The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
50S ribosomal protein L2P
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| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| T | PF00467 | KOW | KOW motif |
| T | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCQ A; 3CPW S; 1Q86 U; 1M1K U; 3J80 E; 3I56 T; 1VQ5 T; 1IZ6 A; 3CCU T; 1YJN T; 3CCV A; 3LH0 A; 2G3R A; 3P8B B; 1M90 C; 1KC8 U; 1K8A U; 1KD1 C; 3CME T; 5J26 A; 2JUF A; 1M1K C; 1KHI A; 1XTD A; 1XNI A; 1X6O A; 1YHQ A; 3CCJ A; 5FLX E; 3DB3 A; 3JAM E; 2JOY A; 1VQ7 A; 1KC8 C; 1K8A C; 1RL2 A; 3CCE A; 3CC4 A; 3CCS A; 3G4S T; 2QA4 A; 3CCR A; 3CMA T; 1S72 A; 3CD6 A; 1K9M C; 3I55 T; 3CD6 T; 3CC2 A; 3I56 A; 3CCM T; 1KQS S; 1YJN A; 4ZN3 A; 3CPW A; 2KDS A; 4YTL A; 1JJ2 S; 3CC2 T; 3G6E T; 1YI2 A; 2E70 A; 3CXC S; 1N8R C; 2XHC A; 3DB4 A; 1YI2 T; 1VQN T; 3G71 T; 3ER0 A; 3CME A; 2QEX T; 1YIJ T; 1VQ7 T; 1NPP A; 1Q86 C; 3CC7 A; 1VQ6 T; 2LCL A; 1YIT T; 4RG2 A; 3G4S A; 1Q82 U; 3CC7 T; 3CMA A; 3PIO A; 2LVM A; 3KBG A; 1Q7Y U; 3I55 A; 4TVR A; 1NJI U; 3CCL T; 3CCM A; 1VQL T; 2MWP A; 3TRE A; 2EIF A; 1KQS A; 3G6E A; 2MWO A; 1VQK T; 3CPF A; 3A5Z B; 1Q82 C; 1Q81 U; 3CXC A; 3OW2 S; 1BKB A; 1VQN A; 1W2B S; 3G71 A; 1Q7Y C; 2KVQ G; 4X34 A; 4ZN1 A; 2QEX A; 1YIJ A; 1NJI C; 5LL6 S; 3PIP A; 1EIF A; 1QVF S; 2JNG A; 1VQM T; 1M1G A; 3J7A F; 3DLL A; 2OTL A; 1QVG S; 1K73 U; 2OTL T; 1SSF A; 1NPR A; 1VQ4 T; 1VQ9 T; 1Q81 C; 1VQ6 A; 1YIT A; 2MI6 A; 5A2Q E; 3HKS A; 1UEB A; 1YJ9 A; 1VQ8 A; 5J3B A; 1VQP T; 1VQO A; 3CCL A; 5HY6 A; 5IAY A; 4CRI A; 2E6Z A; 1YJ9 T; 1VQ8 T; 1VQL A; 1VQO T; 2OTJ A; 1K73 C; 1VQK A; 2JVV A; 3CCQ T; 2OTJ T; 3CCV T; 1JJ2 A; 3LGF A; 4QQD A; 5IT9 E; 1YBY A; 3OW2 A; 1W2B A; 1VQM A; 2L3R A; 1QVF A; 2CKK A; 1K9M U; 3OYY A; 2IG0 A; 5DM7 R; 1VQ4 A; 1YHQ T; 1VQ9 A; 3CCJ T; 2DO3 A; 1QVG A; 3LGL A; 1YJW A; 5DLQ E; 1N8R U; 1YJW T; 3CC4 T; 3CCE T; 3CCS T; 1VQP A; 1M90 U; 1NZ9 A; 2QA4 T; 1VQ5 A; 3J81 E; 3CCR T; 2LQ8 A; 1S72 T; 1KD1 U; 3CCU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCQ A; 1DJ7 B; 3CCU T; 3RNJ A; 4E7Z A; 3OYA A; 1WJS A; 2K57 A; 4M78 A; 1M1K C; 2ABL A; 1NYG A; 1XTD A; 1QWE A; 3TVT A; 6AT1 B; 5GAN 7; 2A7Y A; 2PVG B; 4AT1 B; 1W1F A; 4BE1 A; 2PUK B; 5GAN e; 1XQH A; 1JJ2 P; 2LZ6 B; 2NUT A; 3I55 T; 1YCY A; 2DD4 A; 2CZ7 B; 2RHU A; 3VS3 A; 2CSI A; 3L2Z A; 1LNX A; 1WZO A; 1X2K A; 2VGM A; 4N4I A; 3VS0 A; 1YN8 A; 3PVL A; 2O88 A; 1Q7Y R; 5GAM d; 4KH1 B; 2A08 A; 3JRZ A; 2EW3 A; 1VQ5 Q; 4DEX A; 3EAE A; 2E65 A; 3OS2 A; 5IHK A; 3EH1 A; 5GMK j; 3H0F A; 3PIO A; 1MUZ A; 3HPW A; 3TQ7 P; 4C92 A; 3CCL T; 1NG2 A; 3FDR A; 3M0P A; 1VQL T; 2RO0 A; 2MWP A; 2E4H A; 2M9U A; 1MMG A; 5KYX B; 1UUE A; 1PC0 A; 3WXM B; 2EBP A; 3VS2 A; 3EHQ A; 4UC4 A; 2BKD N; 4AG2 C; 1AWJ A; 3EFO B; 4M75 C; 1OYX A; 2CZ1 B; 3QXE B; 2GBQ A; 4J6X A; 2BZY A; 2JVV A; 3QYH B; 2EQI A; 2K3B A; 2FPF A; 4BDY A; 1SG5 A; 5GAO p; 5FW9 A; 4NL2 A; 3OBY A; 5IHN A; 4M78 D; 4DBQ A; 1WHM A; 2NUP B; 3E2U A; 4IUR A; 1D0Y A; 1P92 A; 1ABO A; 2J6F A; 3LX7 A; 3CCJ T; 1HK9 A; 3CCE T; 2YWW A; 1K9M R; 2FEI A; 4QVC A; 1VQ5 T; 2H3J A; 1NLP C; 5A0L A; 1QVP A; 2DIG A; 1Z9Q A; 2RNA A; 1SSH A; 2X3W D; 3EFS A; 1BI3 A; 3FC3 A; 3X24 B; 2NUP A; 4M78 F; 5FLX E; 1H3Z A; 1KC8 R; 2DL4 A; 1VQK Q; 3SHW A; 4PKC C; 4F7U A; 4M7A G; 4J7F A; 4J6Y A; 4C92 D; 1EX4 A; 1VIE A; 2GNC A; 2M51 A; 1SEM A; 4ZN3 A; 2LQW A; 5FWB A; 1U1S A; 2HCK A; 3NFC A; 1OPK A; 5IH2 A; 1WNL A; 5GAN f; 1M2O A; 3RBB B; 2Y90 A; 2XG8 D; 4DEY A; 2RB6 A; 2COY A; 2VV5 A; 3OYE A; 4L6V 5; 1M4Z A; 2Z0W A; 1YIT T; 1NLO C; 3CMA A; 2P0P A; 1UE9 A; 1WXU A; 1HD3 A; 3PMI A; 1GCP A; 2RQT A; 2EIF A; 4PFP A; 4C92 F; 8AT1 B; 3L2U A; 2RI2 A; 3G71 A; 1Q7Y C; 4L5G A; 2KQW A; 4PK4 A; 2AZV A; 5GAN 8; 3NMZ C; 1I8F A; 3VUZ A; 3JCM X; 4R0K A; 1SRM A; 3JCM W; 2KNB B; 4C8Q E; 1YI2 Q; 2LNH B; 1T3S A; 5GMK e; 3NHN A; 3GPL A; 2ZPB B; 2FVU A; 2LJ1 A; 2LDM A; 3H9N A; 1WHL A; 3M0T A; 2E6N A; 2AK5 A; 3MEW A; 3GLX A; 2IG0 A; 2KRO A; 1VQ4 A; 2ROT A; 1RAH B; 4QVD A; 4GY5 A; 4X9D A; 1HJD A; 5DLQ E; 2F69 A; 5GAN 6; 5DY9 A; 2O4X A; 2QA4 T; 4OMO A; 1MHN A; 1C1A A; 1VQ7 Q; 1A0N B; 4PJO G; 1RI0 A; 3EFR A; 3O5Z A; 2GFU A; 2LCC A; 3CME T; 3I5S A; 3L2Q A; 2RQW A; 3JAM E; 1U1T A; 2PQW A; 3PVQ A; 2QAS A; 3M9Q A; 3S3O A; 4EMH A; 4KGV B; 3CCS A; 1LPL A; 4K11 A; 4BI4 A; 2XU8 A; 4C0D B; 2L8D A; 1RAF B; 1K9M C; 4JJC A; 4F7U F; 1D09 B; 2KDS A; 1Q82 R; 1D1A A; 4FIB A; 4JZ3 A; 3CBM A; 3OYG A; 2O31 A; 1YI2 T; 1NEB A; 1RLQ C; 1TS9 A; 1QQJ A; 3MET A; 2RK1 A; 2YSQ A; 4JS5 A; 2LCL A; 4RG2 A; 2JS2 A; 3OSV A; 3VS7 A; 3EG2 A; 4MZT A; 4PLL A; 1G5V A; 3UAT A; 4JRI A; 4QT7 A; 2L2P A; 2DXB A; 3M0Q A; 2J7I A; 2E10 A; 3M54 A; 1KIK A; 1B07 A; 2FZK B; 1G3S A; 2K3Y A; 4M75 F; 1S72 Q; 1QKW A; 4F16 A; 5KYY B; 2EVR A; 1E6H A; 2E5Q A; 5CVI A; 2BTT A; 1BIA A; 1RAE B; 2CT4 A; 4C5G A; 2NUZ A; 1YP5 A; 4JS4 A; 3CCV T; 1XOV A; 2GF7 A; 1F1B B; 3RMQ A; 2XID A; 1AZE A; 3TEE A; 1BCO A; 3NTK A; 2CH4 W; 4AFZ C; 3JCM P; 4C8Q C; 2M0Y A; 4E47 A; 1AOJ A; 2DX1 A; 2K2M A; 1Z9Z A; 4AG1 C; 1IGU A; 2DM1 A; 2HKQ B; 2LC4 A; 4OMF B; 3MP6 A; 3I56 T; 4LE9 A; 5GAM e; 5LJ3 h; 2R58 A; 3E1S A; 1KHI A; 3FEO A; 2JOY A; 3OBW A; 4C5H A; 1J3T A; 1K8A C; 3OS0 A; 2DL8 A; 2F5T X; 4IIM A; 3CD6 A; 2MF2 A; 2HZY A; 2K6D A; 4IIO A; 4M78 E; 1WI7 A; 4NOY A; 2ZGW A; 1TOV A; 1AZG B; 1O75 A; 2QEX T; 1QLY A; 3GF5 A; 2FRW A; 4DBR A; 1Y07 A; 2E1H A; 2QI2 A; 2DF6 A; 2V8K A; 4XTX A; 3HHT B; 3MKD A; 2ATC B; 4OGE A; 1VOM A; 3SB2 A; 3EG0 A; 2P4T A; 4PJO B; 1I81 A; 4FW1 A; 2QK0 A; 3TRE A; 2ZPF B; 3G6E A; 2MWO A; 5I11 A; 2AKL A; 2XMF A; 1Q82 C; 3E9F A; 4M7D B; 4F14 A; 2YT6 A; 1GBR A; 2H3E B; 1NJI C; 2NLU A; 3MEA A; 2LRQ A; 2CUD A; 3J7A F; 3QPH A; 1OUL A; 2CH4 A; 2ZZD A; 2FPE A; 1NPR A; 4C92 E; 4ATO A; 1Y96 B; 1IRE B; 1GFC A; 4EDU A; 3M55 A; 2I0N A; 2GTJ A; 1VQP T; 2JW4 A; 1VYU A; 2YHT A; 4FU6 A; 1Y57 A; 2V8I A; 1WA7 A; 2H8H A; 5IT9 E; 2JJ9 A; 3GNF B; 1NM7 A; 5GMK h; 4Y28 E; 2DYI A; 5KH6 A; 1K9M U; 4KUL A; 2A37 A; 3E9G A; 4J83 A; 1BK2 A; 4XAX B; 2FZC B; 1VQ9 A; 4PJN A; 1I07 A; 4ORZ A; 2GQI A; 1PSF A; 4PJL A; 2EKH A; 2VYT A; 3A98 A; 1UEC A; 3O8V A; 1KSW A; 1YJN T; 3EG1 A; 5FWC A; 1KQ1 A; 4BY6 B; 3BY7 A; 3RIR A; 1KC8 U; 5CKB A; 4LDV A; 3FIF A; 1I1J A; 2L3Q A; 2LP5 A; 2P4R A; 1NBE B; 5GAM f; 2DAQ A; 5GAN j; 5KCH A; 3QUI A; 4GLM A; 3CC2 A; 3CCM T; 3VKI A; 2RA2 A; 1PM3 A; 4YTL A; 1VQM Q; 2RJD A; 2KBT A; 4AFS C; 5FU7 B; 2QGG A; 4DBF A; 2XHC A; 3DB4 A; 5KYN A; 2FHD A; 3PFS A; 1YJW Q; 4GLK A; 4J9C A; 4F7U E; 2LX7 A; 3QZ5 B; 4JPB W; 2LT1 A; 3G4S A; 2RJC A; 3OYK A; 3EGD A; 2E41 A; 2DZ9 A; 2RK2 A; 2RF0 A; 4C5I A; 3ASK A; 1UGQ B; 2X4J A; 3H8Z A; 1C6V X; 4EMG A; 2BE7 D; 1UGP B; 4RCB A; 1YIJ A; 4M7D D; 1M8V A; 4XK8 E; 1FYN A; 3JCM e; 4ME7 A; 1N9R A; 3H0H A; 3R6N A; 3BE3 A; 5IXF A; 1BYM A; 5LJ5 h; 1YCS B; 3OS5 A; 2Y4X A; 1ZQ1 A; 1VYT A; 4X1V A; 3JCM b; 4BD3 A; 5FRM A; 4OF1 A; 1KJW A; 1QP3 A; 3CCQ T; 1W4S A; 2DE0 X; 4M75 E; 2ZPH B; 4QQD A; 2RMO A; 4C92 C; 1TWB A; 3RR6 A; 2V8J A; 4RTW A; 2EQK A; 2VXF A; 3FLG A; 2OAW A; 3I55 Q; 1R0B G; 3TSZ A; 4F7U G; 1AWW A; 1YJW T; 2BIV A; 1EFN A; 4Z8A A; 1JRI A; 1U5S A; 4C0G A; 2DK3 A; 3M56 A; 4OVA A; 4AMC A; 7AT1 B; 1K4U S; 3I5R A; 2DEQ A; 1BU1 A; 3RDV A; 5J26 A; 2COW A; 1XNI A; 3EGX A; 1YHQ A; 2DET A; 3CCL Q; 4ELZ C; 1VQL Q; 2J6O A; 2OTJ Q; 3CC4 A; 4QW2 A; 1RAA B; 2M0O A; 2WSF E; 2DEU A; 4N0A A; 5EC7 A; 1N9S A; 4M75 G; 5LJ5 d; 2OX7 A; 3M0R A; 4Z89 A; 2O9V A; 3OYF A; 3BDU A; 2PVD B; 1SRL A; 4FW2 A; 2KXD A; 3CC7 A; 4IUU A; 4XQ3 A; 1ZHI A; 2HMA A; 1QCO A; 4Z02 A; 2K4Y A; 2IIM A; 3REB B; 4XU1 A; 4EMK B; 3HRU A; 1Y71 A; 1SKU B; 2DL7 A; 1VQN A; 3CCJ Q; 4X34 A; 5LL6 S; 1B3Q A; 3KXT A; 3REA B; 2AT1 B; 4FT2 A; 2CS7 A; 3CCE Q; 5J39 A; 3DLL A; 1PKS A; 1WDX A; 1ARK A; 1K73 U; 1VQ6 A; 1K1Z A; 3UDC A; 1UHC A; 2GFA A; 4FYY B; 3JCM f; 4A4E A; 3EHR A; 3RKY A; 2OTJ T; 3MPU B; 1X01 A; 1D1C A; 4FCY A; 3JCM c; 1KD1 R; 4EIK A; 3OW2 A; 1X69 A; 5AYF A; 4HA8 A; 4N4H A; 2EQM A; 2BZ8 A; 5AT1 B; 5GAO r; 2D9T A; 2HQX A; 1ZBJ A; 1RAG B; 2K79 A; 4XU0 A; 3G1J A; 5CQX A; 4A4H A; 2DTO A; 4E6R A; 3NGP A; 3S3N A; 3CCU A; 4DOW A; 4A63 B; 3VRZ A; 1IZ6 A; 3SDZ A; 2QQ9 A; 5KYX A; 3QYG B; 3FJP A; 2YXY A; 1T0J A; 1PKT A; 1YIT Q; 4OGC A; 1X6O A; 1VQO Q; 3WVE B; 5IHI A; 1R8O B; 4M77 B; 2VUB A; 3CCR A; 3EFO A; 3CMA T; 1G8X A; 2PNI A; 3OW2 P; 4F04 B; 2EJF A; 4ZTF A; 4N4G A; 3JB9 G; 1GCQ C; 3FRN A; 2EYW A; 2QG9 B; 5GAN 5; 1M5Q 1; 2DZC A; 2EYX A; 1E7O A; 2BE9 B; 3G71 T; 2LQK A; 2MMP A; 3T9N A; 3P8H A; 2CP5 A; 2YRC A; 1Q81 R; 1KK7 A; 1R0C B; 1NE8 A; 1ZUU A; 1T0H A; 3KBG A; 5A0D A; 2QQS A; 1G3T A; 4PL6 A; 3DKM A; 3CPF A; 4PJJ A; 3V8L A; 2DLP A; 2X9H A; 3OW2 S; 2XDP A; 2D8J A; 5LJ3 g; 2HDA A; 3UA7 A; 4QQ6 A; 2QA4 Q; 2WAC A; 4WCI A; 1VQ4 T; 2DYB A; 2HEQ A; 4BI8 B; 4HT8 A; 1KHC A; 3HFN A; 4FSX A; 3HL8 A; 2K5I A; 2HQH A; 1VQO T; 1K0X A; 2QGF B; 3CME Q; 4ZTJ A; 2DL3 A; 2RHZ A; 1M9S A; 5GAO n; 4XTY A; 4C0D C; 1W2B A; 2L3R A; 3A8M B; 1QVF A; 1ABQ A; 1PG5 B; 4BB7 A; 1W6X A; 4NL3 A; 4B9W A; 4LD6 A; 3OYC A; 1VUB A; 3CCS T; 1VQ5 A; 2DRM A; 1TUG B; 1WPY A; 1M3B A; 5GAM j; 1M1K U; 2VVK A; 3QHS A; 3MEV A; 2OTL Q; 1M90 C; 1KD1 C; 2J05 A; 4J9F A; 1AT1 B; 1N5Z A; 3M57 A; 1YJ9 Q; 1VQ8 Q; 2EGA A; 3LWI A; 2DJZ A; 2IPO B; 1K8A R; 2DMO A; 3SWN B; 2E5K A; 2ZPE B; 5GMK i; 1GCQ A; 1IXD A; 1V76 A; 5KYW B; 3UWN A; 1QVF P; 3V8K A; 4A54 A; 2ROL A; 4MMK A; 2X35 A; 5FRO A; 1GL5 A; 3OMG A; 2DBK A; 1WJQ A; 4A4F A; 3C12 A; 2K3X A; 1NPP A; 2MAM A; 4HVV A; 2RPN A; 4O5V A; 2YUP A; 4FYV B; 3CCV Q; 2KK4 A; 2X4X A; 1ZSZ B; 2FO0 A; 5ECA A; 4C8Q G; 2GTO A; 2YUO A; 3S3M A; 3A5Z B; 2XDD A; 3H0I A; 3QJY A; 3OS1 A; 1W2B S; 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