The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
KPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
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| publication title |
Structure of a Domain from the Type Iv Pilus Biogenesis Lipoprotein Pilp
rcsb |
| molecule keywords |
PILP PROTEIN
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| total genus |
11
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OSS C; 2LNV A; 2IVW A; 2LC4 A; 2Y4Y A; 2Y4X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q7Y C; 2BUD A; 4F7U E; 1JU5 C; 3LGL A; 1YI2 Q; 1Z9Q A; 1EX4 A; 2RM4 A; 2PQW A; 1SPK A; 1Y0M A; 3RMQ A; 4OB0 B; 2K3X A; 4WTO B; 2O4X A; 3OS1 A; 3CC7 Q; 1E6G A; 4DEX A; 2QDY B; 1UG1 A; 2MK5 A; 3BDL A; 2DVE A; 4M77 C; 2ECZ A; 5HKC A; 2MIO A; 1RAD B; 2CT4 A; 2HKN A; 4CC4 B; 3FB9 A; 1UHC A; 4RTY A; 3CCS T; 1G2B A; 1SF9 A; 4MDW A; 1WPY A; 1SSF A; 4XK8 E; 2ESW A; 1PNJ A; 3VKI A; 1UGR B; 4KUL A; 1VYV A; 3TCJ A; 2KDS A; 1M1F A; 2HL5 C; 2LMJ A; 1NEG A; 2QA4 Q; 2MMP A; 3CPW P; 1D1C A; 3CCJ A; 4JRK A; 2L5Q A; 2LC4 A; 3HFO A; 3C0C A; 1YFN A; 5AT1 B; 1RAH B; 3CC7 A; 5FW9 A; 2E64 A; 1PWT A; 4OMO A; 2RQT A; 3OYD A; 4FYW B; 4M78 B; 2RH2 A; 4A53 A; 4M77 G; 2W10 A; 1KD1 R; 2H3E B; 2RQR A; 4N0A A; 3CEY A; 1AWW A; 4O5V A; 1SSH A; 4JJB A; 3CBO A; 2HAX A; 4E47 A; 3LGF A; 1H64 1; 2ENM A; 2KMT A; 4AT1 B; 4AFU C; 4E7K A; 1NLO C; 9ATC B; 2XD0 A; 1VQ9 T; 4HT9 A; 1OQK A; 5KYW B; 4HCB A; 5FRN A; 2FB7 A; 2D8H A; 4KGZ B; 3I56 A; 1LOJ A; 2F2X A; 1N8R U; 3VRY A; 1WGS A; 2DD4 A; 2JTF A; 2ATC B; 3MP6 A; 1YCY A; 3QSU A; 4PKC C; 3SWN C; 3QYG B; 3JCM X; 4BE1 A; 3DLL A; 2ABL A; 1JXO A; 2LVM A; 4HCK A; 1OUL A; 4NOY A; 1N27 A; 2ZPE B; 3L2Q A; 2EJG A; 3JCM P; 1M1K R; 3REB B; 2NYS A; 2ZPB B; 2DAQ A; 4M7D D; 1PRM C; 2DIL A; 4J9E A; 5KYN A; 2JNG A; 4DEY A; 1G3T A; 2PZ1 A; 3CCE T; 4A63 B; 5KYY A; 1YJN T; 2CP5 A; 1X6B A; 3VS4 A; 1AOJ A; 5GAN j; 5CO7 A; 2DYB A; 4J5Y A; 3PNW C; 4A4H A; 1X6G A; 3V8J A; 3EG9 A; 3MPU B; 4BY6 B; 3OYH A; 1N9S A; 4ZGE B; 1FMV A; 3I9Q A; 3RKW A; 4XU2 A; 4TVR A; 3QG1 A; 1GBR A; 2D0Q B; 3CQT A; 4M78 F; 2LCL A; 2FPE A; 1VQ6 Q; 1TUD A; 3SB2 A; 3DB3 A; 1BI2 A; 2DZ9 A; 1IGU A; 2LQN A; 2DX1 A; 2J6K A; 4FW1 A; 3VU3 C; 1FWZ A; 1M90 U; 1IRX A; 5GAO n; 4RTX A; 1NG2 A; 3QZ9 B; 2K79 A; 4KUD K; 1H92 A; 1CKA A; 2QEX T; 3OYA A; 1Z9Z A; 3EAE A; 3CC2 A; 4F7U G; 2V1Q A; 1Q82 C; 3QZ5 B; 1U5S A; 5HY6 A; 1TTH B; 2COZ A; 2RJE A; 4C92 B; 1Q86 R; 3OW2 P; 2RI3 A; 2HKQ B; 2DMO A; 3HFN A; 3H0H A; 3LX7 A; 3QWX X; 2CSI A; 2DXU A; 2IPO B; 1GFD A; 3PMT A; 2AKK A; 3OYK A; 4HVU A; 2EIF A; 5GMK h; 1WFW A; 2GNC A; 5KCH A; 3GNF B; 4C92 E; 2EQU A; 1S72 Q; 3CPW A; 2QQR A; 4PJO E; 4M75 A; 3OY9 A; 2K5L A; 1ABQ A; 2RQU A; 4J8O A; 5D7U A; 4AMC A; 4QVD A; 2LJ3 A; 1SRM A; 3JCM W; 1K0S A; 5GAN g; 4IUT A; 4IUQ A; 1NYF A; 5D6X A; 3EGD A; 5GAN 6; 3GIB A; 3SDZ A; 3QJ6 A; 1K73 R; 1VQN T; 2GF7 A; 2WSC E; 3MEU A; 2JW4 A; 1D0X A; 2A08 A; 2YT6 A; 1VQ8 A; 3PT9 A; 2I0N A; 4JLG A; 3M59 A; 3VS1 A; 1VYU A; 3N5B B; 4ATO A; 3TEE A; 3VUZ A; 1K76 A; 2HCK A; 1KQS P; 2PVO B; 4RTT A; 5IHI A; 1GRI A; 4A4K A; 2EKO A; 3QUI A; 2ZPH B; 1OU8 A; 4Z89 A; 5GAM e; 3CCR A; 1UB4 A; 1EFN A; 1K8A C; 1VUB A; 2QTX A; 1ZA2 B; 2DL3 A; 3SHW A; 2HBP A; 4LDV A; 2DE0 X; 2QQB A; 3MO8 A; 1T0H A; 2K57 A; 4JUV A; 5FU6 C; 1N8R C; 1HD3 A; 1VQ4 Q; 4Q5W A; 1AWX A; 1BIA A; 1KD1 U; 1VQL Q; 2DEQ A; 2M0O A; 4C5E A; 4J9D A; 4OP0 A; 4N0A C; 1WLP B; 2O2O A; 3EHQ A; 2AIR B; 2AHJ B; 2JT4 A; 5L8R E; 1SKU B; 3MJX A; 1BI1 A; 4WCI A; 3M54 A; 4JRP A; 3UWN A; 4M7A E; 2EPD A; 2K3Y A; 3EFO B; 5GAN 3; 2AT1 B; 4BE0 A; 2HMA A; 4JDS A; 1ZSZ A; 1WIE A; 3J81 E; 3A8H B; 3NTI A; 4JPB W; 1ZBJ A; 2RHU A; 2KNB B; 2ZZD A; 1AVZ C; 1PG5 B; 2OJ2 A; 4ZTJ A; 1W2B S; 1RL2 A; 3MKD A; 3V8L A; 4ZNX A; 4EMK B; 1A0N B; 1WDX A; 1MMA A; 3HL8 A; 2BE9 B; 2NUZ A; 1VQ4 A; 3CCM T; 1M1K U; 3F70 A; 2F1L A; 4C5I A; 5GAO r; 2Y90 A; 3BE3 A; 2DK3 A; 2ROL A; 3MP1 A; 1M3B A; 2QXF A; 2V26 A; 4KBM B; 1H3H A; 3V8K A; 4RTV A; 2DNU A; 4QT7 A; 4HT8 A; 1TG0 A; 2DBM A; 1BK2 A; 2MCN A; 3DKM A; 2HD0 A; 3U23 A; 1KIK A; 3MEW A; 3OW2 A; 1WXB A; 3X20 B; 4KRT A; 1WXU A; 4C92 D; 3A8M B; 1W2B A; 4PJO D; 2RA2 A; 4XTX A; 2LQW A; 1VQP T; 5KH6 A; 4OB2 B; 1QVF P; 4RCB A; 1K9M R; 1PSE A; 1OOT A; 4RKU E; 4FU6 A; 1YIT T; 3CD6 A; 4LDX A; 1X6O A; 2KBT A; 4B9X A; 4GLM A; 4X1V A; 1MV3 A; 5LJ5 h; 2CZ6 B; 3A98 A; 4M75 F; 2AZV A; 1X69 A; 2EQK A; 1NPP A; 2KSS A; 2E5Q A; 4ZTF A; 1Y57 A; 2FZK B; 2P4T A; 3FC3 A; 3E9G A; 4PJO G; 1Q81 R; 1GXI E; 3GF5 A; 1CKB A; 2ZGW A; 2JMA A; 4MDX A; 1W4S A; 3V7C A; 2GBQ A; 1BBZ A; 3J7A F; 1OPL A; 4V2S A; 2EFI A; 1M8M A; 1WA7 A; 1U06 A; 3RKX A; 3CXC S; 2KAF A; 1Y07 A; 3QO3 A; 2JN0 A; 2JXB A; 3M0R A; 4RCC A; 1KQS A; 4C0F A; 2K2V A; 4P5N A; 2YWW A; 1VQ7 T; 3OA6 A; 4J9C A; 4DQ2 A; 2BKD N; 2OTL T; 2BIV A; 2KI7 A; 3G71 A; 3ER0 A; 2DXB A; 3DLM A; 2LCC A; 1G83 A; 2XI9 A; 4M75 C; 2L8D A; 2GTJ A; 2C06 A; 2ED0 A; 3JCM J; 1JQQ A; 4M77 B; 1NM7 A; 1YWP A; 4Y92 A; 3ZL7 C; 4E7J A; 4M7A D; 3G7Z A; 3H8Z A; 4C8Q B; 2KRM A; 3RMS A; 1WHH A; 4J9G A; 2CZ1 B; 2RO0 A; 2MPX C; 2QAZ A; 1UEC A; 4HVV A; 1WQ7 A; 3CMA A; 3M0U A; 4OMF B; 1FYN A; 1I5L A; 1WJR A; 2CP6 A; 4PJN A; 4C8Q E; 1KD1 C; 2QYZ A; 1YNZ A; 4F7U A; 2H3J A; 5CQX A; 1RUW A; 1T3S A; 4Y91 A; 3VRZ A; 2D6F A; 4M7A G; 2EJ9 A; 1B34 B; 2G6F X; 1WZO A; 1TWB A; 5A0G A; 2CYZ B; 2CZ0 B; 5L23 A; 3NMZ C; 3BFM A; 1QWF A; 2XID A; 1RAB B; 3X25 B; 1E6H A; 2JTM A; 4CC3 A; 2ZPI B; 5IN1 A; 1D3B B; 2IG0 A; 2RK1 A; 2K7A A; 1UEB A; 5LJ5 f; 2SRC A; 2QEX Q; 2M9U A; 4PLI A; 4LD9 K; 3JCM h; 4PL6 A; 3CCL T; 3EGX A; 2EQJ A; 2KY9 A; 2XHC A; 4BB7 A; 3SWN B; 3HRT A; 1PM3 A; 3VS5 A; 1M1K C; 2BE7 D; 1R0B G; 1ZSZ C; 4M7D E; 4RTW A; 2ZCF B; 2EGC A; 4IIO A; 5C0M A; 4M77 F; 1AT1 B; 1QVF A; 4DOW A; 4N4I A; 4FYY B; 1Y96 B; 3ZBD A; 2CP3 A; 5LJ5 e; 3THK A; 5GAN 5; 1YJ9 T; 2DLP A; 2O01 E; 3X26 B; 4QQG A; 5CCA A; 3C94 A; 1D0Z A; 1TOV A; 3GP8 A; 1LPL A; 1K9A A; 4JRI A; 2E6Z A; 5GAN 8; 1Q82 U; 2RI5 A; 2EQM A; 5M9O A; 3DB4 A; 2L3R A; 4YTL A; 1VQO A; 5GAN 2; 4GY5 A; 3PVL A; 3JB9 H; 2RHI A; 2VXF A; 3D7S B; 1YHQ A; 3H0F A; 3CCU T; 4IUR A; 3PIP A; 3QBY A; 3O5Z A; 2QG9 B; 3UPU A; 3OQ5 A; 2FO0 A; 1BI3 A; 1OPK A; 3CCV Q; 3L2W A; 3SEM A; 2PU9 B; 2GTO A; 2D0N A; 5FWC A; 1R8O B; 4PLL A; 4OML A; 2DL4 A; 2JVV A; 1YJW A; 4QVC A; 3CCQ T; 3G6E A; 2E41 A; 2DXT A; 1RAF B; 1KSW A; 1Q86 C; 4IUV A; 5FU7 C; 1QCO A; 1YI2 A; 3R6N A; 5CKB A; 1D1B A; 4RTU A; 4EPC A; 3JB9 D; 1H8K A; 1QCF A; 4CC2 A; 1QMC A; 2RHZ A; 1QLY A; 3CC4 T; 1YIJ T; 3MCA B; 3GOX A; 4C8Q D; 3SFM A; 3QYH B; 1PRL C; 2OAW A; 1UDL A; 1KHC A; 3PIO A; 2X3W D; 1I0C A; 1X75 C; 3HP9 A; 3QHS A; 2OI3 A; 4ANJ A; 5GJW B; 3M0T A; 5LJ3 h; 2I2L A; 3CCV A; 2DL7 A; 4AG1 C; 1K8A U; 1WHJ A; 1NPR A; 3JCM f; 2BZY A; 3C12 A; 1N6A A; 2DPP B; 2L2P A; 4M78 E; 1K73 C; 4RG8 A; 3JB9 G; 2NUT A; 4F7U F; 2K3B A; 2QA4 A; 2O4X B; 4XTU A; 1IGQ A; 3I5R A; 5I11 A; 2CKK A; 2V8J A; 3M56 A; 1AD5 A; 3R6O A; 3S3N A; 1YP5 A; 3CCM Q; 5GAM h; 3LWI A; 1U1T A; 2CH4 A; 5GAN e; 3JCM e; 3CMA T; 1QVG P; 4FIB A; 3E2U A; 1LCK A; 2KQW A; 2HEQ A; 1VQM T; 2WSF E; 3JRZ A; 3M58 A; 5J26 A; 2LT1 A; 1D1A A; 4JS5 A; 1C6V X; 3EG2 A; 1UE9 A; 5D6W A; 1JB0 E; 4ELY C; 1VYT A; 2DIQ A; 5DM7 R; 2FHD A; 2FVU A; 4PJO A; 5CQY A; 3L42 A; 1XOV A; 1VQP Q; 4DBR A; 3VYG A; 2BZX A; 1GFC A; 2XKO C; 1PCX A; 5FU6 B; 3L1A A; 1YIT Q; 2EYX A; 1WX6 A; 2FEI A; 2LRQ A; 1ABO A; 4M7D G; 3G4S T; 1H3Z A; 2X51 A; 5FRM A; 3ZEH A; 1OX8 A; 4LD6 A; 3OBY A; 2YDL A; 1BIB A; 1KG1 A; 2FZC B; 3GBQ A; 2R57 A; 2FL7 A; 2HQX A; 4MML A; 4PFO A; 3CPW S; 1M4Z A; 2DXC A; 2GQI A; 2YSQ A; 2ZPG B; 2QQS A; 3OYN A; 4HCZ A; 3VS6 A; 2E6N A; 5KYU A; 4KH1 B; 2R5M A; 2O9S A; 3QDR B; 2OTJ T; 1JBM A; 2LQ8 A; 3S6W A; 4CI0 C; 2JM9 A; 3EH2 A; 3WVD B; 5LJ5 d; 3JV3 A; 4MZT A; 4D8D A; 4DOV A; 5LJ3 f; 2DTO A; 1AZE A; 2O88 A; 2L3P A; 1VQ6 A; 2RHX A; 1IHV A; 5KYY B; 2VB6 A; 4J7F A; 3PTA A; 1PKS A; 1VOM A; 2VKN A; 3HRU A; 4J83 A; 3C4S A; 4KH0 B; 4ZN1 A; 3EG9 B; 2C0T A; 3HSB A; 3P8B B; 2YUO A; 1K9M C; 4M7A A; 1KC8 R; 4C5G A; 2E70 A; 1JXM A; 1C1A A; 5LJ3 e; 4KGV B; 2DRM A; 1DJ7 B; 2DF6 A; 2VUB A; 5CAI A; 3A1P A; 1LJO A; 3AHU A; 5GAM f; 4M78 D; 2M1H A; 1UFF A; 1AHJ B; 1QVG S; 4B6M A; 2XG8 D; 2VGN A; 2BTT A; 3A8L B; 4JLI A; 1KHI A; 2LDM A; 1TXQ A; 3CME Q; 2R58 A; 2M16 A; 4A4G A; 3OYC A; 1Q81 C; 1B3Q A; 3RIR A; 1T0J A; 3OMG A; 2R5A A; 1R77 A; 2ZAE A; 3P8D A; 1OV3 A; 1S72 A; 3CCJ T; 1Y7X A; 5I2M A; 1D0Y A; 1WI7 A; 3CC7 T; 2P0K A; 1VQ5 Q; 2NUP A; 1TS9 A; 1IB8 A; 2SEM A; 2RJD A; 1M1G A; 3I55 Q; 1QP3 A; 1M2V A; 4JRQ A; 2HSE B; 1QVG A; 5KYX A; 2XIC A; 4Z8A A; 1NJI U; 1QP2 A; 2KRO A; 2J7I A; 2MYS A; 1WYX A; 3RER A; 5IH2 A; 3FLG A; 2KYB A; 2KT8 A; 3URG A; 4C5H A; 4QW2 A; 5GAO p; 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1YIJ Q; 3CC2 T; 2YUQ A; 6AT1 B; 3LWH A; 1XJW B; 1AZG B; 1ZSZ B; 4M7A F; 2XDD A; 1RLQ C; 4C92 G; 2YUN A; 1KQ2 A; 3OB9 A; 2IVW A; 2HL3 A; 5GMK j; 4XU3 A; 4HVW A; 1TH7 A; 5GAO q; 3JCM c; 2X4Y A; 2Y4Y A; 1X01 A; 2KE9 A; 4GLK A; 4MMK A; 5CVI A; 3UA6 A; 3TU4 K; 4ZGJ B; 1Q86 U; 4OMN A; 1K0X A; 5EC7 A; 4EIK A; 1VQ9 Q; 1QKX A; 2J05 A; 2YLC A; 2O9V A; 2LP5 A; 2F5T X; 4CC7 A; 4FSS A; 2QAS A; 3EG3 A; 2E1H A; 2GGR A; 2LX9 A; 2LNV A; 1CSK A; 2RN8 A; 4XU1 A; 1PHT A; 2A28 A; 3EGU A; 5LJ3 d; 2E5K A; 4M7A C; 1GL5 A; 2DBK A; 2DD5 A; 1VQ8 T; 2KK4 A; 4LXC A; 2OX7 A; 4M7D A; 3GPL A; 2KRN A; 3CCE Q; 2M02 A; 1MGQ A; 3QII A; 4FT4 A; 2VXE A; 3RDV A; 1YJN Q; 1K73 U; 4FYX B; 1N8R R; 2YXY A; 4N4G A; 3TRE A; 1N5Z A; 2KT1 A; 5IXF A; 4LE9 A; 1OZ3 A; 5FWB A; 2J6F A; 5FU7 B; 5GAO l; 4M77 E; 5IHK A; 1BI0 A; 5CK9 A; 4M75 D; 4JS4 A; 3LW5 E; 5GAM d; 3CCR T; 1LVK A; 3EG0 A; 1PD1 A; 2P0Q A; 4QQ6 A; 4C0Z A; 3JB9 I; 2RPN A; 3EFR A; 1GCQ A; 1M8V A; 3G4S Q; 2DO3 A; 2GFU A; 1V1C A; 3QWY A; 1WJQ A; 2C0I A; 2LQK A; 2F5K A; 2V8I A; 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