The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVECVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Nucleotide-Dependent Substrate Handoff from the SspB Adaptor to the AAA+ ClpXP Protease.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
26
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| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUL A; 1ZSZ C; 1OX8 A; 1OU9 A; 1ZSZ A; 1TWB A; 2QAZ A; 1OX9 A; 2NYS A; 1OU8 A; 1ZSZ B; 2QAS A; 1YFN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z8A A; 5I11 A; 4C5E A; 1O75 A; 1KIK A; 1ZSG A; 1IZ6 A; 4PNO A; 1YI2 T; 4LDV A; 3HFO A; 2J06 A; 5LJ5 g; 2VV5 A; 1TWB A; 3OS2 A; 4FCY A; 1FWZ A; 1ACM B; 2O01 E; 1GL5 A; 2DRM A; 1UEB A; 2RPN A; 4M75 G; 4N0A C; 3PGG A; 1GFD A; 1LCK A; 1K4U S; 3BW1 A; 1Q7Y C; 1W2B S; 4Q5W A; 2X3W D; 2K3Y A; 4CC3 A; 4EPC A; 2GQI A; 1E6H A; 4A4F A; 3H0H A; 3SWN C; 5AT1 B; 2WAC A; 4OF1 A; 5GAM e; 1VQN Q; 3M57 A; 1FX7 A; 2EJ9 A; 2FPE A; 4M7A A; 1GXI E; 1V76 A; 4RG2 A; 4M7D F; 3UPU A; 3M0Q A; 2CT3 A; 2LQW A; 2W0Z A; 3ZBD A; 4X9D A; 1KK7 A; 2AT1 B; 2PVD B; 2JM8 A; 2CDT A; 3A98 A; 1YJ9 Q; 2DBK A; 4MDX A; 3RKW A; 1I81 A; 1PM3 A; 4PJO D; 3M0T A; 1UFF A; 2JW4 A; 4C92 C; 1YI2 Q; 2JNG A; 1SPK A; 4ZGE B; 2AKL A; 1QVG P; 1KD1 C; 5CIU A; 3EFR A; 4J6Y A; 2AHJ B; 3LWI A; 2ZPI B; 4E7Z A; 2MPX C; 3TQ7 P; 1ZBX A; 2ED0 A; 3CC4 Q; 3G4S A; 3CCR T; 1I07 A; 3I9Q A; 2EQU A; 2XMF A; 3I56 A; 2PVO B; 4ESR A; 3DKM A; 2DIQ A; 1WHL A; 2EGE A; 4RCC A; 3I55 T; 3L2W A; 1OX8 A; 3NPF A; 5CKD A; 1YIJ A; 2XI9 A; 4IIO A; 5LJ3 f; 4QQD A; 1BB9 A; 4IIM A; 2HQE A; 4ORZ A; 1K9A A; 4M7A E; 2A08 A; 2X4X A; 3CPW P; 5LJ5 e; 4ZNX A; 2QI2 A; 1VQ7 Q; 2KSS A; 4QVD A; 1OZ2 A; 2CT4 A; 2IVW A; 2K9G A; 2R57 A; 4JJB A; 5I2M A; 1KSW A; 2LJ1 A; 2E6Z A; 5HK3 A; 4HCC A; 1VIE A; 4O5V A; 2IIM A; 4C8Q D; 2EKO A; 3SD4 A; 2RJD A; 2LRQ A; 4C92 F; 2XG8 D; 1PKS A; 4YTL A; 3QKJ A; 3REA B; 4F7U B; 1K9M U; 4DBH A; 2AZS A; 1G3S A; 1JEG A; 2P84 A; 5GAN j; 1YHQ T; 4OGC A; 1U06 A; 5D7U A; 5KH6 A; 2YSQ A; 4EDU A; 5CQY A; 2M02 A; 5LJ3 h; 5LJ3 j; 1YIT A; 1RAI B; 1Y07 A; 3P8H A; 1WHM A; 5CQX A; 1VQ4 T; 1S72 T; 1RAC B; 3CMA Q; 4NL3 A; 1FYN A; 3FIF A; 2CZ6 B; 2Y4Y A; 1YCY A; 2DL7 A; 1M90 U; 5L23 A; 1YWP A; 3JSC A; 1M3B A; 1N27 A; 2DZC A; 2EPD A; 4LUE A; 1RLP C; 1QP3 A; 3OS1 A; 4ZTJ A; 1UHC A; 2EQI A; 5KE2 A; 3S3O A; 4GY5 A; 1QCF A; 3RIR A; 1NEB A; 1RAB B; 1JO8 A; 1K8A C; 5IAY A; 5HK0 A; 1QVF S; 2E6N A; 1U3O A; 4FSS A; 5GMK l; 1N8R U; 1VQ9 A; 3E9G A; 4PJO C; 1VQ6 T; 3OYY A; 3URG A; 4KUD K; 1R8O B; 4II1 A; 1RAH B; 4BUG A; 4F14 A; 1D0Y A; 2K57 A; 5A2Q E; 1YHQ Q; 1YCS B; 1WI7 A; 3OSV A; 4DA4 A; 2E65 A; 3CXC A; 2G3R A; 3PVL A; 2K5I A; 1RAE B; 1WX6 A; 2RM4 A; 4RTT A; 1WIE A; 3BDL A; 4LDX A; 1KQ2 A; 8AT1 B; 3S3N A; 1PNJ A; 1UTI A; 4EMK A; 1SF9 A; 4RUG A; 4KGZ B; 2SEM A; 1G3Y A; 1VQ4 Q; 1D3B B; 1MMN A; 3A8O B; 1RUW A; 1VQ5 T; 4J9E A; 3JCM e; 2HBW A; 1QWF A; 1SRL A; 4DBR A; 1RI0 A; 3OYL A; 1X6B A; 1OPK A; 2EGA A; 5GMK e; 1MHN A; 2KT8 A; 2GTJ A; 1AHJ B; 2QQB A; 3FLG A; 3CBP A; 1W70 A; 2OTL A; 3M4Y A; 4J83 A; 3PTA A; 3VRZ A; 2R5M A; 2HAX A; 3OS5 A; 5HKC A; 1AWX A; 1M1K C; 4ZGD B; 3QHS A; 1VQ6 Q; 4MZT A; 3BE3 A; 2RB6 A; 3EGD B; 3EFS A; 3A5Z B; 1M8V A; 4PJO F; 1JJ2 S; 3CBM A; 2NUT B; 2RK2 A; 1B07 A; 5ECA A; 2DTI A; 2XDB A; 4J7F A; 3M4G A; 1R0B G; 2O31 A; 2JJ9 A; 4M7A D; 1OPL A; 4RKU E; 2RQR A; 2L3R A; 2X3X D; 4QQG A; 4ZN1 A; 5HY6 A; 5DM7 R; 4J9D A; 1WYX A; 2K4Y A; 4CRI A; 2DYI A; 5EG2 A; 1VQ5 Q; 3OA6 A; 2VGN A; 3HRU A; 1VQN A; 1UGR B; 4F7U G; 4A53 A; 4XU3 A; 4JLI A; 2X4W A; 3LGF A; 1NZ9 A; 1ZSZ B; 3G4S T; 1PKT A; 2DPP B; 1PWT A; 1MMA A; 1C6V X; 1D0X A; 2E10 A; 1YJ9 A; 2EYX A; 4BAC A; 2LNV A; 3CQT A; 4XTZ A; 2X4Y A; 4BE2 A; 1YIJ T; 2VC8 A; 3FB9 A; 5D6X A; 4RTW A; 1PC0 A; 5J3B A; 5HCK A; 4XU0 A; 1UUE A; 2XDP A; 4CI0 C; 2A28 A; 2OAW A; 4FL6 A; 4M7A B; 1IRX A; 2HMA A; 4C8Q F; 2ROT A; 4VUB A; 2DYB A; 2HKQ B; 2QAS A; 2MOX A; 1X27 A; 2P0Q A; 3LH0 A; 3CXC P; 4X34 A; 2CSI A; 2WSF E; 5GAO r; 3JCM Q; 1IXD A; 3CC4 A; 1BIA A; 2YUN A; 1IGU A; 2GFU A; 1SSF A; 2MAM A; 1ABO A; 2YT6 A; 3JCM b; 1U1S A; 4M77 C; 2CUB A; 2VGM A; 2RJE A; 5EC7 A; 1M4Z A; 5GAM d; 1H3Z A; 3SDZ A; 2CP6 A; 2LP5 A; 2RQW A; 1X01 A; 3A8H B; 1YIT T; 1X69 A; 2QA4 Q; 3G4S Q; 4M7D D; 2ENM A; 2D6F A; 1WJS A; 1VQ7 A; 1SHF A; 2V1R A; 1Q82 R; 3L2R A; 4E7J A; 4Y92 A; 3L2V A; 4A54 A; 3VS2 A; 1CKA A; 2EBP A; 1NPR A; 1MV3 A; 1QMC A; 3KFV A; 1I5O B; 4KT0 E; 3M0R A; 1VQL T; 4D8D A; 4PL6 A; 3PE0 A; 2X51 A; 3LYI A; 1VQ9 T; 2WSC E; 3UA7 A; 1M3C A; 2A36 A; 2LQN A; 1V1C A; 2CZ7 B; 3CPF A; 1QWE A; 2J6K A; 3CMA A; 3JCM W; 3ZFJ A; 1AD5 A; 4GBQ A; 3V8L A; 2DXC A; 2HQX A; 3OMC A; 4OP0 A; 4M77 F; 1Q7Y R; 4CC7 A; 2QQS A; 4BI8 B; 4M7D B; 2CP0 A; 4IUQ A; 1TOV A; 4L6V 5; 4J9G A; 3WXM B; 4E7I A; 3JCM X; 3JB9 F; 4BD3 A; 3M5A A; 3EHR A; 1OEB A; 3PVQ A; 5GAN 6; 4J9F A; 5LJ5 d; 4TVR A; 1Y96 A; 1W1F A; 1SSH A; 2F2V A; 4FW2 A; 4Y28 E; 1G5V A; 2KVQ G; 3L2Z A; 1GBR A; 1UJY A; 2OTL T; 3X26 B; 1H92 A; 4OMN A; 4IUT A; 1WJQ A; 1WHG A; 1VQL Q; 1YHQ A; 2QDL A; 3CCJ A; 4M78 A; 3J7A F; 3LLR A; 1B34 A; 2DM1 A; 4ELY C; 1Z9Z A; 3MP1 A; 1VQ9 Q; 1N9S A; 4AG1 C; 1UGV A; 4JJC A; 3UF4 A; 3CCL A; 4RTX A; 1QVG S; 1AWO A; 5IXB A; 4XU1 A; 1VQ4 A; 2D0Q B; 4V2S A; 4J6W A; 2MWP A; 2F2W A; 1KD1 R; 4ZN3 A; 1E6G A; 3SWN B; 3M0P A; 3CCE Q; 4M7A G; 2RA2 A; 3QDR B; 1WQW A; 3V7S A; 2H3J A; 3A8M B; 3CEY A; 5GAN 7; 3MEU A; 1MNE A; 2KBT A; 4DOW A; 2O4X B; 5IXF A; 4J7I A; 4KBM B; 3KBG A; 6AT1 B; 1Q82 C; 1VQN T; 2LNH B; 2RI2 A; 3NFC A; 5L8R E; 3PIO A; 2RO0 A; 4HVU A; 5CKH A; 2OAU A; 1WXT A; 4DBQ A; 3OYH A; 3GP8 A; 4PJN A; 1HK9 A; 4JPB W; 4M77 A; 3RES A; 1VQ6 A; 3VYH B; 1X43 A; 2RNA A; 3H6Z A; 3CPW S; 1PRL C; 4C92 B; 2DD5 A; 2CSQ A; 1GBQ A; 2K5L A; 2YLB A; 1VYU A; 3EH1 A; 2CYZ B; 1JXO A; 2HL5 C; 1LPL A; 3R6N A; 2KDS A; 3RMQ A; 1LNX A; 2PZ1 A; 4OMO A; 3H41 A; 4FYX B; 4B9W A; 4M78 E; 2DO3 A; 2DNU A; 1H64 1; 4MML A; 3ZL7 C; 2YUP A; 1VQ5 A; 1XOV A; 2HSE B; 5I22 A; 5LL6 S; 3TSZ A; 1ZUY A; 2RK1 A; 2DIG A; 3RMS A; 2LCL A; 1QP2 A; 2IG0 A; 3DLM A; 1ZA1 B; 1BI0 A; 3CC4 T; 3UA6 A; 1GCQ A; 2DD4 A; 3J81 E; 3EHQ A; 4P5N A; 4KH0 B; 2KMT A; 2FO0 A; 4UC4 A; 3RUX A; 2F69 A; 1X6O A; 2M0O A; 2DXT A; 1OV3 A; 4RTY A; 5J39 A; 4HKE A; 4R56 A; 1J3T A; 1K0S A; 1UGP B; 3I35 A; 3PNW C; 3PFS A; 1E7O A; 5IN1 A; 3DLL A; 3GBQ A; 4KGX B; 4IUR A; 1ZBJ A; 3OQ5 A; 2EAY A; 3V8J A; 4M7D G; 2NUZ A; 2KE9 A; 1FMW A; 1HYO A; 4EMK C; 5C0M A; 5GAO m; 1VQ7 T; 3OW2 A; 1K8A R; 4M77 E; 5IHK A; 5KE3 A; 3OW2 S; 2RH2 A; 2NLU A; 2WSE E; 2XKO C; 2YRD A; 3OBY A; 3PIP A; 2QK0 A; 3BY7 A; 3HHT B; 1BCM A; 3V7R A; 2B86 A; 4DOV A; 4E7H A; 1VA7 A; 2DL3 A; 1VQ8 Q; 2KR3 A; 1SEM A; 5GJW B; 3JAM E; 2D8H A; 4AG2 C; 4LNP A; 1G8X A; 1W6X A; 1M2V B; 3QO3 A; 2EYW A; 4E2F B; 4IUP A; 4PJL A; 2PQW A; 3OYG A; 1N5Z A; 2KYB A; 1U5S A; 3QG1 A; 2QA4 A; 4K11 A; 3VS4 A; 2HD0 A; 1AWJ A; 1Q86 R; 2M1H A; 1FXX A; 3CMA T; 2JZ2 A; 3M55 A; 1AVZ C; 3KXT A; 1UE9 A; 4XAX B; 2GGR A; 2HCK A; 1Q81 C; 2QQR A; 4J6X A; 3Q1J A; 2DFU A; 4HT8 A; 1C1A A; 5GAM f; 2OI3 A; 4M75 A; 3JCM g; 4PK4 A; 4PJO B; 4PFP A; 1WJR A; 2E12 A; 2NUP A; 2EJG A; 3CBO A; 3OYJ A; 2JMA A; 1T0H A; 2JTM A; 1CKB A; 4IKF A; 2DEU A; 4E47 A; 1MND A; 3EFO A; 3EGX A; 1YNZ A; 2LZ6 B; 2M16 A; 4OML A; 1WXU A; 1M1K R; 2KXC A; 2GQV A; 4LD6 A; 4J9B A; 3RBB B; 1KC8 C; 5FWB A; 1RAF B; 1N6A A; 3L42 A; 1VIF A; 3VJP A; 3C94 A; 3LH5 A; 4QVC A; 1VYT A; 3WVE B; 3JB9 J; 4XTX A; 1EIF A; 1XQH A; 5FRO A; 2ZZD A; 3CCJ T; 4C92 G; 3QSU A; 1YBY A; 2CP2 A; 5DLO A; 4A63 B; 3REB B; 1RAA B; 2J05 A; 1NYF A; 5KYX B; 3AHU A; 3H0F A; 4C5I A; 1Q7Y U; 3QXE B; 3CCL T; 5GAM h; 3A8L B; 2QTX A; 2RN8 A; 2C06 A; 1Z9Q A; 2C0T A; 4D6W A; 5KYY B; 4KGV B; 2I2L A; 1ZUU A; 4Y91 A; 4N4H A; 2YRV A; 1KHI A; 4M78 D; 3OBW A; 4J8O A; 2AIR B; 3VS6 A; 1MMD A; 1WFW A; 1OX9 A; 2KY9 A; 3P8B B; 1QLY A; 3VS1 A; 3GLX A; 4RCB A; 1VQL A; 1ZQ1 A; 3G6E A; 5FU7 B; 5IHN A; 4C8Q B; 2V8J A; 2KXD A; 4M75 E; 3VYG A; 1WDX A; 3OW2 P; 3BDU A; 1VQM Q; 5LJ5 f; 2CGH A; 3RR6 A; 2L0A A; 4HCK A; 3EG1 A; 2DTH A; 3OS0 A; 4OGE A; 1QVP A; 2FZG B; 1KQS A; 2ZPH B; 5KYW A; 3CCJ Q; 3MP8 A; 3JCM P; 1KHC A; 2W10 A; 5FRN A; 3CCE A; 1KD1 U; 2ABL A; 3CXC S; 3QYH B; 2ZGW A; 2L5Q A; 4PLI A; 5CVI A; 4RMO A; 3OYA A; 3CCL Q; 1OQK A; 2LVM A; 1Q86 C; 4M77 D; 3E1S A; 4OVA A; 4L5G A; 5A0L A; 5AYF A; 3JB9 D; 4NS5 A; 3NGP A; 2P4R A; 5KYN A; 2ZPE B; 5LJ5 h; 1WHJ A; 2DEQ A; 5LJ5 j; 4R55 A; 2ATC B; 5KYU B; 3I5R A; 2QEX Q; 4AFS C; 3X24 B; 3G1J A; 1T3S A; 3TSW A; 3L1A A; 2H3E B; 2DVE A; 1P92 A; 1RLQ C; 3HTR A; 2MCN A; 2CP7 A; 2VXE A; 2EW3 A; 2KNB B; 4OMP A; 2LJ3 A; 4FYW B; 4PJO G; 2PNI A; 2VB6 A; 2FEI A; 3VRY A; 2A37 A; 1YJW T; 2DK3 A; 2O9V A; 3UDC A; 3MKD A; 2P0P A; 4LDY A; 2E5Q A; 3PMT A; 1H8K A; 2LJ0 A; 3G71 Q; 4OB0 B; 3DB4 A; 4QVZ A; 1K76 A; 3OMG A; 4X1V A; 4FYV B; 2DJQ A; 4BB7 A; 3CCQ T; 4ATO A; 3FJP A; 2YDL A; 3CCS Q; 2ECZ A; 3VS7 A; 2JMC A; 4M78 C; 3JCM f; 2LDM A; 1EFN A; 1IB8 A; 2QA4 T; 4OMF B; 2K2M A; 3N5B B; 4AT1 B; 4ME7 A; 3VUZ A; 4C0D B; 1WZO A; 4BY6 C; 1X2K A; 2EYZ A; 2LCS A; 1K8A U; 2HSP A; 4IUU A; 2QQ9 A; 2GBQ A; 3E2U A; 3CCM Q; 3CD6 A; 1QW1 A; 2F2X A; 1BK2 A; 1VQ8 A; 2CRE A; 1VQO A; 4NOY A; 4ZTF A; 1WHK A; 1YJW Q; 2RHU A; 3ER0 A; 1KQS P; 4KH1 B; 4C8Q G; 3TRE A; 1BI1 A; 2BE7 D; 3JCM h; 3ME9 A; 1SRM A; 1TTH B; 2LCC A; 1K73 C; 4XTV A; 1MUZ A; 5GMK h; 1WLP B; 2FZK B; 5D6Y A; 5GMK j; 2X35 A; 1WA7 A; 3OSS C; 1JRI A; 3CCQ Q; 1RAG B; 1M1F A; 3CCV Q; 2JUF A; 2EVR A; 4BE0 A; 1Y7X A; 2RQT A; 2P4T A; 4LDU A; 4LE9 A; 1AOJ A; 1OUL A; 1HSQ A; 1AT1 B; 3L2U A; 3CC7 Q; 2F1L A; 4M78 F; 1NJI C; 4FT4 A; 2X9H A; 4MDW A; 2E4H A; 1GRI A; 1BKB A; 1PHT A; 1MGQ A; 4QW2 A; 4IUV A; 1BCO A; 3X25 B; 4ZGJ B; 3FC3 A; 1UEC A; 2KYM A; 3QZ5 B; 3QPH A; 1IO6 A; 3GF5 A; 2DLP A; 4Z88 A; 1M1K U; 2HDA A; 3OYF A; 4F7U A; 3G6E T; 5GMK m; 3CC2 Q; 1GCQ C; 3VUB A; 3LW5 E; 2EYQ A; 5C6S A; 4FYY B; 4XU2 A; 5FWC A; 4HXJ A; 3SEM A; 4FW1 A; 1KG1 A; 1LVK A; 2O2O A; 1JU5 C; 4OMM A; 2VYT A; 2RQV A; 2D1X A; 2JXB A; 2VVK A; 3EH2 A; 3CCE T; 2RF0 A; 3VV0 A; 3SHW A; 2KAF A; 3EAE A; 1K9M R; 2ZPG B; 2E64 A; 2HKN A; 4C0F A; 1WPY A; 4M77 G; 1LJO A; 4E6R A; 2C0I A; 2RMO A; 1PD0 A; 1AZE A; 5CO7 A; 2DL5 A; 3LX7 A; 1OU8 A; 3JB9 G; 2FPF A; 1NYG A; 1FMK A; 1VQM A; 4XTY A; 1C0M A; 5CK9 A; 4HCZ A; 3FEO A; 2M0Y A; 3ASK A; 1Y0M A; 1TUD A; 2FZC B; 2BZY A; 1UDL A; 2ZAE A; 3G6E Q; 5GAN g; 4XQ3 A; 1D1B A; 3MP6 A; 3C4S A; 2AZV A; 2VAS A; 2LC4 A; 1NLO C; 5LJ3 g; 3FRN A; 1WHH A; 1U8R A; 2EGC A; 3H8Z A; 3A8G B; 1D3B A; 4L59 A; 1LOJ A; 1QKX A; 1N8R R; 3GNG A; 2QAZ A; 1WGS A; 4M75 C; 1OYX A; 4JJD A; 2K7A A; 2L3P A; 1H3H A; 1TG0 A; 4PFO A; 1KFZ A; 2JVV A; 2A7Y A; 1GCP A; 2KGT A; 2RHZ A; 3OYN A; 4HT9 A; 3HSB A; 2QEX A; 1TUC A; 2B8A A; 3GIB A; 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