The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
KPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
PILP PROTEIN
|
| publication title |
Structure of a Domain from the Type Iv Pilus Biogenesis Lipoprotein Pilp
rcsb |
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
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| molecule tags |
Biosynthetic protein
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| total genus |
11
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y4Y A; 2IVW A; 2LC4 A; 3OSS C; 2LNV A; 2Y4X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QVG S; 4A4E A; 3JB9 J; 1ARK A; 2YUO A; 2VUB A; 3OSV A; 1QVF S; 2ZPH B; 2CZ1 B; 4HT8 A; 1W1F A; 2RQR A; 4M78 C; 3CC4 T; 1I81 A; 2E6N A; 1VQ5 Q; 3J7A F; 2MWO A; 3GIB A; 1EX4 A; 3SB2 A; 2CZ0 B; 1NYF A; 3BE3 A; 3INZ A; 1VQM A; 3OYC A; 2J7I A; 2V8J A; 1Y07 A; 2LX7 A; 1VQO A; 4KH1 B; 3X20 B; 3RBB B; 3VS0 A; 2JMA A; 2VGM A; 3G7Z A; 4B6M A; 2JOY A; 2RQW A; 1NEG A; 1AVZ C; 3CCS T; 3VRY A; 1I5L A; 1CKB A; 1MMG A; 4NS5 A; 3QJY A; 3GNF B; 4M7D D; 3MHX A; 3HRT A; 5FRO A; 1KG1 A; 1U8R A; 4J9D A; 3VS1 A; 1WI7 A; 1HK9 A; 2K7A A; 3DB4 A; 3JB9 F; 4FIB A; 4O6J A; 1WGS A; 1W4S A; 3CPF A; 1RAA B; 1NEB A; 1W70 A; 5HY6 A; 2J6K A; 3IQL A; 4IIO A; 3CCL T; 1JBM A; 1RAG B; 3JCM d; 2WSC E; 1JJ2 P; 1ZQ1 A; 1KQS A; 2L8D A; 4OMO A; 1Q7Y C; 4HA8 A; 2ZPB B; 1OEB A; 4Z8A A; 1NLO C; 4C92 C; 4QQG A; 2R5M A; 4DQ2 A; 3CBP A; 1GCP A; 2DTI A; 3VUZ A; 1FYN A; 3FJP A; 4RTV A; 1O9S A; 3CCV A; 1GRI A; 3HFO A; 2NYS A; 1N8R C; 4DEY A; 4PFZ A; 4NL3 A; 1WYX A; 2D0N A; 5GAM e; 2VXF A; 2XI9 A; 1M1F A; 1H3H A; 5A0L A; 4A4F A; 5HK3 A; 3JRZ A; 3L2Z A; 5FU7 B; 2KSS A; 2OAW A; 1LCK A; 3P8D A; 2KYM A; 4FSX A; 3OYJ A; 5KCO A; 3FJ5 A; 3JAM E; 1T3L A; 2KGT A; 2YRC A; 3ULR B; 3CCL Q; 3OYY A; 3EGX B; 4M75 F; 5GAN 2; 3CBM A; 1V1C A; 2GF7 A; 4JRK A; 3X28 B; 4KRT A; 1WJQ A; 1RAB B; 1Q82 C; 3CXC P; 4OF1 A; 4BY6 B; 1VQK A; 4JZ3 A; 4II1 A; 2QEX Q; 1RAE B; 2IIM A; 2P0Q A; 4FW1 A; 4M7A C; 2HQH A; 2CKK A; 4PJN A; 3G71 T; 3I56 T; 2EYZ A; 3CCE Q; 2E5K A; 3S3O A; 1K73 R; 2L5Q A; 4BE2 A; 2EQM A; 2DO3 A; 1GCQ C; 2NUT B; 1NYG A; 3EFR A; 2CZ7 B; 2KDS A; 2RD1 A; 1JEG A; 1VYU A; 2Y90 A; 2QAS A; 3CCJ T; 3EH1 A; 3CCQ T; 1YI2 A; 4K11 A; 4EMK B; 2HQE A; 5A0G A; 2L3S A; 2RK2 A; 4L6V 5; 2P4T A; 4M75 E; 1FMV A; 5KE2 A; 2BE7 D; 2XDD A; 1X6G A; 4QVC A; 5GMK e; 4JRQ A; 2GNC A; 2JS0 A; 3NTK A; 3SWN B; 4M77 F; 1YJ9 Q; 4PLL A; 2V1R A; 3H6Z A; 2VVK A; 3TU4 K; 1TH7 A; 3WXM B; 2OTL Q; 2BTT A; 2EWN A; 2RK1 A; 3VYG A; 3JB9 G; 3LYI A; 2F69 A; 2VV5 A; 2DD4 A; 2QDL A; 3G71 Q; 3I56 Q; 1TS9 A; 3P8B B; 4BB7 A; 2RF0 A; 4OMN A; 1QCO A; 1KSW A; 2NWM A; 4IUR A; 3OYK A; 3QZ5 B; 1NBE B; 3RNJ A; 2RM4 A; 1BB9 A; 2CP0 A; 1HXD A; 3CCJ Q; 3CC2 T; 1WXU A; 1BI0 A; 3KFV A; 5CK9 A; 1B34 A; 2HD0 A; 3BDL A; 4ORZ A; 3M0T A; 4M77 E; 2SEM A; 4Z02 A; 2JXB A; 2LJ0 A; 1VQP T; 2PTK A; 4L59 A; 5LJ3 g; 2K2M A; 3M55 A; 1Z9Q A; 5J39 A; 1VQN A; 1OYX A; 1K4U S; 2PZ1 A; 2ZCF B; 2M51 A; 3OS0 A; 5DLQ E; 2FPF A; 2RI5 A; 4PJL A; 1JB0 E; 2K6D A; 2EGE A; 3R6O A; 4M75 G; 2EAY A; 2HMA A; 1ABQ A; 1CSK A; 3OYG A; 4E7K A; 1K8A U; 1ZA1 B; 2Y4X A; 5GAM h; 2CT4 A; 4XTZ A; 2WAC A; 1X75 C; 2DD5 A; 3O5Z A; 3JCM f; 1M1K R; 3HL8 A; 3WVE B; 1H92 A; 2I0N A; 1VQ7 A; 5GAN 5; 2QQ9 A; 1UHC A; 1YJN A; 1X27 A; 1KD1 C; 1OX8 A; 1VQM Q; 1K9M C; 1AD5 A; 1VUB A; 3X26 B; 1HSQ A; 2LP5 A; 1K9A A; 4M75 B; 1VQP Q; 1Q81 C; 3HP9 A; 1OU8 A; 3E1S A; 2HQX A; 1TSF A; 4QKU A; 1D0Z A; 2OTJ T; 3OY9 A; 1BYM A; 3QO3 A; 5GAN 6; 3MCA B; 2XDP A; 3BFM A; 2LZ6 B; 2DYB A; 1D3B B; 3CPW A; 5LJ3 d; 4GLK A; 3OW2 S; 2CP7 A; 1PSF A; 1U06 A; 1M90 C; 1H8K A; 5FU7 C; 5AYF A; 2QA4 T; 3PGG A; 4M77 G; 3M54 A; 3EG0 A; 4J9H A; 1OX9 A; 3MEW A; 4DOV A; 3VUB A; 3GNG A; 4FYV B; 1NPR A; 2RN8 A; 3A1P A; 3OYB A; 2H3J A; 4FSS A; 2KQW A; 1YHQ T; 4UC4 A; 4GY5 A; 5GMK h; 2DKG A; 2J05 A; 2MK5 A; 4BY6 C; 4M77 B; 4E7H A; 2A28 A; 3NHN A; 1BI3 A; 3OMG A; 3L2V A; 3BDU A; 1WNL A; 2D6F A; 4RMO A; 2COY A; 4OB0 B; 3VS2 A; 4E7S A; 1NG2 A; 3J81 E; 3SHW A; 1WQW A; 2C0T A; 1KC8 U; 4XAX B; 3I5S A; 4LDX A; 1I5O B; 3PNW C; 4Y28 E; 2FYK A; 2E6Z A; 1SSH A; 4ZTF A; 4EMK C; 4J9C A; 2HL3 A; 5D7U A; 4A53 A; 4JJN K; 5AT1 B; 2LT4 A; 4R56 A; 1N9R A; 4FW2 A; 2O01 E; 3CC4 A; 2LQW A; 3SWN C; 2E5Q A; 1N27 A; 3JCM X; 1AWW A; 2EYQ A; 2M0O A; 4ZGE B; 2EKH A; 2NLU A; 4JRI A; 4RTZ A; 4J7I A; 1W6X A; 4AFQ C; 2XHC A; 2GBQ A; 4ZN3 A; 2PUO B; 4HVV A; 3CCU T; 3C0C A; 2DER A; 2BKD N; 1RAI B; 3GF5 A; 2JZ2 A; 1W2B P; 2J6F A; 3SDZ A; 1YIT Q; 3CCS A; 2ZZD A; 5I2M A; 2CYZ B; 2CS7 A; 2F2V A; 4CI0 C; 2JN0 A; 2EJF A; 1UFF A; 1VQ9 T; 2NUT A; 2QQA A; 1WFW A; 2VXE A; 2AZS A; 1WHK A; 2K5I A; 1QVG P; 3JCM W; 2XKO C; 1S72 Q; 1NE8 A; 2EYY A; 3CCL A; 2GTO A; 4LE9 A; 1QVF P; 1O75 A; 2C0I A; 3RMS A; 1WHM A; 1RL2 A; 1TUG B; 2KRO A; 1KQS S; 2VC8 A; 4FYW B; 5GMK i; 3G6E Q; 3HSB A; 2KT8 A; 2FVU A; 4BUG A; 3GLX A; 2YXY A; 1OV3 A; 2DTH A; 5CKF A; 1PC0 A; 2X9H A; 4LUD A; 3CCE A; 4BE1 A; 1VQ4 T; 3MO8 A; 3L2W A; 2PUK B; 4PFO A; 2JT4 A; 4HT9 A; 2HEQ A; 4PJO A; 2HNI A; 2PQW A; 1VQ9 Q; 1YWP A; 2DL8 A; 3CCM T; 4GLM A; 3EGD A; 1MHN A; 2DJQ A; 3ZBD A; 4PNO A; 1B7T A; 5DLO A; 4IUQ A; 4J9F A; 2QQS A; 3M56 A; 4XTX A; 2D8H A; 2V26 A; 1VQN Q; 4M75 C; 2FB7 A; 2HBP A; 5GAM g; 3OYN A; 3FIF A; 4ME7 A; 1EIF A; 2OTL A; 3L1A A; 3H41 A; 2RQU A; 4WTO B; 3RR6 A; 5LJ3 f; 2JTE A; 4AG2 C; 3VV0 A; 3G71 A; 2RH2 A; 3I56 A; 4J9E A; 2L0A A; 1CKA A; 1B34 B; 3JB9 D; 1VQ7 Q; 3L42 A; 2L3Q A; 1PKT A; 1I0C A; 3M5A A; 1C6V X; 2F2W A; 3CCJ A; 3EAE A; 3LGL A; 1PHT A; 3V8K A; 3CCM Q; 5EG2 A; 2DPP B; 3KBG A; 1R77 A; 1QCN A; 2X4W A; 2LNV A; 3QXE B; 2K9G A; 4J6W A; 2DXB A; 5CQX A; 5GAN 3; 4M77 C; 1D1A A; 1WZO A; 3QYG B; 4R55 A; 1T0H A; 1K73 U; 4M75 A; 2A7Y A; 4D6W A; 3QWX X; 4TVR A; 2PVO B; 2HSE B; 2BZX A; 1RAH B; 3I35 A; 2W10 A; 2CUB A; 1WJR A; 4CC4 B; 3C95 A; 1WPY A; 2P4R A; 3A8G B; 5GAM d; 3VYH B; 2PU9 B; 3CC7 Q; 2RO0 A; 1D3B A; 1M1G A; 1G3Y A; 3I55 T; 1K8A C; 2COW A; 1LJO A; 1QKX A; 3QJ6 A; 1JRI A; 2KXD A; 1UGV A; 1V76 A; 2X4X A; 5FLX E; 4M75 D; 1TWB A; 5I11 A; 1B07 A; 1FMW A; 2FRW A; 3CC2 A; 7AT1 B; 2G3R A; 1Q86 R; 2ED1 A; 4XTU A; 2A08 A; 4L5G A; 6AT1 B; 1XJW B; 2DX1 A; 2ZGW A; 1SRL A; 1VQP A; 4RTT A; 4ZN1 A; 1ZUY A; 1YNZ A; 2ECZ A; 4PJO F; 1ZBJ A; 3SD4 A; 1U3O A; 4JS5 A; 3E9G A; 5KYW A; 2QGG A; 5M9O A; 2DEQ A; 3MEU A; 2AHJ B; 3DLM A; 4M77 A; 1GFD A; 1RAD B; 2FO0 A; 3RER A; 3M4G A; 1WLP B; 3NPF A; 4Y91 A; 2GQV A; 5HKC A; 1FXX A; 2X4Y A; 4ZGD B; 2YUQ A; 4RCC A; 2QI2 A; 5GAO p; 2MWP A; 4Y92 A; 2MMP A; 2H3E B; 3M53 A; 4KUI A; 1Q95 G; 2IPO B; 2P84 A; 2LCS A; 1ZHI A; 2E4H A; 3CC4 Q; 3RKX A; 3MP6 A; 3PIP A; 4XU1 A; 4IUP A; 3VRZ A; 4RTY A; 2EGC A; 4M77 D; 4FM4 B; 1UHF A; 1AT1 B; 2CZ6 B; 2C0O A; 2CSI A; 4OB2 B; 2V8K A; 3HRU A; 4PJO E; 1QLY A; 2EIF A; 4NOY A; 2KR3 A; 1RAF B; 1WHG A; 3CCS Q; 1IGQ A; 3CD6 T; 3JCM b; 1Y7X A; 3QYH B; 1KHI A; 2JW4 A; 2R57 A; 2GTJ A; 2O9S A; 2DXC A; 1M1K U; 1FMK A; 3VS3 A; 1QCF A; 2ED0 A; 2QG9 B; 3GOX A; 3KUF A; 4KUD K; 2MCN A; 3CPW S; 4B9X A; 1KC8 C; 1MNE A; 3EFS A; 5GAN j; 2EPD A; 3C4S A; 3A98 A; 3V8J A; 4XU3 A; 3P8H A; 2RB6 A; 5CIU A; 4ELZ C; 2AKL A; 2DLP A; 2DTO A; 1VOM A; 1YCY A; 2VWF A; 3M58 A; 2E1H A; 5GMK l; 2X51 A; 4HVW A; 2QTV A; 4OB3 B; 3QUI A; 2E64 A; 4ESR A; 1XQH A; 4J7F A; 1YHQ A; 3L2U A; 2O88 A; 2KI7 A; 1K9M R; 3ZL7 C; 3RKY A; 5D6Y A; 5CR2 A; 1YJW T; 3JV3 A; 1R0C B; 2KT1 A; 3S3N A; 1X43 A; 2RJE A; 8AT1 B; 3EG9 A; 1MMN A; 5D6W A; 2AT1 B; 2E10 A; 1BI1 A; 3OB9 A; 1ZSG A; 2YSQ A; 4LDW A; 3FC3 A; 4FT4 A; 1YIT A; 4KT0 E; 2YDL A; 1X6B A; 3LWH A; 1SHG A; 1YN8 A; 2QQB A; 2DXT A; 1WHL A; 1NJI R; 3OW2 P; 3PT9 A; 1M9S A; 2K2V A; 3ER0 A; 4C8Q F; 4PJO G; 1S72 A; 1BU1 A; 2YLC A; 2FEI A; 5CKD A; 3RES A; 3V8L A; 3EG2 A; 1G5V A; 1K76 A; 1MUZ A; 2DIG A; 5LJ5 e; 4N0A A; 5GAO n; 4DBQ A; 1M2O A; 4JS4 A; 1B3Q A; 2KXC A; 4ATO A; 4DOW A; 2HKQ B; 3G6E A; 4XTY A; 4ANJ A; 2O4X A; 1ZLM A; 1Y96 A; 2DFU A; 3GP8 A; 3VS6 A; 1VQ8 T; 3LGF A; 1Y71 A; 1IHW A; 4PJO B; 5FWB A; 2D1X A; 5GAM f; 4C0D B; 3CCU A; 3A8L B; 2Y4Y A; 4JRP A; 3M0Q A; 4EPC A; 2D8J A; 3EGD B; 4X9D A; 1IRX A; 1PKS A; 2O9V A; 3HKS A; 2A37 A; 3GBQ A; 3CCQ Q; 2KBT A; 3H9N A; 3CEY A; 4BI3 A; 2COZ A; 4E7L A; 1OOT A; 3E2U A; 2XD0 A; 1TUD A; 2DK3 A; 4C8Q E; 1VQ9 A; 1IO6 A; 3GPL A; 3TRE A; 1RI0 A; 4MMK A; 2FZG B; 2LCL A; 2EQK A; 4M78 F; 1UGS B; 2MIO A; 2D9T A; 1M4Z A; 5EC7 A; 3G4S T; 4C0Z A; 1TTH B; 2ESW A; 3RKW A; 4PK4 A; 4XQ3 A; 4OML A; 4OMQ A; 1M3A A; 5CCA A; 4MDX A; 1MMA A; 4JPB W; 2IVW A; 1ZSZ A; 1Y0M A; 1VIE A; 2CRE A; 3TCJ A; 2JMC A; 1I4K 1; 2FRY A; 4F14 A; 4PLI A; 2LQN A; 2HAX A; 2LDM A; 5KH6 A; 1UGQ B; 4BDZ A; 2OI3 A; 4E6R A; 1IGU A; 5J26 A; 4FCY A; 3OSS C; 1T3S A; 3DLL A; 3CC2 Q; 2DL4 A; 3EG3 A; 4BD3 A; 3H8Z A; 4LDV A; 2ABL A; 4F17 A; 2XK0 A; 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1WDX A; 1Z9Z A; 3RIR A; 4PJO C; 1K0X A; 3MKD A; 4C0D C; 5CKE A; 4X9C A; 1KK7 A; 4ZGJ B; 2K3B A; 2QAZ A; 3PVL A; 1JJ2 A; 1AEY A; 1C0M A; 4E47 A; 1Q86 U; 4C92 G; 2AIR B; 5GAO l; 1IHV A; 3OBY A; 2XMF A; 5GMK j; 3AT1 B; 2EJ9 A; 1K1Z A; 2YHT A; 3EG9 B; 5GAN e; 3TQ7 P; 2RNA A; 1IXD A; 1VYV A; 4F7U G; 5A0D A; 4PL6 A; 1VQL T; 3CCU Q; 4CRI A; 4DBF A; 4Z89 A; 1GXI E; 3OS2 A; 2IG0 A; 2VAS A; 2CUD A; 1SRM A; 8ATC B; 3CD6 A; 2QXF A; 3T9N A; 4JLG A; 1PWT A; 3AHU A; 3LH0 A; 1DJ7 B; 3V7C A; 4HCC A; 1GBR A; 4YTL A; 2E3I A; 5IXB A; 1R0B G; 4FL6 A; 5DY9 A; 3CXC A; 5HCK A; 3UT1 A; 2O4X B; 1BKB A; 1Y96 B; 2DVE A; 2K4Y A; 2RJF A; 4VUB A; 4A4G A; 2XG8 D; 4MDW A; 1Q7Y R; 2X35 A; 1NLP C; 4PJO D; 1E6H A; 1KJW A; 1VQL Q; 1SEM A; 2EVR A; 1YWO A; 5FWC A; 2K3Y A; 1YJW A; 1S1N A; 5GAO m; 3PMI A; 2BE9 B; 1VQ4 Q; 2OX7 A; 4DEX A; 2A36 A; 1HJD A; 1AOJ A; 5HK0 A; 2KK4 A; 4JJC A; 1N8R R; 4J8O A; 1M8V A; 3JCM P; 1PNJ A; 3ASK A; 3CCQ A; 4AFS C; 2CP5 A; 4OMF B; 2K5F A; 3VJP A; 3TSW A; 2EFI A; 4C5H A; 3CPW P; 3MEA A; 4QVZ A; 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