The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Comparison of MAS solid-state NMR and X-ray crystallographic data in the analysis of protein dynamics in the solid state
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
12
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F2W A; 2EW3 A; 2FRW A; 2JMA A; 2LX7 A; 1TUC A; 2FPD A; 1YN8 A; 3VS7 A; 2G6F X; 2K3B A; 2J6F A; 5IHK A; 1PRM C; 2JMC A; 2OJ2 A; 1PNJ A; 3CQT A; 3EG3 A; 1X6B A; 2A37 A; 1QWE A; 2HCK A; 1K9A A; 2H8H A; 4RTV A; 4AG2 C; 2DLP A; 4AFU C; 1CKB A; 3SHW A; 1SPK A; 2CUD A; 3JV3 A; 1GFD A; 1UJY A; 1W70 A; 2A36 A; 1AVZ C; 2DVJ A; 1K0S A; 2HSP A; 4GBQ A; 2B86 A; 1J3T A; 1PRL C; 2M0Y A; 2RPN A; 4JJB A; 1JEG A; 1RI9 A; 2YUP A; 1YCS B; 4EIK A; 2DF6 A; 1Y0M A; 5EC7 A; 1WI7 A; 2HEQ A; 1AWW A; 1NLP C; 2EQI A; 2EYZ A; 2MIO A; 1UJ0 A; 3I5S A; 4Y92 A; 2W10 A; 1M27 C; 2J06 A; 1M3A A; 2DMO A; 1HD3 A; 2NUZ A; 2FG0 A; 5I11 A; 2L2P A; 2K6D A; 2D0N A; 2PTK A; 1YP5 A; 2K7A A; 1U5S A; 4AG1 C; 1UGV A; 1KSW A; 1W6X A; 5IXB A; 3REB B; 4J9E A; 2RQV A; 1V1C A; 3EG2 A; 2PZ1 A; 4RTT A; 3R6N A; 2EGE A; 1AEY A; 1JXM A; 3H0H A; 1U06 A; 2VKN A; 1AOJ A; 2DBK A; 1AD5 A; 1GBQ A; 1GRI A; 4Z8A A; 2X3X D; 1RLQ C; 1T3L A; 3VS3 A; 1UHC A; 4LUD A; 2O31 A; 1UDL A; 3FJ5 A; 2J7I A; 2LCS A; 1B3Q A; 1T0J A; 2DA9 A; 4JPB W; 2GTO A; 2HDA A; 2KBT A; 1UE9 A; 1OPL A; 4D8D A; 1OEB A; 2RN8 A; 1ZUU A; 3C0C A; 1KIK A; 2JT4 A; 2ED0 A; 1Z9Z A; 2FEI A; 4J9I A; 4AFS C; 5IHI A; 4F16 A; 2EGC A; 1NEG A; 1ZUK A; 2FPE A; 2K2M A; 1ZLM A; 2K9G A; 4DEX A; 3NGP A; 4JJC A; 2KRN A; 1SSH A; 5IHN A; 3VS5 A; 4HVU A; 4J9H A; 4IIO A; 2C0I A; 2ROL A; 4JJD A; 2DYB A; 1JQQ A; 2GQI A; 2O88 A; 1MUZ A; 1PKT A; 4K11 A; 2CH4 W; 2DL8 A; 5L23 A; 1T3S A; 3RBB B; 2LJ1 A; 2CUB A; 2IIM A; 1VA7 A; 2GGR A; 2JM8 A; 4HCK A; 5GJW B; 3UA6 A; 3A98 A; 4J9D A; 3TSW A; 2EKH A; 1WXT A; 2V1R A; 4IIM A; 2RMO A; 1UTI A; 2FO0 A; 1NLO C; 2DRK A; 4E6R A; 1X27 A; 3PE0 A; 2AKK A; 4ZNX A; 1NG2 A; 1SRL A; 4J9G A; 4OMP A; 1FYN A; 1EFN A; 3VRZ A; 2DL5 A; 1AWX A; 2GTJ A; 2EYW A; 1AWJ A; 1PWT A; 1MV0 B; 4RTY A; 2LMJ A; 4FSS A; 2RF0 A; 2KRO A; 1NEB A; 2YDL A; 3THK A; 2JTE A; 3M0U A; 3H41 A; 1MV3 A; 2JS2 A; 4ESR A; 2C0T A; 2FRY A; 3VRY A; 1WDX A; 4A63 B; 4HVW A; 2VWF A; 1M3B A; 4HXJ A; 2BTT A; 2EBP A; 2CH4 A; 2CSI A; 1G83 A; 1NYG A; 3NHN A; 1OOT A; 3EHR A; 4GLM A; 4JZ3 A; 1WA7 A; 2KT1 A; 1H92 A; 2FPF A; 1HJD A; 1JO8 A; 4OMN A; 2O9S A; 2SRC A; 1WYX A; 1SHG A; 3M0S A; 1Y57 A; 2ED1 A; 2M51 A; 1RUW A; 1YWP A; 2ABL A; 2L0A A; 2C0O A; 1AWO A; 2JXB A; 1A0N B; 4J9F A; 4JZ4 A; 2LZ6 B; 1UHF A; 3TSZ A; 3PVL A; 2J05 A; 5ECA A; 2EYY A; 1GL5 A; 2YUO A; 2F2X A; 2V1Q A; 1G2B A; 2CT3 A; 3LH5 A; 2P4R A; 4RTW A; 4LE9 A; 1K1Z A; 4WCI A; 2JS0 A; 1OV3 A; 1QKX A; 1K0X A; 3UF4 A; 2KRS A; 1VYT A; 1SHF A; 1WFW A; 3EG0 A; 2DL4 A; 2L3S A; 3VS1 A; 4QT7 A; 1K4U S; 2ROT A; 3EGU A; 2VVK A; 2GBQ A; 1NM7 A; 1AZE A; 2A08 A; 3ULR B; 2AK5 A; 2D8H A; 1I0C A; 4OMQ A; 3EHQ A; 2KGT A; 2LNH B; 1N5Z A; 2KXD A; 4R0K A; 4X1V A; 1RLP C; 3QWY A; 1VYV A; 2RQU A; 4CC7 A; 2D8J A; 3TVT A; 1PHT A; 3I9Q A; 4OMM A; 4J9C A; 4OML A; 2RNA A; 1WLP B; 2YSQ A; 2CDT A; 4KRT A; 2L3P A; 2KNB B; 3KFV A; 1M3C A; 2KT8 A; 2O9V A; 1QKW A; 2KE9 A; 3O5Z A; 1XOV A; 3M0R A; 1S1N A; 1Z9Q A; 2D1X A; 1JU5 C; 5IXF A; 1OPK A; 2ECZ A; 1YWO A; 2DL3 A; 1QCF A; 4RTZ A; 3PVQ A; 1H3H A; 2BZ8 A; 4J9B A; 4LN2 A; 1ABQ A; 1X2K A; 1M8M A; 2EPD A; 1WIE A; 1HSQ A; 3ZL7 C; 3VS6 A; 4AFZ C; 4F14 A; 3NMZ C; 4OMO A; 1ZBJ A; 1UEC A; 1B07 A; 2F2V A; 1ARK A; 2LJ3 A; 5FWC A; 4LNP A; 3NPF A; 5HCK A; 2KRM A; 5I22 A; 3M0P A; 1I1J A; 2LQW A; 2DM1 A; 2MOX A; 3GBQ A; 1I07 A; 2KYB A; 4ORZ A; 2A28 A; 1H8K A; 2AKL A; 1SRM A; 1ZUY A; 1BBZ A; 4AFQ C; 2DX1 A; 1NYF A; 1U3O A; 2DIL A; 2YT6 A; 2QDL A; 2LQN A; 1AZG B; 4DEY A; 3UA7 A; 1WXU A; 2EGA A; 2YUN A; 1GCP A; 1M30 A; 2AZV A; 4CC4 B; 2J6K A; 1TG0 A; 2ENM A; 1FMK A; 4Z88 A; 2RQR A; 2LP5 A; 1K76 A; 2YUQ A; 4LUE A; 1CKA A; 1W1F A; 3IQL A; 1TUD A; 1ZX6 A; 5FWB A; 4D8K A; 1VYU A; 1GFC A; 1KFZ A; 2EVR A; 2W0Z A; 3U23 A; 1X6G A; 2MCN A; 2CRE A; 3I35 A; 2DJQ A; 1UFF A; 4M4Z A; 2LJ0 A; 2K79 A; 2OAW A; 4RTU A; 2EYX A; 3VS2 A; 2RQT A; 2JW4 A; 3H0F A; 2E5K A; 1WX6 A; 2I0N A; 1GCQ A; 2O2O A; 1E6H A; 3QWX X; 5FW9 A; 1E6G A; 1GBR A; 3VS4 A; 2BZX A; 2KXC A; 2ESW A; 3M0T A; 3SEM A; 1ABO A; 2KYM A; 1E7O A; 3RNJ A; 4CC3 A; 1PKS A; 1LCK A; 2X3W D; 5GJV B; 1T0H A; 1X2Q A; 1GCQ C; 5IH2 A; 4RTX A; 2XMF A; 3H0I A; 3I5R A; 2KEA A; 2L3Q A; 2OI3 A; 2DE0 X; 1CSK A; 3M0Q A; 2BZY A; 2SEM A; 1IO6 A; 1ZSG A; 2PNI A; 1BK2 A; 1QWF A; 1WXB A; 1UG1 A; 2DRM A; 3UAT A; 4F17 A; 4HVV A; 1X43 A; 2DL7 A; 4CC2 A; 1SEM A; 1KJW A; 2CT4 A; 4Z89 A; 1X69 A; 2DBM A; 3VS0 A; 2JM9 A; 2GNC A; 2CSQ A; 3REA B; 2HBW A; 2KR3 A; 2J6O A; 1UUE A; 4RUG A; 1QLY A; 2AZS A; 2NWM A; 3EG1 A; 1YNZ A; 1JXO A; 2DNU A; 1BU1 A; 1BB9 A; 2RQW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E65 A; 3EH1 A; 4LXC A; 3CME A; 3HKS A; 3PMT A; 1W2B A; 3PIO A; 1JJ2 P; 3CC7 T; 2JMC A; 4IUQ A; 4J6X A; 3EG3 A; 1UGS B; 3OS0 A; 3OMG A; 1CKB A; 4R55 A; 1R0B G; 1K8A R; 3SHW A; 1RAC B; 3VU3 C; 3QBY A; 1K0S A; 4DOV A; 3A1P A; 3CCS T; 2DAQ A; 2M0O A; 5GAO p; 1YI2 T; 1JEG A; 1OZ2 A; 2YUP A; 4OB2 B; 2E3H A; 2A0F B; 4FL6 A; 3LGF A; 4C92 F; 5EC7 A; 1XNI A; 4XK8 E; 2QA4 A; 3EG9 B; 1NLP C; 1VQK A; 3I5S A; 1M27 C; 3OS5 A; 2LT4 A; 1N9R A; 1OU8 A; 4XTU A; 5I11 A; 2QQR A; 2ZPB B; 1OU9 A; 3LWH A; 2MWO A; 1N8R C; 2XDD A; 2PTK A; 4C8Q A; 3V7R A; 3VYG A; 3PTA A; 2RI2 A; 3E1S A; 2E6N A; 2PU9 B; 3CD6 Q; 2M9U A; 2RQV A; 3GNG A; 4M7A E; 3EG2 A; 3LGL A; 4RTT A; 4QVD A; 2L3R A; 1OUL A; 2FHD A; 1GRI A; 3DLM A; 2HNI A; 1T3L A; 1ZSZ C; 1Y71 A; 5CKD A; 1PD0 A; 2HL3 A; 3TEE A; 5KYY A; 2DTH A; 4N0A C; 2GTO A; 4FW1 A; 5DLQ E; 1SG5 A; 4F7U G; 1UE9 A; 1VQN T; 3C0C A; 3CC4 Q; 1VQL T; 1KIK A; 2JT4 A; 1QVG P; 1Z9Z A; 4DBQ A; 4F16 A; 5KYN A; 3E9G A; 3RR6 A; 3OBY A; 1ZUK A; 2LQ8 A; 3FRN A; 2BE9 B; 1YHQ Q; 3S3N A; 3L2V A; 4LDV A; 3JB9 J; 2NUP A; 3KUF A; 3JB9 F; 2C0I A; 4BD3 A; 2WSE E; 2CZ0 B; 2O88 A; 1MUZ A; 1PKT A; 2PVO B; 4MZP A; 5CQY A; 3INZ A; 1WGS A; 2AIR B; 4II1 A; 3CXC S; 4M77 E; 1IZ6 A; 5GAN f; 4M7A F; 2Y4Y A; 2NUT B; 4HCK A; 1S72 Q; 3UA6 A; 3A98 A; 2L8D A; 1JJ2 A; 1KQ2 A; 4IIM A; 2DRK A; 4DQ2 A; 3JCM e; 3PE0 A; 4KUI A; 2RJD A; 2MWP A; 1TTH B; 4Z02 A; 3DLL A; 2DFU A; 2DL5 A; 4ATO A; 2IVW A; 3CC2 Q; 3HFO A; 4M78 A; 5HK3 A; 1PWT A; 2RF0 A; 2EKO A; 2OX7 A; 2G3R A; 2YWW A; 2KRO A; 5GAO m; 1C0M A; 4TVR A; 1KD1 R; 2LTO A; 1ZSZ B; 2X9H A; 3EFR A; 4FW2 A; 1HYO A; 2CP6 A; 3CCL Q; 3ZFJ A; 2XDP A; 5CO7 A; 3X26 B; 5A0L A; 2OTL Q; 2HSE B; 2FZK B; 1OI1 A; 1WZO A; 4E7Z A; 1MGQ A; 4M77 F; 1Q95 G; 4GLM A; 4OB1 B; 4JZ3 A; 1Y7X A; 4IUR A; 4BI8 B; 3C94 A; 4F04 B; 4OMN A; 1NBE B; 3FB9 A; 1TSF A; 3JCM J; 1LVK A; 2ED1 A; 1RUW A; 1YWP A; 1AWO A; 3O8V A; 2K3X A; 4J9F A; 3S3M A; 1UHF A; 4E47 A; 2J05 A; 3CCV A; 5ECA A; 1VQM T; 1BI3 A; 3J7A F; 4PJO G; 1G2B A; 2PUK B; 3MO8 A; 1VIF A; 1PC0 A; 1K1Z A; 1OV3 A; 3RDV A; 1WJR A; 4JLI A; 3CD6 A; 1IHV A; 3PT9 A; 1QVG A; 2DL4 A; 2GBQ A; 3A8L B; 1YJN A; 3RIR A; 4M7D D; 1KG1 A; 3JCM V; 4XTY A; 3SWN A; 3OMC A; 4QQ6 A; 1K9M R; 4JRP A; 2DIQ A; 3MPU B; 2KGT A; 2LNH B; 4C0D C; 2KK4 A; 4CRI A; 1D1A A; 4PLL A; 1VYV A; 3LW5 E; 4IUV A; 4F7U E; 4MML A; 2JOY A; 4OMM A; 1S72 T; 4OP0 A; 2RNA A; 4KRT A; 3QZ9 B; 2JVV A; 1N9S A; 1IRE B; 5GAM f; 1VQ8 Q; 2VXF A; 3G1J A; 4M75 E; 1QCO A; 2O9V A; 1PG5 B; 1IGQ A; 3QDR B; 1Z9Q A; 2OTJ Q; 2ECZ A; 4JJN K; 3OSV A; 3QG1 A; 2K57 A; 1KC8 U; 4RMO A; 3MJX A; 4LN2 A; 1X2K A; 3OB9 A; 3QUI A; 5KYU B; 1YIJ T; 5GAN 6; 3G71 A; 1MHN A; 3ZEH A; 4QQG A; 1HSQ A; 4C5E A; 1I81 A; 3VYH B; 4AFZ C; 1ZA2 B; 3CCL T; 4OMF B; 5KYX A; 2F2V A; 4BAC A; 3OYA A; 1NPP A; 2ZPF B; 4QKU A; 4IUT A; 1RL2 A; 3Q1J A; 3L2Q A; 4F7U F; 2KMT A; 5C0M A; 5GAN 7; 3CC2 A; 4M7D C; 3OYE A; 5KH6 A; 4BUG A; 3FDR A; 1YCY A; 1M90 R; 3JCM c; 4ZTF A; 1K8A C; 1GXI E; 4JRI A; 3J80 E; 2EYQ A; 3OYB A; 3L42 A; 4ZN3 A; 1U3O A; 3PMI A; 2DIL A; 1WQ7 A; 4M75 F; 4MZT A; 3UA7 A; 1WXU A; 1OZ3 A; 4PFO A; 1G3T A; 3I56 Q; 4C0D B; 1TG0 A; 2ENM A; 3LYI A; 2H3J A; 5KYW A; 2DET A; 1FMK A; 1B34 A; 4Z88 A; 1VQ4 T; 2LP5 A; 4JUV A; 1UEB A; 2DEQ A; 2HQH A; 3MET A; 2X4W A; 1CKA A; 4PJJ A; 1ZX6 A; 3CCR A; 1NPR A; 1GFC A; 4CI0 C; 2YRC A; 1QP2 A; 2DJQ A; 6AT1 B; 4M4Z A; 2K79 A; 3WXM B; 2EYX A; 3VS2 A; 2JW4 A; 2E5Q A; 3S3O A; 1VQO Q; 2M1H A; 2GFU A; 1WX6 A; 5GAN 5; 3TQ7 P; 3ASK A; 2KXC A; 1ABO A; 2KYM A; 3RNJ A; 3EFO B; 1WQW A; 1X2Q A; 1GCQ C; 3H0I A; 2DIG A; 1VQ5 T; 2OI3 A; 3BW1 A; 2MF2 A; 5C6S A; 5CK9 A; 5AT1 B; 2DE0 X; 3FLG A; 3M0Q A; 2SEM A; 4XU2 A; 1NJI U; 1ZSG A; 4FT4 A; 3KXT A; 1BK2 A; 1QWF A; 1WXB A; 2DL7 A; 1HK9 A; 4M7D B; 1D1C A; 3I55 Q; 3EH2 A; 1IGU A; 3KBG A; 2QEX T; 5GMK h; 1IHW A; 1YNZ A; 5LJ3 f; 2DZ9 A; 5IH2 A; 2EW3 A; 1TUC A; 1YN8 A; 1TUG B; 3HPW A; 4C8Q D; 2OTJ A; 2O4X A; 1FXX A; 4MDW A; 3QYG B; 1X6B A; 2A37 A; 1QWE A; 2HCK A; 3OYN A; 5LJ3 h; 2COY A; 2DO3 A; 4RTV A; 4AG2 C; 2DLP A; 4MDX A; 1MNE A; 3M58 A; 3FEO A; 3JV3 A; 1W70 A; 2A36 A; 3HRT A; 1AVZ C; 2QA4 Q; 2DVJ A; 3OW2 P; 4NL3 A; 1VQK Q; 3P8B B; 1VQP T; 2HSP A; 3JB9 G; 2NLU A; 2B86 A; 2M0Y A; 3I56 T; 4B9X A; 3L2W A; 1YCS B; 1M2V A; 1KD1 C; 3QJY A; 2DF6 A; 5GAN 4; 2JZ2 A; 4RCC A; 1AWW A; 5GAN 3; 1UJ0 A; 1RAF B; 2QQA A; 1M3A A; 2DMO A; 1WHK A; 3H8Z A; 5D6W A; 2JJ9 A; 2L2P A; 1MMN A; 1AHJ B; 3V7C A; 2VGM A; 3OYC A; 3OS1 A; 1WHH A; 2D0N A; 1U5S A; 1N8R U; 1M90 U; 2KDS A; 4AG1 C; 2DD4 A; 8ATC B; 5IXB A; 3REB B; 3CCQ A; 4HCZ A; 1VQ6 A; 1V1C A; 3L1A A; 2PZ1 A; 1AEY A; 3L2U A; 3H0H A; 4C8Q C; 2MPX C; 2DXU A; 1AOJ A; 2DBK A; 1QVF S; 3JCM W; 4IUU A; 1UDL A; 3QPH A; 2J7I A; 2LCS A; 2DA9 A; 3FC3 A; 1YIT T; 2HDA A; 2KBT A; 4J5Y A; 1JRI A; 1NJI C; 1OPL A; 4XU1 A; 3OYG A; 4D8D A; 1OEB A; 5FRO A; 1TU0 B; 4M78 D; 2FEI A; 4J9I A; 2R58 A; 1D1B A; 5FU6 C; 1VQ7 Q; 3CME T; 2K2M A; 2K9G A; 4ANJ A; 4XTW A; 4AMC A; 3JCM d; 4IIO A; 3JRZ A; 4OGC A; 4JJD A; 3CPW S; 1K9M C; 2CZ7 B; 2FZG B; 2GQI A; 4WF2 A; 1G5V A; 1SF9 A; 3SDZ A; 4D6W A; 2DXC A; 4ELY C; 5J39 A; 3PGG A; 3RER A; 1T3S A; 2LJ1 A; 2IIM A; 1VA7 A; 2GGR A; 5GJW B; 1N6A A; 3WVD B; 1I5L A; 3I55 A; 4OB0 B; 3TSW A; 1WXT A; 5CAI A; 4E7J A; 2RMO A; 1NLO C; 2LVM A; 1F1B B; 2NYS A; 4RG8 A; 2AKK A; 3AT1 B; 4OMP A; 1VQK T; 5FU7 C; 2QAZ A; 2X51 A; 4O6J A; 1AWX A; 2GTJ A; 2EYW A; 2VB6 A; 1AWJ A; 3OYI A; 4RTY A; 3OW2 A; 1WHJ A; 3CXC P; 4C8Q B; 4V2S A; 1NEB A; 1YJ9 A; 4J6W A; 3THK A; 4M78 C; 4ESR A; 1MV3 A; 2JS2 A; 1EZZ B; 2V8J A; 3JCM g; 2C0T A; 2M02 A; 5GAO l; 2HBP A; 1JBM A; 3V8J A; 5KYY B; 2CSI A; 5FU6 B; 2K3Y A; 3V8L A; 3JB9 I; 1EIF A; 1G83 A; 1NYG A; 3NHN A; 3CCV Q; 2WSC E; 3CC7 A; 1OOT A; 3EHR A; 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