The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
76
|
structure length |
76
|
Chain Sequence |
GSSGSSGEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLHERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Rho GTPase-activating protein 4
|
| publication title |
Solution structure of SH3 domain in Rho-GTPase-activating protein 4
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
5
|
| structure length |
76
|
| sequence length |
76
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6F A; 2M51 A; 1JO8 A; 1HSQ A; 3VS3 A; 2KT8 A; 1VA7 A; 1UUE A; 2JMA A; 5IH2 A; 2LJ1 A; 1MUZ A; 3VS4 A; 2PNI A; 1T3L A; 2EW3 A; 2KE9 A; 3VS1 A; 1AOJ A; 1J3T A; 2YT6 A; 3M0T A; 2DRM A; 2GTJ A; 2DL7 A; 2O31 A; 2ESW A; 4HVV A; 3VS6 A; 1BU1 A; 4CC3 A; 2F2X A; 2ROT A; 2JW4 A; 1E7O A; 5GJW B; 1WXU A; 3UA6 A; 4AG2 C; 1N5Z A; 4J9D A; 2CRE A; 4J9B A; 4RTU A; 2J7I A; 4F14 A; 4FSS A; 1Z9Z A; 3UAT A; 1AWX A; 3RBB B; 1UE9 A; 2CT3 A; 2JTE A; 1A0N B; 2O2O A; 1YP5 A; 2HSP A; 4OML A; 1X6G A; 5L23 A; 2O9V A; 1S1N A; 4OMQ A; 1OV3 A; 4CC4 B; 1M8M A; 2LQN A; 1RI9 A; 1PKT A; 2O9S A; 1GL5 A; 4HXJ A; 4DEX A; 2EGA A; 2CSI A; 4LUE A; 2MOX A; 2EBP A; 2A37 A; 2KYM A; 2KRO A; 1YWO A; 1GBR A; 2EYW A; 5FWB A; 1K0S A; 1NM7 A; 2FPE A; 4J9F A; 2EGE A; 4GBQ A; 1V1C A; 4KRT A; 2EKH A; 1QLY A; 3A98 A; 3I9Q A; 1MV0 B; 2BTT A; 2DM1 A; 1ZUU A; 2KRN A; 1HJD A; 1TUD A; 2LCS A; 1ZUK A; 1TG0 A; 2CH4 A; 4RTW A; 1AZG B; 2EPD A; 4R0K A; 3NHN A; 3FJ5 A; 1JQQ A; 1K4U S; 1UJY A; 2D0N A; 1GBQ A; 1X43 A; 4OMN A; 2W10 A; 2JM8 A; 2AK5 A; 2ROL A; 4LE9 A; 4J9C A; 3UA7 A; 1I07 A; 2AKL A; 4JJB A; 1X69 A; 2E5K A; 3TVT A; 4HVW A; 1M3C A; 1T3S A; 1RUW A; 4AFZ C; 4OMO A; 1UG1 A; 1VYT A; 2DBK A; 2DVJ A; 2DBM A; 5HCK A; 1WFW A; 1SHF A; 3NMZ C; 1IO6 A; 2KT1 A; 1GRI A; 1RLQ C; 2K9G A; 1NG2 A; 2CDT A; 4JJC A; 2KEA A; 2MCN A; 4RUG A; 4RTZ A; 2I0N A; 2OAW A; 2DL8 A; 3CQT A; 2G6F X; 4RTT A; 2DF6 A; 1WYX A; 3PVL A; 1QWE A; 2LMJ A; 1YWP A; 2MIO A; 2BZY A; 1GFD A; 3TSZ A; 4GLM A; 1NLP C; 1BK2 A; 3VS2 A; 3I5R A; 1B07 A; 2L3Q A; 1H8K A; 1KSW A; 2LJ3 A; 5GJV B; 1H3H A; 4AFU C; 2YUN A; 2EYX A; 3QWY A; 1X2Q A; 3H0H A; 1AEY A; 2SRC A; 1Z9Q A; 5FW9 A; 5FWC A; 2B86 A; 2FRW A; 3KFV A; 4J9E A; 2YDL A; 1GFC A; 1TUC A; 1SPK A; 2EGC A; 4ORZ A; 4J9H A; 1ARK A; 1LCK A; 2AZS A; 3REB B; 5IXF A; 2J6O A; 2RNA A; 2K7A A; 2L3P A; 3H41 A; 2QDL A; 2GNC A; 2CT4 A; 1K0X A; 1SEM A; 4Z88 A; 3SEM A; 4LUD A; 2HDA A; 4JPB W; 2DRK A; 4CC2 A; 2GQI A; 1U5S A; 1CKB A; 1X6B A; 3REA B; 4EIK A; 2W0Z A; 3M0R A; 3I35 A; 2ABL A; 4Z8A A; 1Y0M A; 1PHT A; 1YNZ A; 2C0T A; 4F17 A; 1PRM C; 1U3O A; 2JT4 A; 2CSQ A; 3H0F A; 1UJ0 A; 1MV3 A; 1UTI A; 1SSH A; 2DMO A; 2BZ8 A; 2IIM A; 4E6R A; 1SRM A; 1E6H A; 1OEB A; 1WLP B; 2RMO A; 3M0S A; 2LZ6 B; 3EHR A; 1AWW A; 3O5Z A; 3U23 A; 2HEQ A; 2FG0 A; 3ZL7 C; 5I22 A; 4A63 B; 2EYY A; 1PWT A; 1FYN A; 1WXT A; 4LN2 A; 4K11 A; 3LH5 A; 1YCS B; 4IIM A; 2H8H A; 1UGV A; 1X27 A; 3PE0 A; 1SHG A; 2KXC A; 2GGR A; 3NPF A; 2KRS A; 2CUD A; 1K1Z A; 2M0Y A; 1RLP C; 2FEI A; 3VRY A; 4RTY A; 4RTV A; 4ESR A; 1AVZ C; 2RQW A; 3EG1 A; 1K76 A; 2ECZ A; 2JXB A; 2PTK A; 4JZ4 A; 1KFZ A; 3TSW A; 4X1V A; 1UEC A; 2OI3 A; 2YUP A; 1BBZ A; 2K6D A; 1W6X A; 4LNP A; 2VVK A; 4JJD A; 2J05 A; 3VS5 A; 2D8H A; 1AD5 A; 4DEY A; 3UF4 A; 2KRM A; 1WDX A; 1AZE A; 2L2P A; 1M27 C; 1T0J A; 3NGP A; 2RN8 A; 2JM9 A; 2PZ1 A; 2LX7 A; 2LNH B; 4OMM A; 2EQI A; 3RNJ A; 1WIE A; 2AZV A; 5EC7 A; 1CSK A; 1ZSG A; 2YSQ A; 2KBT A; 2KXD A; 3PVQ A; 4AFQ C; 1UFF A; 2V1R A; 2FRY A; 3EG2 A; 1ZLM A; 2CH4 W; 1ZUY A; 2C0I A; 4Y92 A; 1WX6 A; 1UHC A; 1ZX6 A; 2X3W D; 3GBQ A; 2C0O A; 2KNB B; 2CUB A; 4HVU A; 1Y57 A; 1ABQ A; 4AG1 C; 3IQL A; 5ECA A; 3THK A; 2RQU A; 2A28 A; 1OPL A; 5I11 A; 2A36 A; 4J9G A; 1OPK A; 2DA9 A; 1T0H A; 4AFS C; 3M0P A; 2EVR A; 2GTO A; 1M30 A; 3VS0 A; 1WI7 A; 3VS7 A; 1I1J A; 3ULR B; 2JS2 A; 4RTX A; 1SRL A; 2HCK A; 1JEG A; 2X3X D; 1NEB A; 2J6K A; 1FMK A; 2KYB A; 2RQV A; 4OMP A; 1AWJ A; 2D8J A; 1GCQ A; 1JU5 C; 2DL5 A; 1AWO A; 2ED0 A; 1EFN A; 5IXB A; 5IHK A; 3R6N A; 1QKW A; 1W70 A; 2DLP A; 1E6G A; 1K9A A; 1QCF A; 2F2V A; 2J06 A; 2YUQ A; 3EGU A; 1OOT A; 1NLO C; 1ABO A; 2LQW A; 2A08 A; 1WA7 A; 2LJ0 A; 1GCQ C; 2RF0 A; 4CC7 A; 3C0C A; 4M4Z A; 2DE0 X; 3EG0 A; 1ZBJ A; 1NEG A; 1HD3 A; 1G2B A; 2DJQ A; 2FO0 A; 2GBQ A; 1UHF A; 2FPF A; 5IHN A; 4WCI A; 2EYZ A; 1CKA A; 3QWX X; 1UDL A; 2XMF A; 1QKX A; 2ED1 A; 1YN8 A; 2V1Q A; 1M3B A; 1W1F A; 4D8K A; 2K2M A; 1VYV A; 1WXB A; 3EHQ A; 1M3A A; 2DNU A; 2P4R A; 4JZ3 A; 3JV3 A; 2NWM A; 1JXM A; 1NYG A; 2DX1 A; 1QWF A; 2LP5 A; 4ZNX A; 2VKN A; 4J9I A; 2NUZ A; 2ENM A; 4IIO A; 4D8D A; 2HBW A; 2DIL A; 2FPD A; 2VWF A; 2K3B A; 3I5S A; 1U06 A; 2BZX A; 1I0C A; 1X2K A; 1BB9 A; 3M0Q A; 5IHI A; 1VYU A; 2RQT A; 2RPN A; 2AKK A; 2JMC A; 3EG3 A; 4QT7 A; 1JXO A; 1PKS A; 4Z89 A; 1PNJ A; 3VRZ A; 3H0I A; 2F2W A; 2OJ2 A; 2L0A A; 2DL4 A; 1XOV A; 1PRL C; 2K79 A; 3M0U A; 1H92 A; 2DL3 A; 2SEM A; 2RQR A; 2DYB A; 2JS0 A; 4HCK A; 1NYF A; 2O88 A; 3SHW A; 1B3Q A; 2L3S A; 2YUO A; 1KJW A; 2KGT A; 1GCP A; 4F16 A; 1G83 A; 1KIK A; 2KR3 A; 2D1X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J6F A; 1FMV A; 3AT1 B; 5A0D A; 3OMC A; 2DEU A; 4MDW A; 3OY9 A; 2KT8 A; 4L6V 5; 2E10 A; 2RO0 A; 3CCU A; 3BW1 A; 3WXM B; 2HAX A; 4HCC A; 2JOY A; 1Q86 U; 4M77 F; 2QEX Q; 1MMA A; 2DRM A; 1K8A U; 1IGU A; 1X6O A; 3VS6 A; 3V8J A; 5IT9 E; 2P0K A; 3QSU A; 4LDW A; 2ROT A; 1E7O A; 5GJW B; 4M75 F; 2JVV A; 4RTU A; 4HA8 A; 4EPC A; 1QCO A; 1V29 B; 4C8Q B; 1AWX A; 2CT3 A; 2JTE A; 2DZC A; 2LQ8 A; 4FIB A; 2V8K A; 4M75 A; 1LPL A; 3I56 T; 3EG9 B; 4NL3 A; 2HSP A; 4BI4 A; 2QYZ A; 1OV3 A; 1MNE A; 4M7D F; 1M8M A; 1EZZ B; 1IGQ A; 2KSS A; 1N8R R; 1GL5 A; 3I56 Q; 1VQ6 Q; 1K73 C; 3MEV A; 1D0Z A; 1H64 1; 4ME7 A; 1LVK A; 3SB2 A; 2DD4 A; 3JCM e; 3UWN A; 3TRE A; 4PJO E; 2KYM A; 2FHD A; 4ANJ A; 3G4S T; 4FU6 A; 3JB9 H; 2LQK A; 2KK4 A; 2DM1 A; 2ZPB B; 3G4S Q; 4J83 A; 1HJD A; 2LCS A; 2E3I A; 3OSS C; 3H9N A; 3MEW A; 2EPD A; 2RM4 A; 3OBY A; 3C95 A; 4ZN1 A; 2CP2 A; 4IUQ A; 4M7A E; 1VQN Q; 2D0N A; 4A4F A; 2MWO A; 5GAN 5; 1X43 A; 4N0A C; 1WQ7 A; 1I5O B; 1VUB A; 2JM8 A; 3ASK A; 4J8O A; 4X9C A; 2M0O A; 5CVI A; 3UA7 A; 1I07 A; 2AKL A; 4JJB A; 4L59 A; 2LCL A; 2E5K A; 4PFZ A; 1RI0 A; 1M3C A; 1T3S A; 3GNF B; 4AFZ C; 1VYT A; 5GAO p; 2KMT A; 3EH1 A; 3NMZ C; 1IO6 A; 1Q82 R; 3OW2 P; 1I81 A; 1RLQ C; 2PVG B; 2RHU A; 2KEA A; 2DO3 A; 1YJW A; 2G6F X; 2DXB A; 3I56 A; 4DOW A; 2DF6 A; 3JB9 D; 1IHV A; 2PQW A; 3A8G B; 3JCM f; 1GFD A; 5GAN e; 1BK2 A; 3VS2 A; 3I5R A; 4RCC A; 1KSW A; 1FX7 A; 3X24 B; 1H3H A; 3MET A; 4M78 G; 2DD5 A; 5LJ5 f; 3QWY A; 1AEY A; 2SRC A; 5CAI A; 2LNV A; 2IVW A; 2LT1 A; 3G4S A; 1R0C B; 1SPK A; 1XQH A; 4PLI A; 2RHX A; 4XTW A; 5IXF A; 2J6O A; 2RNA A; 1K9M R; 3Q1J A; 4J6W A; 2GNC A; 1VQM Q; 2ZPI B; 4ZGJ B; 8AT1 B; 4PJO C; 2HDA A; 4JPB W; 3SFM A; 4F7U B; 2OTJ T; 4CC2 A; 2GQI A; 1U5S A; 3M0R A; 1ZSZ A; 3I35 A; 2F5K A; 3PFS A; 4F17 A; 1U3O A; 3H0F A; 5GAM g; 3UT1 A; 3QII A; 2OTJ Q; 2CZ0 B; 1E6H A; 4C5I A; 3M0S A; 4C92 E; 2X9H A; 3EGD A; 2XD0 A; 4FYY B; 5LJ3 d; 3MEA A; 5GAN f; 4M7A C; 4BB7 A; 5LJ5 h; 3CMA T; 1QMC A; 1RAF B; 2Y4Y A; 3MP1 A; 3OYG A; 1PSE A; 2M16 A; 2M0Y A; 3CMA Q; 4IUV A; 5GAO q; 1N8R U; 2XK0 A; 4X34 A; 1M90 C; 2KAF A; 4RTY A; 3L2Q A; 4ESR A; 4QKU A; 3EG1 A; 1ZSZ B; 4AMC A; 2E6N A; 1W4S A; 4JZ4 A; 4MZP A; 3CXC S; 4UC4 A; 4PLL A; 1WJS A; 2QQB A; 2YUP A; 3ZBD A; 3X28 B; 3J7A F; 2BE7 D; 2O4X B; 1Y96 A; 2VVK A; 3EGD B; 1NZ9 A; 1AD5 A; 5FU6 C; 1ACM B; 4BE1 A; 5LJ3 h; 1T0J A; 4ZTF A; 2KI7 A; 2LX7 A; 4OMM A; 2EQI A; 5KYX A; 2Y90 A; 3VUZ A; 3RNJ A; 1WIE A; 4KH0 B; 3CCQ T; 1CSK A; 3V8K A; 4E2F B; 1VQK Q; 2V1R A; 3FLG A; 4JS5 A; 3EG2 A; 3QHS A; 3CCQ Q; 2P0P A; 1ZUY A; 3GP8 A; 4LDV A; 4OMF B; 2MPX C; 1OZ3 A; 1G8X A; 1NJI C; 1Q82 U; 4OP0 A; 2X3W D; 3GBQ A; 1KQS P; 2HQX A; 3BY7 A; 2ZZD A; 2DXC A; 3CPW A; 4AG1 C; 3IQL A; 3UDC A; 3HRU A; 3JCM X; 4M78 F; 4MMK A; 1WHG A; 4PFO A; 4P5N A; 2DA9 A; 2QDY B; 3NTI A; 3SWN C; 1Y96 B; 2EJ9 A; 4AFS C; 2F69 A; 2EVR A; 4FYV B; 2XG8 D; 2QGF B; 1M30 A; 3VS0 A; 1WI7 A; 4OB2 B; 1XJW B; 3VS7 A; 4Y91 A; 1KC8 R; 3LWH A; 1I1J A; 4C5G A; 4M78 A; 2KQW A; 4JRK A; 2X3X D; 5KYN A; 2VUB A; 2J6K A; 3EFR A; 2KYB A; 1MHN A; 4FCY A; 2WAC A; 3JCM g; 3OA6 A; 3WVD B; 3NFC A; 3A8M B; 4PNO A; 2YHT A; 2DLP A; 4M77 C; 4ATO A; 4OGE A; 1K9M U; 2F2V A; 4B6M A; 2LRQ A; 1DJ7 B; 2LQW A; 1WA7 A; 3P8D A; 3G71 Q; 2HKQ B; 5KH6 A; 1NEG A; 9ATC B; 1HD3 A; 2GBQ A; 2FPF A; 3G6E T; 4WCI A; 3H6Z A; 4J5Y A; 5HKC A; 1TSF A; 1HK9 A; 3QWX X; 3CCE T; 1UDL A; 2XMF A; 1QKX A; 1YN8 A; 2P84 A; 5GAO m; 5CQY A; 1U1T A; 2YRC A; 3CCQ A; 2PVD B; 4XAX B; 3OYL A; 1W2B P; 3G6E Q; 1QW1 A; 2NWM A; 4RG8 A; 3LH0 A; 3L2Z A; 3CCE Q; 2LP5 A; 2E41 A; 4ZNX A; 4M7D C; 4OB1 B; 4C8Q G; 4D8D A; 1SG5 A; 3A8O B; 1RAB B; 3I5S A; 4BDZ A; 4KUI A; 1U06 A; 4PJO D; 1F1B B; 5A2Q E; 1ZBX A; 4FYW B; 1BB9 A; 1UGR B; 2R58 A; 5DLQ E; 4JJN K; 4NOY A; 3TQ7 P; 1Q86 C; 2DER A; 4E7K A; 2EJG A; 3OYH A; 2NYS A; 5CKD A; 5GAN g; 2M02 A; 1PKS A; 4QT7 A; 5DM7 R; 4Z89 A; 1PNJ A; 3VRZ A; 1LOJ A; 4N4H A; 5FRO A; 3JCM b; 1K8A C; 2MK5 A; 1KQS S; 2WSE E; 1PRL C; 4RKU E; 1Q95 G; 1Q81 C; 4M7A D; 1KQ2 A; 2QXF A; 4HCK A; 1NYF A; 3MHX A; 4V2S A; 2YUO A; 1IRX A; 1GCP A; 4BAC A; 2HKN A; 1KIK A; 2KR3 A; 2D1X A; 3TU4 K; 2M51 A; 1QVF S; 5I2M A; 1IB8 A; 2QAS A; 1JO8 A; 3VS3 A; 2LVM A; 1M5Q 1; 1YBY A; 1VA7 A; 2GF7 A; 3V7S A; 1FMW A; 1MUZ A; 2PNI A; 2QQR A; 1WPY A; 4XTU A; 4JRQ A; 1KK7 A; 1IZ6 A; 3LX7 A; 3CCE A; 2O31 A; 2ESW A; 3PIO A; 4CC3 A; 1WJR A; 2QQA A; 1N9R A; 5HK3 A; 1WXU A; 2A3L A; 1U1S A; 2XU8 A; 3MEU A; 3DB4 A; 1R77 A; 5M9O A; 3RBB B; 3PTA A; 2F5T X; 1I8F A; 5CQX A; 4OML A; 1X6G A; 1BCO A; 5L23 A; 4OMQ A; 5L8R E; 1W2B S; 4N4I A; 2K57 A; 3CCU T; 2HSE B; 1Y71 A; 1VQL T; 2E1H A; 3OS0 A; 5GMK j; 2GCX A; 1KC8 U; 4DEX A; 2MYS A; 3E19 A; 2EJF A; 2XHC A; 4LUE A; 3CCU Q; 3OYE A; 2DKG A; 2MOX A; 3RES A; 2EBP A; 1RAH B; 2L8D A; 3CME T; 2CYZ B; 1GBR A; 3M56 A; 5KYY A; 2FPE A; 4J9F A; 2FL7 A; 2PUO B; 4GBQ A; 3RDV A; 3CCM T; 4KRT A; 2EKH A; 1QLY A; 3A98 A; 3LWI A; 3CME Q; 1ZUU A; 4LD6 A; 3CCL A; 1ZUK A; 3GIB A; 2R57 A; 2F1L A; 3ME9 A; 4F7U G; 4C92 D; 3CPF A; 4R56 A; 2CZ6 B; 4R0K A; 2K2V A; 2HNI A; 1U8R A; 2RJC A; 2V8J A; 1GBQ A; 3MP6 A; 5J3B A; 2QQ9 A; 2D9T A; 2AK5 A; 5AYF A; 3URG A; 2PVO B; 4HKE A; 3CBM A; 3FEO A; 4C8Q F; 3BFM A; 2DXU A; 4LE9 A; 4A4H A; 4M7A B; 1OX8 A; 5C6S A; 1X69 A; 4KUD K; 1RUW A; 4OMO A; 2DBM A; 1WFW A; 3S3M A; 4MML A; 1SHF A; 4C8Q A; 2Y4X A; 2K3X A; 3M59 A; 1JJ2 S; 1OI1 A; 2K9G A; 4JJC A; 2MCN A; 3A1P A; 4RTZ A; 4DBH A; 4FW1 A; 3RUX A; 3CQT A; 4QVZ A; 1WYX A; 1PG5 B; 3TSZ A; 5GAM d; 1NLP C; 5GMK l; 1B07 A; 1VQL A; 2K5F A; 3KBG A; 1UGS B; 4GLK A; 4J7F A; 3TEE A; 2DXT A; 1M9S A; 1XNI A; 5FWC A; 3DLL A; 1RAI B; 3CME A; 3QJ6 A; 2B86 A; 4C92 A; 5FU6 B; 5GAN 3; 1TUC A; 1G3Y A; 4ORZ A; 2YLB A; 1R0B G; 3J80 E; 2R5A A; 3CCM A; 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