The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
76
|
structure length |
76
|
Chain Sequence |
GSSGSSGSHQLIVKARFNFKQTNEDELSVCKGDIIYVTRVEEGGWWEGTLNGRTGWFPSNYVREIKSSERSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of SH3 domain in Rac/Cdc42 guanine nucleotide exchange factor(GEF) 6
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 6
|
| total genus |
7
|
| structure length |
76
|
| sequence length |
76
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KT8 A; 1T3L A; 3CQT A; 2F2X A; 2EQI A; 4DEX A; 1RUW A; 4OMP A; 2C0O A; 1WXU A; 4Z8A A; 1CSK A; 1WX6 A; 1PNJ A; 2YUN A; 3NPF A; 3PE0 A; 4GBQ A; 1GBR A; 2V1Q A; 2DJQ A; 2JXB A; 1YCS B; 3UAT A; 3M0R A; 4OMQ A; 2KRM A; 2L2P A; 2MOX A; 1HJD A; 2HBW A; 3FJ5 A; 1KSW A; 3M0S A; 1RLQ C; 1E7O A; 2RQV A; 2E5K A; 2CSQ A; 4J9F A; 1UFF A; 1VYU A; 2FRY A; 4FSS A; 1WLP B; 2CUB A; 1OEB A; 2JW4 A; 1MUZ A; 2DIL A; 2KGT A; 1YNZ A; 2YSQ A; 2J6F A; 2BZX A; 1GCP A; 1K9A A; 4J9E A; 2D8H A; 1UGV A; 5FWC A; 1NEB A; 1KIK A; 2JS0 A; 1U3O A; 1B07 A; 4JJB A; 2D0N A; 2KR3 A; 3I9Q A; 2EGE A; 4ORZ A; 3VS1 A; 1WI7 A; 1XOV A; 1NLO C; 1OV3 A; 3JV3 A; 4KRT A; 4LE9 A; 2J6O A; 2GNC A; 1K0X A; 1I07 A; 3ULR B; 2DL4 A; 1J3T A; 2ED0 A; 4AFS C; 1UHC A; 1T0J A; 2KRN A; 1X2Q A; 4J9C A; 2CT4 A; 1M8M A; 3C0C A; 1U06 A; 3SEM A; 2PZ1 A; 1GRI A; 3EGU A; 1VYV A; 2ESW A; 4JJC A; 2LJ3 A; 4HCK A; 2RQU A; 3THK A; 2NWM A; 1H92 A; 2KRO A; 1ZUY A; 4RTU A; 2RQW A; 4F14 A; 3EHQ A; 2VVK A; 4CC7 A; 2D8J A; 3TSW A; 1W6X A; 1YWP A; 1GCQ C; 2EGC A; 5FW9 A; 3RBB B; 1QCF A; 4JJD A; 3M0P A; 2DA9 A; 3TSZ A; 4HVW A; 2C0T A; 2RN8 A; 2KE9 A; 4QT7 A; 1I1J A; 2ECZ A; 1PKT A; 2W10 A; 1OPK A; 4OMN A; 2LZ6 B; 2FEI A; 3VRY A; 4A63 B; 2I0N A; 1G2B A; 1GCQ A; 3A98 A; 2LCS A; 2LJ0 A; 2O9S A; 2HDA A; 1K1Z A; 4HVV A; 1WXT A; 1H3H A; 4E6R A; 1T3S A; 1K76 A; 1SPK A; 2ROT A; 2FPD A; 2AKK A; 2AK5 A; 2RQT A; 2JTE A; 3EHR A; 1NYG A; 1UJ0 A; 2J6K A; 2JMA A; 2JT4 A; 2ENM A; 1JO8 A; 3O5Z A; 1UE9 A; 2K2M A; 4JZ4 A; 2YUO A; 1LCK A; 4J9I A; 2DF6 A; 2M0Y A; 1A0N B; 1NLP C; 2FO0 A; 2DMO A; 4GLM A; 3ZL7 C; 4HVU A; 2J06 A; 2M51 A; 4LUE A; 2F2W A; 2HCK A; 1GL5 A; 4AG2 C; 5HCK A; 1HD3 A; 3NMZ C; 1AD5 A; 1E6H A; 2EBP A; 1ZSG A; 2KRS A; 2EYW A; 2HEQ A; 5I11 A; 1EFN A; 2YUP A; 2DE0 X; 4CC3 A; 1N5Z A; 2AZS A; 5IHI A; 2GGR A; 3REB B; 1K0S A; 4J9B A; 2RPN A; 1JU5 C; 2K6D A; 2LMJ A; 1KJW A; 2HSP A; 4Z89 A; 1RI9 A; 1ZLM A; 4DEY A; 1OOT A; 4K11 A; 5IXF A; 1IO6 A; 4Y92 A; 1AZG B; 4AFU C; 1AOJ A; 3H0I A; 3LH5 A; 2BTT A; 2RQR A; 3PVL A; 4RTX A; 3H41 A; 5GJW B; 2CH4 W; 4RTW A; 1QKX A; 3VS4 A; 4D8K A; 3UA6 A; 1VA7 A; 2RMO A; 2DRK A; 1UTI A; 2J05 A; 2KNB B; 1OPL A; 1B3Q A; 1NM7 A; 1NG2 A; 1SSH A; 2KEA A; 3U23 A; 1JEG A; 2PNI A; 1PWT A; 4F17 A; 1TUD A; 2K79 A; 4LNP A; 1X2K A; 2LQN A; 2A37 A; 1NEG A; 2GQI A; 1KFZ A; 1BU1 A; 3NGP A; 1WFW A; 2DVJ A; 1ABO A; 1S1N A; 4LUD A; 3NHN A; 2EKH A; 1W1F A; 2MCN A; 2DX1 A; 1ARK A; 3VS7 A; 1VYT A; 4JZ3 A; 3I35 A; 3VS3 A; 4EIK A; 1SHF A; 1PHT A; 3TVT A; 2CSI A; 1X6B A; 2L3S A; 1SEM A; 2PTK A; 2LX7 A; 1PKS A; 1QKW A; 2X3W D; 3REA B; 1QWF A; 3I5R A; 3VS0 A; 1UG1 A; 2EYY A; 2JS2 A; 4AG1 C; 5L23 A; 2A28 A; 2K9G A; 1BB9 A; 2BZ8 A; 2L3Q A; 2DL3 A; 2IIM A; 2QDL A; 2JM9 A; 1WIE A; 2SRC A; 1Y0M A; 2FPE A; 2FG0 A; 2VKN A; 4RTZ A; 1PRL C; 1CKB A; 1AVZ C; 3VS2 A; 4AFZ C; 1I0C A; 2YT6 A; 2DL5 A; 1U5S A; 3H0F A; 4IIO A; 2LQW A; 1X27 A; 4R0K A; 2KBT A; 3R6N A; 4Z88 A; 4CC2 A; 1JXM A; 1YWO A; 2DBK A; 1GFD A; 2K3B A; 2G6F X; 4X1V A; 5FWB A; 2EYX A; 5IXB A; 3GBQ A; 1CKA A; 2FPF A; 3UF4 A; 3M0T A; 2EYZ A; 2GTJ A; 3KFV A; 2KXC A; 2AKL A; 1X6G A; 2O31 A; 2DNU A; 2JM8 A; 2DYB A; 2EVR A; 4HXJ A; 1ZUK A; 2OI3 A; 1T0H A; 2DRM A; 1UUE A; 4WCI A; 2EW3 A; 3VS5 A; 3VRZ A; 1SRM A; 1M3C A; 1Z9Q A; 3M0Q A; 2SEM A; 1RLP C; 2GBQ A; 4J9D A; 5IHK A; 2ED1 A; 4OML A; 1AEY A; 1AWO A; 2CRE A; 2A36 A; 4RTV A; 2RF0 A; 2EPD A; 3EG3 A; 2P4R A; 1JXO A; 2CUD A; 4ZNX A; 3EG0 A; 2CH4 A; 1WYX A; 1FYN A; 1W70 A; 2O9V A; 2ROL A; 1GFC A; 1NYF A; 2KYB A; 4CC4 B; 2NUZ A; 2OJ2 A; 2RNA A; 2VWF A; 2DM1 A; 2O2O A; 1BK2 A; 1UEC A; 1M27 C; 1SHG A; 2CDT A; 3SHW A; 3QWX X; 2LNH B; 1ZUU A; 1M30 A; 4RTY A; 4AFQ C; 2YUQ A; 1AWJ A; 5ECA A; 1BBZ A; 1G83 A; 1UJY A; 4F16 A; 2DBM A; 1YN8 A; 4LN2 A; 2JMC A; 2GTO A; 5EC7 A; 2LP5 A; 4M4Z A; 2DLP A; 1UDL A; 1MV3 A; 1V1C A; 1Y57 A; 4OMO A; 2K7A A; 2W0Z A; 2ABL A; 1PRM C; 2F2V A; 2D1X A; 2KT1 A; 2X3X D; 5IHN A; 5I22 A; 1AZE A; 1YP5 A; 2V1R A; 2EGA A; 3VS6 A; 1X43 A; 2FRW A; 1AWX A; 2DL7 A; 1GBQ A; 4IIM A; 1ZBJ A; 1QLY A; 2J7I A; 1WDX A; 4ESR A; 1X69 A; 2MIO A; 2CT3 A; 2YDL A; 3QWY A; 1HSQ A; 1Z9Z A; 3EG2 A; 2BZY A; 4RUG A; 2KYM A; 1MV0 B; 1ZX6 A; 1FMK A; 4OMM A; 1QWE A; 2DL8 A; 3UA7 A; 1TUC A; 4RTT A; 3I5S A; 2O88 A; 2XMF A; 3IQL A; 1H8K A; 3M0U A; 4D8D A; 1JQQ A; 2LJ1 A; 2AZV A; 4JPB W; 1SRL A; 1UHF A; 3H0H A; 2B86 A; 5GJV B; 1K4U S; 3EG1 A; 1TG0 A; 2KXD A; 2C0I A; 1WXB A; 2L3P A; 1AWW A; 5IH2 A; 1E6G A; 1M3B A; 2L0A A; 4J9G A; 1WA7 A; 2H8H A; 2A08 A; 4J9H A; 1M3A A; 2OAW A; 3RNJ A; 3PVQ A; 1ABQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCQ T; 1EX4 A; 1T3L A; 4RMO A; 3CQT A; 3CPF A; 3CCE A; 1RUW A; 1OX9 A; 2C0O A; 4Z8A A; 2Y4Y A; 1CSK A; 2WAC A; 5FU7 C; 3PNW C; 2YUN A; 4GBQ A; 3JAM E; 1GBR A; 2V1Q A; 1M2V A; 2DIG A; 2JXB A; 3OYA A; 3M0R A; 4OMQ A; 3CPW A; 1MMD A; 2L2P A; 3VYH B; 4IUT A; 2XDD A; 1WGS A; 2MOX A; 3RIR A; 2VAS A; 1VQK T; 2RJE A; 4DBH A; 1VQ4 A; 1KSW A; 3M55 A; 3CCS A; 3M0S A; 4XTU A; 2RD1 A; 1KHI A; 3OYJ A; 2EFI A; 2RQV A; 4J9F A; 1VYU A; 1RAF B; 1WLP B; 2JW4 A; 2CP0 A; 3OW2 A; 1FXX A; 2J6F A; 2BZX A; 1GCP A; 1K9A A; 1VOM A; 4J9E A; 2X4X A; 3M4G A; 5HY6 A; 2D8H A; 5FWC A; 1NEB A; 4FSX A; 1U3O A; 2R5M A; 4E7I A; 3CXC S; 4M75 E; 1AT1 B; 4EMH A; 3VS1 A; 1WI7 A; 5D6Y A; 1LNX A; 4KRT A; 1QVG A; 4PJM A; 2OTJ A; 4FW2 A; 2E3H A; 7AT1 B; 5D6X A; 3TCJ A; 4RCB A; 1YIT T; 2A3L A; 4E2F B; 3DLM A; 5GAN f; 3CPW S; 1T0J A; 1X2Q A; 3EFR A; 4J9C A; 4KBM B; 3SEM A; 1FMW A; 1UGR B; 2OTL Q; 3QDR B; 4HCK A; 3LWI A; 4QVD A; 2DD5 A; 1K9M C; 1KQ2 A; 5CQX A; 2RQW A; 1WHG A; 1WHM A; 2VVK A; 2MAM A; 3OW2 S; 3OA6 A; 2EGC A; 2IPO B; 1QCF A; 3MEV A; 3M9Q A; 4JJD A; 1KC8 R; 3OYY A; 2DA9 A; 3TSZ A; 2M1H A; 2GQV A; 1D0Y A; 2MI6 A; 1I1J A; 3QII A; 4OMN A; 5LJ3 f; 2LZ6 B; 1MNE A; 3RR6 A; 3GNG A; 2EQK A; 4CI0 C; 3I56 A; 2C06 A; 5A0L A; 2O9S A; 1G3Y A; 4IKF A; 3H6Z A; 1WXT A; 1N8R C; 2FHD A; 1QVG S; 1H3H A; 4LDU A; 5DLQ E; 1SPK A; 5KYY A; 3LW5 E; 3S3M A; 2AK5 A; 2MWO A; 3EHR A; 1NYG A; 1UJ0 A; 2JMA A; 2JT4 A; 2K2M A; 4CRI A; 4RG8 A; 1D3B A; 2E1H A; 2QEX Q; 1KD1 C; 4J9I A; 5CR2 A; 1HK9 A; 1A0N B; 1NLP C; 5A0D A; 1XJW B; 4GLM A; 2IVW A; 3G4S Q; 3ZL7 C; 2JTM A; 2L89 A; 1TU0 B; 5DM7 R; 4LUE A; 2HCK A; 3JCM J; 4C5I A; 1K8A R; 4F7U A; 2HNI A; 1EFN A; 4CC3 A; 1N5Z A; 3P8D A; 2HZY A; 4X9D A; 3REB B; 1M5Q 1; 1X01 A; 4PKC C; 1RI9 A; 1O75 A; 1Q95 G; 3QYH B; 1IO6 A; 3JB9 J; 4Y92 A; 4FM4 B; 5A0G A; 1AOJ A; 1PSE A; 2BKD N; 2BE7 D; 3PT9 A; 1PCX A; 4BY6 C; 3A5Z B; 4RTX A; 4DBR A; 4RTW A; 1QKX A; 1RAG B; 2RMO A; 1UTI A; 3A8L B; 2J05 A; 3BDL A; 4KUL A; 1KHC A; 4XTZ A; 3CCR Q; 1VQP Q; 1WPY A; 1OPL A; 2FVU A; 2KEA A; 3U23 A; 1OX8 A; 2K79 A; 4MZT A; 4HT9 A; 4XTX A; 3CCS T; 2GQI A; 2KI7 A; 1OYX A; 3CCR T; 1KFZ A; 4QQ6 A; 4JLG A; 4ZGJ B; 3ZFJ A; 1S1N A; 2QAS A; 1N9R A; 1MGQ A; 1SKU B; 1YJW T; 2PVD B; 3VS7 A; 4DA4 A; 2Z0W A; 4M75 G; 3I35 A; 3VS3 A; 5KYW B; 3TVT A; 4Q5W A; 3EG9 B; 5KE2 A; 1X6B A; 1Q7Y U; 3I5R A; 4FU6 A; 4PL6 A; 1QCO A; 1UG1 A; 3JCM b; 5LJ5 g; 4JDS A; 1VQM Q; 4AG1 C; 1R77 A; 2VV5 A; 2OTJ T; 2A28 A; 3GOX A; 1BB9 A; 2L3Q A; 4J7I A; 2JM9 A; 1D1B A; 1KQ1 A; 5LJ5 e; 3CC7 A; 3J81 E; 2X51 A; 1VQM T; 4RG2 A; 2VKN A; 5KCO A; 3EAE A; 2DPP B; 4AFZ C; 4A4G A; 4LDX A; 4C5H A; 1K73 C; 4IIO A; 3R6N A; 2LTO A; 4Z88 A; 3EGD A; 4CC2 A; 1YWO A; 5GAO r; 1YCY A; 3FEO A; 3RDV A; 1Q86 C; 2K5I A; 5IXB A; 4Y28 E; 1D1C A; 3GBQ A; 5LJ3 g; 1CKA A; 1YI2 A; 5KYX A; 3OYL A; 4D6W A; 1NJI R; 2D9T A; 3UF4 A; 3M0T A; 2EYZ A; 2LRQ A; 3KFV A; 3I56 T; 4JUV A; 5LJ3 e; 1KD1 R; 1VQ8 A; 1VQ9 T; 5CKB A; 4C0D C; 4MMK A; 3CBO A; 1WHL A; 4KGV B; 3QG1 A; 2E65 A; 3LGF A; 2DRM A; 1UUE A; 1W2B S; 1ZSZ C; 1M3C A; 1VQL Q; 1Z9Q A; 1D09 B; 3M0Q A; 3QDF A; 3E1S A; 2SEM A; 1RLP C; 4QQG A; 2O01 E; 1QVF S; 3JB9 G; 3CME A; 2CKK A; 3MO8 A; 4M75 F; 2LCL A; 1AWO A; 1ZSZ A; 4OB0 B; 4RTV A; 2RF0 A; 2EPD A; 1OUL A; 3CCU Q; 4RKU E; 5GAN 4; 4ZNX A; 1FYN A; 5GAN 5; 4HA8 A; 3OMC A; 3LWH A; 5J39 A; 4HT8 A; 4II1 A; 2KYB A; 1U1T A; 2NUZ A; 1VQO Q; 2PVO B; 2GF7 A; 1ZA1 B; 3S3O A; 1BK2 A; 5LJ5 h; 3PMI A; 1SHG A; 2CDT A; 1ZBX A; 2K4Y A; 1VQN Q; 2E70 A; 1M30 A; 4RTY A; 2E10 A; 3V8K A; 1I5L A; 2JVV A; 4XQ3 A; 1ZQ1 A; 1VQ5 Q; 5ECA A; 4M77 E; 1R0B G; 5J3B A; 4N4G A; 3QHS A; 1VQN T; 1AHJ B; 4LN2 A; 1ZHI A; 5J26 A; 2LP5 A; 2CZ6 B; 2BE9 B; 4B9W A; 2MMP A; 3RMS A; 2K3Y A; 2DTI A; 2W0Z A; 2ABL A; 1VQ7 A; 3HRU A; 2F2V A; 2D1X A; 2X3X D; 5IHN A; 5LJ3 h; 5I22 A; 2EGA A; 1X43 A; 2FRW A; 2DL7 A; 3PIO A; 3R6O A; 1QLY A; 4ESR A; 3FJP A; 3CCV Q; 5GMK e; 5GAN d; 3MKD A; 4BI4 A; 5LJ5 j; 2R57 A; 4LDY A; 2DL8 A; 3UA7 A; 1NPR A; 2QGG A; 1RAC B; 3I5S A; 4FYX B; 2O88 A; 3CCV T; 1NJI U; 5CKF A; 2LJ1 A; 3RMQ A; 2AZV A; 1BKB A; 5GJV B; 3G71 A; 1M1K U; 1YIJ Q; 3URG A; 2C0I A; 3OYC A; 5IH2 A; 2EJF A; 1E6G A; 2L0A A; 4J9G A; 2LCC A; 3OYF A; 1M3A A; 4MZM A; 2RI3 A; 3CC4 Q; 1YHQ Q; 2OAW A; 3PVQ A; 3V8J A; 4A4F A; 2KT8 A; 4LD9 K; 1RAE B; 4HKE A; 5LJ3 j; 4OGE A; 4FT4 A; 4C8Q E; 5GAO n; 3CC4 T; 2HAX A; 1PNJ A; 4M7D F; 3CD6 A; 3LH0 A; 4DQ2 A; 5GAM g; 3UAT A; 3OYB A; 2QG9 B; 2QTX A; 4ZTF A; 2BIV A; 3MP1 A; 5GAM e; 3OYI A; 1XQH A; 1E7O A; 2E5K A; 2CSQ A; 4J83 A; 2FRY A; 2JZ2 A; 3WVD B; 1N9S A; 2E12 A; 1WNL A; 1G3W A; 1NPP A; 2LNV A; 1OEB A; 2L8D A; 1YNZ A; 2YSQ A; 4C0F A; 3DB3 A; 4IUP A; 1WZO A; 1KIK A; 5GMK h; 1VQ6 T; 2JS0 A; 2RA2 A; 2YRC A; 2R5A A; 4JRQ A; 2CYZ B; 2EGE A; 1GXI E; 4C92 E; 2QA4 Q; 4LE9 A; 1IB8 A; 1NBE B; 3CC2 Q; 3LLR A; 4M75 B; 2GNC A; 2E5Q A; 2DL4 A; 1YJN Q; 1UHC A; 2KRN A; 3GIB A; 1M8M A; 3C0C A; 2PZ1 A; 3OYE A; 1GRI A; 3OB9 A; 1G5V A; 4DBQ A; 3EGU A; 3OY9 A; 2QQR A; 1OZ2 A; 1Q7Y C; 2RQU A; 2P0K A; 4M77 G; 4XU1 A; 3L2W A; 1H92 A; 2KRO A; 4F14 A; 2CP5 A; 4CC7 A; 4PFP A; 5M9O A; 1W6X A; 3VV0 A; 1GCQ C; 2LT1 A; 3MHX A; 3DKM A; 4HVW A; 2RN8 A; 1OPK A; 2JN0 A; 3M53 A; 2FEI A; 5GMK j; 2H3J A; 3VU3 C; 3A98 A; 1GCQ A; 3X26 B; 3QZ9 B; 4F7U E; 1K1Z A; 4AMC A; 3I55 Q; 5KH6 A; 2DXC A; 4HVV A; 4E6R A; 2RHY A; 2ZCF B; 3RUX A; 2B8A A; 5KYW A; 2FPD A; 2AKK A; 5CK9 A; 2RQT A; 1VQ7 T; 5GAM h; 3CCQ Q; 2DJZ A; 3NTI A; 2ENM A; 1JO8 A; 4MML A; 2CGH A; 1TXQ A; 3E9F A; 2QEX A; 3QJ6 A; 3L2R A; 1YJ9 A; 3Q1J A; 2DF6 A; 1EZZ B; 5GMK m; 2FO0 A; 3G4S A; 2E3I A; 2ZZD A; 2J06 A; 3CXC A; 2VGM A; 1GL5 A; 3CEY A; 1VQK Q; 1TOV A; 1DJ7 B; 5HCK A; 4P5N A; 4AG2 C; 2XD0 A; 4KUI A; 1AD5 A; 1ZSG A; 2KRS A; 2VXF A; 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