The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
86
|
structure length |
86
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Chain Sequence |
HMKERPPPVPNPDYNSLKKGSLVKNLHMTEEVIVIAKWDYTAQQDQELDIKKNERLWLLDDSKTWWRVRNAANRTGYVPSNYVERK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional evidence that Nck interaction with CD3epsilon regulates T-cell receptor activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain, Cytoplasmic p
|
| molecule tags |
Signaling protein complex
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
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| structure length |
86
|
| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BZ8 A; 1AWX A; 2RQW A; 1A0N B; 1ZUY A; 4JJB A; 1MV0 B; 4JJC A; 3ULR B; 2DRM A; 1H8K A; 1CSK A; 1YWO A; 1KJW A; 2KR3 A; 1PNJ A; 2RN8 A; 2RQT A; 2YUP A; 2KYM A; 2CUB A; 3VS6 A; 2AZS A; 2A37 A; 2V1R A; 2ROT A; 2W10 A; 3M0U A; 1E6G A; 2KRM A; 3ZL7 C; 1SRM A; 3H41 A; 2F2X A; 4RTV A; 4AFQ C; 1FMK A; 2EBP A; 2V1Q A; 2DLP A; 1AOJ A; 2K7A A; 1HD3 A; 3I5R A; 1B07 A; 2DNU A; 3PVL A; 2JM8 A; 2O88 A; 1WFW A; 2J06 A; 4RTW A; 3EG0 A; 3M0T A; 4DEX A; 2ED0 A; 3SEM A; 2DF6 A; 2KE9 A; 1K76 A; 1RUW A; 2GQI A; 2GGR A; 2O9S A; 2D0N A; 2D8H A; 1TUC A; 4HVV A; 1Z9Z A; 1LCK A; 5FW9 A; 2BZX A; 2FRY A; 1BU1 A; 2JMC A; 1N5Z A; 2GNC A; 2J05 A; 3O5Z A; 3TSW A; 1IO6 A; 3NHN A; 2ABL A; 1UJ0 A; 2B86 A; 2KXD A; 2FO0 A; 2FEI A; 2DM1 A; 2JM9 A; 3KFV A; 1TUD A; 4LNP A; 1WA7 A; 5FWC A; 2C0I A; 1X27 A; 2RNA A; 2VWF A; 2DA9 A; 4X1V A; 1OV3 A; 4IIO A; 4F17 A; 2K79 A; 3FJ5 A; 1QWE A; 1UHC A; 1PRM C; 4CC7 A; 4F14 A; 1NLO C; 1JU5 C; 2K3B A; 2DYB A; 1NYF A; 3M0P A; 3VS7 A; 2H8H A; 4J9I A; 1PWT A; 4HVW A; 1AWJ A; 2LP5 A; 4OMO A; 4R0K A; 1NLP C; 4LE9 A; 1ZSG A; 1VA7 A; 1ZLM A; 2EVR A; 2HDA A; 2HEQ A; 1JO8 A; 4D8D A; 3UF4 A; 1CKA A; 1X6G A; 4J9F A; 2A36 A; 3EHR A; 2JXB A; 1AVZ C; 2K6D A; 2JT4 A; 2EQI A; 3VRY A; 1T3S A; 2L2P A; 1WXB A; 2YUN A; 2CT4 A; 4RTT A; 4Y92 A; 5IHK A; 2O9V A; 1K1Z A; 1X6B A; 2VVK A; 3M0R A; 1UUE A; 1X2Q A; 2QDL A; 5HCK A; 1M3A A; 1PRL C; 1SHF A; 1WDX A; 2LCS A; 2D8J A; 1PHT A; 2J7I A; 2OAW A; 1SHG A; 1X43 A; 2KRS A; 4WCI A; 1KFZ A; 3SHW A; 2I0N A; 4QT7 A; 2KT8 A; 4LN2 A; 3A98 A; 4JZ3 A; 1I07 A; 1QKX A; 1WLP B; 2EPD A; 4JZ4 A; 4ZNX A; 4A63 B; 5IXB A; 2EGE A; 2X3X D; 1TG0 A; 2IIM A; 2XMF A; 4ORZ A; 1YCS B; 3QWY A; 1G83 A; 2DL5 A; 4K11 A; 3EG3 A; 1SEM A; 4AFZ C; 2DIL A; 1I0C A; 2EYY A; 2FPF A; 1K0S A; 3NPF A; 2RMO A; 3M0Q A; 1UFF A; 2EYW A; 2JTE A; 4OMQ A; 4EIK A; 2RQV A; 2SEM A; 2J6F A; 2LJ0 A; 3REB B; 2LQW A; 2EYZ A; 2CH4 W; 2KT1 A; 1OPK A; 2OI3 A; 1U3O A; 2DMO A; 4DEY A; 2EKH A; 1GRI A; 3UA6 A; 2EYX A; 1NEG A; 1S1N A; 1UEC A; 2LQN A; 4Z8A A; 2KRO A; 1JEG A; 3VS2 A; 1UTI A; 1GFC A; 1WI7 A; 4JJD A; 2DJQ A; 2MCN A; 2FRW A; 2D1X A; 1H3H A; 5GJV B; 2PTK A; 1Y57 A; 1VYT A; 4GBQ A; 1UGV A; 1VYU A; 1Y0M A; 5IHN A; 2AKK A; 1UJY A; 3TSZ A; 3VS1 A; 1W70 A; 1MUZ A; 4OMP A; 1AWW A; 2GBQ A; 1M30 A; 1RI9 A; 2A08 A; 1YP5 A; 2GTJ A; 5EC7 A; 2YDL A; 3I35 A; 3IQL A; 1T0H A; 1GBR A; 3EHQ A; 1AD5 A; 4RUG A; 5I11 A; 2DL4 A; 1ABO A; 2K9G A; 2C0O A; 1UDL A; 5FWB A; 2L3Q A; 2YUQ A; 4F16 A; 2M0Y A; 4D8K A; 2CH4 A; 1M8M A; 2MOX A; 3I9Q A; 1QCF A; 1ZUU A; 3M0S A; 4FSS A; 1ZUK A; 2YT6 A; 1AEY A; 4OML A; 3UA7 A; 1E7O A; 2ECZ A; 4AG1 C; 4AG2 C; 2LNH B; 2CRE A; 4HVU A; 1BK2 A; 1K9A A; 1UG1 A; 1T0J A; 4AFU C; 3JV3 A; 3R6N A; 1NG2 A; 1AWO A; 2F2V A; 1W1F A; 3RBB B; 1X69 A; 2J6O A; 3EG2 A; 2L0A A; 2RF0 A; 4CC2 A; 1GCQ C; 3H0F A; 4LUD A; 4HCK A; 2AKL A; 2KNB B; 2K2M A; 2ENM A; 1SPK A; 3C0C A; 2YUO A; 4HXJ A; 5I22 A; 3NMZ C; 1RLP C; 1B3Q A; 4Z89 A; 5IXF A; 1ABQ A; 2P4R A; 1YN8 A; 4J9H A; 1W6X A; 3GBQ A; 4KRT A; 2VKN A; 3EG1 A; 4OMN A; 4CC4 B; 1T3L A; 1BBZ A; 2CSQ A; 1ZX6 A; 1XOV A; 2KBT A; 2DL3 A; 5ECA A; 2OJ2 A; 1VYV A; 2LX7 A; 4ESR A; 1U5S A; 2ROL A; 2JMA A; 2AK5 A; 2BZY A; 2LZ6 B; 2A28 A; 2KRN A; 2CDT A; 2LJ1 A; 3THK A; 3H0H A; 1JXO A; 3EGU A; 2FG0 A; 2L3S A; 1NYG A; 1HSQ A; 1M3B A; 1QWF A; 2AZV A; 2NWM A; 4LUE A; 1GCQ A; 1I1J A; 4GLM A; 1AZG B; 1GL5 A; 2FPE A; 2KEA A; 2CUD A; 5IHI A; 4RTU A; 4J9D A; 1ARK A; 2J6K A; 2JS0 A; 2EGC A; 2CSI A; 4IIM A; 3UAT A; 1WIE A; 1OPL A; 2DE0 X; 2YSQ A; 3REA B; 1K4U S; 2BTT A; 2HSP A; 1J3T A; 2HCK A; 3VS4 A; 2EGA A; 2MIO A; 2NUZ A; 4J9G A; 1QLY A; 1UE9 A; 1OEB A; 1NM7 A; 2HBW A; 1M3C A; 1E6H A; 1GBQ A; 2DL7 A; 1SRL A; 1KIK A; 1MV3 A; 2DRK A; 5IH2 A; 1QKW A; 3U23 A; 2PNI A; 4J9E A; 1M27 C; 3LH5 A; 2DX1 A; 5GJW B; 1NEB A; 4CC3 A; 1WXT A; 2ED1 A; 1YWP A; 1AZE A; 4JPB W; 2KGT A; 2ESW A; 4Z88 A; 2PZ1 A; 2DBM A; 1CKB A; 2LJ3 A; 4J9C A; 1H92 A; 2KXC A; 1U06 A; 1KSW A; 2LMJ A; 2F2W A; 1YNZ A; 1JXM A; 2SRC A; 2O2O A; 2O31 A; 2M51 A; 1PKS A; 4M4Z A; 1UHF A; 2KYB A; 1GFD A; 3RNJ A; 1EFN A; 1WXU A; 1OOT A; 1GCP A; 2JW4 A; 1RLQ C; 2EW3 A; 2X3W D; 1SSH A; 3VS3 A; 3H0I A; 4RTY A; 2DVJ A; 1WYX A; 3PVQ A; 1Z9Q A; 1WX6 A; 1X2K A; 1G2B A; 1HJD A; 3VS0 A; 2E5K A; 2DBK A; 1V1C A; 4RTX A; 1FYN A; 2RQR A; 4OMM A; 4RTZ A; 1JQQ A; 1BB9 A; 2RPN A; 4AFS C; 2DL8 A; 2JS2 A; 3TVT A; 4J9B A; 3VRZ A; 2RQU A; 2GTO A; 2FPD A; 1PKT A; 3I5S A; 1ZBJ A; 3CQT A; 2L3P A; 2W0Z A; 3VS5 A; 3NGP A; 2CT3 A; 4E6R A; 3QWX X; 3PE0 A; 5L23 A; 1K0X A; 2C0T A; 2G6F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C92 A; 5M9O A; 1TH7 A; 4DBF A; 3CC7 Q; 4FSX A; 3FC3 A; 2YLB A; 1ZUY A; 3M4Y A; 2QQB A; 3ULR B; 2XIC A; 3GLX A; 2AIR B; 2HNI A; 1OX8 A; 2KR3 A; 1PNJ A; 2RN8 A; 1B7T A; 2YUP A; 4OMF B; 3OYA A; 4M78 G; 3VUB A; 2AZS A; 2MF2 A; 4LDY A; 3OYD A; 2LDM A; 1E6G A; 1SRM A; 5CCA A; 3V7R A; 1FMK A; 4FM4 B; 2DTO A; 3QDF A; 5CK9 A; 1OQK A; 4JLG A; 4XTU A; 1Y7X A; 2YXY A; 1NBE B; 2F5T X; 1WFW A; 3A8O B; 2DD5 A; 4DBQ A; 4RG8 A; 1YJN Q; 5CQX A; 4DEX A; 1M2O A; 2KE9 A; 1K76 A; 2A3L A; 2VYT A; 4FYX B; 4BY6 B; 2XDB A; 2B8A A; 1UGP B; 5KCH A; 1OU8 A; 2BZX A; 2JMC A; 5A0L A; 2IVW A; 2KSS A; 2ABL A; 3GIB A; 2FO0 A; 2FEI A; 3MKD A; 3CMA T; 4BI4 A; 5FWC A; 4A4G A; 2HAX A; 2RHX A; 2C0I A; 1X27 A; 2RNA A; 3EH1 A; 4NS5 A; 2RM4 A; 2QK0 A; 1K9M R; 1OV3 A; 5GMK m; 3CPW P; 2DO3 A; 1QWE A; 4CC7 A; 2DXU A; 2M02 A; 3LW5 E; 4F14 A; 1NLO C; 1RL2 A; 4LD9 K; 2DYB A; 1I81 A; 4LXC A; 3VS7 A; 2E6Z A; 3CCJ A; 4FT2 A; 1M4Z A; 1VQM Q; 4Y91 A; 2XDP A; 4HVW A; 4PK4 A; 3EAE A; 4OMO A; 5IN1 A; 1ZLM A; 2HEQ A; 3G71 T; 1VQL Q; 1EX4 A; 2K5L A; 4A4H A; 3OYF A; 3M54 A; 4ANJ A; 5GAO r; 3QYG B; 4J9F A; 1AVZ C; 2BKD N; 4RCB A; 5KYX B; 1S72 A; 2IG0 A; 2YUN A; 1YJ9 T; 1BKB A; 4Y28 E; 5IHK A; 2O9V A; 5KYX A; 5GAN 4; 1K1Z A; 2VB6 A; 1N27 A; 1Q7Y U; 1SHF A; 5KYW B; 2Y4X A; 1K73 C; 1Q7Y R; 4N0A A; 5KYW A; 3C12 A; 2DD4 A; 1VQK Q; 1VQ9 Q; 2WSC E; 1QP3 A; 3SB2 A; 3OSV A; 3VV0 A; 4KBM B; 2K5F A; 3CC2 T; 2LT4 A; 1KD1 C; 4JZ3 A; 1QQJ A; 1I07 A; 3QG1 A; 1Y07 A; 1R8O B; 5HY6 A; 4PJO D; 4ELY C; 2IIM A; 5FU7 C; 4M7D B; 1VQO A; 2MK5 A; 4K11 A; 3A8H B; 5FRO A; 1SEM A; 2DFU A; 3VKI A; 3CD6 T; 2DIL A; 2NYS A; 2COY A; 9ATC B; 3ME9 A; 3NPF A; 2JNG A; 5I2S A; 2QGF B; 1UFF A; 4OMQ A; 4EIK A; 2GFA A; 3M5A A; 2NUT B; 1M1F A; 2CH4 W; 2WSE E; 1MMA A; 4C8Q F; 2XG8 D; 2NUT A; 5J3B A; 3GNF B; 4DEY A; 2EKH A; 3GOX A; 3JB9 G; 1NEG A; 3BFM A; 1S1N A; 4Z8A A; 3S3N A; 1TOV A; 1M5Q 1; 3A1P A; 1K8A C; 3M53 A; 1GFC A; 3CCS T; 2MCN A; 3A5Z B; 3M59 A; 1H3H A; 4IUQ A; 5GJV B; 1KD1 U; 2AHJ B; 3CCM A; 1QMC A; 4E47 A; 1WZO A; 4FW2 A; 4GBQ A; 3P8B B; 3CCE T; 3FJP A; 1Y0M A; 1PSE A; 2LTO A; 3PFS A; 1QVG A; 4A4K A; 5LL6 S; 3VS1 A; 1P92 A; 2V26 A; 2H3J A; 4ZGE B; 4C0D B; 5C0M A; 1M30 A; 1RI9 A; 1YP5 A; 3I35 A; 4BDZ A; 4DBR A; 4M78 B; 3LH0 A; 2OAU A; 2KI7 A; 2RHY A; 3AT1 B; 2EQU A; 2QTX A; 3QSU A; 1BI0 A; 5FWB A; 4HCC A; 5I21 A; 3X20 B; 3MP6 A; 4M7A E; 2M0Y A; 3L42 A; 5D6W A; 2EFI A; 1W2B S; 2MOX A; 1ZUU A; 3M0S A; 4ME7 A; 1X75 C; 4ZN1 A; 3MP1 A; 3CME Q; 4XU3 A; 4OML A; 4A4F A; 4F04 B; 4MZP A; 3UA7 A; 3CCU A; 1E7O A; 3JCM X; 4C92 D; 2VUB A; 1VQ5 A; 3JCM P; 4NL2 A; 1KK7 A; 2LNH B; 3RIR A; 2P0Q A; 1BK2 A; 1K9A A; 4AFU C; 2XID A; 4M75 E; 3JV3 A; 1TXQ A; 3OYC A; 1X69 A; 2KDS A; 4BI3 A; 2L0A A; 3MPU B; 1VQ8 Q; 4CC2 A; 3H0F A; 4DOV A; 1IGU A; 4C0G A; 2EIF A; 2KNB B; 2KY9 A; 1D0X A; 2DJZ A; 4PFZ A; 4OVA A; 4Z89 A; 5AYF A; 4R55 A; 4FU6 A; 4J9H A; 4KRT A; 2VKN A; 5CKH A; 4E7S A; 1SG5 A; 4OMN A; 1BBZ A; 1ZX6 A; 5GMK i; 4M77 E; 4EMK A; 5ECA A; 3HKS A; 5L8R E; 2HQE A; 1B34 B; 1LVK A; 2LX7 A; 5GMK h; 1U5S A; 2ROL A; 1RAB B; 5KYU A; 3SWN C; 1B34 A; 2LZ6 B; 2CDT A; 3TU4 K; 3EFS A; 2JJ9 A; 4X9D A; 3E1S A; 4B9X A; 4ZTF A; 5J26 A; 1HSQ A; 1M3B A; 3CCJ T; 1RAC B; 3CXC P; 4NOY A; 4GLM A; 4LDW A; 2RHI A; 5GMK j; 4PJL A; 2CUD A; 1QVF P; 4RTU A; 2J6K A; 2JS0 A; 4HT9 A; 4IIM A; 3UAT A; 1RAD B; 2DE0 X; 2BTT A; 2HSP A; 1I8F A; 3VS4 A; 3JAM E; 3TEE A; 2DET A; 1YI2 A; 3LYI A; 5GAN 7; 3QJY A; 1OEB A; 2HBW A; 1GBQ A; 2DL7 A; 1MHN A; 1MV3 A; 1KIK A; 3A8M B; 5IH2 A; 1N8R U; 2PNI A; 1UGS B; 3CPW S; 1S72 T; 5GJW B; 2HBP A; 4CC3 A; 4PJO F; 2VXE A; 1N8R R; 4JUV A; 2HL3 A; 2DXC A; 1IRX A; 2MWP A; 2LJ3 A; 5GAO l; 3P8D A; 4J9C A; 3MO8 A; 1RAH B; 3BE3 A; 4QVZ A; 3MET A; 1OI1 A; 2F2W A; 1YNZ A; 1JXM A; 5A2Q E; 2O2O A; 2K5I A; 4KT0 E; 1QCN A; 2M51 A; 1ZHI A; 1HYO A; 2PVO B; 3C4S A; 3RNJ A; 4FW1 A; 1EFN A; 2DVE A; 2F1L A; 4OF1 A; 1KQ2 A; 5HKC A; 4IUV A; 4XTX A; 3CCL A; 2MI6 A; 1VQO T; 2JW4 A; 2X3W D; 1R77 A; 4RG2 A; 1SF9 A; 1VIF A; 1YFN A; 3CCR A; 4B9W A; 4C5H A; 3SDZ A; 3PVQ A; 5CKF A; 4LD6 A; 3QKJ A; 1RAA B; 4M75 C; 4RTX A; 4F7U E; 2KK4 A; 1C1A A; 6AT1 B; 2HD0 A; 2RQR A; 4RTZ A; 1JQQ A; 3TVT A; 5GAO p; 3VRZ A; 2GTO A; 2FPD A; 1PKT A; 1OZ2 A; 3L1A A; 4YTL A; 2M16 A; 3I5S A; 1OZ3 A; 2DXB A; 4M7D D; 3VS5 A; 5FU6 C; 3G6E A; 3VYH B; 4E7J A; 1WHK A; 2QQA A; 2RH2 A; 3QWX X; 1K0X A; 2I2L A; 3EHR A; 2YDL A; 1OX9 A; 2BZ8 A; 3CCM T; 2E3I A; 2RA2 A; 4ZGJ B; 2DKG A; 4KUD K; 2MMP A; 4M77 C; 1YWO A; 4IUR A; 1KJW A; 4BAC A; 2KYM A; 2Y90 A; 3MJX A; 2LX9 A; 4XQ3 A; 3OW2 P; 1VOM A; 2ROT A; 2W10 A; 4C92 F; 3H41 A; 4FIB A; 2F2X A; 1TS9 A; 2EBP A; 4PJO A; 1LPL A; 2DLP A; 3QJ6 A; 1AOJ A; 3I56 A; 2HZY A; 3EG9 B; 3PVL A; 1C6V X; 1LOJ A; 3PIP A; 2O88 A; 4RTW A; 3KUF A; 4BUG A; 2OTJ A; 3M0T A; 4DQ2 A; 3WVE B; 3SEM A; 2MAM A; 1QP2 A; 2KAF A; 2GGR A; 4C0F A; 5EG2 A; 3CMA Q; 4MZM A; 4PL6 A; 4CRI A; 2D8H A; 3CCU T; 2BE9 B; 4M78 D; 1TUC A; 2ZPF B; 4HVV A; 1Z9Z A; 1LCK A; 3P8H A; 1WQ7 A; 1VQ5 T; 2X4X A; 4J7F A; 2E3H A; 3PIO A; 2GNC A; 3O5Z A; 2A7Y A; 4TVR A; 3CBO A; 5FU7 B; 4DBH A; 4XK8 E; 4L5G A; 1WA7 A; 1JJ2 A; 1HXD A; 2XDD A; 3E9G A; 1MMD A; 2VWF A; 4PKC C; 2PVG B; 1UHC A; 2VGN A; 1BIB A; 3R6O A; 1DJ7 B; 2XKO C; 3V8L A; 3G71 Q; 2H8H A; 3DB4 A; 4PLI A; 3L2V A; 1NLP C; 4LE9 A; 4GY5 A; 4C8Q C; 1VA7 A; 2DTH A; 3H6Z A; 3RKW A; 2EVR A; 2P0K A; 1YJ9 Q; 1JO8 A; 4V2S A; 4PJM A; 2O4X B; 4A53 A; 2A36 A; 1QVP A; 4M75 G; 2JXB A; 3OS2 A; 2K6D A; 4D6W A; 2EQI A; 2CZ7 B; 2L2P A; 1WXB A; 4N4I A; 3RUX A; 4QVC A; 1MGQ A; 4Y92 A; 4CI0 C; 2QI2 A; 1M2V A; 1X6B A; 1UUE A; 3HTR A; 3LGF A; 3CC2 Q; 1V76 A; 1PRL C; 1YHQ A; 4MDX A; 1OU9 A; 4B6M A; 2OAW A; 1SHG A; 1X43 A; 2GF7 A; 2KRS A; 4AT1 B; 1M8V A; 1YI2 T; 3CBM A; 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