The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVECVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Nucleotide-Dependent Substrate Handoff from the SspB Adaptor to the AAA+ ClpXP Protease.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
26
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| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUL A; 1OU8 A; 2QAS A; 1ZSZ A; 2QAZ A; 1OX9 A; 1OU9 A; 1ZSZ C; 1ZSZ B; 2NYS A; 1TWB A; 1OX8 A; 1YFN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RJF A; 2LJ1 A; 2LT4 A; 1M2V A; 4WF2 A; 3JB9 I; 5CIU A; 2CUB A; 4PFZ A; 1YI2 A; 4OB1 B; 2JNG A; 4EMG A; 1U06 A; 2LTO A; 2YLC A; 2COZ A; 2K3X A; 4A63 B; 1VQ6 T; 2DER A; 3VKI A; 4KGZ B; 5GAM f; 2E70 A; 3J81 E; 2GQI A; 3CXC S; 5LJ5 e; 1VQO Q; 2K4Y A; 4MMK A; 3VS5 A; 1VQP T; 2R58 A; 4M7D G; 2QGG A; 4N4G A; 3I5S A; 2ZGW A; 5I2S A; 1JRI A; 2FEI A; 3T9N A; 4BD3 A; 1KFZ A; 2F1L A; 1VQL Q; 1Q7Y R; 3NPF A; 1V76 A; 2DXB A; 1VQ8 T; 1R8O B; 1PM3 A; 1IB8 A; 2E6Z A; 1B07 A; 5ECA A; 3BW1 A; 4M75 C; 1HK9 A; 2D9T A; 3S6W A; 4OP0 A; 2HAX A; 3A1P A; 1ZBX A; 2KY9 A; 2QTX A; 5A0L A; 5CKD A; 1OQK A; 2RHY A; 1YJ9 Q; 2HD0 A; 3VU3 C; 2CGH A; 3I35 A; 3QSU A; 2CT3 A; 2HSP A; 2WAC A; 3MHX A; 3G71 Q; 2DJQ A; 2OAU A; 1K73 C; 3SWN C; 3OBW A; 3G1J A; 2GQV A; 1WHH A; 2VGN A; 2JM9 A; 3E9F A; 4HVW A; 1UGP B; 3BDL A; 3JB9 G; 2K3Y A; 1UUE A; 2OTJ Q; 3L42 A; 3I56 T; 4C5I A; 2JMC A; 4XTX A; 5GAN d; 4ELZ C; 1AHJ B; 3CC7 A; 5FLX E; 3KFV A; 2E4H A; 4XU1 A; 3E2U A; 1M8V A; 2HBW A; 1FXX A; 4JLI A; 3CMA T; 3NTK A; 1UGR B; 3IQL A; 2BZX A; 4D8K A; 2JN0 A; 1VQK A; 1OU9 A; 4R0K A; 3H0I A; 4JJD A; 1OOT A; 1YI2 Q; 3BFM A; 3X24 B; 4XAX B; 1F1B B; 2EW3 A; 4PJO G; 2DVE A; 2HL3 A; 3GF5 A; 4M75 B; 3C12 A; 3MKD A; 3EGX A; 2ED0 A; 1MUZ A; 1NLP C; 2M1H A; 2LJ0 A; 3FC3 A; 1PD1 A; 1WXB A; 2QEX A; 4J9H A; 3H0F A; 2ROT A; 3EG3 A; 4C0G A; 2PU9 B; 3ASK A; 3MCA B; 9ATC B; 2Y4X A; 3HFN A; 5CKH A; 1MV0 B; 3SWN B; 2RA2 A; 2DAQ A; 2L3S A; 5D6Y A; 2M9U A; 1UFF A; 3RIR A; 2J6F A; 2DK3 A; 1IGQ A; 1IGU A; 2LC4 A; 1TU0 B; 1PSE A; 1CSK A; 1BBZ A; 3R6N A; 4DOW A; 3GNG A; 1G3T A; 2JOY A; 4A4G A; 2LJ3 A; 1M3A A; 5I22 A; 1JJ2 S; 4QW2 A; 3C0C A; 4LD9 K; 4C8Q F; 4PFO A; 2XI9 A; 4IIM A; 2E5K A; 5L8R E; 2RJD A; 4E7I A; 2P0Q A; 4RG8 A; 1W2B A; 2KRN A; 1E7O A; 2RO0 A; 4E6R A; 4M77 A; 2VGM A; 2EJ9 A; 2W10 A; 4HXJ A; 4DBQ A; 1ZUY A; 1VQ4 A; 1K8A U; 5FWB A; 3JCM b; 1M90 C; 3V7R A; 1AWJ A; 3HSB A; 1G3Y A; 1K0X A; 3CC2 Q; 1NM7 A; 5GAN e; 2A3L A; 1T0H A; 3A98 A; 4GY5 A; 3CC7 Q; 3G4S T; 4GBQ A; 1D3B B; 1D0Z A; 2KSS A; 1SG5 A; 2X4J A; 3MPU B; 3PFS A; 5HK0 A; 5FWC A; 2DM1 A; 1KQS P; 1QVG A; 3PE0 A; 3H0H A; 2LQK A; 5GAN j; 1UB4 A; 3CCV A; 5GMK e; 2COW A; 5GJV B; 3BE3 A; 2HNI A; 1VIF A; 1EFN A; 4PK4 A; 1GBQ A; 1H64 1; 1QKX A; 4J6X A; 2DYI A; 2X4X A; 1LVK A; 4C8Q D; 2E3I A; 5FW9 A; 5GAO l; 3CPW A; 2GFA A; 2FL7 A; 2PNI A; 1OPK A; 4XTY A; 5GMK j; 1PKS A; 3JB9 H; 2F2V A; 4UC4 A; 4M78 C; 2QEX Q; 2CYZ B; 3CCQ T; 2EQJ A; 3CCS A; 3CCE T; 5GAN f; 4EPC A; 1WDX A; 4A4K A; 1SSH A; 2D8J A; 5DLO A; 1R0C B; 2JS2 A; 1BU1 A; 2AZV A; 5GAO r; 1RUW A; 5L23 A; 4J9C A; 1UJ0 A; 3GOX A; 4OMN A; 2J6O A; 3PVL A; 2NUT A; 4QVD A; 1NJI C; 3PMI A; 4HVU A; 4N4I A; 4LN2 A; 1BCO A; 4JJN K; 2V1Q A; 2MWO A; 2C06 A; 4N0A C; 1C6V X; 1KC8 C; 2VXE A; 4OMM A; 1E6H A; 2M16 A; 1YCS B; 1M2O A; 2COY A; 1XNI A; 1YN8 A; 1VQ7 T; 1AT1 B; 2ZPI B; 4KUL A; 1BCM A; 4GLM A; 3EG9 A; 4ZGD B; 2K79 A; 2JTM A; 1T3L A; 1JB0 E; 1G8X A; 1YFN A; 2X3W D; 1VQ6 A; 1B34 A; 1MMA A; 2DO3 A; 2LMJ A; 3EH2 A; 2E10 A; 1VQ4 Q; 2DBK A; 1ABO A; 4ZNX A; 5FU6 C; 3L1A A; 1KHI A; 2YSQ A; 1VQP A; 1WLP B; 4A54 A; 2BTT A; 5HK3 A; 2G3R A; 4OMQ A; 4A53 A; 2ENM A; 3A8G B; 3QJ6 A; 2XD0 A; 1G3S A; 3FRN A; 1QW1 A; 1RI0 A; 1M8M A; 3A8L B; 3QPH A; 5GAM h; 4HCK A; 4AFU C; 4M78 B; 4X9D A; 1Q82 C; 2OJ2 A; 1V29 B; 2VWF A; 4CC3 A; 4ANJ A; 1VQ8 A; 4CI0 C; 2IVW A; 4CRI A; 2LCC A; 3CME T; 2LNH B; 4Z8A A; 4FT4 A; 3OYK A; 1BYM A; 2ATC B; 4VUB A; 1RAE B; 3J80 E; 4OML A; 2CP6 A; 2EKH A; 2VVK A; 3MEV A; 2GNC A; 1MV3 A; 3OYB A; 2AHJ B; 3CC7 T; 3HFO A; 5KCH A; 1KQ2 A; 1WJQ A; 4E7S A; 5EC7 A; 1PKT A; 2RHZ A; 1I4K 1; 3CCS Q; 1D09 B; 2K57 A; 4D8D A; 1TUC A; 4XK8 E; 1VQK T; 1GCQ C; 4AMC A; 1NEG A; 5LJ5 h; 2O01 E; 4ME7 A; 3URG A; 2R5M A; 4C8Q G; 2L3R A; 3EGU A; 4LDX A; 3I56 A; 4M7D E; 3OYA A; 2D0N A; 2KXD A; 1I0C A; 5FU6 B; 2P4R A; 2EQM A; 4MZP A; 1PNJ A; 2B8A A; 3MP1 A; 4IUP A; 1K9A A; 1P92 A; 1QQJ A; 1FYN A; 2ESW A; 2O4X B; 2DL8 A; 1B7T A; 5A2Q E; 1WPY A; 3JSC A; 4OVA A; 3CMA A; 4JPB W; 4M75 D; 2ABL A; 1PD0 A; 1ZA1 B; 1OPL A; 2WSC E; 1UG1 A; 5LL6 S; 3L2U A; 4M77 C; 2WSE E; 1N5Z A; 4OGE A; 2JVV A; 1X27 A; 1WQ7 A; 3M59 A; 3JCM g; 5KE2 A; 1VQ6 Q; 4J6Y A; 1Y96 B; 3TU4 K; 4F7U B; 1IRX A; 1VQP Q; 3UT1 A; 5CAI A; 1WFW A; 4M7D A; 1QVF A; 5KYW A; 1JO8 A; 2O9V A; 2PUK B; 1HYO A; 1D1C A; 4PJN A; 1MND A; 2RQU A; 2RN8 A; 2RQR A; 2WSF E; 4II1 A; 3ZBD A; 2XDB A; 1VQ8 Q; 4O5V A; 3RNJ A; 5DLQ E; 3UWN A; 1JXO A; 2DZ9 A; 3OW2 A; 2P0K A; 4HT9 A; 2E12 A; 2EPD A; 2EWN A; 2NUP A; 3X20 B; 3MP6 A; 5FU7 C; 4MDX A; 4OF1 A; 1M1K R; 1PHT A; 1WA7 A; 1KQS S; 4BAC A; 2DL3 A; 1RAF B; 4FYY B; 4PJO F; 1WHG A; 1RLP C; 5KYU A; 4BDZ A; 3CCU T; 3VS6 A; 2DL5 A; 2DD4 A; 4PKC C; 3WVD B; 4BE2 A; 2PVG B; 2EBP A; 5GAN 8; 4Y28 E; 5IN1 A; 1QCO A; 1PRM C; 1K9M U; 2LRQ A; 3CCV T; 2KK4 A; 4IUT A; 1W2B P; 3JCM X; 1TTH B; 4PJM A; 3X25 B; 4PJO E; 3PNW C; 5J39 A; 2KYB A; 3FDR A; 3I56 Q; 1W1F A; 4JJC A; 5FRM A; 3OY9 A; 1Z9Z A; 1NJI U; 5LJ3 d; 3HP9 A; 4A4E A; 4F16 A; 3G4S A; 2FHD A; 2EFI A; 1N9R A; 3SFM A; 1SF9 A; 2CSI A; 5C6S A; 4WCI A; 4IUV A; 3CCS T; 3ZFJ A; 3CMA Q; 4RUG A; 3VS1 A; 2E65 A; 1SKU B; 3OYG A; 3OYE A; 1QVG P; 2O2O A; 1K8A C; 2G6F X; 1J3T A; 1Y07 A; 1ZUK A; 2XDP A; 4PJO A; 4PLL A; 2E1H A; 3EGD B; 3BY7 A; 4PJO D; 1VQN T; 3C94 A; 1ZHI A; 1RAG B; 4J9D A; 4RCB A; 2QI2 A; 5FU7 B; 3NTH A; 5D6X A; 1ZSZ C; 4M78 F; 3EG1 A; 4M75 G; 3CPW P; 4J9G A; 3CCE A; 1Q82 U; 2HZY A; 2LQW A; 2X51 A; 1K73 R; 4KH0 B; 4RG2 A; 3LLR A; 5CCA A; 3NGP A; 3MO8 A; 2AIR B; 5KYX B; 3QZ9 B; 4PL6 A; 1OX9 A; 2KE9 A; 4Z89 A; 4LNP A; 2KVQ G; 4E7H A; 4M7A C; 5GAN h; 2JMA A; 4IKF A; 2KAF A; 3RMS A; 2RI5 A; 2X35 A; 2JS0 A; 2RJE A; 1YCY A; 1LCK A; 5KYY A; 2F69 A; 4X1V A; 2DKG A; 4QQD A; 2QAZ A; 3CXC A; 1WX6 A; 4AG1 C; 1IHV A; 2YRD A; 3REA B; 1VQ7 A; 5GMK h; 3OSV A; 3SB2 A; 2EKO A; 4XU0 A; 3OQ5 A; 3GLX A; 8ATC B; 1PG5 B; 1QKW A; 4EMK A; 4B9X A; 3M0T A; 4M78 D; 4CC2 A; 2XID A; 1NZ9 A; 2RHU A; 4NL3 A; 1TH7 A; 3EFO B; 5GMK m; 1EIF A; 1CKB A; 1GXI E; 5LJ3 e; 2HL5 C; 3PT9 A; 2EYQ A; 2DX1 A; 3G4S Q; 3A8M B; 3QDF A; 1GCP A; 3F70 A; 4J5Y A; 4BE1 A; 2O31 A; 1D0X A; 5AYF A; 2MYS A; 4KRT A; 1ZLM A; 2QQA A; 5LJ3 j; 3CME A; 2XG8 D; 5DY9 A; 4YTL A; 2K5L A; 3V8L A; 5GMK l; 2VV5 A; 2QYZ A; 2DL4 A; 2O88 A; 2FO0 A; 1BI3 A; 3JCM W; 1TSF A; 3VUB A; 3M53 A; 1QCF A; 2IIM A; 3H41 A; 2J7I A; 2AK5 A; 2DBM A; 4M7A B; 1T0J A; 1GL5 A; 5A0D A; 1KD1 U; 2YUO A; 1K4U S; 3M55 A; 1HD3 A; 2CZ6 B; 2ZPG B; 2ED1 A; 3NFC A; 4DEY A; 3P8H A; 3QWX X; 2F5T X; 3E9G A; 5GAN 6; 3CCQ Q; 2ZCF B; 3CCE Q; 1PC0 A; 1YWO A; 2RB6 A; 5LJ3 f; 2EVR A; 2PVD B; 3M58 A; 2LNV A; 2F5K A; 3M0R A; 4J9I A; 2J05 A; 1Q81 U; 1TOV A; 1UDL A; 2X4W A; 2YT6 A; 1M90 R; 2JTF A; 2LZ6 B; 1AVZ C; 4EDU A; 1YJN T; 3OB9 A; 3LW5 E; 2P84 A; 1RLQ C; 3RDV A; 3PIO A; 1NE8 A; 3Q1J A; 2ZAE A; 1X2Q A; 4J8O A; 4X34 A; 3ULR B; 8AT1 B; 5I11 A; 3E1S A; 4JS4 A; 2FRW A; 5IHK A; 2K2V A; 2A08 A; 1VQ7 Q; 2A0F B; 1C0M A; 3KBG A; 2GGR A; 1YIT T; 1M4Z A; 1YHQ A; 2C0T A; 1IXD A; 2EYZ A; 4ELY C; 1OYX A; 1M9S A; 1WHM A; 2YUP A; 1BIB A; 1Y71 A; 3QYH B; 4C5G A; 1TWB A; 1YNZ A; 4CC7 A; 4FYV B; 2RPN A; 2EYX A; 2KRM A; 4RKU E; 4V2S A; 4FSS A; 3TSZ A; 2XU8 A; 3VYG A; 5C0M A; 1YIJ T; 2FG0 A; 5GJW B; 3S3M A; 3CME Q; 3JAM E; 4C8Q E; 2EJG A; 3FB9 A; 1UTI A; 1AWX A; 3DKM A; 4C92 C; 2OI3 A; 4M78 G; 4L6V 5; 4Y92 A; 1JJ2 A; 3RR6 A; 1O9S A; 1VQ9 T; 4BY6 C; 2LQ8 A; 4JLG A; 3OW2 P; 2DXC A; 4B6M A; 1NJI R; 3ZEH A; 4PLI A; 1BI0 A; 3NTI A; 5KE3 A; 1K0S A; 3M0S A; 2DIL A; 3CCL T; 1PCX A; 3VS7 A; 1KC8 R; 2A36 A; 4JDS A; 4DBF A; 5GAO m; 2ZPF B; 3CCU A; 1GBR A; 4JZ4 A; 3OYM A; 3CBP A; 4RTT A; 1VQK Q; 4NS5 A; 2D0Q B; 1X69 A; 4RTZ A; 3LWI A; 2C0O A; 1UHC A; 3A5Z B; 4ZN3 A; 4C8Q A; 2MPX C; 3V8K A; 1SRM A; 2MMP A; 2SRC A; 4C5E A; 1RAA B; 3JCM Q; 2VC8 A; 5GAN 7; 1A0N B; 2RQV A; 3M54 A; 4OMO A; 2AKL A; 1U1T A; 1RAC B; 3OA6 A; 2CS7 A; 3FEO A; 3FLG A; 5GAM g; 4C0F A; 1I8F A; 1WZO A; 1NBE B; 1Q82 R; 3O8V A; 4JRP A; 2H3J A; 1EZZ B; 2E3H A; 4HCB A; 1NG2 A; 1K9M C; 5CQY A; 2K2M A; 4MZM A; 1X75 C; 1RL2 A; 1QVP A; 3EFS A; 2MOX A; 2YHT A; 3C95 A; 1YHQ Q; 2CRE A; 2QQB A; 4DBR A; 4C92 B; 2Z0W A; 3DLL A; 3TCJ A; 4FYX B; 1VQN A; 4BY6 B; 3VYH B; 2QDL A; 5KYX A; 2V1R A; 3QJY A; 2EAY A; 2FPE A; 2FYK A; 4XU3 A; 1XTD A; 4F7U G; 1M27 C; 1N8R U; 3V8J A; 1WIE A; 2LX9 A; 2ZPB B; 4NOY A; 1ZUU A; 3A8O B; 4KUI A; 1VA7 A; 2CZ7 B; 2DTO A; 2CDT A; 3SD4 A; 1OU8 A; 2I2L A; 2IG0 A; 5EG2 A; 3L2Z A; 5LJ5 g; 4JRI A; 1LPL A; 2LP5 A; 4RCC A; 2KXC A; 3MET A; 2M0O A; 4RTW A; 1YBY A; 4DBH A; 2EGC A; 2A28 A; 3HL8 A; 1N9S A; 5FRO A; 4KUD K; 5IH2 A; 2QA4 A; 4ESR A; 1SHG A; 3CCU Q; 2QGF B; 2DA9 A; 3CC4 T; 2DLP A; 3ME9 A; 4J9F A; 2JTE A; 2RMO A; 3CXC P; 2MF2 A; 5D6W A; 3CCV Q; 2M51 A; 1Q86 C; 3RKX A; 4M75 F; 3LWH A; 1S1N A; 2QXF A; 1U3O A; 3NHN A; 2YWW A; 3X28 B; 4QVC A; 1XJW B; 3M56 A; 4PFP A; 2RJC A; 2LVM A; 4RTY A; 4IUR A; 3M4G A; 3PGG A; 4M77 G; 3CCJ T; 4RTU A; 3EH1 A; 1DJ7 B; 1N27 A; 4FU6 A; 4M75 E; 3HTR A; 4JUV A; 1RI9 A; 4HVV A; 5HCK A; 1SSF A; 3CD6 T; 2RI2 A; 3WVE B; 3VS3 A; 1PSF A; 3V7S A; 5CKB A; 3OS1 A; 1O75 A; 3S3O A; 1G2B A; 2FB7 A; 4FL6 A; 1OEB A; 4RTV A; 1VQM T; 4QQG A; 5GAN 5; 1OX8 A; 2KI7 A; 4OB2 B; 4FT2 A; 4BDY A; 1RAH B; 4EIK A; 1VQN Q; 3I55 T; 1X43 A; 2AKK A; 1KHC A; 1FX7 A; 4HCZ A; 4M75 A; 1HXD A; 4PJJ A; 3QG1 A; 5AT1 B; 2M0Y A; 1K1Z A; 2CP2 A; 3EAE A; 3HPW A; 2RQT A; 4JJB A; 2EQK A; 1YHQ T; 3RES A; 2CZ0 B; 2GTJ A; 2NWM A; 2J6K A; 2X4Y A; 5LJ3 h; 1AWO A; 2KGT A; 2K3B A; 4TVR A; 1KD1 C; 5GAN 4; 1X6G A; 3SWN A; 1YJN A; 1QWE A; 3EGX B; 3JCM P; 1G83 A; 2GF7 A; 3SEM A; 5FRN A; 5I2M A; 3VUZ A; 4ZGE B; 1NLO C; 2HQX A; 4M4Z A; 1QP3 A; 3M5A A; 2QA4 Q; 2DEQ A; 3ZL7 C; 5GAN 2; 2K6D A; 3ER0 A; 1Y0M A; 1K76 A; 2ROL A; 5J3B A; 2VXF A; 1YIT A; 4L5G A; 1Q81 C; 1LOJ A; 1BI2 A; 4AG2 C; 5J26 A; 1K8A R; 3G6E A; 2HMA A; 3UPU A; 4AT1 B; 4LDW A; 2P4T A; 1HJD A; 1WHJ A; 3R6O A; 4BB7 A; 3RKY A; 2EYW A; 3SHW A; 2L0A A; 1MHN A; 2Y4Y A; 4XTW A; 3CBO A; 1VYU A; 2CSQ A; 4Q5W A; 6AT1 B; 1XOV A; 1UE9 A; 4RTX A; 2XHC A; 3PTA A; 3L2W A; 2V8I A; 4KGV B; 2EIF A; 2R5A A; 4ATO A; 1IRE B; 1H92 A; 4OMF B; 1UJY A; 1YIJ A; 1H8K A; 1D3B A; 1FWZ A; 2Y90 A; 1U8R A; 2KDS A; 1GFD A; 4M77 B; 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