4FW2A

Crystal structure of rsv three-domain integrase with disordered n-terminal domain
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 69
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw2A01
1J9AA 5HBMA 1JLQA 4Q0BA 2FBXA 3VQDA 2KTQA 2PZSA 4FW2A 1WSEA 4HUFA 3HPHA 1HQUA 3UIQA 4CJKA 4W5RA 2IS3A 1Q9XA 4QCLA 1LAVA 5HRPA 4PWDA 2Q3SA 2Z1HA 5HROA 2EX3A 3OS1A 1BI4B 1DTQA 3L8BA 3IAYA 2HHUA 4FW1A 3OYBA 3K5MA 3V1RA 2E6MA 1X9WA 4W5OA 3TAGA 2VG5A 4BACA 1TK5A 2B5JA 1RNHA 4Y1DA 2DFFA 5CZ2A 1S6PA 4DFPA 3RMDA 4B08A 4F2RA 4CEFA 3TWHA 3U6FA 1BHLA 1RTIA 2OPRA 4DQIA 5C25A 1VSMA 3CFOA 4EZ9A 3CG7A 2IDOA 4B9NA 5KTQA 4KHQA 3K2PA 3L2VA 3EY1A 1TAQA 4CEOA 1WSJA 1UA0A 2HHTA 3T1AA 1JXBA 3QNNA 4LSLA 3SV3A 4F3TA 3LP0A 2AJQA 2G8IA 1S1TA 3NH0A 3O4QA 1L3VA 4CERA 3TR8A 4LH5A 1XC9A 4OKKA 1HPZA 1S1UA 3PX0A 4B9SA 1IKWA 3LANA 2GV9A 3C95A 3TAQA 5J2PA 1VSIA 1FKOA 4KTWA 5EU7A 3OYHA 2IGIA 3DLRA 1ZYQA 1NJZA 4L8RB 3AO3A 4Z4CA 4ELVA 4DU3A 3NH2A 1VK0A 1ASVA 4HTUA 1S1VA 2D0CA 5DK5A 4CHZA 4KHWA 3ZSXA 2PYLA 4CESA 4DTRA 3NGZA 1RBVA 1W0HA 1HMVA 4DF8A 1GOCA 3LZIA 5SWMA 3OYDA 1NK0A 4FZYA 1QSLA 4OVLA 3ZT0A 2G8UA 5J2NA 1NK8A 3VQ7A 1SKRA 1D9DA 3HO1A 2F96A 1TL1A 3HPGA 4Y1CA 3OYFA 4ID5A 1WNSA 4ID1A 3HYFA 4Z4IA 3VQPA 2BANA 3AVLA 3KLHA 4BDZA 4DTJA 2PY5A 4CFBA 4M3TA 1NKCA 1RT7A 3LP1A 3DOKA 4OPJA 3LP2A 2DFHA 1SV5A 2BE2A 4NYNA 4RW7A 5CYQA 2HNDA 4CJSA 4N41A 3CFRA 1Z25A 1DLOA 1C1CA 4CJTA 2KW4A 3V4IA 2Y1JA 3ZSZA 3NAEA 4FK0A 4KI4A 4Z0UA 4OJRA 3D0PA 5D7UA 4KB0A 1LWFA 3WNGA 1VSFA 1EX4A 1J53A 2X6SA 3WNHA 1TKXA 1XWLA 2JGUA 1WSIA 3U3YA 2YNGA 3THVA 1BQNA 3L2RA 4B9UA 3QEPA 1CZBA 3MECA 1QTMA 4FYDA 1KVAA 2HMIA 3LWLA 4M3YA 3VN5A 2ITGA 1BGXT 3LDSA 4XIUA 1LV5A 1HQEA 4CJUA 1UAXA 2YV0X 5CYMA 1U4BA 3AVBA 4C8NA 3C94A 3KTQA 4QOZB 4CGJA 3HP9A 3ZT1A 4HUGA 4RW4A 3SUQA 4DLGA 1JXEA 1C0UA 1RILA 4AHVA 4CFAA 4M41A 1EETA 3DLGA 3HPOA 4FJ9A 1ITGA 4DQRA 5I42A 1DTTA 4GMJB 1NK5A 1W9HA 1YT3A 2Z1GA 3OYLA 4CF9A 2KZMA 1QQCA 3HL8A 1LWCA 3LAMA 4B9MA 2VWKA 2A1RA 3LPTA 1U47A 3KK2A 3SI6A 1F21A 2A1SA 4RW9A 2FBYA 1U04A 3I0RA 4DTUA 4DFJA 1S5JA 1BQMA 1VRTA 3AA4A 1RDBA 1C1AA 3LWMA 4ZTJA 1NK7A 3PO5A 1RBTA 1S9GA 3AO2A 4CF0A 3V81A 2YHBA 1ZBLA 4LD0A 2ATQA 4MQ3A 4RW8A 3TAPA 1NK9A 3QETA 3OYNA 3PX6A 2DFEA 1LW0A 4CHPA 5J2QA 2WOMA 2GBZA 3AA5X 3QEVA 1KVBA 5HLFA 1NJYA 3MEEA 3AVJA 4CGGA 4AHUA 1SL0A 4KRFA 3MAQA 2BGGA 1JL2A 1KFDA 3ZSOA 4CK1A 3K59A 1NOYA 1A5XA 1IKYA 3RTVA 4HCBA 3AO5A 3ZSYA 4R5PA 3QNOA 3HJFA 5HP1A 4FZXC 3U3GA 4FJ8A 3V9ZA 1U48A 3V1OA 4CF8A 1C0TA 4K8ZA 3CQ8A 1CLQA 4I9LA 3TARA 1NK6A 1IHWA 2P5GA 4KB1A 1TVRA 3QIOA 1RBSA 3SPYA 3HT3A 1NOZA 1T7PA 4NCAA 3B6PA 1Y97A 5HRSA 1I39A 1NJWA 1HYZA 3ZCMA 4E1MA 1CXUA 1IKVA 3O4NA 3OYMA 4F2SA 3MXMA 4M42A 4OLBA 4CGFA 3AVFA 5FRMA 3RWUA 1KVCA 2D0AA 3KJVA 2HHWA 1ASWA 3CFPA 2OYQA 1JL1A 1C6VA 3NH1A 1B92A 2XHBA 3VQ9A 3JYTA 4FJKA 4CK2A 4QAGA 3AVGA 2G8KA 4Z4FA 3QINA 2HVIA 4YNQA 4OKJA 3L2WA 4CJRA 2RPIA 1XHZA 4F3OA 5D3GA 3NF6A 4JRPA 3HXMA 4DS5A 3BDPA 2O4IA 3CYMA 4BDPA 3SUPA 4M3WA 1BISA 3O3GA 4CIGA 1N5YA 4J2DA 4DTPA 4FJGA 4CECA 1TAUA 4CJ3A 1BIUA 2B6AA 2OZMA 1RDAA 2VWJA 1HRHA 4N76A 4KTQA 2IC3A 1HYSA 1TK8A 3LP3A 4E7LA 4Q5VA 3VQQA 4OGCA 4ELTA 4M3UA 4FJNA 4NCGA 4FLXA 3NHGA 3TANA 2FBVA 3S9HA 3P83D 1IO2A 2ZE2A 4I9QA 2HHXA 4FK2A 4WE1A 3NE6A 3L2QA 3SYZA 3HM9A 1X9SA 4M3ZA 3ZSRA 1RT2A 4FZZA 2RF2A 2B4JA 4CJWA 4W5TA 3V6DA 1NJXA 2ZQBA 4GVMA 5K14A 2OPSA 3SJJA 1RTHA 1S9EA 4HUEA 4CJQA 4FXDA 1WLJA 4O44A 4CFDA 3OYAA 4FJMA 2ZD1A 4E19A 1B9DA 4Z4EA 4Z4GA 4CHYA 3TAEA 3RMCA 4RW6A 4FVMA 1L3UA 1HYVA 1C1BA 1C0MA 1VSKA 3DYAA 5CY4A 4CEAA 4O4GA 4OGEA 1UA1A 2X6NA 4IBNA 3AVIA 1TGOA 1ZBUA 4GW6A 5KRSA 5KGWA 4JRQA 2P51A 1YVUA 3VQCA 1TK0A 3RR8A 1RT1A 3K5OA 3OJUA 1VSDA 1UWBA 3SUNA 4N5SA 4B8AB 3KD1E 4EZ6A 1BCOA 2VG7A 3NGIA 4DSIA 4E89A 1D5AA 1RTJA 3OVNA 5FROA 3S3MA 2DTUA 1A5VA 3F73A 1LAWA 1NK4A 3AV9A 4JS5A 1QSYA 4HCCA 4FK4A 2Y1IA 5KI6A 1O1WA 4CJPA 1FKPA 4CEQA 4HHTA 4DQSA 4CIFA 4NCBA 4C8KA 3AA2A 1RT6A 3D45A 4DSKA 1CXQA 4CK3A 4O0IA 4CEDA 1YTAA 3OYEA 4DSEA 3ITHA 2YHAA 3QERA 4DTOA 3VQAA 1T05A 1RCHA 3V9WA 3SV4A 4J2AA 2I5JA 3HVRA 1TKDA 3M8RA 1HJRA 1KLNA 3ULDA 3QEXA 4KO0A 5C24A 1D8YA 5J1EA 3RMBA 3RR7A 3MXJA 1SUQA 3NF9A 4FCYA 3TI0A 4FJXA 2FC0A 2G8HA 1REVA 1IKXA 3OJSA 3ZT2A 4FLZA 1S6QA 1K6YA 2YKNA 1EP4A 3RMAA 3DLBA 4K8XA 4PUOA 3PY8A 4AHTA 4J2BA 4FJ5A 2XY5A 3E01A 4ELUA 3KKRA 4CHNA 1QE1A 4AHCA 4AH9A 3T3FA 4DFKA 2OPQA 3PX4A 3DRSA 3RRGA 4FM1A 2RN2A 3ISNC 3G0ZA 4B9LA 1ASUA 3EZ5A 5JS1A 3KIOA 1RBRA 1IHVA 2X78A 3QO9A 2WONA 4E1NA 3DM2A 3SPZA 3HP6A 4FJIA 1I3AA 5KGXA 1JLCA 3AVHA 1HNVA 3MEGA 2KFNA 1JLGA 4PY5A 4OLAA 4B9VA 3H08A 1WAJA 4NYFA 2P5OA 3HSTB 1JLEA 4IKFA 3S3NA 1RTDA 3FFIA 3VQ4A 1TKTA 3B6OA 1U45A 1JLAA 3KLEA 3AVCA 3QEIA 5FRNA 4BWMA 2HNZA 3V1QA 3HVTA 1IH7A 3SQ0A 5FDLA 3SNNA 2OA8A 4H4MA 3DLKA 3KLIA 4HVJA 4KFBA 4DTNA 1T8EA 4DG1A 4O55A 4DSLA 2HW3A 4CEBA 4O5BA 3KLFA 1R0AA 1GOBA 3EYZA 1JKHA 4CHQA 3KK3A 1BI4A 3K5LA 2G8FA 3HK2A 4F4KA 1Q8IA 3VQ8A 4DQQA 4KI6A 3OS0A 4I2QA 4TSXA 4J2EA 4ICLA 1FXXA 4DLEA 5CZ1A 4KHUA 4LH4A 4B3OA 3PUFA 3OS2A 3K57A 1SKSA 2QKBA 3MXIA 4KV8A 3TABA 4JS4A 1HNIA 4RG8A 1NKBA 4I7FA 2XO7A 1RDDA 4FLTA 1BCMA 1QS4A 3I8DA 1ZBFA 1D9FA 2F8SA 4I2PA 4B8CA 2LSNA 2W42A 2D0BA 1L3TA 3MEDA 1Q9YA 4E3SA 4KHSA 1WSGA 4FJ7A 1KCFA 4CEEA 4DU1A 3M8QA 5I3UA 4DSJA 2DY4A 4ZHRA 1CZ9A 4W5QA 1S1WA 4DTMA 2IOCA 3VA0A 4E0DA 4Z4HA 4KTZA 3OYGA 2KZZA 3C6TA 1WN7A 3IS9A 3PV8A 2EHGA 3F9KA 3AA3A 4IDKA 4CE9A 4FJHA 5T7BA 1NKEA 4CFCA 3I0SA 2E4LA 3NF8A 3V9SA 2X74A 4BE0A 4FJJA 4N47A 5KRTA 3NDKA 4G1QA 3SQ2A 3ZSQA 2PYJA 4UQGA 4W5NA 5C42A 4IG0A 2YNFA 1TV6A 4OPKA 3V9UA 3AVMA 2QXFA 4CGHA 5E41A 1KRPA 1IG9A 2HNYA 3G10A 3OYJA 1VSHA 4PA1A 4CJEA 4FM0A 1EKEA 3P1GA 4B9TA 4DWIA 2OPPA 1X1PA 3CM5A 1KLMA 4CCHA 1SL2A 3ALYA 4IG3A 1TL3A 3KLGA 4YFUA 4H8KA 4FM2A 4BE2A 4FLUA 1XI1A 1N6QA 3QESA 4KHNA 1QHTA 1A5WA 4CEZA 2QK9A 1WSHA 3DOLA 1ZBIA 4EP4A 1X9MA 4ZTFA 4FLWA 2NUBA 3LAKA 4C8LA 3M8SA 3QIPA 4F8RA 2R7YA 3VA3A 2RKIA 3DMJA 3OYKA 3DLHA 3AVNA 3NF7A 3ZT4A 2P1JA 4AHSA 3NFAA 4DFMA 2QKKA 1BL3A 1ZBHA 4KAZA 1L3SA 3IRXA 3KKSA 4CJLA 3VQ5A 1TKZA 1VRUA 1Z26A 2ETJA 3ASMA 3M8PA 2D5RA 3DRRA 3WNFA 5DMRA 2BDPA 2HHSA 1EXQA 4LY7A 1J54A 2F8TA 1VSEA 3SQ4A 2IAJA 3VQ6A 1B9FA 3K58A 4BWJA 4KREA 3SQ1A 3QLHA 4DQPA 3A2FA 2XY8A 3WNEA 4IFVA 3DLEA 3V9XA 1J5OA 4DS4A 4CHOA 2XRIA 3O3HA 1RBUA 3ZT3A 2YNHA 1RT3A 1GOAA 1VSLA 1RT5A 3AO1A 3L2UA 2VG6A 1JLBA 2XY6A 3AO4A 3AVKA 3DRPA 3NCIA 1YTUA 3NBPA 1KSPA 1RT4A 1XHXA 4N56A 2HB5A 2Z1IA 3SUOA 2JLEA 4AILC 3NGYA 4FLYA 1RDCA 4EP5A 3OYIA 3QEWA 4CGDA 1QMCA 1WAFA 1L5UA 1WSFA 5HRNA 4PQUA 5HRRA 3CM6A 3PO4A 4M3RA 1QSSA 1UOCA 3P5JA 2G8VA 1LW2A 1S1XA 3KD5E 4MFBA 3O3FA 2HVHA 2Z1JA 4CJ4A 3OY9A 3ZSWA 1SKWA 4M45A 4CGIA 4KHYA 2FBTA 2HHVA 3AVAA 4CJVA 5SZTA 3DI6A 4O0JA 3T19A 3K5NA 4DF4A 3VQBA 3L3UA 5JS2A 4AHRA 3RRHA 4CJ5A 4OKEA 4DSFA 4KPYA 1VSJA 4DMNA 2E6LA 4E7HA 3IG1A 4E7KA 4DTXA 3TAFA 3OYCA 4CJFA 4CF1A 1SL1A 4DTSA 1KFSA 2YKMA 3S3OA 4KKOA 4FLVA 2YNIA 3LZJA 1C6VX 2KFZA 3SCXA 3BGRA 1T03A 1G15A 4C8OA 2OZSA 2KQ2A 3LPUA 2O4GA 4DU4A 1LWEA 4IFYA 2XY7A 4BDYA 4BE1A 1FK9A 1KTQA 1MU2A 3C6UA 3TAMA 3VQEA 2HHQA 4E7IA 4E7JA 2GUIA 1JLFA 4C8MA 3JSMA 4H4OA 4CF2A 4FJLA 4M3XA 5J2MA 2G8WA 4LSNA 1BIZA 4JLHA 3SZ2A 3ZSVA 3L3VA 4CIEA 3KK1A 1U49A 3LALA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8AC 5HBMA 2GWJA 2A3ZA 4BR2A 2FBXA 4WYBA 3EHQA 1GL5A 2ZJQL 4IOCL 2A3LA 4ME7A 1M30A 1Q9XA 5HRPA 1EO1A 1GLFO 2IIMA 4CZIA 1XMOK 4C92F 3QICA 5FPNA 5BN8A 1YITN 1X2QA 3V1RA 2RPNA 1K73R 4W5OA 4RWTA 3ENHA 1N6AA 5LMUK 3PVLA 3CJ9A 3U6FA 1J6ZA 5FU7B 1RTIA 1VQ8N 4DQIA 1TH7A 4DV7K 4QVCA 3HZ6A 4DV5K 3CFOA 4BI8B 2RNAA 5GMKh 2COWA 2GNCA 1P90A 2IDOA 2EPDA 4FOEA 5AQKA 3EY1A 1NGGA 3FJPA 1NYGA 3MJXA 4CD3A 2PTKA 3LDQA 1QCOA 1D1BA 2AT1B 3Q7CA 4NLBA 2KT1A 3B8AX 3BF1A 3MWPA 4LSLA 3SV3A 2NUPB 5I9EB 2G8IA 4DQ2A 1S1TA 2MAMA 1OH8A 1HYOA 3D2EA 3CCQQ 2DXTA 5KYNA 1HPZA 2WUSA 1KK7A 4AFZC 1G3WA 4KTWA 4M7AC 3OYHA 4WFBL 5IXFA 1AWXA 5GAMf 1VK0A 2O8BB 4DQ8A 2HL5C 3KWIA 4KHWA 4V2SA 4NB4A 1HKBA 4E1JA 3HTRA 4JI8K 3NGZA 9ATCB 1QZ6A 2QWLA 3AGKA 1HMVA 3EG2A 3ULRB 1GOCA 4DF8A 3G6EQ 3OYDA 5SWMA 4YHHK 1B3QA 3CCJA 3ZT0A 5J2NA 5IH2A 5M1PA 3VQ7A 3HO1A 4IZ9A 2MWOA 5FLXO 3OYFA 3CI5A 4BDZA 3QDFA 1FMWA 2JM8A 5AQWA 3VQPA 4CFBA 5KPTA 2X3XD 3IDHA 3LP1A 1M27C 2LVMA 4OPJA 2DLPA 3J81O 2DFHA 1HJOA 2W41A 1RAAB 5CYQA 3H9NA 3DLMA 3RERA 4RTFD 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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