN A; 5GJW B; 4A54 A; 2COZ A; 1UGR B; 4FT4 A; 3TSW A; 1Q86 R; 3VS3 A; 1N5Z A; 2EGE A; 3GLX A; 3OYF A; 2W10 A; 2LT1 A; 4JDS A; 2EQI A; 2HL5 C; 2EQK A; 3MEU A; 4Z88 A; 3WVE B; 1YJN T; 2R58 A; 2EFI A; 3ER0 A; 3G6E T; 1JB0 E; 3NHN A; 1VQM Q; 4RTT A; 3EHR A; 4QKU A; 4IUT A; 3UPU A; 2K2V A; 4MMK A; 4EMK A; 3CC2 T; 2NUT B; 3PT9 A; 2F5K A; 4EMK C; 2M9U A; 3LX7 A; 4M78 B; 2PU9 B; 1D1A A; 5EG2 A; 1RI0 A; 2LQ8 A; 2KVQ G; 4XQ3 A; 2M16 A; 3M9Q A; 2DZC A; 4XTW A; 1QCO A; 1I07 A; 1YNZ A; 1KHC A; 2CZ6 B; 2DYI A; 1EFN A; 1M5Q 1; 4ELY C; 4DOV A; 3D7S B; 1VQL T; 3FJ5 A; 1E6H A; 3RER A; 2KY9 A; 2L5Q A; 4FYX B; 1K9M C; 3OS0 A; 3CCM T; 2LX9 A; 3VYG A; 3UA7 A; 3G6E Q; 1SKU B; 5I2M A; 4CC2 A; 5KYX B; 2EIF A; 2B86 A; 4XTV A; 1M1K C; 1B7T A; 3KBG A; 3HL8 A; 2XD0 A; 2FHD A; 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4PJO A; 3BW1 A; 5LJ5 h; 3DKM A; 5HK0 A; 4BY6 C; 1OEB A; 3CCU A; 1AWW A; 4AMC A; 1ZLM A; 1U3O A; 3JB9 D; 2RJF A; 4DA4 A; 4OB2 B; 4J8O A; 4M78 D; 2EKO A; 4DBF A; 1S72 Q; 2DO3 A; 2DJQ A; 2V1Q A; 2HDA A; 5FWC A; 1VQO Q; 2DXT A; 4IUR A; 2JOY A; 1SSF A; 4M75 G; 1AEY A; 2EBP A; 2KRO A; 1KHI A; 2GBQ A; 1YJ9 A; 1ZSZ B; 9ATC B; 2DER A; 4KBM B; 4M77 F; 4M77 E; 1O75 A; 3I56 A; 2BE7 D; 3JCM W; 1VQP Q; 5CIU A; 5D7U A; 4M75 B; 2DEQ A; 3QBY A; 5J26 A; 3CCR Q; 1Y57 A; 1G2B A; 1TS9 A; 1ZX6 A; 3HKS A; 1UJY A; 5M9O A; 4OVA A; 2CH4 W; 5HCK A; 3CCR A; 1XQH A; 4JZ3 A; 2CP5 A; 1YCY A; 5KH6 A; 3CCU T; 5A2Q E; 2YSQ A; 1SRL A; 1YIJ Q; 1UGP B; 1O9S A; 4BE2 A; 1GXI E; 1G5V A; 1MMA A; 2VXF A; 2D9T A; 5LJ3 h; 2LCC A; 2DVE A; 2K9G A; 3L42 A; 4AFS C; 1PRL C; 2E3H A; 5C0M A; 4IKF A; 4J9E A; 2D1X A; 4LNP A; 3M0S A; 3MKD A; 1CKA A; 3CME Q; 4BI4 A; 3RMS A; 4M7D F; 4DBQ A; 2P4T A; 3VS1 A; 4PJM A; 1T0H A; 3OYY A; 2QQ9 A; 4BDY A; 1I5O B; 5KYY A; 1BBZ A; 2NLU A; 2KMT A; 1OPK A; 2ZPG B; 1KD1 R; 1NEG A; 3TU4 K; 2E41 A; 4FW1 A; 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